JoVE Logo

Войдите в систему

Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Этот протокол диссоциации нервных клеток предназначен для образцов с небольшим количеством исходного материала и дает очень жизнеспособную одноклеточную суспензию для последующего анализа с дополнительными этапами фиксации и окрашивания.

Аннотация

Этот протокол нейронной диссоциации (адаптация протокола, сопровождающего коммерческий набор для диссоциации мозга взрослого человека) оптимизирует обработку тканей при подготовке к подробному последующему анализу, такому как проточная цитометрия или секвенирование одиночных клеток. Нейронная диссоциация может проводиться с помощью механической диссоциации (например, с использованием фильтров, методов измельчения или тритурации пипетки), ферментативного пищеварения или их комбинации. Деликатная природа нейрональных клеток может усложнить усилия по получению очень жизнеспособной, истинной одноклеточной суспензии с минимальным клеточным мусором, которая требуется для анализа одной клетки. Данные показывают, что эта комбинация автоматизированной механической диссоциации и ферментативного пищеварения последовательно дает очень жизнеспособную (>90%) одноклеточную суспензию, преодолевая вышеупомянутые трудности. Хотя некоторые из шагов требуют ручной ловкости, эти шаги уменьшают обработку образцов и потенциальную потерю клеток. В этой рукописи подробно описывается каждый этап процесса, чтобы оснастить другие лаборатории для успешной диссоциации небольших количеств нервной ткани при подготовке к последующему анализу.

Введение

Гиппокамп был впервые описан болонским анатомом Джулио Чезаре Аранцио в 1500-х годах1. Называя эту новообретенную структуру, Аранцио, вероятно, был вдохновлен ее странным сходством с морским коньком рода Hippocampus1. Гиппокамп участвует в стрессовых реакциях, но широко известен своей ролью в обучении и памяти. Более конкретно, гиппокамп отвечает за кодирование и извлечение декларативной и пространственной памяти1.

Гиппокамп, или собственно гиппокамп, делится на подполя CA1 (cornu ammonis), CA2 и CA31. По сравнению с остальной нервной системой, гиппокамп имеет несколько уникальных определяющих характеристик, включая его пластичность и потенциал для продолжающегося нейрогенеза2. Нейрогенез – это процесс пролиферации и дифференцировки нервных стволовых клеток с последующей их интеграцией в уже существующую нейронную сеть. Нейрогенез ограничен субгранулярной зоной зубчатой извилины и субвентрикулярной зоной боковых желудочков (и обонятельных луковиц)3. В то время как нейрогенез в изобилии присутствует в эмбриогенезе, это пожизненный процесс 3,4. Таким образом, эта дискуссия будет сосредоточена на взрослом нейрогенезе в гиппокампе.

Субвентрикулярная и субгранулярная зоны представляют собой нейрогенные ниши, содержащие эпендимальные и сосудистые клетки, а также незрелые и зрелые линии нервных стволовых клеток5. Микроглия вносит свой вклад в эти ниши в качестве иммунных клеток для регулирования нейрогенеза6. Нейронные клетки-предшественники являются нестемочными клетками-потомками нервных стволовых клеток7. В субвентрикулярной зоне присутствуют три типа нейронных предшественников: радиальные глиоподобные клетки типа В, транзитоусиливающие предшественники типа С и нейробласты типа А 3,8. Медленно делящиеся нейронные клетки-предшественники типа В в субвентрикулярной зоне могут дифференцироваться в быстро делящиеся клетки типа С8. Впоследствии клетки типа С дифференцируются в клетки типа А8. Эти нейробласты мигрируют через ростральный миграционный поток к обонятельной луковице, прежде чем дифференцироваться в интернейроны или олигодендроциты9. Эти интернейроны обонятельных луковиц являются ключом к обонятельной кратковременной памяти и ассоциативному обучению, тогда как олигодендроциты миелинизируют аксоны мозолистого тела9. Большая часть взрослого нейрогенеза происходит в подгранулевой зоне зубчатой извилины, где находятся радиальные нейронные предшественники типа 1 и нерадиальные нейронные предшественники типа2. Большинству нейронных клеток-предшественников суждено стать зубчатыми гранулярными нейронами и астроцитами10. Соединенные щелевыми соединениями, астроциты образуют сети для модуляции пластичности, синаптической активности и возбудимости нейронов5. В качестве первичного возбуждающего нейрона зубчатой извилины гранулярные клетки обеспечивают вход из энторинальной коры в область CA311.

Популяции нервных стволовых клеток могут быть выделены с использованием иммуномагнитных или иммунофлуоресцентных стратегий изоляции12,13. Нервную ткань особенно трудно диссоциировать; попытки сделать это часто приводят к тому, что образцы с плохой жизнеспособностью клеток и/или не получают необходимой одноклеточной суспензии для последующего анализа. Нейронная диссоциация может проводиться с помощью механической диссоциации (например, с использованием фильтров, методов измельчения или тритурации пипетки), ферментативного пищеварения или комбинации методов14,15. В исследовании, оценивающем методы нейронной диссоциации, жизнеспособность и качество ручной механической диссоциации путем тритурации пипетки по сравнению с комбинациями тритурации пипетки и пищеварения с различными ферментами сравнивались15. Качество оценивали на основе количества клеточных сгустков и ДНК или субклеточного мусора в подготовленной суспензии15. Суспензии глиальных опухолей, подвергшихся только ручной механической диссоциации, имели значительно более низкую жизнеспособность клеток, чем лечение диспазой или комбинацией ДНКазы, коллагеназы и гиалуронидазы15. Volovitz et al. признали различия в жизнеспособности и качестве между различными методами и подчеркнули, что неадекватная диссоциация может снизить точность последующего анализа15.

В отдельном исследовании авторы сравнили более 60 различных методов и комбинаций диссоциации культивируемых нейрональных клеток14. Эти методы включали восемь различных вариаций ручной механической диссоциации путем тритурации пипетки, сравнение инкубации с пятью отдельными ферментами через три различных интервала и различные комбинации механической диссоциации с ферментативным пищеварением или комбинацией двух ферментов14. Ни один из механических способов не дал одноэлементной суспензии14. Четыре из одного ферментного лечения, десять комбинированных ферментативных методов лечения и четыре комбинации механической диссоциации с ферментативным пищеварением дали одноклеточную суспензию14. Ферментативное сбраживание с TrypLE с последующим трипсином-ЭДТА наиболее эффективно диссоциировало образцы14. Кстати, образцы, обработанные TrypLE и/или Trypsin-EDTA, имели тенденцию образовывать желатиновые сгустки14. Хотя это исследование было проведено на культивируемых клетках, оно говорит о недостатках тритурации пипетки или ферментативного пищеварения.

Параллельные сравнения ручной и автоматизированной механической диссоциации отсутствуют. Тем не менее, одна группа провела проточную цитометрию для сравнения ручной и полуавтоматической механической диссоциации всего мозга мыши в сочетании с коммерческими наборами ферментативной диссоциации папаина или трипсина16. Обработка диссоциатором более последовательно давала жизнеспособные клетки16. После диссоциации авторы также выделили клетки Проминина-1, нейрональные клетки-предшественники и микроглию16. Для двух из трех изолированных клеточных популяций чистота изолированных клеток была немного выше, когда образцы обрабатывали диссоциатором, по сравнению с вручную16. Reiß et al. отметили, что вариабельность от человека к человеку в методе пипетирования препятствует воспроизводимости жизнеспособного выхода клеточной популяции при диссоциациитканей 16. Авторы пришли к выводу, что автоматизированная механическая диссоциация стандартизирует обработку образцов16.

Метод диссоциации, описанный в этой рукописи, представляет собой комбинацию полностью автоматизированной механической диссоциации и ферментативного пищеварения с использованием растворов, сопровождающих коммерческий набор для диссоциации мозга взрослого человека17. В отличие от стандартных протоколов, этот оптимизированный протокол уменьшает манипуляции с образцами, дает очень жизнеспособную одноклеточную суспензию и предназначен для обработки минимальных количеств исходной ткани.

протокол

Эксперименты проводились в соответствии с этическими нормами, утвержденными Институциональным комитетом по уходу за животными и их использованию при UAMS. 6-месячные самки мышей дикого типа C57Bl6/J были куплены и размещены в группе (4 мыши на клетку) в течение постоянного 12-часового светло-темного цикла.

1. Подготовка реагентов

  1. Приготовьте поправимый раствор для живых/мертвых пятен. Восстановите флуоресцентное пятно с 20 мкл диметилсульфоксида (ДМСО).
  2. Заверните флакон в фольгу, пометьте его как «Восстановленный» и храните при температуре -20 °C до шести месяцев.
  3. Готовят 0,9% физиологический раствор с гепарином. Развести содержимое одного флакона гепарина натрия (10 000 единиц USP на 10 мл) в 1 л двойной дистиллированной воды (ddH2O).
  4. Приготовьте достаточно примерно на 45 мл на животное и храните при температуре 4 °C в течение одной недели.
  5. Внесите 1% параформальдегида (PFA).
    1. В вытяжном шкафу нагрейте конфорку до 50 °C. В микроволновой печи нагрейте 100 мл ddH2O в стеклянном стакане примерно до 60 °C. Добавьте магнитный мешалку и переложите на конфорку.
    2. В вытяжной капюшон взвесить 1 г PFA и добавить в стакан ddH2O. Добавить 0,1125 г кристаллов NaOH и перемешать до растворения (5-10 мин).
    3. Добавьте 0,4 г NaPO4-моноосновного и перемешайте до растворения (2-5 мин). Вакуумная фильтрация раствора и регулировка рН до 7,4 с помощью HCl и NaOH.
    4. Остудить на льду или при 4°C в течение 30 мин перед хранением.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Аликвоты 1,5 мл могут храниться при -20 °C в течение одного года. Избегайте циклов замораживания-оттаивания. Если после оттаивания раствор помутнеет или образовался осадок, раствор использовать не следует.
      ВНИМАНИЕ: Токсичный, легковоспламеняющийся. Всегда работайте с ПФА под вентилируемым капотом в надлежащих средствах индивидуальной защиты.
  6. Повторное суспендирование лиофилизированного фермента А с 1 мл буфера А. Не вихряйте раствор.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Фермент А и буфер А, а также буферы A, Y и Z являются реагентами в коммерческом наборе для диссоциации мозга взрослого человека17.
  7. Разделить фермент Р на аликвоты по 50 мкл и повторно суспендировать фермент А на 10 мкл аликвоты. В соответствии с инструкциями по набору хранить при температуре -20 °C до шести месяцев. Избегайте циклов замораживания-оттаивания.

2. День эксперимента

  1. Охладите настольную центрифугу до 4 °C.
  2. Поместите аликвоту (аликвоты) PFA в холодильник для постепенного размораживания.
  3. Поместите восстановленное живое/мертвое пятно в темноту (например, ящик), чтобы оттаять при комнатной температуре.
  4. Подготовьте буфер сывороточного альбумина крупного рогатого скота (BSA). Добавьте 0,5 г BSA к 100 мл 1x фосфатно-буферного раствора Dulbecco без кальция и магния (D-PBS), рН 7,2.
  5. Добавьте перемешивание и перемешайте на перемешиваемой пластине в течение 30 минут. Переложить в конические трубки объемом 50 мл и хранить при температуре 4 °C.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Всегда используйте свежеприготовленный буфер BSA.
  6. Приготовьте живое/мертвое пятно, рабочее разбавление. Добавьте 1 мкл восстановленного живого/мертвого раствора для пятен в 360 мкл D-PBS и храните его в темноте (например, в ящике или коробке) при комнатной температуре. Приготовьте 50 мкл рабочего разбавления на образец.

3. Перфузия

  1. Поместите солевой раствор с гепарином на лед.
  2. Включите кислород, установите индикаторный шарик расходомера на системе испарителя анестезии мелких животных на 1 л/мин. Убедитесь, что есть адекватное давление кислорода и изофлурана.
  3. Отрегулируйте циферблат испарителя до 3,5% (для индукции и технического обслуживания).
  4. Загрунтуйте перфузионные насосные линии раствором физиологического раствора/гепарина. Установите скорость 6 мл/мин.
  5. Поместите мышь в индукционную камеру, включите дыхательную машину и подождите несколько минут, пока мышь не перестанет реагировать. Подтвердить достаточную глубину анестезии за счет отсутствия снятия педали до вредного защемления.
  6. Поместите мышь на спину на лоток для рассечения носом в носовом конусе. Выполните вторичное подтверждение полной анестезии через отсутствие отвода педали до вредного щепотки. Прикрепите все четыре лапы к лотку.
  7. Опрыскивайте брюшко животного 20% этанолом.
  8. С помощью щипцов зажмите нижнюю часть живота и поднимите кожу. Используйте ножницы, чтобы разрезать мех и кожу до нижней части грудной клетки.
  9. Сделайте два диагональных разреза из-под грудной клетки к каждому плечу.
  10. Тщательно резецируйте диафрагму (избегая легких и сердца). Ресектируйте грудную клетку, чтобы обнажить сердце.
  11. Осторожно разрежьте любую соединительную ткань вокруг сердца.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Шаги 3.10-3.11 имеют решающее значение; выступать с мастерством и ловкостью.
  12. Используйте ножницы, чтобы обрезать правое предсердие (темная доля в левом верхнем углу сердца). Выключите поток изофлурана к дыхательному аппарату.
  13. Держите сердце устойчивым щипцами. Скосом иглы бабочки лицом вверх проткните левый желудочек, сохраняя иглу на одном уровне и параллельно животному.
  14. Удерживайте иглу на месте, включите насос и перфьмин не менее 30 мл раствора физиологического раствора / гепарина до тех пор, пока жидкость, выходящая из сердца, не станет непрозрачной, а печень и легкие не бледнеют по цвету.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Шаги 3.13-3.14 имеют решающее значение; выступать с мастерством и ловкостью.
  15. Выключите насос, извлеките иглу и перенесите мышь в область рассечения.

4. Рассечение

  1. Используя большие хирургические ножницы, обезглавить голову.
  2. Вырежьте мех от затылка до глаз. Очистите кожу обратно, чтобы обнажить череп.
  3. Зажмите череп между глазами. Сделайте два разреза в задней части черепа, в положении «10» и «2 часа», затем сделайте один длинный разрез (держите кончики вверх, чтобы не повредить мозг) вдоль средней сагиттальной линии черепа до первоначального разреза между глазами.
  4. Используйте щипцы, чтобы отклеить две половины черепа в стороны. Используйте шпатель, чтобы удалить мозг и поместить его в 60-миллиметровую стеклянную чашку Петри на льду, наполненную холодным D-PBS (рисунок 1).
  5. Используйте скальпель или бритву, чтобы отделить каждое полушарие. Затем удаляют обонятельные луковицы и мозжечок.
  6. Используйте щипцы, чтобы удалить средний мозг до тех пор, пока гиппокамп не будет открыт.
  7. Закрепите мозг щипцами. Используя второй набор щипцов, осторожно дразните гиппокамп из каждого полушария и перенесите оба гиппокампа в меченую трубку объемом 1,5 мл, содержащую холодный D-PBS.
  8. Поместите пробоотборник, содержащий два гиппокампа от мыши, на лед.

5. Подготовьте ферментную смесь 1 и 2 для каждого образца

ПРИМЕЧАНИЕ: Для объемов более 2 мл используйте серологическую пипетку объемом 10 мл; для объемов 200 мкл-2 мл используйте пипетку 1000 мкл; для объемов, 21-199 мкл, используйте пипетку 200 мкл; для объемов, 2-20 мкл, используйте пипетку 20 мкл; для объемов менее 2 мкл используйте пипетку 0-2 мкл.

  1. Для каждого образца разморозьте по одной аликвоте фермента Р и фермента А при комнатной температуре.
  2. Для ферментной смеси 1 соедините 50 мкл фермента P и 1900 мкл буфера Z в меченой C-трубке (Таблица материалов).
  3. Для смеси ферментов 2 добавьте 20 мкл буфера Y к размороженной 10-мкл аликвоте фермента А.

6. Протокол диссоциации мозга взрослогочеловека 17

ПРИМЕЧАНИЕ: При работе с образцами трубки должны быть помещены в трубную стойку при комнатной температуре, в то время как BSA и D-PBS остаются на льду, если не указано иное.

  1. Включите диссоциатор.
  2. Используйте щипцы для переноса кусочков ткани гиппокампа в трубку С.
  3. Переложите 30 мкл смеси ферментов 2 в трубку C. Поверните колпачок до тех пор, пока не почувствуется напряжение, затем затяните, пока он не щелкнет.
  4. Поместите трубку C вверх ногами в положение диссоциатора; образцу будет присвоен статус Selected (рисунок 2). Закрепите нагреватель над трубкой C.
  5. Нажмите значок папки, выберите Папка Избранное , прокрутите до и выберите 37C_ABDK_02 программу. Нажмите OK , чтобы применить программу ко всем выбранным трубкам C, затем нажмите «Пуск» (рисунок 2).
  6. Нанесите этикетку на одну коническую пробирку объемом 50 мл на образец.
  7. Поместите клеточный ситечко 70 мкм на каждую коническую трубку объемом 50 мл и смочите 2 мл буфера BSA.
  8. По завершении программы снимите нагреватель и трубку С из диссоциатора.
  9. Добавьте 4 мл буфера BSA к образцу и нанесите смесь на клеточный ситечко на конической пробирке объемом 50 мл.
  10. Добавьте 10 мл D-PBS в трубку C, закройте ее и осторожно закрутите раствор. Нанесите его на клеточный ситечко на конической трубке объемом 50 мл.
  11. Выбросьте клеточный ситечко и трубку C. Центрифугировать суспензию при 300 х г в течение 10 мин при 4 °C. Затем аспирируйте и выбросьте супернатант.

7. Удаление мусора

  1. Повторно суспендировать гранулу с 1550 мкл холодного D-PBS и перенести суспензию в меченую коническую трубку объемом 15 мл.
  2. Добавьте 450 мкл холодного раствора для удаления мусора и пипетку вверх и вниз (не вихрь).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Раствор для удаления мусора является реагентом в коммерческом наборе для диссоциации взрослого Брайана17.
  3. Аккуратно наложите 1 мл холодного D-PBS поверх клеточной суспензии, удерживая наконечник у стенки конической трубки. Повторять до тех пор, пока общее наложение не составит 2 мл.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Этот шаг имеет решающее значение; выступать с мастерством и ловкостью.
  4. Центрифуга при 3000 x g в течение 10 мин при 4 °C с полным ускорением и полным торможением.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Если фазы четко не разделены, повторите шаги 7.2-7.3. Центрифуга конечное время при 1000 х г в течение 10 мин при 4 °C.
  5. Теперь суспензия должна состоять из трех отдельных слоев (рисунок 3). Аспирировать самый верхний слой. Проведите кончик пипетки вперед и назад, чтобы аспирировать белый средний слой. Удалите как можно больше среднего слоя, не нарушая самый нижний слой.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Этот шаг имеет решающее значение; выступать с мастерством и ловкостью.
  6. Добавьте 2 мл холодного D-PBS и пипетку вверх и вниз, чтобы перемешать.
  7. Центрифуга при 1000 x g в течение 10 мин при 4 °C с полным ускорением и полным торможением. Аспирировать и выбросить супернатант. Повторно суспендировать гранулу в 1 мл буфера BSA.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Клетки могут быть повторно суспендированы в соответствующем буфере, а затем магнитно маркированы и изолированы в рамках подготовки к секвенированию одиночных клеток на этом этапе.

8. Количество ячеек

  1. Выполнять подсчет ячеек в соответствии с протоколом производителя доступного счетчика ячеек (один из вариантов указан в Таблице материалов)

9. Живое/мертвое пятно

  1. Центрифуга оставшихся 900 мкл (от 7,7) при 1000 х g в течение 10 мин при 4 °C с полным ускорением и полным торможением.
  2. Пока образец вращается, маркируйте одну проточную трубку на образец и оберните ее в фольгу, чтобы ограничить воздействие света.
  3. Аспирировать и выбросить супернатант.
  4. Повторно суспендировать гранулу в 50 мкл разбавленного живого/мертвого пятна (предварительно приготовленного).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Этот шаг должен выполняться при слабом освещении. Выключите верхний свет в комнате, чтобы достичь этого.
  5. Переложите каждый образец в соответствующую маркированную проточную трубку и инкубируйте при комнатной температуре в течение 8-10 мин в темноте (например, ящик или коробку).
  6. Добавьте 500 мкл буфера BSA и центрифуги при 1000 x g в течение 10 мин при 4 °C с полным ускорением и полным торможением.
  7. Аспирировать и выбросить супернатант.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Гранула может быть не видна; оставьте небольшое количество буфера, чтобы непреднамеренно не аспирировать гранулу. Клетки могут быть повторно суспендированы в соответствующем буфере, заблокированы и окрашены клеточно-специфическими антителами в этот момент. Пример протокола18 см. в дополнительном файле 1.

10. Фиксация (опционально)

  1. Повторно суспендировать гранулы в 200 мкл 1% PFA (предварительно приготовленные). Инкубировать в течение 15 мин при 4 °C.
  2. Промыть, добавив 500 мкл D-PBS и центрифугу при 300 х г в течение 10 мин при 4 °C.
  3. Аспирировать супернатанта.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Гранула может быть не видна; оставьте небольшое количество буфера, чтобы непреднамеренно не аспирировать гранулу.
  4. Повторно суспендировать гранулу в 200 мкл D-PBS и хранить при 4 °C до 3 дней.

11. Проточная цитометрия

  1. Наклейте крышки фильтров на новые трубки.
  2. Используя пипетку объемом 1 мл, пипетка каждого образца помещается на крышку фильтра.
  3. Центрифуга ненадолго при 200 x g при 4 °C, что позволяет центрифуге достигать 200 x g до остановки пробега.
  4. Приступайте к проточной цитометрии керна для последующего анализа.

Результаты

Образцы обрабатывали проточным цитометром на стержневом объекте, а полученные данные оценивали с помощью программного пакета для анализа потока. Ранее анализировались компенсационные элементы управления — живое/мертвое пятно и отрицательный контроль. Если используется несколько ф?...

Обсуждение

Несколько шагов в этом протоколе нейронной диссоциации требуют профессиональной техники и ловкости — перфузии, аспирации супернатанта и удаления миелина. На протяжении всего процесса перфузии внутренние органы должны оставаться нетронутыми (кроме удаления диафрагмы и купирования с...

Раскрытие информации

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

Мы благодарим Эйми Роджерс за практическое обучение и постоянную поддержку продукта. Мы благодарим д-ра Аманду Берк за продолжающееся устранение неполадок и прояснение обсуждений. Мы благодарим Мередит Йохейм и UAMS Science Communication Group за грамматическое редактирование и форматирование этой рукописи. Это исследование было поддержано NIH R25GM083247 и NIH 1R01CA258673 (A.R.A).

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
1.5 mL Microcentrifuge TubesFisher Scientific02-682-003Basix, assorted color
15 mL Falcon TubesBecton Dickinson Labware Europe352009Polystyrene
25 mL Serological PipetsFisher Scientific14-955-235
5 mL Round Bottom Polystyrene Test TubeFalcon352052
500 mL Vacuum Filter/ Storage Bottle SystemCorning431097
70 μm cell strainerFisher Scientific08-771-2
Adult Brain Dissociation KitMiltenyi Biotec 130-107-677Contains Enzyme P, Buffer Z, Buffer Y, Enzyme A, Buffer A, Debris Removal Solution
Aluminum FoilFisher Scientific01-213-105
Anti-ACSA-2-PE-Vio770, mouse, clone REA969Miltenyi Biotec130-116-246
Anti-Myelin Basic ProteinSigma-AldrichM3821-100UG
Anti-PSA-NCAM-PE, human, mouse and rat, Clone 2-2BMiltenyi Biotec130-117-394
BD LSRFortessaBD
BSASigma-AldrichA7906-50G
CD11b-VioBlue, mouse, Clone REA592Miltenyi Biotec130-113-810
CD31 AntibodyMiltenyi Biotec130-111-541
Ceramic Hot Plate StirrerFisher Scientific11-100-100SH
Dimethyl SulfoxideFisher ScientificBP231-100
EthanolPharmco by Greenfield Global111000200
Falcon 50 mL Conical Centrifuge TubesFisher Scientific14-432-22
Fine Scissors - SharpFine Science Tools14060-09Perfusion
FlowJoBD(v10.7.0)
gentleMACS C TubesMiltenyi Biotec130-093-237
gentleMACS Octo Dissociator with HeatersMiltenyi Biotec130-096-427
Gibco DPBS (1X)ThermoFisher Scientific14190144
Glass BeakerFisher Scientific02-555-25A
Heparin sodiumFresenius Kabi504011
LIVE/DEAD Fixable Aqua Dead Cell Stain KitThermoFisherL34965
Magnetic Stir BarFisher Scientific14-513-51
Noyes Spring ScissorsFine Science Tools15012-12Dissection
ParaformaldehydeSigma-Aldrich441244-3KGPrilled, 95%
Pipette tips GP LTS 20 µL 960A/10Rainin30389270
Pipette Tips GP LTS 250 µL 960A/10Rainin30389277
Pipette tips RT LTS 1000 µL FL 768A/8Rainin30389213
Rainin Pipet-Lite XLS (2, 20, 200, 1000 μL)Rainin30386597
RBXMO FITC XADSFisher ScientificA16167
Round Ice Bucket with LidFisher Scientific07-210-129
Round-Bottom Tubes with Cell Strainer CapFalcon100-0087
S1 Pipet FillersThermoFisher Scientific9541
Spatula & ProbeFine Science Tools10090-13Dissection & Perfusion
Surflo Winged Infusion Set 23 G x 3/4"TermunoSV-23BLKButterfly needle
Test Tube RackFisher Scientific14-809-37
Thermo Scientific Legend XTR CentrifugeThermoFisherdiscontinuedOr other standard table top centrifuge
Variable-Flow Peristaltic PumpFisher Scientific13-876-2Low-flow model
VetFlo Starter Kit for MiceKent ScientificVetFlo-MSEKITAnesthesia mask, tubing, induction chamber, charcoal canisters
VetFlo Vaporizer Single Channel Anesthesia SystemKent ScientificVetFlo-1210S0.2–4 LPM
Vi-CELL XR Cell Viability AnalyzerBeckman Coulter Life Sciences731196Cell Counting
Vi-CELL XR 4 Bags of Sample VialsBeckman Coulter Life Sciences383721Cell Counting

Ссылки

  1. Andersen, P., Morris, R., Amaral, D., Bliss, T., O'Keefe, J. . The Hippocampus Book. , (2007).
  2. Kempermann, G., Kuhn, H. G., Gage, F. H. Genetic influence on neurogenesis in the dentate gyrus of adult mice. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 94, 10409-10414 (1997).
  3. Zhao, C., Deng, W., Gage, F. H. Mechanisms and Functional Implications of Adult Neurogenesis. Cell. 132, 645-660 (2008).
  4. Kempermann, G., Song, H., Gage, F. H. Neurogenesis in the adult hippocampus. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 7, 018812 (2015).
  5. Bond, A. M., Ming, G. L., Song, H. Adult mammalian neural stem cells and neurogenesis: Five decades later. Cell Stem Cell. 17, 385-395 (2015).
  6. Sato, K. Effects of microglia on neurogenesis. Glia. 63, 1394-1405 (2015).
  7. Mu, Y., Lee, S. W., Gage, F. H. Signaling in adult neurogenesis. Current Opinion in Neurobiology. 20, 416-423 (2010).
  8. Fares, J., Diab, Z. B., Nabha, S., Fares, Y. Neurogenesis in the adult hippocampus: history, regulation, and prospective roles. International Journal of Neuroscience. 129, 598-611 (2018).
  9. Tosun, M., Semerci, F., Maletic-Savatic, M. Heterogeneity of stem cells in the hippocampus. Advances in Experimental Medicine and Biology. 1169, 31-53 (2019).
  10. Abbott, L. C., Nigussie, F. Adult neurogenesis in the mammalian dentate gyrus. Journal of Veterinary Medicine Series C: Anatomia Histologia Embryologia. 49, 3-16 (2020).
  11. Rodrigues, G. M., Fernandes, T. G., Rodrigues, C. A., Cabral, J. M., Diogo, M. M. Purification of human induced pluripotent stem cell-derived neural precursors using magnetic activated cell sorting. Methods in Molecular Biology. 1283, 137-145 (2015).
  12. Ko, I. K., Kato, K., Iwata, H. Parallel analysis of multiple surface markers expressed on rat neural stem cells using antibody microarrays. Biomaterials. 26, 4882-4891 (2005).
  13. Jager, L. D., et al. Effect of enzymatic and mechanical methods of dissociation on neural progenitor cells derived from induced pluripotent stem cells. Advances in Medical Sciences. 61 (1), 78-84 (2017).
  14. Volovitz, I., et al. A non-aggressive, highly efficient, enzymatic method for dissociation of human brain-tumors and brain-tissues to viable single-cells. BMC Neuroscience. 17, 1-10 (2016).
  15. Adult brain dissociation kit: mouse and rat. Miltenyi Biotec Available from: https://www.miltenyibiotec.com/upload/assets/IM0011920.pdf (2020)
  16. Cell surface flow cytometry staining protocol. Miltenyi Biotec Available from: https://www.miltenyibiotec.com/US-en/applications/all-protocols/cell-surface-flow-cytometry-straining-protocol-pbs-bsa-1-50.html (2021)
  17. Finak, G., Jiang, W., Gottardo, R. CytoML for cross-platform cytometry data sharing. Cytometry Part A: The Journal of the International Society for Analytical Cytology. 93, 1189-1196 (2018).
  18. Turaç, G., et al. Combined flow cytometric analysis of surface and intracellular antigens reveals surface molecule markers of human neuropoiesis. PLoS One. 8, 1-14 (2013).
  19. Schwarz, J. M. Using fluorescence activated cell sorting to examine cell-type-specific gene expression in rat brain tissue. Journal of Visualized Experiments: JoVE. (99), e52537 (2015).
  20. Brummelman, J. application and computational analysis of high-dimensional fluorescent antibody panels for single-cell flow cytometry. Nature Protocols. 14, 1946-1969 (2019).
  21. Recommended controls for flow cytometry. Abcam Available from: https://www.abam.com/protocols/recommended-conntrols-for-flow-cytometry (2021)
  22. . Fixing cells with paraformaldehyde (PFA) for flow cytometry Available from: https://flowcytometry.utoronto.ca/wp-content/uploads/2016/02/FixingCells_PFA.pdf (2021)
  23. Stewart, J. C., Villasmil, M. L., Frampton, M. W. Changes in fluorescence intensity of selected leukocyte surface markers following fixation. Cytometry Part A: The Journal of the International Society for Analytical Cytology. 71, 379-385 (2007).
  24. Armand, E. J., Li, J., Xie, F., Luo, C., Mukamel, E. A. Single-cell sequencing of brain cell transcriptomes and epigenomes. Neuron. 109, 11-26 (2021).
  25. Ho, H., et al. A guide to single-cell transcriptomics in adult rodent brain: The medium spiny neuron transcriptome revisited. Frontiers in Cellular Neuroscience. 12, 1-16 (2018).
  26. Li, L., et al. Novel technologies in studying brain immune response. Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2021, 6694566 (2021).
  27. Liu, H., et al. DNA methylation atlas of the mouse brain at single-cell resolution. bioRxiv. , (2020).
  28. Mattei, D., et al. Enzymatic dissociation induces transcriptional and proteotype bias in brain cell populations. International Journal of Molecular Sciences. 21, 1-20 (2020).
  29. Liu, L., et al. Dissociation of microdissected mouse brain tissue for artifact free single-cell RNA sequencing. STAR Protocols. 2 (2), 100590 (2021).
  30. Delmonte, O. M., Fleisher, T. A. Flow cytometry: Surface markers and beyond. The Journal of Allergy and Clinical Immunology. 143, 528-537 (2019).
  31. O'Connor, J. E., et al. The relevance of flow cytometry for biochemical analysis. IUBMB Life. 51, 231-239 (2001).
  32. Menon, V., Thomas, R., Ghale, A. R., Reinhard, C., Pruszak, J. Flow cytometry protocols for surface and intracellular antigen analyses of neural cell types. Journal of Visualized. Experiments. (94), e52241 (2014).

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

176

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Исследования

Образование

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены