Применение неконтролируемого мультиомного факторного анализа для выявления закономерностей вариаций и молекулярных процессов, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями

Резюме

Мы представляем гибкий, расширяемый рабочий процесс на основе Jupyter-lab для неконтролируемого анализа сложных мультиомных наборов данных, который сочетает в себе различные этапы предварительной обработки, оценку модели мультиомного факторного анализа и несколько последующих анализов.

Аннотация

Механизмы заболевания обычно сложны и регулируются взаимодействием нескольких различных молекулярных процессов. Сложные, многомерные наборы данных являются ценным ресурсом для получения более подробной информации об этих процессах, но анализ таких наборов данных может быть сложным из-за высокой размерности, возникающей, например, в результате различных состояний заболевания, временных точек и омиксов, фиксирующих процесс с разным разрешением.

В этой статье мы демонстрируем подход к анализу и исследованию такого сложного мультиомного набора данных без учителя путем применения мультиомического факторного анализа (MOFA) к набору данных, созданному из образцов крови, которые отражают иммунный ответ при острых и хронических коронарных синдромах. Набор данных состоит из нескольких анализов с различным разрешением, включая данные цитокинов на уровне образца, плазмо-протеомику и прайм-секвенирование нейтрофилов, а также данные РНК-секвенирования одиночных клеток (scRNA-seq). Еще больше усложняется тем, что для каждого пациента измеряется несколько разных временных точек, а также несколько подгрупп пациентов.

Рабочий процесс анализа описывает, как интегрировать и анализировать данные в несколько этапов: (1) предварительная обработка и гармонизация данных, (2) оценка модели MOFA, (3) последующий анализ. В шаге 1 описывается, как обрабатывать признаки различных типов данных, отфильтровывать признаки низкого качества и нормализовать их для гармонизации их распределений для дальнейшего анализа. На шаге 2 показано, как применить модель MOFA и изучить основные источники дисперсии в наборе данных по всем омикам и признакам. На шаге 3 представлено несколько стратегий для последующего анализа захваченных паттернов, связывающих их с заболеваниями и потенциальными молекулярными процессами, управляющими этими состояниями.

В целом, мы представляем рабочий процесс для неконтролируемого исследования сложных мультиомиксных наборов данных, чтобы обеспечить идентификацию основных осей вариации, состоящих из различных молекулярных особенностей, которые также могут быть применены к другим контекстам и мультиомиксным наборам данных (включая другие анализы, представленные в примере использования).

Введение

Механизмы заболевания обычно сложны и регулируются взаимодействием нескольких различных молекулярных процессов. Расшифровка сложных молекулярных механизмов, которые приводят к конкретным заболеваниям или управляют эволюцией болезни, является задачей с высокой медицинской значимостью, поскольку она может открыть новые идеи для понимания и лечения заболеваний.

Последние технологические достижения позволяют измерять эти процессы с более высоким разрешением (например, на уровне отдельных клеток) и в то же время на различных биологических уровнях (например, ДНК, мРНК, доступность хроматина, метилирование ДНК, пр....

протокол

1. Подготовка: Техническая настройка и монтаж

ПРИМЕЧАНИЕ: Чтобы запустить эту программу, на устройстве должны быть предустановлены wget, git и Apptainer. Инструкция по установке Apptainer на разные системы (Linux, Windows, Mac) приведена здесь: https://apptainer.org/docs/admin/main/installation.html. Информацию об установке git можно найти здесь: https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git. В зависимости от размера различных входных наборов данных рекомендуется запускать рабочий процесс на подходящем компьютере (16 ЦП, 64 ГБ памяти). Дымовой тест с предоставленными примерами....

Результаты

После успешного выполнения рабочего процесса создается несколько таблиц и рисунков, как показано на рисунке 2. Рисунки помещаются в папку /figures (Рисунок 6, Рисунок 7, Рисунок 8, Дополнительный .......

Обсуждение

С помощью описанного протокола представлен модульный и расширяемый рабочий процесс на основе Jupyter-notebook, который можно использовать для быстрого изучения сложного мультиомного набора данных. Основные части рабочего процесса состоят из предварительной обработки и га.......

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
Apptainer	NA	NA	https://apptainer.org/docs/admin/main/installation.html
Compute server or workstation or cloud  (Linux, Mac or Windows environment). Depending on the size of the different input datasets we recommend running the workflow on a suitable machine (in our setting we use: 16 CPU, 64GB Memory)	Any manufacturer	16 CPU, 64GB Memory	Large Memory is only required for the processing of the raw single cell data. After preprocessing the later analysis steps can also be performed on regular desktop or laptop computers
git	NA	NA	https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git
GitHub	GitHub	NA	https://github.com/heiniglab/mofa_workflow