Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
cLC-SRM olarak adlandırılan sıvı kromatografisi (LC) - seçilmiş reaksiyon izleme (SRM) ile birleştirilmiş bir protein taşıyıcı destekli tek kap numune hazırlama, tek hücreler de dahil olmak üzere az sayıda hücrenin çoğullanmış hedefli proteomik analizi için uygun bir yöntemdir. Hedeflenen miktar tayini için taşıyıcı olarak aşırı eksojen protein ve yüksek özgüllüklü LC-SRM kullanılmasından yararlanır.
Az sayıda insan hücresinin protein analizi, öncelikle, doğal sınırlamaları olan (örneğin, düşük multipleks ve yeni proteinler için antikorların bulunmaması) antikor bazlı immünolojik testlerle hedeflenen proteomiklerle elde edilir. Kütle spektrometresi (MS) tabanlı hedefe yönelik proteomikler, antikor içermeyen, yüksek multipleks ve yüksek özgüllük ve kantitasyon doğruluğuna sahip olması nedeniyle bir alternatif olarak ortaya çıkmıştır. MS enstrümantasyonundaki son gelişmeler, tek hücrelerde yüksek miktarda bulunan proteinlerin çoğullanmış miktar tayini için MS tabanlı hedefli proteomikleri mümkün kılmaktadır. Bununla birlikte, MS analizi için minimum numune kaybıyla tek hücrelerin etkili bir şekilde işlenmesi için teknik bir zorluk vardır. Bu sorunu çözmek için, yakın zamanda, az sayıda insan hücresinin hedefli proteomik analizi için cLC-SRM olarak adlandırılan sıvı kromatografisi (LC) - seçilmiş reaksiyon izleme (SRM) ile birleştirilmiş uygun bir protein taşıyıcı destekli tek kap numune hazırlama geliştirdik. Bu yöntem, yüzey adsorpsiyon kayıplarını büyük ölçüde azaltmak için bir taşıyıcı olarak kombine aşırı eksojen proteinin ve düşük hacimli tek kap işlemenin yanı sıra, ekzojen taşıyıcı proteinin eklenmesi nedeniyle artan dinamik konsantrasyon aralığını etkili bir şekilde ele almak için yüksek özgüllüklü LC-SRM'nin kullanılmasından yararlanır. Faydası, az sayıda hücrede (örneğin, 10-100 hücre) orta derecede bol proteinlerin ve tek hücrelerde yüksek miktarda bulunan proteinlerin doğru bir şekilde ölçülmesiyle gösterilmiştir. Uygulaması kolay özellikler ve belirli cihazlara ihtiyaç duyulmaması, bu yöntemi çoğu proteomik laboratuvarı için kolayca erişilebilir hale getirir. Burada, hücre sıralama, hücre lizisi ve sindirimi, LC-SRM analizi ve veri analizi dahil olmak üzere az sayıda insan hücresinin cLC-SRM analizi için ayrıntılı bir protokol sağladık. Hedeflenen tek hücreli proteomik analize yönelik olarak algılama hassasiyeti ve numune veriminde daha fazla iyileştirmeye ihtiyaç vardır. cLC-SRM'nin, hassas tıbbı kolaylaştırma potansiyeli ile biyomedikal araştırmalara ve sistem biyolojisine geniş çapta uygulanacağını tahmin ediyoruz.
Genomikteki son teknolojik gelişmeler (transkriptomik), tek hücrelerdegenomun (transkriptom) kapsamlı ve kesin analizine izin verir 1,2,3. Bununla birlikte, tek hücreli proteomik teknolojiler çok geride kalmaktadır, ancak genomik (transkriptomik) teknolojiler kadar önemlidir 4,5,6,7,8. Ayrıca, protein bolluğu mutlaka mRNA bolluğu9'dan çıkarılamaz ve proteom, transkriptom10'dan daha karmaşık ve dinamiktir. Bu zorluklar göz önüne alındığında, kapsamlı proteom verileri oluşturmak için genellikle çok sayıda karışık hücre popülasyonu (yani toplu hücreler) kullanılır 11,12,13. Bununla birlikte, bu tür toplu ölçümler, tek tek hücrelerin stokastik varyasyonlarının ortalamasını alır, bu nedenle önemli hücreden hücreye değişkenliği (yani hücre heterojenliğini) gizler4,14. Bu tür toplu ölçümlerin sınırlamaları, ilgilenilen hücreler toplam hücre popülasyonlarının yalnızca küçük bir bölümünü oluşturduğunda (örneğin, erken evre bir kanserdeki tümörler içindeki kanser kök hücreleri) daha da şiddetli hale gelir. Bu nedenle, tek hücreli proteomik ve genomik (transkriptomik) arasında büyük bir bilgi boşluğu vardır.
Antikor bazlı immünolojik testler (ör., akış veya kütle sitometrisi) ağırlıklı olarak tek hücrelerinhedefli proteomik analizi için kullanılır 6,7,15,16,17,18. Bununla birlikte, düşük multipleks, sınırlı özgüllük ve ilgilenilen yeni proteinler için antikorların bulunmamasından muzdariptirler. Kütle spektrometresi (MS) tabanlı hedeflenmiş proteomik, antikor içermemesi, yüksek multipleks (tek bir analizde ≥150 protein19), yüksek kantitasyon doğruluğu (mutlak miktarlar veya konsantrasyonlar) ve yüksek özgüllük ve tekrarlanabilirlik (%≤10 CV) nedeniyle doğru protein miktar tayini için bir alternatif olarak ortaya çıkmıştır20,21,22,23. Numune hazırlamadaki son önemli ilerlemeler, tek insan hücrelerinden yüksek miktarda bulunan proteinlerin kantitatif analizi için MS bazlı tek hücreli proteomikleri mümkün kılmıştır. Bununla birlikte, MS tabanlı tek hücreli proteomik hala erken bebeklik aşamasındadır. Örneğin, ultra düşük akışlı RPLC akış hızlarıyla birleştirilmiş en gelişmiş MS platformu, tek HeLa hücrelerindeki toplam 670 proteinden yalnızca ~870-≥12,000 proteininetiketsiz MS tespitine ve miktar tayinine izin verebilir 24,25.
Şu anda, dördü küresel proteomikler için olmak üzere, tek memeli hücrelerinin analizi için altı MS tabanlı tek hücreli proteomik yaklaşım bulunmaktadır (nanoPOTS: İz Numuneler için Tek Kapta nanowell tabanlı Hazırlama26; iPAD-1: tek hücre analizi için entegre proteom analiz cihazı27; OAD (yağ-hava damlası) çip tabanlı tek hücreli proteomik analiz28; SCoPE-MS: kütle spektrometresi ile tek hücreli proteomikler29) ve diğer ikisi hedeflenen proteomikler içindir (cLC-SRM: taşıyıcı destekli sıvı kromatografisi (LC) - seçilmiş reaksiyon izleme (SRM)30; cPRISM-SRM: SRM31'e bağlı akıllı seçim ve çoğullama ile taşıyıcı destekli yüksek basınç, yüksek çözünürlüklü ayırmalar). Ancak, tüm bu yaklaşımların teknik dezavantajları vardır. nanoPOTS, iPAD-1 ve OAD, numune işleme hacmini 2-200 nL'ye düşürür ve geniş tezgah üstü uygulamalar için hazır değildir 26,27,28. SCoPE-MS için, tek hücreli işlemeden sonra bir TMT (tandem kütle etiketi) taşıyıcısı eklenir, bu nedenle, tek hücreli işleme29 için tek bir tüp kullanıldığında numune işleme sırasında yüzey adsorpsiyon kayıplarını etkili bir şekilde önleyemez, bu da replikatlar arasında yalnızca ~ 0.2-0.4'lük bir korelasyon katsayısı ile düşük tekrarlanabilirlik ile sonuçlanır32. cLC-SRM ve cPRISM-SRM için, taşıyıcı olarak eksojen proteinlerin kullanılması, hedeflenen proteomikler için daha uygundur, çünkü aşırı eksojen proteinlerden elde edilen peptitler sıklıkla MS/MS tarafından dizilenir, bu da düşük bol miktarda endojen peptitlerin dizilenmesi şansını büyük ölçüde azaltır30,31. Bağıl kantitasyon için küresel proteomikten farklı olarak, hedeflenen iki proteomik yaklaşım, bilinen konsantrasyonlarda ağır izotop etiketli iç standartları kullanarak yüksek tekrarlanabilirliğe sahip az sayıda hücrenin doğru veya mutlak protein analizini sağlayabilir. Önceden yüksek çözünürlüklü PRISM fraksiyonlaması gerektiren ve analiz edilmesi gereken birçok fraksiyon numunesi ile sonuçlanan cPRISM-SRM ile karşılaştırıldığında, cLC-SRM, fraksiyonlama olmadan numune veriminde önemli bir avantaja sahiptir ve tek bir analizde yüzlerce proteini aynı anda ölçebilir, ancak nispeten daha düşük algılama hassasiyeti ile30. Bu nedenle, cLC-SRM daha erişilebilirdir ve az sayıda hücrenin yanı sıra kütle sınırlı numunelerin doğru çoğullanmış protein analizi için daha geniş yardımcı programlara sahip olmalıdır.
Burada, tek hücreler de dahil olmak üzere az sayıda insan hücresinin uygun hedefli proteomik analizi için cLC-SRM'yi gerçekleştirmek için ayrıntılı bir protokol açıklıyoruz. Protokol aşağıdaki ana adımlardan oluşur: FACS (floresan ile aktive edilmiş hücre sıralaması) ile hücre sıralaması, düşük hacimli tek polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) tüplerinde işlenen hücre lizisi ve sindirimi, LC-SRM veri toplama ve halka açık Skyline yazılımı kullanılarak SRM veri analizi (Şekil 1). Geniş faydası, 1-100 MCF7 veya MCF10A hücrelerinde EGFR / MAPK yol proteinlerinin mutlak hedefli miktar tayini ve geniş bir dinamik konsantrasyon aralığında hücre başına yol protein kopyalarının belirlenmesi ile daha önce iyi bilinen SRM testlerimizle birlikte gösterilmiştir30. Ayrıntılı protokol ile çoğu proteomik araştırmacısının, proje ihtiyaçlarını karşılamak için ultra küçük numunelerin (örneğin, nadir tümör hücreleri) doğru protein analizi için laboratuvarlarında cLC-SRM'yi kolayca uygulayabileceğini tahmin ediyoruz.
Şekil 1: cLC-SRM'deki tüm adımlara genel bakış (c iquid chromatografi -sseçilmiş reaction monitoring ile birleştirilmiş c arried destekli tek kap numune hazırlama).İnsan dışı hücre lizat sindirimleri (örneğin, Shewanella oneidensis), tüp yüzeyini kaplamak için PCR tüplerini ön işleme tabi tutmak için kullanılır. FACS ile sıralanan az sayıda insan hücresi veya tek hücre, ön işleme tabi tutulmuş PCR tüplerine toplanır. BSA proteini (veya insan olmayan hücre lizatı proteomu) taşıyıcısı, ağır dahili standart (IS) ve TFE (veya DDM), hücre lizizini kolaylaştırmak ve yüzey adsorpsiyon kayıplarını azaltmak için numune tüplerine sırayla eklenir. Kavramsal olarak, birleşik DDM ve insan olmayan hücre lizat proteom taşıyıcısı, cLC-SRM için iyi çalışacaktır. Hücre lizisi sonikasyon ile gerçekleştirilir ve protein denatürasyonu yüksek sıcaklıkta ısıtılarak elde edilir. DTT ve IAA reaktifleri sırasıyla redüksiyon ve alkilasyon için kullanılır (bu adım isteğe bağlıdır). Tripsin, standart tripsin sindirimi için olandan çok daha yüksek protein miktarı üzerinde tripsin oranları ile sindirim için eklenir. Numune tüpünün kapağı çıkarılır ve daha sonra PCR tüpü doğrudan LC-SRM analizi için LC şişesine yerleştirilir. Toplanan SRM verileri, halka açık Skyline yazılımı kullanılarak analiz edilir. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
NOT: Adım adım cLC-SRM analizi Şekil 1'de gösterilmiştir.
1. PCR tüplerinin ön tedavisi
2. FACS sıralama
3. Protein taşıyıcısı, ağır iç standartlar ve TFE'nin eklenmesi
4. Hücre lizisi ve protein denatürasyonu
5. İndirgeme ve alkilasyon (isteğe bağlı)
6. Tripsin sindirimi
7. Doğrudan LC-SRM analizi için hazırlık
8. LC-SRM analizi
9. Veri Analizi
Küçük miktarlarda MCF7 hücre lizatları (5-200 hücreye eşdeğer 0.5-20 ng) ilk olarak EGFR / MAPK yol proteinlerinin hedeflenen miktar tayini ile cLC-SRM'nin performansını değerlendirmek için kullanıldı, çünkü bunlar daha az varyasyonla daha homojendir ve FACS'a göre sıralanan az sayıda hücreye kıyasla. Şekil 2A'da gösterildiği gibi, XIC'ler, MCF7 hücresi34 başına ~220.000 kop...
cLC-SRM, tek hücreler de dahil olmak üzere az sayıda hücrenin doğru çoğullanmış protein analizini sağlayan uygun bir hedefli proteomik yöntemdir. Bu yöntem, hücre toplama, çok aşamalı hücre lizisi ve sindirimi ve peptit sindirimlerinin MS analizi için kılcal LC kolonuna aktarılması dahil olmak üzere tüm adımların tek bir kapta (örneğin, tek tüp veya tek kuyucuk) gerçekleştirildiği protein taşıyıcı destekli tek kap numune hazırlamadan yararlanır (
Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.
Bu çalışma NIH Grant R21CA223715 (TS) ve UG3CA256967 (TS ve HL) tarafından desteklenmiştir. Burada açıklanan deneysel çalışma, DE-AC05-76RL0 1830 Sözleşmesi kapsamında Amerika Birleşik Devletleri Enerji Bakanlığı tarafından desteklenen ulusal bir bilimsel kullanıcı tesisi olan Pasifik Kuzeybatı Ulusal Laboratuvarı, Çevresel Moleküler Bilimler Laboratuvarı'nda gerçekleştirilmiştir.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
2 mL glass LC vial | Microsolv | 9502S-WCV | Vessel to hold PCR tube for autosample injection |
BSA | Sigma-Aldrich | P0834-10×1mL | Carrier protein for greatly reducing surface adsorption losses |
DTT | Thermo Scientific | A39255 | Reagent for reduction |
Formic acid | Thermo Scientific | 28905 | Reagent for stopping enzyme reaction |
IAA | Thermo Scientific | A39271 | Reagent for alkylation |
Peptide internal standards | New England peptide | Targeted quantification of EGFR/MAPK pathway proteins | |
RT-PCR tube | GeneMate Bioexpress | T-3035-1 | 0.2 mL PCR tube for one-pot sample preparation |
Skyline software | University of Washington | Publicly available for SRM data analysis | |
Sonicator | Hielscher Ultrasound Technology | UTR200 | Sonication on ice for cell lysis |
Speed Vac concentrator | Thermo Scientific | Reduction of the percentage of TFE for effective trypsin digestion | |
TFE | Sigma-Aldrich | 18370-10×1mL | 60% TFE for cell lysis |
Thermocycler w/ heated lid | Peltier Thermal Cycler | PTC-200 | Heating for protein denaturation |
Trypsin Gold | Promega | V528A | Enzyme for protein digestion |
Waters BEH C18 column | Waters | C18 column for peptide separation |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır