Başlamak için, mikroskobun görüntü yakalama yazılımını başlatın. Fare kalbinin tamamını kaplamak için gereken döşeme sayısını hesaplayın. Birinci döşemeden başlayarak kalbin görüntülerini yakalayın.
Tüm kalp kaplanana kadar ardışık karolar arasında %10'luk bir örtüşme ile kalan karoların görüntülerini sırayla yakalayın. Şimdi, BigStitcher eklentisini açın ve gerekli tüm döşemeleri görüntü dosyası dizini aracılığıyla içe aktarın. Veri kümesini bir HDF5 dosyası olarak kaydedin.
Döşemeleri düzenlemek için döşemeyi normal ızgara işleviyle taşıyın. Ardından kalbi hareket ettirmek için kullanılan deseni seçin ve her döşeme arasında %10'luk bir örtüşme seçin. Dikiş sihirbazı seçeneğini kullanarak döşemeleri dikin.
Dikilen verileri dışa aktarmak için görüntü füzyonunu kullanarak bir TIFF dosyası oluşturun. Numunenin çoklu görünüm evrişimini gidermek için. Kalp boyunca çoklu görünüm rekonstrüksiyonunun görüntü kaydı için floresan boncuklar kullanın.
Aydınlatılmış bölümden fare kalbinin sıralı görüntülerini yakalamak için kalp aksamını algılama ekseni boyunca tarayın. Birden çok açıdan sonraki yığınları yakalamak için fare kalbini Y ekseni boyunca 60 derece döndürün. Ardından BigStitcher eklentisini açın ve tüm görüntüleri görüntü dosyası dizini aracılığıyla içe aktarın.
Veri kümesini bir HDF5 dosyası olarak kaydedin. İlgi Alanlarını Tespit Et'i seçin ve kayıt için ilgilenilen boncukları manuel olarak seçin. Kayıt için ince dönüştürme modelini seçin ve PSF'yi tüm görünümlere atayın.
Çoklu Görünüm Evrişimini Çöz'e tıklayın ve yineleme türünü Verimli Bayesian olarak seçin. İterasyon sayısını 10 olarak tanımlayın ve uygulayın. Son olarak, bir TIFF dosyasını dışa aktarmak için görüntü birleştirmeye tıklayın.
Çoklu görünüm evrişim çözme yöntemi, 15 saatlik hesaplamadan sonra izotropik çözünürlüğe yakın bir çözünürlük elde etti. ETL tabanlı aksiller süpürülmüş ışık tabakası mikroskobu, odak dışı arka planı en aza indirebildi ve görüntü kontrastını artırdı. Dikişin eksenel olarak süpürülmüş ışık tabakası mikroskobu ile entegrasyonu, sekiz haftalık bir fare kalbinin tamamının tek tip çözünürlükle kaplanmasına izin verdi.
