Michaela Hall, Larissa Bispo ve Teknik Yardım Gustavo Tavares teşekkürler.

Çiğ veya hafifçe pişirilir Gıda insan sağlığı için en endişe vardır. Örnekler salata sebze, meyve, kabuklu deniz ürünleri ve kabuklular yer alıyor. 1. Örnek Toplama <ol><li> Kontaminasyonu en aza indirmek koşullarda örnekleri toplamak ve taşıma sırasında ayrı, temiz torbalar içinde saklanan. Toplanan sonra, numuneler 4 ° C&#39;de saklandı ve 24 saat içinde işleme tabi tutulmalıdır. </li></ol> 2. Zenginleştirilmiş Kültür Hazırlık <ol><li> Meyve ve sebzeler: <ol><li> Dayanıklı bir plastik torba içinde malzemenin, yaklaşık 10 g yerleştirin. Daha büyük malzeme işleme durumunda, meyve veya sebze cilt üzerinde yoğunlaşırlar. 30 sn için bir kanatlı karıştırıcı içinde 90 ml 0.1 M sodyum fosfat tamponu, pH 7.0 ve işlem ekleyin. Bir kanatlı karıştırıcı mevcut değildir Alternatif olarak, malzemenin elle çalkalanır edilebilir. </li><li> Iki adet 50 ml Falcon tüpler içine sıvı toplayın. Pelet bakteri 7 dakika boyunca 4.000 xg&#39;de santrifüj tüplerine. </li&gt; <li> Dikkatle steril Luria Bertani (LB) suyu 30 ml pelet bakteri süpernatant kaldırmak ve askıya. </li><li> 37 ° C sıcaklıkta başka 25 ° C de bir tüp tutarak ve bir çalkalayıcı O / N üzerinde inkübe edin. Kültürler dakikada 200 salınım (OPM) de çalkalanmalıdır. 4 ° C&#39;de saklayın kültürleri kadar gerekli. </li></ol></li><li> Deniz ürünleri: <ol><li> Steril forseps ve cımbız kullanarak mide (istiridye) ya da sindirim sistemi (karides) inceleyin ve 0.1 M sodyum fosfat tamponu, pH 7.0 200 ul içeren steril 1.5 ml tüp içine yerleştirin. Bir Homojenat oluşturmak için örnek ıslatarak yumuşatmak. </li><li> Iki steril 5 ml tüpler içine LB suyu 5 ml koyun ve deniz homojenatı ile zerk. </li><li> 25 ° C&#39;de ve diğer 37 ° C&#39;de bir tüp tutarak, bir çalkalayıcı, O / N üzerinde inkübe edin. Kültürler 200 orijinale de çalkalanmalıdır. 4 ° C&#39;de saklayın kültürleri kadar gerekli. </li></ol></li></ol> Integron 3. Tarama Kültürleri MgCI2 konsantrasyonu. Gerekirse, Lorenz (2011) 24, bu derginin bir önceki sayısında PCR optimizasyon ve sorun giderme yöntemleri sıraladı. <ol><li> Haşlanmış DNA hazırlığı: <ol><li> Steril 0.5ml PCR tüpüne zenginleştirilmiş kültür, 100 ul koyun. Bir su banyosu ya da ısıtma bloğu kullanılarak, 10 dakika boyunca 99 ° C&#39;ye kadar örnek ısıtın. 2 dakika boyunca buzda çekin. </li><li> 5 dakika için 14,000 x g&#39;de Mikrosantrifüj hücre yıkıntıları pelet haline getirildi. Buz dönün. DNA örnekleri gerekene kadar -20 ° C&#39;de dondurulur, ancak buz üzerinde eritildi olmalıdır. </li></ol></li><li> PCR kullanılarak 1. sınıf İntegronların için tarama: Not: O / N inkübasyon Karışık kültürler HS463a / HS464 PCR protokolü (Tablo 1) kullanarak Sınıf 1 İntegronların için taranır. <ol><li> Olası sou uzakta, buz üzerinde tüm PCR reaktifler çözülmeDNA kontamine rces. Negatif kontrol (Tablo 2) de dahil olmak üzere, örnek başına 48 | il PCR MasterMix hazırlayın. Bariyer ipuçlarını kullanarak, her tüpe PCR master karışımı 48 ul koyun. </li><li> Bariyer ipuçlarını kullanarak bireysel PCR tüplerine çözülmüş DNA 2 ul ekleyin. PCR PCR uygun programını çalıştırın. </li><li> Amplifikasyon sonuçlarını değerlendirmek için, dökülmüş ve TBE tamponu (90 mM tris-borat, 2 mM EDTA) içinde işletilen bir% 2 agaroz jeli üzerinde PCR ürünün 7 ul Electrophorese. Bir 100 bp merdiven gibi bir molekül ağırlığı işaretleyici, içerir. </li><li> Mesaj DNA leke jel leke ve UV transilluminator kullanarak görselleştirmek. Negatif kontrolde hiçbir amplifikasyon olmamıştır olmadığını kontrol edin. Herhangi bir numune için yaklaşık 470 bp de güçlü bir bant karışık kültür sınıf 1 integron taşıyan bakteri içerdiğini gösterir. Saf koloniler artık pozitif PCR iade edilen karma kültüründen izole edilecektir. </li></ol></li></ol><ol><li> Seri dilüsyonları ve yayılma plakaları: Not: PCR-Pozitif karışık kültürlerden tek koloniler izole etmek için, karışık kültür seri sodyum fosfat tamponu içinde 10-kat seyreltilmiştir, ve daha sonra tek koloniler kurtarmak için kaplanır. <ol><li> 0.1 M sodyum fosfat tampon maddesi, pH 7.0, 9 ml karışık kültür 1 ml ilave edilir ve ters çevirme ile karıştırın. 10 -8 bir seri dilüsyona kadar fosfat tampon maddesi bir başka 9 ml seyreltme 1 ml ilave edilir ve tekrar ulaşılır. </li><li> Nüsha halinde, LB agara 10 -4 -8 10 dilüsyonlarının 100 ul yayıldı. Ilk karma kültürü için kullanılan aynı sıcaklıkta plakaları O / N inkübe edin. Plakalar daha sonra bununla birlikte oldukça derhal tek koloniler işlemek için en iyi, gerekli olana değin 4 ° C&#39;de saklanabilir. </li></ol></li><li> Tek bir koloni seçimi ve kaynatıldı DNA hazırlığı: <ol><li> Se seri seyreltme plakaları, gelen tek koloniler seçinBöyle bir koloni, boyut, şekil ve renk gibi kriterler kullanılarak, mümkün olduğunca çok sayıda farklı koloni türleri çildiğinde. Yayılmış plaka tek koloniler seçmek için steril kürdan kullanın. </li><li> Koloni kürdan dokunun ve sonra steril su 100 ul içeren bir PCR tüpüne aktarın. Kolonilerin çok sayıda taranması için ise, daha sonra koloniler, bir mikrotitre tepsi hazırlanabilir. Suya bazı hücreler çıkarmak için parmaklar arasında kürdan Spin. </li><li> Aynı kürdan kullanarak, koloninin bir çizgi ile bir LB plaka aşılamak. Her bir çizgi yaklaşık 1 cm uzunluğunda olduğunda koloniler çok sayıda etiketli plakaları üzerinde saklanabilir. Eğer izolatların uygun sayıda seçilmiş kadar 1 3 arası adımları tekrarlayın. </li><li> Başlangıç ​​zenginleştirilmiş kültür için kullanılan ile aynı sıcaklıkta, LB plakaları O / N inkübe edin. Gerekene kadar Kültürler daha sonra 4 ° C de muhafaza edilebilir. </li><li> Bakteriyel süspansiyonlar DNA hazırlamak için, ou adımları izleyinBölüm 3.1&#39;de tlined. Bölüm 3.2 de tarif edilen saf kültür lizatlarının tarama için, HS463a / HS464 PCR işlemi gerçekleştirmek. Bu olumlu bir PCR genomik DNA (bölüm 5) bileşiğinin hazırlanması için kullanılan ve ayrıca analiz için olan geri izole eder. </li></ol></li></ol> Boncuk 25 Dayak Kullanılması 5. Genomik DNA Ekstraksiyon integron pozitif Tek Kolonileri <ol><li> Bölüm 4.2&#39;de izole saf kültürünün bir numunesi ile LB suyu 5 ml inoküle. Başlangıç ​​zenginleştirilmiş kültür için kullanılan aynı sıcaklıkta çalkalanarak, O / N inkübe edin. </li><li> Pelet hücreleri 7 dakika boyunca 4.000 xg&#39;de sonra süpernatant kaldırmak. Bir Parçalama Matrix E hızlı hazırlık tüp içinde 1 ml CLS-TC çözeltisi içinde pelet hücreleri tekrar süspansiyon. Bir kordon çırpma makinesi kullanılarak, 30 saniye süre ile 5.5 m / sn örnek işlem. </li><li> Santrifüj 5 dakika için 14,000 x g&#39;de boru ve steril bir 1.5 ml tüp içine süpernatant 700 ul iyileşir. </li><li> 6 M Guan ile 5: 1 oranında sulandırılmış bağlayıcı matrisin 700 ul ekleidinium tiyosiyanat ve 5 dakika boyunca oda sıcaklığında karıştırılır. 1 dakika, ıskarta süpernatant 14,000 xg&#39;de Santrifüj. </li><li> Topak yeniden süspansiyon haline getirildi, tam kadar 800 ul bir tuzu etanol yıkaması (% 70 etanol, 0.1 M sodyum asetat) ve vorteks ekleyin. 1 dakika için 14,000 x g&#39;de oda sıcaklığında 5 dakika santrifüj için yıkayın ve süpernatant atılır. Ve daha sonra 5 dakika boyunca kurumaya bırakın gerektiğinde bir mikropipet kullanılarak, üstte kalan maddenin hepsi kaldırıldı emin olun. </li><li> Yukarı ve aşağı pipetleme 200 ul TE (10 mM Tris-HCI, 1 mM EDTA, pH 7.6) &#39;de pelet matrisi süspanse edin. 3 dakika boyunca oda sıcaklığında inkübe edin. 3 dakika ve steril bir tüpe transferi elüt DNA 160 ul 14,000 x g&#39;de santrifüjleyin. DNA ekstraksiyonu verimini ve bütünlüğünü kontrol etmek için bir% 2 w / v agaroz jeli üzerinde genomik DNA izolasyonu bir kısım çalıştırın. Saflaştırılmış genomik DNA, -20 ° C&#39;de saklandı ve PCR testleri için gerekli olduğunda buz üzerinde buzu çözülür. </li></ol> 6. Tanı PCR&#39;ler ve DNA Dizi NOT:5. bölümünde hazırlanan genomik DNA, tüm tanı PCR&#39;ler için kullanılacak, ve sınıf 1 İntegronların için pozitif test teyit etmek için. <ol><li> Kısaca 20 saniye boyunca 14.000 xg&#39;de DNA örneği ve nabız sıkma vorteks, buz üzerinde genomik DNA çözülme. Izolat 471 bp amplikon (Kısım 3.2) için olumlu olduğunu teyit HS463a / HS464 (Tablo 1) kullanarak sınıf 1 integron-entegraz geni için PCR tekrarlayın. </li><li> Tür düzeyinde pozitif kültür tanımlanması küçük alt-ünite rRNA geninin (16S rDNA) analizi ile elde edilmektedir. Primerleri F27 &#39;yi / r1492 (Tablo 1) kullanarak 16S geni yükseltin. Elektroforezi kullanılarak PCR ürünleri kontrol edin. Tüm bakteriyel hedef yaklaşık 1450 bp&#39;lik bir 16S amplikon oluştursun. </li><li> Sıra 16S rRNA gen amplikon tür kimliğini belirlemek için, aynı bakteri türü olacak adım 6.2 birden fazla pozitif PCRlar olması muhtemeldir ve bu pozitiflerin çoktur çünkü, biz ilk istimal farklı türler ayırt edecek16S PCR ürününün g restriksiyon sindirimi. <ol><li> Restriksiyon enzimi Hinf 1 ile 16S PCR bir kısım Digest. Herhangi bir 4 bp bölünme siteleri yapacak tanır enzim, ancak Hinf 1 16S hedeflerden iyi çeşitliliği oluşturur ve güvenilir, ucuz bir enzimdir. </li></ol></li><li> 30 ul bir kısıtlama steril bir tüpe, master (Tablo 2) sindirimi ve BM-purfied 16S PCR ürününün 20 ul ekle ayarlayın. 37 ° C su banyosu O / N inkübe edin. % 2 agaroz jeli üzerinde özet edin. </li><li> Hinf 1 tarafından üretilen sindirim desenleri Puan. Aynı 16S kısıtlama profili ile İzolatlarının aynı tür olması muhtemeldir. Aksine, her Hinf 1 sınırlandırma modeli çoğu üç temsilci her 16S PCR ürünü, diziyi sıralanmasıyla daha. </li><li> Bir ticari kit kullanılarak 16S PCR ürünleri arındırın. Tek şeritli ekzonükleaz kiti kullanılabilir, ancak sütun bazlı veya çöktürme yöntemleri de uninc kaldırmak için iyi işorporated primerleri ve tek şeritli DNAlar. Dizi, astar R910 (Tablo 1) kullanarak sıralama tesisi tarafından belirtilen reaksiyonlar kurma 16S amplikonlarının. </li><li> Blastn fonksiyonu ile (NCBI DNA veritabanı sorgulamak için elde edilen DNA dizisini kullanın <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi" target="_blank">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> ). Büyüktür% 97 nükleotid kimliği genellikle türler kimlik olarak alınır. </li></ol> 7. Haritalama ve integronlar ve Kaset Diziler Karakterizasyonu NOT: İnsan-egemen ekosistemlerin kaynaklanan Sınıf 1 integronlar tüm örneklerinde en sık integronlar olması muhtemeldir. Bu integron Tüm yapılan tek bir kökene sahip ve bu nedenle yüksek oranda korunmuş bir DNA sekansı 5 sahiptir. <ol><li> Bir sınıf olarak 1, insan kaynaklarından yayılan integron ve performans ile çevre numuneleri içinde doğal olarak o ayırtAstar ile PCR intI1F165 / intI1R476 10 (Tablo 1) ayarlayın. NOT: Çevresel sınıfı 1 integronlar herhangi bir ürün üretmek olmaz ise klinik veya ortakçı bakterilerden Sınıf 1 integronlar bir ~ 300 bp ürünü üretecektir. </li><li> Primer seti HS458 / HS459 ile kaset dizisi yükselterek klinik integronlar karakterize. Bu PCR çoğu kaset dizilerin ucundaki intI1 ve 3 &#39;korunmuş segmentinde arasındaki bölgeyi yükseltmek olacaktır. Kasetlerin numarası ve kimlik değişken olduğu için, PCR ürününün boyutu da değişir. </li><li> Amplikonları arındırmak ve amplifikasyon primerlerinin her biri kullanılarak DNA sekansı. Blastn işlevini (kullanılarak DNA veritabanlarını sorgulamak için dizileri kullanın <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi" target="_blank">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> ). </li><li> Integron gen kasetinin için birçok veri yeminli beri, standart isimlendirme 9 izleyin kaset adlandırma oluns tutarsız veya belirsiz adları kullanabilirsiniz. Bu geçirgenlik, patojenitesini veya virülans 8,21 artış kazandıran genler de dahil olmak üzere, yeni fenotipleri kodlayabilmektedir beri yeni gen kasetleri özellikle dikkat verin. NOT: Sınıf 1 integron preklinik formları hala doğal ortamlarında dolaşır. Özel olarak, aktif Tn 402 transpozonlar bağlantılı olanlar en çok ilgi 26 arasında bulunmaktadır. Bu İntegronların kaseti dizileri primer seti HS458 / HS459 ile amplifiye değil, ancak kaset içeriğine bağlı olarak farklı boyutlarda amplıkonları üreten MRG284 / MRG285 primer kümesi (Tablo 1) ile amplifiye edilebilir. PCR ürünleri saflaştınldı ve 7.2 de tarif edilen bir DNA dizisi gerekmektedir. </li></ol>

<ol>
	<li>Bush, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tackling+antibiotic+resistance.">Tackling antibiotic resistance.</a> Nature Rev. Microbiol. 9, 894-896 (2011).</li><li>Davies, J., Davies, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Origins+and+evolution+of+antibiotic+resistance.">Origins and evolution of antibiotic resistance.</a> Microbiol. Mol. Biol. Rev. 74 (3), 417-433 (2010).</li><li>Costa, V. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+resistance+is+ancient.">Antibiotic resistance is ancient.</a> Nature. 477 (7365), 457-461 (2011).</li><li>Gillings, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+consequences+of+antibiotic+use+for+the+resistome,+mobilome+and+microbial+pangenome.">Evolutionary consequences of antibiotic use for the resistome, mobilome and microbial pangenome.</a> Front. Microbiol. 4, 4 (2013).</li><li>Gillings, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolution+of+class+1+integrons+and+the+rise+of+antibiotic+resistance.">The evolution of class 1 integrons and the rise of antibiotic resistance.</a> J. Bacteriol. 190 (14), 5095-5100 (2008).</li><li>Brassard, S., Lapointe, J., Roy, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+and+relative+strength+of+tandem+promoters+for+the+antibiotic-resistance+genes+of+several+integrons.">Diversity and relative strength of tandem promoters for the antibiotic-resistance genes of several integrons.</a> Gene. 142 (1), 49-54 (1994).</li><li>Partridge, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Definition+of+the+attI1+site+of+class+1+integrons.">Definition of the attI1 site of class 1 integrons.</a> Microbiol. 146 (11), 2855-2864 (2000).</li><li>Gillings, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrons:+Past,+Present,+and+Future.">Integrons: Past, Present, and Future.</a> Microbiol. Mol. Biol. Rev. 78 (2), 257-277 (2014).</li><li>Partridge, S. R., Tsafnat, G., Coiera, E., Iredell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+cassettes+and+cassette+arrays+in+mobile+resistance+integrons.">Gene cassettes and cassette arrays in mobile resistance integrons.</a> FEMS Microbiol. Rev. 33 (4), 757-784 (2009).</li><li>Gillings, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+class+1+integron-integrase+gene+as+a+proxy+for+anthropogenic+pollution.">Using the class 1 integron-integrase gene as a proxy for anthropogenic pollution.</a> ISME J. In press, (2014).</li><li>Gaze, W. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impacts+of+anthropogenic+activity+on+the+ecology+of+class+1+integrons+and+integron-associated+genes+in+the+environment.">Impacts of anthropogenic activity on the ecology of class 1 integrons and integron-associated genes in the environment.</a> ISME J. 5, 1253-1261 (2011).</li><li>Gerzova, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+microbiota+composition+and+presence+of+selected+antibiotic+resistance+genes+in+carriage+water+of+ornamental+fish.">Characterization of microbiota composition and presence of selected antibiotic resistance genes in carriage water of ornamental fish.</a> PLoS ONE. 9, e103865 (2014).</li><li>Power, M., Emery, S., Gillings, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Into+the+wild:+dissemination+of+antibiotic+resistance+determinants+via+a+species+recovery+program.">Into the wild: dissemination of antibiotic resistance determinants via a species recovery program.</a> PLoS ONE. 8, e63017 (2013).</li><li>Stokes, H. W., Gillings, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+flow,+mobile+genetic+elements+and+the+recruitment+of+antibiotic+resistance+genes+into+Gram-negative+pathogens.">Gene flow, mobile genetic elements and the recruitment of antibiotic resistance genes into Gram-negative pathogens.</a> FEMS Microbiol. Rev. 35 (5), 790-819 (2011).</li><li>Moura, A., Oliveira, C., Henriques, I., Smalla, K., Correia, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broad+diversity+of+conjugative+plasmids+in+integron-carrying+bacteria+from+wastewater+environments.">Broad diversity of conjugative plasmids in integron-carrying bacteria from wastewater environments.</a> FEMS Microbiol. Lett. 330 (2), 157-164 (2012).</li><li>Schl&#252;ter, A., Krause, L., Szczepanowski, R., Goesmann, A., P&#252;hler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+diversity+and+composition+of+a+plasmid+metagenome+from+a+wastewater+treatment+plant.">Genetic diversity and composition of a plasmid metagenome from a wastewater treatment plant.</a> J. Biotech. 136 (1-2), 65-76 (2008).</li><li>Taylor, N. G. H., Verner-Jeffreys, D. W., Baker-Austin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aquatic+systems:+maintaining,+mixing+and+mobilising+antimicrobial+resistance.">Aquatic systems: maintaining, mixing and mobilising antimicrobial resistance.</a> TREE. 26 (6), 278-284 (2011).</li><li>Stalder, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+qualitative+impact+of+hospital+effluent+on+dissemination+of+the+integron+pool.">Quantitative and qualitative impact of hospital effluent on dissemination of the integron pool.</a> ISME J. 8, 768-777 (2014).</li><li>Allen, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Call+of+the+wild:+antibiotic+resistance+genes+in+natural+environments.">Call of the wild: antibiotic resistance genes in natural environments.</a> Nature Rev. Microbiol. 8, 251-259 (2010).</li><li>Wellington, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+the+natural+environment+in+the+emergence+of+antibiotic+resistance+in+Gram-negative+bacteria.">The role of the natural environment in the emergence of antibiotic resistance in Gram-negative bacteria.</a> Lancet Infect. Dis. 13 (2), 155-165 (2013).</li><li>Gillings, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mobilization+of+a+Tn402-like+class+1+integron+with+a+novel+cassette+array+via+flanking+miniature+inverted-repeat+transposable+element-like+structures.">Mobilization of a Tn402-like class 1 integron with a novel cassette array via flanking miniature inverted-repeat transposable element-like structures.</a> Appl. Env. Microbiol. 75 (18), 6002-6004 (2009).</li><li>Graham, D. W., Collignon, P., Davies, J., Larsson, D. J., Snape, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Underappreciated+role+of+regionally+poor+water+quality+on+globally+increasing+antibiotic+resistance.">Underappreciated role of regionally poor water quality on globally increasing antibiotic resistance.</a> Env. Sci. Technol. 48 (20), 11746-11747 (2014).</li><li>Perry, J. A., Westman, E. L., Wright, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antibiotic+resistome:+what's+new.">The antibiotic resistome: what's new.</a> Curr. Opinion Microbiol. 21, 45-50 (2014).</li><li>Lorenz, T. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymerase+chain+reaction:+basic+protocol+plus+troubleshooting+and+optimization+strategies.">Polymerase chain reaction: basic protocol plus troubleshooting and optimization strategies.</a> J. Vis. Exp. 63, e3998-e3998 (2011).</li><li>Gillings, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Extraction+of+PCR-Competent+DNA+from+Recalcitrant+Environmental+Samples.">Rapid Extraction of PCR-Competent DNA from Recalcitrant Environmental Samples.</a> Env. Microbiol. 1096, 17-23 (2014).</li><li>Sajjad, A., Holley, M. P., Labbate, M., Stokes, H., Gillings, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preclinical+class+1+integron+with+a+complete+Tn402-like+transposition+module.">Preclinical class 1 integron with a complete Tn402-like transposition module.</a> Appl. Env. Microbiol. 77 (1), 335-337 (2011).</li><li>Wright, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+resistance+in+the+environment:+A+link+to+the+clinic.">Antibiotic resistance in the environment: A link to the clinic.</a> Curr. Opinion Microbiol. 13 (5), 589-594 (2010).</li><li>Stokes, H., Nesbo, C., Holley, M., Bahl, M., Gillings, M., Boucher, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Class+1+integrons+predating+the+association+with+Tn402.-like+transposition+genes+are+present+in+a+sediment+microbial+community.">Class 1 integrons predating the association with Tn402.-like transposition genes are present in a sediment microbial community.</a> Journal of Bacteriology. 188, 5722-5730 (2006).</li><li>Lane, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics. , 115-175 (1991).</li><li>Holmes, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recombination+activity+of+a+distinctive+integron-gene+cassette+system+associated+with+stutzeri.+populations+in+soil.">Recombination activity of a distinctive integron-gene cassette system associated with stutzeri. populations in soil.</a> Journal of Bacteriology. 185, 918-928 (2003).</li></ol>

Yazarlar ifşa ilgili hiçbir şey yok.

İntegronların ve bunların ilişkili gen kasetlerinin tanımlanması potansiyel, yeni fırsatçı patojenlerin ortaya çıkması tahmin insan besin zincirine patojenler için yollar izleme ve yeni direnç belirlenmesinde önemli bir adımdır ve virülans 8,21,26 determinantlar. Bu yazının amacı, sınıf 1 İntegronların için örnek tarama onların kaset dizileri karakterize ve ikamet ettikleri bakteri türlerinin belirlenmesi için bir aerodinamik yaklaşım tanımlamak için oldu. Protokolde Kritik a...

Antibiyotiklerin keşfi 20. yüzyılın en büyük bilimsel başarılarından biri oldu. Ancak, antibiyotik kullanımı ve kötüye antibiyotiğe dirençli bakterilerin hızlı evrim yol açmıştır ve bu artık 21. yüzyılda halk sağlığı için ciddi bir tehdit oluşturmaktadır. En tedavi seçenekleri dirençli bakteri suşlarının yükselişi biz antimikrobiyal ilaçlar artık 1,2 etkili bir döneme giriyoruz olasılığını yükseltir. Antibiyotik direnci kazandıran genetik makine yıl 3 milyonlarca insanları ve antibiyotik seçimi baskıları predating, antik bir sistemdir. Örneğin plazmidler, transpozonlar, genomik adaları, bütünleştirici konjugatif elemanlar ve İntegronların gibi mobil genetik elementler içinde ve bakteri türlerinin 4 ile, her iki antibiyotik direnç genlerini (ARG) yayabilirler. Bunlardan, integronlar rağmen, ARG yayılmasında önemli bir rol oynamıştırOnlar bakteri genomları 5 içine plazmidler ve seferberlik ve ekleme için transposonların güvenmeye gerçeği. Integron bir integron-integraz kullanılarak gen kasetleri yakalama ve daha sonra kodlanmış bir integron promotör 6,7 (Şekil 1) kullanılarak kasetleri ifade eder. Gen integron kasetleri, ürünleri antibiyotik veya dezenfektanların 8 direnç kazandırabildiği tek bir açık okuma çerçeveleri (ORF) &#39;den oluşan küçük mobil elemanlardır. Sınıf 1 integronlar en yaygın toplu olarak 130 farklı antibiyotik direnç geni kasetleri üzerinden 9 edindikleri klinik izolat 5, kurtarıldı integronlar vardır. İnsan ilişkili ortakçı ve patojenik bakterilerin içine Sınıf 1 İntegronların yayılması bu genetik elementlerin 10 büyük sayı içeren insan atık akımlarını oluşturur. Sınıf 1 integronlar içerirler tahmini 10 19 bakteri kanalizasyon çamuru her yıl i yoluyla yayımlanann Birleşik Krallık 11. Bu antibiyotik dirençleri veren 1. sınıf integronlar artık yabani kuşlar, balıklar ve diğer yerli yaban hayatı 12-14 Mikrobiyota tespit ediliyor, bu nedenle şaşırtıcı değildir. Yeni gen kasetleri ve diğer mobil unsurları ile karmaşık düzenlenmeleri kazanılması, özellikle kanalizasyon arıtma tesisleri ve diğer su kütleleri 15-18 yılında, oluşmaya devam beri geri çevreye integronlar Salıcı, önemli bir halk sağlığı tehdit oluşturuyor. doğal çevre ardından yeni direniş belirleyicileri ve fırsatçı patojenler 19,20 için verimli bir işe zemin haline gelir. Roman integron içeren bakteri ve yeni argüman kontamine su ve gıdalarla 21,22 yoluyla insan toplum içine geri daire. Çevre args gözetim anlayışı ve gelecek 23 yılında antibiyotik direnci yönetmek için temel bir stratejidir. Özellikle dikkat çiğ yenen veya olduğu gıda maddelerine dikkat edilmelidirBu yeni mobil elemanlar ve patojenlerin bulaşma için en büyük tehdit teşkil beri hafifçe pişirilir. Bu protokol, 1 integron ve gıda maddelerinde, ilişkili gen kasetleri, saptanması, tanımlanması ve sınıfı karakterize etmek için düzenlenmiş bir yaklaşımda, (Şekil 2) tarif edilmektedir. Kültürleme ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) bir arada kullanarak, integronlar hızla karmaşık bakteri toplulukları ve bireysel izolatların tespit edilebilir. Bakteri ve integron-ilişkili gen kasetlerinin uyum ve kimlik türlerin belirlenmesi için yöntemler verilmiştir. yöntem, bitki ve hayvan gıdaların geniş bir aralığı için uygundur, ve tipik iş akışları örnekleri bu gıda türlerinin her biri için verilmiştir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>GoTaq Colourless Mastermix</td>
			<td>Promega</td>
			<td>M7132</td>
			<td>Used in all PCRs</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNAse (Ribonuclease A from bovine pancreas)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>R6513-10MG</td>
			<td>Used in all PCRs</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HinFI restriction enzyme</td>
			<td>Promega</td>
			<td>R6201</td>
			<td>Used to digest 16S rDNA PCR poducts. Enzyme comes with optimal buffer and BSA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 bp ladder</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>27400701</td>
			<td>Used as a size standard on all agarose gels</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GelRed DNA stain</td>
			<td>Biotium</td>
			<td>41003</td>
			<td>CAUTION: Personal protection must be worn when handling this material</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guanidinium Thiocyanate</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>AM9422</td>
			<td>CAUTION: Personal protection must be worn when handling this material</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CLS-TC Solution</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>6540409</td>
			<td>Resuspension solution used at the begining of the genomic DNA extraction</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysing Matrix E FastPrep tubes</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>116914500</td>
			<td>Tube required for mechanical disruption of bacterial cell walls. This code is used for packs of 500 tubes, smaller quantities are available.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>binding matrix</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>116540408</td>
			<td>Diluted 1:5 with 6M guanidinium thiocyanate and used in the genomic DNA extraction method.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fast Prep machine</td>
			<td>MP Biomedicals</td>
			<td>Number of options available</td>
			<td>MP Biomedicals has a number of FastPrep machines available to purchase. Visit http://www.mpbio.com for more information</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

screening foodstuffs for class 1 integrons and gene cassettes

Antibiotic resistance is one of the greatest threats to health in the 21st century. Acquisition of resistance genes via lateral gene transfer is a major factor in the spread of diverse resistance mechanisms. Amongst the DNA elements facilitating lateral transfer, the class 1 integrons have largely been responsible for spreading antibiotic resistance determinants amongst Gram negative pathogens. In total, these integrons have acquired and disseminated over 130 different antibiotic resistance genes. With continued antibiotic use, class 1 integrons have become ubiquitous in commensals and pathogens of humans and their domesticated animals. As a consequence, they can now be found in all human waste streams, where they continue to acquire new genes, and have the potential to cycle back into humans via the food chain. This protocol details a streamlined approach for detecting class 1 integrons and their associated resistance gene cassettes in foodstuffs, using culturing and PCR. Using this protocol, researchers should be able to: collect and prepare samples to make enriched cultures and screen for class 1 integrons; isolate single bacterial colonies to identify integron-positive isolates; identify bacterial species that contain class 1 integrons; and characterize these integrons and their associated gene cassettes.

Karışık kültürler ve intI1 bakteriyel izolatlar taranması Primer seti HS463a / HS464 PCR sınıfı 1 integron-integraz geninin intI1 (Şekil 1) varlığını tespit etmek için kullanılabilir. Bu primer kümesi karışık kültürlerinde intI1 saptanması için çalışır, ve ayrıca dağılma plakalarından (Şekil 2) hasat bakteri kolonileri taranması için kullanılır. Pozitif izolatlar bu primer seti (Şekil 3A) ...

Watch this Scientific Journal Video about Screening Foodstuffs for Class 1 Integrons and Gene Cassettes at JoVE.com

Screening Foodstuffs for Class 1 Integrons and Gene Cassettes

This protocol describes the detection of class 1 integrons and their associated gene cassettes in foodstuffs.

Sınıf 1 integronlar ve Gen Kasetleri için gıda maddelerinin taranması

Antibiotic resistance is one of the greatest threats to health in the 21st century. Acquisition of resistance genes via lateral gene transfer is a major ...

screening-foodstuffs-for-class-1-integrons-and-gene-cassettes

Research

JoVE Journal

Environment

9.0K Görüntüleme.  Macquarie University. This protocol describes the detection of class 1 integrons and their associated gene cassettes in foodstuffs. 

Video: Screening Foodstuffs for Class 1 Integrons and Gene Cassettes

Transient Gene Expression in Tobacco using Gibson Assembly and the Gene Gun

In order to target a single protein to multiple subcellular organelles, plants typically duplicate the relevant genes, and express each gene separately using complex regulatory strategies including differential promoters and/or signal sequences. Metabolic engineers and synthetic biologists interested in targeting enzymes to a particular organelle are faced with a challenge: For a protein that is to be localized to more than one organelle, the engineer must clone the same gene multiple times. This work presents a solution to this strategy: harnessing alternative splicing of mRNA. This technology takes advantage of established chloroplast and peroxisome targeting sequences and combines them into a single mRNA that is alternatively spliced. Some splice variants are sent to the chloroplast, some to the peroxisome, and some to the cytosol. Here the system is designed for multiple-organelle targeting with alternative splicing. In this work, GFP was expected to be expressed in the chloroplast, cytosol, and peroxisome by a series of rationally designed 5&#8217; mRNA tags. These tags have the potential to reduce the amount of cloning required when heterologous genes need to be expressed in multiple subcellular organelles. The constructs were designed in previous work11, and were cloned using Gibson assembly, a ligation independent cloning method that does not require restriction enzymes. The resultant plasmids were introduced into Nicotiana benthamiana epidermal leaf cells with a modified Gene Gun protocol. Finally, transformed leaves were observed with confocal microscopy.

This work describes a novel method for selectively targeting subcellular organelles in plants, assayed using the BioRad Gene Gun.

Gibson Meclisi ve Gen Tabancası kullanarak Tütün geçici Gen İfadesi

In order to target a single protein to multiple subcellular organelles, plants typically duplicate the relevant genes, and express each gene separately ...

Çevre

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely drought-tolerance traits. Fresh water availability for agricultural use is a growing concern across the United States as well as many regions of the world. Short-term drought events along with regulatory intervention in the regulation of water availability coupled with the looming threat of long-term climate shifts that may lead to reduced precipitation in many important agricultural regions has increased the need to hasten the development of crops adapted for improved water use efficiency in order to maintain or expand production in the coming years. This protocol is not meant as a step-by-step guide to identifying at either the physiological or molecular level drought-tolerance traits in lettuce, but rather is a method developed and refined through the screening of thousands of different lettuce varieties. The nature of this screen is based in part on the streamlined measurements focusing on only three water-stress indicators: leaf relative water content, wilt, and differential plant growth following drought-stress. The purpose of rapidly screening a large germplasm collection is to narrow the candidate pool to a point in which more intensive physiological, molecular, and genetic methods can be applied to identify specific drought-tolerant traits in either the lab or field. Candidates can also be directly incorporated into breeding programs as a source of drought-tolerance traits.

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

This protocol was developed to screen a large germplasm collection of the leafy vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) for drought-tolerance, in order to identify a small candidate pool of lettuce for use in physiological, molecular, and genetic studies to identify underlying drought-tolerance traits along with breeding programs.

Marul Potansiyel Kuraklığa tolerans Yarı-Yüksek Verim Tarama (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) Germplazm Koleksiyonlar

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the use of non-renewable energy sources. In order to identify which plants, out of a diverse pool, have the desired chemical traits for downstream applications, attributes, such as cellulose and lignin content, or monomeric sugar release following an enzymatic saccharification, must be compared. The experimental and data analysis protocols of the standard methods of analysis can be time-consuming, thereby limiting the number of samples that can be measured. High-throughput (HTP) methods alleviate the shortcomings of the standard methods, and permit the rapid screening of available samples to isolate those possessing the desired traits. This study illustrates the HTP sugar release and pyrolysis-molecular beam mass spectrometry pipelines employed at the National Renewable Energy Lab. These pipelines have enabled the efficient assessment of thousands of plants while decreasing experimental time and costs through reductions in labor and consumables.

Plant cell wall structure and chemistry traits are evaluated to identify ideal feedstocks for biofuels and bio-materials. Standard methods have limitations when applied to large data sets. These high-throughput pretreatment, enzyme saccharification, and pyrolysis-molecular beam mass spectrometry methods compare large numbers of biomass samples with decreased experimental time and cost.

Toplam Lignin, lignin Monomer ve enzimatik Şeker Yayın: Lignocellulosic Biyokütle rekalsitrantların Varyasyonları yüksek verimlilik Taraması

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including Pristionchus pacificus display complex behaviors, the most striking of which is the predation of other nematode larvae. However, as these behaviors are absent in the model organism Caenorhabditis elegans, they have thus far only recently been described in detail along with the development of reliable behavioral assays 1. These predatory behaviors are dependent upon phenotypically plastic but fixed mouth morphs making the correct identification and categorization of these animals essential. In P. pacificus there are two mouth types, the stenostomatous and eurystomatous morphs 2, with only the wide mouthed eurystomatous containing an extra tooth and being capable of killing other nematode larvae. Through the isolation of an abundance of size matched prey larvae and subsequent exposure to predatory nematodes, assays including both "corpse assays" and "bite assays" on correctly identified mouth morph nematodes are possible. These assays provide a means to rapidly quantify predation success rates and provide a detailed behavioral analysis of individual nematodes engaged in predatory feeding activities. In addition, with the use of a high-speed camera, visualization of changes in pharyngeal activity including tooth and pumping dynamics are also possible.

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Behavioral assays provide powerful tools for understanding neuronal function. Here we present several protocols for quantifying predatory feeding behavior found in the model nematode Pristionchus pacificus and its relatives. Additionally, we provide methods for analyzing predatory feeding adaptations including mouth structures and teeth.

içinde Yırtıcı Beslenme Davranışları tahlil<em&gt; Pristionchus</em&gt; Ve Diğer Nematodlar

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including ...

Screening for Endocrine Activity in Water Using Commercially-available In Vitro Transactivation Bioassays

In vitro transactivation bioassays have shown promise as water quality monitoring tools, however their adoption and widespread application has been hindered partly due to a lack of standardized methods and availability of robust, user-friendly technology. In this study, commercially available, division-arrested cell lines were employed to quantitatively screen for endocrine activity of chemicals present in water samples of interest to environmental quality professionals. A single, standardized protocol that included comprehensive quality assurance/quality control (QA/QC) checks was developed for Estrogen and Glucocorticoid Receptor activity (ER and GR, respectively) using a cell-based Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) assay. Samples of treated municipal wastewater effluent and surface water from freshwater systems in California (USA), were extracted using solid phase extraction and analyzed for endocrine activity using the standardized protocol. Background and dose-response for endpoint-specific reference chemicals met QA/QC guidelines deemed necessary for reliable measurement. The bioassay screening response for surface water samples was largely not detectable. In contrast, effluent samples from secondary treatment plants had the highest measurable activity, with estimated bioassay equivalent concentrations (BEQs) up to 392 ng dexamethasone/L for GR and 17 ng 17&#946;-estradiol/L for ER. The bioassay response for a tertiary effluent sample was lower than that measured for secondary effluents, indicating a lower residual of endocrine active chemicals after advanced treatment. This protocol showed that in vitro transactivation bioassays that utilize commercially available, division-arrested cell &#34;kits&#34;, can be adapted to screen for endocrine activity in water.

Screening for Endocrine Activity in Water Using Commercially-available In Vitro Transactivation Bioassays

A protocol to screen for endocrine activity in organic extracts of water samples, including treated wastewater effluent and surface (receiving) water, was adapted using commercially available division-arrested ("freeze and thaw") in vitro transactivation bioassays.

Su Kullanımı Endokrin Aktivitesi Tarama Piyasada satılan<em&gt; İn Vitro</em&gt; Transaktivasyon biyolojik tayinler

In vitro transactivation bioassays have shown promise as water quality monitoring tools, however their adoption and widespread application has been ...

Protocol for Microplastics Sampling on the Sea Surface and Sample Analysis

Microplastic pollution in the marine environment is a scientific topic that has received increasing attention over the last decade. The majority of scientific publications address microplastic pollution of the sea surface. The protocol below describes the methodology for sampling, sample preparation, separation and chemical identification of microplastic particles. A manta net fixed on an &#187;A frame&#171; attached to the side of the vessel was used for sampling. Microplastic particles caught in the cod end of the net were separated from samples by visual identification and use of stereomicroscopes. Particles were analyzed for their size using an image analysis program and for their chemical structure using ATR-FTIR and micro FTIR spectroscopy. The described protocol is in line with recommendations for microplastics monitoring published by the Marine Strategy Framework Directive (MSFD) Technical Subgroup on Marine Litter. This written protocol with video guide will support the work of researchers that deal with microplastics monitoring all over the world.

The protocol below describes the methodology for: microplastics sampling on the sea surface, separation of microplastic and chemical identification of particles. This protocol is in line with the recommendations for microplastics monitoring published by the MSFD Technical Subgroup on Marine Litter.

Deniz Yüzey ve Numune Analizi Microplastics Örnekleme Protokolü

Microplastic pollution in the marine environment is a scientific topic that has received increasing attention over the last decade. The majority of ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment during manufacturing and transport. Because of their environmental persistence, they are widely distributed in the oceans and on beaches all over the world. They can act as a vector of potentially toxic organic compounds (e.g., polychlorinated biphenyls) and might consequently negatively affect marine organisms. Their possible impacts along the food chain are not yet well understood. In order to assess the hazards associated with the occurrence of plastic pellets in the marine environment, it is necessary to develop methodologies that allow for rapid determination of associated organic contaminant levels. The present protocol describes the different steps required for sampling resin pellets, analyzing adsorbed organochlorine pesticides (OCPs) and identifying the plastic type. The focus is on the extraction of OCPs from plastic pellets by means of a pressurized fluid extractor (PFE) and on the polymer chemical analysis applying Fourier Transform-InfraRed (FT-IR) spectroscopy. The developed methodology focuses on 11 OCPs and related compounds, including dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) and its two main metabolites, lindane and two production isomers, as well as the two biologically active isomers of technical endosulfan. This protocol constitutes a simple and rapid alternative to existing methodology for evaluating the concentration of organic contaminants adsorbed on plastic pieces.

Microplastics act as vector of potentially toxic organic contaminants with unpredictable effects. This protocol describes an alternative methodology for assessing the levels of organochlorine pesticides adsorbed on plastic pellets and identifying the polymer chemical structure. The focus is on pressurized fluid extraction and attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy.

Plastik Peletlerden Organochlorine Pestisitlerin Çıkarılması ve Plastik Tipi Analizi

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Extraction and Characterization of Surfactants from Atmospheric Aerosols

Surface-active compounds, or surfactants, present in atmospheric aerosols are expected to play important roles in the formation of liquid water clouds in the Earth&#39;s atmosphere, a central process in meteorology, hydrology, and for the climate system. But because specific extraction and characterization of these compounds have been lacking for decades, very little is known on their identity, properties, mode of action and origins, thus preventing the full understanding of cloud formation and its potential links with the Earth&#39;s ecosystems.
In this paper we present recently developed methods for 1) the targeted extraction of all the surfactants from atmospheric aerosol samples and for the determination of 2) their absolute concentrations in the aerosol phase and 3) their static surface tension curves in water, including their Critical Micelle Concentration (CMC). These methods have been validated with 9 references surfactants, including anionic, cationic and non-ionic ones. Examples of results are presented for surfactants found in fine aerosol particles (diameter &#60;1 &#956;m) collected at a coastal site in Croatia and suggestions for future improvements and other characterizations than those presented are discussed.

Methods are presented for the targeted extraction of surfactants present in atmospheric aerosols and the determination of their absolute concentrations and surface tension curves in water, including their Critical Micelle Concentration (CMC).

Atmosferik Aerosoller ekstraksiyonu ve Yüzey Aktif Karakterizasyonu

Surface-active compounds, or surfactants, present in atmospheric aerosols are expected to play important roles in the formation of liquid water clouds in ...

The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

Barnacles are marine crustaceans with a sessile adult and free-swimming, planktonic larvae. The barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus is particularly relevant as a model for the studies of osmoregulatory mechanisms because of its extreme tolerance to low salinity. It is also widely used as a model of settling biology, in particular in relation to antifouling research. However, natural seasonal spawning yields an unpredictable supply of cyprid larvae for studies. A protocol for the all-year-round culturing of B. improvisus has been developed and a detailed description of all steps in the production line is outlined (i.e., the establishment of adult cultures on panels, the collection and rearing of barnacle larvae, and the administration of feed for adults and larvae). The description also provides guidance on troubleshooting and discusses critical parameters (e.g., the removal of contamination, the production of high-quality feed, the manpower needed, and the importance of high-quality seawater). Each batch from the culturing system maximally yields roughly 12,000 nauplii and can deliver four batches in a week, so up to almost 50,000 larvae per week can be produced. The method used to culture B. improvisus is, probably, to a large extent also applicable to other marine invertebrates with free-swimminglarvae. Protocols are presented for the dissection of various tissues from adults as well as the production of high-quality RNA for studies on gene expression. It is also described how cultured adults and reared cyprids can be utilized in a wide array of experimental designs for examining gene expression in relation to external factors. The use of cultured barnacles in gene expression is illustrated with studies of possible osmoregulatory roles of Na+/K+ ATPase and aquaporins.

The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

The barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus is a model for studying osmoregulation and antifouling. However, natural seasonal spawning yields an unpredictable supply of cyprid larvae. Here, a protocol for the all-year-round culturing of B. improvisus is described, including the production of larvae. The use of cultured barnacles in gene expression studies is illustrated.

Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

Barnacles are marine crustaceans with a sessile adult and free-swimming, planktonic larvae. The barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus is particularly ...

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into the plant&#39;s genome. Here, we present two transformation systems to genetically modify potato (Solanum tuberosum) plants. In A. tumefaciens transformation, leaves are infected, the transformed cells are selected and a new complete transformed plant is regenerated using phytohormones in 18 weeks. In A. rhizogenes transformation, stems are infected by injecting the bacteria with a needle, the new emerged transformed hairy roots are detected using a red fluorescent marker and the non-transformed roots are removed. In 5-6 weeks, the resulting plant is a composite of a wild type shoot with fully developed transformed hairy roots. To increase the biomass, the transformed hairy roots can be excised and self-propagated. We applied both Agrobacterium-mediated transformation methods to obtain roots expressing the GUS reporter gene driven by a suberin biosynthetic gene promoter. The GUS staining procedure is provided and allows the cell localization of the promoter induction. In both methods, the transformed potato roots showed GUS staining in the suberized endodermis and exodermis, and additionally, in A. rhizogenes transformed roots the GUS activity was also detected in the emergence of lateral roots. These results suggest that A. rhizogenes can be a fast alternative tool to study the genes that are expressed&#160;in roots.

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Here, we present two protocols to transform potato plants. The Agrobacterium tumefaciens transformation leads to a complete transgenic plant while the Agrobacterium rhizogenes produces transgenic hairy roots in a wild type shoot that can be self-propagated. We then detect promoter activity by GUS staining in the transformed roots.

Agrobacterium tumefaciens ve Agrobacterium rhizogenes-aracılı dönüştürme, patates ve GUS Staining tarafından Suberin gen organizatörü etkinliği

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into ...