JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

تنشط عدوى فيروس الأنفلونزا A (IAV) الكاسباز الذي يشق المضيف والبروتينات الفيروسية ، والتي بدورها لها وظائف مؤيدة ومضادة للفيروسات. من خلال استخدام مثبطات ، وتداخل الحمض النووي الريبي ، والطفرات الموجهة للموقع ، والنشاف الغربي وتقنيات RT-qPCR ، تم تحديد الكاسباز في خلايا الثدييات المصابة التي تشق الكورتاكتين المضيف و deacetylases هيستون.

Abstract

Caspases ، وهي عائلة من بروتياز السيستين ، تنظم موت الخلايا المبرمج استجابة للمحفزات المختلفة ، بما في ذلك الالتهابات الميكروبية. وصف موت الخلايا المبرمج في البداية بأنه يحدث عن طريق موت الخلايا المبرمج ، ومن المعروف الآن أنه يشمل ثلاثة مسارات مترابطة: pyroptosis ، وموت الخلايا المبرمج ، و necroptosis ، والتي صيغت معا كعملية واحدة ، PANoptosis. تأثير عدوى الفيروس (IAV) يحفز PANoptosis في خلايا الثدييات عن طريق تحفيز تنشيط caspases مختلفة ، والتي بدورها تشق العديد من البروتينات المضيفة وكذلك الفيروسية ، مما يؤدي إلى عمليات مثل تنشيط الاستجابة الفطرية المضادة للفيروسات المضيفة أو تدهور البروتينات المضيفة المعادية. في هذا الصدد ، تم اكتشاف انشقاق كاسباز 3 بوساطة كورتاكتين المضيف ، وهيستون ديسيتيلاز 4 (HDAC4) ، وهيستون ديسيتيلاز 6 (HDAC6) في كل من الخلايا الظهارية الحيوانية والبشرية استجابة لعدوى IAV. لإثبات ذلك ، تم استخدام مثبطات ، وتداخل الحمض النووي الريبي ، والطفرات الموجهة للموقع ، وبعد ذلك ، تم قياس الانقسام أو مقاومة الانقسام واستعادة الكورتاكتين ، HDAC4 ، و HDAC6 polypeptide بواسطة النشاف الغربي. تشكل هذه الطرق ، جنبا إلى جنب مع RT-qPCR ، استراتيجية بسيطة ولكنها فعالة لتحديد المضيف وكذلك البروتينات الفيروسية التي تخضع للانقسام بوساطة caspase أثناء الإصابة ب IAV أو الفيروسات البشرية والحيوانية الأخرى. ويفصل هذا البروتوكول النتائج التمثيلية لهذه الاستراتيجية، كما تناقش سبل جعلها أكثر فعالية.

Introduction

فيروس الأنفلونزا A (IAV) هو العضو النموذجي في عائلة Orthomyxoviridae ومن المعروف أنه يسبب أوبئة عالمية وأوبئة لا يمكن التنبؤ بها. يسبب IAV أمراض الجهاز التنفسي البشرية ، والأنفلونزا ، والمعروفة باسم "الأنفلونزا". الأنفلونزا مرض حاد يؤدي إلى تحريض الاستجابات المناعية الفطرية المؤيدة والمضادة للالتهابات وموت الخلايا الظهارية في الجهاز التنفسي البشري. تخضع كلتا العمليتين لظاهرة تسمى موت الخلايا المبرمج1. يتم تحفيز إشارات موت الخلايا المبرمج بمجرد أن تستشعر مستقبلات التعرف على مسببات الأمراض المختلفة جزيئات الفيروس الواردة في الخلايا المضيفة. هذا يؤدي إلى برمجة موت الخلايا المصابة والإشارة إلى الخلايا السليمة المجاورة من خلال ثلاثة مسارات مترابطة تسمى pyroptosis ، موت الخلايا المبرمج ، و necroptosis - تمت صياغتها مؤخرا كعملية واحدة ، PANoptosis1.

يتضمن PANoptosis المعالجة المحللة للبروتين للعديد من البروتينات المضيفة والفيروسية من الحث إلى التنفيذ. هذه المعالجة للبروتينات تقودها في المقام الأول عائلة من بروتياز السيستين تسمى caspases 1,2. ما يصل إلى 18 كاسباس (من كاسباز 1 إلى كاسباز 18) معروفة3. يتم التعبير عن معظم الكاسباس على أنها مؤيدة للكاسباس ويتم تنشيطها من خلال الخضوع للمعالجة المحللة للبروتين الخاصة بها إما عن طريق التحفيز الذاتي أو الكاسباسات الأخرى4 استجابة لمحفز مثل عدوى الفيروس. كان يعتقد أن PANoptosis للخلايا المصابة ب IAV هي آلية دفاع مضيفة ، لكن IAV طورت طرقا للتهرب منها واستغلالها لتسهيل تكرارها1،2،5،6. أحدها هو استعداء العوامل المضيفة عن طريق الانقسام بوساطة caspase أو التدهور الذي يكون إما مضادا للفيروسات بطبيعته أو يتداخل مع إحدى خطوات دورة حياة IAV. تحقيقا لهذه الغاية ، تم اكتشاف عوامل المضيف ، الكورتاكتين ، HDAC4 ، و HDAC6 للخضوع للانقسام بوساطة caspase أو التدهور في الخلايا الظهارية المصابة IAV7،8،9. HDAC4 و HDAC6 هما عاملان مضادان ل IAV 8,10 ، ويتداخل الكورتاكتين مع تكرار IAV في مرحلة لاحقة من العدوى ، ربما أثناء التجميع الفيروسي والتبرعم11.

بالإضافة إلى ذلك ، يتم أيضا تنشيط العديد من caspases ، والتي بدورها تشق بروتينات متعددة لتنشيط الاستجابة الالتهابية للمضيف أثناء عدوى IAV 1,2. علاوة على ذلك ، فإن البروتين النووي (NP) ، وبروتين القناة الأيونية M2 من IAV12،13،14 ، والبروتينات المختلفة للفيروسات الأخرى3،15،16 تخضع أيضا للانقسام بوساطة caspase أثناء العدوى ، مما يؤثر على التسبب في الفيروس. لذلك ، هناك حاجة مستمرة لدراسة الانقسام بوساطة caspase أو تدهور البروتينات المضيفة والفيروسية أثناء IAV والتهابات الفيروسات الأخرى لفهم الأساس الجزيئي للتسبب الفيروسي. هنا ، يتم تقديم الطرق من أجل (1) تقييم انشقاق أو تدهور هذه البروتينات بواسطة الكاسباز ، (2) تحديد تلك الكاسباس ، و (3) تحديد مواقع الانقسام.

Protocol

تم الحصول على الموافقات التنظيمية من لجنة السلامة البيولوجية المؤسسية بجامعة أوتاجو للعمل مع IAV وخلايا الثدييات. تم استخدام كلية مادين داربي للكلاب (MDCK) أو الخلايا الظهارية السنخية الرئوية البشرية A549 والأنواع الفرعية IAV H1N1 للدراسة الحالية. نمت IAV في بيض الدجاج ، كما هو موضح في مكان آخر17. واستخدمت الظروف المعقمة والمعقمة للعمل مع خلايا الثدييات، واستخدم مرفق السلامة الأحيائية من المستوى 2 (أو الاحتواء المادي 2) وخزانة السلامة الأحيائية من الفئة الثانية للعمل مع الأنواع الفرعية من IAV.

1. تقييم انشقاق أو تدهور البروتينات في الخلايا المصابة ب IAV بواسطة الكاسباز

  1. بذرة 3 × 105 خلايا MDCK أو A549 لكل بئر في لوحة زراعة خلايا مكونة من 12 بئرا.
    ملاحظة: في حالة استخدام خلايا MDCK ، تأكد من أن الجسم المضاد ضد البروتين محل الاهتمام يتعرف على أنواع الكلاب.
  2. بذر الآبار في أزواج ، أي زوج تحكم - بئر واحد للعينة الوهمية غير المصابة وواحد للعينة المصابة - وزوج اختبار - بئر واحد لعينة المثبط A غير المصابة وواحد للعينة المثبطة المصابة A. زيادة عدد الأزواج مع كل مثبط إضافي (انظر المراجع7،8).
  3. احتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية تحت جو 5٪ CO2 بين عشية وضحاها.
  4. في اليوم التالي ، تصيب الخلايا ب IAV (نوع فرعي H1N1 أو نوع فرعي آخر).
    1. لهذا ، قم بإعداد لقاح الفيروس عن طريق تخفيف مخزون الفيروس في 400 ميكرولتر من الحد الأدنى من الوسط الأساسي الخالي من المصل (MEM) (انظر جدول المواد) عند تعدد العدوى (MOI) من 0.5-3.0 وحدات تشكيل البلاك (pfu) / الخلية 7,11 (عامل مضاعفة عدد الخلايا عند حساب MOI).
      ملاحظة: لإصابة خلايا MDCK ، استكمل لقاح الفيروس بتوسيل فينيل ألانيل كلوروميثيل كيتون (TPCK) - تربسين بتركيز نهائي قدره 1 ميكروغرام / مل.
  5. قم بإزالة وسط المزرعة القديم من الخلايا (الخطوة 1.3) واغسل الخلايا ب 1 مل / بئر من MEM 2x الخالي من المصل.
  6. أضف 400 ميكرولتر من لقاح الفيروس (الخطوة 1.4.1) إلى الخلايا واحتضانها لمدة ساعة واحدة عند 35 درجة مئوية تحت جو 5٪ CO2 .
  7. في غضون ذلك ، قم بتخفيف مثبط الكاسباز (على سبيل المثال ، Z-DEVD-FMK) ، أو مثبط الليزوزوم (على سبيل المثال ، NH4Cl) ، أو مثبط البروتيازوم (على سبيل المثال ، MG132) (انظر جدول المواد) بتركيز نهائي قدره 40 ميكرومتر أو 20 مللي مول أو 10 ميكرومتر ، على التوالي ، في MEM7 الخالي من المصل (انظر جدول المواد). المثبطان الأخيران بمثابة عنصر تحكم. تمييع حجم متساو من المذيب (إذا كان غير الماء) المستخدمة لإعادة تشكيل أحد المثبطات في وسط خال من المصل كوهمي.
  8. قم بإزالة لقاح الفيروس واغسل الخلايا كما في الخطوة 1.5 (1x).
  9. أضف MEM الخالي من المصل ، 1 مل / بئر ، وهميا أو مكملا بمثبط ، إلى الخلايا واحتضان الخلايا كما في الخطوة 1.6. تعتبر هذه النقطة الزمنية بمثابة عدوى 0 ساعة.
  10. بعد 24 ساعة ، احصد الخلايا عن طريق كشطها باستخدام مكبس حقنة سعة 1 مل (جانب مطاطي) ونقلها إلى أنبوب بولي بروبيلين سعة 1.5 مل.
  11. جهاز طرد مركزي للأنبوب عند 12000 × جم لمدة 1-2 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. جمع طافت باستخدام ماصة.
    ملاحظة: يمكن التخلص من هذا الطافي أو استخدامه في فحص اللويحات8 لقياس عيار ذرية الفيروس المنبعثة.
  12. اغسل حبيبات الخلية ب 250 ميكرولتر من محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS) عن طريق إعادة الطرد المركزي كما في الخطوة 1.11.
  13. قم بإزالة المادة الطافية وقم بتحليل الخلايا عن طريق إضافة 80-100 ميكرولتر من محلول تحلل الخلية (50 mM Tris-HCl ، درجة الحموضة 7.4 ، 150 mM كلوريد الصوديوم ، 0.5٪ كبريتات دوديسيل الصوديوم (SDS) ، 0.5٪ ديوكسي كولات الصوديوم ، 1٪ Triton X-100 ، وكوكتيل مثبط الأنزيم البروتيني 1x ، انظر جدول المواد) والدوامة.
  14. سخني الأنبوب عند 98 درجة مئوية لمدة 10 دقائق لتحلل تماما وتحضير محللة الخلية الكلية. قم بتخزين المحلل في 4 درجات مئوية لتنفيذ الخطوات 1.15-1.17 في اليوم التالي ، ولكن للحصول على أفضل النتائج ، قم بإنهاء هذه الخطوات في نفس اليوم.
  15. قم بتقدير كمية البروتين في كل عينة باستخدام مجموعة فحص BCA (انظر جدول المواد).
  16. حل كميات متساوية من البروتين من العينات غير المصابة والمصابة عن طريق الرحلان الكهربائي لهلام SDS-polyacrylamide القياسي (SDS-PAGE)11 جنبا إلى جنب مع علامات الوزن الجزيئي11.
  17. انقل البروتين إلى غشاء نيتروسليلوز أو بولي فينيليدين ثنائي فلوريد (PVDF) (انظر جدول المواد).
    ملاحظة: قد يعطي غشاء PVDF خلفية عالية في بعض أجهزة تصوير البقع الغربية. تحقق من التوافق.
  18. قم بإجراء النشاف الغربي للكشف عن البروتين محل الاهتمام باستخدام الطريقة الموضحة في مكان آخر11.
  19. قارن مستويات البروتين في ممرات العينات المصابة المعالجة والمعالجة بالمثبطات.
    ملاحظة: إذا تعافى مستوى البروتين في حارة العينة المصابة المعالجة بمثبطات الكاسباز ، فإن البروتين يشق أو يتحلل بواسطة الكاسباز. خلاف ذلك ، يتم تحلله إما عن طريق الليزوزوم أو البروتيازوم.
  20. حدد كمية استعادة البروتين عن طريق قياس شدة نطاقه في كل حارة من ثلاث نسخ متماثلة على الأقل من نفس التجربة وتطبيعها مع نطاق التحكم في التحميل المقابل.
  21. استخدم أي جهاز تصوير معاصر والبرامج المرتبطة به (انظر جدول المواد) لتصوير البقع الغربية وتحديد كمية استعادة البروتين.

2. تأكيد الانقسام بوساطة كاسباز أو تدهور البروتينات في الخلايا المصابة ب IAV عن طريق تداخل الحمض النووي الريبي

  1. تصميم أو الحصول على تصميم مسبق للحمض النووي الريبي الصغير المتداخل (siRNA) الذي يستهدف إما الكلاب أو الكاسباز البشري 3 وكاسباز 6 وكاسباز 7 (الجلاد كاسباس1) و siRNA للتحكم غير المستهدف (انظر جدول المواد).
  2. قم بتوصيل كل siRNA إلى خلايا MDCK أو A549 عن طريق النقل العكسي 8,11.
  3. لهذا ، قم بتخفيف 100 نانومتر من siRNA للتحكم أو caspase siRNA في أنابيب منفصلة أو حجم موصى به من كاشف النقل (انظر جدول المواد) في 100 ميكرولتر من الوسط المناسب (مثل OptiMEM ، انظر جدول المواد) ، واحتضان لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
  4. تحضير كل تخفيف في نسختين.
    ملاحظة: تتضمن هذه النسخة المكررة نسخة متماثلة واحدة لتحليل ضربة قاضية لتعبير caspase بواسطة RT-qPCR أو النشاف الغربي (في حالة توفر الأجسام المضادة للكاسباز) وآخر لتقييم استعادة البروتين محل الاهتمام عن طريق النشاف الغربي.
  5. امزج 100 ميكرولتر من كل محلول siRNA مع 100 ميكرولتر من محلول كاشف النقل (الخطوة 2.3) واحتضانه لمدة 20-45 دقيقة في درجة حرارة الغرفة لتشكيل مجمع كاشف siRNA-transfection.
  6. في غضون ذلك ، قم بتقسيم وإضافة 1 × 10 5 خلايا MDCK أو A549 في 800 ميكرولتر من وسط النمو الكامل ، واخلطها مع 200 ميكرولتر من مجمع كاشف siRNA-transfection (الخطوة2.5 ) ، وأضف 1 مل من المعلق إلى بئر من لوحة استزراع 12 بئرا. هذا التخفيف يرفع التركيز النهائي للتحكم siRNA أو caspase siRNA إلى 10 نانومتر.
  7. احتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية تحت جو 5٪ CO2 لمدة 72 ساعة.
  8. احصد الخلايا من نسخة متماثلة واحدة كما في الخطوة 1.10 ، وقم بمعالجتها للتحقق من صحة أو تأكيد ضربة قاضية لتعبير caspase 3 و caspase 6 و caspase 7 إما عن طريق RT-qPCR أو النشاف الغربي ، على التوالي ، باستخدام الطرق والبروتوكولات القياسية 8,11.
  9. تصيب الخلايا في النسخ المتماثل الآخر ب IAV كما هو موضح في الخطوات 1.4-1.9 (بدون مثبطات).
  10. بعد 24 ساعة ، قم بحصاد الخلايا ومعالجتها وتحليلها عن طريق النشاف الغربي وقياس وقياس وقياس استرداد البروتين كما هو موضح في الخطوات 1.10-1.20.

3. الطفرات الموجهة للموقع لتحديد موقع (مواقع) انقسام الكاسباز في عديد الببتيد

  1. استنساخ البروتين المشفر للجين المهم في بلازميد تعبير الثدييات11 أو الحصول عليه من مختبر أبحاث أو مصدر تجاري (انظر جدول المواد).
    ملاحظة: يفضل إذا تم استنساخ الجين بعلامة epitope أو كاندماج GFP لتمييز عديد الببتيد المعبر عنه خارج الرحم عن الببتيد المعبر عنه داخليا أثناء النشاف الغربي.
  2. باستخدام قواعد بيانات الركيزةcaspase 4 أو أدوات محاذاة البروتين ، حدد موقع أشكال الانقسام caspase التوافقية ، XXXD و DXXD ، على عديد الببتيد. تمتلك جميع أشكال الانقسام الكاسباس تقريبا حمض الأسبارتيك في موقع الانقسام (P1) 3،4.
  3. تحور حمض الأسبارتيك P1 المفترض إلى حمض الجلوتاميك أو حمض أميني غير قطبي (ألانين ، فالين) عن طريق الطفرات الموجهة للموقع متبوعة بتسلسل الحمض النووي11 باستخدام الطرق والبروتوكولات القياسية.
  4. قم بتوصيل الحمض النووي للبلازميد من النوع البري (WT) والحمض النووي البلازميد الطافر إلى خلايا MDCK أو A549 عن طريق النقل العكسي11.
    1. لهذا ، قم بتخفيف 2 ميكروغرام من الحمض النووي البلازميد أو الحجم الموصى به من كاشف النقل في 100 ميكرولتر من وسط مناسب (انظر الخطوة 2.3 وجدول المواد) في أنابيب منفصلة ، واحتضان لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
    2. امزج 100 ميكرولتر من كل محلول بلازميد DNA مع 100 ميكرولتر من محلول كاشف النقل واحتضانه لمدة 20-45 دقيقة في درجة حرارة الغرفة لتشكيل مجمع كاشف نقل الحمض النووي.
  5. في غضون ذلك ، قم بتقسيم وإضافة 3 × 105 خلايا MDCK أو A549 إلى 800 ميكرولتر من وسط النمو الكامل ، واخلطها مع 200 ميكرولتر من مركب كاشف نقل الحمض النووي ، وأضف معلق 1 مل إلى بئر من لوحة استزراع 12 بئرا.
  6. احتضان الخلايا عند 37 درجة مئوية تحت جو CO2 بنسبة 5٪.
  7. بعد 48 ساعة ، تصيب الخلايا ب IAV كما هو موضح في الخطوات 1.4-1.9 (دون إضافة المثبطات).
  8. بعد 24 ساعة ، قم بحصاد الخلايا ومعالجتها وتحليلها عن طريق النشاف الغربي (إن أمكن ، باستخدام الجسم المضاد لعلامة epitope أو GFP). بعد ذلك ، قم بقياس وتحديد تعافي البروتين كما هو موضح في الخطوات 1.10-1.20.

النتائج

العلاج مع مثبطات كاسباز 3
لقد تم اكتشاف أن الكورتاكتين المضيف ، HDAC4 ، و HDAC6 polyptides تخضع للتدهور استجابة لعدوى IAV في كل من خلايا الكلاب (MDCK) والبشرية (A549 ، NHBE)7،8،9. باستخدام الأساليب المذكورة أعلاه ، تم الكشف عن أن كاسباسات المضيف الت?...

Discussion

ثبت أن الفيروسات تصمم العوامل والمسارات المضيفة لصالحها. في المقابل ، تقاوم الخلايا المضيفة ذلك من خلال استخدام استراتيجيات مختلفة. واحدة من هذه الاستراتيجيات هي PANoptosis ، والتي تستخدمها الخلايا المضيفة كاستراتيجية مضادة للفيروسات ضد عدوى الفيروسات. ومع ذلك ، طورت فيروسات مثل IAV استراتيجي...

Disclosures

ليس لدى صاحب البلاغ أي تضارب في المصالح للإفصاح عنه.

Acknowledgements

يعترف المؤلف بجنيفر تيبر ، وبيلان لي ، وجيسي فان ويسترينين ، وكيفن هارود ، ودا يوان تشين ، وفرجانة أحمد ، وسونيا مروس ، وكينيث يامادا ، وريتشارد ويبي ، وموارد BEI (NIAID) ، ومجلس البحوث الصحية في نيوزيلندا ، وصندوق موريس وفيليس بايكل (نيوزيلندا) ، و HS و JC Anderson Trust (دنيدن) ، وقسم علم الأحياء الدقيقة والمناعة وكلية العلوم الطبية الحيوية (جامعة أوتاجو).

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
A549 cellsATCCCRM-CCL-185Human, epithelial, lung
Ammonium chlorideSigma-AldrichA9434
Caspase 3 InhibitorSigma-Aldrich264156-MAlso known as 'InSolution Caspase-3 Inhibitor II - Calbiochem'
cOmplete, Mini Protease Inhibitor CocktailRoche11836153001
Goat anti-NP antibodyGift from Richard Webby (St Jude Children’s Research Hospital, Memphis, USA) to MH
Lipofectamine 2000 Transfection ReagentThermoFisher Scientific31985062
Lipofectamine RNAiMAX Transfection ReagentThermoFisher Scientific13778150
MDCK cellsATCCCCL-34Dog, epithelial, kidney
MG132Sigma-AldrichM7449
Minimum Essential Medium (MEM)ThermoFisher Scientific11095080Add L-glutamine, antibiotics or other supplements as required
MISSION siRNA Universal Negative Control #1Sigma-AldrichSIC001
Odyssey Fc imager with Image Studio Lite software 5.2 LI-COROdyssey Fc has been replaced with Odyssey XF and Image Studio Lite software has been replaced with Empiria Studio software.
Pierce BCA Protein Assay KitThermoFisher Scientific23225
Plasmid expressing human cortactin-GFP fusion Addgene50728Gift from Kenneth Yamada to Addgene
Pre-designed small interferring RNA (siRNA) to caspase 3Sigma-AldrichNM_004346siRNA ID: SASI_Hs01_00139105
Pre-designed small interferring RNA to caspase 6Sigma-AldrichNM_001226siRNA ID: SASI_Hs01_00019062
Pre-designed small interferring RNA to caspase 7Sigma-AldrichNM_001227siRNA ID: SASI_Hs01_00128361
Pre-designed SYBR Green RT-qPCR Primer pairsSigma-AldrichKSPQ12012Primer Pair IDs: H_CASP3_1; H_CASP6_1; H_CASP7_1
Protran Premium nitrocellulose membraneCytiva (Fomerly GE Healthcare)10600003
Rabbit anti-actin antibodyAbcamab8227
Rabbit anti-cortactin antibodyCell Signaling3502
Rabbit anti-GFP antibodyTakara632592
SeeBlue Pre-stained Protein StandardThermoFisher ScientificLC5625
Transfection medium, Opti-MEMThermoFisher Scientific11668019
Tris-HCl, NaCl, SDS, Sodium Deoxycholate, Triton X-100Merck
Trypsin, TPCK-TreatedSigma-Aldrich4370285

References

  1. Place, D. E., Lee, S., Kanneganti, T. -. D. PANoptosis in microbial infection. Current Opinion in Microbiology. 59, 42-49 (2021).
  2. Zheng, M., Kanneganti, T. -. D. The regulation of the ZBP1-NLRP3 inflammasome and its implications in pyroptosis, apoptosis, and necroptosis (PANoptosis). Immunological Reviews. 297 (1), 26-38 (2020).
  3. Connolly, P. F., Fearnhead, H. O. Viral hijacking of host caspases: An emerging category of pathogen-host interactions. Cell Death & Differentiation. 24 (8), 1401-1410 (2017).
  4. Julien, O., Wells, J. A. Caspases and their substrates. Cell Death & Differentiation. 24 (8), 1380-1389 (2017).
  5. Balachandran, S., Rall, G. F., Gack, M. U. Benefits and perils of necroptosis in influenza virus infection. Journal of Virology. 94 (9), 01101-01119 (2020).
  6. Ampomah, P. B., Lim, L. H. K. Influenza A virus-induced apoptosis and virus propagation. Apoptosis. 25 (1-2), 1-11 (2020).
  7. Chen, D. Y., Husain, M. Caspase-mediated degradation of host cortactin that promotes influenza A virus infection in epithelial cells. Virology. 497, 146-156 (2016).
  8. Galvin, H. D., Husain, M. Influenza A virus-induced host caspase and viral PA-X antagonize the antiviral host factor, histone deacetylase 4. Journal of Biological Chemistry. 294 (52), 20207-20221 (2019).
  9. Husain, M., Harrod, K. S. Influenza A virus-induced caspase-3 cleaves the histone deacetylase 6 in infected epithelial cells. FEBS Letters. 583 (15), 2517-2520 (2009).
  10. Husain, M., Cheung, C. Y. Histone deacetylase 6 inhibits influenza A virus release by downregulating the trafficking of viral components to the plasma membrane via its substrate, acetylated microtubules. Journal of Virology. 88 (19), 11229-11239 (2014).
  11. Chen, D. Y., Husain, M. Caspase-mediated cleavage of human cortactin during influenza A virus infection occurs in its actin-binding domains and is associated with released virus titres. Viruses. 12 (1), 87 (2020).
  12. Zhirnov, O. P., Syrtzev, V. V. Influenza virus pathogenicity is determined by caspase cleavage motifs located in the viral proteins. Journal of Molecular and Genetic Medicine. 3 (1), 124-132 (2009).
  13. Zhirnov, O. P., Klenk, H. -. D. Alterations in caspase cleavage motifs of NP and M2 proteins attenuate virulence of a highly pathogenic avian influenza virus. Virology. 394 (1), 57-63 (2009).
  14. Zhirnov, O. P., Konakova, T. E., Garten, W., Klenk, H. Caspase-dependent N-terminal cleavage of influenza virus nucleocapsid protein in infected cells. Journal of Virology. 73 (12), 10158-10163 (1999).
  15. Robinson, B. A., Van Winkle, J. A., McCune, B. T., Peters, A. M., Nice, T. J. Caspase-mediated cleavage of murine norovirus NS1/2 potentiates apoptosis and is required for persistent infection of intestinal epithelial cells. PLOS Pathogens. 15 (7), 1007940 (2019).
  16. Richard, A., Tulasne, D. Caspase cleavage of viral proteins, another way for viruses to make the best of apoptosis. Cell Death & Disease. 3 (3), 277 (2012).
  17. Brauer, R., Chen, P. Influenza virus propagation in embryonated chicken eggs. Journal of Visualized Experiments. (97), e52421 (2015).
  18. Lüthi, A. U., Martin, S. J. The CASBAH: A searchable database of caspase substrates. Cell Death & Differentiation. 14 (4), 641-650 (2007).
  19. Kumar, S., van Raam, B. J., Salvesen, G. S., Cieplak, P. Caspase cleavage sites in the human proteome: CaspDB, a database of predicted substrates. PLoS One. 9 (10), 110539 (2014).
  20. Igarashi, Y., et al. CutDB: A proteolytic event database. Nucleic Acids Research. 35 (Database issue). 35, 546-549 (2007).
  21. Crawford, E. D., et al. The DegraBase: A database of proteolysis in healthy and apoptotic human cells. Molecular & Cellular Proteomics. 12 (3), 813-824 (2013).
  22. Rawlings, N. D., Tolle, D. P., Barrett, A. J. MEROPS: The peptidase database. Nucleic Acids Research. 32, 160-164 (2004).
  23. Lange, P. F., Overall, C. M. TopFIND, a knowledgebase linking protein termini with function. Nature Methods. 8 (9), 703-704 (2011).
  24. Fortelny, N., Yang, S., Pavlidis, P., Lange, P. F., Overall, C. M. Proteome TopFIND 3.0 with TopFINDer and PathFINDer: Database and analysis tools for the association of protein termini to pre- and post-translational events. Nucleic Acids Research. 43, 290-297 (2015).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

185

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved