JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

هنا ، نصف بالتفصيل بروتوكول تحديد طول التيلومير باستخدام الكشف الكيميائي غير المشع ، مع التركيز على تحسين معلمات الأداء المختلفة لمجموعة فحص طول التيلومير TAGGG ، مثل الكميات العازلة وتركيزات المسبار.

Abstract

التيلوميرات هي تسلسلات متكررة موجودة في نهايات الكروموسومات. تقصيرها هو سمة مميزة للخلايا الجسدية البشرية. يحدث التقصير بسبب مشكلة في النسخ المتماثل النهائي وغياب إنزيم التيلوميراز المسؤول عن الحفاظ على طول التيلومير. ومن المثير للاهتمام أن التيلوميرات تقصر أيضا استجابة للعمليات الفسيولوجية الداخلية المختلفة ، مثل الإجهاد التأكسدي والالتهاب ، والتي قد تتأثر بسبب العوامل خارج الخلية مثل الملوثات أو العوامل المعدية أو المغذيات أو الإشعاع. وبالتالي ، فإن طول التيلومير بمثابة علامة حيوية ممتازة للشيخوخة ومعايير الصحة الفسيولوجية المختلفة. تستخدم مجموعة فحص طول التيلومير TAGGG لتحديد متوسط أطوال التيلومير باستخدام مقايسة جزء تقييد التيلومير (TRF) وهي قابلة للتكرار بدرجة كبيرة. ومع ذلك ، فهي طريقة مكلفة ، ولهذا السبب ، لا يتم استخدامها بشكل روتيني لأعداد العينات الكبيرة. هنا ، نصف بروتوكولا مفصلا لقياس محسن وفعال من حيث التكلفة لطول التيلومير باستخدام البقع الجنوبية أو تحليل TRF والكشف القائم على التلألؤ الكيميائي غير المشع.

Introduction

التيلوميرات هي تسلسلات الحمض النووي المتكررة الموجودة في نهاية الكروموسومات. لديهم تكرارات ترادفية ل TTAGGG ويحافظون على سلامة الجينوم من خلال حماية الكروموسوم من كل من الاهتراء ومشكلة النسخ المتماثل النهائي ، مما يعني أن جزءا من الجزء المتدلي 3 بوصات لا يمكن تكراره بواسطة بوليميراز الحمض النووي 1,2. تؤدي التيلوميرات القصيرة إلى تشوهات كروموسومية في الخلايا ، بسبب توقف الخلايا بشكل دائم في مرحلة تسمى الشيخوخة المتماثلة3. تسبب التيلوميرات القصيرة أيضا مجموعة من المشاكل الأخرى ، مثل خلل الميتوكوندريا 4,5 وخلل الخلية.

يتم فقدان التكرارات التيلوميرية للحمض النووي عندما تنقسم الخلية ، بمتوسط خسارة من 25 إلى 200 نقطة أساس في السنة 6 ، مما يؤدي إلى الشيخوخة الخلوية بعد عدد معين من الانقسامات6. ترتبط الشيخوخة بتواتر أعلى من الأمراض المصاحبة ، والتي تتميز بتقصير طولالتيلومير 7. تحليل جزء تقييد التيلومير (TRF) ، كما وصفه ميندر ، هو طريقة مكلفة للغاية8. لهذا السبب ، لا يتم تنفيذه أثناء تحديد طول التيلومير في معظم الدراسات.

في الوقت الحاضر ، تستخدم غالبية الدراسات الوبائية قياسات كمية لطول التيلومير القائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل (qPCR). ومع ذلك ، فإن الطريقة القائمة على qPCR هي طريقة قياس نسبية ، لأنها تقيس النسبة بين التيلوميرات ومنتجات تضخيم الجينات أحادية النسخة ، وليس طول التيلومير المطلق. قياس طول التيلومير باستخدام بروتوكول TRF هو الطريقة القياسية الذهبية ، حيث يمكنه قياس توزيع طول التيلومير في العينة ويمكن التعبير عن القياسات بالقيم المطلقة بالكيلوباس (kb). ومع ذلك ، فإن استخدامه محدود لأنه مرهق وكثيف العمالة ومكلف. هنا ، نقدم بروتوكولا محسنا لقياس طول التيلومير باستخدام TRFs القائمة على التلألؤ الكيميائي.

يتضمن تحليل TRF سبع خطوات رئيسية: 1) زراعة الخلايا لاستخراج الحمض النووي الجينومي ، 2) استخراج الحمض النووي الجينومي باستخدام الفينول: الكلوروفورم: طريقة كحول الأيزو أميل(P: C: I) ، 3) تقييد هضم الحمض النووي الجينومي ، 4) هلام الأغاروز الكهربائي ، 5) النشاف الجنوبي لجزء الحمض النووي لهضم التقييد ، 6) التهجين والكشف عن طريق التلألؤ الكيميائي - يتم تصور مسبار التيلومير المتجمد بواسطة ركيزة كيميائية شديدة الحساسية للفوسفاتيز القلوي ، ثنائي الصوديوم 2-كلورو -5- (4-ميثوكسي سبيرو [1،2-ديوكسيتان-3،2′- (5-كلوروتريسيكلو [3.3.1.13.7] ديكان]) -4-يل] -1-فينيل فوسفات (CDP-Star) - و 7) تحليل للحصول على متوسط طول التيلومير ومعلومات النطاق من هذه اللطاخات التيلومية.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

ملاحظة: انظر جدول المواد للحصول على تفاصيل حول جميع الكواشف المستخدمة في البروتوكول أدناه. ويدرج الجدول 1 الكواشف المصنوعة في المختبر إلى جانب الأحجام المحسنة، ويبين الجدول 2 تركيزات العمل من الكواشف المتاحة تجاريا.

1. ثقافة الخلية

  1. الحفاظ على الخلايا التي سيتم قياس طول التيلومير الخاص بها (المستخدمة هنا كانت خلايا A2780 ، وهي خط خلايا غدية المبيض) في وسط النسر المعدل (DMEM) من Dulbecco الوسط الكامل المكمل بمصل بقري جنيني بنسبة 10٪ (FBS) ، والستربتومايسين ، والبنسلين ، والأمفوتريسين B في طبق بتري 6 سم. احتضان عند 37 درجة مئوية في بيئة رطبة وخاضعة للرقابة تحتوي على 5٪ ثاني أكسيد الكربون حتى تتجمع الخلايا بنسبة 80٪ -100٪.
  2. قم بإزالة الوسائط واغسلها ب 5 مل من 1x محلول ملحي مخزن بالفوسفات (PBS).
  3. عالج الخلايا ب 1 مل من حمض التربسين والإيثيلين ديامينيترايتيك (EDTA) لفصل الخلايا عن طريق الحضانة عند 37 درجة مئوية لمدة 3-5 دقائق.
  4. أضف 2 مل من وسائط DMEM الكاملة لتعطيل التربسين وجمع الخلايا في أنبوب طرد مركزي.
  5. حبيبات الخلايا في 2,348 × غرام لمدة 5 دقائق.
  6. اغسل الحبيبات باستخدام 1x PBS وأجهزة طرد مركزي عند 2,348 × جم لمدة 5 دقائق.
  7. قم بتخزين الحبيبات في درجة حرارة -80 درجة مئوية حتى الاستخدام مرة أخرى.
    ملاحظة: يمكن أن يختلف عدد الخلايا حسب خط الخلية. حصلنا على ما يقرب من 2.5 × 106 خلايا في حالة خط الخلايا A2780 ، والذي يستخدم في خطوات أخرى.

2. عزل الحمض النووي الجينومي

  1. أضف 500 ميكرولتر من محلول التحلل (10 مللي متر tris-Cl ، درجة الحموضة 8.0 ؛ 25 مللي متر EDTA ، درجة الحموضة 8.0 ؛ 100 مللي مول كلوريد الصوديوم ؛ 0.5٪ وزن / فولت كبريتات دوديسيل الصوديوم) إلى حبيبات الخلية واخلطها برفق باستخدام طرف مقطوع (بقطر فتحة لا يقل عن 2 مم). أضف 20 ميكروغرام / مل من RNase A المحضر حديثا واخلطه برفق عن طريق الانقلاب.
  2. احتضان في 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة وأحيانا عكس الأنبوب أثناء الحضانة.
  3. أضف بروتيناز K إلى تركيز نهائي قدره 100 ميكروغرام / مل واخلطه برفق عن طريق الانعكاس 10 مرات. احتضان عند 55 درجة مئوية لمدة 2 ساعة. اقلب الأنبوب على فترات منتظمة (كل 10 دقائق) أثناء الحضانة.
  4. أضف 500 ميكرولتر من الفينول: الكلوروفورم: كاشف كحول الأيزو أميل (25:24:1) واخلطه برفق عن طريق الانقلاب 20 مرة. جهاز طرد مركزي عند 9391 × جم لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة (حوالي 25 درجة مئوية).
    ملاحظة: يوضح الشكل 1 أ الطبقات الثلاث التي تم الحصول عليها بعد الطرد المركزي.
  5. قم بإزالة الطبقة المائية العلوية اللزجة من الطبقات الثلاث المرئية ، وضعها في أنبوب جديد باستخدام طرف مقطوع ، وأضف كمية متساوية من الكلوروفورم. تخلط بانعكاس لطيف 20 مرة.
  6. أجهزة الطرد المركزي الأنابيب عند 9391 × جم لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
  7. اجمع الطبقة المائية وأضف كمية مناسبة من 5 M NaCl بحيث يكون التركيز النهائي لكلوريد الصوديوم 0.2 M.
  8. أضف مجلدين من الإيثانول بنسبة 100٪. تخلط عن طريق انعكاس لطيف 20-25 مرة. جهاز طرد مركزي عند 15,871 × جم لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
  9. قم بإزالة المادة الطافية وأضف 500 ميكرولتر من الإيثانول بنسبة 70٪ لغسل الحبيبات. أجهزة الطرد المركزي عند 15871 × جم لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
  10. قم بإزالة المادة الطافية ، وجفف الحبيبات بالهواء لبضع دقائق ، وأضف 50 ميكرولتر من الماء المعقم الخالي من النيوكلياز. اسمح للحمض النووي بإعادة الترطيب لمدة 1-2 أيام في درجة حرارة الغرفة. تخلط عن طريق السحب باستخدام طرف القطع.
  11. قياس تركيز الحمض النووي باستخدام قياس الطيف الضوئي بالأشعة فوق البنفسجية (UV). قم بتخفيف العينات ، إذا لزم الأمر ، باستخدام ماء معقم خال من النيوكلياز للحصول على تركيز لا يقل عن 300-500 نانوغرام / ميكرولتر.
  12. تحقق من سلامة الحمض النووي عن طريق تشغيله على هلام أغاروز 1٪ (الشكل 1 ب).
  13. قم بتخزين الحمض النووي المخفف في -20 درجة مئوية حتى الاستخدام مرة أخرى.

3. هضم الحمض النووي الجينومي

  1. تحضير خليط إنزيم من Rsa1 (20 U) و Hinf1 (20 U) وإضافة 2 ميكرولتر من المخزن المؤقت لهضم التقييد لكل تفاعل.
  2. خذ حجما مناسبا من الحمض النووي الجينومي بحيث تكون الكمية الإجمالية للحمض النووي 1.5 ميكروغرام. قم بتكوين الحجم بماء معقم خال من النيوكلياز ، بحيث يكون الحجم الكلي بعد إضافة الإنزيم 20 ميكرولتر.
  3. تخلط جيدا عن طريق النقر ، تليها تدور النبض.
  4. احتضان الخليط على حرارة 37 درجة مئوية لمدة 2 ساعة.

4. هلام الاغاروز الكهربائي

  1. تحضير 10 سم × 15 سم 0.8٪ هلام الأغاروز في 1x ثلاثي خلات EDTA (TAE) العازلة باستخدام أغاروز عالية الجودة.
  2. أضف 5 ميكرولتر من صبغة التحميل إلى كل عينة من الحمض النووي الجينومي المهضوم ، مما يجعل الحجم النهائي 25 ميكرولتر ، وقم بتحميل العينات على الهلام.
  3. قم بإعداد مزيج الواسمات الجزيئية باستخدام 1 ميكرولتر من الواسمات الجزيئية (سلم) ، و 3 ميكرولتر من الماء المعقم الخالي من النيوكلياز ، و 1 ميكرولتر من صبغة التحميل 5x.
  4. قم بتحميل 5 ميكرولتر من مزيج الواسمات الجزيئية على جانبي عينات الحمض النووي المهضومة الجينومية إذا كان هناك عدد أكبر من العينات (~ 10) ، أو على جانب واحد فقط إذا كان هناك أقل من أو يساوي خمس عينات.
  5. قم بتشغيل الجل عند 5 فولت / سم لمدة 6 ساعات. بمجرد اكتمال التشغيل ، قم بعمل شق على أحد أركان الجل لتحديد ترتيب التحميل.
  6. اغمر الجل في 0.25 M حمض الهيدروكلوريك لمدة 10 دقائق في درجة حرارة الغرفة مع التقليب اللطيف.
  7. شطف الجل مرتين بالماء المقطر.
  8. قم بتشويه الحمض النووي عن طريق غمر الجل في محلول 0.5 M NaOH و 1.5 M NaCl مرتين لمدة 15 دقيقة لكل منهما في درجة حرارة الغرفة مع تحريض لطيف.
  9. شطف الجل مرتين بالماء المقطر.
  10. قم بتحييد الحمض النووي عن طريق غمر الجل في محلول 0.5 M tris-HCl و 3 M NaCl (درجة الحموضة 7.5) مرتين لمدة 15 دقيقة في درجة حرارة الغرفة مع تحريض لطيف.

5. النشاف الجنوبي

  1. قطع غشاء النايلون من 10 سم × 12 سم في الحجم وجعل الشق في نفس موقف الجل.
  2. قم بتنشيط الغشاء عن طريق الغمس في الماء المقطر متبوعا بمحلول سترات محلول ملحي الصوديوم (SSC) 20x (انظر الجدول 1).
  3. قم بإعداد النقل.
    1. خذ صينية زجاجية نظيفة وضع صينية أخرى فيها في وضع مقلوب. قم بإنشاء فتيل باستخدام ورق ترشيح عادي بحيث تلامس الأطراف قاعدة الدرج الخارجي.
    2. ضع الجل فوق ورق الترشيح. ضع غشاء النايلون المنشط برفق فوق الجل ، مع تداخل الشقوق ، وقم بإزالة أي فقاعات هواء عن طريق التدحرج فوق قضيب زجاجي.
    3. ضع كومة 2 سم من ورق ترشيح السليلوز 9.5 سم × 11.5 سم ، متبوعا بكومة 6 سم من ورق الترشيح العادي بنفس الأبعاد. ضع وزنا فوق هذا الإعداد بحيث يكون هناك توزيع متساو للوزن أدناه. املأ الدرج الخارجي بمخزن مؤقت SSC 20x (انظر الشكل 2).
    4. اترك الإعداد للنقل بين عشية وضحاها.
  4. بعد النقل الجنوبي ، قم بتثبيت الحمض النووي المنقول على الغشاء عن طريق التشابك فوق البنفسجي على جهاز تحويل الأشعة فوق البنفسجية أو رابط متشابك للأشعة فوق البنفسجية. استخدم مصباح 302 نانومتر 8 واط لمدة 5 دقائق ، أو مصباح 254 نانومتر 8 واط لمدة 2 دقيقة ، وهو ما يعادل حوالي 120 مللي جول. تأكد من أن جانب الغشاء الذي يتم نقل الحمض النووي عليه يواجه المصباح.
  5. اغسل الغشاء مرتين باستخدام 25 مل من 2x SSC buffer.
  6. أوقف البروتوكول مؤقتا ، إذا لزم الأمر ، عن طريق تجفيف البقعة تماما وتخزينها عند 2-8 درجة مئوية بعد لفها بشكل غير محكم في ورق القصدير ، حتى تتم المعالجة الإضافية.

6. التهجين والكشف عن التلألؤ الكيميائي

  1. سخن المخزن المؤقت للتهجين المسبق إلى 42 درجة مئوية.
    ملاحظة: تتضمن الخطوات التالية كميات المحاليل / المخازن المؤقتة التي سيتم استخدامها لكل 100 سم2 من اللطخة.
  2. احتضان الغشاء في 10 مل من المخزن المؤقت قبل التهجين لمدة 1 ساعة عند 42 درجة مئوية مع التقليب اللطيف للتهجين المسبق.
  3. أضف 0.5 ميكرولتر من مسبار التيلومير لكل 5 مل من المخزن المؤقت للتهجين المسبق التسخين لصنع محلول التهجين.
  4. احتضان اللطخة في 10 مل من محلول التهجين عند 42 درجة مئوية لمدة 3 ساعات مع التقليب اللطيف.
  5. اغسل اللطخة بمحلول مؤقت صارم 1 (الجدول 1) مرتين لمدة 10 دقائق (25 مل لكل منهما) في درجة حرارة الغرفة مع تحريط لطيف.
  6. المخزن المؤقت الصارم 2 (الجدول 1) لمدة 30 دقيقة عند 50 درجة مئوية.
  7. اغسل اللطخة بمحلول مؤقت صارم 2 مرتين لمدة 15 دقيقة (25 مل لكل منهما) عند 50 درجة مئوية مع تحريط لطيف.
  8. اشطفيه ب 15 مل من محلول الغسيل لمدة 5 دقائق مع التقليب اللطيف في RT.
  9. احتضان الغشاء في 10 مل من محلول حجب 1x المحضر حديثا لمدة 30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة مع تحريض لطيف.
  10. احتضان الغشاء في 10 مل من مضاد الديجيوكسيجينين المترافق مع محلول عمل الفوسفاتيز القلوي (انظر الجدول 2) لمدة 30 دقيقة في RT مع تحريض لطيف.
  11. اغسل اللطخة مرتين باستخدام المخزن المؤقت للغسيل في درجة حرارة الغرفة لمدة 15 دقيقة مع تحريط لطيف.
  12. احتضان في 10 مل من المخزن المؤقت للكشف لمدة 5 دقائق في RT مع تحريض لطيف.
  13. قم بإزالة المخزن المؤقت للكشف الزائد واحتفظ بالغشاء مع توجيه الحمض النووي لأعلى على كيس تهجين أو صفيحة خلات. أضف ~ 1-1.5 مل من محلول الركيزة بالتنقيط على الغشاء ، ضع ورقة أخرى على الفور ، واحتضانها لمدة 5 دقائق في RT.
  14. الضغط على حل الركيزة الزائدة للتصوير.
  15. قم بتصوير اللطخة لمدة 20 دقيقة تقريبا في نظام تصوير وثائق هلامية ، مع جمع صور متعددة في نقاط زمنية مختلفة. حدد الصور غير المشبعة لمزيد من التحليل.
    ملاحظة: في حالة ضعف الإشارة ، يمكن إجراء التصوير لفترة أطول من الوقت.

7. التحليل

  1. بعد الحصول على ملفات الصور ، قم بتصديرها للنشر بتنسيق .tif بأعلى دقة ممكنة (600 نقطة في البوصة في هذه الحالة).
  2. قم بتثبيت برنامج Telotool . يتطلب هذا إصدارا محددا (R2012a) من MATLAB (متاح مجانا) للتشغيل.
  3. افتح البرنامج وانقر على زر تحميل ملف الصورة في أعلى اليمين.
  4. بعد تحميل الصورة ، انقر فوق عكس الصورة ، بحيث تكون خلفية الصورة سوداء وتكون اللطاخات / الأشرطة بيضاء.
  5. اقتصاص الصورة مع الزوايا العليا بدءا من الآبار. بعد إجراء تحديد الاقتصاص ، انقر بزر الماوس الأيمن بداخله وحدد اقتصاص الصورة.
  6. بعد اقتصاص الصورة ، انقر فوق حساب الممرات واسمح باكتشاف المسار تلقائيا.
  7. إذا لم يتم اكتشاف الممرات بشكل صحيح ، على سبيل المثال ، إذا لم يتم اكتشاف ممرات معينة على الإطلاق ، أو إذا تم اكتشاف ممرات إضافية أو جزئية ، فقم بإجراء تعديل المسار كما هو موضح أدناه.
    1. انقر فوق ضبط الممرات وفي النافذة المنبثقة التي تفتح ، أضف و / أو اضبط الممرات حسب الحاجة ، وانقر فوق تطبيق وإغلاق.
  8. بعد ضبط الممرات ، تأكد من رؤية نقطة حمراء على كل من الممرات واضبط السلالم باستخدام زر Ladder Fit ، مع التأكد من أن عدد القمم في كلا حارتي السلم في نفس الموضع. قم بإزالة أي قمم غريبة باستخدام زر حذف الحد الأقصى .
  9. بعد ضبط السلالم ، حدد ملفات تعريف المسار ، وانقر فوق ملاءمة السلم ، وحدد ملاءمة متعددة الحدود.
  10. انقر فوق Trendline ، على النحو الموصى به من قبل البرنامج ، ثم حدد مصحح في الخيار التالي.
  11. انقر فوق الحصول على النتائج لعرض النتائج كجدول ، حيث يكون متوسط صف TRF هو قياس طول التيلومير لعينات الحارة المعنية.
  12. انقر فوق حفظ الكل لتخزين النتائج في شكل جدول بيانات.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

النتائج

أظهر الحمض النووي الجينومي المستخرج (gDNA) ، والذي تم تشغيله على هلام أغاروز 1٪ ، سلامة جيدة ، كما هو موضح في الشكل 1B ، مما يشير إلى أنه يمكن استخدام العينة لمزيد من المعالجة النهائية ل TRFs. ثم تم إجراء اختبار TRF عن طريق تعديل أحجام الحلول المطلوبة في كل خطوة (انظر الجدول 1

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

وصفنا إجراء مفصلا لطريقة غير مشعة قائمة على التلألؤ الكيميائي لقياس طول التيلومير باستخدام النشاف الجنوبي. وقد اختبر البروتوكول للسماح بالاستخدام الحكيم للعديد من الكواشف دون المساس بجودة النتائج. يمكن إعادة استخدام المخزن المؤقت للتهجين والتهجين حتى خمس مرات. يمكن أن يتراوح تركيز الإن...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

ليس لدى المؤلفين أي تضارب في المصالح.

Acknowledgements

نود أن نعرب عن تقديرنا للسيدة براتشي شاه لمساعدتنا في البداية في تحسين البروتوكول. نود أن نشكر الدكتور مانوج جارج على توفير خط خلايا سرطان المبيض A2780. يتم دعم EK من خلال منحة بحثية من قسم التكنولوجيا الحيوية (رقم BT / RLF / Re-entry / 06/2015) ، وقسم العلوم والتكنولوجيا (ECR / 2018 / 002117) ، ومنحة NMIMS Seed Grant (IO 401405).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
Cell Line
A2780 (Ovarian adenocarcinoma cell line)Received as a gift
Equipment
ChemiDoc XRS+ (for imaging and UV cross linking)BioradUniversal hood II (721BR14277)
Nanodrop (Epoch 2)BiotekEPOCH2
Software
TeloToolVersion 1.3
Materials
Acetic AcidMolychem64-19-7
AgaroseMP180720
Amphotericin BGibco, ThermoFisher Scientific, USA15240062
DMEM HyClone, Cytiva, USASH30243.01
Ethylenediamine tetraacetic acid Molychem6381-92-6
HI FBSGibco, ThermoFisher Scientific, USA10270106
HClMolychem76-47-01-0
NaClMolychem7647-14-5
NaOHMolychem1310-73-2
Nylon membraneSigma11209299001
PenicillinGibco, ThermoFisher Scientific, USA15240062
Sodium dodecyl sulfateAffymetrix151-21-3
StreptomycinGibco, ThermoFisher Scientific, USA15240062
TrisBIORAD77-86-1
Tris HClSigma Aldrich1185-53-1
Whatman paperGE healthcare lifesciences1001-917
Reagents
1 kb ladderNEBN3232S
20x SSCInvitrogen15557-036
Anti DIG APTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Blocking solution 10xTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Cutsmart BufferNEBB6004
Detection buffer 10xTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Dig easy hybTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Digestion BufferTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Hinf 1Telo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Hinf 1 (alternative to kit)NEBR0155T
Loading DyeBIOLABSN3231S
Maleic acid buffer 10xTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Molecular markerTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
ProbeTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Rsa 1Telo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Rsa 1 (alternative to kit)NEBR0167L
SubstrateTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001
Wash bufferTelo TAGGG Telomere Length Assay kit12209136001

References

  1. Greider, C. W. Telomere length regulation. Annual Review of Biochemistry. 65, 337-365 (1996).
  2. Valdes, A. M., et al. Obesity, cigarette smoking, and telomere length in women. Lancet. 366 (9486), 662-664 (2005).
  3. Allsopp, R. C., et al. Telomere length predicts replicative capacity of human fibroblasts. Proceedings of the National Academy of Sciences. 89 (21), 10114-10118 (1992).
  4. Epel, E. S., et al. Accelerated telomere shortening in response to life stress. Proceedings of the National Academy of Sciences. 101 (49), 17312-17315 (2004).
  5. Canela, A., Vera, E., Klatt, P., Blasco, M. A. High-throughput telomere length quantification by FISH and its application to human population studies. Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (13), 5300-5305 (2007).
  6. Révész, D., Milaneschi, Y., Verhoeven, J. E., Penninx, B. W. Telomere length as a marker of cellular aging is associated with prevalence and progression of metabolic syndrome. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 99 (12), 4607-4615 (2014).
  7. Rizvi, S., Raza, S. T., Mahdi, F. Telomere length variations in aging and age-related diseases. Current Aging Science. 7 (3), 161-167 (2014).
  8. Mender, I., Shay, J. W. Telomere restriction fragment (TRF) analysis. Bio-Protocol. 5 (22), e1658(2015).
  9. Zhu, Y., Liu, X., Ding, X., Wang, F., Geng, X. Telomere and its role in the aging pathways: telomere shortening, cell senescence and mitochondria dysfunction. Biogerontology. 20 (1), 1-16 (2019).
  10. Göhring, J., Fulcher, N., Jacak, J., Riha, K. TeloTool: a new tool for telomere length measurement from terminal restriction fragment analysis with improved probe intensity correction. Nucleic Acids Research. 42 (3), 21(2014).
  11. Jenkins, F. J., Kerr, C. M., Fouquerel, E., Bovbjerg, D. H., Opresko, P. L. Modified terminal restriction fragment analysis for quantifying telomere length using in-gel hybridization. Journal of Visualized Experiments. (125), e56001(2017).
  12. Fojtová, M., Fajkus, P., Sováková, P. P., Fajkus, J. Terminal restriction fragments (TRF) method to analyze telomere lengths. Bio-protocol. 5 (23), e1671(2015).
  13. Kimura, M., et al. Measurement of telomere length by the Southern blot analysis of terminal restriction fragment lengths. Nature Protocols. 5 (9), 1596-1607 (2010).
  14. Trigodet, F., et al. High molecular weight DNA extraction strategies for long-read sequencing of complex metagenomes. Molecular Ecology Resources. 22 (5), 1786-1802 (2022).
  15. Lai, T. P., Wright, W. E., Shay, J. W. Comparison of telomere length measurement methods. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences. 373 (1741), 20160451(2018).
  16. Mochida, A., et al. Telomere size and telomerase activity in Epstein-Barr virus (EBV)-positive and EBV-negative Burkitt's lymphoma cell lines. Archives of Virology. 150 (10), 2139-2150 (2005).
  17. Gupta, N., et al. Replicative senescence, telomere shortening and cell proliferation rate in Gaddi goat's skin fibroblast cell line. Cell Biology International. 31 (10), 1257-1264 (2007).
  18. Michaeli, J., et al. Leukocyte telomere length correlates with extended female fertility. Cells. 11 (3), 513(2022).
  19. Lesmana, A., et al. Continuous reference intervals for leukocyte telomere length in children: the method matters. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. 59 (7), 1279-1288 (2021).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

JoVE 194

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved