تلقينا مساعدة فنية من مرفق البوليمرات الحيوية في كلية الطب بجامعة هارفارد للمحلل الحيوي. تم دعم هذا العمل من خلال منحة أبحاث الجمعية الوطنية للتصلب المتعدد RG-1707-28516 (H.L.W. و S.L.).

تمت الموافقة على جميع الطرق التي تنطوي على البحث الموصوفة هنا من قبل اللجنة المؤسسية لرعاية واستخدام الحيوانات (IACUC) في مستشفى بريغهام والنساء ، كلية الطب بجامعة هارفارد.
تتوافق جميع الطرق التي تتضمن موضوعات البحث البشري الموضحة هنا مع الإرشادات التي وضعتها لجنة الأبحاث البشرية للشركاء.
1. جمع عينات البراز
<ol><li>الأوتوكلاف أو إعداد أنبوب طرد مركزي دقيق معقم وخالي من النيوكلياز سعة 2 مل مع غطاء لولبي لكل موضوع في التجربة.<ol><li>بالنسبة للبشر ، قم بتوفير جهاز جمع عينات براز مناسب وخالي من النيوكلياز ومعقم لكل موضوع.</li>
	</ol></li>
	<li>جمع 25-100 ملغ (حوالي 1-4 كريات برازية لعينات براز الفأر) من عينات البراز من كل موضوع حيواني في بيئة معقمة. ملاحظة: يفضل استخدام اثنين أو أكثر من الكريات البرازية (~ 50 مجم أو أثقل) للحصول على الحمض النووي الريبي من أعلى درجة نقاء.<ol><li>استخدم جميع معدات ومواد الحماية الشخصية اللازمة ، على سبيل المثال: زوج من قفازات المختبر ، ورذاذ مطهر ومنشفة ورقية معقمة ، لتعقيم منطقة العمل ، حيث يتم وضع موضوع البحث الحيواني ، لتجنب تلوث عينة البراز.<ol><li>بالنسبة للبشر ، اطلب من كل موضوع بحث / جامع جمع جمع 100-200 مجم من عينات البراز في بيئة معقمة قدر الإمكان. استخدم عملية معقمة قياسية وتجنب تلوث عينة البراز.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
	<li>اجمع عينات البراز من كل مباشرة في أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 2 مل مع غطاء لولبي دون لمس أي أسطح أخرى لتجنب التلوث.<ol><li>بالنسبة للبشر ، اطلب من كل شخص التبرز مباشرة في جهاز جمع قابل للتطبيق (على سبيل المثال ، مجموعة جمع عينات البراز المعقمة) لتجنب التلوث. ملاحظة: اطلب من الخاضعين لتجنب التلوث بأسطح المراحيض أو الماء أو البول أو أي أسطح / أشياء أخرى غير معقمة.</li>
	</ol></li>
	<li>قم بتجميد عينات البراز التي تم جمعها في أنابيب طرد مركزي دقيقة سعة 2 مل على الفور عند -80 درجة مئوية أو ضعها في دلو من الثلج الجاف للحصول على كمية ونوعية أفضل من الحمض النووي الريبي قبل إعادة تعليق البراز كما هو موضح في الخطوات أدناه.<ol><li>بالنسبة لعينات البراز البشري ، قم بتقسيم كل عينة جديدة من 200 مجم في أنابيب طرد مركزي دقيقة سعة 2 مل مع أغطية لولبية وقم بتجميدها عند -80 درجة مئوية قبل إعادة تعليق البراز كما هو موضح أدناه.<ol><li>لتخزين عينات البراز غير الموجودة في أنابيب الطرد المركزي الدقيقة سعة 2 مل مع أغطية لولبية ، قم بوزن ونقل 100-200 مجم لكل من العينات المجمدة إلى أنابيب طرد مركزي دقيقة منفصلة سعة 2 مل مع أغطية لولبية قبل إعادة تعليق البراز كما هو موضح أدناه. ملاحظة: بالنسبة لعينات البراز البشري ، تجنب أخذ أكثر من 200 مجم من عينات البراز لعزل الحمض النووي الريبي لأنه قد يسبب صعوبات في الخطوات التالية. مع وجود عينة محملة بشكل زائد في أنبوب طرد مركزي دقيق سعة 2 مل ، قد لا يتم تشكيل الطور المائي والطور العضوي والطور البيني وفصلها بوضوح. يمكن إيقاف الإجراء مؤقتا هنا.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>2. الاستعدادات لحلول الغسيل
<ol><li>أضف 21 مل من الإيثانول بدرجة 100٪ من الجمعية الكيميائية الأمريكية (ACS) إلى محلول الغسيل 1 المتوفر في مجموعة عزل miRNA (انظر جدول المواد) للوصول إلى الحجم النهائي البالغ 30 مل ، كما هو موضح على الزجاجة. دوامة حتى يذوب كل شيء في الزجاجة.</li>
	<li>أضف 40 مل من الإيثانول بدرجة ACS بنسبة 100٪ إلى محلول الغسيل 2/3 المقدم للوصول إلى الحجم النهائي البالغ 50 مل ، كما هو موضح على الزجاجة. دوامة لمدة 5 ثوان أو حتى يمتزج الخليط النهائي جيدا.</li>
</ol>3. تحضير المعدات والمواد
<ol><li>رش منطقة العمل والمعدات ، على سبيل المثال: مقعد المختبر ، ومنطقة العمل في غطاء الدخان الكيميائي ورفوف أنبوب الطرد المركزي الصغير ، بمحلول إزالة التلوث Ribonuclease (RNase) (على سبيل المثال ، محلول إزالة التلوث RNase المتاح تجاريا). لتجنب التلوث ، ضعه بمحلول إزالة التلوث RNase على الأسطح أينما ومتى لزم الأمر.</li>
	<li>ارتد معطفا مختبريا نظيفا ، وارتد قناعا للوجه ، وارتد قفازات المختبر المناسبة لحماية الحمض النووي الريبي في عينات البراز من النيوكليازات الموجودة على جلد الإنسان. رش القفازات بمحلول إزالة التلوث RNase وقم بتغيير القفازات بشكل متكرر لتجنب التلوث.</li>
	<li>قم بإعداد دلو من الثلج الجاف لعينات البراز المخزنة في -80 درجة مئوية لمنع الذوبان قبل إعادة تعليق البراز ودلو من الثلج للمواد ، على سبيل المثال: حمض الفينول: الكلوروفورم ، لإطالة العمر الافتراضي. ملاحظة: تأكد من أن المواد بما في ذلك الوسائط المستخدمة في البروتوكول معقمة دون تلوث النيوكليازات.</li>
</ol>4. إعادة تعليق البراز
<ol><li>إعادة تعليق 25-100 ملغ من عينات البراز في 600 ميكرولتر من محلول ملحي معقم 1x Dulbecco مخزن بالفوسفات (DPBS). تنبيه: يجب معالجة عينات البراز على الفور عند إذابتها من -80 درجة مئوية دون حتى ذوبان جزئي لتقليل إطلاق RNases والحمض النووي الريبي الخلوي حيث تمزق بلورات الثلج المقصورات الخلوية الداخلية والخارجية عند ذوبان الخلايا في العينة.<ol><li>أضف 600 ميكرولتر من 1x DPBS إلى أنبوب الطرد المركزي الدقيق سعة 2 مل مع غطاء لولبي يحتوي على عينات برازية في درجة حرارة الغرفة (RT).</li>
		<li>احتضان خليط من عينات البراز المغمورة في 600 ميكرولتر من 1x DPBS في أنبوب الطرد المركزي الدقيق 2 مل المغطى لمدة 30 دقيقة في RT.</li>
		<li>أعد تعليق الخليط عن طريق الهرس بطرف ماصة سعة 1 مل ودوامة جيدة مع تغطية أنبوب الطرد المركزي الدقيق سعة 2 مل. لتحسين وزيادة كمية ونوعية الحمض النووي الريبي ، أعد تعليق الخليط باستخدام الخالط مع الإعداد لدورة واحدة عند S4000 (أو 4000 دورة في الدقيقة) و 45 ثانية.</li>
	</ol></li>
</ol>5. استخراج العضوية
تنبيه: استخدم غطاء الدخان الكيميائي الخطير للخطوات التالية حتى الخطوة 6 باستخدام حمض الفينول: الكلوروفورم والإيثانول بدرجة ACS بنسبة 100٪ بسبب سميتها وقابليتها للاشتعال. قم بتغيير معدات الوقاية الشخصية حسب الحاجة واتبع الاحتياطات القياسية المناسبة عند التعامل مع المواد الخطرة.
<ol><li>استخراج الحمض النووي الريبي مع 600 ميكرولتر من حمض الفينول: الكلوروفورم (حجم حمض الفينول: الكلوروفورم المطلوب يساوي الحجم الأولي ل 1x DPBS المضافة في الخطوة 4.1).<ol><li>أضف 600 ميكرولتر من حمض الفينول: الكلوروفورم إلى المعلق من الخطوة 4.1. ملاحظة: سحب حمض الفينول: الكلوروفورم من المرحلة السفلية في الزجاجة حيث يتم خلط المرحلة العليا مع مخزن مؤقت مائي. إذا تم إزعاج الطور البيني بين هاتين المرحلتين ، فانتظر واسحب حمض الفينول: الكلوروفورم فقط عندما يعيد الطور البيني تأسيس نفسه لتجنب التلوث.</li>
	</ol></li>
	<li>دوامة الخليط لمدة 60 ثانية لخلط جيدا. بدلا من ذلك ، لتحسين وزيادة كمية الحمض النووي الريبي في المحصول ، امزج باستخدام الخالط مع الإعداد لدورة واحدة عند S4000 و 45 ثانية.</li>
	<li>جهاز طرد مركزي لمدة 15 دقيقة عند 10000 × جم في RT لفصل المراحل المائية والعضوية باستخدام جهاز طرد مركزي دقيق. بعد الطرد المركزي ، يجب أن يكون الطور البيني مضغوطا. إذا لم يكن كذلك ، كرر الطرد المركزي. ملاحظة: إذا لم يكن من الممكن أن يكون الطور البيني مضغوطا كما هو مرغوب فيه ربما بسبب النسبة غير المتساوية للحجم الأولي إلى حجم حمض الفينول المضاف: الكلوروفورم بعد عدة تكرارات للطرد المركزي ، فتابع استعادة المرحلة المائية بعناية أكبر لتجنب التلوث.</li>
	<li>استرجع المرحلة المائية وانقلها إلى أنبوب طرد مركزي دقيق جديد سعة 2 مل مع غطاء مفصلي (لا توفره مجموعة عزل miRNA).<ol><li>قم بإزالة المرحلة المائية (أو العلوية) بعناية دون إزعاج المرحلة السفلية وانقلها إلى أنبوب طرد مركزي دقيق جديد سعة 2 مل مع غطاء مفصلي. لاحظ الحجم المنقول (على سبيل المثال ، ~ 500 ميكرولتر). ملاحظة: عندما يكون الطور البيني مضغوطا ويتم فصل المرحلة العليا بوضوح ، فمن المحتمل أن يكون هناك عدد قليل من الجسيمات المتبقية الصغيرة التي تطفو على الجزء العلوي من الطور المائي. ماصة بعناية لتجنب هذه البقايا واستعادة المرحلة المائية المنفصلة بشكل واضح وواضح فقط لضمان جودة إنتاج الحمض النووي الريبي ، حتى لو لم تتمكن من الحصول إلا على حجم صغير من المرحلة المائية.</li>
	</ol></li>
</ol>6. عزل الحمض النووي الريبي النهائي
<ol><li>أضف 1.25 حجما من الإيثانول RT ACS بدرجة 100٪ إلى الطور المائي في أنبوب الطرد المركزي الدقيق سعة 2 مل (على سبيل المثال ، أضف 625 ميكرولتر من الإيثانول بنسبة 100٪ إذا تم استرداد 500 ميكرولتر من الطور المائي من الخطوة 5.4.). دوامة 3 ثوان.</li>
	<li>قم بتحميل خليط الطور المائي / الإيثانول من خلال خرطوشة المرشح المتوفرة في مجموعة عزل miRNA.<ol><li>لكل عينة ، ضع خرطوشة المرشح في أحد أنابيب التجميع التي توفرها المجموعة.<ol><li>ماصة وتحميل 600 ميكرولتر من خليط الطور المائي / الإيثانول في خرطوشة المرشح. ملاحظة: دوامة الخليط لفترة وجيزة لخلط الإيثانول تماما مع الطور المائي قبل سحب العينات. لا يمكن تحميل أكثر من 700 ميكرولتر من خليط الطور المائي / الإيثانول في المرة الواحدة.</li>
		</ol></li>
		<li>جهاز طرد مركزي بسرعة 10000 × جم لمدة 90 ثانية للتصفية من خلال الخليط. قد يؤدي الدوران بسرعة أعلى إلى تلف الفلتر.</li>
		<li>تخلص من الراشح وكرر الخطوات من 6.2.1 إلى 6.2.2 حتى يتم ترشيح كل الخليط من خلال نفس غشاء المرشح في تطبيقات متتالية. احتفظ بنفس أنبوب التجميع وأعد استخدامه لخطوات الغسيل أدناه.</li>
		<li>اغسل الفلتر ب 700 ميكرولتر من محلول غسيل miRNA 1. تنبيه: يحتوي محلول غسيل miRNA 1 على ثيوسيانات الجوانيدين التي يمكن أن تسبب تهيج الجلد وتلف العين الخطير. ارتداء معدات الوقاية الشخصية اللازمة ، على سبيل المثال: قفازات ، درع الوجه ، معطف مختبر واقي. قم بتغيير القفازات بشكل متكرر حسب الضرورة.<ol><li>ضع 700 ميكرولتر من محلول غسيل miRNA 1 ، محلول العمل المحضر بالإيثانول 100٪ من درجة ACS ، في خرطوشة الفلتر.</li>
			<li>جهاز طرد مركزي لمدة 60 ثانية لتصفية محلول غسيل miRNA 1 من خلال خرطوشة الفلتر.</li>
			<li>تخلص من المرشح من أنبوب التجميع وضع نفس خرطوشة المرشح في نفس أنبوب التجميع.</li>
		</ol></li>
		<li>اغسل الفلتر بمحلول الغسيل 2/3 مرة واحدة لكل منها بأحجام 700 ميكرولتر و 500 ميكرولتر و 250 ميكرولتر على التوالي.<ol><li>ضع 700 ميكرولتر من محلول الغسيل 2/3 ، محلول العمل المحضر بالإيثانول 100٪ من درجة ACS ، في خرطوشة المرشح.<ol><li>جهاز طرد مركزي بسرعة 10000 × جم لمدة 1 دقيقة.</li>
				<li>تخلص من المرشح من أنبوب التجميع وضع نفس خرطوشة المرشح في نفس أنبوب التجميع.</li>
			</ol></li>
			<li>ضع 500 ميكرولتر من محلول الغسيل 2/3 في خرطوشة الفلتر.<ol><li>جهاز طرد مركزي بسرعة 10000 × جم لمدة 1 دقيقة.</li>
				<li>تخلص من المرشح من أنبوب التجميع وضع نفس خرطوشة المرشح في نفس أنبوب التجميع.</li>
			</ol></li>
			<li>ضع 250 ميكرولتر من محلول الغسيل 2/3 في خرطوشة الفلتر.<ol><li>جهاز طرد مركزي بسرعة 10000 × جم لمدة 1 دقيقة.</li>
				<li>تخلص من الراشح من أنبوب التجميع.</li>
			</ol></li>
			<li>انقل خرطوشة الفلتر إلى أنبوب تجميع جديد وقم بتدوير المجموعة لمدة 5 دقائق لإزالة السائل المتبقي من الفلتر.</li>
		</ol></li>
	</ol></li>
</ol>7. Elute RNA مع 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز
<ol><li>انقل خرطوشة المرشح إلى أنبوب تجميع جديد. ماصة 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز إلى مركز المرشح وغطاء أنبوب التجميع.<ol><li>احتضان في RT لمدة 10 دقائق.</li>
		<li>قم بالدوران لمدة 5 دقائق بسرعة 8000 × جم لاستعادة الحمض النووي الريبي في أنبوب التجميع الجديد.</li>
		<li>تحديد تركيز ونقاء الحمض النووي الريبي البراز المستعاد باستخدام مقياس الفلور. يمكن تخزين الحمض النووي الريبي البرازي المستعاد عند -80 درجة مئوية.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>Das, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+extracellular+RNA+communication+consortium:+Establishing+foundational+knowledge+and+technologies+for+extracellular+RNA+research.">The extracellular RNA communication consortium: Establishing foundational knowledge and technologies for extracellular RNA research.</a> Cell. 177 (2), 231-242 (2019).</li><li>Ahmed, F. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+microRNA+markers+for+screening+sporadic+human+colon+cancer+and+active+ulcerative+colitis+in+stool+and+tissue.">Diagnostic microRNA markers for screening sporadic human colon cancer and active ulcerative colitis in stool and tissue.</a> Cancer Genomics &amp; Proteomics. 6 (5), 281-295 (2009).</li><li>Liu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+host+shapes+the+gut+microbiota+via+fecal+microRNA.">The host shapes the gut microbiota via fecal microRNA.</a> Cell Host &amp; Microbe. 19 (1), 32-43 (2016).</li><li>Viennois, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host-derived+fecal+microRNAs+can+indicate+gut+microbiota+healthiness+and+ability+to+induce+inflammation.">Host-derived fecal microRNAs can indicate gut microbiota healthiness and ability to induce inflammation.</a> Theranostics. 9 (15), 4542-4557 (2019).</li><li>Liu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+administration+of+miR-30d+from+feces+of+MS+patients+suppresses+MS-like+symptoms+in+mice+by+expanding+Akkermansia+muciniphila.">Oral administration of miR-30d from feces of MS patients suppresses MS-like symptoms in mice by expanding Akkermansia muciniphila.</a> Cell Host &amp; Microbe. 26 (6), 779-794 (2019).</li><li>Masotti, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+small+non-coding+RNAs+allows+an+accurate+comparison+of+miRNA+expression+profiles.">Quantification of small non-coding RNAs allows an accurate comparison of miRNA expression profiles.</a> Journal of Biomedicine &amp; Biotechnology. 2009, 659028 (2009).</li><li>Green, M. R., Sambrook, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+win+the+battle+with+RNase.">How to win the battle with RNase.</a> Cold Spring Harbor Protocols. 2019 (2), 101857 (2019).</li><li>Franzosa, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relating+the+metatranscriptome+and+metagenome+of+the+human+gut.">Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (22), 2329-2338 (2014).</li><li>Wohnhaas, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fecal+microRNAs+show+promise+as+noninvasive+Crohn's+disease+biomarkers.">Fecal microRNAs show promise as noninvasive Crohn's disease biomarkers.</a> Crohn's &amp; Colitis. 2 (1), 003 (2020).</li><li>Tomkovich, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+colon+mucosal+biofilms+and+murine+host+communicate+via+altered+mRNA+and+microRNA+expression+during+cancer.">Human colon mucosal biofilms and murine host communicate via altered mRNA and microRNA expression during cancer.</a> mSystems. 5 (1), (2020).</li><li>Tarallo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altered+fecal+small+RNA+profiles+in+colorectal+cancer+reflect+gut+microbiome+composition+in+stool+samples.">Altered fecal small RNA profiles in colorectal cancer reflect gut microbiome composition in stool samples.</a> mSystems. 4 (5), 70 (2019).</li><li>Xing, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breed+differences+in+the+expression+levels+of+gga-miR-222a+in+laying+hens+influenced+H2S+production+by+regulating+methionine+synthase+genes+in+gut+bacteria.">Breed differences in the expression levels of gga-miR-222a in laying hens influenced H2S production by regulating methionine synthase genes in gut bacteria.</a> Research Square. , (2020).</li><li>Teng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant-derived+exosomal+microRNAs+shape+the+gut+microbiota.">Plant-derived exosomal microRNAs shape the gut microbiota.</a> Cell Host &amp; Microbe. 24 (5), 637-652 (2018).</li><li>Moloney, G. M., Viola, M. F., Hoban, A. E., Dinan, T. G., Cryan, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Faecal+microRNAs:+indicators+of+imbalance+at+the+host-microbe+interface.">Faecal microRNAs: indicators of imbalance at the host-microbe interface.</a> Beneficial Microbes. , 1-10 (2017).</li><li>Giannoukos, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+and+robust+RNA-seq+process+for+cultured+bacteria+and+complex+community+transcriptomes.">Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes.</a> Genome Biology. 13 (3), 23 (2012).</li></ol>

يعلن المؤلفون عن عدم وجود مصالح مالية ذات صلة أو مادية تتعلق بطريقة البحث الموضحة في ورقة البروتوكول هذه.

من المهم استخدام تقنية خالية من RNase لمنع تلوث RNase أثناء العزل7. بعد الطرد المركزي وتشكيل الطور البيني المضغوط ، من المهم تجنب الطور البيني والمرحلة السفلية وملوث الجسيمات العائم على قمة الطور المائي عند استعادة المرحلة المائية. بالإضافة إلى ذلك ، تمت إضافة خطوتين للغسيل بمحلو?...

يتم التعرف على الحمض النووي الريبي خارج الخلية كعامل مهم يتوسط العديد من العمليات البيولوجية1. تم الإبلاغ عن الحمض النووي الريبي خارج الخلية في البراز لأول مرة في عام 2008 كعلامة لسرطان القولون والتهاب القولون التقرحيالنشط 2 ، وتم الكشف عنه مؤخرا كمكون طبيعي لتجويف الأمعاء والبراز ويتوسط اتصالات ميكروب المضيف3،4،5. الغرض من بروتوكول عزل الحمض النووي الريبي هذا هو استخراج الحمض النووي الريبي خارج الخلية عالي الجودة من عينات البراز التي تم جمعها من الحيوانات والبشر. تم تكييف البروتوكول من مجموعة عزل miRNA التجارية. يتم استخدام الحمض النووي الريبي المكتسب لتحليلات المصب مثل تسلسل الحمض النووي الريبي ، RT-PCR ، والمصفوفات الدقيقة. يتضمن البروتوكول العديد من النصائح المهمة والمفيدة لتعظيم كمية ونوعية الحمض النووي الريبي الموجود في براز الحيوانات والبشر. السبب في تطوير وتحسين هذه الطريقة لعزل الحمض النووي الريبي (بما في ذلك microRNA) هو تقليل الحمض النووي الريبي الميكروبي في البراز ، والحد من المتغيرات في الدراسات البحثية وتحليل تكوين الحمض النووي الريبي في الأمعاء دون حساب مختلف العوامل المربكة ومصادر التلوث. تجدر الإشارة إلى أن عزل الحمض النووي الريبي هذا يقلل من إطلاق الحمض النووي الريبي من الخلايا الحية والميكروبات الحية (الحمض النووي الريبي الخلوي). وهو يركز على الحمض النووي الريبي خارج الخلية التي تم إطلاقها بواسطة خلايا الأمعاء أو تم الحصول عليها عن طريق تناول الطعام. بشكل أساسي ، هذه الطريقة ليست مناسبة للدراسات التي يتم فيها فحص النسخ الميكروبي.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acid-Phenol: Chloroform, pH 4.5 (with IAA, 125:24:1)</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>AM9720</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DPBS, no calcium, no magnesium</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>14190-144</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>mirVana miRNA Isolation Kit</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>AM1561</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free microcentrifuge tubes (1.5 mL, 2 mL)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free Water (Not DEPC-treated)</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>AM9937</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettor and Nuclease-Free Pipette tips (with filter)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PowerLyzer 24 Homogenizer</td>
			<td>QIAGEN</td>
			<td>13155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNaseZap RNase Decontamination Solution</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>AM9780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex Shaker</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fecal (micro) rna isolation

أصبح من الواضح أن الحمض النووي الريبي موجود في تجويف الأمعاء والبراز في الحيوانات والبشر. يعزل البروتوكول الموصوف أدناه إجمالي الحمض النووي الريبي بما في ذلك الحمض النووي الريبي الميكروي من عينات البراز من الحيوانات والبشر. الهدف هو عزل الحمض النووي الريبي الكلي بنقاوة وكمية عالية للتحليلات النهائية مثل تسلسل الحمض النووي الريبي ، RT-PCR ، والمصفوفات الدقيقة. تتمثل مزايا هذا البروتوكول الأمثل في عزل miRNA في قدرات عزل منتجات الحمض النووي الريبي عالية النقاء مع خطوات غسيل إضافية موصوفة ، وزيادة كمية الحمض النووي الريبي التي تم الحصول عليها بطريقة محسنة في إعادة تعليق العينة ، ونصائح مهمة لإزالة التلوث. أحد القيود هو عدم القدرة على معالجة وتنقية عينة أكبر من أكثر من 200 ملغ لأن أحجام العينات هذه قد تسبب صعوبة في التكوين الواضح للطور البيني. وبالتالي ، فإن حجم العينة الكبير قد يلوث المرحلة المائية المراد استخراجها كما هو موضح في البروتوكول مع المواد العضوية التي تؤثر على جودة الحمض النووي الريبي المعزول في النهاية. ومع ذلك ، فإن عزلات الحمض النووي الريبي من عينة تصل إلى 200 ملغ كافية لمعظم التحليلات النهائية.

تم عزل الحمض النووي الريبي التمثيلي من عينات براز الفئران 50 ملغ (2 كريات براز الفئران) و 100 ملغ من عينات البراز البشري على التوالي واستخلصت في 50 ميكرولتر من الماء الخالي من النيوكلياز. يشير تحليل مقياس الطيف الضوئي للتركيز إلى عزل كمية إجمالية قدرها 49 ميكروغرام و 16 ميكروغرام من الحمض النووي ...

Watch this Scientific Journal Video about Fecal micro RNA Isolation at JoVE.com

Fecal micro RNA Isolation

يعزل هذا البروتوكول الحمض النووي الريبي الكلي عالي الجودة من عينات البراز من الحيوانات والبشر. يتم استخدام مجموعة عزل miRNA التجارية مع تكيف كبير لعزل الحمض النووي الريبي النقي بكمية وجودة محسنة. تعتبر عزلات الحمض النووي الريبي جيدة لمعظم فحوصات الحمض النووي الريبي النهائية مثل التسلسل والمصفوفات الدقيقة و RT-PCR.

البراز (الصغير) عزل الحمض النووي الريبي

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs ...

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Medical-Surgical Nursing

Immunology and Infection

Unit 1

Fecal (micro) RNA Isolation

Diagnostic and Radiological Studies of the GI System

SCIENTISTS IN ACTION

4.4K Views.  Brigham and Women's Hospital and Harvard Medical School. يعزل هذا البروتوكول الحمض النووي الريبي الكلي عالي الجودة من عينات البراز من الحيوانات والبشر. يتم استخدام مجموعة عزل miRNA التجارية مع تكيف كبير لعزل الحمض النووي الريبي النقي بكمية وجودة محسنة. تعتبر عزلات الحمض النووي الريبي جيدة لمعظم فحوصات الحمض النووي الر?...

Video: Fecal micro RNA Isolation

RNA Interference in Ticks

Ticks are obligate hematophagous ectoparasites of wild and domestic animals and humans, and are considered to be second worldwide to mosquitoes as vectors of human diseases1 and the most important vectors affecting cattle industry worldwide2. Ticks are classified in the subclass Acari, order Parasitiformes, suborder Ixodida and are distributed worldwide from Arctic to tropical regions3. Despite efforts to control tick infestations, these ectoparasites remain a serious problem for human and animal health4,5.
RNA interference (RNAi)6 is a nucleic acid-based reverse genetic approach that involves disruption of gene expression in order to determine gene function or its effect on a metabolic pathway. Small interfering RNAs (siRNAs) are the effector molecules of the RNAi pathway that is initiated by double-stranded RNA (dsRNA) and results in a potent sequence-specific degradation of cytoplasmic mRNAs containing the same sequence as the dsRNA trigger7-9. Post-transcriptional gene silencing mechanisms initiated by dsRNA have been discovered in all eukaryotes studied thus far, and RNAi has been rapidly developed in a variety of organisms as a tool for functional genomics studies and other applications10.
RNAi has become the most widely used gene-silencing technique in ticks and other organisms where alternative approaches for genetic manipulation are not available or are unreliable5,11. The genetic characterization of ticks has been limited until the recent application of RNAi12,13. In the short time that RNAi has been available, it has proved to be a valuable tool for studying tick gene function, the characterization of the tick-pathogen interface and the screening and characterization of tick protective antigens14. Herein, a method for RNAi through injection of dsRNA into unfed ticks is described. It is likely that the knowledge gained from this experimental approach will contribute markedly to the understanding of basic biological systems and the development of vaccines to control tick infestations and prevent transmission of tick-borne pathogens15-19.

A method for RNA interference (RNAi) by injection of dsRNA into unfed ticks is described. RNAi is the most widely used gene-silencing technique in ticks where the use of other methods of genetic manipulation has been limited.

التدخل في الحمض النووي الريبي القراد

Ticks are obligate hematophagous ectoparasites of wild and domestic animals and humans, and are considered to be second worldwide to mosquitoes as vectors ...

Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency

RNA viruses use RNA dependent RNA polymerases to replicate their genomes. The intrinsically high error rate of these enzymes is a large contributor to the generation of extreme population diversity that facilitates virus adaptation and evolution. Increasing evidence shows that the intrinsic error rates, and the resulting mutation frequencies, of RNA viruses can be modulated by subtle amino acid changes to the viral polymerase. Although biochemical assays exist for some viral RNA polymerases that permit quantitative measure of incorporation fidelity, here we describe a simple method of measuring mutation frequencies of RNA viruses that has proven to be as accurate as biochemical approaches in identifying fidelity altering mutations. The approach uses conventional virological and sequencing techniques that can be performed in most biology laboratories. Based on our experience with a number of different viruses, we have identified the key steps that must be optimized to increase the likelihood of isolating fidelity variants and generating data of statistical significance. The isolation and characterization of fidelity altering mutations can provide new insights into polymerase structure and function1-3. Furthermore, these fidelity variants can be useful tools in characterizing mechanisms of virus adaptation and evolution4-7.

The present article describes the steps required to isolate and characterize RNA polymerase fidelity variants of RNA viruses and how to use mutation frequency data to confirm fidelity changes in tissue culture.

بمعزل عن المتغيرات الاخلاص للفيروسات الحمض النووي الريبي وتوصيف التردد يتحور الفيروس

RNA viruses use RNA dependent RNA polymerases to replicate their genomes. The intrinsically high error rate of these enzymes is a large contributor to the ...

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

Pseudomonas aeruginosa (PA) infections result in significant morbidity and mortality in hosts with compromised immune systems, such as patients with leukemia, severe burn wounds, or organ transplants1. In patients at high-risk for developing PA bloodstream infections, the gastrointestinal (GI) tract is the main reservoir for colonization2, but the mechanisms by which PA transitions from an asymptomatic colonizing microbe to an invasive, and often deadly, pathogen are unclear. Previously, we performed in vivo transcription profiling experiments by recovering PA mRNA from bacterial cells residing in the cecums of colonized mice 3 in order to identify changes in bacterial gene expression during alterations to the host&#x2019;s immune status.
As with any transcription profiling experiment, the rate-limiting step is in the isolation of sufficient amounts of high quality mRNA. Given the abundance of enzymes, debris, food residues, and particulate matter in the GI tract, the challenge of RNA isolation is daunting. Here, we present a method for reliable and reproducible isolation of bacterial RNA recovered from the murine GI tract. This method utilizes a well-established murine model of PA GI colonization and neutropenia-induced dissemination4. Once GI colonization with PA is confirmed, mice are euthanized and cecal contents are recovered and flash frozen. RNA is then extracted using a combination of mechanical disruption, boiling, phenol/chloroform extractions, DNase treatment, and affinity chromatography. Quantity and purity are confirmed by spectrophotometry (Nanodrop Technologies) and bioanalyzer (Agilent Technologies) (Fig 1). This method of GI microbial RNA isolation can easily be adapted to other bacteria and fungi as well.

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

A reliable method for the RNA isolation of Pseudomonas aeruginosa recovered from murine cecums is described. The RNA recovered is of sufficient quantity and quality for subsequent qPCR, transcription profiling, and RNA Seq experiments. This technique can be adapted for RNA isolation of other intestinal microbes.

عزل الحمض النووي الريبي الزائفة الزنجارية استعمار الهضمي المسالك الفئران

Pseudomonas aeruginosa (PA) infections result in significant morbidity and mortality in hosts with compromised immune systems, such as patients with ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral proteins involved in the regulation of the virus activity recognize several nucleic acids. The nucleocapsid protein NCp7 (NC) is a key protein regulating several processes during virus replication. NC is in fact a chaperone destabilizing the secondary structures of RNA and DNA and facilitating their annealing. The inactivation of NC is a new approach and an interesting target for anti-HIV therapy. The Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) assay was developed to identify molecules able to inhibit the melting and annealing of RNA and DNA folded in thermodynamically stable tridimensional conformations, such as hairpin structures of TAR and cTAR elements of HIV, by the nucleocapsid protein of HIV-1. The new assay employs either the recombinant or the synthetic protein, and oligonucleotides without the need of their previous labeling. The analysis of the results is achieved by standard polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) followed by conventional nucleic acid staining. The protocol reported in this work describes how to perform the NAME assay with the full-length protein or its truncated version lacking the basic N-terminal domain, both competent as nucleic acids chaperones, and how to assess the inhibition of NC chaperone activity by a threading intercalator. Moreover, NAME can be performed in two different modes, useful to obtain indications on the putative mechanism of action of the identified NC inhibitors.

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

This protocol describes NAME, an assay that allows the rapid identification of molecules able to inhibit in vitro the chaperone activities of HIV-1 nucleocapsid protein.

قفيصة منواة التليين بوساطة الكهربائي (NAME) الفحص يسمح للتحديد السريع لHIV-1 قفيصة منواة مثبطات

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Optimization of a Quantitative Micro-neutralization Assay

The micro-neutralization (MN) assay is a standard technique for measuring the infectivity of the influenza virus and the inhibition of virus replication. In this study, we present the protocol of an imaging-based MN assay to quantify the true antigenic relationships between viruses. Unlike typical plaque reduction assays that rely on visible plaques, this assay quantitates the entire infected cell population of each well. The protocol matches the virus type or subtype with the selection of cell lines to achieve maximum infectivity, which enhances sample contrast during imaging and image processing. The introduction of quantitative titration defines the amount of input viruses of neutralization and enables the results from different experiments to be comparable. The imaging setup with a flatbed scanner and free downloadable software makes the approach high throughput, cost effective, user friendly, and easy to deploy in most laboratories. Our study demonstrates that the improved MN assay works well with the current circulating influenza A(H1N1)pdm09, A(H3N2), and B viruses, without being significantly influenced by amino acid substitutions in the neuraminidase (NA) of A(H3N2) viruses. It is particularly useful for the characterization of viruses that either grow to low HA titer and/or undergo an abortive infection resulting in an inability to form plaques in cultured cells.

This study describes an imaging-based micro-neutralization assay to analyze the antigenic relationships between viruses. The protocol employs a flatbed scanner and has four steps, including titration, titration quantitation, neutralization, and neutralization quantitation. The assay works well with current circulating influenza A(H1N1)pdm09, A(H3N2), and B viruses.

الاستفادة المثلى من الكمية الصغيرة تحييد الفحص

The micro-neutralization (MN) assay is a standard technique for measuring the infectivity of the influenza virus and the inhibition of virus replication. ...

Real-time Quaking-induced Conversion Assay for Detection of CWD Prions in Fecal Material

The RT-QuIC technique is a sensitive in vitro cell-free prion amplification assay based mainly on the seeded misfolding and aggregation of recombinant prion protein (PrP) substrate using prion seeds as a template for the conversion. RT-QuIC is a novel high-throughput technique which is analogous to real-time polymerase chain reaction (PCR). Detection of amyloid fibril growth is based on the dye Thioflavin T, which fluoresces upon specific interaction with &#7526;-sheet rich proteins. Thus, amyloid formation can be detected in real time. We attempted to develop a reliable non-invasive screening test to detect chronic wasting disease (CWD) prions in fecal extract. Here, we have specifically adapted the RT-QuIC technique to reveal PrPSc seeding activity in feces of CWD infected cervids. Initially, the seeding activity of the fecal extracts we prepared was relatively low in RT-QuIC, possibly due to potential assay inhibitors in the fecal material. To improve seeding activity of feces extracts and remove potential assay inhibitors, we homogenized the fecal samples in a buffer containing detergents and protease inhibitors. We also submitted the samples to different methodologies to concentrate PrPSc on the basis of protein precipitation using sodium phosphotungstic acid, and centrifugal force. Finally, the feces extracts were tested by optimized RT-QuIC which included substrate replacement in the protocol to improve the sensitivity of detection. Thus, we established a protocol for sensitive detection of CWD prion seeding activity in feces of pre-clinical and clinical cervids by RT-QuIC, which can be a practical tool for non-invasive CWD diagnosis.

Here, we present a protocol to describe a simple, fast and efficient prion amplification technique, the real-time quaking-induced conversion (RT-QuIC) method.

في الوقت الحقيقي مهتز الناجمة عن تحويل الفحص للكشف عن البريونات CWD في المواد البرازية

The RT-QuIC technique is a sensitive in vitro cell-free prion amplification assay based mainly on the seeded misfolding and aggregation of recombinant ...

An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota

The emerging role of the gut microbiome in several human diseases demands a breakthrough of new tools, techniques and technologies. Such improvements are needed to decipher the utilization of microbiome modulators for human health benefits. However, the large-scale screening and optimization of modulators to validate microbiome modulation and predict related health benefits may be practically difficult due to the need for large number of animals and/or human subjects. To this end, in vitro or ex vivo models can facilitate preliminary screening of microbiome modulators. Herein, it is optimized and demonstrated an ex vivo fecal microbiota culture system that can be used for examining the effects of various interventions of gut microbiome modulators including probiotics, prebiotics and other food ingredients, aside from nutraceuticals and drugs, on the diversity and composition of the human gut microbiota. Inulin, one of the most widely studied prebiotic compounds and microbiome modulators, is used as an example here to examine its effect on the healthy fecal microbiota composition and its metabolic activities, such as fecal pH and the fecal levels of organic acids including lactate and short-chain fatty acids (SCFAs). The protocol may be useful for studies aimed at estimating the effects of different interventions of modulators on fecal microbiota profiles and at predicting their health impacts.

This protocol describes an in vitro batch-culture fermentation system of human fecal microbiota, using inulin (a well-known prebiotic and one of the most widely studied microbiota modulators) to demonstrate the use of this system in estimating effects of specific interventions on fecal microbiota composition and metabolic activities.

نموذج في المختبر دفعة الثقافة لتقدير آثار النظم التدخلية على ميكروبيوتا البراز البشري

The emerging role of the gut microbiome in several human diseases demands a breakthrough of new tools, techniques and technologies. Such improvements are ...

Culture Methods to Determine the Limit of Detection and Survival in Transport Media of Campylobacter Jejuni in Human Fecal Specimens

A culture from human stool for diagnosis of Campylobacter-based intestinal illness takes several days, a wait that taxes the fortitude of the physician and the patient. A culture is also prone to false negative results from random loss of viability during specimen handling, overgrowth of other fecal flora, and poor growth of several pathogenic Campylobacter species on traditional media. These problems can confound clinical decisions on patient treatment and have limited the field from answering fundamental questions on Campylobacter growth and infections. We describe a procedure that estimates the lower limit of bacterial numbers that can be detected by a culture and a method for quantifying survival of C. jejuni in media used for transport of this fragile organism. Knowing this information, it becomes possible to set clinically relevant detection thresholds for diagnostic tests and address unstudied issues of whether non-symptomatic colonization is prevalent, if co-infection with other enteric pathogens is common, or if bacterial load correlates with symptoms or serious sequelae. The study also included testing of 1,552 prospectively collected patient diarrheal fecal specimens that were initially classified by conventional culture and further tested by a new enzyme immunoassay. Positive and discrepant specimens were then screened by four molecular methods to assign true-positive or true-negative status. The 5 non-culture methods showed complete agreement on all 48 positive and discrepant specimens, while the culture mis-identified 14 (28%). The specimens that were incorrectly identified by culture included 13 false negative and 1 false positive sample. This basic protocol can be used with multiple Campylobacter spp. and will allow the numbers of Campylobacter bacteria that produce symptoms of gastroenteritis in humans to be determined and for prevalence rates to be updated.

Culture Methods to Determine the Limit of Detection and Survival in Transport Media of Campylobacter Jejuni in Human Fecal Specimens

Although stool culture for Campylobacter is imprecise, it is still considered the gold standard for identification. Methods to determine the limit of detection and survival in transport media of C. jejuni in human stool are described and compared with a new immunoassay with better accuracy.

أساليب الثقافة لتحديد الحد من الكشف والبقاء على قيد الحياة في وسائل الإعلام النقل من Campylobacter Jejuni في عينات البراز البشري

A culture from human stool for diagnosis of Campylobacter-based intestinal illness takes several days, a wait that taxes the fortitude of the physician ...

Supervised Machine Learning for Semi-Quantification of Extracellular DNA in Glomerulonephritis

Glomerular cell death is a pathological feature of myeloperoxidase anti neutrophil cytoplasmic antibody associated vasculitis (MPO-AAV). Extracellular deoxyribonucleic acid (ecDNA) is released during different forms of cell death including apoptosis, necrosis, necroptosis, neutrophil extracellular traps (NETs) and pyroptosis. Measurement of this cell death is time consuming with several different biomarkers required to identify the different biochemical forms of cell death. Measurement of ecDNA is generally conducted in serum and urine as a surrogate for renal damage, not in the actual target organ where the pathological injury occurs. The current difficulty in investigating ecDNA in the kidney is the lack of methods for formalin fixed paraffin embedded tissue (FFPE) both experimentally and in archived human kidney biopsies. This protocol provides a summary of the steps required to stain for ecDNA in FFPE tissue (both human and murine), quench autofluorescence and measure the ecDNA in the resulting images using a machine learning tool from the publicly available open source ImageJ plugin trainable Weka segmentation. Trainable Weka segmentation is applied to ecDNA within the glomeruli where the program learns to classify ecDNA. This classifier is applied to subsequent acquired kidney images, reducing the need for manual annotations of each individual image. The adaptability of the trainable Weka segmentation is demonstrated further in kidney tissue from experimental murine anti-MPO glomerulonephritis (GN), to identify NETs and ecMPO, common pathological contributors to anti-MPO GN. This method provides objective analysis of ecDNA in kidney tissue that demonstrates clearly the efficacy in which the trainable Weka segmentation program can distinguish ecDNA between healthy normal kidney tissue and diseased kidney tissue. This protocol can easily be adapted to identify ecDNA, NETs and ecMPO in other organs.

Extracellular DNA (ecDNA) released during cell death is proinflammatory and contributes to inflammation. Measurement of ecDNA at the site of injury can determine the efficacy of therapeutic treatment in the target organ. This protocol describes the use of a machine learning tool to automate measurement of ecDNA in kidney tissue.

تحت إشراف التعلم الآلي من أجل تحديد شبه كمي للحمض النووي خارج الخلية في التهاب الجلوميرولونية

Glomerular cell death is a pathological feature of myeloperoxidase anti neutrophil cytoplasmic antibody associated vasculitis (MPO-AAV). Extracellular ...

Therapeutic Evaluation of Fecal Microbiota Transplantation in an Interleukin 10-Deficient Mouse Model

With the development of microecology in recent years, the relationship between intestinal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has attracted considerable attention. Accumulating evidence suggests that dysbiotic microbiota plays an active role in triggering or worsening the inflammatory process in IBD and that fecal microbiota transplantation (FMT) is an attractive therapeutic strategy since transferring a healthy microbiota to IBD patient could restore the appropriate host-microbiota communication. However, the molecular mechanisms are unclear, and the efficacy of FMT has not been very well established. Thus, further studies in animal models of IBD are necessary. In this method, we applied FMT from wild-type C57BL/6J mice to IL-10 deficient mice, a widely used mouse model of colitis. The study elaborates on collecting fecal pellets from the donor mice, making the fecal solution/suspension, administering the fecal solution, and monitoring the disease. We found that FMT significantly mitigated the cardiac impairment in IL-10 knockout mice, underlining its therapeutic potential for IBD management.

The interaction of genetic susceptibility, mucosal immunity, and intestinal microecological environment is involved in the pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD). In this study, we applied fecal microbiota transplantation to IL-10 deficient mice and investigated its impact on colonic inflammation and heart function.

التقييم العلاجي لزرع الميكروبات البرازية في نموذج فأر ناقص إنترلوكين 10

With the development of microecology in recent years, the relationship between intestinal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has attracted ...