Zeichnen Sie die knospenden Kurven vor der Ausrichtung mit der Python-Hilfsfunktion, indem Sie den Befehl in eine neue Zelle eingeben. Zeichnen Sie als Nächstes die knospenden Kurven nach der Ausrichtung. Verwenden der Python-Dienstprogrammfunktion.
Verwenden Sie den bereitgestellten Plotliniendiagrammvergleich in der Python-Dienstprogrammfläschchen, um Liniendiagrammvergleiche für den ursprünglichen, ausgerichteten oder ausgerichteten und interpolierten Datenrahmen durchzuführen. Importieren Sie durch Eingabe des Befehls in eine neue Zelle eine CSV- oder TSV-Genlistendatei in das Notizbuch, indem Sie den Befehl in einer neuen Zelle verwenden. Verwenden Sie als Nächstes die bereitgestellte Funktion plot heat map comparison in der Python-Dienstprogrammdatei, um einen Heatmap-Vergleich für den ausgerichteten interpolierten und phasenausgerichteten Datenrahmen durchzuführen, indem Sie den Befehl in eine neue Zelle eingeben.
Ein Vergleich der alignierten und nicht alignierten transkriptomatischen Daten zeigte, dass vor dem Alignment der erste Peak-Expression der Microarray-Experimente mit dem zweiten Peak des RNA-seq-Experiments übereinstimmte. Nach dem Alignment werden jedoch die ersten Zellzykluspeaks jedes Datensatzes entsprechend ausgerichtet. Der Vergleich der Zellzyklusphasendaten über Experimente mit unterschiedlichen Zeiträumen hinweg zeigte sichtbare Periodenunterschiede in den nicht ausgerichteten Knospkurven.
Während die Ausrichtung der Uhren die drei Kurven bemerkenswert ähnlich aussehen ließ, was Vergleiche der experimentellen Daten ermöglichte, waren die Zellzyklusphasendaten für jeden vergleichbaren Lebensaderpunkt zwischen den beiden Bedingungen nicht identisch. Der Vergleich der transkriptomischen Daten aus Experimenten mit unterschiedlichen Zeiträumen zeigte, dass sich die Transkriptdynamik von CDC20 vor dem Alignment nicht überlappte. Nach der Ausrichtung traten die Peaks jedoch in derselben Zellzyklusphase auf, aber die Formen der Kurven waren unterschiedlich.
Die Gene wurden als Heatmaps in der gleichen Reihenfolge für alle drei Bedingungen sowohl für nicht aligned als auch für aligned aufgetragen.
