Secuenciación ultrarrápida de próxima generación basada en amplicones en el cáncer de pulmón no escamoso y no microcítico

Resumen

El aumento de los biomarcadores moleculares que se deben probar para el tratamiento del cáncer de pulmón de células no pequeñas no escamosas (NS-NSCLC) ha impulsado el desarrollo de métodos de detección molecular rápidos y fiables. Describimos un flujo de trabajo para la evaluación de la alteración genómica en pacientes con NSCLC-NSCLC utilizando un enfoque de secuenciación ultrarrápida de nueva generación (NGS).

Resumen

El número de alteraciones moleculares que se deben probar para la terapia dirigida de pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas no escamosas (NSCLC) ha aumentado significativamente en los últimos años. La detección de anomalías moleculares es obligatoria para la atención óptima de los pacientes con CPNM-NS-avanzado o metastásico, lo que permite administrar terapias dirigidas con una mejora de la supervivencia global. Sin embargo, estos tumores desarrollan mecanismos de resistencia que son potencialmente dianas mediante nuevas terapias. Algunas alteraciones moleculares también pueden modular la respuesta al tratamiento. La caracterización molecular del NSCLC debe realizarse en un tiempo de respuesta corto (TAT), en menos de 10 días hábiles, según lo recomendado por las guías internacionales. Además, el origen de las biopsias de tejido para análisis genómico es diverso, y su tamaño disminuye continuamente con el desarrollo de métodos y protocolos menos invasivos. En consecuencia, los patólogos se enfrentan al reto de realizar técnicas moleculares eficaces manteniendo una estrategia de diagnóstico eficiente y rápida. Aquí, describimos el flujo de trabajo ultrarrápido de secuenciación de próxima generación (NGS) basado en amplicones que se utiliza en la práctica rutinaria diaria en el momento del diagnóstico para pacientes con NSCLC. Demostramos que este sistema es capaz de identificar las dianas moleculares actuales utilizadas en medicina de precisión en oncología torácica en un TAT adecuado.

Introducción

Durante la última década, el desarrollo de terapias dirigidas e inmunoterapias ha aumentado significativamente la supervivencia global (SG) del cáncer de pulmón de células no pequeñas no escamosas (NSCLC)^1,2. En este sentido, el número de genes y dianas moleculares obligatorias a analizar en el tratamiento del CPNM-NS ha aumentado en los últimos años ^3,4.

Las guías internacionales actuales recomiendan realizar pruebas de EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET y MET en ....

Protocolo

Todos los procedimientos han sido aprobados por el comité de ética local (Comité de Ética de la Investigación en Seres Humanos, Centro Hospitalario Universitario de Niza, Tumorothèque BB-0033-00025). Se obtuvo el consentimiento informado de todos los pacientes para el uso de muestras y datos generados. Todas las muestras se obtuvieron de pacientes diagnosticados de NSCLC en LPCE (Niza, Francia) entre el 20 de septiembre y el 31 de enero de 2022 como parte de la atención médica.

1. Preparación de muestras de ADN y ARN FFPE utilizando un instrumento de purificación automatizado (API) (Tiempo de procesamiento: 5 h 15 min)

Discusión

El desarrollo de un enfoque de NGS ultrarrápido basado en amplicones como prueba refleja para la evaluación de la alteración molecular en el diagnóstico de cualquier NS-NSLC en estadio es una opción óptima para la detección de todos los biomarcadores recomendados y emergentes recomendados por las guías en el NSCLC ^5,22,23. Mientras que los métodos secuenciales (IHC, PCR, FISH) se centran solo en genes específicos y pue.......

Materiales

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291