Ultraschnelle Amplicon-basierte Next-Generation-Sequenzierung bei nicht-plattenepithelialem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs

Zusammenfassung

Die Zunahme molekularer Biomarker, die für die Behandlung von nicht-plattenepithelialem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs (NS-NSCLC) getestet werden sollen, hat zur Entwicklung schneller und zuverlässiger molekularer Nachweismethoden geführt. Wir beschreiben einen Arbeitsablauf für die Beurteilung genomischer Veränderungen bei NS-NSCLC-Patienten unter Verwendung eines ultraschnellen Next Generation Sequencing (NGS)-Ansatzes.

Zusammenfassung

Die Zahl der molekularen Veränderungen, die für die zielgerichtete Therapie von Patienten mit nicht-plattenepithelialem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs (NS-NSCLC) getestet werden sollen, hat in den letzten Jahren deutlich zugenommen. Der Nachweis molekularer Anomalien ist für die optimale Versorgung von Patienten mit fortgeschrittenem oder metastasiertem NS-NSCLC unerlässlich, so dass zielgerichtete Therapien mit einer Verbesserung des Gesamtüberlebens verabreicht werden können. Nichtsdestotrotz entwickeln diese Tumoren Resistenzmechanismen, die mit neuartigen Therapien potenziell angegriffen werden können. Einige molekulare Veränderungen können auch das Ansprechen auf die Behandlung modulieren. Die molekulare Charakterisierung von NS-NSCLC muss in einer kurzen Durchlaufzeit (TAT) von weniger als 10 Arbeitstagen durchgeführt werden, wie es in den internationalen Leitlinien empfohlen wird. Darüber hinaus ist die Herkunft der Gewebebiopsien für die Genomanalyse vielfältig, und ihre Größe nimmt mit der Entwicklung weniger invasiver Methoden und Protokolle kontinuierlich ab. Folglich stehen Pathologen vor der Herausforderung, effektive molekulare Techniken anzuwenden und gleichzeitig eine effiziente und schnelle Diagnosestrategie aufrechtzuerhalten. Hier beschreiben wir den ultraschnellen Amplicon-basierten Next-Generation-Sequencing-Workflow (NGS), der in der täglichen Routinepraxis bei der Diagnose von NS-NSCLC-Patienten verwendet wird. Wir konnten zeigen, dass dieses System in der Lage ist, die aktuellen molekularen Targets, die in der Präzisionsmedizin in der thorakalen Onkologie verwendet werden, in einem geeigneten TAT zu identifizieren.

Einleitung

In den letzten zehn Jahren hat die Entwicklung zielgerichteter Immuntherapien das Gesamtüberleben (OS) von nicht-plattenepithelialem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs (NS-NSCLC) signifikant ^erhöht1,2. In diesem Zusammenhang hat die Anzahl der obligatorischen Gene und molekularen Ziele, die bei der Behandlung von NS-NSCLC analysiert werden müssen, in den letzten Jahren zugenommen ^3,4.

Aktuelle internationale Leitlinien empfehlen die Untersuchung von EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, R....

Protokoll

Alle Verfahren wurden von der lokalen Ethikkommission (Ethikkommission für Humanforschung, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Tumorothek BB-0033-00025) genehmigt. Alle Patienten erhielten eine Einverständniserklärung zur Verwendung von Proben und generierten Daten. Alle Proben wurden von Patienten entnommen, bei denen zwischen dem 20. September und dem 31. Januar 2022 in LPCE (Nizza, Frankreich) im Rahmen der medizinischen Versorgung NS-NSCLC diagnostiziert wurde.

1. Vorbereitung von FFPE-DNA- und RNA-Proben mit einem automatisierten Aufreinigungsgerät ( API ) (Bearbeitungszeit: 5 h 15 min)

1. Führen Sie die P....

Diskussion

Die Entwicklung eines ultraschnellen Amplicon-basierten NGS-Ansatzes als Reflextest zur Beurteilung molekularer Veränderungen bei der Diagnose eines NS-NSLC in jedem Stadium ist eine optimale Option für den Nachweis aller leitlinienempfohlenen und neu auftretenden Biomarker bei NS-NSCLC ^5,22,23. Während sich sequentielle Methoden (IHC, PCR, FISH) nur auf bestimmte Gene konzentrieren und zu einer Erschöpfung des Gewebemateria.......

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291