非扁平上皮非小細胞肺癌における超高速アンプリコンベースの次世代シーケンシング

要約

非扁平上皮非小細胞肺がん(NS-NSCLC)のケア管理のために検査される分子バイオマーカーの増加は、迅速で信頼性の高い分子検出法の開発を促しています。超高速次世代シーケンシング(NGS)アプローチを使用したNS-NSCLC患者のゲノム変化評価のワークフローについて説明します。

要約

非扁平上皮非小細胞肺がん(NS-NSCLC)患者の標的療法のためにテストされる分子変化の数は、ここ数年で大幅に増加しています。進行性または転移性NS-NSCLC患者の最適な治療には、分子異常の検出が必須であり、全生存期間を改善しながら標的療法を投与することができます。それにもかかわらず、これらの腫瘍は、新しい治療法を用いて標的化できる可能性のある耐性のメカニズムを発達させる。一部の分子変化は、治療反応を調節することもできます。NS-NSCLCの分子特性評価は、国際ガイドラインで推奨されているように、10営業日未満の短いターンアラウンドタイム(TAT)で実施する必要があります。さらに、ゲノム解析のための組織生検の起源は多様であり、そのサイズは、より侵襲性の低い方法とプロトコルの開発とともに継続的に減少しています。その結果、病理医は、効率的で迅速な診断戦略を維持しながら、効果的な分子技術を実行するという課題に直面しています。ここでは、NS-NSCLC患者の診断時に日常診療で使用される超高速アンプリコンベースの次世代シーケンシング(NGS)ワークフローについて説明します。このシステムは、胸部腫瘍学におけるプレシジョンメディシンで現在使用されている分子標的を適切なTATで特定できることを示しました。

概要

過去10年間で、標的療法や免疫療法の開発により、非扁平上皮非小細胞肺がん(NS-NSCLC)の全生存期間(OS)が大幅に増加しました^1,2。この点で、NS-NSCLCを治療する際に解析すべき必須の遺伝子と分子標的の数は、ここ数年で増加しています^3,4。

現在の国際ガイドラインでは、進行したNS-NSCLC⁵の診断時にEGFR、ALK、ROS1、BRAF、NTRK、RET、およびMETを検査することが推奨されています。さらに、最近、新薬が臨床試験で非常に有望な結果をもたらしたため、BRAC1/BRAC2、PI3KA、NRG1、およびNUT 6,7,8,9とともに、

プロトコル

すべての手順は、地元の倫理委員会(Human Research Ethics Committee、Centre Hospitalier Universitaire de Nice、Tumorothèque BB-0033-00025)によって承認されています。サンプルと生成されたデータを使用することについて、すべての患者からインフォームドコンセントが得られました。すべてのサンプルは、2022 年 9 月 20 日から 1 月 31 日の間に LPCE (フランス、ニース) で NS-NSCLC と診断された患者から医療の一環として採取されました。

1. 自動精製装置(API)を用いたFFPE DNA・RNAサンプルの調製(処理時間:5時間15分)

1. 装置で計画化を実行します。
   1. 機器の電源を入れ、ユーザー名とパスワード(資料表)を使用してサインインします。精製実行計画を作成するには、「 実行」→「 計画の追加」をクリックし、実行計画に名前を付けます。
   2. 次に、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルからDNAおよびRNAを連続的に精製するための適切な精製キットとプロトコルを選択します。精製後の定量が可能です。
   3. ドロップダウンリストから目的の溶出量(50 μL)を選....

ディスカッション

NS-NSLCの診断時の分子変化評価のための反射検査としての超高速アンプリコンベースのNGSアプローチの開発は、NS-NSCLC5,22,23のすべてのガイドライン推奨および新しいバイオマーカーを検出するための最適なオプションです。シーケンシャル法(IHC、PCR、FISH)は特定の遺伝子のみに焦点を当てており、組織材料の枯渇を引き起?.......

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291