Séquençage ultra-rapide de nouvelle génération basé sur l’amplicon dans le cancer du poumon non épidermoïde non à petites cellules

Résumé

L’augmentation du nombre de biomarqueurs moléculaires à tester pour la prise en charge du cancer du poumon non à petites cellules non épidermoïde (NS-NSCLC) a entraîné la mise au point de méthodes de détection moléculaire rapides et fiables. Nous décrivons un flux de travail pour l’évaluation de l’altération génomique chez les patients atteints de NS-CPNPC à l’aide d’une approche de séquençage ultra-rapide de nouvelle génération (NGS).

Résumé

Le nombre d’altérations moléculaires à tester pour le traitement ciblé des patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules non épidermoïde (NS-CPNPC) a considérablement augmenté ces dernières années. La détection d’anomalies moléculaires est obligatoire pour la prise en charge optimale des patients atteints de NS-NSCLC avancés ou métastatiques, ce qui permet d’administrer des thérapies ciblées avec une amélioration de la survie globale. Néanmoins, ces tumeurs développent des mécanismes de résistance qui sont potentiellement ciblables à l’aide de nouvelles thérapies. Certaines altérations moléculaires peuvent également moduler la réponse au traitement. La caractérisation moléculaire du NS-NSCLC doit être réalisée dans un délai d’exécution court (TAT), en moins de 10 jours ouvrables, comme le recommandent les directives internationales. De plus, l’origine des biopsies tissulaires pour l’analyse génomique est diverse, et leur taille ne cesse de diminuer avec le développement de méthodes et de protocoles moins invasifs. Par conséquent, les pathologistes sont mis au défi d’effectuer des techniques moléculaires efficaces tout en maintenant une stratégie de diagnostic efficace et rapide. Nous décrivons ici le flux de travail ultra-rapide de séquençage de nouvelle génération (NGS) basé sur l’amplicon utilisé dans la pratique quotidienne de routine au moment du diagnostic chez les patients atteints de NS-NSCLC. Nous avons montré que ce système est capable d’identifier les cibles moléculaires actuelles utilisées en médecine de précision en oncologie thoracique dans un TAT approprié.

Introduction

Au cours de la dernière décennie, le développement de thérapies ciblées et d’immunothérapies a considérablement augmenté la survie globale (SG) du cancer du poumon non épidermoïde non à petites cellules (NS-CPNPC)^1,2. À cet égard, le nombre de gènes et de cibles moléculaires obligatoires à analyser lors du traitement du CPNPC a augmenté au cours des dernières années ^3,4.

Les lignes directrices internationales actuelles recommandent de tester l’EGFR, l’ALK, le ROS1, le BRAF, le NTRK,

Protocole

Toutes les procédures ont été approuvées par le comité d’éthique local (Comité d’éthique de la recherche humaine, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Tumorothèque BB-0033-00025). Le consentement éclairé de tous les patients a été obtenu pour l’utilisation d’échantillons et de données générées. Tous les échantillons ont été prélevés sur des patients diagnostiqués avec NS-NSCLC à LPCE (Nice, France) entre le 20 septembre et le 31 janvier 2022 dans le cadre des soins médicaux.

1. Préparation d’échantillons d’ADN et d’ARN FFPE à l’aide d’un instrument de purification automatisé (API) (Temps de traitement : 5 h 15 min)

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Discussion

La mise au point d’une approche NGS ultra-rapide basée sur l’amplicon en tant que test réflexe pour l’évaluation de l’altération moléculaire au diagnostic de n’importe quel stade du NS-NSLC est une option optimale pour la détection de tous les biomarqueurs recommandés et émergents recommandés par les lignes directrices dans NS-NSCLC ^5,22,23. Alors que les méthodes séquentielles (IHC, PCR, FISH) se concentren.......

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
96 well hard shell plate clear	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	4483354
Adhesive PCR Plate Foil	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	AB0626
AutoLys M tube	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A38738	FFPE sample processing tubes
Genexus Barcodes 1-32 HD	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40261
Genexus GX5 Chip and Genexus Coupler	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40269
Genexus Pipette Tips	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40266
Genexus Purification Instrument	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A48148	Automated purification instrument (API)
Genexus Sequencing Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40271
Genexus Templating Strips 3-GX5 and 4	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A40263
Genexus Integrated Sequencer	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45727
Ion Torrent  Genexus FFPE DNA/RNA Purification Combo Kit	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A45539
Oncomine  Precision Assay GX (OPA) Panel (included Strips 1 and 2-HD)	Thermo Fisher Scientific (Waltham, Massachusetts, USA)	A46291