Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using an Automated Purification Instrument (API)

Para comenzar, corte las muestras de ADN y ARN fijadas en formol e incluidas en parafina o FFPE. Active el instrumento de purificación automatizada o API e inicie sesión con el nombre de usuario y la contraseña. A continuación, en el software Integrated Genomic Viewer, en muestras, haga clic en Crear muestras"ingrese el nombre de la muestra y seleccione la categoría de la aplicación.

Después de ingresar los detalles de la muestra, haga clic en Guardar"Luego seleccione Ejecuciones"haga clic en Muestra para resultado"e ingrese el nombre de la ejecución antes de hacer clic en Siguiente"Seleccione el ensayo seguido de una muestra de interés y haga clic en Siguiente"Después de seleccionar cada muestra, haga clic en Asignar"luego verifique los parámetros de elución y guarde la ejecución. Coloque muestras de tejido FFPE y tubos de procesamiento de muestras. Centrifugar el tubo a 2.000 G durante un minuto.

Agregue la mezcla maestra Protease Digest preparada a partir de un kit de purificación de ácidos nucleicos en el tubo. Incubar la muestra a 60 grados centígrados durante una hora, seguida de incubarla a 90 grados centígrados durante una hora. Después de enfriar las muestras, levante el tubo interior del tubo de procesamiento de muestras y bloquéelo girando a la izquierda.

Centrifugar la cámara de aire a 2.000 G durante 10 minutos. A continuación, desbloquee el tubo girando a la derecha y separándolo del otro tubo. Deseche la cámara de aire y colóquela en hielo hasta que se cargue en el API.

Prepare una mezcla maestra de digestión de ADN y cargue en la placa de purificación de ADN y ARN FFPE precargada dos. Cargue las muestras preparadas en la placa de purificación de ADN y ARN FFPE uno. En la pantalla de la API, haga clic en Ejecutar", luego seleccione el plan de ejecución y haga clic en Siguiente: "Siga las instrucciones en pantalla para cargar los consumibles y reactivos necesarios para la ejecución de purificación.

Una vez que se hayan cargado todos los reactivos, haga clic en Siguiente"cierre la puerta API y haga clic en Inicio"T al final de la ejecución, haga clic en Descargar"e inmediatamente retire la placa de archivo de ácido nucleico de 48 pocillos que contiene el ADN y el ARN purificados. Una vez finalizada la purificación de la muestra, selle la placa y guárdela a menos 80 grados centígrados.