Ultraschnelle Amplicon-basierte Next-Generation-Sequenzierung bei nicht-plattenepithelialem nicht-kleinzelligem Lungenkrebs

Heutzutage erfordern zielgerichtete Therapien für nicht-kleinzelligen Lungenkrebs den schnellen Nachweis mehrerer genomischer Veränderungen. Sie ist also entscheidend für eine optimale Versorgung, da Thoraxbiopsien oft klein sind und nur wenige Tumorzellen enthalten. Daher stellen wir einen ultraschnellen Next-Generation-Sequencing-Workflow vor, der für die routinemäßige Diagnose von nicht-kleinzelligem Lungenkrebs im Pathologielabor implementiert wird.

Derzeit sind gezielte NGS mit unterschiedlichen Panelgrößen, Ein-Gen-Sequenzierungstests mittels RT-PCR, digitale PCR, Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung und Immunhistochemie die verschiedenen Methoden, die zum Nachweis molekularer Veränderungen verwendet werden. Die meisten dieser Methoden können jedoch Zeit und Gewebematerial in Anspruch nehmen, was zu einer verzögerten Diagnose und dem Risiko einer Gewebebelastung führt. Die Herausforderung besteht darin, mehrere molekulare Veränderungen effizient zu erkennen und gleichzeitig Materialien zu sparen und eine schnelle Diagnose zu beantworten.

Der Workflow versorgt den Thoraxonkologen mit umfassenden Tumorinformationen, einschließlich histologischer Diagnose, PD-L1-Status und anvisierbarer genomischer Aberrationen. Es ermöglicht eine schnelle Entscheidungsfindung bei der Behandlung für eine optimale Therapieauswahl. Unser Protokoll identifiziert alle wichtigen molekularen Ziele in der thorakalen Onkologie auf der Grundlage von ESMO-, NCCN- und ASCO-Empfehlungen und liefert auch bei kleinen Probengrößen und begrenzter DNA/RNA zeitnahe Ergebnisse.

Und so reduzierte das automatisierte System die Arbeitsbelastung der Techniker mit nur drei Stunden Nasslabor-Manipulation. Unser Ziel ist es, uns auf die schnelle und umfassende genomische Profilierung von Tumoren zu konzentrieren, indem wir in Zukunft ein großes NGS-Panel für Gewebe- und Plasmaproben entwickeln. Verstärkte Strategien zum Nachweis zahlreicher molekularer Veränderungen in kleinen Probengrößen und zytologischen Proben mit großen Panels sind jedoch dringend erforderlich.