Diagnostic rapide quantitatif par réaction en chaîne par polymérase (qPCR) de l’infection à Helicobacter pylori et de la résistance aux antibiotiques

Résumé

Le protocole présente une méthode non invasive pour le diagnostic rapide des infections de l’estomac à Helicobacter pylori par le test de corde et détermine sa résistance aux antibiotiques à la clarithromycine et à la lévofloxacine en utilisant la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR).

Résumé

Helicobacter pylori est un agent pathogène humain majeur qui infecte environ la moitié de la population mondiale et devient une menace sérieuse pour la santé en raison de sa résistance croissante aux antibiotiques. C’est l’agent causal de la gastrite chronique active, de l’ulcère gastroduodénal et du cancer gastrique et a été classé comme cancérogène du groupe I par le Centre international de recherche sur le cancer. Par conséquent, le diagnostic rapide et précis de H. pylori et la détermination de sa résistance aux antibiotiques sont importants pour l’éradication efficace de ce pathogène bactérien. Actuellement, les méthodes de diagnostic de H. pylori comprennent principalement le test respiratoire à l’urée (UBT), le test antigénique, le test d’anticorps sériques, la gastroscopie, le test rapide d’uréase (RUT) et la culture bactérienne. Parmi elles, les trois premières méthodes de détection sont non invasives, ce qui signifie qu’elles sont faciles à effectuer. Cependant, les bactéries ne peuvent pas être récupérées par ces techniques; Par conséquent, les tests de résistance aux médicaments ne peuvent pas être effectués. Les trois derniers sont des examens invasifs, mais ils sont coûteux, nécessitent des compétences élevées et ont le potentiel de causer des dommages aux patients. Par conséquent, une méthode non invasive, rapide et simultanée pour la détection de H. pylori et les tests de résistance aux médicaments est très importante pour éradiquer efficacement H. pylori dans la pratique clinique. Ce protocole vise à présenter une procédure spécifique impliquant le test de corde en combinaison avec la réaction en chaîne de la polymérase quantitative (qPCR) pour la détection rapide de l’infection à H. pylori et de la résistance aux antibiotiques. Contrairement aux cultures bactériennes, cette méthode permet un diagnostic facile, rapide et non invasif de l’état d’infection à H. pylori et de la résistance aux médicaments. Plus précisément, nous avons utilisé la qPCR pour détecter rea pour l’infection à H. pylori et les mutations dans les gènes de l’ARNr 23S et du gyrA, qui codent respectivement pour la résistance à la clarithromycine et à la lévofloxacine. Comparé aux techniques de culture couramment utilisées, ce protocole fournit une technique non invasive, peu coûteuse et rapide pour détecter l’infection à H. pylori et déterminer sa résistance aux antibiotiques à l’aide de la qPCR.

Introduction

H. pylori est une bactérie à Gram négatif en forme de spirale, très mobile, qui vit principalement dans la région du pylore de l’estomac¹. C’est un agent pathogène commun qui infecte près de 50% de la population mondiale². La plupart des personnes atteintes d’une infection à H. pylori n’ont pas de manifestations cliniques et la plupart développent différentes maladies après plusieurs années d’infection, notamment une gastrite chronique, des ulcères gastroduodénaux, des ulcères gastriques et un cancer gastrique³. Dans plusieurs études basées sur différentes populations, l’efficaci....

Protocole

La présente étude a été menée conformément aux considérations éthiques établies par le comité d’éthique de l’hôpital populaire provincial de Guangdong, Southern Medical University, Guangzhou, Chine (numéro d’approbation : KY-Q-2022-384-02). Les patients âgés de 18 à 60 ans ont été inclus dans cette étude. Les patients prenant des antibiotiques, des médicaments antibactériens chinois, des médicaments tels que des inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) ou des antagonistes des récepteurs H 2, etc., dans les₂ semaines précédant les tests n’ont pas été inclus dans cette étude. Les patients qui avaient reçu un traitement contre H. pylori au cours des 3 ....

Résultats

Détection de l’infection à H. pylori et de la résistance aux antibiotiques dans les sécrétions gastriques par qPCR
Nous avons effectué la qPCR pour la détection de l’infection à H. pylori en amplifiant le gène uré A et déterminé son profil de résistance aux antibiotiques en ciblant les mutations ponctuelles du gène de l’ARNr 23S et du gène gyrA (Tableau 1). Les valeurs CT du contrôle de la qualité dans les trois groupes des ex.......

Discussion

La détection de H. pylori peut être effectuée à l’aide de méthodes invasives et non invasives¹³. Les techniques invasives couramment utilisées telles que l’histopathologie, le test rapide de l’uréase, la réaction en chaîne de la polymérase (PCR) et la culture bactérienne nécessitent une endoscopie et une biopsie. Les tests sérologiques, les tests respiratoires à l’urée et les tests immuno-enzymatiques (ELISA) sont recommandés parmi les procédures non invasives

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin
ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine	Thermo Fisher Scientific	SEDA 20163220767	Fluorescent quantitative PCR amplification
ABI 7500 software	Thermo Fisher Scientific		Data Analysis
BSC-1500IIA2-X	BIOBASE	SEDA 20143222263	Biosafety cabinet
DNA extraction kit	Daan Gene
E-Centrifuge	WEALTEC		Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Testing for H. pylori infection
Stream SP96 automated nucleic acid extractor	Daan Gene	SEDA 20140104	For DNA extraction
String test kit	Hongmed Infagen		It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube
Ultra-low temperature freezers (DW-YL450)	MELING	SEDA 20172220091	-20 °C for storing reagents
Vortex-5	Kylin-bell		For mixing reagent