Количественная экспресс-диагностика инфекции Helicobacter pylori и устойчивости к антибиотикам на основе количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР)

Резюме

В протоколе представлен неинвазивный метод экспресс-диагностики инфекций желудка Helicobacter pylori с помощью струнного теста и определения его антибиотикорезистентности к кларитромицину и левофлоксацину с помощью количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР).

Аннотация

Helicobacter pylori является основным патогеном человека, который заражает примерно половину населения мира и становится серьезной угрозой для здоровья из-за растущей устойчивости к антибиотикам. Он является возбудителем хронического активного гастрита, язвенной болезни и рака желудка и был классифицирован Международным агентством по изучению рака как канцероген I группы. Поэтому быстрая и точная диагностика H. pylori и определение его устойчивости к антибиотикам важны для эффективной эрадикации этого бактериального патогена. В настоящее время методы диагностики H. pylori в основном включают дыхательный тест на мочевину (UBT), тест на антиген, тест на антитела в сыворотке, гастроскопию, экспресс-тест на уреазу (RUT) и бактериальный посев. Среди них первые три метода обнаружения являются неинвазивными, что означает, что их легко проводить. Однако бактерии не могут быть извлечены с помощью этих методов; Таким образом, тестирование на лекарственную устойчивость не может быть выполнено. Последние три являются инвазивными исследованиями, но они являются дорогостоящими, требуют высоких навыков и могут нанести вред пациентам. Таким образом, неинвазивный, быстрый и одновременный метод обнаружения H. pylori и тестирования лекарственной устойчивости очень важен для эффективной эрадикации H. pylori в клинической практике. Этот протокол направлен на то, чтобы представить конкретную процедуру, включающую струнный тест в сочетании с количественной полимеразной цепной реакцией (кПЦР) для быстрого выявления инфекции H. pylori и устойчивости к антибиотикам. В отличие от бактериальных культур, этот метод позволяет легко, быстро, неинвазивно диагностировать инфекционный статус H. pylori и лекарственную устойчивость. В частности, мы использовали кПЦР для обнаружения инфекции H. pylori и мутаций в генах 23S рРНК и gyrA, которые кодируют резистентность к кларитромицину и левофлоксацину соответственно. По сравнению с обычно используемыми методами культивирования, этот протокол обеспечивает неинвазивный, недорогой и экономящий время метод выявления инфекции H. pylori и определения ее устойчивости к антибиотикам с помощью кПЦР.

Введение

H. pylori представляет собой спиралевидную, высокоподвижную, грамотрицательную бактерию, которая в основном обитает в привратной области желудка¹. Это распространенный патоген, который заражает почти 50% населения мира². Большинство людей с инфекцией H. pylori не имеют клинических проявлений, и у большинства из них после нескольких лет инфекции развиваются различные заболевания, включая хронический гастрит, язвенную болезнь, язву желудка и рак желудка³. В нескольких исследованиях, основанных на различных популяциях, была продемонстрирована эффективность элиминации H. pylori

протокол

Настоящее исследование было проведено в соответствии с этическими соображениями, установленными этическим комитетом Народной больницы провинции Гуандун, Южный медицинский университет, Гуанчжоу, Китай (номер утверждения: KY-Q-2022-384-02). В исследование были включены пациенты в возрасте от 18 до 60 лет. Пациенты, принимающие антибиотики, антибактериальные китайские препараты, такие препараты, как ингибиторы протонной помпы (ИПП) или антагонисты_{Н2-рецепторов} и т. д., в течение 2 недель до тестирования, не были включены в это исследование. Те пациенты, которые получали лечение против H.pylori в течение последних 3 месяцев, также были исключены из это....

Результаты

Обнаружение инфекции H. pylori и устойчивости к антибиотикам в желудочной жидкости с помощью кПЦР
Мы провели кПЦР для выявления инфекции H. pylori путем амплификации гена ureA и определили его профиль устойчивости к антибиотикам путем нацеливания на точечные мутации в .......

Обсуждение

Обнаружение H. pylori может быть выполнено как инвазивными, так и неинвазивными методами¹³. Обычно используемые инвазивные методы, такие как гистопатология, экспресс-тест на уреазу, полимеразная цепная реакция (ПЦР) и культивирование бактерий, требуют эндоскопии и биопсии.......

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
23S rRNA and gyrA gene point mutations detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Detection of Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin
ABI 7500 fluorescence quantitative PCR machine	Thermo Fisher Scientific	SEDA 20163220767	Fluorescent quantitative PCR amplification
ABI 7500 software	Thermo Fisher Scientific		Data Analysis
BSC-1500IIA2-X	BIOBASE	SEDA 20143222263	Biosafety cabinet
DNA extraction kit	Daan Gene
E-Centrifuge	WEALTEC		Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
H. Pylori DNA detection kit (PCR-Fluorescence Probing)	Hongmed Infagen		Testing for H. pylori infection
Stream SP96 automated nucleic acid extractor	Daan Gene	SEDA 20140104	For DNA extraction
String test kit	Hongmed Infagen		It contains a capsule attached to a string, scissors, cotton swab, and sample preservation tube
Ultra-low temperature freezers (DW-YL450)	MELING	SEDA 20172220091	-20 °C for storing reagents
Vortex-5	Kylin-bell		For mixing reagent