Un obstacle important aux technologies comme CRISPR est les événements hors cible qui peuvent perturber les gènes vitaux. La « circularisation pour la notification in vitro des effets de clivage par séquençage » (CIRCLE-seq) est une technique conçue pour identifier les sites de clivage non intentionnels. Cette méthode cartographie l’activité à l’échelle du génome de CRISPR-Cas9 avec une sensibilité élevée et sans biais.
La circularisation pour la déclaration in vitro des effets de clivage par séquençage (CIRCLE-seq) est une nouvelle technique développée pour l’identification impartiale des sites de clivage non intentionnels de CRISPR-Cas9 par séquençage ciblé de l’ADN clivé de CRISPR-Cas9. Le protocole implique la circularisation de l’ADN génomique (ADNg), qui est ensuite traité avec la protéine Cas9 et un ARN guide (ARNg) d’intérêt. Après le traitement, l’ADN clivé est purifié et préparé comme une banque pour le séquençage Illumina. Le processus de séquençage génère des lectures d’extrémités appariées, offrant des données complètes sur chaque site de clivage. CIRCLE-seq offre plusieurs avantages par rapport aux autres méthodes in vitro , notamment des exigences minimales de profondeur de séquençage, un faible bruit de fond et un enrichissement élevé pour l’ADNg clivé en Cas9. Ces avantages améliorent la sensibilité dans l’identification des événements de clivage intentionnels et non intentionnels. Cette étude fournit une procédure complète, étape par étape, pour examiner l’activité hors cible de CRISPR-Cas9 à l’aide de CIRCLE-seq. À titre d’exemple, ce protocole est validé en cartographiant les sites de clivage non intentionnel de CRISPR-Cas9 à l’échelle du génome lors de la modification du locus AAVS1 . L’ensemble du processus CIRCLE-seq peut être achevé en deux semaines, ce qui laisse suffisamment de temps pour la croissance cellulaire, la purification de l’ADN, la préparation de la banque et le séquençage Illumina. L’entrée des données de séquençage dans le pipeline CIRCLE-seq facilite l’interprétation et l’analyse simplifiées des sites de clivage.
L’ingénierie génomique a connu des progrès significatifs au cours des vingt dernières années, avec une étape majeure étant la découverte de répétitions palindromiques courtes groupées et régulièrement espacées (CRISPR)-Cas9 en 20121. Tirant parti de la nature programmable des endonucléases d’ADN bactérien, la technologie CRISPR-Cas9 permet un ciblage et une modification précis de presque toutes les séquences d’ADN. Depuis sa création, le système a été optimisé pour s’appuyer uniquement sur l’endonucléase Cas9 et un ARN guide (ARNg) pour modifier des régions génomiques spécifiques. Le potentiel de CRISPR-Cas9 en tant que thérapie curative a été démontré dans des essais cliniques pour diverses affections telles que l’amaurose congénitale de Leber, l’amylose à transthyrétine et l’anémie falciforme, entre autres 2,3,4.
CRISPR-Cas9 induit des cassures double brin (DSB), qui sont généralement résolues par l’un des deux mécanismes suivants : la jonction d’extrémités non homologues sujette aux erreurs (NHEJ) ou la réparation dirigée par homologie (HDR), plus précise, à condition qu’un ADN matrice soit disponible. La tendance de CRISPR-Cas9 à provoquer des insertions et des délétions (indels) associées à la NHEJ, ainsi qu’un clivage sur des sites génomiques non intentionnels, limite son application en milieu clinique 5,6,7,8,9,10. De plus, des modifications génomiques involontaires peuvent créer des sites d’épissage cryptiques, des mutations non-sens ou faux-sens, induire une chromothripsie ou conférer un potentiel oncogénique aux cellules - résultats qui ont été observés dans plusieurs essais d’édition du génome 11,12,13,14,15 . En conclusion, l’identification précise de l’activité hors cible de CRISPR-Cas9 est cruciale pour ses applications cliniques, en particulier dans les thérapies géniques systémiques qui peuvent altérer des milliards de cellules.
Diverses méthodes peuvent être utilisées pour identifier les sites de clivage hors cible de CRISPR-Cas9, notamment GUIDE-seq16, qui utilise des oligodésoxynucléotides double brin pour marquer les CDB dans les cellules vivantes. Néanmoins, une critique de cette méthode est que les faux positifs peuvent provenir de DSB aléatoires ou d’artefacts PCR, qui doivent être éliminés en excluant les sites capturés qui présentent une faible similitude avec les sites ciblés. La méthode basée sur l’utilisation du vecteur lentiviral défectueux en intégrase (IDLV) est moins sensible et risque de manquer de nombreux sites hors cible17. D’autres méthodes in situ telles que DSBCapture, BLESS et BLISS 18,19,20 impliquent des cellules fixes et marquent directement les DSB, mais elles sont limitées par leur dépendance à la capture immédiate des DSB et l’absence d’ADN exogène. Digenome-seq21, une méthode in vitro, et SITE-seq (SITE-seq)22 fournissent tous deux des solutions de séquençage, mais ont leurs limites en termes de bruit de fond et d’analyse à une extrémité, respectivement. La découverte de Cas hors cibles in situ et la vérification par séquençage (Discover-Seq)23 offrent une identification in vivo et in situ de l’activité de Cas9 via la liaison MRE11, mais ne détectent que les DSB qui existent au moment de la préparation de l’échantillon24. Enfin, l’inférence de modifications CRISPR (ICE) utilise une approche bioinformatique pour analyser de manière robuste les modifications CRISPR à l’aide des données de Sanger25.
Cet article décrit une procédure détaillée de circularisation pour le rapport in vitro des effets de clivage par séquençage (CIRCLE-seq) : une technique in vitro qui cartographie de manière sensible et impartiale l’activité hors cible à l’échelle du génome de la nucléase Cas9 dans un complexe avec l’ARNg d’intérêt26. Cette approche commence par la culture des cellules d’intérêt et l’isolement de l’ADN, suivie d’un cisaillement aléatoire par ultrasons focalisés, puis d’un traitement à l’exonucléase et à la ligase. Ce processus produit finalement des molécules d’ADN double brin circulaires, qui sont ensuite purifiées par un traitement par DNase sans danger pour les plasmides. Cet ADN circulaire est ensuite exposé au complexe Cas9-gRNA, qui se fissure aux sites de clivage intentionnels et non intentionnels, laissant derrière lui des extrémités d’ADN exposées qui agissent comme des substrats pour la ligature de l’adaptateur Illumina. Ce processus produit une bibliothèque diversifiée d’ADN génomique (ADNg) contenant les deux extrémités de chaque DSB induite par une nucléase, garantissant que chaque lecture dispose de toutes les informations nécessaires pour chaque site de clivage. Cela permet l’utilisation du séquençage Illumina avec des exigences de couverture de séquençage plus faibles, ce qui distingue CIRCLE-seq des autres méthodes similaires mentionnées ci-dessus. Il est important de noter que si CIRCLE-seq a une sensibilité hors cible plus élevée que d’autres protocoles en tant que méthode in vitro , cela se fait au prix d’un nombre plus élevé de faux positifs en raison de l’absence du paysage épigénétique présent dans d’autres méthodes telles que GUIDE-seq16. De plus, la réparation de l’ADN DSB et sa machinerie associée ne sont pas présentes dans CIRCLE-seq, abrogeant les indels ou la réparation appropriée qui serait autrement observée.
En plus de décrire le protocole étape par étape pour effectuer CIRCLE-seq, le protocole est validé en identifiant les sites de clivage non intentionnels de CRISPR-Cas9 à l’échelle du génome qui se produisent lors de la modification du locus AAVS1 , à titre d’exemple. Ce protocole facile à suivre fournit des instructions détaillées, de la culture de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) et de l’isolement de l’ADNg à la circularisation de l’ADNg, au clivage de l’ARNg Cas9, à la préparation de la banque, au séquençage et à l’analyse du pipeline. Compte tenu des faibles exigences de couverture de séquençage, CIRCLE-seq est disponible pour tout laboratoire ayant accès au séquençage de nouvelle génération.
Les détails des réactifs, des consommables et de l’équipement utilisés pour cette étude sont répertoriés dans la table des matériaux.
1. Culture cellulaire (5 jours)
2. Isolement de l’ADN génomique (1 jour)
3. Préparation de l’ARNg (7 jours)
4. Test de clivage in vitro de l’ARNg
REMARQUE : Ici, une cible du gène AAVS1 est utilisée. Pour cibler d’autres gènes d’intérêt, concevez des amorces (tableau 1) pour amplifier la région cible et remplacez les amorces dans les étapes suivantes par des amorces personnalisées.
5. Cisaillement de l’ADN (3 h)
6. Purification de l’ADN génomique cisaillé (1 h)
7. Préparation de la bibliothèque CIRCLE-seq (3 jours)
8. Civrage de l’ADNg circulaire et purifié enzymatiquement in vitro (2 h)
9. Préparation de la bibliothèque de séquençage de nouvelle génération (4 - 6 h)
10. Quantification des banques CIRCLE-seq par PCR numérique en gouttelettes (dd_PCR) (6 h)
REMARQUE : La quantification peut également être effectuée à l’aide de la qPCR, de la Tapestation ou d’une méthode similaire.
11. Séquençage de nouvelle génération
12. Analyse des données CIRCLE-seq (1 - 3 h)
Ici, CIRCLE-seq est utilisé pour étudier les sites de clivage induits par les nucléases de Cas9 dans un complexe avec l’ARNg conçu pour cibler le site d’intégration du virus adéno-associé 1 (AAVS1) en utilisant de l’ADN isolé de cellules souches pluripotentes induites (iPSC). Cet ARNg a déjà été décrit dans notre publication27. Environ 25 μg d’ADNg ont été isolés à partir d’iPSC, cisaillés par ultrasons focalisés, et la taille a été sélectionnée à l’aide de la purification de billes AMPure XP pour produire des fragments d’environ 300 pb. À partir de ces 25 μg d’ADN, environ 2 à 5 ng d’ADN ont été circularisés avec succès pour le clivage in vitro de Cas9 :gRNA. L’ensemble de la procédure est illustré à la figure 1.
À la suite d’une procédure CIRCLE-seq et d’une analyse à l’aide de notre flux de travail de calcul, une visualisation de tous les sites de clivage détectés sur et hors cible est présentée dans la figure 2A. Le pipeline CIRCLE-seq a également fourni des « lectures fusionnées », analysées via le logiciel statistique R pour produire un graphique de Manhattan montrant les sites de clivage induits par les nucléases détectés cartographiés le long de chaque chromosome (Figure 2B).
Figure 1 : Schémas du flux de travail CIRCLE-seq. Les principales étapes du protocole sont indiquées. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Figure 2 : Visualisation de CIRCLE-seq et du graphique de Manhattan. (A) Alignement des sites hors cible par rapport à la cible prévue pour le locus AAVS1. La séquence cible est affichée en haut, où les hors cibles sont classées par nombre de lectures dans l’ordre décroissant. Les différences dans les séquences cibles d’origine sont mises en évidence par des nucléotides colorés. Un échantillon des principaux sites de clivage non intentionnel du locus AAVS1 est présenté. (B) Graphique de Manhattan illustrant les sites de clivage non intentionnels détectés pour le locus AAVS1. Les hauteurs de barre représentent le nombre de lectures pour chaque position chromosomique. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Amorce | Séquence (5'-3') | Commentaires/Description |
AAVS1 ARN guide unique (ARNsg) | GGGGCCACUAGGGACAGGAU | Pour l’inhibition de la protéine fluorescente du locus AAVS1 |
AAVS1 Amorce avant | GCTCTGGGCGGAGGAATATG | Pour le test de clivage in vitro de l’ARNg |
AAVS1 Amorce inversée | ATTCCCAGGGCCGGTTAATG | Pour le test de clivage in vitro de l’ARNg |
oSQT1288 | /5Phos/CGGTGGACCGATGATC /ideoxyU/ATCGGTCCACCGaT | Adaptateur d’épingle à cheveux CIRCLE-seq |
oSQT1274 | AATGATACGGCGACCACCGAG | TruSeq F1 |
oSQT1275 | CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT | TruSeqF2 |
oSQT1310 | /56-FAM/CCTACACGA/ZEN/CGCTCTTCCGATCT/3IABkFQ/ | Sonde TruSeq |
oSQT1311 | /5HEX/TCGGAAGAG/ZEN/CACACGTCTGAACT/3IABkFQ/ | Sonde TruSeq |
Tableau 1 : Séquences d’ARNg et d’amorces utilisées pour l’analyse CIRCLE-seq du locus AAVS1 .
Ici, CIRCLE-seq s’avère être une technique non biaisée et très sensible pour identifier les DSB induites par les nucléases dans le génome résultant du ciblage du locus AAVS1 dans l’ADNg dérivé des iPSC. Le site AAVS1 au sein des iPSC est bien connu comme un locus de sphère de sécurité qui est souvent utilisé comme site d’intégration de gènes exogènes à l’aide de CRISPR-Cas928. Notre récent rapport a étudié le potentiel des iPSC marquées à l’EGFP en effectuant l’intégration médiée par CRISPR d’un rapporteur EGFP exprimé constitutivement dans le site AAVS1 , ce qui permet le marquage et le suivi des iPSC et des iPSC différenciées en raison de la persistance de l’EGFP tout au long de la lignée de la cellule27. Cette lignée d’iPSC peut être utilisée in vivo pour évaluer la distribution de l’organisme des cellules dérivées d’iPSC après transplantation. Comme cette lignée cellulaire a été modifiée par CRISPR et qu’elle est également utilisée pour tester l’application clinique des iPSC, il est impératif que les sites hors cible potentiels d’AAVS1 soient connus et interrogés pour garantir l’innocuité et l’efficacité, ce qui en fait un lieu idéal pour tester CIRCLE-seq.
Une différence notable entre l’étude27 de Butterfield et al., précédemment publiée, et celle-ci était l’utilisation d’un ARNg modifié pour cibler le locus AAVS1. Un ARNg peut être conçu pour améliorer la précision de l’édition du génome24. La séquence de guidage est le facteur le plus critique qui influence l’efficacité sur et hors cible. Par conséquent, l’ARNg choisi a été testé par rapport à plusieurs autres guides et s’est avéré d’une fidélité supérieure. De plus, un article sur les méthodes de reprogrammation des fibroblastes humains a corroboré la découverte que les ARNm synthétiques coiffés contenant des nucléobases modifiées bénéficient d’une faible activation des réponses antivirales29,30. Bien qu’une faible immunogénicité puisse ne pas être pertinente dans un essai in vitro, elle devient cruciale lorsque l’objectif ultime est de développer une thérapie cliniquement pertinente pouvant être utilisée dans des cellules vivantes.
CIRCLE-seq présente de nombreux avantages par rapport aux méthodes similaires. Par exemple, Digenome-seq séquence à la fois l’ADNg clivé par nucléase et l’ADNg non clivé, en utilisant ~400 millions de lectures21. Il en résulte un bruit de fond élevé, ce qui rend difficile le filtrage des sites de coupe de bonne foi à basse fréquence. CIRCLE-seq n’utilise que ~3 à 5 millions de lectures en raison de l’enrichissement de l’ADNg clivé par nucléase, ce qui entraîne un faible bruit de fond. De plus, Digenome-seq et une méthode similaire, SITE-seq, reposent sur le séquençage d’une seule extrémité d’ADN clivée par nucléase. En revanche, les lectures CIRCLE-seq incluent les deux extrémités du site de coupe, ce qui permet d’identifier les sites hors cible sans avoir besoin d’une référence 21,22,26.
L’un des avantages de CIRCLE-seq est sa plus grande sensibilité par rapport aux méthodes qui reposent sur la culture cellulaire, telles que GUIDE-seq. Lorsque les deux méthodes ont été comparées, CIRCLE-seq a été en mesure de capturer tous les sites hors cible détectés par GUIDE-seq et de découvrir d’autres sites de clivage non intentionnels que GUIDE-seq avait manqués. Cependant, une différence notable est que GUIDE-seq peut être entravé par le paysage épigénétique, tandis que CIRCLE-seq peut accéder à l’ensemble du génome.
En tant que test in vitro , CIRCLE-seq présente plusieurs limites, dont la première est la détection des faux positifs. Alors que l’épigénétique entrave l’activité des nucléases à certains sites in vivo, les ultrasons éliminent ces obstacles in vitro, permettant une activité hors cible à des endroits qui ne sont normalement pas accessibles dans un contexte cellulaire. De plus, Cas9 est présent à des concentrations élevées dans cet essai in vitro , ce qui permet un clivage qui ne serait pas possible autrement in vivo. Ce test nécessite également une quantité relativement importante d’ADNg de départ, ce qui, en fonction des ressources disponibles, peut annuler l’utilisation de ce protocole. Enfin, il est possible que certains sites hors cible soient indétectables en raison des limites des technologies actuelles de séquençage de nouvelle génération.
Une étude récente a utilisé une approche in silico dont l’algorithme a identifié un certain nombre de paramètres pertinents avec lesquels comparer différentes méthodes de caractérisation des nucléases, notamment CIRCLE-seq et GUIDE-seq31. Deux des paramètres pertinents étaient l'«enrichissement en site coupé » et le « % de faux positifs ». Il est intéressant de noter que le taux de faux positifs de CIRCLE-seq a été calculé à 88 %, mais que son enrichissement en site coupé était beaucoup plus élevé que celui des autres méthodes in vitro . L’analyse comparative de chaque méthode a révélé que GUIDE-seq était le plus performant, car il a démontré la plus grande spécificité sur la cible avec seulement un taux modéré de faux positifs32. Cela n’invalide pas CIRCLE-seq, mais fait plutôt allusion à la possibilité d’utiliser CIRCLE-seq et GUIDE-seq en tandem, validant les résultats de CIRCLE-seq avec GUIDE-seq puisque le premier a une sensibilité plus élevée, tandis que le second est une méthode basée sur les cellules avec un enrichissement élevé du site de coupe. Les données indiquent également que le séquençage de nouvelle génération (NGS) basé sur les amplicons devrait être la méthode privilégiée pour identifier les modifications hors cible authentiques sur les sites candidats potentiels31. Ces données suggèrent une stratégie potentielle d’utilisation de CIRCLE-seq, suivi de GUIDE-seq, puis du NGS basé sur l’amplicon pour examiner les effets hors cible.
Les auteurs n’ont rien à divulguer.
Nous exprimons notre profonde gratitude pour le soutien financier fourni par les National Institutes of Health (R01AR078551 et T32AR007411), l’Association de recherche sur l’épidermolyse bulleuse dystrophique (DEBRA) Autriche, le Gates Grubstake Fund et le Gates Frontiers Fund.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
0.2-mL Thin-walled Tubes and Flat Caps | ThermoFisher Scientific | AB1114 | |
1.5% PippinHT cassette | Sage Science | HTC1510 | |
10 mL Serological Pipettes | FisherScientific | 12567603 | |
15 mL Conical Tube | FisherScientific | 339651 | |
150 x 25 mm Tissue Culture Dish | FisherScientific | 877224 | |
25 mL Reagent Reservoir | FisherScientific | 2138127C | |
2x Kapa KiFi HotStart Ready Mix | Kapa Biosystems | KK2602 | |
5 mL Serological Pipettes | FisherScientific | 170355 | |
50 mL Conical Tube | FisherScientific | 339653 | |
50x TAE Electrophoresis Buffer | ThermoFisher Scientific | B49 | |
6 Well Cell Culture Plate | Corning | 3516 | |
Agencourt AMPure XP Reagent, 60 mL | Beckman Coulter | A63881 | |
Benchtop Microcentrifuge | Eppendorf | 5400002 | |
BsaI-HF | New England BioLabs | ||
Buffer QX1 | Qiagen | 20912 | |
Cas9 nuclease, Streptococcus Pyogenes | New England BioLabs | M0386M | |
CIRCLE-seq Library Preparation and NGS | |||
Corning Matrigel hESC-Qualified Matrix | Corning | 354277 | Extracellular matrix (ECM) for culturing iPSCs |
ddPCR SuperMix for Probes | Bio-Rad | 1863010 | |
DG8 Cartridge Holder | Bio-Rad | 1863051 | |
DG8 Cartridges | Bio-Rad | 1864008 | |
DG8 Gaskets | Bio-Rad | 1863009 | |
DPBS, no calcium, no magnesium | ThermoFisher Scientific | 14190144 | Made by Invitrogen |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 1863005 | |
Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 1863004 | |
EDTA (0.5 M) | ThermoFisher Scientific | 15575020 | |
EDTA (0.5 M), pH 8.0, RNase-free | ThermoFisher Scientific | AM9260G | Made by Invitrogen |
Eppendorf ThermoMixer | Eppendorf | 5384000020 | |
Equipment | |||
Ethyl Alcohol, Pure | Sigma-Aldrich | E7023 | |
Exonuclease I | New England BioLabs | M0293L | E. coli |
Filter Unit | FisherScientific | FB0875713 | |
Filtered Sterile Pipette Tips | |||
Focused Ultrasonicator | Covaris | ME220 | |
Genomic DNA Isolation | |||
Genomic DNA Shearing | |||
Gentra Puregene Cell Core Kit | Qiagen | 158043 | |
gRNAs | Synthego | ||
HCl | ThermoFisher Scientific | A144500 | |
Heracell VIOS Tri-gas Humidified Tissue Culture Incubator | ThermoFisher Scientific | 51030411 | Need for culturing and expanding iPSCs (37 °C/5% CO2/5% O2) |
High Sensitivity D1000 DNA ScreenTape | Agilent | 5067-5584 | |
High Sensitivity D1000 Reagents | Agilent | 5067-5585 | |
HTP Library Preparation Kit | Kapa Biosystems | KK8235 | |
HyClone Antibiotic Antimycotic Solution | Cytiva | SV30079.01 | |
IDTE pH 8.0 (1x TE Solution) | Integrated DNA Technologies | 11050204 | |
Inverted Microscope | Need for imaging iPS colonies in bright-field and fluorescent channels | ||
iPSC Culture | |||
Isopropanol | Sigma-Aldrich | 190764 | |
Lambda Exonuclease | New England BioLabs | M0262L | |
Loading Tips, 10 pack | Agilent | 5067-5599 | |
Magnum FLX Enhanced Universal Magnet Plate | Alpaqua | A00400 | |
Microcentrifuge Tube | Axygen | 31104051 | |
Microtube AFA Fiber Pre-Slit Snap-Cap | Covaris | 520045 | |
mTeSR-1 5x Supplement | StemCell Technology | 85852 | |
mTeSR-1 Basal Medium (400 mL) | StemCell Technology | 85851 | Media for maintaining iPSC in culture |
Nanodrop 8000 Spectrophotometer | ThermoFisher Scientific | ND-8000-GL | |
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina | New England BioLabs | E7600S | Dual Index Primers Set 1 |
Optical tube strip caps, 8x strip | Agilent | 401425 | |
Optical tube strips, 8x strip | Agilent | 401428 | |
Other Reagents | |||
PCR Plate Sealer | Bio-Rad | PX1 | Model Number PX1 |
PEG/NaCl SPRI Solution | Kapa Biosystems | ||
Phusion Hot Start Flex 2x Master Mix | New England BioLabs | M0536L | |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | |
Plasmid-Safe ATP-dependent DNase | Epicentre | E3110K | |
Primers, Adapters and Probes | IDT | Sequences are listed in Table 1 | |
Proteinase K | Qiagen | 19131 | |
QIAquick Gel Extraction Kit | Qiagen | 28704 | |
QIAxcel Gel Analysis System | Qiagen | 9001941 | |
Qubit Assay Tubes | ThermoFisher Scientific | Q32856 | |
Qubit dsDNA BR Assay Kit | ThermoFisher Scientific | Q32853 | |
Qubit dsDNA BR Assay Kit | ThermoFisher Scientific | Q32853 | |
Qubit dsDNA HS Assay Kit | ThermoFisher Scientific | Q32854 | |
Qubit Fluorometer | ThermoFisher Scientific | Q33226 | |
QX200 Droplet Digital PCR System | Bio-Rad | 1864001 | Contain a QX200 droplet generator and a QX200 droplet reader |
RNase A | Qiagen | 19101 | |
Semi-skirted PCR Plate | ThermoFisher Scientific | 14230244 | |
SeqPlaque GTG Agarose | Lonza | 50110 | |
SYBR Safe DNA Gel Stain | ThermoFisher Scientific | S33102 | |
T4 DNA Ligase | New England BioLabs | M0202L | |
T4 Polynucleotide Kinase (PNK) | New England BioLabs | M0201L | |
T-75 Flasks | FisherScientific | 7202000 | |
Tapestation 4150 | Agilent | G2992AA | |
Thermocycler with programmable temperature-stepping functionality | Bio-Rad C1000 Touch | ||
Tris base | ThermoFisher Scientific | BP1521 | |
Twin.tec PCR Plate | Eppendorf | E951020346 | 96 wells, semi-skirted, green |
UltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water | ThermoFisher Scientific | 10977015 | |
USER Enzyme | New England BioLabs | M5505L |
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