Analyse d’images dans le logiciel Gen5 pour analyser la réponse aux médicaments dans les organoïdes dérivés de patients à l’aide de l’imagerie multiplexe de cellules vivantes

Pour commencer, imagez les PDO marqués par fluorescence à l’aide du système d’imagerie de cellules vivantes Cytation 5. Ensuite, lancez le logiciel Gen5. Accédez à Expériences et cliquez sur Ouvrir dans le Gestionnaire des tâches.

Ouvrez l’expérience souhaitée et sélectionnez Plaque, puis Afficher dans la barre d’outils. Ensuite, basculez le menu déroulant des données sur Z Projection. Double-cliquez sur un puits choisi.

Sélectionnez Analyser. Cliquez sur Je souhaite configurer une nouvelle étape de réduction des données d’analyse d’image, puis cliquez sur OK.In Paramètres d’analyse, définissez le type sur Analyse cellulaire et le canal de détection sur Z Projection transformée TSF Fond clair. Cliquez sur Options pour ouvrir la page de masque et de comptage principal.

Cochez Auto dans la zone de seuil, puis cliquez sur OK pour fermer la fenêtre contextuelle. Sous Sélection d’objets, définissez les tailles d’objet minimale et maximale pour filtrer les débris cellulaires ou les cellules individuelles, puis sélectionnez d’autres entités comme vous le souhaitez. Ensuite, cliquez sur Appliquer et les objets masqués seront mis en surbrillance.

Pour configurer une analyse de sous-population dans la barre d’outils de l’analyse cellulaire, cliquez sur Mesures calculées. Cliquez ensuite sur Sélectionner ou créer des mesures d’intérêt au niveau de l’objet dans le coin inférieur droit. Parmi les mesures d’objet disponibles, choisissez les mesures souhaitées, telles que Circularité, puis cliquez sur Insérer.

Cliquez sur OK pour confirmer. Ensuite, sélectionnez Analyse de sous-population dans la barre d’outils d’analyse cellulaire, puis cliquez sur Ajouter pour créer une sous-population. Entrez un nom pour la sous-population.

Dans les métriques d’objet, cliquez sur Ajouter une condition pour ajouter une métrique choisie. Entrez les paramètres souhaités dans la fenêtre Modifier la condition, puis cliquez sur OK. Sélectionnez les résultats souhaités dans le tableau en bas de la fenêtre et cliquez sur OK, puis sur Appliquer. Sous Détails de l’objet, sélectionnez la sous-population désignée pour afficher le masquage.

Si vous êtes satisfait, cliquez sur OK dans la fenêtre Analyse cellulaire, puis cliquez sur Ajouter une étape pour appliquer l’analyse à tous les puits.