This work was supported by the Committee Technology and Innovation (CTI) Switzerland grant 14796-PFLS-LSCTI. MicroPost arrays were generously provided by MicroDuits GmbH.

1. תאים culturing על מערכי Micropost הערה: כל הצעדים חייבים להתבצע בארון בטיחות ביולוגית על מנת להבטיח סטריליות. הכרכים הניתנים כאן הם לצלוחיות תרבית תאי T25. צפיפות המתכון וזריעת תאי תרבית תאים בינונית מותאמות לשורות תאי סרטן עצמות HuO9 וM132. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן תרבית תאים לזריעה על מערך micropost. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בדוק את איכות תרבית תאים על ידי הנחת בקבוק התרבות במיקרוסקופ אור רגילה. ודא שהתאים להראות צמיחה טיפוסית ומורפולוגיה ידי אומדן כמה תחתית בקבוק התרבות מכוסה. כיסוי של 70% -80% משקף שיעור צמיחה בריא. שים לב לכמות צף תאים כפי שהם מייצגים תאים מתים ו / או תרבות מגודל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Trypsinize תאים על ידי הסרת בינונית ושטיפה עם 4 מיליליטר 1x בופר פוספט חיץ (PBS). להוסיף 0.8 מיליליטר 1x טריפסין חומצה / Ethylenediaminetetraacetic (EDTA) לדגור על RT עד התאלסלק S, אשר לוקח בערך 2-4 דקות. בדוק את התהליך עם מיקרוסקופ ולעתים לנצל את הבקבוק בעדינות כדי לתמוך בדחיקה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 מיליליטר תרבית תאים בינוני (המדיום השתנה Dulbecco הנשר (DMEM) / F12 עם סרום 10% שור עוברי (FBS), פניצילין 1% / streptavidin (עט / סטרפטוקוקוס)) כדי לעצור את התגובה ולשטוף תאים שיורית שעדיין יושבים בתחתית של הבקבוק. בהמשך לכך פיפטה השעיה זו מעלה ומטה מספר פעמים כדי לקבל תערובת הומוגנית. הקפד פיפטה כל הפתרונות על פני שטח הצמיחה המקורי של הבקבוק כדי לקבל דחיקה יעילה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעבירים את ההשעיה התא לצינור 15 מיליליטר ו צנטריפוגות זה באמצעות צנטריפוגות בראש טבלה ברמה של 0.5 XG במשך 3 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant מחדש להשעות את התא גלולה ב 5 מיליליטר בינוני על ידי pipetting למעלה ולמטה 5 פעמים. הקפד להימנע מהדור של בועות תוך כדי כך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לקבוע צפיפות תאים באמצעות תא ספירת תאים וmicrosco אורפ. בדוק את ההשעיה התא בתא ספירת תאים לאגרגטים תא ולהבטיח שתהיה לי תאים בודדים בלבד לניסוי הבא. פיפטה שוב למעלה ולמטה כמה פעמים אם התאים נוטים ליצור אגרגטים להפריד ביניהם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל את ההשעיה התא עם מדיום מספיק כדי להשיג פתרון תא של 25,000 תאים / מיליליטר. מערבבים אותו היטב על ידי צינור היפוך הסגור מספר פעמים. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן מערך micropost לזריעת תאים. הערה קריטית: אל פיפטה על גבי מערך micropost ישירות כמו זה עלול לפגוע בmicroposts, במיוחד כאשר בועות לא רצויות הם הציגו. יתר על כן, לוודא כי מערך micropost לא מתייבש כמתרחש כוחות הנימים להוביל לקריסה של microposts. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את מצע הזכוכית עם מערך micropost להתמודד בטוב של צלחת 12 גם באמצעות פינצטה ולהרטיב אותו על ידי הוספת 1 מיליליטר אתנול (99%). לדגור על RT במשך 20-30 שניות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל את אתנולבשלבים על ידי הוספה כ 1 מיליליטר מים המיוננים סטרילי (מים DI) בצד טוב וaspirating בערך 1 מיליליטר בעזרת פיפטה העברה או מכשיר שאיפה. חזור על שלב זה לפחות 3 פעמים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החלף את DI-המים עם PBS-חיץ באותו אופן על ידי הוספה וaspirating כ 1 מיליליטר. חזור על פעולה זו 3 פעמים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החלף את PBS-החיץ עם מדיום על ידי הוספה וaspirating כ 1 מיליליטר של מדיום. חזור על פעולה זו 3 פעמים. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פתרון פיפטה 1 מיליליטר תא (25,000 תאים) בחלק העליון של כל מערך micropost מוכן. לסגור צלחת רב היטב ולהעביר אותו לחממה (CO 2% 5, 37 מעלות צלזיוס). בואו התאים לדבוק ולגדול על גבי microposts ל6 -7 שעות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בדוק את תהליך ההדבקה מדי פעם באמצעות אור מיקרוסקופ. בדוק שרוב התאים מופיעים פרושים על פני מספר רב של microposts. </li></ol> 2. תאי תיקון ומכתים הערה: כל הצעדים וכרכים הניתנים כאן הם לטוב אחד של צלחת 12 גם. מומלץ לעבד לא יותר מארבע שנתי עשר הבארות בכל פעם, כדי למנוע התייבשות של הבארות לאחר השאיפה של כל נוזל, אשר יגרום לקריסה של microposts. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בינוני לשאוב מהבאר ותאים לשטוף 2X עם 1 מיליליטר PBS-חיץ. הקפד להחיל כוח עדין בזמן שטיפה עם PBS להסיר פסולת תא שהצטברה על מערך micropost במהלך דגירה ולנתק תאים מתים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תקן את התאים עם 0.5 מיליליטר 3.7% תמיסת פורמלדהיד שנאגרו במשך 5 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> החלף את פתרון פורמלדהיד על ידי שטיפת 2x מערך micropost עם 1 מיליליטר מים די סטרילי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כתם התאים עם צבע (0.05% כחול מבריק Coomassie ב -50% מים, 40% אתנול ו -10% חומצה אצטית) לכ -90 שניות. לשטוף פתרון מכתים עודף מ2x עם 1 מיליליטר מים די סטרילי. מוסיף מים DI 1 מיליליטר לmicropost מערך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בדוק תוצאת צביעה באמצעות מיקרוסקופ אור. לא חזורהוא מכתים צעד, אם גוף תא הוא קלוש מכדי להיות דמיינו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מערכי micropost חנות עם התאים המוכתמים על גבי במקרר ב 4 מעלות צלזיוס. להבטיח כדי לשמור אותם מתחת למים בכל העת. </li></ol> הדמיה 3. סלולארי הערה: שלב 4 חל רק על מיקרוסקופים ללא אופטיקה אינסוף מתוקן. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף DI-מים 2 מיליליטר לצלחת פטרי עם תחתית זכוכית דקה להדמיה ברזולוציה גבוהה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר את מערך micropost באמצעות פינצטה לתוך צלחת ההדמיה עם microposts פונה כלפי מעלה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים את צלחת פטרי הדמיה בשלב ניד של מיקרוסקופ אור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את טבעת הפיצוי של העדשה המשמשת להדמיה עד המספר על הסולם מייצג את העובי הכולל של כל החומרים בדרך האופטית כדי לפצות על חוסר ההתאמה במדדי שבירה של מצע הזכוכית, אלסטומר סיליקון ונוזל על גבי. זה צריך להוביל להופעה בהירה של micropostsליבות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סגור את איריס בצד התאורה עד 50% ולהסיר כל טבעות ניגוד שלב מהנתיב האופטי המאפשר מצב בהיר שדה רגיל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יישר את מערך micropost שmicroposts יוצר קו אופקי על פני שדה התצפית. הגדרת נקודת התחלה (למשל, למעלה משמאל) ולהעביר את שלבי צלחת פטרי על הבמה סריקת מערך micropost תוך לקיחת תמונות רבות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קח את כל התמונות עם הגדרת הרזולוציה הגבוהה ביותר עבור המצלמה באמצעות מטרת 20X או 40X. שואף להיות תא בודד במרכז התמונה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לטאטא לאורך ציר z דרך המצע עד הטיפים micropost הם בפוקוס. השתמש בגלגל פוקוס כוונון העדין של המיקרוסקופ ולהפוך אותו לכיוון התמקדות בתחתית micropost כ 2-3 מיקרומטר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לקבוע נוהל הדמיה סטנדרטי על ידי לקיחת סדרה של תמונות מבחן סעיף מערך אחד שוטף את הפרמטרים הדמיה אחד בכל פעם (למשל, זמן חשיפה,הגדרת איריס, הגדרות מנורה וכו &#39;). ניתוח תמונות עם MechProfiler ולקבוע סט פרמטר מתאים לניתוח מהיר ואמין. </li></ol> ניתוח 4. תמונה עם תוכנות הקוד פתוח &quot;MechProfiler&quot; הערה: ניתן להפעיל כל פונקציות התוכנה עם התקן הצבעה באמצעות לחצן העכבר השמאלי. עם זאת, מפעיל מיומן יהיה להשתמש במקשי הקיצור המתועדים נועדו להיות במחצית השמאלית של המקלדת כדי לאפשר עיבוד תמונה בשתי ידיים יעילה. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התחל MechProfiler תוכנת ניתוח תמונה ולפתוח מגוון של תמונות שצריכות להיות מנותחים על ידי לחיצה על &quot;פתח&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכנס את כל הפרמטרים לסעיף &quot;הגדרות&quot; שניתן על ידי מפתח התוכנה. לקבוע את הפרמטרים שחייבים להיות מוגדר אישית (כלומר, סף גובה ומרחק מינימאלי) בהתאם לנהלים שתוארו בפירוט על ידי התוכנה ידנית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנתח תמונהשל אחד על אחד על ידי חיתוכם לאזור של עניין באמצעות &quot;חתוך&quot; (לחץ וגרור עם כפתור העכבר לחוץ למטה). לחץ לחיצה כפולה בתוך המלבן נמשך לסיים פעולה זו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סימון כל מתווה גלויה תא אחד על אחד על ידי לחיצה על &quot;צייר קווי המתאר תא&quot; ולהשתמש בסמן שיער הצלב לציור כולל את כל microposts התא מצורף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לבטל את כל microposts לא רצוי על ידי לחיצה על &quot;בטל הודעות&quot; ולהשתמש בסמן שיער הצלב לציור. הקף את כל microposts ששייך לתא מחוץ לתמונה או הקטע שהסיטו מכל סיבה אחרת, אבל לא על ידי התא של עניין. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התחל שגרת התוכנה &quot;מצא centroids&quot; על ידי לחיצת עכבר. התאם את מסנן הגדרה ממש ליד הכפתור &quot;מצא centroids&quot; עד שכל microposts רשום, אשר גלוי על ידי צלב אדום במרכזם. אם הגדרת המסנן היא גם microposts הנמוך יתעלם, אם הוא גבוה מדי muעמדות ltiple תסומן לmicropost יחיד. שמור את מסנן הגדרה קבוע במהלך פגישת ניתוח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בפונקצית עריכה הידנית &quot;העריכה ידנית&quot; לcentroids עם עמדות micropost מרובות או שלא נענו. השתמש בשיער צלב עכבר כדי לבחור את micropost בשאלה על ידי לחיצה וגרירתו על פני. לחץ לחיצה כפולה בתוך המלבן ומניחה את הסמן האדום החסר בסעיף התמונה המוגדל, אשר באופן אוטומטי סוגר. בטל micropost כזה אם הוא מחוץ לקווי מתאר התא נמשך (ראה שלב 4.5) לפני שימשיך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מצא את רשת micropost האידיאלית על ידי הפעלת הפונקציה &quot;צור רשת&quot; בלחיצת עכבר. להבטיח את המיקום מתאים עם הראש האמיתי micropost, שמוצג על ידי טבעת כחולה, בתוך קווי המתאר התא נמשך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לתקן כל יצרנית רשת במקומה בתוך שטח התא שבו צורך בשימוש בפונקציה המקבילה &quot;מנואל ערוך&quot; בלחיצת עכבר. השתמש בשיער הצלב כדי לבחור את micropost בquestion על ידי לחיצה וגרירתו על פני. לחץ לחיצה כפולה בתוך המלבן מופיע ולמקם את הסמן הכחול החסר בסעיף התמונה המוגדל, אשר באופן אוטומטי סוגר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בכפתור &quot;חישוב הסטיות&quot; על ידי לחיצת עכבר לקבל היסטוגרמה של ערכי הסטייה מחושבים על בסיס ההבדל בין העמדה של micropost בתוך סעיף התמונה והרשת האידיאלית שנוצרה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את הניתוח המלא כולל השולחנות של ערכים על ידי לחיצת עכבר על &quot;שמור&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המשך ניתוח התמונה או על ידי לחיצה על &quot;איפוס צפה&quot; ולנתח סעיף אחר של תמונות או לחיצת עכבר על &quot;התמונה הבאה&quot;, בו בנוחות ניתן לעשות זאת באמצעות מפתח גדפן מקלדת תקין. </li></ol> 5. ניתוח נתונים - Mechanoprofiling <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פתח את הקובץ &quot;results.xls&quot; עם תכנית גיליון אלקטרוני משרד מהתיקייה עם התמונות מנותחות. הוא מכיל את הנתונים עם אלערכי l מחושבים כוללים את כל סטיות micropost ואמצעים נגזרים סטנדרטיים כגון עבודה (כלומר, אנרגיית עיוות מצע) על ידי התא נותח. </li></ol>

<ol>
	<li>Sharma, R. I., Snedeker, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+and+biomechanical+gradients+for+directed+bone+marrow+stromal+cell+differentiation+toward+tendon+and+bone.">Biochemical and biomechanical gradients for directed bone marrow stromal cell differentiation toward tendon and bone.</a> Biomaterials. 31 (30), 7695-7704 (2010).</li><li>Suresh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomechanics+and+biophysics+of+cancer+cells.">Biomechanics and biophysics of cancer cells.</a> Acta Biomater. 3 (4), 413-438 (2007).</li><li>Bartalena, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+method+for+assessing+adherent+single-cell+stiffness+in+tension:+design+and+testing+of+a+substrate-based+live+cell+functional+imaging+device.">A novel method for assessing adherent single-cell stiffness in tension: design and testing of a substrate-based live cell functional imaging device.</a> Biomed Microdevices. 13 (2), 291-301 (2011).</li><li>Tan, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cells+lying+on+a+bed+of+microneedles:+An+approach+to+isolate+mechanical+force.">Cells lying on a bed of microneedles: An approach to isolate mechanical force.</a> PNAS. 100 (4), 1484-1489 (2003).</li><li>Akiyama, Y., Hoshino, T., Iwabuchi, K., Morishima, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Room+Temperature+Operable+Autonomously+Moving+Bio-Microrobot+Powered+by+Insect+Dorsal+Vessel+Tissue.">Room Temperature Operable Autonomously Moving Bio-Microrobot Powered by Insect Dorsal Vessel Tissue.</a> PloS ONE. 7 (7), (2012).</li><li>Biais, N., Ladoux, B., Higashi, D., So, M., Sheetz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cooperative+retraction+of+bundled+type+IV+pili+enables+nanonewton+force+generation.">Cooperative retraction of bundled type IV pili enables nanonewton force generation.</a> Plos Biology. 6 (4), 907-913 (2008).</li><li>Wuang, S. C., Ladoux, B., Lim, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+the+Chemo-Mechanical+Effects+of+an+Anti-Cancer+Drug+Emodin+on+Breast+Cancer+Cells.">Probing the Chemo-Mechanical Effects of an Anti-Cancer Drug Emodin on Breast Cancer Cells.</a> Cell Mol Bioeng. 4 (3), 466-475 (2011).</li><li>Schoen, I., Hu, W., Klotzsch, E., Vogel, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probing+Cellular+Traction+Forces+by+Micropillar+Arrays:+Contribution+of+Substrate+Warping+to+Pillar+Deflection.">Probing Cellular Traction Forces by Micropillar Arrays: Contribution of Substrate Warping to Pillar Deflection.</a> Nano Lett. 10 (5), 1823-1830 (2010).</li><li>Lemmon, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shear+Force+at+the+Cell-Matrix+Interface:+Enhanced+Analysis+for+Microfabricated+Post+Array+Detectors.">Shear Force at the Cell-Matrix Interface: Enhanced Analysis for Microfabricated Post Array Detectors.</a> Mech Chem Biosyst. 2 (1), 1-16 (2005).</li><li>Lam, R. H. W., Weng, S. N., Lu, W., Fu, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live-cell+subcellular+measurement+of+cell+stiffness+using+a+microengineered+stretchable+micropost+array+membrane.">Live-cell subcellular measurement of cell stiffness using a microengineered stretchable micropost array membrane.</a> Integr Biol-UK. 4 (10), 1289-1298 (2012).</li><li>Roure, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Force+mapping+in+epithelial+cell+migration.">Force mapping in epithelial cell migration.</a> PNAS. 102 (39), 14122-14122 (2005).</li><li>Papenburg, B. J., Rodrigues, E. D., Wessling, M., Stamatialis, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insights+into+the+role+of+material+surface+topography+and+wettability+on+cell-material+interactions.">Insights into the role of material surface topography and wettability on cell-material interactions.</a> Soft Matter. 6 (18), 4377-4388 (2010).</li><li>Badique, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Directing+nuclear+deformation+on+micropillared+surfaces+by+substrate+geometry+and+cytoskeleton+organization.">Directing nuclear deformation on micropillared surfaces by substrate geometry and cytoskeleton organization.</a> Biomaterials. 34 (12), 2991-3001 (2013).</li><li>Sniadecki, N. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetic+microposts+as+an+approach+to+apply+forces+to+living+cells.">Magnetic microposts as an approach to apply forces to living cells.</a> PNAS. 104 (37), 14553-14558 (2007).</li><li>Weng, R. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+silicone-based+stretchable+micropost+array+membrane+for+monitoring+live-cell+subcellular+cytoskeletal+response.">A silicone-based stretchable micropost array membrane for monitoring live-cell subcellular cytoskeletal response.</a> Lab Chip. 12, 731-740 (2012).</li><li>Desai, R. A., Yang, M. T., Sniadecki, N. J., Legant, W. R., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microfabricated+Post-Array-Detectors+(mPADs):+an+Approach+to+Isolate+Mechanical+Forces.">Microfabricated Post-Array-Detectors (mPADs): an Approach to Isolate Mechanical Forces.</a> J Vis Exp. (8), e311 (2007).</li><li>Yang, M. T., Fu, J. P., Wang, Y. K., Desai, R. A., Chen, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assaying+stem+cell+mechanobiology+on+microfabricated+elastomeric+substrates+with+geometrically+modulated+rigidity.">Assaying stem cell mechanobiology on microfabricated elastomeric substrates with geometrically modulated rigidity.</a> Nat Protoc. 6 (2), 187-213 (2011).</li><li>Sniadecki, N. J., Han, S. J., Ting, L. H., Feghhi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micropatterning+in+Cell+Biology.">Micropatterning in Cell Biology.</a> Methods in Cell Biol. 121, 61-73 (2014).</li></ol>

The lead author (NG) is co-founder of MicroDuits GmbH, the commercial supplier of the micropost arrays used in this study. No other authors have any potential conflicts of interest with this work.

עבודה זו מבקשת לקדם את התחום של כוח המתיחה מיקרוסקופי על ידי באופן משמעותי הפחתת מחסומים טכניים ומעשיים לכניסה. מחסומים אלה באים משני צדדים. בראש ובראשונה הם האתגרים הטכניים לא טריוויאלית הרבים שיש להתגבר כדי לייצר reproducibly וניסוי עמלה מערך micropost. שנית, הוא הצורך באופן...

מבחני מבוססי תאי Mechano רגישים לאפשר לחקירת תאים חסיד, עם מגוון רחב של יישומים המשקפים את התפקיד המרכזי שמכניקה יכולה לשחק בביולוגיה של תא. יישומים אלה לעתים קרובות להתמקד במנגנונים המניעים את תהליכי subcellular או כל תא התנהגות. מצד אחד, גורמים סביבתיים חיצוניים, כגון הרכב נוסף סלולארי מטריצה ​​או מטריצת קשיחות יכולים להשפיע באופן דרמטי את התגובה המכנית וביולוגית של תא. 1 ניתן לראות אותו לאחר שימוש בכיתות רבות של תרכובות פעילים pharmaceutically, את ההשפעות של אשר לעתים קרובות מאופיין באמצעות מודלים תרבית תאים. 2 בנכסים האחרים יד genotypic, כגון אלה הנגרמים על ידי מוטציות גנטיות ספונטניות או מושרה בניסוי, יכול לגרום לשינויים מסומנים בפנוטיפ תא הקשורים לשינויים במבנה שלד התא ותפקודו. 3 דוגמאות אלה רק כמה מן רבים אפשרייםנושאים שphenotyping המכני של תאים הוא רלוונטי, וכל אלה נחקרו מועילים עם מערכי micropost. בשעת כתיבה זו, כ -200 מאמרים פורסמו מתארים אינטראקציה התא-micropost. עבודות אלה לדון בהיבטים התיאורטיים של עקרונות סטיית micropost כמו גם הוראות מעשיות בייצור שלהם. המאמר הראשון המתאר את האינטראקציה של תאים ומערכי micropost גמישים פורסם על ידי טאן ועמיתים בשנת 2003. 4 בניגוד למיקרוסקופ הקלאסי כוח המתיחה (TFM) שבו מצעים רכים רציפים משמשים לאמידת התכווצות תא nanonewton קנה מידה, טאן et al. תאר שיטה באמצעות קורות אנכיות צפופות מרובות עשויות אלסטומר סיליקון. היתרונות העיקריים של שיטה זו עולים משתי תכונות עיקריות. ראשון כדי לשנות את מצע נוקשות תא-לכאורה צריך רק לשנות את ממדי micropost תוך שמירההרכב המצע אחר קבוע ובכך להימנע מהבדלים בטופולוגיה משטח וכימיה. microposts השני מתנהג כמו מעיינות בודדות שניתן לנתח דיסקרטי עם כוח והחלטות מרחבית על סדר הידבקויות מוקד בודדים ויכול להפחית את האתגרים אנליטיים שטבועים לניתוח דומה על ידי TFM הסטנדרטי. היום המגוון הרחב של יישומים למערכי micropost עולה בהרבה על רק המיפוי של כוחות לכמה תאים בודדים. לדוגמא, אקיאמה מדווחת על שימוש ברקמת כלי גב מבודד מזחל עש כמפעיל למערך micropost, על מנת לפתח מיקרו-רובוט אוטונומי המונע בשריר חרקים. 5 עם זאת, יישומים שפורסמו רוב microposts התמקדו במחקרים של מצבים רפואיים כמו זיהום או סרטן. לדוגמא, מערכי micropost שימשו ללמוד דור הכוח של פילי סוג IV ארוזים של gonorrh Neisseriaמושבות oea המשויכת למפלי אות שיפור זיהום. 6 אחרים השתמשו microposts ללמוד תאי סרטן השד שטופלו בתרופות תרכובות מיקוד שלד התא. 7 סטייה של micropost מתוארת לעתים קרובות תוך שימוש בתאוריה קלסית קרן לשלוחה עם עומס סוף ההנחה התא מייחס רק לקצה קצו של micropost. כאן F הכוח ליישם שגורם δ סטייה תלוי בk &quot;קשיחות כיפוף&quot; של micropost ומחושב על ידי: <img alt="משוואת 1" src="/files/ftp_upload/53350/53350eq1.jpg" /> (1) עם E, אני, ולהיות L מודולוס של יאנג, רגע תחום אורך אינרציה וקרן בהתאמה. עם זאת, תוצאות ממשוואה זו נותנת קירוב כללי של הכוחות בעבודה מאז גז קרן וכיפוף גם רק כהשתאה מצע אינם נלקחים בACלִסְפּוֹר. בהתחשב בכך שmicroposts עשוי בדרך כלל מחומרים רכים כמו polydimethylsiloxane (PDMS) מבוסס גומי סיליקון הגורמים האלה צריכים להיות כלולים. . שון et al הראה שיש גורם תיקון כזה המבוסס על היחס של micropost (L / D) ונ &#39;יחס פואסון של הפולימר המתאים 8 זה ניתן על ידי.: <img alt="משוואה 2" src="/files/ftp_upload/53350/53350eq2.jpg" /> (2) עם ההטיה T (v) להיות מקדם הטיה הכולל הולם פרמטר = 1.3 ניתן למצוא כמו באותו המאמר: <img alt="משוואה 3" src="/files/ftp_upload/53350/53350eq3.jpg" /> (3) כלומר, הנוקשות המתוקנות של micropost k קור היא התוצר של K = עיקול k כיפוף קשיחות הטהור וגורם תיקון קורניתנו על ידי: <img alt="משוואה 4" src="/files/ftp_upload/53350/53350eq4.jpg" /> (4) לכן, יש לבצע חישובי כוח התא באמצעות הווריאציה מעודנת יותר של משוואה (1) קוראים עכשיו: <img alt="משוואה 5" src="/files/ftp_upload/53350/53350eq5.jpg" /> (5) ההשפעה של התיקון הופכת להיות ברורה יותר ברגע שהערכים אופייניים לממדי micropost משמשים. לדוגמא, micropost ארוך 15 מיקרון עם חתך עגול וקוטר של 5 מיקרומטר עשוי מגומי סיליקון מבוסס PDMS מוביל לגורם תיקון של 0.77 ולכן חישוב מתוקן היה להעריך את כוחות התא המופעל על ידי 23%. זה הופך להיות אפילו יותר קשה לmicroposts עם ההיבט ratios הקטן יותר. באופן מסורתי, ניתוח תמונת micropost גם היה מבוסס על תיאורית כיפוף קרן האידיאלית. בשנת 2005 הקבוצה שהיה חלוצה בשימוש בMICRמערכי opost פורסמו תוכנת ניתוח תמונה המתאימה לניתוח micropost 9 התוכנה דורשת רישיון תוכנה והמשתמש חייב לקחת שלוש תמונות לכל תפקיד.; אחד מכל המטוסים העליונים ותחתונים של micropost במצב הולכה ועוד אחד במצב הקרינה עם התא המוכתם. לאחר השוואת העמדות העליונה ותחתונים לכל micropost התוכנה קובעת שדה כוח וקטור ומחשבת פרמטרים הקשורים כמו כוח למשרה. חבילות תוכנה אחרות קיימות ועקרונות ניתוחם מוזכרים בקצרה במאמרים המקביל המתארים אותם, אבל חבילות תוכנה אנליטיים אלה הן בדרך כלל לא זמינות לציבור. 10,11 מערכי micropost מיועדים לכוחות תא מיפוי יכולים להיות מסווגים כאו להיות בפריסה מאונך micropost או אחד משושה, האחרון שבם יש את היתרון של פערים במרחק שווה בין כל microposts השכן. חה microposts הטיפוסייש חתך עגול וממדיהם נעים בין 1.0 מיקרומטר עד 10 מיקרומטר בקוטר 2 עד 50 מיקרומטר באורך. 4 עם זאת, microposts עם חתך אליפטי או מרובע גם דווח. 12,13 השימוש בתערובות סיליקון מבוסס PDMS כחומר micropost מאפשר להוספת חלקיקים לתוך התערובת. לדוגמא הוספת ננו-מוטות קובלט מאפשר הפעלה מגנטית של micropost ובכך נותן עוד תואר של חופש עיצובים ניסיוניים פוטנציאל. 14 רוב הקבוצות לייצר מערכי micropost על מצעים קשיחים שטוחים כמו מכסה זכוכית או בתוך צלחת פטרי. עם זאת, מאן ועמיתים לעבודה דיווחו לאחרונה מערך micropost נוצר על קרום מתיחה. 15 זה מאפשר היישום של כוחות תא מתיחה לתאים חסיד בזמן לימודי תגובות דינמיות לחיות תאי subcellular במונחים של התכווצות תא. ורוב estab המועסקים נרחבתהליך lished להכנת מערכי micropost מבוסס על יתוגרפיה הרכה כפי שתואר בפרוטוקולים תובנה של Sniadecki ועמיתים. 16-18 בתהליכי חדר נקי סטנדרטיים קצרים משמשים ליצירת microstructures על גבי פרוסות סיליקון באמצעות photoresist SU8. זה ואחריו תהליך העתקה שבו גומי סיליקון הוא יצוק על מבני העברתם לתוך תבניות. בשלב שני תבניות אלה משמשות לשכפל מיקרו הראשוני באמצעות גומי סיליקון על גבי מצע נבחר. עם זאת, למרות המספר הגדול והולך וגדל של פרסומים הקשורים ליישומם, הקמת תהליך ייצור לmicroposts לוקח כמות ניכרת של זמן אפילו למומחי מיקרו-הנדסה; יש שלבי תהליך רבים הדורשים אופטימיזציה והתאמה לסביבת המעבדה הספציפית ופריסת micropost להניב רמת איכות מקובלת. מערכי micropost מסחריים זמינים כעת במוכן-tפורמט o-שימוש (&quot;מחוץ למדף&quot;) עם איכות גבוהה באופן עקבי. ככזה הוא אלטרנטיבה לתהליך הייצור המורכב וארוך הנדרש לייצור באתר. במאמר זה מערך micropost זמין מסחרי שימש למיפוי כוחות סלולריים באמצעות תמונת מיקרוסקופ שדה בהיר אחד. חשוב ממאמר זה מתאר ומתעד תוכנת מלוא תפקודי קוד פתוח בשם MechProfiler, שזמינה להורדה כחומר משלים לכתב היד הזה. ניתן למצוא גם גרסה נשמרה באופן פעיל של התוכנה בhttp://www.orthobiomech.ethz.ch. השילוב של assay &quot;מחוץ למדף&quot; ותוכנת ניתוח קוד פתוח תואמת במידה ניכרת מוריד את משוכת הכניסה להשיג ניסויי TFM מדויקים. חוקרים ללא גישה למתקנים או חדר נקיים או מומחיות בפיתוח תוכנה יכולים לנתח כוחות סלולריים בהצלחה. זה מאפשר למשתמש להתמקד בmechanosפלט ensitivity assay ולא הטכנולוגיה עצמה, ועושה מדידות כוח המתיחה זמינות לקהילה רחבה יותר. יתר על כן, זה הוא צעד חשוב כדי לסלול את הדרך לכיוון הקרנה אוטומטית מלא של מערכי micropost. תוכנת ניתוח MechProfiler מעבדת תמונות בפורמט קובץ TIFF, PNG, BMP ו- JPG. ניתן לקחת את התמונות באמצעות הקרינה, לעומת שלב או מיקרוסקופ אור בהיר השדה. התכנית העצמאית פועלת יחד עם Matlab מהדר זמן הריצה החופשי (זמינה בכתובת: איור 12) ואלגוריתמים בסיסיים לאפשר לעיבוד תמונה יעיל, המאפשר למשתמש לעיבוד תמונות עם תאים בודדים או מרובים בכ -1 דקות. יתר על כן, תאים אלה יכולים גם להיות חיים או &quot;קבוע&quot;. תוכנת MechProfiler יכולה להגדיל את תפוקת ניתוח נתונים רבה על ידי הסתמכות על שחזור של מערכי micropost המסחרי האיכותי, # ספציפי יותר, ברירת המחדל ו8220;-הסיט אינם &quot;עמדה של כל הודעה במערך ניתן להניח נגד רשת אידיאלית (סטיות ייצור לרשת במערכים המשמשים למחקר זה היו פחות מ -100 ננומטר). בקיצור אחד פותח בחירה של קבצי תמונה לניתוח, יבוליהם לאזור של עניין, מגדיר את ההודעות מכוסות על ידי תאים או שצריך להיות מושלך, קובע פוסט עמדות, מחשבים את הסטיות / כוחות נגד הרשת האידיאלית, ולבסוף שומר את כל נתוני התא ספציפי עם אפשרות ליצוא, כולל לגיליון אלקטרוני משרדי סטנדרטי.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>T25 cell culture flasks</td>
			<td>Nunc</td>
			<td>156367</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1x PBS-buffer</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D8537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.5% Trypsin-EDTA</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>15400054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium DMEM/F12</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D8437</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FBS South America</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>10270106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin 100x</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P4333</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 ml centrifuge vials</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>62.554.502&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropost array&#160;</td>
			<td rowspan="2">MicroDuits</td>
			<td rowspan="2">MPA-col1/FN</td>
			<td>Micropost dimensions:</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pre-coated with Collagen I/Fibronectin</td>
			<td>&#216;= 6.4 &#181;m, l=18.2 &#181;m; grid=&#160;13 &#181;m, kcorr= 2.87 nN/&#181;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol abs p.A.</td>
			<td>Merck</td>
			<td>100.983</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12-well plate</td>
			<td>Nunc</td>
			<td>150628</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formalin solution, neutral buffered 10%</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>HT5011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Brilliant Blue G-250</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>27815</td>
			<td>Coomassie blue</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol ACS p.A.</td>
			<td>Merck</td>
			<td>1.06009</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic acid</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>695092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottom dish</td>
			<td>WillCo Wells BV</td>
			<td>GWSb-3522</td>
			<td>35 mm diameter, aperture 22&#160;mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T-100 Eclipse</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Inverted microscope</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D3-L3</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>n/a</td>
			<td>Camera controler</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DS Fi2</td>
			<td>Nikon</td>
			<td></td>
			<td>Camera</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

easy and accurate mechano-profiling on micropost arrays

Cell culture substrates with integrated flexible microposts enable a user to study the mechanical interactions between cells and their immediate surroundings. Particularly, cell-substrate interactions are the main interest. Today micropost arrays are a well-characterized and established method with a broad range of applications that have been published over the last decade. However, there seems to be a reservation among biologists to adapt the technique due to the lengthy and challenging process of micropost manufacture along with the lack of easily approachable software for analyzing images of cells interacting with microposts. 
The force read-out from microposts is surprisingly easy. A micropost acts like a spring with the cell ideally attached at its tip. Depending on size a cell applies force from its cytoskeleton through one or multiple focal adhesion points to the micropost, thus deflecting the micropost. The amount of deflection correlates directly to the applied force in direction and in magnitude. The number of microposts covered by a cell and the post deflection patterns are characteristic and allow determination of values like force per post and many biologically relevant parameters that allow &#8220;mechano-profiling&#8221; of cell phenotypes.
A convenient method for mechano-profiling is described here combining the first generation of ready-to-use commercially available microposts with an in-house developed software package that is now accessible to all researchers. As a demonstration of typical application, single images of bone cancer cells were taken in bright-field microscopy for mechano-profiling of cell line models of metastasis. This combination of commercial traction force sensors and open source software for analysis allows for the first time a rapid implementation of the micropost array technique into routine lab work done by non-expert users. Furthermore, a robust and streamlined analysis process enables a user to analyze a large number of micropost images in a highly time-efficient manner.

היתרון העיקרי של הטכניקה המתוארת טמון בפשטות שלה ופוטנציאל להשתלבות מהירה ויעילה לעבודת מעבדה שגרתית. השילוב של מערכי חיישן מסחריים באיכות גבוהה יחד עם תוכנות קוד פתוח מספק מידע על mechano-רגישות שאחרת היה דורש גישה למתקני חדר נקי ובידע המעמיק של ניתוח תמונה ופיתוח תוכ...

Watch this Scientific Journal Video about Easy and Accurate Mechano-profiling on Micropost Arrays at JoVE.com

Easy and Accurate Mechano-profiling on Micropost Arrays

Described are protocols for quantifying mechanical interactions between adherent cells and microstructured substrates. These interactions are closely linked to essential cell behaviors including migration, proliferation, differentiation, and apoptosis. The protocols present an open-source image analysis software called MechProfiler, which enables determination of involved forces for each micropost.

Mechano-פרופיל קל ומדויק על מערכי Micropost

Cell culture substrates with integrated flexible microposts enable a user to study the mechanical interactions between cells and their immediate ...

easy-and-accurate-mechano-profiling-on-micropost-arrays

Research

JoVE Journal

Bioengineering

11.0K Views.  Balgrist University Hospital. Described are protocols for quantifying mechanical interactions between adherent cells and microstructured substrates. These interactions are closely linked to essential cell behaviors including migration, proliferation, differentiation, and apoptosis. The protocols present an open-source image analysis software called MechProfiler, which enables determination of involved forces for each micropost. 

Video: Easy and Accurate Mechano-profiling on Micropost Arrays

Studying Cell Rolling Trajectories on Asymmetric Receptor Patterns

Lateral displacement of cells orthogonal to a flow stream by rolling on asymmetric receptor patterns presents an opportunity for development of new devices for label-free separation and analysis of cells1. Such devices may use lateral displacement for continuous-flow separation, or receptor patterns that modulate adhesion to distinguish between different cell phenotypes or levels of receptor expression. Understanding the nature of cell rolling trajectories on receptor-patterned substrates is necessary for engineering of the substrates and design of such devices.
Here, we demonstrate a protocol for studying cell rolling trajectories on asymmetric receptor patterns that support cell rolling adhesion2. Well-defined, &mu;m-scale patterns of P-selectin receptors were fabricated using microcontact printing on gold-coated slides that were incorporated in a flow chamber. HL60 cells expressing the PSGL-1 ligand 3were flowed across a field of patterned lines and visualized on an inverted bright field microscope. The cells rolled and tracked along the inclined edges of the patterns, resulting in lateral deflection1. Each cell typically rolled for a certain distance along the pattern edges (defined as the edge tracking length), detached from the edge, and reattached to a downstream pattern. Although this detachment makes it difficult to track the entire trajectory of a cell from entrance to exit in the flow chamber, particle-tracking software was used to analyze and yield the rolling trajectories of the cells during the time when they were moving on a single receptor-patterned line. The trajectories were then examined to obtain distributions of cell rolling velocities and the edge tracking lengths for each cell for different patterns.
This protocol is useful for quantifying cell rolling trajectories on receptor patterns and relating these to engineering parameters such as pattern angle and shear stress. Such data will be useful for design of microfluidic devices for label-free cell separation and analysis.

We describe a protocol to observe and analyze cell rolling trajectories on asymmetric receptor-patterned substrates. The resulting data are useful for engineering of receptor-patterned substrates for label-free cell separation and analysis.

מסלולי לימוד Cell רולינג על דפוסי קולטן אסימטרית

Lateral displacement of cells orthogonal to a flow stream by rolling on asymmetric receptor patterns presents an opportunity for development of new ...

High efficiency, Site-specific Transfection of Adherent Cells with siRNA Using Microelectrode Arrays (MEA)

The discovery of RNAi pathway in eukaryotes and the subsequent development of RNAi agents, such as siRNA and shRNA, have achieved a potent method for silencing specific genes1-8 for functional genomics and therapeutics. A major challenge involved in RNAi based studies is the delivery of RNAi agents to targeted cells. Traditional non-viral delivery techniques, such as bulk electroporation and chemical transfection methods often lack the necessary spatial control over delivery and afford poor transfection efficiencies9-12. Recent advances in chemical transfection methods such as cationic lipids, cationic polymers and nanoparticles have resulted in highly enhanced transfection efficiencies13. However, these techniques still fail to offer precise spatial control over delivery that can immensely benefit miniaturized high-throughput technologies, single cell studies and investigation of cell-cell interactions. 
Recent technological advances in gene delivery have enabled high-throughput transfection of adherent cells14-23, a majority of which use microscale electroporation. Microscale electroporation offers precise spatio-temporal control over delivery (up to single cells) and has been shown to achieve high efficiencies19, 24-26. Additionally, electroporation based approaches do not require a prolonged period of incubation (typically 4 hours) with siRNA and DNA complexes as necessary in chemical based transfection methods and lead to direct entry of naked siRNA and DNA molecules into the cell cytoplasm. As a consequence gene expression can be achieved as early as six hours after transfection27. Our lab has previously demonstrated the use of microelectrode arrays (MEA) for site-specific transfection in adherent mammalian cell cultures17-19. In the MEA based approach, delivery of genetic payload is achieved via localized micro-scale electroporation of cells. An application of electric pulse to selected electrodes generates local electric field that leads to electroporation of cells present in the region of the stimulated electrodes. The independent control of the micro-electrodes provides spatial and temporal control over transfection and also enables multiple transfection based experiments to be performed on the same culture increasing the experimental throughput and reducing culture-to-culture variability. 
Here we describe the experimental setup and the protocol for targeted transfection of adherent HeLa cells with a fluorescently tagged scrambled sequence siRNA using electroporation. The same protocol can also be used for transfection of plasmid vectors. Additionally, the protocol described here can be easily extended to a variety of mammalian cell lines with minor modifications. Commercial availability of MEAs with both pre-defined and custom electrode patterns make this technique accessible to most research labs with basic cell culture equipment.

High efficiency, Site-specific Transfection of Adherent Cells with siRNA Using Microelectrode Arrays MEA

The article details the protocol for site-specific transfection of scrambled sequence of siRNA in an adherent mammalian cell culture using a microelectrode array (MEA).

יעילות גבוהה Transfection, אתר ספציפי של תאים חסידים עם siRNA שימוש במערכי microelectrode (MEA)

The discovery of RNAi pathway in eukaryotes and the subsequent development of RNAi agents, such as siRNA and shRNA, have achieved a potent method for ...

Sealable Femtoliter Chamber Arrays for Cell-free Biology

Cell-free systems provide a flexible platform for probing specific networks of biological reactions isolated from the complex resource sharing (e.g., global gene expression, cell division) encountered within living cells. However, such systems, used in conventional macro-scale bulk reactors, often fail to exhibit the dynamic behaviors and efficiencies characteristic of their living micro-scale counterparts. Understanding the impact of internal cell structure and scale on reaction dynamics is crucial to understanding complex gene networks. Here we report a microfabricated device that confines cell-free reactions in cellular scale volumes while allowing flexible characterization of the enclosed molecular system. This multilayered poly(dimethylsiloxane) (PDMS) device contains femtoliter-scale reaction chambers on an elastomeric membrane which can be actuated (open and closed). When actuated, the chambers confine Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) reactions expressing a fluorescent protein, allowing for the visualization of the reaction kinetics over time using time-lapse fluorescent microscopy. Here we demonstrate how this device may be used to measure the noise structure of CFPS reactions in a manner that is directly analogous to those used to characterize cellular systems, thereby enabling the use of noise biology techniques used in cellular systems to characterize CFPS gene circuits and their interactions with the cell-free environment.

A microfabricated device with sealable femtoliter-volume reaction chambers is described. This report includes a protocol for sealing cell-free protein synthesis reactants inside these chambers for the purpose of understanding the role of crowding and confinement in gene expression.

מערכים רבים סגר Femtoliter הלשכה לביולוגיה ללא סלולארי

Cell-free systems provide a flexible platform for probing specific networks of biological reactions isolated from the complex resource sharing (e.g., ...

Ligand Nano-cluster Arrays in a Supported Lipid Bilayer

Currently there is considerable interest in creating ordered arrays of adhesive protein islands in a sea of passivated surface for cell biological studies. In the past years, it has become increasingly clear that living cells respond, not only to the biochemical nature of the molecules presented to them but also to the way these molecules are presented. Creating protein micro-patterns is therefore now standard in many biology laboratories; nano-patterns are also more accessible. However, in the context of cell-cell interactions, there is a need to pattern not only proteins but also lipid bilayers. Such dual proteo-lipidic patterning has so far not been easily accessible. We offer a facile technique to create protein nano-dots supported on glass and propose a method to backfill the inter-dot space with a supported lipid bilayer (SLB). From photo-bleaching of tracer fluorescent lipids included in the SLB, we demonstrate that the bilayer exhibits considerable in-plane fluidity. Functionalizing the protein dots with fluorescent groups allows us to image them and to show that they are ordered in a regular hexagonal lattice. The typical dot size is about 800 nm and the spacing demonstrated here is 2 microns. These substrates are expected to serve as useful platforms for cell adhesion, migration and mechano-sensing studies.

We present a protocol to functionalize glass with nanometric protein patches surrounded by a fluid lipid bilayer. These substrates are compatible with advanced optical microscopy and are expected to serve as platform for cell adhesion and migration studies.

מערכי ננו-אשכול ליגנד בתוך bilayer שומנים נתמך

Currently there is considerable interest in creating ordered arrays of adhesive protein islands in a sea of passivated surface for cell biological ...

Interfacing Microfluidics with Microelectrode Arrays for Studying Neuronal Communication and Axonal Signal Propagation

Microelectrode arrays (MEAs) are widely used to study neuronal function in vitro. These devices allow concurrent non-invasive recording/stimulation of electrophysiological activity for long periods. However, the property of sensing signals from all sources around every microelectrode can become unfavorable when trying to understand communication and signal propagation in neuronal circuits. In a neuronal network, several neurons can be simultaneously activated and can generate overlapping action potentials, making it difficult to discriminate and track signal propagation. Considering this limitation, we have established an in vitro setup focused on assessing electrophysiological communication, which is able to isolate and amplify axonal signals with high spatial and temporal resolution. By interfacing microfluidic devices and MEAs, we are able to compartmentalize neuronal cultures with a well-controlled alignment of the axons and microelectrodes. This setup allows recordings of spike propagation with a high signal-to-noise ratio over the course of several weeks. Combined with specialized data analysis algorithms, it provides detailed quantification of several communication related properties such as propagation velocity, conduction failure, firing rate, anterograde spikes, and coding mechanisms.
This protocol demonstrates how to create a compartmentalized neuronal culture setup over substrate-integrated MEAs, how to culture neurons in this setup, and how to successfully record, analyze and interpret the results from such experiments. Here, we show how the established setup simplifies the understanding of neuronal communication and axonal signal propagation. These platforms pave the way for new in vitro models with engineered and controllable neuronal network topographies. They can be used in the context of homogeneous neuronal cultures, or with co-culture configurations where, for example, communication between sensory neurons and other cell types is monitored and assessed. This setup provides very interesting conditions to study, for example, neurodevelopment, neuronal circuits, information coding, neurodegeneration and neuroregeneration approaches.

This protocol aims to demonstrate how to combine in vitro microelectrode arrays with microfluidic devices for studying action potential transmission in neuronal cultures. Data analysis, namely the detection and characterization of propagating action potentials, is performed using a new advanced, yet user-friendly and freely available, computational tool.

התממשקות מיקרופלואידיקה עם מערכים Microelectrode ללמוד תקשורת עצביים והתפשטות אות עצב

Microelectrode arrays (MEAs) are widely used to study neuronal function in vitro. These devices allow concurrent non-invasive recording/stimulation of ...

Human iPSC-Derived Cardiomyocyte Networks on Multiwell Micro-electrode Arrays for Recurrent Action Potential Recordings

Cardiac safety screening is of paramount importance for drug discovery and therapeutics. Therefore, the development of novel high-throughput electrophysiological approaches for hiPSC-derived cardiomyocyte (hiPSC-CM) preparations is much needed for efficient drug testing. Although multielectrode arrays (MEAs) are frequently employed for field potential measurements of excitable cells, a recent publication by Joshi-Mukherjee and colleagues described and validated its application for recurrent action potential (AP) recordings from the same hiPSC-CM preparation over days. The aim here is to provide detailed step-by-step methods for seeding CMs and for measuring AP waveforms via electroporation with high precision and a temporal resolution of 1 &#181;s. This approach addresses the lack of easy-to-use methodology to gain intracellular access for high-throughput AP measurements for reliable electrophysiological investigations. A detailed work flow and methods for plating of hiPSC-CMs on multiwell MEA plates are discussed emphasizing critical steps wherever relevant. In addition, a custom-built MATLAB script for rapid data handling, extraction and analysis is reported for comprehensive investigation of the waveform analysis to quantify subtle differences in morphology for various AP duration parameters implicated in arrhythmia and cardiotoxicity.

This article contains a set of protocols for the development of human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocyte (hiPSC-CM) networks cultured on multiwell MEA plates to reversibly electroporate the cell membrane for action potential measurements. High-throughput recordings are obtained from the same cell sites repeatedly over days.

האדם הנגזר iPSC האנטי נטוורקס רשתות על Multiwell מיקרו מערכים אלקטרודה לפעולה ונשנים הקלטות פוטנציאליות

Cardiac safety screening is of paramount importance for drug discovery and therapeutics. Therefore, the development of novel high-throughput ...

Fabrication of Ti3C2 MXene Microelectrode Arrays for In Vivo Neural Recording

Implantable microelectrode technologies have been widely used to elucidate neural dynamics at the microscale to gain a deeper understanding of the neural underpinnings of brain disease and injury. As electrodes are miniaturized to the scale of individual cells, a corresponding rise in the interface impedance limits the quality of recorded signals. Additionally, conventional electrode materials are stiff, resulting in a significant mechanical mismatch between the electrode and the surrounding brain tissue, which elicits an inflammatory response that eventually leads to a degradation of the device performance. To address these challenges, we have developed a process to fabricate flexible microelectrodes based on Ti3C2 MXene, a recently discovered nanomaterial that possesses remarkably high volumetric capacitance, electrical conductivity, surface functionality, and processability in aqueous dispersions. Flexible arrays of Ti3C2 MXene microelectrodes have remarkably low impedance due to the high conductivity and high specific surface area of the Ti3C2 MXene films, and they have proven to be exquisitely sensitive for recording neuronal activity. In this protocol, we describe a novel method for micropatterning Ti3C2 MXene into microelectrode arrays on flexible polymeric substrates and outline their use for in vivo micro-electrocorticography recording. This method can easily be extended to create MXene electrode arrays of arbitrary size or geometry for a range of other applications in bioelectronics and it can also be adapted for use with other conductive inks besides Ti3C2 MXene. This protocol enables simple and scalable fabrication of microelectrodes from solution-based conductive inks, and specifically allows harnessing the unique properties of hydrophilic Ti3C2 MXene to overcome many of the barriers that have long hindered the widespread adoption of carbon-based nanomaterials for high-fidelity neural microelectrodes.

Fabrication of Ti3C2 MXene Microelectrode Arrays for In Vivo Neural Recording

We describe here a method for fabricating Ti3C2 MXene microelectrode arrays and utilizing them for in vivo neural recording.

הייצור של Ti3C2 Mxene מערכים מיקרואלקטרודה בVivo הקלטה עצבית

Implantable microelectrode technologies have been widely used to elucidate neural dynamics at the microscale to gain a deeper understanding of the neural ...

Substructure Analyzer: A User-Friendly Workflow for Rapid Exploration and Accurate Analysis of Cellular Bodies in Fluorescence Microscopy Images

The last decade has been characterized by breakthroughs in fluorescence microscopy techniques illustrated by spatial resolution improvement but also in live-cell imaging and high-throughput microscopy techniques. This led to a constant increase in the amount and complexity of the microscopy data for a single experiment. Because manual analysis of microscopy data is very time consuming, subjective, and prohibits quantitative analyses, automation of bioimage analysis is becoming almost unavoidable. We built an informatics workflow called Substructure Analyzer to fully automate signal analysis in bioimages from fluorescent microscopy. This workflow is developed on the user-friendly open-source platform Icy and is completed by functionalities from ImageJ. It includes the pre-processing of images to improve the signal to noise ratio, the individual segmentation of cells (detection of cell boundaries) and the detection/quantification of cell bodies enriched in specific cell compartments. The main advantage of this workflow is to propose complex bio-imaging functionalities to users without image analysis expertise through a user-friendly interface. Moreover, it is highly modular and adapted to several issues from the characterization of nuclear/cytoplasmic translocation to the comparative analysis of different cell bodies in different cellular sub-structures. The functionality of this workflow is illustrated through the study of the Cajal (coiled) Bodies under oxidative stress (OS) conditions. Data from fluorescence microscopy show that their integrity in human cells is impacted a few hours after the induction of OS. This effect is characterized by a decrease of coilin nucleation into characteristic Cajal Bodies, associated with a nucleoplasmic redistribution of coilin into an increased number of smaller foci. The central role of coilin in the exchange between CB components and the surrounding nucleoplasm suggests that OS induced redistribution of coilin could affect the composition and the functionality of Cajal Bodies.

We present a freely available workflow built for rapid exploration and accurate analysis of cellular bodies in specific cell compartments in fluorescence microscopy images. This user-friendly workflow is designed on the open-source software Icy and also uses ImageJ functionalities. The pipeline is affordable without knowledge in image analysis.

מנתח מבנה משנה: זרימת עבודה ידידותית למשתמש לחקר מהיר וניתוח מדויק של גופים סלולריים בתמונות מיקרוסקופ פלואורסצנטית

The last decade has been characterized by breakthroughs in fluorescence microscopy techniques illustrated by spatial resolution improvement but also in ...

High-Dimensionality Flow Cytometry for Immune Function Analysis of Dissected Implant Tissues

The success of implanting laboratory-grown tissue or a medical device in an individual is subject to the immune response of the recipient host. Considering an implant as a foreign body, a hostile and dysregulated immune response may result in the rejection of the implant, while a regulated response and regaining of homeostasis can lead to its acceptance. Analyzing the microenvironments of implants dissected out under in vivo or ex vivo&#160;settings can help in understanding the pattern of immune response, which can ultimately help in developing new generations of biomaterials. Flow cytometry is a well-known technique for characterizing immune cells and their subsets based on their cell surface markers. This review describes a protocol based on manual dicing, enzymatic digestion, and filtration through a cell strainer for the isolation of uniform cell suspensions from dissected implant tissue. Further, a multicolor flow cytometry staining protocol has been explained, along with steps for initial cytometer settings to characterize and quantify these isolated cells by flow cytometry.

Isolation of cells from dissected implants and their characterization by flow cytometry can significantly contribute to understanding the pattern of immune response against implants. This paper describes a precise method for the isolation of cells from dissected implants and their staining for flow cytometric analysis.

ציטומטריית זרימה בממדיות גבוהה לניתוח תפקוד מערכת החיסון של רקמות שתל מנותחות

The success of implanting laboratory-grown tissue or a medical device in an individual is subject to the immune response of the recipient host. ...

Fabrication of 3D Cardiac Microtissue Arrays using Human iPSC-Derived Cardiomyocytes, Cardiac Fibroblasts, and Endothelial Cells

Generation of human cardiomyocytes (CMs), cardiac fibroblasts (CFs), and endothelial cells (ECs) from induced pluripotent stem cells (iPSCs) has provided a unique opportunity to study the complex interplay among different cardiovascular cell types that drives tissue development and disease. In the area of cardiac tissue models, several sophisticated three-dimensional (3D) approaches use induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes (iPSC-CMs) to mimic physiological relevance and native tissue environment with a combination of extracellular matrices and crosslinkers. However, these systems are complex to fabricate without microfabrication expertise and require several weeks to self-assemble. Most importantly, many of these systems lack vascular cells and cardiac fibroblasts that make up over 60% of the nonmyocytes in the human heart. Here we describe the derivation of all three cardiac cell types from iPSCs to fabricate cardiac microtissues. This facile replica molding technique allows cardiac microtissue culture in standard multi-well cell culture plates for several weeks. The platform allows user-defined control over microtissue sizes based on initial seeding density and requires less than 3 days for self-assembly to achieve observable cardiac microtissue contractions. Furthermore, the cardiac microtissues can be easily digested while maintaining high cell viability for single-cell interrogation with the use of flow cytometry and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). We envision that this in vitro model of cardiac microtissues will help accelerate validation studies in drug discovery and disease modeling.

Here, we describe an easy-to-use methodology to generate 3D self-assembled cardiac microtissue arrays composed of pre-differentiated human-induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes, cardiac fibroblasts, and endothelial cells. This user-friendly and low cell requiring technique to generate cardiac microtissues can be implemented for disease modeling and early stages of drug development.

ייצור מערכי מיקרוטיסו לב תלת-ממדיים באמצעות קרדיומיוציטים אנושיים שמקורם ב-IPSC, פיברובלסטים לבביים ותאי אנדותל

Generation of human cardiomyocytes (CMs), cardiac fibroblasts (CFs), and endothelial cells (ECs) from induced pluripotent stem cells (iPSCs) has provided ...