Per iniziare, avvia il software di acquisizione delle immagini del microscopio. Calcola il numero di tessere necessarie per coprire l'intero cuore del mouse. Cattura le immagini del cuore partendo dalla prima tessera.
Cattura in sequenza le immagini delle tessere rimanenti con una sovrapposizione del 10% tra tessere consecutive fino a coprire l'intero cuore. Ora apri il plugin BigStitcher e importa tutte le tessere necessarie attraverso la directory del file immagine. Salvare il set di dati come file HDF5.
Usa la funzione sposta il riquadro con la griglia normale per organizzare i riquadri. Quindi seleziona il motivo utilizzato per spostare il cuore e seleziona una sovrapposizione del 10% tra ogni tessera. Cucire le tessere usando l'opzione della procedura guidata di cucitura.
Create un file TIFF utilizzando la fusione delle immagini per esportare i dati uniti. Per la deconvoluzione multivista del campione. Utilizzare perline fluorescenti per la registrazione dell'immagine della ricostruzione multi-view lungo il cuore.
Scansiona il gruppo cuore lungo l'asse di rilevamento per acquisire immagini sequenziali del cuore del mouse dalla sezione illuminata. Ruota il cuore del mouse di 60 gradi lungo l'asse Y per acquisire le pile successive da più angolazioni. Quindi apri il plug-in BigStitcher e importa tutte le immagini attraverso la directory del file immagine.
Salvare il set di dati come file HDF5. Scegli Rileva punti di interesse e seleziona manualmente le perline di interesse per la registrazione. Selezionare il modello di trasformazione fine per la registrazione e assegnare PSF a tutte le viste.
Fare clic su Deconvoluzione multivista e scegliere il tipo di iterazione come Bayesiana efficiente. Definire il numero di iterazioni come 10 ed eseguirlo. Infine, fai clic su fusione di immagini per esportare un file TIFF.
Il metodo di deconvoluzione multi-vista ha raggiunto una risoluzione quasi isotropa dopo 15 ore di calcolo. La microscopia a foglio di luce ascellare basata su ETL è stata in grado di ridurre al minimo lo sfondo sfocato e migliorare il contrasto dell'immagine. L'integrazione della cucitura con la microscopia a foglio di luce a scansione assiale ha permesso la copertura di un intero cuore di topo di otto settimane con una risoluzione uniforme.
