Il laboratorio HTX offre accesso online a proteine completamente automatizzate a pipeline strutturate che possono essere applicate per risolvere nuove strutture e per eseguire lo screening di frammenti e legan su larga scala. Attraverso la combinazione della tecnologia CrystalDirect per la raccolta automatica dei cristalli e il raffreddamento CRI sul software CRIM, dove gli scienziati possono controllare l'intero processo di cristallografia su Internet. Iniziare aprendo e accedendo a Crystal Graphic Information Management System in un browser Web e fare clic sul menu Esempi per aprire un'interfaccia con il progetto in Strumenti di gestione degli esempi.
Fare clic su nuovo campione e nella finestra del campione immettere le informazioni richieste e fare clic su Salva ed effettua richiesta. Nel pannello Richiesta, selezionare il protocollo di cristallizzazione, la temperatura di incubazione, gli schermi di cristallizzazione da utilizzare e la data desiderata per gli esperimenti che dovrebbe essere compatibile con il tempo necessario per la spedizione del campione. Utilizzare i campi dei commenti per fornire indicazioni sui campioni che sono importanti per gli operatori di laboratorio HDX.
Dopo l'invio, la richiesta di cristallizzazione verrà convalidata dal team di High Throughput Crystallization Lab. Una conferma sulla pianificazione dell'esperimento verrà inviata via e-mail. All'arrivo del campione alla struttura.
Il personale di laboratorio allestirà l'esperimento, invierà la conferma della configurazione via e-mail e trasferirà i vassoi di cristallizzazione agli imager automatizzati. CRIMS fornirà l'accesso a tutti i parametri sperimentali e terrà traccia delle nuove sessioni di imaging in tempo reale. Quando sono disponibili nuove immagini, le notifiche e-mail verranno inviate automaticamente.
Per visualizzare le immagini delle piastre di cristallizzazione, aprire il menu Piastre e passare all'esempio. Fare clic su Visualizza per visualizzare l'ultima sessione di imaging o fare clic sul simbolo di espansione per selezionare una sessione di imaging diversa e controllare la cronologia delle cadute. Per filtrare gli esempi per un progetto selezionato.
Fare clic sulla casella del progetto specifico. Le funzioni di ricerca sono disponibili anche per la maggior parte delle colonne della tabella. Per valutare e valutare i risultati degli esperimenti di cristallizzazione, selezionare l'interfaccia di visualizzazione della piastra e navigare attraverso le diverse pareti delle piastre di cristallizzazione.
Seleziona il tipo di immagine e seleziona la qualità dell'immagine o registra i punteggi. L'interfaccia di visualizzazione fornisce anche tutti i parametri sperimentali utilizzati per gli esperimenti di cristallizzazione, inclusa la composizione della soluzione di cristallizzazione. Per progettare crystal optimization screens in base alle condizioni di hit primarie identificate attraverso lo screening iniziale, apri il menu Raffinamento e seleziona il sottomenu Schermate.
Selezionare il tipo di piastra, le soluzioni di riserva o le configurazioni di gradiente che meglio si adattano al progetto sperimentale. E' possibile chiedere a CRIMS di produrre un file direttamente compatibile con il formulatore robot formulatrix per pipettare automaticamente gli schermi nella piastra o per produrre un documento stampabile ma i volumi per il funzionamento manuale. Una volta che il cristallo è adatto per gli esperimenti di diffrazione a raggi X, vai all'interfaccia plate view e usa i punteggi pre memorizzati per selezionare l'immagine corrispondente alla goccia di cristallizzazione corretta.
Fare clic su Crystal Harvesting per registrare un piano di raccolta automatica dei cristalli dal robot di raccolta diretta dei cristalli. CRIMS registrerà e memorizzerà automaticamente la posizione dei cristalli raccolti in spine o unità pucks. Successivamente, gli operatori che la nostra struttura rimuoverà le lastre con i piani di raccolta dagli imager e li trasferirà al robot CrystalDirect.
Una volta completata la raccolta dei cristalli, i puck contenenti i campioni vengono inseriti in un CX 100 Dewar o trasferiti al Sincrotrone di vostra scelta. Per ispezionare i campioni crio raffreddati, aprire il menu Crystal Manager e selezionare Cristalli raccolti. Le immagini del processo di raccolta, comprese le immagini dei perni con i cristalli raccolti saranno disponibili lì.
Per creare spedizioni di campioni per l'analisi della diffrazione a raggi X, aprire il menu Spedizioni e fare clic su Crea spedizione per selezionare il Sincrotrone di interesse e il numero di sacchetto. È inoltre possibile inserire commenti a supporto della raccolta dei dati e parametri predefiniti per la raccolta dei dati su linee di fascio completamente automatizzate. Il laboratorio HDX fornisce anche l'accesso allo screening di frammenti su larga scala completamente automatizzato.
Le risorse CRIMS per l'elaborazione automatizzata dei dati e l'identificazione degli hit basate sul software di phasing globale, Pipeline Pipe Dream, consentono di valutare rapidamente e dare priorità ai risultati su centinaia o migliaia di set di dati in un singolo progetto. CRIMS comunica con i sistemi di gestione delle informazioni di sincrotrone e recupera informazioni sugli esperimenti di diffrazione effettivi. Aprire il menu Crystal Manager e selezionare i dati di diffrazione del cristallo per visualizzare le informazioni di riepilogo e i risultati dell'elaborazione iniziale dei dati al sincrotrone.
In questa analisi rappresentativa, le pipeline di cristallografia automatizzata sono state utilizzate, come dimostrato, per l'identificazione strutturale di diverse proteine. Come osservato, tre diversi stati confermali di una proteasi da un batterio patogeno sono stati identificati in un tempo molto breve, grazie alla rapida successione di ottimizzazione dello screening dei cristalli e misurazioni di diffrazione. Questa pipeline è stata recentemente applicata anche all'identificazione di frammenti, legandosi sia all'attivo in diversi siti alasterici di Trypanosoma brucei.
Farnesil pirofosfato sintasi un enzima chiave del parassita che causa la tripanosomiasi africana umana. Questo processo riduce al minimo il ritardo tra la crescita dei cristalli e la misurazione, accelerando il progresso. Libera anche gli scienziati da operazioni complesse come la gestione dei cristalli e l'operazione beamline rendendo la cristallografia più accessibile ai non esperti.
Questo approccio può contribuire a promuovere la ricerca traslazionale e quindi accelerare il processo di scoperta di farmaci. Contribuire allo sviluppo di farmaci migliori e più sicuri contro un numero maggiore di obiettivi.
