Una pipeline versatile per l'analisi dei cambiamenti dinamici nei corpi nucleari in una varietà di tipi di cellule

Il nostro principale interesse di ricerca è un meccanismo epigenetico che regola l'elasticità cellulare umana e l'adattamento ambientale. Attualmente mi sto concentrando sullo studio di come i cambiamenti nella cromatizzazione all'interno di un condensato nucleare siano tre condizioni cellulari patologiche. Credo che lo studio delle proprietà biofisiche della cromatizzazione apra un nuovo campo e offra opportunità uniche per lo sviluppo di nuovi approcci terapeutici.

I saggi di immunofluorescenza sono preziosi per lo screening dell'organizzazione delle proteine nei condensati nucleari. Tuttavia, la genetica umana può essere impegnativa a causa di problemi di selezione dei parametri e di un grande volume di dati quando si studiano più condizioni. Offriamo una guida completa su come utilizzare i parametri corretti e la pipeline di analisi automatizzata per semplificare il processo.

Il nostro protocollo guida l'utente dalla preparazione del campione all'analisi. Abbiamo fornito un progetto di pipeline simulato tramite Doza con competenze limitate di calcolo e analisi delle immagini. Il flusso di lavoro è accessibile a tutti gratuitamente e sfrutta software ampiamente adottabili come Imogene e Python e il servizio gratuito basato su cloud Google Colab.