ホワイトホール財団は、この作業を行ったスクリプス研究所からの資金援助とスタートアップ資金に心から感謝します。

1. 腹部神経節の調製、電気生理学的測定、および単一同定ニューロンの単一同定された神経節の分離
<ol><li>12:12光:暗い条件下で16 °Cで循環人工海水(ASW)と実験室の水槽で Aplysia を維持します。</li>
	<li>腹部神経節の隔離。<ol>
<li>5-10分間(動物の体重の30〜35%に相当)のために380 mM MgCl2 溶液を注入することによって動物を麻酔します。</li>
		<li>中枢神経系24,28におけるその位置に基づいて腹部神経節を同定する。</li>
		<li>手術によって神経節を取り除き、450 mM NaCl、10 mM KCl、10 mM CaCl 2、55 mM MgCl2、2.5mM NaHCO3、および10 mM HEPES(pH 7.4)からなる人工海水にすぐに保管します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>プロテアーゼ処理。<ol>
<li>上記のASWで0.1%プロテアーゼ(ジスパーゼ)を希釈したペトリ皿で34°C±0.5で30分間腹部神経節をインキュベートする。 注:使用されるプロテアーゼの量は、動物の年齢と体重で標準化する必要があります。一般に、古くて大きな動物は、より多くのプロテアーゼを必要とします。</li>
	</ol>
</li>
	<li>神経節鞘の除去。<ol>
<li>酵素処理後、細胞チャンバーのシルガードシリコーンベース(Ø= 1cm;vol.= 0.3 ml)に神経節を固定し、室温(18°C±2)でASW(流量:150μl/min)をパーフューズします。 注:同定されたニューロンの視認性を高めるために、20Xおよび40X倍率の双眼体顕微鏡を使用して底部から容易に照らすことができるポリカーボネートガラスシリンダー(図1)(直径Ø = 2mm改変細胞室)の上部に神経節を置きます。</li>
		<li>鉗子とマイクロシザーを使用して、ガングリオンから慎重にシースを取り外します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>2つのニューロンからの同時電気生理学的記録。<ol>
<li>目的のニューロンを特定します。</li>
		<li>抵抗10-15 MΩを有する単一の細胞内鋭利な微小電極を有するニューロンを3M KCl溶液で満たした。</li>
		<li>細胞内記録システムを用いてニューロン活動(10kHzバンドパス)を記録する。</li>
		<li>Axographなどの電気生理学ソフトウェアを使用して記録データを処理します。 注:1つは簡単に複数のニューロンからの記録を行うことができます。ニューロンL7、L11またはR15およびR2は、その位置に基づいて容易に同定される。2 つの L7 および R15 ニューロンから同時に録音するには、2 つのアンプと 2 つのマイクロマニピュレータが必要です (図 2)。</li>
	</ol>
</li>
	<li>薬物適用。<ol>
<li>穏やかなピペットによって細胞室に選択の薬物を適用するか、ニューロンに直接注入します。</li>
		<li>電気生理学的測定を行う。 注:実験目的に応じて、膜電位(MP)または作用電位(AP)の変化など、薬物塗布の前後の異なる電気生理学的パラメータを測定することができます。</li>
	</ol>
</li>
	<li>単一ニューロンの分離.<ol>
<li>電気生理学的実験の終わりに、ASWの灌流を止め、100%エタノールでガングリオンを洗浄する。 エタノールへの暴露はニューロンを石化し、細かい鉗子を使用して、神経節から他のニューロンを損傷することなく、個々のニューロンを除去することが容易になります。</li>
		<li>単一のニューロンを実体顕微鏡で除去し、氷冷500μl RNA抽出試薬を含む小さなエペンドルフチューブに移します。分離された単一のニューロンは、将来の分析のために-80°CのRNA抽出試薬に保存することができます。</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. 定量的リアルタイムPCR(qPCR)による単一ニューロンからのRNA分離と遺伝子発現解析
<ol><li>RNA分解を最小限に抑えるための注意事項: リボヌクレアーゼ(RNases)はRNAを分解し、非常に安定した活性酵素です。RNA の処理中に次の手順を実行します。<ol>
<li>RNase非アクティブ化剤で作業領域と器具を清掃します。</li>
		<li>RNAを扱いながら常に手袋を着用し、手袋を頻繁に交換してください。</li>
		<li>RNAを扱うためにRNaseの自由なプラスチックだけを使用してください。</li>
	</ol></li>
	<li>単一ニューロンから総RNAを分離する:<ol>
<li>RNA分離のための標準トリゾールプロトコルは、単一のニューロンからRNAを分離するために使用することができます。簡単にトリゾールにクロロホルムの20%v /vを追加し、短い渦によってよく混ぜます。</li>
		<li>4 °Cで10分間、回転器にチューブを置きます。 トリゾールクロロホルムミックスを12,000 x gで4°Cで15分間回転させます。</li>
		<li>水相を収集し、新鮮なチューブに転送します。</li>
		<li>酢酸ナトリウム溶液(pH 5.5)を0.3M、100ng/mlのコ沈降剤グリコブルー、2.5容量の100%エタノールを添加してRNAを沈殿させます。</li>
		<li>サンプルをよく混ぜ、一晩で-80°Cでインキュベートします。</li>
		<li>4°Cで20分間12,000 x gでサンプルを回転させ、小さな青いペレットがチューブの底に見えます。</li>
		<li>上清を取り除き、75%の氷冷エタノール850μlでペレットを12,000 x gで4°Cで10分間洗浄します。</li>
		<li>上清を慎重に取り除き、最大7〜10分間RNAペレットを空気乾燥させます。 注:RNAペレットを乾燥させると可溶化が非常に困難になります- RNAが乾燥するために長い間放置されないようにしてください。 
</li>
		<li>乾燥したら、RNAペレットを10μlのRNAAseフリー水で再懸濁し、RNA濃度を決定します。 注:分光光度計を使用してRNA濃度を決定します。すぐに使用しない場合は、-80°CでRNAを保存してください。</li>
	</ol></li>
	<li>単一ニューロンからのaRNA合成:<ol>
<li>市販のリニアRNA増幅システムを用いてRNA(実験目的に応じて1または2ラウンド)を増幅する。 注:単一ニューロンからのRNAの合計は〜10〜60 ngの範囲でした。第1回増幅の期待収量は〜100〜300ngであり、第2の増幅はRNAの〜0.8〜1.5μgである。</li>
	</ol></li>
	<li>RNAの逆転写:<ol>
<li>aRNAからcDNAを生成するには、逆転写反応の20 μlで1.0 μgのaRNAを使用します。この目的のために、いくつかのキットが市販されています。 注:cDNAはサーマルサイクラーで次の設定を使用して、メーカーのプロトコルに従って合成されました。 25°Cで5分 42°Cで30分 85°Cで5分 4 °Cでホールド</li>
		<li>逆転写ステップの後、cDNAを-20°Cで長期保存のために保管します。</li>
	</ol></li>
	<li>プライマー設計と標準化: リアルタイム増幅のためのプライマーを設計するためのいくつかの優れたソフトウェアプログラムが無料で利用可能です。<ol>
<li>70-110 bpアンプリコンを生成し、市販のソースを使用してプライマーを合成する18-24のマーオリゴヌクレオチドを選択します。 注:2~3個のプライマーペアは、対象遺伝子ごとに設計する必要があります。各プライマー セットは qPCR によって標準化する必要があります。遺伝子 CREB1 (図 4) に使用されたフォワードおよびリバースプライマーのペアは、以下のとおりです。 プライマーセット1 フォワード:5'-TGATCTGACGCAAAAAAGA-3' リバース:5'-ACCGTGAGCAGTCAGTTGTAGA-3' プライマーセット2 フォワード:5'-アグガートクトCGATGAAGAA-3' リバース:5'-ガカカカガガグタットGCCAAA-3'</li>
		<li>下流解析に使用する最適なプライマーを選択するには、Ct 値と増幅曲線の形状を qPCR で監視します。 注: PCR の指数相の 40 ラウンド増幅と滑らかな曲線の間で Ct (サイクル閾値) 値を 10 ~ 35 の間で与えるプライマーは、遺伝子発現解析に最適です。</li>
	</ol></li>
	<li>定量リアルタイム PCR (qPCR): 注: qPCR マシンと互換性のある適切なチューブまたはプレートを使用してください。<ol>
<li>ヌクレアーゼフリー水でcDNAを5倍に希釈します。</li>
		<li>希釈したcDNAを2μlに、2μlのH2Oを含むqPCRマスターミックスを8μl、2x SYBRグリーンマスターミックスの5μl、1.0 μlの10 μM(それぞれ)前方および逆プライマーを加えます。</li>
		<li>cDNAとマスターミックスをピペットした後、チューブを閉じてプレートを密封します。1,500 rpmで30秒間、穏やかなタップとスピンダウンで内容を混ぜます。</li>
		<li>qPCR マシンのセットアップに進みます。</li>
	</ol></li>
</ol>

著者は、競合する財政的利益を持っていません。

ニューロンR15は、心血管、消化器、呼吸器、および生殖システム30の調節に関与している。AP の定期的なリズミカルなバースト活動は、R15 の機能です。結果セクションに示すように、R15とL7の対の記録は、神経節調製がR15ニューロンの活性を保持していることを示す。R15およびL7ニューロンはAchに適切に反応した。この神経節製剤は8〜10時間まで維持することができ、電気生理学的活?...

人間の脳は、ほぼ1000億個のニューロンと何兆ものシナプス接続を持つ非常に複雑です。ニューロンと相互作用し、脳内の機能を調節する非神経細胞のほぼ同じ数があります。.ニューロンは、特定の動作を調節する回路に編成されています。脳機能や神経回路の理解が進んでいますが、特定の行動を制御する回路コンポーネントのアイデンティティについてはほとんど知られていません。回路の様々な構成要素のアイデンティティの知識は、細胞と分子の行動の両方の理解を大幅に促進し、神経精神疾患の新しい治療戦略を開発するのに役立ちます。
海洋カタツムリのAplysiaカリフォルニカは、特定の行動の基礎となる神経回路を決定するための主力となっています1-14.Aplysia神経系には、9つの異なる神経節に編成された約20,000個のニューロンが含まれています。Aplysiaのニューロンは大きく、その大きさ、電気的特性、および神経節内の位置に基づいて容易に識別することができる。Aplysiaは、研究することができる行動の豊富なレパートリーを持っています。よく研究された行動の一つは、ギル離脱反射(GWR)です。この反射の中心成分は腹部神経節に位置する。GWR回路のコンポーネントがマッピングされ、さまざまな成分の寄与が決定されました。重要なことに、GWR回路は、自動調整および非関連の学習を受ける5,6,15-19.この反射に関する数十年にわたる研究はまた、学習と記憶20-24において重要な役割を持ついくつかのシグナル伝達経路を同定した。
Aplysiaのいくつかの異なる調製物は、記憶記憶の細胞および分子ベースを研究するために使用された。これらには、無傷の動物2,3、半無傷の調製1,7,13,14,16および神経回路25-29の主要成分の再構成が含まれる。同定された神経回路の電気生理学的および分子的分析のためのAplysia神経節を探索するための還元された準備をここに説明する。次の4つの同定されたニューロンが研究された。R15は、バーストニューロン、L7およびL11、2つの異なる運動ニューロンとR2、コリン作動性ニューロンを研究した。R2は無脊椎動物神経系に記載されている最大のニューロンである。簡単に言えば、この方法論は、神経節のプロテアーゼ治療、薬理学的治療の前後の電気生理学的測定、および遺伝子発現の定量的分析のための単一ニューロンの単一のニューロンの単一の分離を含む。この方法論により、分子解析と複数のニューロンからの同時記録を組み合わせるようになっています。この方法論は、細胞内の記録を組み合わせてアセチルコリン(Ach)に対するR15およびL7ニューロンの応答を研究するために成功して使用されました。電気生理学的測定R15およびL7およびL11およびR2のような他の同定されたニューロンは、CREB1の発現の定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)分析のために単離された、記憶記憶に重要な転写因子である。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="372">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="101">
			<td height="101" style="height:101px;width:120px;">Aplysia</td>
			<td style="width:123px;">National Aplysia Resource Facility, University of Miami</td>
			<td style="width:129px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">NaCl</td>
			<td style="width:123px;">SIGMA</td>
			<td style="width:129px;">S 3014-1KG</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">KCl</td>
			<td style="width:123px;">SIGMA</td>
			<td style="width:129px;">P 9333-500G</td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:120px;">CaCl2&#8226;2H2O</td>
			<td style="width:123px;">SIGMA</td>
			<td style="width:129px;">C5080- 500G</td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:120px;">MgCl2&#8226;6H2O</td>
			<td style="width:123px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:129px;">BP 214-501</td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:120px;">NaHCO4</td>
			<td style="width:123px;">SIGMA</td>
			<td style="width:129px;">S 6297-250G</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">HEPES</td>
			<td style="width:123px;">SIGMA</td>
			<td style="width:129px;">H 3375-500G</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">Protease</td>
			<td style="width:123px;">GIBCO</td>
			<td style="width:129px;">17105-042</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">Trizol</td>
			<td style="width:123px;">Ambion</td>
			<td style="width:129px;">15596-026</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">Chloroform</td>
			<td style="width:123px;">MP Biomedicals</td>
			<td style="width:129px;">2194002</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">100% Ethanol</td>
			<td style="width:123px;">ACROS</td>
			<td style="width:129px;">64-17-5</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:120px;">GlycoBlue</td>
			<td style="width:123px;">Ambion</td>
			<td style="width:129px;">AM9515</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">3 M NaOAc, pH 5.5</td>
			<td style="width:123px;">Ambion</td>
			<td style="width:129px;">AM9740</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">Nuclease free water</td>
			<td style="width:123px;">Ambion</td>
			<td style="width:129px;">AM9737</td>
		</tr>
		<tr height="81">
			<td height="81" style="height:81px;width:120px;">MessageAmp II aRNA Amplification Kit</td>
			<td style="width:123px;">Ambion</td>
			<td style="width:129px;">AM1751</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">qScript cDNA SuperMix</td>
			<td style="width:123px;">Quanta Biosciences</td>
			<td style="width:129px;">95048-100</td>
		</tr>
		<tr height="61">
			<td height="61" style="height:61px;width:120px;">Power SYBR Green PCR Master Mix</td>
			<td style="width:123px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:129px;">4367659</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">Forceps</td>
			<td style="width:123px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:129px;">11252-20</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">Scissors</td>
			<td style="width:123px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:129px;">15000-08</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="41" rowspan="2" style="height:41px;width:120px;">Stainless Steel Minutien Pins&#160;</td>
			<td rowspan="2" style="width:123px;">Fine Science Tools</td>
			<td style="width:129px;">26002-10 or</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:129px;">26002-20</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">Veriti Thermal Cycler</td>
			<td style="width:123px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:129px;">Veriti Thermal Cycler</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">5430R Centrifuge</td>
			<td style="width:123px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:129px;">5430R Centrifuge</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:120px;">7900HT Fast Real-Time PCR</td>
			<td style="width:123px;">Applied Biosystems</td>
			<td style="width:129px;">7900HT Fast Real-Time PCR</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:120px;">Amplifier</td>
			<td>BRAMP-01R</td>
			<td style="width:129px;">NPI Electronics</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:120px;">Digidata Converter</td>
			<td style="width:123px;">Instrutech ITC-18</td>
			<td style="width:129px;">HEKA ELEKTRONIK</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:120px;">Micro Manipulator</td>
			<td style="width:123px;">Patch Star</td>
			<td style="width:129px;">Scientifica</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

aplysia ganglia preparation for electrophysiological and molecular analyses of single neurons

神経生物学における大きな課題は、特定の行動を支配する神経回路の分子基盤を理解することです。特定の分子機構が特定されると、変性疾患や神経系の老化によって引き起こされる特定の行動の異常を治療するための新しい治療戦略を開発することができます。海洋カタツムリ のAplysiaカリフォルニカ は、特定の行動の根底にある神経回路を容易に決定することができ、回路の個々の構成要素を容易に操作できるため、細胞および分子ベースの行動の調査に適しています。 Aplysia のこれらの利点は、学習と記憶の神経生物学のいくつかの基本的な発見につながっています。.ここでは、個々のニューロンの電気生理学的および分子的分析のための Aplysia 神経系の調製について説明する。簡単に言えば、神経系から解剖された神経節は、ニューロンが露出されるが、無傷の動物のように神経細胞活動を保持するように神経節鞘を除去するためにプロテアーゼにさらされる。この調製物は、単一または複数のニューロンの電気生理学的測定を行うために使用される。重要なことに、単純な方法論を用いた記録に続いて、ニューロンは遺伝子発現解析のために神経節から直接単離されることができた。これらのプロトコルは、L7およびR15ニューロンからの同時電気生理学的記録を行い、アセチルコリンに対する応答を研究し 、APlysiaの単一の単一のL7、L11、R15、およびR2ニューロンにおけるCREB1遺伝子の定量発現を研究するために使用された。

この研究で使用された動物の重量は100〜200gの範囲であった。記載されたプロトコルに従い、2-5gから200〜300gの範囲の動物から分離された腹部神経節のニューロンの電気生理学的測定および分子解析を行った。
プロテアーゼ処理の標準化は、神経節におけるニューロンの電気生理学的測定を成功させるために重要である。当初、複数のプロテアーゼ(Dispase)濃度および持続?...

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Aplysia Ganglia Preparation for Electrophysiological and Molecular Analyses of Single Neurons

海洋カタツムリ のアプリシアカリフォルニカ は、細胞および分子ベースの行動に関する研究のための神経生物学モデルとして広く使用されている。ここでは、同定された神経回路の単一ニューロンの電気生理学的および分子的分析のための Aplysia の神経系を探索するための方法論が記載されている。

アプリジア 単一ニューロンの電気生理学的・分子的解析のための神経節の準備

A major challenge in neurobiology is to understand the molecular underpinnings of neural circuitry that govern a specific behavior. Once the specific ...

aplysia-ganglia-preparation-for-electrophysiological-molecular

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Aplysia Ganglia Preparation for Electrophysiological and Molecular Analyses of Single Neurons

9.0K ビュー.  The Scripps Research Institute, Florida. 海洋カタツムリ のアプリシアカリフォルニカ は、細胞および分子ベースの行動に関する研究のための神経生物学モデルとして広く使用されている。ここでは、同定された神経回路の単一ニューロンの電気生理学的および分子的分析のための Aplysia の神経系を探索するための方法論が記載されている。

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In vitro Assembly of Semi-artificial Molecular Machine and its Use for Detection of DNA Damage

Naturally occurring bio-molecular machines work in every living cell and display a variety of designs 1-6. Yet the development of artificial molecular machines centers on devices capable of directional motion, i.e. molecular motors, and on their scaled-down mechanical parts (wheels, axels, pendants etc) 7-9. This imitates the macro-machines, even though the physical properties essential for these devices, such as inertia and momentum conservation, are not usable in the nanoworld environments 10. Alternative designs, which do not follow the mechanical macromachines schemes and use mechanisms developed in the evolution of biological molecules, can take advantage of the specific conditions of the nanoworld. Besides, adapting actual biological molecules for the purposes of nano-design reduces potential dangers the nanotechnology products may pose. Here we demonstrate the assembly and application of one such bio-enabled construct, a semi-artificial molecular device which combines a naturally-occurring molecular machine with artificial components. From the enzymology point of view, our construct is a designer fluorescent enzyme-substrate complex put together to perform a specific useful function. This assembly is by definition a molecular machine, as it contains one 12. Yet, its integration with the engineered part - fluorescent dual hairpin - re-directs it to a new task of labeling DNA damage12.
Our construct assembles out of a 32-mer DNA and an enzyme vaccinia topoisomerase I (VACC TOPO). The machine then uses its own material to fabricate two fluorescently labeled detector units (Figure 1). One of the units (green fluorescence) carries VACC TOPO covalently attached to its 3'end and another unit (red fluorescence) is a free hairpin with a terminal 3'OH. The units are short-lived and quickly reassemble back into the original construct, which subsequently recleaves. In the absence of DNA breaks these two units continuously separate and religate in a cyclic manner. In tissue sections with DNA damage, the topoisomerase-carrying detector unit selectively attaches to blunt-ended DNA breaks with 5'OH (DNase II-type breaks)11,12, fluorescently labeling them. The second, enzyme-free hairpin formed after oligonucleotide cleavage, will ligate to a 5'PO4 blunt-ended break (DNase I-type breaks)11,12, if T4 DNA ligase is present in the solution 13,14 . When T4 DNA ligase is added to a tissue section or a solution containing DNA with 5'PO4 blunt-ended breaks, the ligase reacts with 5'PO4 DNA ends, forming semi-stable enzyme-DNA complexes. The blunt ended hairpins will interact with these complexes releasing ligase and covalently linking hairpins to DNA, thus labeling 5'PO4 blunt-ended DNA breaks.
This development exemplifies a new practical approach to the design of molecular machines and provides a useful sensor for detection of apoptosis and DNA damage in fixed cells and tissues.

In vitro Assembly of Semi-artificial Molecular Machine and its Use for Detection of DNA Damage

We demonstrate the assembly and application of a molecular-scale device powered by a topoisomerase protein. The construct is a bio-molecular sensor which labels two major types of DNA breaks in tissue sections by attaching two different fluorophores to their ends.

DNA損傷の検出のための半人工分子機械とその使用のin vitroでの組立に

Naturally occurring bio-molecular machines work in every living cell and display a variety of designs 1-6. Yet the development of artificial molecular ...

生物工学

Molecular Entanglement and Electrospinnability of Biopolymers

Electrospinning is a fascinating technique to fabricate micro- to nano-scale fibers from a wide variety of materials. For biopolymers, molecular entanglement of the constituent polymers in the spinning dope was found to be an essential prerequisite for successful electrospinning. Rheology is a powerful tool to probe the molecular conformation and interaction of biopolymers. In this report, we demonstrate the protocol for utilizing rheology to evaluate the electrospinnability of two biopolymers, starch and pullulan, from their dimethyl sulfoxide (DMSO)/water dispersions. Well-formed starch and pullulan fibers with average diameters in the submicron to micron range were obtained. Electrospinnability was evaluated by visual and microscopic observation of the fibers formed. By correlating the rheological properties of the dispersions to their electrospinnability, we demonstrate that molecular conformation, molecular entanglement, and shear viscosity all affect electrospinning. Rheology is not only useful in solvent system selection and process optimization, but also in understanding the mechanism of fiber formation on a molecular level.

Electrospinning is a fascinating technique used to fabricate micro- to nano-scale fibers from a wide variety of materials. Molecular entanglement of the constituent polymers in the spinning dope is essential for successful electrospinning. We present a protocol for utilizing rheology to evaluate the electrospinnability of two biopolymers, starch and pullulan.

生体高分子の分子エンタングルメントとElectrospinnability

Electrospinning is a fascinating technique to fabricate micro- to nano-scale fibers from a wide variety of materials. For biopolymers, molecular ...

Minced Tissue in Compressed Collagen: A Cell-containing Biotransplant for Single-staged Reconstructive Repair

Conventional techniques for cell expansion and transplantation of autologous cells for tissue engineering purposes can take place in specially equipped human cell culture facilities. These methods include isolation of cells in single cell suspension and several laborious and time-consuming events before transplantation back to the patient. Previous studies suggest that the body itself could be used as a bioreactor for cell expansion and regeneration of tissue in order to minimize ex vivo manipulations of tissues and cells before transplanting to the patient. The aim of this study was to demonstrate a method for tissue harvesting, isolation of continuous epithelium, mincing of the epithelium into small pieces and incorporating them into a three-layered biomaterial. The three-layered biomaterial then served as a delivery vehicle, to allow surgical handling, exchange of nutrition across the transplant, and a controlled degradation. The biomaterial consisted of two outer layers of collagen and a core of a mechanically stable and slowly degradable polymer. The minced epithelium was incorporated into one of the collagen layers before transplantation. By mincing the epithelial tissue into small pieces, the pieces could be spread and thereby the propagation of cells was stimulated. After the initial take of the transplants, cell expansion and reorganization would take place and extracellular matrix mature to allow ingrowth of capillaries and nerves and further maturation of the extracellular matrix. The technique minimizes ex vivo manipulations and allow cell harvesting, preparation of autograft, and transplantation to the patient as a simple one-stage intervention. In the future, tissue expansion could be initiated around a 3D mold inside the body itself, according to the specific needs of the patient. Additionally, the technique could be performed in an ordinary surgical setting without the need for sophisticated cell culturing facilities.

Tissue engineering often includes in vitro expansion in order to create autografts for tissue regeneration. In this study a method for tissue expansion, regeneration, and reconstruction in vivo was developed in order to minimize the processing of cells and biological materials outside the body.

圧縮されたコラーゲンで細分化した組織：シングル段再建修復のための細胞含有Biotransplant

Conventional techniques for cell expansion and transplantation of autologous cells for tissue engineering purposes can take place in specially equipped ...

A Label-free Technique for the Spatio-temporal Imaging of Single Cell Secretions

Inter-cellular communication is an integral part of a complex system that helps in maintaining basic cellular activities. As a result, the malfunctioning of such signaling can lead to many disorders. To understand cell-to-cell signaling, it is essential to study the spatial and temporal nature of the secreted molecules from the cell without disturbing the local environment. Various assays have been developed to study protein secretion, however, these methods are typically based on fluorescent probes which disrupt the relevant signaling pathways. To overcome this limitation, a label-free technique is required.
In this paper, we describe the fabrication and application of a label-free localized surface plasmon resonance imaging (LSPRi) technology capable of detecting protein secretions from a single cell. The plasmonic nanostructures are lithographically patterned onto a standard glass coverslip and can be excited using visible light on commercially available light microscopes. Only a small fraction of the coverslip is covered by the nanostructures and hence this technique is well suited for combining common techniques such as fluorescence and bright-field imaging.
A multidisciplinary approach is used in this protocol which incorporates sensor nanofabrication and subsequent biofunctionalization, binding kinetics characterization of ligand and analyte, the integration of the chip and live cells, and the analysis of the measured signal. As a whole, this technology enables a general label-free approach towards mapping cellular secretions and correlating them with the responses of nearby cells.

Inter-cellular communication is critical for controlling various physiological activities within and outside the cell. This paper describes a protocol for measuring the spatio-temporal nature of single cell secretions. To achieve this, a multidisciplinary approach is used which integrates label-free nanoplasmonic sensing with live cell imaging.

単一細胞分泌物の時空間イメージング用ラベルフリー技術

Inter-cellular communication is an integral part of a complex system that helps in maintaining basic cellular activities. As a result, the malfunctioning ...

Preparation of Silicon Nanowire Field-effect Transistor for Chemical and Biosensing Applications

Surveillance using biomarkers is critical for the early detection, rapid intervention, and reduction in the incidence of diseases. In this study, we describe the preparation of polycrystalline silicon nanowire field-effect transistors (pSNWFETs) that serve as biosensing devices for biomarker detection. A protocol for chemical and biomolecular sensing by using pSNWFETs is presented. The pSNWFET device was demonstrated to be a promising transducer for real-time, label-free, and ultra-high-sensitivity biosensing applications. The source/drain channel conductivity of a pSNWFET is sensitive to changes in the environment around its silicon nanowire (SNW) surface. Thus, by immobilizing probes on the SNW surface, the pSNWFET can be used to detect various biotargets ranging from small molecules (dopamine) to macromolecules (DNA and proteins). Immobilizing a bioprobe on the SNW surface, which is a multistep procedure, is vital for determining the specificity of the biosensor. It is essential that every step of the immobilization procedure is correctly performed. We verified surface modifications by directly observing the shift in the electric properties of the pSNWFET following each modification step. Additionally, X-ray photoelectron spectroscopy was used to examine the surface composition following each modification. Finally, we demonstrated DNA sensing on the pSNWFET. This protocol provides step-by-step procedures for verifying bioprobe immobilization and subsequent DNA biosensing application.

We describe key steps for biosensing by using polysilicon nanowire field-effect transistors, including the preparation of the device and the immobilization and confirmation of a DNA molecular probe on the nanowire surface, as well as conditions for DNA sensing.

化学とバイオセンシングアプリケーション用のシリコンナノワイヤ電界効果トランジスタの作製

Surveillance using biomarkers is critical for the early detection, rapid intervention, and reduction in the incidence of diseases. In this study, we ...

Engineering Molecular Recognition with Bio-mimetic Polymers on Single Walled Carbon Nanotubes

Semiconducting single-wall carbon nanotubes (SWNTs) are a class of optically active nanomaterial that fluoresce in the near infrared, coinciding with the optical window where biological samples are most transparent. Here, we outline techniques to adsorb amphiphilic polymers and polynucleic acids onto the surface of SWNTs to engineer their corona phases and create novel molecular sensors for small molecules and proteins. These functionalized SWNT sensors are both biocompatible and stable. Polymers are adsorbed onto the nanotube surface either by direct sonication of SWNTs and polymer or by suspending SWNTs using a surfactant followed by dialysis with polymer. The fluorescence emission, stability, and response of these sensors to target analytes are confirmed using absorbance and near-infrared fluorescence spectroscopy. Furthermore, we demonstrate surface immobilization of the sensors onto glass slides to enable single-molecule fluorescence microscopy to characterize polymer adsorption and analyte binding kinetics.

We present a protocol for engineering the corona phase of near infrared fluorescent single walled carbon nanotubes (SWNTs) using amphiphilic polymers and DNA to develop sensors for molecular targets without known recognition elements.

単層カーボンナノチューブ上のバイオミメティックポリマーとエンジニアリング分子認識

Semiconducting single-wall carbon nanotubes (SWNTs) are a class of optically active nanomaterial that fluoresce in the near infrared, coinciding with the ...

Dissection, MicroCT Scanning and Morphometric Analyses of the Baculum

Modern morphometrics provides powerful methods to quantify size and shape variation. A basic requirement is a list of coordinates that define landmarks; however such coordinates must represent homologous structures across specimens. While many biological objects consist of easily identified landmarks to satisfy the assumption of homology, many lack such structures. One potential solution is to mathematically place semi-landmarks on an object that represent the same morphological region across specimens. Here, we illustrate a recently developed pipeline to mathematically define semi-landmarks from the mouse baculum (penis bone). Our methods should be applicable to a wide range of objects.

Many biological structures lack easily definable landmarks, making it difficult to apply modern morphometric methods. Here we illustrate methods to study the mouse baculum (a bone in the penis), including dissection and microCT scanning, followed by computational methods to define semi-landmarks that are used to quantify size and shape variation.

陰茎骨の解剖、マイクロCTスキャンおよび形態計測分析

Modern morphometrics provides powerful methods to quantify size and shape variation. A basic requirement is a list of coordinates that define landmarks; ...

Preparation, Purification, and Use of Fatty Acid-containing Liposomes

Liposomes containing single-chain amphiphiles, particularly fatty acids, exhibit distinct properties compared to those containing diacylphospholipids due to the unique chemical properties of these amphiphiles. In particular, fatty acid liposomes enhance dynamic character, due to the relatively high solubility of single-chain amphiphiles. Similarly, liposomes containing free fatty acids are more sensitive to salt and divalent cations, due to the strong interactions between the carboxylic acid head groups and metal ions. Here we illustrate techniques for preparation, purification, and use of liposomes comprised in part or whole of single chain amphiphiles (e.g., oleic acids).

Liposomes containing single-chain amphiphiles, particularly fatty acids, exhibit distinct properties compared to those containing diacylphospholipids due to the unique chemical properties of single chain amphiphiles. Here we describe techniques for the preparation, purification, and use of liposomes comprised in part or whole of these amphiphiles.

準備、精製、および脂肪酸含有リポソームを用いる

Liposomes containing single-chain amphiphiles, particularly fatty acids, exhibit distinct properties compared to those containing diacylphospholipids due ...

Uptake of New Lipid-coated Nanoparticles Containing Falcarindiol by Human Mesenchymal Stem Cells

Nanoparticles are the focus of an increased interest in drug delivery systems for cancer therapy. Lipid-coated nanoparticles are inspired in structure and size by low-density lipoproteins (LDLs) because cancer cells have an increased need for cholesterol to proliferate, and this has been exploited as a mechanism for delivering anticancer drugs to cancer cells. Moreover, depending on drug chemistry, encapsulating the drug can be advantageous to avoid degradation of the drug during circulation in vivo. Therefore, in this&#160;study, this design is used to fabricate lipid-coated nanoparticles of the anticancer drug falcarindiol, providing a potential new delivery system of falcarindiol in order to stabilize its chemical structure against degradation and improve its uptake by tumors. Falcarindiol nanoparticles, with a phospholipid and cholesterol monolayer encapsulating the purified drug core of the particle, were designed. The lipid monolayer coating consists of 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DSPC), cholesterol (Chol), and 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[methoxy(polyethylene glycol)-2000] (DSPE PEG 2000) along with the fluorescent label DiI (molar ratios of 43:50:5:2). The nanoparticles are fabricated using the rapid injection method, which is a fast and simple technique to precipitate nanoparticles by good-solvent for anti-solvent exchange. It consists of a rapid injection of an ethanol solution containing the nanoparticle components into an aqueous phase. The size of the fluorescent nanoparticles is measured using dynamic light scattering (DLS) at 74.1 &#177; 6.7 nm. The uptake of the nanoparticles is tested in human mesenchymal stem cells (hMSCs) and imaged using fluorescence and confocal microscopy. The uptake of the nanoparticles is observed in hMSCs, suggesting the potential for such a stable drug delivery system for falcarindiol.

This article describes the encapsulation of falcarindiol in lipid-coated 74 nm nanoparticles. The cellular uptake of the nanoparticles&#160;by human stem cells into lipid droplets is monitored by fluorescent and confocal imaging. Nanoparticles are fabricated by the rapid injection method of solvent shifting, and their size is measured with the dynamic light scattering technique.

ヒト間葉系幹細胞によって Falcarindiol を含む新しい脂質被覆ナノ粒子の取り込み

Nanoparticles are the focus of an increased interest in drug delivery systems for cancer therapy. Lipid-coated nanoparticles are inspired in structure and ...

Evaluation of Photosynthetic Behaviors by Simultaneous Measurements of Leaf Reflectance and Chlorophyll Fluorescence Analyses

Chlorophyll a fluorescence analysis is widely used to measure photosynthetic behaviors in intact plants, and has resulted in the development of many parameters that efficiently measure photosynthesis. Leaf reflectance analysis provides several vegetation indices in ecology and agriculture, including the photochemical reflectance index (PRI), which can be used as an indicator of thermal energy dissipation during photosynthesis because it correlates with non-photochemical quenching (NPQ). However, since NPQ is a composite parameter, its validation is required to understand the nature of the PRI parameter. To obtain physiological evidence for evaluation of the PRI parameter, we simultaneously measured chlorophyll fluorescence and leaf reflectance in xanthophyll cycle defective mutant (npq1) and wild-type Arabidopsis plants. Additionally, the qZ parameter, which likely reflects the xanthophyll cycle, was extracted from the results of chlorophyll fluorescence analysis by monitoring relaxation kinetics of NPQ after switching the light off. These simultaneous measurements were carried out using a pulse-amplitude modulation (PAM) chlorophyll fluorometer and a spectral radiometer. The fiber probes from both instruments were positioned close to each other to detect signals from the same leaf position. An external light source was used to activate photosynthesis, and the measuring lights and saturated light were provided from the PAM instrument. This experimental system enabled us to monitor light-dependent PRI in the intact plant and revealed that light-dependent changes in PRI differ significantly between the wild type and npq1 mutant. Furthermore, PRI was strongly correlated with qZ, meaning that qZ reflects the xanthophyll cycle. Together, these measurements demonstrated that simultaneous measurement of leaf reflectance and chlorophyll fluorescence is a valid approach for parameter evaluation.

We describe a new technical approach to study photosynthetic responses in higher plants involving simultaneous measurements of chlorophyll a fluorescence and leaf reflectance using a PAM and a spectral radiometer for the detection of signals from the same leaf area in Arabidopsis.

葉反射率とクロロフィル蛍光解析の同時測定による光合成挙動の評価

Chlorophyll a fluorescence analysis is widely used to measure photosynthetic behaviors in intact plants, and has resulted in the development of many ...

アプリジア 単一ニューロンの電気生理学的・分子的解析のための神経節の準備

アプリジア単一ニューロンの電気生理学的・分子的解析のための神経節の準備