The authors would also like to thank all participants who donated samples for this work. This work was funded by the Office of Justice Program, National Institute of Justice, Department of Justice under award number 2010-DN-BX-K139. The funding agencies had no involvement in the study design, in collection, analysis and interpretation of data, or in the writing of the report. Points of view in this document are those of the authors and do not necessarily represent the official positions of the U.S. Department of Justice.

注：体液は、セントラルフロリダの施設内倫理委員会の大学によって承認された手順を使用して、ボランティアから採取した。インフォ書面による同意は各ドナーから得た。 触れオブジェクトと表面からの生体粒子の1コレクション<ol><li>所望の大きさに、ゲルフィルムをカットします。それが固体支持体として使用されているガラス顕微鏡スライドに適したサイズであることを確認してください。例えば、3 &quot;×1&quot;スライドガラスのため、2 &quot;×0.75&quot;のゲルフィルムのサイズを使用する。 注：材料の長さと幅は、必要に応じて、減少させることができるが、この大きさを超えるべきではない。 </li><li>ゲル状フィルムから白い裏紙を外し、顕微鏡スライド（ 図1A）に、ゲルフィルムを添付します。完全な添付ファイルを確実にするために、しっかりと下に押します。 注：圧力がゲル-FILの部分に沿って適用されるように除去されるべきではないクリアトップ保護層がありますゲルフィルムの表面を汚染することなくメートル。必要になるまで（添付保護層）準備ゲルフィルムスライドは、室温で保存することができる。 </li><li>ゲル状フィルムサンプル使用する準備ができて、滅菌ピンセットを用いてゲルフィルムから明らかな上部保護フィルム（ 図1B）を取り外します。希望触れた物体または表面（ 図2）に直接接触したゲル膜表面に配置します。ゲルフィルムへの生体粒子の効率的な転送を確保するために少量の圧力を適用する。 注：過剰な圧力が印加されると、スライドガラスが破損する可能性がある。 注：同じ物体または表面からの複数のサンプリングは、ゲルフィルムの同じ部分に集めることができる。 </li><li>実体顕微鏡スライドを配置することにより（ 図3）、ゲルフィルム上にバイオ粒子の移動を確認する（トランス-または落射照明を使用することができる）。ゲル·フィルム、および最高のviのための〜200Xの倍率の大きな領域を表示する最善のために〜20Xの倍率を使用してくださいユーイング個々のバイオ粒子。 </li><li>カバーされたスライドボックス内の室温でのゲルフィルム試料スライドを保存したり、染色および/またはバイオ粒子捕集のためにすぐに使用しています。 </li></ol>可視化を支援するために生体粒子の2.オプション染色<ol><li>シンクオーバースライド染色ラックにステップ1で調製したゲルフィルム試料スライドを置きます。 </li><li>使い捨てトランスファーピペットを用いて、トリパンブルー染色（ 図4A）全体ゲルフィルム表面を覆う。 1~2分間室温でインキュベート。 </li><li>汚れがシンク（ 図4B）に切ることができるようにスライドを傾けて余分な汚れを除去します。 注：（ 図4C）必要に応じてスライドは使い捨て転送ピペットを用いて滅菌水で穏やかな洪水によって洗い流すことができる。 </li><li>バイオ粒子の分離に進む前に、空気乾燥にスライドを許可します。 Vへの全体的な表示や〜200-300X用実体顕微鏡（〜20Xを使用してスライドを表示IEW個々の生体粒子）が適切な染色（ 図4D-E）を確保する。 注：スライドは、カバーされたスライドボックス中、室温で保存することができる。 </li></ol>分析の対象となる生体粒子の3.絶縁<ol><li>ラック内の0.2ミリリットルのPCRチューブの適切な数を配置し、適切にチューブにラベルを付ける。 </li><li>指定されたPCR増幅フードや安全キャビネット内（ 材料リストを参照）STR増幅ミックスを調製する。ウェルと簡単にミニ遠心機で遠心渦マスターミックス。 <ol><li>サンプルごとに必要な増幅混合物の量は3.5μLです。サンプルの所望の数のためのマスターミックスの適切なボリュームを準備。 </li></ol></li><li>ピペットで各0.2ミリリットルチューブに増幅混合物の3.5μL。ゆるく各チューブにキャップ。 </li><li>きれいなガラス顕微鏡スライド上に直接ガラスブロックの上に二重スティックテープ片を置きます。 注：これは、保持するために使用されるサンプル収集中に所定の位置に0.2ミリリットルチューブ。 </li><li>きれいなガラス顕微鏡スライド上に二重スティックテープ片を置きます。ダブルスティックテープの上に水溶性の波のはんだテープ片を置きます。 注：このスライドは、将来の使用のためにデシケーター内に保存することができる。 </li><li>ステップ3.4で作成ダブルスティックテープスライドまたはブロックの上に最初の0.2ミリリットルチューブを置きます。サンプルが収集されるまではさておき、このチューブを設定します。 </li><li>顕微鏡（低倍率）の下で水溶性の波のはんだテープスライドを置きます。タングステン針の先端を用いて、穏やかに針（ 図5A）の最後に少量の接着剤（または「ボール」）を収集するために、テープの表面をこすり。 注：ボールのサイズが収集される生体粒子の数に応じて小さくまたは大きくすることができる。 </li><li>慎重に針の先端を乱すことなく、顕微鏡の下から接着剤を用いてタングステン針を取り除く。針缶サンプル配置中に必要に応じて、ラック内の場所である。 </li><li>顕微鏡ステージ上（ステップ1と2）から調製したゲルフィルムのサンプルを置きます。生体粒子を簡単に見ることができるようになるまでフォーカスと倍率を調整します。収集することができるバイオ粒子を識別します。 注：ガラスブロックは、必要に応じてスライドをサポートするために使用することができる。 </li><li>接着剤ボールとタングステン針を取得し、関心のバイオ粒子が配置されているゲル状フィルム表面に針を置く。それは、バイオ粒子（ 図5B）と接触するように下方に（接着剤を用いて）、針の先端を押してください。バイオ粒子が収集されたことを確認するために針を持ち上げます。バイオ粒子の所望の数が収集されるまで、このプロセスを繰り返します。 </li><li>顕微鏡ステージ上の準備0.2ミリリットルのPCRチューブを置きます。増幅混合物を含むチューブの底部が焦点になるように倍率を調整する。 </li><li>慎重にタングステンneedlを挿入針の先端まで、0.2ミリリットルのPCRチューブにeは増幅混合物である。 注：顕微鏡を通して見ながらこれが最高の行われている。 </li><li>接着剤が溶解し、生体粒子を溶液（ 図5C）中に放出されるまで、増幅混合物中に針を保持する。 、針を外し直立0.2ミリリットルを配置し、緩くチューブにキャップ。 </li><li>追加のサンプルの収集手順を繰り返します。サンプル間でワイプウェットタイプのアルコール（イソプロパノール）とタングステン針を清掃してください。 </li></ol> 4.複合バナリスト核酸単離（直接溶解）と常染色体ショートタンデムリピート（STR）プロファイリング<ol><li>指定されたPCR増幅フードや安全キャビネット内（ 材料を参照） を溶解バッファーを準備します。 5μlの全反応容量のために各チューブに溶解緩衝液1.5μLを加える。しっかりと閉じるチューブの蓋。 注：0.2 mlチューブは、すでにの3.5μLが含まれているステップ3からの増幅ミックスと回収バイオ粒子。 </li><li>場所サンプルをサーマルサイクラー中で、以下のサイクリング条件を用いて、試料の増幅：15分間75℃。 11分間95℃; 3分間20秒、59℃94℃の34サイクル; 10分間60℃; 4℃保持。 <ol><li>短期保存のために4℃で保存した増幅産物。 </li></ol></li></ol> 5.製品の検出 - キャピラリー電気泳動（CE） <ol><li> （9.7μlの脱イオン化ホルムアミドと0.3μlのサイズ標準、 マテリアルを参照）を96ウェルプレートに、CE実行しているミックスの10μlを添加する。各ウェルに増幅産物または対立遺伝子ラダーの1を添加する。 注意：ホルムアミドは、潜在的な変異原で、適切な個人用保護具を装着したまま化学​​フード内で処理する必要があります。 </li><li>増幅キットのマニュアルまたはinternallに製造業者によって指定された電気泳動条件を使用してくださいyが条件を検証しました。 </li><li> STR解析ソフトウェアとの生データを分析します。 </li></ol>

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The authors declare that they have no competing financial interests.

ここでは、コレクションとタッチのDNA証拠から回収された生体粒子の強化された遺伝子分析のための方法を記載している。開発されたアプローチは、以下を含む：触れたオブジェクトおよび表面、着用衣料品または直接、ヒトの皮膚、回収された生物学的材料の2）顕微鏡検査から、ゲル膜を介して生物学的物質（ すなわち、生体粒子）の1）コレクションの可能性のコレクションを確保する人間の生体物質、及び水溶性接着剤を使用して、単一または少数の生体粒子の3）マイクロマニピュレーション、および微量（5μl）をワンステップ溶解/増幅反応を使用して収集生体粒子の4）常染色体DNA-STRプロファイリング。ワンステップ閉管反応の使用は、追加のサンプル操作または他の反応管への転送による汚染及びサンプルの損失の可能性を低減する。強化されたワンステップ微量（5μl）を溶解/ STR増幅反応は、完全またはprobativの回復を可能にするE STR単一または少数の生体粒子のドナーのプロファイル。このアプローチは、シングルおよびマルチソースタッチのDNAの証拠（ 例えば、着用衣料品やその他の家庭用品、触れる/取り扱うオブジェクトおよび表面、皮膚/皮膚の混合物）から単一のソースSTRプロファイルを得るために開発されました。これは、正常にシミュレートされた身体的暴行の混合試料中の男性のドナーの検出のために使用されている。 このアプローチは、さらに、加害者からわずか数生体粒子が被害者からの生物学的材料の圧倒的な量の中で存在するであろうに、彼/彼女の加害者を悩ま犠牲者、のような追加の体液/組織混合シナリオで評価することができる。現在の研究で開発されたこのアプローチは、単一の生体粒子レベルでの分析を可能にするので、さらに、それが仲介surfa上のDNAプロファイルを転送する二次転写14-19の性質および程度のより良い理解を得るために使用することができる別の表面オブジェクトまたは人から20 CE、オブジェクトまたは人。二次転写の分析ブラインドスワブのアプローチは、二ドナーから物質の微量を識別するために失敗することがある。ここで開発されたアプローチは、単一または少数の生体粒子の分析を可能にし、従って、結果は主要ドナーからの生物学的材料の圧倒的な量の存在により混乱されない。本研究で開発した方法論はまた、加害者から皮膚細胞の微量陽性同定は、その性的接触を確立することが重要である可能性が膣のデジタル浸透を伴うものとして性的暴行事件の痕跡生物学的物質の分析に影響を与える可能性があり発生しました。 ゲル状フィルム試料から生体粒子の収集が困難で複雑な操作を必要としない一方で、SUを確保するために細心の注意を払って実行する必要がこの手順の重要なステップがあります下流の反応容器への生体粒子のccessful移転。水溶性の接着剤を用いて生体粒子の集まりがあり、使用される接着剤「ボール」のサイズに応じて。 すなわち、高倍率（〜200-300X）での実体顕微鏡は、関心のある唯一の生体粒子が収集されることを保証するために（顕微鏡的に表示する必要があります両方の生物学的および非生物学的材料（ 例えば、繊維、その他の破片）を含むことができる付加的な周囲の材料を収集する可能性がある。意図しない追加の生体粒子の集合体は、混合DNAプロファイルの回復をもたらし得る。非生物学的物質の収集を複数の生体粒子は、同じ接着剤「ボール」で収集している場合は、接着剤の付着していないになる以前に収集された生体粒子の可能性がある。マイクロボリューム溶解/ STR反応に阻害剤を導入することができる。これは、頻繁に観察されないが、発生することができbioparticl数が多いときES収集されます（ 例えば、50以上）は、単一の接着剤「ボール」と。生体粒子の多数の標的とされる場合は、より少ない生体粒子の複数のコレクションが行われていることをお勧めしますが、すべて同じ0.2ミリリットルチューブに移す。生体粒子が収集されたら、針の先端が乱されないように、注意が顕微鏡ステージからゲルフィルムスライドを除去し、0.2 mlのチューブの配置中に注意しなければならない。 0.2ミリリットルチューブの底の増幅混合物への針先端の配置中に、針の先端は、チューブの両側の材料の損失を回避するために、チューブの側面に接触してはならない。接着剤の可溶化は、典型的には、急速な（〜30秒以下である接着剤の大きさに応じて、「ボール」）で、顕微鏡検査中に監視することができ、針の先端をゆっくりとその完了を確実にするために増幅混合物から除去されるべきであるが可溶化接着剤の達成された。接着剤が完全に溶解していない場合、針が完全に溶解を可能にするために液体に戻すことができる。 ここで説明するプロトコルは、法医学、生物学的証拠から生体粒子およびヒト細胞での使用に最適化されてきた。選択した溶解バッファーは、選択されたDNA-STR増幅キットと互換性があります。適切な代替溶解緩衝液が存在し得るが、下流の分析と細胞溶解との相溶性の観点から、その効率は、ユーザによって確認されなければならない。さらに、このプロトコルに記載STR増幅キットと増幅サイクル数は、単一または少数の生体粒子の使用に最適化されている。報告された増加したロバスト性及び感度の次世代STR増幅キットは、選択された単一または少数の生体粒子から高品質のSTRプロファイルの回復をもたらすことが実証されている。一方、様々な推奨されるamplifiと、他の多くのSTRキット、カチオンサイクル数は、それらが適切な感度を有していてもよく、従って、適切にこれらのプロトコルで使用する前に評価される必要がある、利用可能である。 単一または少数の生体粒子から回収STRプロファイルのために記載された方法の使用の成功にもかかわらず、プロファイルの回復の成功率は100％ではないであろう。したがって、いくつかのサンプルについて制限された部分的なDNAプロファイルまたはプロファイルなしに観察することができる。これは決定的に視覚的に細胞物質を回収生体粒子又は反応容器に移す前に、接着剤からの試料材料の喪失、核物質の潜在的な劣化状態のように、ほとんどの生体粒子を識別することができないことを回避することはできない。そのため、各タッチのDNA項目のための単一の生体粒子の試料の分析が推奨されていません。我々は、しばしば、個々のゲルフィルムサンプルから20サンプルセットを収集し、適切なSTRプロファイルが得られない場合は、必要に応じて追加のサンプルセットを収集する。 T微量反応は、単一の標準的な反応容積と同様またはより低いコストのために追加のサンプルを収集する機会を提供するが、彼のコレクションのための唯一の制限は、（ゲルフィルム試料（および可能性分析のコストに生物学的物質の存在量である例えば、25μL）。 プロファイリング方法がここに記述し開発したDNAは、タッチDNAサンプルから回収された微量の生物学的材料の特性評価、分析と解釈に、分子ベースのアプローチを提供する。しかし、生物学的物質のドナーのドナー（ すなわち、STRプロファイル）の決定に加えて、回収された生体粒子から得ることができ、追加の遺伝情報があります。起源の組織または体液源（ 例えば、唾液に対する皮膚）は、犯罪捜査に重要なコンテキスト情報を提供してもよい。このような決定がなければ、起源の組織源の曖昧さをexploすることができます（体液が付着されていてもよい方法、例えば、）犯罪の別の状況が示唆することができるようにited。マイクロボリュームの逆転写（RT）を含む組織源識別（mRNAのプロファイリング21-30）戦略で使用するためのここに記載の収集および分離プロトコルは生体粒子または他の細胞を収集するために使用することができる生体粒子（ 例えば、口腔、膣）、および増幅反応。さらなる最適化では、タッチDNA証拠から生体粒子を含む同じ試料からの細胞タイプの識別（RNA）およびSTRプロファイリングを可能にするDNA / RNA共分離戦略を開発することが可能である。

タッチDNAは細胞材料の直接転送であるトレースの生物学的証拠の一形態である物理的な接触1中にオブジェクトまたは別の個体間で（ 例えば、皮膚細胞を流す）。触れたオブジェクト（文書、寝具、靴、銃器、飲料容器、ペン、ブリーフケースハンドル）種々のDNAプロファイルを得る能力は、文献2-9に報告されている。 タッチのDNA証拠の分析における重要な要素は、トレース生物学的物質の存在成功した回復である。 DNAの証拠は、典型的には、無菌の綿棒で疑われる領域をスワブにより収集されるタッチし（「ブラインド拭き取り」と呼ぶ）。このアプローチを用いて、採取した生体材料の性質は知られておらず、一般的なエリアのサンプリングが行われる。表面溝や隙間の存在は、双方向の、多くの場合、すでに少量の正常な回復を妨げる可能性学的材料が存在。さらに、「ブラインド拭き取り」アプローチ意志細胞アイテム上に存在する、個人の細胞はアイテム上の空間的に異なる位置に配置されている場合でも、異なる個体から必ずしも共同サンプル細胞物質。しばしば低い鋳型DNA試料で特に解決するために挑戦している混合DNAプロファイルの回復は、しばしば8,10,11に観察され、多くの場合に拭き取りプロセス自体の結果的なアーティファクトになる。素材のわずかな量はドナーの1から存在していた場合は、標準的な抽出および分析技術はマイナー貢献者からプロファイルを回復するために失敗することがあります。また、綿棒のか、乾式または湿式使用されたかどうかのタイプは、（滅菌水で予め湿らせた）により、吸収性および吸着性及び生物学的物質12の放出の効率の違いに収集される生物学的材料の量に影響を与え得る。 Standard抽出方法は、サンプルまたはサンプル移送工程の必要な物理的な操作に起因する追加のサンプル損失を生じ得る。 上述したように、生物学的物質の回収のための簡単​​な拭き取り技術は、生物学的サンプルの微量の損失ならびに個々の生物学的成分を分離するための失敗による混合プロファイルの増加が発生する可能性があります。したがって、我々は触れオブジェクト上に存在する細胞の微粒子の集合体に対してより選択的かつ効率的な回収戦略を開発しようとした。タッチのDNAの証拠から生物学的物質の分析のために開発された戦略は、（これは皮膚の外側の表皮層で見つかった細胞の大部分は死んでいるか死んでいるので、核は常に表示されていないという事実に「生体粒子」とここでいう13をケラチノサイト）以下を含む：ゲルフィルムFR経由生物学的物質（ すなわち、生体粒子）の1）コレクションOM水溶性の接着剤を使用してオブジェクトおよび表面、着用衣料品や直接人間の皮膚、潜在的なヒトの生物学的材料の収集を確保するために回収された生物学的材料の2）顕微鏡検査、および単一または少数のバイオ粒子の3）マイクロマニピュレーションに触れて、微量（5μl）を一段階溶解/増幅反応を使用して収集されたバイオ粒子の4）常染色体DNA-STRプロファイリング。 この手順では、伝統的に使用される分析方法を上回る多くの利点を提供しています。ゲルフィルムを用いた生体粒子の回収は、分析前に、サンプル中の生物学的物質の存在の顕微鏡検査を可能にする。タッチDNA証拠から回収生体粒子の大部分は、それがより困難に分析前に、これらのサンプルの顕微鏡検査は、有核細胞を検索する機会を提供するか、どのように多くの生体粒子を選択すべきかを決定することの有核細胞ではないかもしれないがこうしてmaximizDNAプロファイルの回復の確率る。水溶性の接着剤アシストマイクロマニピュレーションを使用した生体粒子の集合体は、反応管にターゲット生体粒子の直接転送を可能にします。この手順は、生体物質の正常な移動を確保するために顕微鏡下で可視化される。サンプルあたりの分析のコストを削減しつつ、減少または微量反応は感度を高める。これは、証拠の個体からのサンプルの数の増加の分析を可能にする。起因するタッチのDNAの証拠でバイオ粒子の遺伝的状態の範囲に、個々の項目から複数のサンプリングを推奨します。 ここでは、開発されたプロトコルの使用の成功は、タッチDNA証拠に生物学的物質のドナーの高度に立証遺伝子プロファイルを得ることを実証する。プロファイリング法開発生体粒子の収集及びDNA（ すなわち、特定の、測定可能アッタ包括的な「スマート」を提供トレース生物学的材料の特性評価、分析と解釈に）、inable現実的かつタイムリーな分子ベースのアプローチ。もともとタッチDNA証拠の法医学的分析への応用のために開発されているが、ここで開発された戦略は、生物学的材料の他のソースに適用し、単一細胞レベルでの個別の識別情報を取得する機会を提供することができる。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="998">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:147px;">Company</td>
			<td style="width:139px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:320px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">SealRite 1.5 mL natural microcentrifuge tubes, sterile</td>
			<td style="width:147px;">USA Scientific</td>
			<td style="width:139px;">1615-5510</td>
			<td style="width:320px;">numerous altnerative suppliers are available, but tubes should be sterile</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">0.2 mL PCR tubes with flat cap, natural</td>
			<td style="width:147px;">Phenix Research</td>
			<td style="width:139px;">MPX-200F</td>
			<td style="width:320px;">or equivalent</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">Kimwipes</td>
			<td style="width:147px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">06-666 and/or 06-666-11C</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="44">
			<td height="44" style="height:44px;width:395px;">Alcohol prep pads</td>
			<td style="width:147px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">06-669-62</td>
			<td style="width:320px;">alternative is 06-665-24 (Fisher Sci); canister of larger alcohol wipes rather than individual pads</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Sterile water</td>
			<td style="width:147px;"></td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:320px;">18.2 mega-ohm, autoclaved</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Glass microscope slides, frosted, 3&#34; x 1&#34;: 1mm</td>
			<td style="width:147px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">12-544-3</td>
			<td style="width:320px;">alternative brands or sizes are acceptable</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Disposable transfer pipet</td>
			<td style="width:147px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:139px;">13-711-9D</td>
			<td style="width:320px;">alternatives are acceptable</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Trypan blue solution</td>
			<td style="width:147px;">Sigma</td>
			<td style="width:139px;">T8154</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Pipets: 0.2-2, 2-20, 10-100, 100-1,1000 mL</td>
			<td style="width:147px;">various</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Sterile, aerosol-resistant pipet tips</td>
			<td style="width:147px;">various</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Mini-centrifuge</td>
			<td style="width:147px;">various</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">Stereomicroscope</td>
			<td style="width:147px;">Leica</td>
			<td style="width:139px;">M205C</td>
			<td style="width:320px;">others are suitable, but must be capable of magifications up to 350X</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:395px;">GeneAmp PCR system 9700 thermal cycle (silver or gold block)</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">N8050200 or 4314878</td>
			<td style="width:320px;">other models and manufacturers can be used, but performance with the STR amplification kit must be verified</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">3130 Genetic Analyzer</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">3130-01</td>
			<td style="width:320px;">Alternatives: 310 or 3500 Genetic Aanlyzers (Life Technologies)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">GeneMapper software</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">various</td>
			<td style="width:320px;">Various versions of the software are available and can be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:395px;">WF Gel-Film , x8 retention level</td>
			<td style="width:147px;">Gel-Pak</td>
			<td style="width:139px;">WF-40-x8-A</td>
			<td style="width:320px;">4&#34; x 4&#34; wafer film; can be ordered in other size specifications</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Double sided tape</td>
			<td style="width:147px;">various</td>
			<td style="width:139px;"></td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:395px;">Glass block, 3&#34; x 1.5&#34; x 3/8&#34;</td>
			<td style="width:147px;">McCrone Microscopes and Accessories</td>
			<td style="width:139px;">370-2</td>
			<td style="width:320px;">or equivalent</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:395px;">Tungsten needle with holder</td>
			<td style="width:147px;">McCrone Microscopes and Accessories</td>
			<td style="width:139px;">106</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">3M&#160; water soluble wave solder tape, 5414 transparent</td>
			<td style="width:147px;">Allied Electronics</td>
			<td style="width:139px;">70113977</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="147">
			<td height="147" style="height:147px;width:395px;">Lysis buffer (forensicGEM Saliva, Zygem)</td>
			<td style="width:147px;">VWR</td>
			<td style="width:139px;">95043-992</td>
			<td style="width:320px;">Lysis buffer is prepared in 10 ml portions (prepare additional master mix portions as needed to accommodate the desired number of samples). 1.5 ml is used for each sample. To prepare 10 ml of lysis buffer (sufficient for ~6 samples): 6.9 mL sterile water, 2.1 mL 10x buffer - blue, 1 mL forensicGEM.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="210">
			<td height="210" style="height:210px;width:395px;">STR Amplification kit, AmpFlSTR Identifiler Plus PCR amplification kit</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">4427368</td>
			<td style="width:320px;">Alternative STR amplification kits can be used, but performance would have to be verified by user. The amplification mix is prepared as follows (volumes per sample): 2.2 ml PCR reaction mix, 1.1 ml Primer set, 0.2 ml (1U) AmpliTaq Gold DNA polymerase. A master mix sufficient for the desired number of samples should be prepared. 3.5 ml of the prepared mix is added to the 0.2 mL tube for bio-particle collection.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">AmpliTaq Gold DNA polymerase</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">N808-0245</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">HiDi formamide</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">4311320</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">GeneScan 500 LIZ size standard</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">4322682</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">96 well optical reaction plates</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">N8010560</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Plate septa, 96 well</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">4315933</td>
			<td style="width:320px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:395px;">Performance-optimized polymer, POP-7</td>
			<td style="width:147px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:139px;">4363785</td>
			<td style="width:320px;">Alternatives such as POP-4 are acceptable</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

enhanced genetic analysis of single human bioparticles recovered by simplified micromanipulation from forensic &#8216;touch dna&#8217; evidence

DNAプロファイルは、人間の生物学的材料の微視的な痕跡を含み、「タッチDNA」証拠から得ることができる。微量DNAの回収のための現在の方法は、関心領域をサンプリングするために綿棒または粘着テープを使用する。しかし、このような「ブラインド拭き取り」アプローチは共同サンプルます細胞物質を別の個体から、個人の細胞はアイテム上の地理的に異なる位置に配置されていたとしても。したがって、タッチDNA試料で遭遇DNA混合物の一部は、人工的にスワブ自体によって作成される。いくつかの例では、被害者のDNAは、このように潜在的な加害者のDNAをマスキングする有意な過剰に見ることができる。 標準の回収および分析の方法で課題を回避するために、我々は、タッチDNA証拠の増強遺伝子解析をもたらす低コスト、「スマート分析」方法を開発した。私たちは、最適化されたANを記述するタッチDNA試料中に存在するバイオ粒子の収集、ならびにバイオ粒子ドナーからのSTRプロファイルの回復を可能にするために、ワンステップ5μlの微量溶解/ STRの増幅を伴う強化増幅戦略のdの効率的な顕微回復戦略（複数可）。個人または少数（ すなわち、「塊」）の使用単一のソース·プロファイルを得る能力で生体粒子をもたらす。これらの手順は、法医学タッチのDNAの証拠から、単一の生体粒子の単離と解析のための代替強化技術を表し。すべての法医学調査において必要ではないが、この方法は、標準的な分析技術を用いて可能でないかもしれない物理的な攻撃（ 例えば、絞扼）を含む場合には、単一のソース·加害者のDNAプロフィールの回復のために非常に有益であり得る。また、ここで開発戦略がoの様々な単一細胞レベルでの遺伝情報を入手する機会を提供するTHER非法医学トレース生物学的材料。

男性のドナーが着用シャツの襟（ポリエステル100％）から回収された個人や凝集生体粒子の代表的な画像を図6（個々の生体粒子）および図7（凝集生体粒子）に示されている。生体粒子は、ここに記載したプロトコルを使用して、シャツの襟から回収した：トリパンブルー、タングステン針と水溶性接着剤を用いて生体粒子試料の採取と回収生体粒子の直接接触、染色を介してゲルフィルムのシャツの襟から生体粒子の移動5μlのマイクロボリューム溶解/ STR増幅を使用し、STR分析6及び図7は、個々のタッチDNA項目（20単一/個々の生体粒子20凝集した生体粒子）から分析される生体粒子の典型的なサンプリングを表す図 。各画像収集生体粒子（複数可）（ミクロン）の長さおよび幅の測定値で標識される。 PERC集めた生体粒子（群）の各々から回収STR対立遺伝子のentage証拠このタイプの生体粒子から得られることが期待される成功の様々な程度を示すために、各個々の画像上に設けられている。タッチDNAサンプルから回収された生体粒子は、主に死亡または瀕死のケラチノサイトであり、 図6および図7に見られるように、したがって立証STRプロファイルは、収集された各生体粒子から得られない。このシャツの襟のサンプルについて、STRプロファイルは、個々の生体粒子の14/20（70％）から入手し、15/20（75％）が生体粒子を凝集させた。しかし、回収された各プロファイルは、証明力の範囲である：個々の生体粒子プロファイルの百分の3から97までの対立遺伝子の回収と塊状生体粒子プロファイルの三から百パーセントの対立遺伝子の回復を。起因する成功率の変動に、各タッチのDNA項目から多数の生体粒子の収集が推奨されます。これは非常にprobatiを取得する良いチャンスを確実にSTRプロファイルをVEの。 シャツの襟から個々の生体粒子の試料の一つから得られたSTRプロファイルが図8に示されている（プロファイルが発信された生体粒子は、左側に示されている）。ほぼ完全なSTRプロファイル（30対立遺伝子のうち28、1つの遺伝子座が脱落し、基準プロファイルと比較することによって確認得られたプロファイルの精度）は、この個々の生体粒子を得た。得られたプロファイルは、合理的にバランスのとれた間座ピーク高さと高品質のものであり、全くの対立遺伝子が脱落しません。対立遺伝子が脱落すると、不平衡ピーク高アーチファクトが両方頻繁に低い鋳型DNA試料で観察される。シャツの襟から塊状生体粒子サンプルの一つから得られたSTRプロファイルが図9に示されている。完全なSTRプロファイル（30/30対立遺伝子、基準プロファイルと比較することによって確認得られたプロファイルの精度）を得た。前述のように、STRプロファイルがこれまでから回収されていないY生体粒子を収集。単一の生体粒子（3％の対立遺伝子の回復、1/30対立遺伝子）の不成功DNAプロファイリングの例を図10（個々の生体粒子）に示されている。この個々の生体粒子が成功しなかったが、このサンプル中の生体粒子のドナー性の高い証明力STRプロファイルは、同じサンプルから回収された他の生体粒子から得られた。これは、同じオブジェクトから複数の単セル/クランプサンプリングを実行する必要性を示している。 タッチのDNAの証拠のためにここで説明し開発された「スマート」の分析方法は、単一の証明力単一のソース·プロファイルを回復するために成功裏に使用されており、さまざまなからの「凝集」生体粒子は、オブジェクトや衣料品に触れた（ 例えば、椅子のアームレスト、車のステアリングホイール、携帯電話、コー​​ヒーカップ、タバコ、ペン、シャツ、ショートパンツ、そしてセーター）。しかし、重要なことに、このアプローチはまた、雄dは検出およびプロファイリングのために使用されているonorシミュレートされた物理的な接触/暴行混合試料中のDNA（シングルソース）（ 例えば、加害者、被害者の手首をつかんで、首や衣服、または性的暴行のように、被害者の寝具でお問い合わせください）。 <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig1.jpg" /> 図1：生体粒子収集のためのゲルフィルムスライドの準備。 （A）白色裏面保護カバーは、接着裏当てを露出させるために、ゲルフィルムの一片から、滅菌ピンセットを用いて除去される。ゲルフィルムはその後しっかり圧力でガラス顕微鏡スライドに接着されている。（B）ゲルフィルム試料は、生体粒子の収集に使用する準備ができたら、上部透明な保護膜は、滅菌ピンセットを用いて除去される。 <img alt="図2" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig2.jpg" /> 図2：ゲルを用いた生体粒子コレクション種々の基材から-film。ゲルフィルムスライドは、種々の表面から生体粒子を収集するために使用することができる。ゲルフィルムを対象または対象の表面と直接接触して配置される。穏やかな圧力はゲルフィルムの表面に生体粒子を転送するために適用される。 （A）着用衣料品（コートカラー）からの生体粒子の集合体、（B）はオブジェクト（走行コーヒーカップ）、及び（C）直接人間の皮膚（男性の手首）に触れたが示されている。 <img alt="図3" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig3.jpg" /> 図3：生体粒子（ズボンの脚の内側）着用衣類項目の生体粒子は、物体表面との直接接触を介してゲルフィルムに転写される。生体粒子は「塊」または（赤の矢印で示される）個人/シングル生体粒子として求めることができる。 <img<html> ALT =「図4「SRC = &quot;/ファイル/ ftp_upload / 52612 / 52612fig4.jpg&quot; /&gt; 図4：ゲルフィルムスライド上の生体粒子の任意染色生体粒子のより良い視覚化のために、ゲルフィルム試料をトリパンブルー染色で染色することができる。ゲルフィルムの全面を、トリパンブルー（A）で覆われている。染色の1~2分後、スライドを静かに過剰染色スライド（B）に逃げることができるように傾斜している。滅菌水（C）で穏やかにフラッディングが過剰染色を除去するために使用することができる。スライドを空気乾燥させた後、スライドは、適切な染色（D、E）を確保するために顕微鏡下で観察することができる。すべてではない生体粒子が染色された（色はすなわち、青）が表示されます：注意してください。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> OAD / 52612 / 52612fig5.jpg &quot;/&gt; 図5：生体粒子の収集と分析。 （A）（「接着剤」）は、水溶性ウェーブはんだテープの少量（または「ボール」）は、穏やかな掻爬によりタングステン針の先端に収集される。（B）の接着剤は、その後ゲル状に接触さ関心の生体粒子を収集するためにフィルム表面。個々のまたは複数の生体粒子は、単一の接着剤ボールを回収することができる。（C）は 、所望の生体粒子が収集されたら、針の先端0.2mlのPCRチューブ中で増幅混合物内に配置される。それが溶解するまでニードルを液体に保持され、溶液中への生体粒子の放出が観察される。収集プロセスのすべてのステップが成功した生体粒子の収集と伝達を確実にするために実施し、顕微鏡下で観察されている。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig5large.jpg" target="_blank">LARを見るにはこちらをクリックしてください</a>この図のGER版。 <img alt="図6" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig6.jpg" /> 図6：。シャツの襟試料中の個々の生体粒子生体粒子が男性ドナーが着用シャツの襟の内側から、ゲルフィルムを使用して回収した。生体粒子を、トリパンブルーを用いて染色した試料において同定さ20の異なる個々の生体粒子の画像が示されている。各画像において、収集された生体粒子を（;プロファイルは回収しなかった生体粒子を示す黒丸プロファイルが回収された生体粒子を示す赤い丸）丸で囲まれている。パーセント対立回復（可能な30のうち、観測された対立遺伝子の数）は、プロファイルが回収された元の生体粒子の画像の上に示されている。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig6large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a><img alt="図7" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig7.jpg" /> 図7：シャツの襟試料中の凝集生体粒子生体粒子が男性ドナーが着用シャツの襟の内側から、ゲルフィルムを使用して回収した。。生体粒子を、トリパンブルーを用いて染色した試料において同定さ20の異なる塊状の生体粒子の画像が示されている。 。プロファイルが可能30のうち％の対立遺伝子の回復（観察された対立遺伝子の数）を回収しなかった生体粒子を示す黒丸;各画像において、収集された生体粒子は、プロファイルが回収された生体粒子を示す（赤い丸丸れるプロフィールを回収し、そこから各生体粒子のために示されている。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig7large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> 図8：男性のシャツの襟からの単一の生体粒子から得常染色体STRプロファイル常染色体STRプロファイルは5μlの直接溶解/増幅反応を使用して（左に示す）は、単一の生体粒子から得られた。。このプロファイルの精度は、ドナー基準サンプルとの比較によって決定した。五常染色体STR遺伝子座およびアメロゲニン（性決定）は、単一の反応で共増幅およびキャピラリー電気泳動によって分離される。結果は、電気泳動図のようにここに表示されます。アレル数字は、各遺伝子座における各ピーク下の指定です。 x軸が表すフラグメントサイズ（塩基対、bp）を、y軸は信号強度を表す。（RFU相対蛍光単位;それぞれ対応する対立遺伝子の数の下で提供）を<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig8highres.jpg" target="_blank">の拡大版を表示するには、こちらをクリックしてください</a><html>この図。 <img alt="図9" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig9.jpg" /> 図9：男性のシャツの襟から塊状生体粒子から得られた常染色体STRプロファイル常染色体STRプロファイルは5μlの直接溶解/増幅反応を使用して（左に示す）凝集した生体粒子から得られた。。このプロファイルの精度は、ドナー基準サンプルとの比較によって決定した。五常染色体STR遺伝子座およびアメロゲニン（性決定）は、単一の反応で共増幅およびキャピラリー電気泳動によって分離される。結果は、電気泳動図のようにここに表示されます。アレル数字は、各遺伝子座における各ピーク下の指定です。 x軸が表すフラグメントサイズ（塩基対、bp）を、y軸は信号強度（;各対応する対立遺伝子の数に基づいて提供RFU相対蛍光単位）を表す。PG &quot;ターゲット=&quot; _空白 &quot;&gt;この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。 <img alt="図10" src="/files/ftp_upload/52612/52612fig10.jpg" /> 図10：収集された生体粒子から得られる常染色体STRプロファイルを得るための障害の例は、左側に示され、個々の生体粒子は、シャツの襟ゲルフィルム試料を採取した。 （右側に示す）を得られたSTRプロファイルから分かるように、（可能な30のうち）1つの対立遺伝子のみが得られた。アレル数字は、各遺伝子座における各ピーク下の指定です。 x軸は信号強度を表すフラグメントサイズ（塩基対、bp）を、y軸を表している。（RFU相対蛍光単位;それぞれ対応する対立遺伝子の数の下で提供）を<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52612/52612fig10highres.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a>

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Enhanced Genetic Analysis of Single Human Bioparticles Recovered by Simplified Micromanipulation from Forensic &amp;#8216;Touch DNA&amp;#8217; Evidence

ここでは、の回復を可能にするために、一緒にワンステップ5μlのマイクロボリューム溶解/ STR増幅を含む強化された増幅プロトコルで、サンプル「DNA触れる」を中に存在するバイオ粒子の収集のために最適化され、効率的な除去戦略を説明短いタンデムリピート（STR）バイオ粒子ドナー（単数または複数）のプロファイル。

法医学インチタッチDNA」の証拠から簡体マイクロマニピュレーションにより回収する単一のヒト生体粒子の強化された遺伝解析

DNA profiles can be obtained from &#8216;touch DNA&#8217; evidence, which comprises microscopic traces of human biological material. Current methods for ...

enhanced-genetic-analysis-single-human-bioparticles-recovered

Research

JoVE Journal

Biology

Enhanced Genetic Analysis of Single Human Bioparticles Recovered by Simplified Micromanipulation from Forensic &#8216;Touch DNA&#8217; Evidence

15.4K ビュー.  University of Central Florida. ここでは、の回復を可能にするために、一緒にワンステップ5μlのマイクロボリューム溶解/ STR増幅を含む強化された増幅プロトコルで、サンプル「DNA触れる」を中に存在するバイオ粒子の収集のために最適化され、効率的な除去戦略を説明短いタンデムリピート（STR）バイオ粒子ドナー（単数または複数）のプロファイル。 

ビデオ: Enhanced Genetic Analysis of Single Human Bioparticles Recovered by Simplified Micromanipulation from Forensic &#8216;Touch DNA&#8217; Evidence

Dissection of Hippocampal Dentate Gyrus from Adult Mouse

The hippocampus is one of the most widely studied areas in the brain because of its important functional role in memory processing and learning, its remarkable neuronal cell plasticity, and its involvement in epilepsy, neurodegenerative diseases, and psychiatric disorders. The hippocampus is composed of distinct regions; the dentate gyrus, which comprises mainly granule neurons, and Ammon's horn, which comprises mainly pyramidal neurons, and the two regions are connected by both anatomic and functional circuits. Many different mRNAs and proteins are selectively expressed in the dentate gyrus, and the dentate gyrus is a site of adult neurogenesis; that is, new neurons are continually generated in the adult dentate gyrus. To investigate mRNA and protein expression specific to the dentate gyrus, laser capture microdissection is often used. This method has some limitations, however, such as the need for special apparatuses and complicated handling procedures. In this video-recorded protocol, we demonstrate a dissection technique for removing the dentate gyrus from adult mouse under a stereomicroscope. Dentate gyrus samples prepared using this technique are suitable for any assay, including transcriptomic, proteomic, and cell biology analyses. We confirmed that the dissected tissue is dentate gyrus by conducting real-time PCR of dentate gyrus-specific genes, tryptophan 2,3-dioxygenase (TDO2) and desmoplakin (Dsp), and Ammon's horn enriched genes, Meis-related gene 1b (Mrg1b) and TYRO3 protein tyrosine kinase 3 (Tyro3). The mRNA expressions of TDO2 and Dsp in the dentate gyrus samples were detected at obviously higher levels, whereas Mrg1b and Tyro3 were lower levels, than those in the Ammon's horn samples. To demonstrate the advantage of this method, we performed DNA microarray analysis using samples of whole hippocampus and dentate gyrus. The mRNA expression of TDO2 and Dsp, which are expressed selectively in the dentate gyrus, in the whole hippocampus of alpha-CaMKII+/- mice, exhibited 0.037 and 0.10-fold changes compared to that of wild-type mice, respectively. In the isolated dentate gyrus, however, these expressions exhibited 0.011 and 0.021-fold changes compared to that of wild-type mice, demonstrating that gene expression changes in dentate gyrus can be detected with greater sensitivity. Taken together, this convenient and accurate dissection technique can be reliably used for studies focused on the dentate gyrus.

A dissection technique for removal of the dentate gyrus from adult mouse under a stereomicroscope was demonstrated in this video-recorded protocol.

成体マウスから海馬歯状回の解剖

The hippocampus is one of the most widely studied areas in the brain because of its important functional role in memory processing and learning, its ...

生物学

Direct Analysis of Single Cells by Mass Spectrometry at Atmospheric Pressure

Analysis of biochemicals in single cells is important for understanding cell metabolism, cell cycle, adaptation, disease states, etc. Even the same cell types exhibit heterogeneous biochemical makeup depending on their physiological conditions and interactions with the environment. Conventional methods of mass spectrometry (MS) used for the analysis of biomolecules in single cells rely on extensive sample preparation. Removing the cells from their natural environment and extensive sample processing could lead to changes in the cellular composition. Ambient ionization methods enable the analysis of samples in their native environment and without extensive sample preparation.1 The techniques based on the mid infrared (mid-IR) laser ablation of biological materials at 2.94 &mu;m wavelength utilize the sudden excitation of water that results in phase explosion.2 Ambient ionization techniques based on mid-IR laser radiation, such as laser ablation electrospray ionization (LAESI) and atmospheric pressure infrared matrix-assisted laser desorption ionization (AP IR-MALDI), have successfully demonstrated the ability to directly analyze water-rich tissues and biofluids at atmospheric pressure.3-11 In LAESI the mid-IR laser ablation plume that mostly consists of neutral particulate matter from the sample coalesces with highly charged electrospray droplets to produce ions. Recently, mid-IR ablation of single cells was performed by delivering the mid-IR radiation through an etched fiber. The plume generated from this ablation was postionized by an electrospray enabling the analysis of diverse metabolites in single cells by LAESI-MS.12 This article describes the detailed protocol for single cell analysis using LAESI-MS. The presented video demonstrates the analysis of a single epidermal cell from the skin of an Allium cepa bulb. The schematic of the system is shown in Figure 1. A representative example of single cell ablation and a LAESI mass spectrum from the cell are provided in Figure 2.

Single cell analysis is performed by mass spectrometry on plant and animal cells at atmospheric pressure by using a sharpened optical fiber to sample the cells for laser ablation electrospray ionization (LAESI) mass spectrometry.

大気圧質量分析法による単一細胞の直接分析

Analysis of biochemicals in single cells is important for understanding cell metabolism, cell cycle, adaptation, disease states, etc. Even the same cell ...

An Allele-specific Gene Expression Assay to Test the Functional Basis of Genetic Associations

The number of significant genetic associations with common complex traits is constantly increasing. However, most of these associations have not been understood at molecular level. One of the mechanisms mediating the effect of DNA variants on phenotypes is gene expression, which has been shown to be particularly relevant for complex traits1.
This method tests in a cellular context the effect of specific DNA sequences on gene expression. The principle is to measure the relative abundance of transcripts arising from the two alleles of a gene, analysing cells which carry one copy of the DNA sequences associated with disease (the risk variants)2,3. Therefore, the cells used for this method should meet two fundamental genotypic requirements: they have to be heterozygous both for DNA risk variants and for DNA markers, typically coding polymorphisms, which can distinguish transcripts based on their chromosomal origin (Figure 1). DNA risk variants and DNA markers do not need to have the same allele frequency but the phase (haplotypic) relationship of the genetic markers needs to be understood. It is also important to choose cell types which express the gene of interest. This protocol refers specifically to the procedure adopted to extract nucleic acids from fibroblasts but the method is equally applicable to other cells types including primary cells.
DNA and RNA are extracted from the selected cell lines and cDNA is generated. DNA and cDNA are analysed with a primer extension assay, designed to target the coding DNA markers4. The primer extension assay is carried out using the MassARRAY (Sequenom)5 platform according to the manufacturer's specifications. Primer extension products are then analysed by matrix-assisted laser desorption/ionization time of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF/MS). Because the selected markers are heterozygous they will generate two peaks on the MS profiles. The area of each peak is proportional to the transcript abundance and can be measured with a function of the MassARRAY Typer software to generate an allelic ratio (allele 1: allele 2) calculation. The allelic ratio obtained for cDNA is normalized using that measured from genomic DNA, where the allelic ratio is expected to be 1:1 to correct for technical artifacts. Markers with a normalised allelic ratio significantly different to 1 indicate that the amount of transcript generated from the two chromosomes in the same cell is different, suggesting that the DNA variants associated with the phenotype have an effect on gene expression. Experimental controls should be used to confirm the results.

Genetic associations often remain unexplained at a functional level. This method aims to assess the effect of phenotype-associated genetic markers on gene expression by analyzing cells heterozygous for transcribed SNPs. The technology allows accurate measurement by MALDI-TOF mass spectrometry to quantify allele-specific primer extension products.

遺伝的関連の機能的基準をテストするための対立遺伝子特異的遺伝子発現アッセイ

The number of significant genetic associations with common complex traits is constantly increasing. However, most of these associations have not been ...

Transduction of Human Cells with Polymer-complexed Ecotropic Lentivirus for Enhanced Biosafety

Stem and tumor cell biology studies often require viral transduction of human cells with known or suspected oncogenes, raising major safety issues for laboratory personnel. Pantropic lentiviruses, such as the commonly used VSV-G pseudotype, are a valuable tool for studying gene function because they can transduce many cell types, including non-dividing cells. However, researchers may wish to avoid production and centrifugation of pantropic viruses encoding oncogenes due to higher biosafety level handling requirements and safety issues. Several potent oncogenes, including c-Myc and SV40 large T antigen, are known to enhance production of induced pluripotent stem cells (iPSC). All other known iPSC-inducing genetic changes (OCT4, SOX2, KLF4, NANOG, LIN28, and p53 loss of function) also have links to cancer, making them of relatively high safety concern as well. 
While these cancer-related viruses are useful in studying cellular reprogramming and pluripotency, they must be used safely. To address these biosafety issues, we demonstrate a method for transduction of human cells with ecotropic lentivirus, with additional emphasis on reduced cost and convenient handling. We have produced ecotropic lentivirus with sufficiently high titer to transduce greater than 90% of receptor-expressing human cells exposed to the virus, validating the efficacy of this approach. 
Lentivirus is often concentrated by ultracentrifugation; however, this process takes several hours and can produce aerosols infectious to human biomedical researchers. As an alternative, viral particles can be more safely sedimented onto cells by complexation with chondroitin sulfate and polybrene (CS/PB). This technique increases the functional viral titer up to 3-fold in cells stably expressing murine retrovirus receptor, with negligible added time and cost. Transduction of human dermal fibroblasts (HDFs) is maximally enhanced using CS/PB concentrations approximately 4-fold lower than the optimal value previously reported for cancer cell lines, suggesting that polymer concentration should be titrated for the target cell type of interest. We therefore describe the use of methylthiazolyldiphenyl-tetrazolium bromide (MTT) to assay for polymer toxicity in a new cell type. We observe equivalent viability of HDFs after viral transduction using either polymer complexation or the standard dose of polybrene (PB, 6 &mu;g/ml), indicating minimal acute toxicity.
In this protocol, we describe the use of ecotropic lentivirus for overexpression of oncogenes in human cells, reducing biosafety risks and increasing the transduction rate. We also demonstrate the use of polymer complexation to enhance transduction while avoiding aerosol-forming centrifugation of viral particles.

Lentiviruses are a valuable research tool for exploring gene function; however, researchers may wish to avoid production of pantropic lentivirus encoding known or suspected oncogenes. As an alternative, we present a safer protocol for use of ecotropic lentivirus on human cells modified to express the ecotropic receptor mSlc7a1.

強化されたバイオセーフティのためのポリマー複合エコトロピックレンチウイルスによるヒト細胞のトランスダクション

Stem and tumor cell biology studies often require viral transduction of human cells with known or suspected oncogenes, raising major safety issues for ...

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

The nematode C. elegans has emerged as an important model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as it relates to human obesity and its associated pathologies. Several previous methodologies developed for the visualization of C. elegans triglyceride-rich fat stores have proven to be erroneous, highlighting cellular compartments other than lipid droplets. Other methods require specialized equipment, are time-consuming, or yield inconsistent results. We introduce a rapid, reproducible, fixative-based Nile red staining method for the accurate and rapid detection of neutral lipid droplets in C. elegans. A short fixation step in 40% isopropanol makes animals completely permeable to Nile red, which is then used to stain animals. Spectral properties of this lipophilic dye allow it to strongly and selectively fluoresce in the yellow-green spectrum only when in a lipid-rich environment, but not in more polar environments. Thus, lipid droplets can be visualized on a fluorescent microscope equipped with simple GFP imaging capability after only a brief Nile red staining step in isopropanol. The speed, affordability, and reproducibility of this protocol make it ideally suited for high throughput screens. We also demonstrate a paired method for the biochemical determination of triglycerides and phospholipids using gas chromatography mass-spectrometry. This more rigorous protocol should be used as confirmation of results obtained from the Nile red microscopic lipid determination. We anticipate that these techniques will become new standards in the field of C. elegans metabolic research.

Biochemical and High Throughput Microscopic Assessment of Fat Mass in Caenorhabditis Elegans

We present robust biochemical and microscopic methods for studying Caenorhabditis elegans lipid stores. A rapid, simple, fixing-staining procedure for fluorescent lipid droplet imaging leverages the spectral properties of the lipophilic dye Nile red. We then present biochemical measurement of triglycerides and phospholipids using solid phase extraction and gas chromatography-mass spectrometry.

内脂肪量の生化学的および高スループット微視的評価<em&gt;線虫（Caenorhabditis elegans）</em

The nematode C. elegans has emerged as an important  model for the study of conserved genetic pathways regulating fat metabolism as  it relates to human ...

Generation of Human Cardiomyocytes: A Differentiation Protocol from Feeder-free Human Induced Pluripotent Stem Cells

In order to investigate the events driving heart development and to determine the molecular mechanisms leading to myocardial diseases in humans, it is essential first to generate functional human cardiomyocytes (CMs). The use of these cells in drug discovery and toxicology studies would also be highly beneficial, allowing new pharmacological molecules for the treatment of cardiac disorders to be validated pre-clinically on cells of human origin. Of the possible sources of CMs, induced pluripotent stem (iPS) cells are among the most promising, as they can be derived directly from readily accessible patient tissue and possess an intrinsic capacity to give rise to all cell types of the body 1. Several methods have been proposed for differentiating iPS cells into CMs, ranging from the classical embryoid bodies (EBs) aggregation approach to chemically defined protocols 2,3. In this article we propose an EBs-based protocol and show how this method can be employed to efficiently generate functional CM-like cells from feeder-free iPS cells.

Pluripotent stem cells, either embryonic or induced pluripotent stem (iPS) cells, constitute a valuable source of human differentiated cells, including cardiomyocytes. Here, we will focus on cardiac induction of iPS cells, showing how to use them to obtain functional human cardiomyocytes through an embryoid bodies-based protocol.

ヒト心筋細胞の生成：フィーダーフリーヒト人工多能性幹細胞からの分化プロトコル

In order to investigate the events driving heart development and to determine the molecular mechanisms leading to myocardial diseases in humans, it is ...

Detecting Somatic Genetic Alterations in Tumor Specimens by Exon Capture and Massively Parallel Sequencing

Efforts to detect and investigate key oncogenic mutations have proven valuable to facilitate the appropriate treatment for cancer patients. The establishment of high-throughput, massively parallel "next-generation" sequencing has aided the discovery of many such mutations. To enhance the clinical and translational utility of this technology, platforms must be high-throughput, cost-effective, and compatible with formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissue samples that may yield small amounts of degraded or damaged DNA. Here, we describe the preparation of barcoded and multiplexed DNA libraries followed by hybridization-based capture of targeted exons for the detection of cancer-associated mutations in fresh frozen and FFPE tumors by massively parallel sequencing. This method enables the identification of sequence mutations, copy number alterations, and select structural rearrangements involving all targeted genes. Targeted exon sequencing offers the benefits of high throughput, low cost, and deep sequence coverage, thus conferring high sensitivity for detecting low frequency mutations.

We describe the preparation of barcoded DNA libraries and subsequent hybridization-based exon capture for detection of key cancer-associated mutations in clinical tumor specimens by massively parallel "next generation" sequencing. Targeted exon sequencing offers the benefits of high throughput, low cost, and deep sequence coverage, thus yielding high sensitivity for detecting low frequency mutations.

エクソンキャプチャと超並列配列決定することにより腫瘍標本における体細胞遺伝子変異を検出する

Efforts  to detect and investigate key oncogenic mutations have proven valuable to  facilitate the appropriate treatment for cancer patients. The ...

Alternative Cultures for Human Pluripotent Stem Cell Production, Maintenance, and Genetic Analysis

Human pluripotent stem cells (hPSCs) hold great promise for regenerative medicine and biopharmaceutical applications. Currently, optimal culture and efficient expansion of large amounts of clinical-grade hPSCs are critical issues in hPSC-based therapies. Conventionally, hPSCs are propagated as colonies on both feeder and feeder-free culture systems. However, these methods have several major limitations, including low cell yields and generation of heterogeneously differentiated cells. To improve current hPSC culture methods, we have recently developed a new method, which is based on non-colony type monolayer (NCM) culture of dissociated single cells. Here, we present detailed NCM protocols based on the Rho-associated kinase (ROCK) inhibitor Y-27632. We also provide new information regarding NCM culture with different small molecules such as Y-39983 (ROCK I inhibitor), phenylbenzodioxane (ROCK II inhibitor), and thiazovivin (a novel ROCK inhibitor). We further extend our basic protocol to cultivate hPSCs on defined extracellular proteins such as the laminin isoform 521 (LN-521) without the use of ROCK inhibitors. Moreover, based on NCM, we have demonstrated efficient transfection or transduction of plasmid DNAs, lentiviral particles, and oligonucleotide-based microRNAs into hPSCs in order to genetically modify these cells for molecular analyses and drug discovery. The NCM-based methods overcome the major shortcomings of colony-type culture, and thus may be suitable for producing large amounts of homogeneous hPSCs for future clinical therapies, stem cell research, and drug discovery.

Here, we present human pluripotent stem cell (hPSC) culture protocols, based on non-colony type monolayer (NCM) growth of dissociated single cells. This new method, utilizing Rho-associated kinase inhibitors or the laminin isoform 521 (LN-521), is suitable for producing large amounts of homogeneous hPSCs, genetic manipulation, and drug discovery.

ヒト多能性のための代替培養はセル生産、メンテナンス、および遺伝子解析幹

Human pluripotent stem cells (hPSCs) hold great promise for regenerative medicine and biopharmaceutical applications. Currently, optimal culture and ...

Fecal Glucocorticoid Analysis: Non-invasive Adrenal Monitoring in Equids

Adrenal activity can be assessed in the equine species by analysis of feces for corticosterone metabolites. During a potentially aversive situation, corticotrophin releasing hormone (CRH) is released from the hypothalamus in the brain. This stimulates the release of adrenocorticotrophic hormone (ACTH) from the pituitary gland, which in turn stimulates release of glucocorticoids from the adrenal gland. In horses the glucocorticoid corticosterone is responsible for several adaptations needed to support equine flight behaviour and subsequent removal from the aversive situation. Corticosterone metabolites can be detected in the feces of horses and assessment offers a non-invasive option to evaluate long term patterns of adrenal activity. Fecal assessment offers advantages over other techniques that monitor adrenal activity including blood plasma and saliva analysis. The non-invasive nature of the method avoids sampling stress which can confound results. It also allows the opportunity for repeated sampling over time and is ideal for studies in free ranging horses. This protocol describes the enzyme linked immunoassay (EIA) used to assess feces for corticosterone, in addition to the associated biochemical validation.

Adrenal activity can be assessed in the equine species by analysis of feces for corticosterone metabolites. The method offers a non-invasive option to assess long term patterns in both domestic and free ranging horses. This protocol describes the enzyme linked immunoassay involved and the associated biochemical validation.

糞便グルココルチコイド分析：ウマにおける非侵襲性副腎モニタリング

Adrenal activity can be assessed in the equine species by analysis of feces for corticosterone metabolites. During a potentially aversive situation, ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the invasion of non-indigenous species. However, an exact identification of field predator-prey interactions is difficult in many cases. These analyses are often based on a visual evaluation of gut content or the analysis of stable isotope ratios (&#948;15N and &#948;13C). Such methods require comprehensive knowledge about, respectively, morphologic diversity or isotopic signature from individual prey organisms, leading to obstacles in the exact identification of prey organisms. Visual gut content analyses especially underestimate soft bodied prey organisms, because maceration, ingestion and digestion of prey organisms make identification of specific species difficult. Hence, polymerase chain reaction (PCR) based strategies, for example the use of group-specific primer sets, provide a powerful tool for the investigation of food web interactions. Here, we describe detailed protocols to investigate the gut contents of macroinvertebrate consumers from the field using group-specific primer sets for nuclear ribosomal deoxyribonucleic acid (rDNA). DNA can be extracted either from whole specimens (in the case of small taxa) or out of gut contents of specimens collected in the field. Presence and functional efficiency of the DNA templates need to be confirmed directly from the tested individual using universal primer sets targeting the respective subunit of DNA. We also demonstrate that consumed prey can be determined further down to species level via PCR with unmodified group-specific primers combined with subsequent single strand conformation polymorphism (SSCP) analyses using polyacrylamide gels. Furthermore, we show that the use of different fluorescent dyes as labels enables parallel screening for DNA fragments of different prey groups from multiple gut content samples via automated fragment analysis.

Most common gut content analyses of macroinvertebrates are visual. Requiring intense knowledge about morphological diversity of prey organisms, they miss soft bodied prey and, due to strong comminution of prey, are nearly impossible for some organisms, including amphipods. We provide detailed, novel genetic approaches for macroinvertebrate prey identification in the diet of amphipods.

水生動物使用グループ固有の rDNA プライマーの遺伝的腸内容分析の研究プロトコル

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...