내 연구실에 근무하고 이러한 프로토콜의 발전에 공헌 한 많은 학부 학생을 감사하고 싶습니다. NAT는 Skidmore - 연합 네트워크 교부금을 지불 NSF 사전으로 설립 프로젝트에서 지원을 받았습니다.

해양 Elasmobranchs의 현장 하이브리드 화에 I. RNA 전체 산 1. 배아 고정 및 준비 <ol><li> 스케이트 배아는 발라드 7에 따라 조작 할 수 있습니다. 유전자 표현의 탐지를위한 최적의 단계는 관심의 조직에 따라 달라집니다. 스케이트 소화 기관에서 유전자 발현을 추적하려면, 단계 7월 27일에서 30일까지 최적입니다. </li><li> 난황 주머니에서 배아를 분리, PBS로 태아를 해부. </li><li> 4에 50 ML 원뿔 튜브 ° C 부드럽게 흔들와의 갓 만든 4 % paraformaldehyde (PFA)의 30 ML에 수정합니다. 24 시간 수정. </li><li> 두 번 실온에서 회전 15 분을 위해, PBT에서 배아를 씻으십시오. 현장 &#39;s의 RNA 전체 마운트에 대한 모든 솔루션 조리법은 (표 1)가 포함되어 있습니다. </li><li> 상온에서 PBT 락 : 메탄올의 25 % 시리즈 50 %와 75 % 메탄올에 세척하여 배아를 탈수. 세차의 기간은 태아의 무대에 따라 달라집니다. 사전-N의 경우eurulation이 배아를 개최, 메탄올 시리즈의 각 세척을 5 분이면 충분합니다. 단계 30 세 배아를 들어, 세차 30 분까지 지속될 수 있습니다. 태아가 충분히 침투 각 세척 적응하는 경우 확인하려면 손에 수직 튜브를 누르고 있습니다. 배아는 튜브의 바닥에 가라 앉을 경우, 당신은 다음 세척을위한 준비가되어 있습니다. 배아는 솔루션의 상단에 떠있는 경우, 솔루션을 변경하고 특정 탈수 단계를 반복합니다. </li><li> 부드럽게 흔들 10 분에 100 % 메탄올에 두 번 씻으십시오. </li><li> 100 % 메탄올로 일단 건조, 배아는 프로토콜하기 전에 최소 24 시간에 -20 ° C에서 보관해야합니다. 태아가 성공적으로 -20 ° C에서 저장하고 최대 1 년에 RNA 전체 마운트에 사용되었습니다. </li></ol> 2. RNA 프로브의 합성 <ol><li> 표현이 감지하려는 유전자의 선형 조각을 생성 할 수 있습니다. 이것은 PCR 증폭에 의해 중 수행하거나 유전자를 플라스미드를 linearizing 할 수 있습니다관심. PCR에 의해 증폭하기 위해 그의 구속력이 사이트 플랭크 유전자가 증폭 지역의 RNA 중합 효소의 결합 사이트를 삽입하고 유지 프리 머를 선택합니다. 이러한 PBS 또는 pGEM, M15 순방향 및 역방향 프리 머와 같은 일반적으로 사용되는 plasmids에 이상적입니다. 또는 유전자의 5 &#39;끝에 cleaves 효소와 QIAGEN miniprep의 DNA의 15 μl를 소화하여 플라스미드를 linearize. 젤 추출하고 적절한 QIAquick 키트를 사용하여 정화. </li><li> 해당 RNA의 효소를 (전사 반응을 표 2 참조)를 사용하여 템플릿으로 PCR 제품의 선형 플라스미드 또는 100 NG 8 μl를 사용하여 RNA 프로브를 고쳐 쓰다 역. </li><li> 37 번 2 시간에 역 전사 반응 ° C.를 품다 </li><li> 반응을 확인하려면 1 % 아가로 오스 / 태 젤의 전사 반응 1 μl를 실행합니다. 염료 그냥 젤로 실행 될 때까지 100 mVolts에 젤을 실행합니다. 한 눈에 잘 띄는 밴드가 표시됩니다. 선형 DNA 템플릿 조각은 높은 molecu의 희미한 표시 될 수 있습니다고맙다 무게. </li><li> 15 분에 37 ° C에서 전사 반응과 부화 RNAse 무료 DNAse I 1 μl를 추가합니다. </li><li> 침전물에, 적어도 60 분이나 야간에 -20 ° C에서 100 μl TE 산도 8, 10 μl 4 M LiCl, 300 μl 백퍼센트 EtOH과 품다를 추가합니다. </li><li> 14,000 rpm으로 4 ° C microfuge에서 10 분에 스핀. </li><li> 70% EtOH하고 건조한 공기 펠렛을 씻으십시오. </li><li> DH 2 O.의 20 μl에 Resuspend RNA 프로브 하이브 리다이 제이션 버퍼의 80 μl (하이브리드 버퍼가 70 ° C로 미리 예열해야합니다)를 추가합니다. 프로브는 -80에서 -20 ° C 이상에서 몇 달 동안 80 % 하이브 리다이 제이션 버퍼에 저장 될 수 있습니다 ° C. </li></ol> 3. 배아 사전 처리 및 하이브리드 <ol><li> -20 ° C.에서 100 %의 메탄올에 저장된 배아를 제거 젊은 배아의 단계 (3.2)로 진행합니다. 나중에 무대 배아 (무대 30분의 29 &lt;)는 배아의 몸에서 &#39;해제&#39;한 표피 층을 볼 수 있습니다. 들어 현미경에서 신중하게 diss프로브 침투를 극대화 할 수있는 표피 층을 요법. </li><li> 깨끗한 유리 섬광 병에 장소 배아. 위의 설명 역 메탄올 시리즈의 배아를 Rehydrate : (75 %, 50 %, 25 % 메탄올 : PBT) 상온에서 5-30 분마다 부드럽게 각각의 솔루션을 락 음악으로. 10 분 각 PBT의 두 세차, 부드럽게 흔들를 갖춘 rehydration. </li><li> 상온에서 1 시간을위한 PBT의 6 % 과산화수소, 흔들과 아무런 안료, 표백제 배아를 제거하려면 다음과 같이하십시오. </li><li> , PBT에 세 번 세척하여 과산화수소를 제거 (객실 온도, 10 분마다에 흔들). </li><li> 하이브리드 동안 프로브의 침투 수 있도록 proteinase K와 배아를 취급합니다. proteinase K의 금액과 치료 기간은 검사 할 조직과 배의 나이에 따라 달라집니다. 깊은 조직 세 이상 배아는 높은 농도와 더 이상 치료 팀을 필요로하면서 더 많은 외면적인 조직 이하 배아는 짧고 적은 proteinase K를 필요로e는 완전히 프로브 하이브 리다이 제이션에 대한 배아를 permeabilize합니다. 예를 들어, 단계 29 스케이트 배아의 내장 endoderm에 쉬 감지, 30 μg / proteinase K / PBT의 ML은 실온에서 20 분에 incubated 수 있습니다. </li><li> 신속하게 proteinase K.을 멀리 씻어 PBT의 배아를 헹굼 </li><li> 4 % PFA, 20 분에 PBT에서 0.2 % 글 루타 알데히드가 부드럽게 흔들와 proteinase K, 접미사의 배아를 비활성화합니다. </li><li> PBT와 10 분에 두 번 씻으십시오. </li><li><ol class="lalpha"><li> 사전 하이브리드를 들어, 배아로 충당 할 충분한 사전 온수 하이브 리다이 제이션 용액로부터 2-3 ML를 추가합니다. 1 시간에 70 ° C에서 온수 물 욕조에 부드럽게 즐겨요. </li><li> ° C 10 분, 얼음의 시원한 70에 하이브리드 솔루션 예열 RNA 프로브를 준비합니다. 0.5-1.0 μg / ML의 최종 농도를 얻기 위해, 신선한 preheated 하이브리드 솔루션 2 ML에 RNA 프로브의 15-20 μl를 희석. 사전 hybe를 제거하고 배아에 희석 RNA 프로브를 추가 할 수 있습니다. 태아는 단지 솔루션이 적용되어야한다,DD 더 하이브 리다이 제이션 용액 필요한 경우. 섬광의 병을 단단히 안전 뚜껑. 70 ° C 야간에 온수 물을 욕조에 부드럽게 흔들 의해 잡종을 만들다. </li></ol></li></ol> 4. 하이브리드 세차 및 항체 하이브리드를 게시 <ol><li> 새로운 섬광 유리 병 또는 Eppendorf 튜브에 태아 및 장소에서 프로브와 함께 하이브 리다이 제이션 솔루션을 제거합니다. 프로브가 -20 ° C에 저장하고 나중에 재사용 할 수 있습니다. 포스트 하이브리드 세차를 들어, Netwe​​ll의 장소 배아는 6 잘 조직 배양 플레이트에 앉아 있어요. </li><li> 30 분 전 예열 솔루션의 각 # 1, 70에 흔들 ° C.에 대해 3 번 씻으십시오 </li><li> 30 분 전 예열 솔루션의 각 # 2, 70에서 흔들 ° C.에 대해 3 번 씻으십시오 </li><li> 실온에서 흔들 TBST에 5 분 각각에 대해 3 번 씻으십시오. </li><li> 실온에서 흔들 1 시간에 TBST에서 10 % 열 inactivated 양 혈청과 사전 블록. </li><li> Netwe​​ll에서 신선한 유리 섬광 유리 병에 배아를 전송합니다. 안티 파를 추가합니다1퍼센트 열 inactivated 양 혈청 / 태아에 TBST에 팹 조각 (1:5,000). 4 ° C.에서 하루 아침에 흔들 </li></ol> 5. 게시물 항체 하이브리드는 목욕 용품 <ol><li> 항체를 제거하고 폐기합니다. 세차에 다시 Netwe​​ll로 장소 배아. </li><li> 실온에서 흔들, TBST에서 5 분마다 3 번 씻으십시오 </li><li> 실온에서 흔들, 1 시간마다 적어도 6 번 씻으십시오. </li><li> 4 ° C.에 흔들, TBST에서 하루 아침에 씻어 게시물 항체 세차는 배경 착색을 줄이기 도움으로 세차의 수와 기간을 극대화하는 것이 바람직합니다. 태아도 정기적으로 주말, 4 ° C에서 TBST에 씻어 수 있습니다. </li></ol> 6. 프로브의 감지 <ol><li> 신선한 NTMT 솔루션을 확인하고 소독 필터링합니다. </li><li> 깨끗한 유리 섬광 병에 TBST 세척 솔루션과 장소 배아를 폐기하십시오. 객실 온도, 요동에서 10 분마다 신선한 NTMT에 태아에게 3 번 씻으십시오. </li><li> NTMT는 반응 믹스를 씻고 추가, 제거1 개 NBT / NTMT에 1 개 BCIP의. 이 반응물은 빛에 민감한에 따라, 실온에서 호일과 바위에 섬광 유리 병을 다룹니다. </li><li> 원하는 유전자 발현 명확하게 보일 때까지 색 반응 할 때마다 15 분을 모니터링합니다. 강력한 프로브 개발 최소 최대 10 분 정도 걸릴 수 있습니다. 약 프로브 1-2 시간이 걸릴 수 있습니다. 반응이 너무 길거나 배경 착색이 (전체 배아가 지루 자주색 또는 갈색의 색상을 설정하는 시작) 표시됩니다에 놓지 마십시오. </li><li> 객실 온도, 락의 PBT에서 10 분마다 2 번 씻으십시오. </li><li> 4 % paraformaldehyde에 접미사의 배아, 실온에서 1 시간에 0.1 % 글 루타 알데히드. 태아는 4 ° C.에 정착액에 무한정 저장 할 수 있습니다 </li><li> 해부 stereomicroscope으로 배아를 표시합니다. 사전 강화 1퍼센트 아가로 오스 / PBS와 요리에 사진, 장소​​ 배아의 밝은 파란색 배경을 생성합니다. </li></ol> 7. 해양 elasmobranchs의 현장 하이브리드 화에 I. RNA 전체 산에 대한 대표 검색 결과 소닉 고슴도치 (쉬)와 스케이트 배아의 Hoxa13의 현장의 묘사 표현의 RNA 전체 마운트는 그림 1에 표시됩니다. 높은 vertebrates에서 쉬의 표현은 notochord와 내장 endoderm에서 발견되며,이 표현식 패턴은 스케이트 (그림 1a) 8,9에 보존되어 있습니다. 해양 elasmobranchs이 분비 소금으로 직장 선을 사용 osmoregulation의 독특한 방법이 있습니다. Hoxa13 표현합니다 (그림 1b) 10 개발 항문에 넣는 선 (腺)에서 높다. 직장 선은 알 수없는 상태 패턴에 Hoxa13 유전자 산물의 역할. II. 파라핀은 삽입과 Elasmobranch 조직을 Sectioning 1. 수확 및 조직의 준비 <ol><li> 원하는 조직을 해부하고 실온에서 흔들, 24-48 시간에 대한 포르말린 10 % 해결할 수 있습니다. 4 % paraformaldehyde (PFA)도 정착액으로 사용할 수 있습니다(토론 참조). </li><li> 30 분마다, PBS로 3 번 세척하여 정착액을 씻으십시오. 조직의 크기에 따라 세척 시간은 10 분으로 감소 될 수있다 또는 1 시간에 증가했다. </li><li> 실온에서 PBS 흔들 : 25 %, 50 % 및 75 % 에탄올의 에탄올 시리즈에서 세척에 의해 배아를 탈수. 다시 말하지만, 각 세탁의 시간은 조직의 크기에 따라 달라집니다. 0.5 cm 세 조직의 경우, 15 분 각 빨래를 품다. 큰 조각 시간을 향상시킬 수 있습니다. 조직의 장기 보관이 필요한 경우, 최대 1 년에 -20 ° C에서 75 % 에탄올과 저장소에 추가를 두 번 씻는다. 그렇지 않으면 다음 단계로 진행합니다. </li><li> 또한 흔들, 15 분마다 100 %의 에탄올에 3 번 세척하여 탈수. </li></ol> 2. 삽입 및 Sectioning 파라핀 <ol><li> 나사 캡 뚜껑이있는 유리 섬광 병에 5 분마다 크실렌에 2 번 세척하여 조직을 명확히하십시오. 크실렌은 조직이 부서지기 쉬운 렌더링되므로이었다 10 분의 총을 초과하지 않는HES. 당신은 빛에 수용 할 때 조직은 반투명 보일 것입니다. 조직은 두 세차 후 여전히 불투명 한 경우, 프로토콜을 진행 한 다음 5 분을 위해 크실렌에 추가 세척을합니다. 만 장갑을 같이 퓸 배출 후드 내부 크실렌를 처리합니다. </li><li> 크실렌을 제거하고 녹인 파라핀과 삼분의이 전체 섬광 병을 작성하십시오. 30 분에 60 ° C의 오븐에서 알을 품다. 유리 병에 파라핀를 넣어 때 파라핀 그 병의 측면을 따라 더욱 강화 알 수 있습니다. 오븐에 병을 놓고 파라핀 몇 분 동안 다시 분해 할 수 있습니다. 오븐 밖으로 병을 가지고 솔루션에게 부화의 나머지 오븐에서 혼합 대체 할 수있는 빠른 소용돌이을 제공합니다. </li><li> 반복 파라핀은 30 분에 두 번 incubations. </li><li> 시간마다 두 번 파라핀에 품다. 파라핀에게 마지막 시간을 변경하고 60 ° C의 오븐에 밤새 품다. </li><li> 다음 날, 2-3 시간에 진공 온수 파라핀 욕조 챔버과 장소에 조직을 배치. 이 조직에 파라핀의 침투를 촉진하고 기포를 제거합니다. 얇은 조직의 일부 유형의 진공 단계가 필요하지만, 전체 배아 또는 소화 기관 및 luminal 구획과 다른 기관에 필요한되지 않을 수 있습니다. </li><li> 녹인 파라핀, 그리고 얼음 접시에 시원한있는 금형에 조직, 장소 조직의 침투를 진공 촉진 한 후. 금형의 조직을 제거하기 전에 얼음 또는 4 ° C 하룻밤에 둡니다. 조직의 파라핀 블록은 4 ° C.에서 무한정 저장할 수 있습니다 </li><li> 장소 파라핀 마이크로톰로 블록과 8 μm 섹션을 잘라. 섹션 ° C 48 가열 물 목욕에 떠내려와 유리 Superfrost * 플러스 슬라이드에 장착해야합니다. </li><li> 37 ° C의 오븐에 밤새 드라이 슬라이드. </li><li> 필요한 ° C까지 4에 저장 섹션을 제공합니다. </li></ol> III. Alcian 블루 / 핵 고속 레드 Elasmobranch 조직의 청바지 1. Alcian 블루 Mucins에 청바지 <ol><li> 장소 따뜻한 슬라이드에 상승에 직면 섹션과 슬라이드. 45 분에 용해. </li><li> 장소 슬라이드 홀더에 슬라이드. 모든 결과의 솔루션은 연기 후드 내부 욕조에 포함되어 있습니다. 슬라이드는 다른 솔루션과 하나가 욕조에서 그들을 전송하여 세척합니다. 욕조에 솔루션 수준 슬라이드를 포함했는지 확인하고, 슬라이드에 조직이 완전히 침수되어 있습니다. 5 분마다 크실렌에서 슬라이드에게 2 번 세척하여 파라핀을 용해. </li><li> 1 분마다 100 %의 에탄올과 슬라이드를 두 번 씻으십시오. </li><li> 1 분 각 솔루션에 세탁기 에탄올 시리즈 슬라이드 (75 %, 50 %, 25 % 에탄올)을 Rehydrate. 1 분에 DH 2 O에 씻으십시오. </li><li> 15 분에 Alcian 블루 솔루션, 산도 2.5 청바지. </li><li> 3 분에 수돗물을 실행에 세척하여 얼룩을 개발합니다. DH 2 O.에 한 번 수영 </li><li> 10 분 동안 원자력 빠른 레드 Counterstain 솔루션에 Counterstain. </li><li> 3 분에 수돗물을 실행에 깨끗이 씻어 DH 2 O 한 번에 찍었다. </li><li> Dehy20 딥 각각, 또는 1 분마다 에탄올 시리즈 (25 %, 50 %, 75 %, 100 %, 100 %)에 drate. 5 분마다 크실렌에 2 번 씻으십시오. DPX 장착 매체와 coverslips를 탑재합니다. 슬라이드를 조작하기 전에 연기 후드에서의 48 시간에 건조하고 굳어 매체를 장착 할 수 있습니다. </li></ol>

<ol>
	<li>Forester, R., Goldstein, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intracellular+osmoregulatory+role+of+amino+acids+and+urea+in+marine+elasmobranchs.">Intracellular osmoregulatory role of amino acids and urea in marine elasmobranchs.</a> Am. J. Physiol. 230, 925-931 (1976).</li><li>Shuttleworth, T., Shuttleworth, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Physiology of elasmobranch fishes. , 171-194 (1988).</li><li>Yancey, P. H., Clark, M. E., Hand, S. C., Bowlus, R. D., Somero, G. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Living+with+water+stress:+evolution+of+osmolyte+systems.">Living with water stress: evolution of osmolyte systems.</a> Science. 217, 1214-1222 (1982).</li><li>Ballatori, N., Villalobos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+molecular+and+cellular+basis+of+toxicity+using+comparative+models.">Defining the molecular and cellular basis of toxicity using comparative models.</a> Toxicl. Appl. Pharmacol. 183, 207-220 (2002).</li><li>Nieto, M. A., Patel, K., Wilkinson, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+hybridization+analysis+of+chick+embryos+in+whole+mount+and+tissue+sections.">In situ hybridization analysis of chick embryos in whole mount and tissue sections.</a> Methods Cell Biol. 51, 219-235 (1996).</li><li>Jass, J. R., Walsh, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altered+mucin+expression+in+the+gastrointestinal+tract:+a+review.">Altered mucin expression in the gastrointestinal tract: a review.</a> J Cell Mol Med. 5, 327-351 (2001).</li><li>Ballard, W. W., Mellinger, J., Lechenault, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+series+of+normal+stages+for+development+of+Scyliorhinus+canicula,+the+lesser+spotted+dogfish+(Chondrichthyes;+Scyliorhinidae).">A series of normal stages for development of Scyliorhinus canicula, the lesser spotted dogfish (Chondrichthyes; Scyliorhinidae).</a> J. Exp. Zool. 267, 318-336 (1993).</li><li>Echelard, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sonic+hedgehog,+a+member+of+a+family+of+putative+signaling+molecules,+is+implicated+in+the+regulation+of+CNS+polarity.">Sonic hedgehog, a member of a family of putative signaling molecules, is implicated in the regulation of CNS polarity.</a> Cell. 75, 1417-1430 (1993).</li><li>Riddle, R. D., Johnson, R. L., Laufer, E., Tabin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sonic+hedgehog+mediates+the+polarizing+activity+of+the+ZPA.">Sonic hedgehog mediates the polarizing activity of the ZPA.</a> Cell. 75, 1401-1416 (1993).</li><li>Theodosiou, N. A., Hall, D. A., Jowdry, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+acid+mucin+goblet+cell+distribution+and+Hox13+expression+patterns+in+the+developing+vertebrate+digestive+tract.">Comparison of acid mucin goblet cell distribution and Hox13 expression patterns in the developing vertebrate digestive tract.</a> J. Exp. Zool. B. Mol. Dev. Evol. 308, 442-453 (2007).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ch.+7.">Ch. 7.</a> Molecular Cloning; A Laboratory Manual. 1, 7.82 (2001).</li><li>Zhang, G., Miyamoto, M. M., Cohn, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lamprey+type+II+collagen+and+Sox9+reveal+an+ancient+origin+of+the+vertebrate+collagenous+skeleton.">Lamprey type II collagen and Sox9 reveal an ancient origin of the vertebrate collagenous skeleton.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 3180-3185 (2006).</li><li>Sheehan, D. C., Hrapchak, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Theory and practice of histotechnology. , (1980).</li><li>Theodosiou, N. A., Simeone, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+of+a+rudimentary+colon+in+the+elasmobranch,+Leucoraja+erinacea.">Evidence of a rudimentary colon in the elasmobranch, Leucoraja erinacea.</a> Dev. Genes Evol. 222, 237-243 (2012).</li><li>Filipe, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mucins+in+the+human+gastrointestinal+epithelium:+a+review.">Mucins in the human gastrointestinal epithelium: a review.</a> Invest. Cell Pathol. 2, 195-216 (1979).</li><li>Corfield, A. P., Wagner, S. A., Clamp, J. R., Kriaris, M. S., Hoskins, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mucin+degradation+in+the+human+colon:+production+of+sialidase,+sialate+O-acetylesterase,+N-acetylneuraminate+lyase,+arylesterase,+and+glycosulfatase+activities+by+strains+of+fecal+bacteria.">Mucin degradation in the human colon: production of sialidase, sialate O-acetylesterase, N-acetylneuraminate lyase, arylesterase, and glycosulfatase activities by strains of fecal bacteria.</a> Infect. Immun. 60, 3971-3978 (1992).</li><li>Reid, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow-cytometric+and+histological+progression+to+malignancy+in+Barrett's+esophagus:+prospective+endoscopic+surveillance+of+a+cohort.">Flow-cytometric and histological progression to malignancy in Barrett's esophagus: prospective endoscopic surveillance of a cohort.</a> Gastroenterology. 102, 1212-1219 (1992).</li><li>Mowry, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+staining+of+pancreatic+beta-cell+granules.+Evolution+and+present+status.">Selective staining of pancreatic beta-cell granules. Evolution and present status.</a> Arch. Pathol. Lab Med. 107, 464-468 (1983).</li><li>Roberts, D. J., Smith, D. M., Goff, D. J., Tabin, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epithelial-mesenchymal+signaling+during+the+regionalization+of+the+chick+gut.">Epithelial-mesenchymal signaling during the regionalization of the chick gut.</a> Development. 125, 2791-2801 (1998).</li></ol>

나는 공개 할 아무 것도 없습니다.

제시 프로토콜은 유전자 발현을 모니터링하고 차별화 된 세포 유형을 식별하기 위해 고전 방법이며, 해양 elasmobranchs에서 사용에 맞게 조정되었습니다. 이러한 프로토콜의 추가 수정이 다른 elasmobranch 종에 적응하기 위해 필요한 수 있습니다. 현장 &#39;s의 RNA 전체 마운트에 대한 가장 일반적인 문제는 RNase 오염의 위험함으로써 RNA 프로브 및 내생 메시지의 저하입니다. ...

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td>Comments </td>
 </tr>
 <tr>
 <td>10 x transcription buffer</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11-465-384-001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>DIG-RNA labeling mix</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11-277-073-910</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>RNAse inhibitor</td>
 <td>Roche</td>
 <td>03-335-399-001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>RNA polymerase - SP6</td>
 <td>Roche</td>
 <td>10-810-274-001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>DNAseI, RNAse-free </td>
 <td>Roche</td>
 <td>10-776-785-001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Yeast RNA</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>15401-029</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>CHAPS</td>
 <td>EMD-Millipore</td>
 <td>220201</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>heparin</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>H4784</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>DEPC (diethyl pyrocarbonate)</td>
 <td>Research Organics</td>
 <td>2106D</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Moria Perforated Spoon</td>
 <td>Fine Science Tools</td>
 <td>10370-17</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Netwell inserts</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>64713-00</td>
 <td>Netwells for use in 6-well tissue culture dishes</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>6-well tissue culture plate</td>
 <td>Corning</td>
 <td>3516</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glass scintillation vials with screw-cap lids</td>
 <td>Weaton Science Products</td>
 <td>986540</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>formamide</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP227500</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Proteinase K</td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>59895 (AM2542)</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>NBT</td>
 <td></td>
 <td>11585029001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>BCIP</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11585002001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Hydrogen peroxide, 30%</td>
 <td>EMD</td>
 <td>HX0635-1</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Sheep serum</td>
 <td>VWR</td>
 <td>101301-478</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>glutaraldehyde</td>
 <td>Sigma-Aldrich</td>
 <td>G5882</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>tRNA</td>
 <td>Roche</td>
 <td>10-109-541-001</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Anti-DIG Fab Fragments</td>
 <td>Roche</td>
 <td>1137-6623</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Table 3. Reagents and equipment for RNA whole mount in situ's.</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>1% Alcian Blue 8GS, pH 2.5</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>26323-01</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Nuclear Fast Red</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>26078-05</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>DPX Mountant</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>13510</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Paraffin (Paraplast X-tra)</td>
 <td>McCormick Scientific</td>
 <td>39503002</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>10% Formalin, NBF</td>
 <td>VWR</td>
 <td>95042-908</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Glass scintillation vials with screw-cap lids</td>
 <td>Weaton Science Products</td>
 <td>986540</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Stainless steal base molds</td>
 <td>Tissue-Tek</td>
 <td>4161-4165</td>
 <td>Multiple sizes available.</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Cassettes </td>
 <td>Tissue-Tek</td>
 <td>4170</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Slide warmer</td>
 <td>Fisher-Scientific</td>
 <td>12-594Q</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tissue Embedder</td>
 <td>Leica Microsystems</td>
 <td>EG1160</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Microtome, rotary</td>
 <td>Leica Microsystems</td>
 <td>RM2235</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tissue-Tek Slide Staining Set</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>62540-01</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tissue-Tek 24-Slide Holder</td>
 <td>Electron Microscopy Sciences</td>
 <td>62543-06</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Superfrost*Plus slides</td>
 <td>Fisherbrand</td>
 <td>12-550-17</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 <td>Table 4. Reagents and equipment for Alcian Blue stain.</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

rna in situ hybridization in whole mount embryos and cell histology adapted for marine elasmobranchs

그들은 적응 면역을 가지고 osmoregulation 1-3에 대해 고유 한 메커니즘이 할 수있는 가장 원시적 인 vertebrates만큼 해양 elasmobranchs는 생물 의학 및 게놈 연구에 대한 동물 모델을 가치입니다. 페어링 된 부속과 함께 가장 원시적 인 생활 jawed - vertebrates으로 elasmobranchs 특히 진화 및 개발에 연구를 들어, evolutionarily 중요한 모델입니다. 해양 elasmobranchs는 기후 변화 4 관계에 수산물 독극물과 스트레스 생리학을 연구하는 데 사용되었습니다. 따라서, 방법론의 발전과 적응을 용이하게하고 여러 생물 분야에 이러한 원시적 인 vertebrates의 사용을 확대 할 필요합니다. 난 여기 원위치 하이브리드 화와 유전자 발현과 elasmobranchs의 세포 조직학을 연구하는 조직 학적 기술에 RNA 전체 마운트의 성공적인 적응을 제시한다. 유전자 발현을 모니터링하는 것은 발달 biol의 특징 도구입니다ogists, 널리 발달 과정, 5를 조사하는 데 사용됩니다. 현장 하이브리드 화의 RNA 전체 마운트는 개발 배아의 조직의 시각화 및 특정 유전자 성적의 국산화 할 수 있습니다. 유전자의 메시지의 표현 패턴은 개발 프로세스와 세포 운명 결정 유전자가 제어 할 수 있습니다 무엇에 대한 통찰력을 제공 할 수 있습니다. 다른 발달 단계에서 유전자의 표현 패턴을 비교하여 통찰력은 개발 중에 유전자의 변화가 어떻게 역할을 습득 할 수 있습니다. 현장 &#39;s의 전체 마운트가 조직에 유전자 발현을 지역화 할 수있는 수단을 제공하지만, 조직 학적 기술은 차별화 된 세포 유형과 조직의 식별을 위해 수 있습니다. 조직 학적 얼룩은 다양한 기능을 가지고 있습니다. 일반 얼룩은 세포 형태를 강조하는 데 사용, 예를 들어 각각 hematoxylin 및 핵 및 세포질의 일반적인 착색을위한 eosin. 아르 다른 얼룩은 특정 셀을 강조 표시 할 수 있습니다유형입니다. 예를 들어, alcian 파란색은 mucosaccharides을 식별 할 널리 사용되는 양이온 얼룩은이 논문에서보고 청바지. alcian 푸른 색으로 소화 기관의 얼룩은 mucosaccharides을 생산 블렛 세포의 분포를 확인할 수 있습니다. 짧은 펩티드에 mucosaccharide 성분의 변화는 소화 기관 6 안에서 함수에 의해 블렛 셀을 구분합니다. 동시에 현장 &#39;s와 histochemical 방법으로 RNA 전체 마운트를 사용하여, 세포 운명의 결정은 유전자 특정 표현에 연결 할 수 있습니다. RNA는 현장의와 histochemistry에 널리 연구자들에 의해 사용되고 있지만, 해양 elasmobranchs에서의 적응과 사용이 제한하고 다양한 성공을 충족시켜 왔습니다. 난 여기 elasmobranchs 개발과 연구소에서 정기적으로 사용하는 프로토콜을 제시한다. 현장의 하이브리드 방식의 RNA의 추가 수정이 종에 적응하기 위해 필요한 수 있지만, 프로토콜은 여기 P를 설명그들의 과학적인 문의에 해양 elasmobranchs의 사용을 적응하고자 연구자에 대한 강력한 출발점이 rovide.

L.의 여러 지역에서 alcian 푸른 색 착색의 예 erinacea의 소화 기관은 그림 2에 표시됩니다. globlet 세포를 포함하는 산성 점액은 소화 기관을 통해 얼룩 alcian 파란색으로 명확하게 볼 수 있습니다. 산 mucins의 배포 따라서 기능의 차이를 반영, 소화 기관의 다른 지역에서 다릅니다. 산 mucins의 높은 농도는 말초 장 (2B와 그림 2a 및 2C을 비교)에 감지하는 ...

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RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

RNA 전체 마운트하는 방법을 결합하여<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드 및 조직학은 유전자 발현은 개발 배아에서 세포 운명 결정과 연결 할 수 있습니다. 이 방법은 해양 elasmobranchs에 적응하고 생물 의학, 독성학 및 비교 연구를위한 모델 생물 이러한 동물의 사용을 촉진하고 있습니다.

RNA<em&gt; 현장에서</em전체 마운트 태아 및 세포 조직학에서&gt; 하이브리드는 해양 Elasmobranchs을위한 적응

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

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Research

JoVE Journal

Biology

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

12.6K 조회수.  Union College. RNA 전체 마운트하는 방법을 결합하여 현장에서 하이브리드 및 조직학은 유전자 발현은 개발 배아에서 세포 운명 결정과 연결 할 수 있습니다. 이 방법은 해양 elasmobranchs에 적응하고 생물 의학, 독성학 및 비교 연구를위한 모델 생물 이러한 동물의 사용을 촉진하고 있습니다.

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Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying  gene expression in brain, neural tube, somite and heart primordia formation. This video demonstrates the different steps in 2-color whole mount in situ hybridization; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, the embryo is processed for prehybridization. The embryo is then hybridized with two different probes, one coupled to DIG, and one coupled to FITC.  Following overnight hybridization, the embryo is incubated with DIG coupled antibody. Color reaction for DIG substrate is performed, and the region of interest appears blue. The embryo is then incubated with FITC coupled antibody. The embryo is processed for color reaction with FITC, and the region of interest appears red. Finally, the embryo is fixed and processed for phtograph and sectioning. A troubleshooting guide is also presented.

This video demonstrates 2-color whole mount in situ hybridization, a method by which the spatial and temporal expression pattern of 2 different genes can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by David Wilkinson, Domingos Henrique, Phil Ingham and David Ish -Horowicz.

조기 칙 태아의 현장 하이브리드화에서 더블 전체 산

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

연구

생물학

Method for Whole Mount Antibody Staining in Chick

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying antibody expression in developing brain, neural tube and somite. This video demonstrates the different steps in whole-mount antibody staining using HRP conjugated secondary antibodies; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, endogenous peroxidase is inactivated; The embryo is then exposed to primary antibody. After several washes, the embryo is incubated with secondary antibody conjugated to HRP. Peroxidase activity is revealed using reaction with diaminobenzidine substrate. Finally, the embryo is fixed and processed for photography and sectioning. The advantage of this method over the use of fluorescent antibodies is that embryos can be processed for wax sectioning, thus enabling the study of antigen sites in cross section. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell 1.

This video demonstrates whole mount immunohistochemistry, a method by which the spatial and temporal expression pattern of an antigen can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell.

칙의 전체 마운트 항체 스테 이닝을위한 방법

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. The protocol is a modified version of the standard in situ hybridization using alkaline phosphatase and substrates such as NBT/BCIP and Fast Red 1,2. This protocol utilizes standard digoxygenin and fluorescein labeled probes along with tyramide signal amplification (TSA) 3. The commercially available TSA kits allow flexible experimental design as fluorescence emission from green to far-red can be used in combination with various nuclear stains, such as propidium iodide, or fluorescence immunohistochemistry for proteins. TSA produces a reactive fluorescent substrate that quickly covalently binds to moieties, typically tyrosine residues, in the immediate vicinity of the labeled antisense riboprobe. The resulting staining patterns are high resolution in that subcellular localization of the mRNA can be observed using laser scanning confocal microscopy 3,4. One can observe nascent transcripts at the chromosomal loci, distinguish nuclear and cytoplasmic staining and visualize other patterns such as cortical localization of mRNA. Studies in Drosophila indicate that roughly 70% of mRNAs exhibit specific patterns of subcellular localization that frequently correlate with the function of the encoded protein 5. When combined with computer-aided reconstruction of 3D confocal datasets, our protocol allows the detailed analysis of mRNA distribution with sub-cellular resolution in whole vertebrate embryos.

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. We include a propidium iodide nuclear counter-stain to highlight tissue organization.

Zebrafish 전체 마운트 고해상도 더블 형광등 현장에서 하이브 리다이 제이션

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of specific mRNA transcripts within whole mount specimen. This technique (adapted from Albertson and Yelick, 2005) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom at Syracuse University. The first two thirds of the Comparative Vertebrate Biology lab course gave students the opportunity to study the embryology and gross anatomy of several organisms representing various chordate taxa primarily via traditional dissections and the use of models. The final portion of the course involved an innovative approach to teaching anatomy through observation of vertebrate development employing molecular techniques in which WISH was performed on zebrafish embryos. A heterozygous fibroblast growth factor 8 a (fgf8a) mutant line, ace, was used. Due to Mendelian inheritance, ace intercrosses produced wild type, heterozygous, and homozygous ace/fgf8a mutants in a 1:2:1 ratio. RNA probes with known expression patterns in the midline and in developing anatomical structures such as the heart, somites, tailbud, myotome, and brain were used. WISH was performed using zebrafish at the 13 somite and prim-6 stages, with students performing the staining reaction in class. The study of zebrafish embryos at different stages of development gave students the ability to observe how these anatomical structures changed over ontogeny. In addition, some ace/fgf8a mutants displayed improper heart looping, and defects in somite and brain development. The students in this lab observed the normal development of various organ systems using both external anatomy as well as gene expression patterns. They also identified and described embryos displaying improper anatomical development and gene expression (i.e., putative mutants).
For instructors at institutions that do not already own the necessary equipment or where funds for lab and curricular innovation are limited, the financial cost of the reagents and apparatus may be a factor to consider, as will the time and effort required on the part of the instructor regardless of the setting. Nevertheless, we contend that the use of WISH in this type of classroom laboratory setting can provide an important link between developmental genetics and anatomy. As technology advances and the ability to study organismal development at the molecular level becomes easier, cheaper, and increasingly popular, many evolutionary biologists, ecologists, and physiologists are turning to research strategies in the field of molecular biology. Using WISH in a Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom is one example of how molecules and anatomy can converge within a single course. This gives upper level college students the opportunity to practice modern biological research techniques, leading to a more diversified education and the promotion of future interdisciplinary scientific research.

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology course in addition to vertebrate dissections. This gave students the opportunity to study gene expression patterns as well as gross anatomy, linking the study of molecular and organismal biology within one course.

전체 마운트를 사용하여 현장에서</em분자 생물학과 Organismal를 링크> 하이브 리다이 제이션

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures are lengthy and technically demanding with multiple important steps that collectively contribute to the quality of the final result. This protocol describes in detail several key quality control steps for optimizing probe labeling and performance. Overall, our protocol provides a detailed description of the critical steps necessary to reproducibly obtain high quality results. First, we describe the generation of digoxygenin (DIG) labeled RNA probes via in vitro transcription of DNA templates generated by PCR. We describe three critical quality control assays to determine the amount, integrity and specific activity of the DIG-labeled probes. These steps are important for generating a probe of sufficient sensitivity to detect endogenous mRNAs in a whole mouse embryo. In addition, we describe methods for the fixation and storage of E8.5-E11.5 day old mouse embryos for in situ hybridization. Then, we describe detailed methods for limited proteinase K digestion of the rehydrated embryos followed by the details of the hybridization conditions, post-hybridization washes and RNase treatment to remove non-specific probe hybridization. An AP-conjugated antibody is used to visualize the labeled probe and reveal the expression pattern of the endogenous transcript. Representative results are shown from successful experiments and typical suboptimal experiments.

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

This whole mount in situ hybridization protocol discusses critical steps that ensure reproducible high quality results for gene expression studies in E8.5-E11.5 day old mouse embryos.

전체 산<em&gt; 현장에서</emE11.5 마우스 태아에 E8.5의&gt; 하이브리드

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Viruses that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve to divert energy and resources for viral replication. Many aspects of host cell function are commandeered by viruses, usually by the expression of viral gene products that recruit host cell proteins and machineries. Moreover, viruses engineer specific membrane organelles or tag on to mobile vesicles and motor proteins to target regions of the cell (during de novo infection, viruses co-opt molecular motor proteins to target the nucleus; later, during virus assembly, they will hijack cellular machineries that will help in the assembly of viruses). Less is understood on how viruses, in particular those with RNA genomes, coordinate the intracellular trafficking of both protein and RNA components and how they achieve assembly of infectious particles at specific loci in the cell. The study of RNA localization began in earlier work. Developing lower eukaryotic embryos and neuronal cells provided important biological information, and also underscored the importance of RNA localization in the programming of gene expression cascades. The study in other organisms and cell systems has yielded similar important information. Viruses are obligate parasites and must utilise their host cells to replicate. Thus, it is critical to understand how RNA viruses direct their RNA genomes from the nucleus, through the nuclear pore, through the cytoplasm and on to one of its final destinations, into progeny virus particles 1.
FISH serves as a useful tool to identify changes in steady-state localization of viral RNA. When combined with immunofluorescence (IF) analysis 22, FISH/IF co-analyses will provide information on the co-localization of proteins with the viral RNA3. This analysis therefore provides a good starting point to test for RNA-protein interactions by other biochemical or biophysical tests 4,5, since co-localization by itself is not enough evidence to be certain of an interaction. In studying viral RNA localization using a method like this, abundant information has been gained on both viral and cellular RNA trafficking events 6. For instance, HIV-1 produces RNA in the nucleus of infected cells but the RNA is only translated in the cytoplasm. When one key viral protein is missing (Rev) 7, FISH of the viral RNA has revealed that the block to viral replication is due to the retention of the HIV-1 genomic RNA in the nucleus 8. 
Here, we present the method for visual analysis of viral genomic RNA in situ. The method makes use of a labelled RNA probe. This probe is designed to be complementary to the viral genomic RNA. During the in vitro synthesis of the antisense RNA probe, the ribonucleotide that is modified with digoxigenin (DIG) is included in an in vitro transcription reaction. Once the probe has hybridized to the target mRNA in cells, subsequent antibody labelling steps (Figure 1) will reveal the localization of the mRNA as well as proteins of interest when performing FISH/IF.

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

A fluorescence in situ hybridization (FISH) method was developed to visually detect viral genomic RNA using fluorescence microscopy. A probe is made with specificity to the viral RNA that can then be identified using a combination of hybridization and immunofluorescence techniques. This technique offers the advantage of identifying the localization of the viral RNA or DNA at steady-state, providing information on the control of intracellular virus trafficking events.

형광에 의한 바이러스성 RNA의 탐지<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드화 (물고기)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 protein variants encoded by the var genes.
The haploid P. falciparum genome harbors approximately 60 different var genes of which only one has been believed to be transcribed per cell at a time during the blood stage of the infection. How such mutually exclusive regulation of var gene transcription is achieved is unclear, as is the identification of individual var genes or sub-groups of var genes associated with different receptors and the consequence of differential binding on the clinical outcome of P. falciparum infections. Recently, the mutually exclusive transcription paradigm has been called into doubt by transcription assays based on individual P. falciparum transcript identification in single infected erythrocytic cells using RNA fluorescent in situ hybridization (FISH) analysis of var gene transcription by the parasite in individual nuclei of P. falciparum IE1.
Here, we present a detailed protocol for carrying out the RNA-FISH methodology for analysis of var gene transcription in single-nuclei of P. falciparum infected human erythrocytes. The method is based on the use of digoxigenin- and biotin- labeled antisense RNA probes using the TSA Plus Fluorescence Palette System2 (Perkin Elmer), microscopic analyses and freshly selected P. falciparum IE. The in situ hybridization method can be used to monitor transcription and regulation of a variety of genes expressed during the different stages of the P. falciparum life cycle and is adaptable to other malaria parasite species and other organisms and cell types.

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Fluorescent in situ hybridization (FISH) to identify mRNA transcripts in individual cells allows analysis of polygenic activity such as the simultaneous transcription of more than one member of the var multigene family in Plasmodium falciparum infected erythrocytes 1. The technique is adaptable and can be used on different types of genes, cells and organisms.

RNA 형광하여 단일 세포 유전자 전사의 분석<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드 (물고기)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Assessing the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization properties of its transcribed RNA, are key features for understanding its biological function during development. RNA in situ hybridization (RNA-ISH) is a powerful method used for visualizing RNA distribution properties, be it at the organismal, cellular or subcellular levels 1. RNA-ISH is based on the hybridization of a labeled nucleic acid probe (e.g. antisense RNA, oligonucleotides) complementary to the sequence of an mRNA or a non-coding RNA target of interest 2. As the procedure requires primary sequence information alone to generate sequence-specific probes, it can be universally applied to a broad range of organisms and tissue specimens 3. Indeed, a number of large-scale ISH studies have been implemented to document gene expression and RNA localization dynamics in various model organisms, which has led to the establishment of important community resources 4-11. While a variety of probe labeling and detection strategies have been developed over the years, the combined usage of fluorescently-labeled detection reagents and enzymatic signal amplification steps offer significant enhancements in the sensitivity and resolution of the procedure 12. Here, we describe an optimized fluorescent in situ hybridization method (FISH) employing tyramide signal amplification (TSA) to visualize RNA expression and localization dynamics in staged Drosophila embryos. The procedure is carried out in 96-well PCR plate format, which greatly facilitates the simultaneous processing of large numbers of samples.

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Here we describe a whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) protocol for determining the expression and localization properties of RNAs expressed during embryogenesis in the fruit fly, Drosophila melanogaster.

전체 마운트 RNA 형광<em&gt; 현장에서</em의&gt; 하이브리드<em&gt; Drosophila</em&gt; 태아

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for using FISH to quantify the number of mRNAs in single yeast cells. Cells can be grown in any condition of interest and then fixed and made permeable. Subsequently, multiple single-stranded deoxyoligonucleotides conjugated to fluorescent dyes are used to label and visualize mRNAs. Diffraction-limited fluorescence from single mRNA molecules is quantified using a spot-detection algorithm to identify and count the number of mRNAs per cell. While the more standard quantification methods of northern blots, RT-PCR and gene expression microarrays provide information on average mRNAs in the bulk population, FISH facilitates both the counting and localization of these mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes an experimental procedure for performing Fluorescence in situ Hybridization (FISH) for counting mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

형광을 사용하여 mRNA의 분자의 시각화 및 분석<em&gt; 제자리에서</em에서&gt; 하이브리드<em&gt; 사카 cerevisiae의</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression both in terms of tissue distribution and developmental stage. Protocols are described for the use of WISH of zebrafish embryos using antisense RNA probes labeled with digoxigenin. Probes are generated by incorporating digoxigenin-linked nucleotides through in vitro transcription of gene templates that have been cloned and linearized. The chorions of embryos harvested at defined developmental stages are removed before incubation with specific probes. Following a washing procedure to remove excess probe, embryos are incubated with anti-digoxigenin antibody conjugated with alkaline phosphatase. By employing a chromogenic substrate for alkaline phosphatase, specific gene expression can be assessed. Depending on the level of gene expression the entire procedure can be completed within 2-3 days.

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

The zebrafish, a small tropical fish, has become a popular model for studying gene function during vertebrate development and disease. The temporal and spatial expression of target genes can be determined by in situ hybridization. Our improved protocol allows for the detection of low abundant transcripts with low non-specific background signal.

높은 해상도 전체 마운트<em&gt; 제자리에서</em유전자 발현 및 기능을 연구하는 제브라 피쉬 배아에서&gt; 하이브리드

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression ...