Isolamento Otimizado de Núcleos de Espécimes Sólidos Documentais e Congelados para Sequenciamento Multioma

À medida que nosso conhecimento da biologia tumoral cresce e o interesse em entender os meandros de como as células interagem dentro do tumor e influenciam os resultados dos pacientes, a importância de analisar células heterogêneas em todo o microambiente tumoral também aumentou. O sequenciamento multioma, que permite a aquisição de RNA de célula única e o sequenciamento de ataque a partir da mesma célula de forma pareada proporciona um avanço significativo nesse sentido. No entanto, a qualidade dos dados obtidos nesses experimentos é altamente dependente da qualidade das condições experimentais e do material biológico inserido.

Este protocolo fornece uma abordagem confiável e otimizada para o isolamento de núcleos de espécimes de tumores sólidos para sequenciamento multioma usando a plataforma 10x Genomics. Este protocolo é confiável usando suspensões de célula única frescas ou congeladas. Fornecemos recomendações para condições de dissociação tecidual, criopreservação de suspensões unicelulares e avaliação de núcleos isolados.

Neste protocolo, utilizamos espécimes de adenocarcinoma ductal de pâncreas humano, que são um foco do tipo tecido primário em nosso laboratório. O câncer de pâncreas representa um tipo de tumor altamente desmoplásico, que prenuncia tecidos e células relativamente pegajosos. Além disso, como os espécimes de tumores pancreáticos disponíveis para pesquisa também tendem a ser relativamente pequenos, esforços são feitos para maximizar a quantidade de células capturadas.