JoVE Logo
АВТОРЫ
СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

Войдите в систему

Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Этот метод описывает эффективный рабочий процесс для визуализации и количественного измерения потенциала митохондриальной мембраны и уровней супероксида в клетках HeLa с использованием флуоресцентной визуализации в реальном времени.

Аннотация

Митохондрии являются динамическими органеллами, критически важными для метаболического гомеостаза, контролируя выработку энергии посредством синтеза АТФ. Для поддержки клеточного метаболизма различные механизмы контроля качества митохондрий взаимодействуют для поддержания здоровой митохондриальной сети. Одним из таких путей является митофагия, при которой PTEN-индуцированная киназа 1 (PINK1) и фосфо-убиквитинирование Паркина поврежденных митохондрий способствуют секвестрации аутофагосом и последующему удалению из клетки посредством слияния лизосом. Митофагия важна для клеточного гомеостаза, а мутации в Паркине связаны с болезнью Паркинсона (БП). В связи с этими выводами значительное внимание уделялось исследованию повреждений и оборота митохондрий, чтобы понять молекулярные механизмы и динамику контроля качества митохондрий. Здесь визуализация живых клеток использовалась для визуализации митохондриальной сети клеток HeLa, для количественной оценки потенциала митохондриальной мембраны и уровней супероксида после обработки карбонильным цианидом м-хлорфенилгидразоном (CCCP), митохондриальным разъединяющим агентом. Кроме того, была экспрессирована мутация паркина, связанная с болезнью Паркина (ParkinT240R), которая ингибирует паркин-зависимую митофагию, чтобы определить, как экспрессия мутантов влияет на митохондриальную сеть по сравнению с клетками, экспрессирующими паркин дикого типа. Протокол, описанный здесь, описывает простой рабочий процесс с использованием подходов, основанных на флуоресценции, для эффективной количественной оценки потенциала митохондриальной мембраны и уровней супероксида.

Введение

Митохондриальная сеть представляет собой ряд взаимосвязанных органелл, которые играют решающую роль в производстве энергии1, врожденном иммунитете2,3 и клеточной сигнализации 4,5. Митохондриальная дисрегуляция была связана с нейродегенеративными заболеваниями, такими как болезнь Паркинсона (БП)6,7. БП — это прогрессирующее нейродегенеративное заболевание, поражающее дофаминергические нейроны черной субстанции, которое поражает почти 10 миллионов человек во всем мире8. БП генетически связана с митофагией, митохондриальным путем контроля качества, необходимым для поддержания клеточного гомеостаза, который избирательно удаляет поврежденные митохондрии 9,10. Исследования выявили несколько независимых путей митофагии, включая домен FUN14, содержащий 1 (FUNDC1)-опосредованную митофагию, Bcl-2-взаимодействующий белок 3 (BNIP3)-облегченную митофагию, NIX-зависимую митофагию и хорошо охарактеризованную PTEN-индуцированную киназу 1 (PINK1)/паркин-регулируемую митофагию10,11. PINK1 (предполагаемая киназа) и Parkin (убиквитинлигаза E3) работают в тандеме с фосфо-убиквитинатом поврежденных митохондрий, что приводит к образованию аутофагосом, которые поглощают поврежденную органеллу и сливаются с лизосомами, чтобы инициировать деградацию 12,13,14,15,16. Мутации в Паркине были связаны с фенотипами, связанными с болезнью Паркина, такими как нейродегенерация из-за потери дофаминергических нейронов17,18.

Здесь описан протокол, в котором клетки HeLa, обычно используемые иммортализированные клетки, полученные из рака шейки матки, используются для исследования роли паркина в поддержании здоровья митохондриальной сети. Клетки HeLa экспрессируют незначительные уровни эндогенного паркина и, следовательно, требуют экзогенной экспрессии паркина19. Чтобы изучить роль паркина в здоровье митохондриальной сети, клетки HeLa трансфицируют либо паркином дикого типа (ParkinWT), либо мутантом паркина (ParkinT240R), либо пустым контрольным вектором. Parkin T240R представляет собой аутосомно-рецессивную мутацию ювенильного паркинсонизма, которая влияет на активность лигазы Parkin E3, значительно снижая эффективность пути митофагии20. Клетки HeLa подвергаются воздействию мягких (5 мкМ) или тяжелых (20 мкМ) концентраций карбонильного цианида м-хлорфенилгидразона (CCCP), митохондриального развязывающего агента. Лечение тяжелыми концентрациями CCCP обычно используется для индукции митофагии, опосредованной Паркином, в различных клеточных линиях, таких как клетки HeLa и COS-721,22,23.

После лечения протокол использует живую визуализацию митохондриальной сети с использованием двух доступных в настоящее время флуоресцентных красителей, нацеленных на митохондрии. Тетраметилродамин, этиловый эфир, перхлорат (TMRE) представляет собой катионный краситель, который флуоресцирует на основе потенциала митохондриальной мембраны24, в то время как MitoSOX представляет собой митохондриальный супероксидный индикатор, где интенсивность флуоресценции зависит от концентрациисупероксида 25. Наконец, описанный протокол использует количественную оценку на основе флуоресценции и простой рабочий процесс для эффективной количественной оценки потенциала митохондриальной мембраны и уровней супероксида с минимальными возможностями для смещения пользователя. Хотя этот протокол был разработан для изучения функции митохондрий в клетках HeLa, он может быть адаптирован для дополнительных клеточных линий и первичных типов клеток для количественной характеристики здоровья митохондриальной сети.

протокол

1. Подготовка биологических образцов

ПРИМЕЧАНИЕ: Выполните следующие шаги, используя стерильную технику в шкафу биобезопасности. Сбрызните поверхность шкафа и всех материалов 70% этанолом.

  1. Культивирование и трансфекция клеток HeLa
    1. Культивирование 30 000 клеток HeLa в модифицированной среде орла (DMEM) Дульбекко, содержащей 4,5 г/л глюкозы с добавлением 10% эмбриональной бычьей сыворотки и 1% раствора L-глютамина (HeLa media; см. Таблицу материалов). Поместите ячейки на 35-миллиметровые чашки для визуализации состеклянным дном (см. Таблицу материалов), содержащую 2 мл предварительно разогретой среды HeLa. Поддерживайте культуры HeLa при 5% CO2 и 37 ° C26,27.
    2. На следующий день после нанесения покрытия осмотрите 35-миллиметровые чашки для визуализации с помощью светового микроскопа, чтобы убедиться, что клетки сливаются на ~ 50-60%. После слияния трансфицируйте клетки HeLa пустым желтым флуоресцентным белым вектором (YFP), YFP-ParkinWT или YFP-ParkinT240R (рис. 1A).
    3. Приготовьте две отдельные смеси в стерильных микроцентрифужных пробирках для каждой трансфекции. Перемешайте, постукивая по трубке или аккуратно пипетируя вверх и вниз.
      1. В пробирке 1 смешайте 200 мкл восстановленных сывороточных сред (см. Таблицу материалов) с 2 мкг плазмидной ДНК.
      2. В пробирке 2 смешайте 200 мкл восстановленной сывороточной среды с 6 мкл реагента для трансфекции (см. Таблицу материалов)28.
    4. Инкубируйте пробирки в течение 5 минут при комнатной температуре (RT). Добавьте пробирку 2 в пробирку 1, перемешайте пипеткой вверх и вниз и инкубируйте в течение 20 минут при RT.
    5. Добавьте комплексы трансфекции по каплям в существующие чашки для визуализации, содержащие клеточные культуры HeLa, обеспечивая равномерное распределение по всей чашке. Поместите чашки для визуализации в инкубатор с 5% CO2 и 37 °C на ночь.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Пометьте каждое блюдо соответствующей трансфицированной плазмидой. Для каждого эксперимента пометьте три чашки YFP-ParkinWT (диметилсульфоксид [ДМСО; см. Таблицу материалов], 5 мкМ CCCP и 20 мкМ CCCP). Повторите маркировку с тремя тарелками YFP-ParkinT240R и тремя пустыми векторными тарелками YFP.
  2. Приготовление CCCP и флуоресцентных красителей
    ВНИМАНИЕ: Флуоресцентные красители часто чувствительны к свету. Храните красители в темноте, используя алюминиевую фольгу или коричневые центрифужные пробирки, чтобы уменьшить воздействие света.
    1. Сделайте рабочее сырье CCCP 5 мМ (см. Таблицу материалов), растворив 5 мг CCCP в 4,89 мл ДМСО. Сделайте 20 мМ рабочего материала CCCP, растворив 5 мг CCCP в 1,22 мл DMSO.
    2. Разбавьте 10 мкл исходного раствора MitoTracker Deep Red (см. Таблицу материалов) 1 мМ в 390 мкл ДМСО, чтобы получить рабочее сырье 25 мкМ.
    3. Растворите 50 мкг MitoSOX Red25 (см. Таблицу материалов) в 13 мкл ДМСО, чтобы получить рабочее тело размером 5 мМ.
    4. Растворите 10 мг TMRE24 (см. Таблицу материалов) в 19,4 мл ДМСО, чтобы получить исходный раствор 1 мМ. Разбавьте TMRE, добавив 10 мкл 1 мМ TMRE в 990 мкл ДМСО, чтобы получить рабочее тело 10 мкМ.

2. Лечение CCCP и метечка митохондрий флуоресцентными зондами в клетках HeLa

ВНИМАНИЕ: Быстро выполните следующие шаги, чтобы убедиться, что клетки HeLa не находятся вне инкубатора в течение длительного периода времени.

  1. На следующий день после трансфекции добавьте 2 мкл 5 или 20 мМ CCCP (конечная концентрация: 5 мкМ и 20 мкМ соответственно) к каждой экспериментальной пластине. Для контрольных пластин добавьте 2 мкл ДМСО. Верните планшеты в инкубатор с 5% CO2 и 37 °C в течение 1,5 ч (рис. 1A).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Лечение CCCP длится в общей сложности 2 часа. Тем не менее, митохондрии помечаются флуоресцентными зондами в течение последних 30 минут лечения CCCP.
  2. Через 1,5 часа выньте пластины из инкубатора и добавьте флуоресцентные зонды в чашки для визуализации. Верните планшеты в инкубатор с 5% CO2 и 37 °C на 30 мин (рис. 1A).
    1. Эксперимент TMRE: добавьте 2 мкл 25 мкМ MitoTracker (конечная концентрация: 25 нМ) и 2 мкл 10 мкМ TMRE (конечная концентрация: 10 нМ).
    2. Эксперимент MitoSOX: добавьте 2 мкл 25 мкМ MitoTracker (конечная концентрация: 25 нМ) и 1 мкл 5 мМ MitoSOX (конечная концентрация: 2,5 мкМ).
  3. После 2-часового лечения CCCP подготовьте клетки HeLa к визуализации (рис. 1A, B).
    1. Эксперимент TMRE: клетки HeLa сразу готовы к визуализации; убедитесь, что TMRE остается в среде для культивирования клеток HeLa.
    2. Эксперимент MitoSOX: Промойте клетки 3 раза 2 мл предварительно разогретого носителя HeLa, чтобы удалить свободный краситель MitoSOX. Добавьте 2 мл предварительно разогретой среды. Теперь клетки HeLa готовы к съемке.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Промойте клетки HeLa свежим, предварительно подогретым носителем HeLa, который содержит ту же концентрацию DMSO или CCCP, что и в экспериментальных условиях; не включайте MitoSOX или MitoTracker.

3. Настройка получения изображений конфокального микроскопа

ПРИМЕЧАНИЕ: Изображение клеток HeLa с помощью конфокального микроскопа (см. Таблицу материалов), оснащенного масляным иммерсионным объективом с 63x/1,40 числовой апертурой (NA) и камерой для окружающей среды (см. Таблицу материалов).

  1. За 1 ч до визуализации включите CO2, открыв клапан резервуара. Нажмите кнопку «Вкл.», чтобы включить контроллер окружающей среды для микроскопа. Используйте стрелки вверх и вниз на сенсорной панели, чтобы отрегулировать температуру до 37 °C и CO2 до 5%. Нажмите «Установить», когда закончите.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Убедитесь, что двери в экологическую камеру закрыты, и дождитесь стабилизации условий.
  2. Настройки лазера
    1. Включите лазер белого света (WLL) и установите мощность лазера на 85% и регулятор возбуждения на максимальную мощность. Перейдите на вкладку « Приобрести », выберите « Добавить лазер» и в появившемся диалоговом окне переключите WLL в положение «Вкл.». Нажмите кнопку « Мощность лазера » и введите 85%. Нажмите кнопку «Управление возбуждением » и выберите « Максимальная мощность » в раскрывающемся меню (рис. 2A).
    2. Эксперимент TMRE: Установите спектры возбуждения и излучения для YFP, MitoTracker и TMRE.
      1. Для YFP установите лазер возбуждения на 514 нм и окно спектров излучения на 524-545 нм. На вкладке «Получить» нажмите кнопку «Добавить новую настройку»; затем нажмите «Добавить лазер» и перетащите его в «Настройка 1». Дважды щелкните линию возбуждения и введите 514 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды кликните по соответствующему детектору и введите 524 для начала и 545 для конечной длины волны.
      2. Для MitoTracker Deep Red установите лазер возбуждения на 641 и окно спектров излучения на 650-750 нм. На вкладке «Приобретение» нажмите кнопку «Добавить лазер» и перетащите ее в параметр 1. Дважды щелкните линию возбуждения и введите 641 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды кликните по соответствующему детектору и введите 650 для начала и 750 для конечной длины волны.
      3. Для TMRE установите лазер возбуждения на 555 нм и окно спектров излучения на 557-643 нм. На вкладке «Получить» нажмите кнопку «Добавить новую настройку»; затем нажмите кнопку «Добавить лазер» и перетащите его в Настройка 2. Дважды щелкните линию возбуждения и введите 555 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды щелкните по соответствующему детектору и введите 557 для начала и 643 для конечной длины волны.
    3. Эксперимент MitoSOX: Установите спектры возбуждения и излучения для YFP, MitoTracker и MitoSOX (рис. 2B).
      1. Для YFP установите лазер возбуждения на 507 нм и окно спектров излучения на 517-540 нм. На вкладке «Получить» нажмите кнопку «Добавить новую настройку»; затем нажмите кнопку «Добавить лазер» и перетащите ее в Настройка 1. Дважды щелкните линию возбуждения и введите 507 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды кликните по соответствующему детектору и введите 517 для начала и 540 для конечной длины волны.
      2. Для MitoSOX установите лазер возбуждения на 547 нм и окно спектров излучения на 564-636 нм. На вкладке «Получить » нажмите кнопку « Добавить новую настройку »; затем нажмите кнопку «Добавить лазер » и перетащите его в Настройка 2. Дважды щелкните линию возбуждения и введите 547 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды щелкните по соответствующему детектору и введите 564 для начала и 636 для конечной длины волны.
      3. Для MitoTracker Deep Red установите лазер возбуждения на 641 нм и окно спектров излучения на 652-742 нм. На вкладке «Получить» нажмите кнопку «Добавить новую настройку»; нажмите кнопку «Добавить лазер» и перетащите его в настройку 3. Дважды щелкните линию возбуждения и введите 641 в качестве длины волны в диалоговом окне. Дважды щелкните по соответствующему детектору и введите 652 для начала и 742 для конечной длины волны.
  3. Настройки получения изображения (рис. 2C)
    1. Установите формат 1,024 x 1,024, скорость сканирования 600 Гц и среднее значение строки 3.
      1. Выберите вкладку «Приобретение» и нажмите кнопку «Формат ». В раскрывающемся меню выберите 1,024 x 1,024. Нажмите кнопку «Скорость » и выберите 600 в раскрывающемся меню. Затем нажмите кнопку «Среднее по линии » и в раскрывающемся меню выберите 3.
      2. Включите двунаправленное сканирование и установите фазу и коэффициент масштабирования на 22,61 и 1,50 соответственно.
        1. На вкладке «Приобретение» переключите двунаправленную кнопку в положение «Вкл.». Нажмите на настройку фазы X и установите ее на 22.61. Нажмите на настройку Zoom Factor и установите ее на 1.50.

4. Получение изображения

ВНИМАНИЕ: Экспериментатор должен сделать визуальное суждение, чтобы выбрать клетки на основе сигнала флуоресценции YFP. Избегайте перенасыщенных пикселей, так как они могут существенно повлиять на количественную оценку интенсивности флуоресценции. Используйте таблицу подстановки «больше/меньше», указывающую насыщенность пикселей, чтобы избежать получения насыщенных изображений.

  1. Нажмите на интересующую настройку и нажмите Fast Live, чтобы обеспечить предварительный просмотр флуоресцентного изображения в реальном времени.
  2. Отрегулируйте усиление и интенсивность, дважды щелкнув по соответствующему детектору. В появившемся диалоговом окне отрегулируйте усиление с помощью ползунка. Чтобы изменить интенсивность, дважды щелкните линию возбуждения и используйте стрелки вверх и вниз во всплывающем окне, чтобы изменить интенсивность. Нажмите кнопку Остановить, чтобы завершить предварительный просмотр.
    1. Эксперимент TMRE: сначала сфотографируйте контрольную пластину DMSO. Отрегулируйте усиление и интенсивность сигнала TMRE (настройка 2) так, чтобы интенсивность митохондриальной сети была чуть ниже насыщения; Сохраняйте усиление и интенсивность постоянными для эксперимента. Отрегулируйте усиление и интенсивность MitoTracker и YFP (настройка 1) так, чтобы митохондриальная сеть была видимой, но тусклой.
    2. Эксперимент MitoSOX: сначала сфотографируйте контрольную пластину DMSO. Отрегулируйте усиление и интенсивность сигнала MitoSOX (настройка 2) так, чтобы флуоресценция была видимой, но тусклой; Сохраняйте усиление и интенсивность постоянными для эксперимента. Отрегулируйте усиление и интенсивность YFP (настройка 1) и MitoTracker (настройка 3) так, чтобы митохондриальная сеть была видимой, но тусклой.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Запишите усиление и интенсивность TMRE и MitoSOX, так как эти значения должны оставаться постоянными на протяжении всего эксперимента. Флуоресцентные сигналы YFP и MitoTracker не количественно оцениваются в этом протоколе. Таким образом, усиление и интенсивность можно регулировать для каждого изображения. Наиболее эффективно иметь настройки усиления и интенсивности, при которых клетки хорошо видны, но все еще тусклые, чтобы гарантировать, что клетки не подвергаются чрезмерной интенсивности лазера, которая вызывает повреждение клеток или фотообесцвечивание.
  3. После завершения настройки усиления и интенсивности нажмите « Пуск », чтобы получить изображение. Получение изображений 20 ячеек в каждом экспериментальном условии (например, пять изображений с четырьмя ячейками на изображение; Рисунок 2D).

5. Количественная оценка интенсивности флуоресценции с использованием ImageJ

ПРИМЕЧАНИЕ: Файлы изображений сохраняются в формате «.lif» и совместимы с ImageJ29. Типы файлов, совместимые с ImageJ, указаны на их веб-сайте. Может потребоваться преобразовать тип файла, если он несовместим.

  1. Создайте и сохраните интересующий регион (ROI).
    1. В ImageJ выберите Файл | Новинки | Рис. В появившемся диалоговом окне нажмите кнопку ОК.
    2. Нажмите кнопку «Прямоугольник» и нарисуйте рамку размером 6 микрон x 6 микрон. Откройте менеджер ROI, нажав «Анализировать» | Инструменты | ROI Manager и дождитесь появления диалогового окна с ROI manager (рисунок 3A). Добавьте прямоугольную рентабельность инвестиций для менеджера, нажав кнопку Добавить в диалоговом окне менеджера. Сохраните рентабельность инвестиций, выбрав «Еще», затем нажмите кнопку «Сохранить» и «ОК».
  2. Измерьте интенсивность флуоресценции.
    1. На изображении J нажмите « Файл» и выберите « Открыть». В диалоговом окне выберите файлы изображений для эксперимента и нажмите кнопку Открыть.
    2. Дождитесь появления окна Bio-formats Import Options (рисунок 3B). Выберите «Разделить каналы » и нажмите «Открыть».
      ПРИМЕЧАНИЕ: Функция разделения каналов позволяет открывать каждый канал на изображении как отдельное окно. Канальный ордер соответствует ордеру на приобретение.
      1. Эксперименты TMRE : YFP (настройка 1) - первый канал (c = 0); MitoTracker (Настройка 1) - второй канал (c = 1); и TMRE (настройка 2) - третий канал (c = 2).
      2. Эксперименты MitoSOX : YFP (настройка 1) - первый канал (c = 0); MitoSOX (настройка 2) - второй канал (c = 1); и MitoTracker (настройка 3) - третий канал (c = 2).
    3. Отрегулируйте яркость, выбрав «Изображение» | Отрегулируйте | Яркость (рис. 3C).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Не нажимайте «Установить» или «Применить», чтобы яркость изображения не изменилась навсегда. Иногда интенсивность флуоресценции не видна в каналах TMRE или MitoSOX. Отрегулируйте яркость, чтобы упростить визуализацию. Изменение яркости не влияет на исходные значения интенсивности флуоресценции.
    4. Нажмите «Анализировать» и выберите «Установить измерения». Установите флажки Area (Площадь) и Среднее значение серого (Mean gray) и нажмите OK (рисунок 3D).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Среднее значение серого - это интенсивность флуоресценции.
    5. Откройте ROI Manager и загрузите ROI , сохраненный на шаге 5.1, нажав «Анализировать» | Инструменты | Менеджер по рентабельности инвестиций. В диспетчере рентабельности инвестиций нажмите «Еще», затем « Открыть» в появившемся списке и выберите сохраненную рентабельность инвестиций.
    6. Измерьте интенсивность флуоресценции пяти случайных областей в одной ячейке, выбрав сохраненную рентабельность инвестиций в диспетчере рентабельности инвестиций, и переместите рентабельность инвестиций в случайное место в ячейке (рис. 3E). Измерьте интенсивность флуоресценции, нажав клавишу M. Повторите этот шаг с четырьмя дополнительными неперекрывающимися областями. Когда появится диалоговое окно со значениями площади и среднего значения серого (рис. 3F), скопируйте и вставьте значения в электронную таблицу для анализа.
      1. Эксперимент TMRE : выберите изображение (c = 2).
      2. Эксперимент MitoSOX : выберите изображение (c = 2).
    7. Получите средние значения интенсивности флуоресценции. Используя программное обеспечение для работы с электронными таблицами (см. Таблицу материалов), усредните пять средних значений серого. Повторите этот процесс для каждой ячейки.
    8. Проанализируйте и сравните средние значения серого TMRE или MitoSOX в экспериментальных условиях с помощью статистического программного обеспечения (см. Таблицу материалов; Рисунок 4 и рисунок 5). Представляйте данные в виде гистограмм или скрипичных графиков.

Результаты

В этом протоколе количественное определение на основе флуоресценции использовалось для измерения мембранного потенциала и уровней супероксида митохондриальной сети после обработки CCCP (рис. 1). В этом рабочем процессе использовались клетки HeLa, иммортализированная кле?...

Обсуждение

Рабочий процесс, описанный здесь, может быть использован для количественной оценки потенциала митохондриальной мембраны и уровней супероксида надежно и воспроизводимо с использованием флуоресцентной визуализации30. Существуют важные технические ограничения, которые сл...

Раскрытие информации

У авторов нет конкурирующих интересов, о которых можно было бы заявить.

Благодарности

Мы благодарим сотрудников лаборатории Эванса за их вдумчивые отзывы об этой рукописи. Эта работа поддерживается стипендиатами Дьюка Уайтхеда, учеными в области науки и техники Дьюка и стипендией Ханны Грей Медицинского института Говарда Хьюза (HHMI). Рисунок 1А был сделан с использованием BioRender.com.

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
Chemicals, Peptides, and Recombinant Proteins
CCCP (carbonyl cyanide m-chlorophenyl hydrazone) Sigma-AldrichC2759
DMEM (1x) with 4.5 g/L glucoseGibco11-965-084
DMSO, AnhydrousThermoFisher ScientificD12345
Fetal Bovine SerumHycloneSH3007103
FuGENE 6 (Tranfection Reagent)PromegaE2691
GlutaMAX 100x (L-Glutamine Solution) Gibco 35-050-061
Hoescht 33342ThermoFisher Scientific62249
MitoSOX  Red ThermoFisher ScientificM36008
MitoTracker Deep RedThermoFisher ScientificM7514
Opti-MEM (Redued Serum media)ThermoFisher scientific31985070
Tetramethylrhodamine, Ethyl Ester, Perchlorate (TMRE) ThermoFisher ScientificT669
Experimental models: Organisms/Strains
HeLa-M (Homo sapiens)A. Peden (Cambridge Institute for Medical Research)N/A
Recombinant DNA
EYFP Empty VectorN/AN/A
YFP-Parkin T240RThis PaperGenerated by site-directed mutagenesis from YFP-Parkin
YFP-Parkin WTAddgene; PMID:19029340RRID:Addgene_23955
Software and Algorithms
Adobe IllustratorAdobe Inc.https://www.adobe.com/products/illustrator(Schindelin, 2012)
Excel (Spreadsheet Software)Microsoft Office https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/excel
ImageJhttps://imagej.net/software/fiji/
Leica Application Suite (LAS X)Leicahttps://www.leica-microsystems.com/products/microscope-software/p/leica-las-x-ls/
Microsoft ExcelMicrosoft Officehttps://www.microsoft.com/excel
Prism9 (Statistical Analysis Software)GraphPad Softwarehttps://www.graphpad.com
Other
35 mm Dish, No. 1.5 Coverslip, 20 mm Glass Diameter, UncoatedMatTekP35G-1.5-20-C
Cage Incubator (Environmental Chamber)Okolabhttps://www.oko-lab.com/cage-incubator
DMiL Inverted MicroscopeLeicaN/A
LIGHTNING Deconvolution SoftwareLeicaN/A
STELLARIS 8 confocal microscopeLeicaN/A

Ссылки

  1. Spinelli, J. B., Haigis, M. C. The multifaceted contributions of mitochondria to cellular metabolism. Nature Cell Biology. 20 (7), 745-754 (2018).
  2. West, A. P., Shadel, G. S., Ghosh, S. Mitochondria in innate immune responses. Nature Reviews. Immunology. 11 (6), 389-402 (2011).
  3. Seth, R. B., Sun, L., Ea, C. K., Chen, Z. J. Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kappaB and IRF 3. Cell. 122 (5), 669-682 (2005).
  4. Tait, S. W. G., Green, D. R. Mitochondria and cell signalling. Journal of Cell Science. 125, 807-815 (2012).
  5. Antico Arciuch, V. G., Elguero, M. E., Poderoso, J. J., Carreras, M. C. Mitochondrial regulation of cell cycle and proliferation. Antioxidants and Redox Signaling. 16 (10), 1150-1180 (2012).
  6. Grunewald, A., Kumar, K. R., Sue, C. M. New insights into the complex role of mitochondria in Parkinson's disease. Progress in Neurobiology. 177, 73-93 (2019).
  7. Borsche, M., Pereira, S. L., Klein, C., Grunewald, A. Mitochondria and Parkinson's disease: clinical, molecular, and translational aspects. Journal of Parkinson's Disease. 11 (1), 45-60 (2021).
  8. Ou, Z., et al. Global trends in the incidence, prevalence, and years lived with disability of Parkinson's disease in 204 countries/territories from 1990 to 2019. Frontiers in Public Health. 9, 776847 (2021).
  9. Martinez-Vicente, M. Neuronal mitophagy in neurodegenerative diseases. Frontiers in Molecular Neuroscience. 10, 64 (2017).
  10. Youle, R. J., Narendra, D. P. Mechanisms of mitophagy. Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 12 (1), 9-14 (2011).
  11. Villa, E., Marchetti, S., Ricci, J. E. No Parkin zone: mitophagy without Parkin. Trends in Cell Biology. 28 (11), 882-895 (2018).
  12. Geisler, S., et al. The PINK1/Parkin-mediated mitophagy is compromised by PD-associated mutations. Autophagy. 6 (7), 871-878 (2010).
  13. Kane, L. A., et al. PINK1 phosphorylates ubiquitin to activate Parkin E3 ubiquitin ligase activity. The Journal of Cell Biology. 205 (2), 143-153 (2014).
  14. Koyano, F., et al. Ubiquitin is phosphorylated by PINK1 to activate parkin. Nature. 510 (7503), 162-166 (2014).
  15. Ordureau, A., et al. Defining roles of PARKIN and ubiquitin phosphorylation by PINK1 in mitochondrial quality control using a ubiquitin replacement strategy. Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (21), 6637-6642 (2015).
  16. Ordureau, A., et al. Quantitative proteomics reveal a feedforward mechanism for mitochondrial PARKIN translocation and ubiquitin chain synthesis. Molecular Cell. 56 (3), 360-375 (2014).
  17. Kitada, T., et al. Mutations in the parkin gene cause autosomal recessive juvenile parkinsonism. Nature. 392 (6676), 605-608 (1998).
  18. Valente, E. M., et al. PARK6 is a common cause of familial parkinsonism. Neurological Sciences. 23, S117-S118 (2002).
  19. Matsuda, N., et al. PINK1 stabilized by mitochondrial depolarization recruits Parkin to damaged mitochondria and activates latent Parkin for mitophagy. The Journal of Cell Biology. 189 (2), 211-221 (2010).
  20. Sriram, S. R., et al. Familial-associated mutations differentially disrupt the solubility, localization, binding and ubiquitination properties of parkin. Human Molecular Genetics. 14 (17), 2571-2586 (2005).
  21. Vives-Bauza, C., et al. PINK1-dependent recruitment of Parkin to mitochondria in mitophagy. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (1), 378-383 (2010).
  22. Wong, Y. C., Holzbaur, E. L. F. Optineurin is an autophagy receptor for damaged mitochondria in parkin-mediated mitophagy that is disrupted by an ALS-linked mutation. Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (42), E4439-E4448 (2014).
  23. Bertolin, G., et al. Parkin maintains mitochondrial levels of the protective Parkinson's disease-related enzyme 17-beta hydroxysteroid dehydrogenase type 10. Cell Death and Differentiation. 22 (10), 1563-1576 (2015).
  24. Crowley, L. C., Christensen, M. E., Waterhouse, N. J. Measuring mitochondrial transmembrane potential by TMRE staining. Cold Spring Harbor Protocols. 2016 (12), (2016).
  25. Kuznetsov, A. V., et al. Mitochondrial ROS production under cellular stress: comparison of different detection methods. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 400 (8), 2383-2390 (2011).
  26. Moore, A. S., Holzbaur, E. L. F. Dynamic recruitment and activation of ALS-associated TBK1 with its target optineurin are required for efficient mitophagy. Proceedings of the National Academy of Sciences. 113 (24), E3349-E3358 (2016).
  27. Evans, C. S., Holzbaur, E. L. F. Degradation of engulfed mitochondria is rate-limiting in Optineurin-mediated mitophagy in neurons. eLife. 9, e50260 (2020).
  28. Jacobsen, L. B., Calvin, S. A., Colvin, K. E., Wright, M. FuGENE 6 Transfection Reagent: the gentle power. Methods. 33 (2), 104-112 (2004).
  29. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  30. Mitra, K., Lippincott-Schwartz, J. Analysis of mitochondrial dynamics and functions using imaging approaches. Current Protocols in Cell Biology. , 1-21 (2010).
  31. Lin, H. C., Liu, S. Y., Lai, H. S., Lai, I. R. Isolated mitochondria infusion mitigates ischemia-reperfusion injury of the liver in rats. Shock. 39 (3), 304-310 (2013).
  32. Kholmukhamedov, A., Schwartz, J. M., Lemasters, J. J. Isolated mitochondria infusion mitigates ischemia-reperfusion injury of the liver in rats: mitotracker probes and mitochondrial membrane potential. Shock. 39 (6), 543 (2013).
  33. Thorn, K. Genetically encoded fluorescent tags. Molecular Biology of the Cell. 28 (7), 848-857 (2017).
  34. Pavel, M., et al. Contact inhibition controls cell survival and proliferation via YAP/TAZ-autophagy axis. Nature Communications. 9 (1), 2961 (2018).
  35. Rossignol, R., et al. Energy substrate modulates mitochondrial structure and oxidative capacity in cancer cells. Cancer Research. 64 (3), 985-993 (2004).
  36. Schornack, P. A., Gillies, R. J. Contributions of cell metabolism and H+ diffusion to the acidic pH of tumors. Neoplasia. 5 (2), 135-145 (2003).
  37. Christensen, M. E., Jansen, E. S., Sanchez, W., Waterhouse, N. J. Flow cytometry based assays for the measurement of apoptosis-associated mitochondrial membrane depolarisation and cytochrome c release. Methods. 61 (2), 138-145 (2013).
  38. Muller, B., et al. Application of extracellular flux analysis for determining mitochondrial function in mammalian oocytes and early embryos. Scientific Reports. 9 (1), 16778 (2019).
  39. Connolly, N. M. C., et al. Guidelines on experimental methods to assess mitochondrial dysfunction in cellular models of neurodegenerative diseases. Cell Death and Differentiation. 25 (3), 542-572 (2018).
  40. Demine, S., Renard, P., Arnould, T. Mitochondrial uncoupling: a key controller of biological processes in physiology and diseases. Cells. 8 (8), 795 (2019).
  41. Narendra, D., Tanaka, A., Suen, D. F., Youle, R. J. Parkin is recruited selectively to impaired mitochondria and promotes their autophagy. The Journal of Cell Biology. 183 (5), 795-803 (2008).
  42. Kwak, S. H., Park, K. S., Lee, K. U., Lee, H. K. Mitochondrial metabolism and diabetes. Journal of Diabetes Investigation. 1 (5), 161-169 (2010).
  43. Reddy, P. H. Role of mitochondria in neurodegenerative diseases: mitochondria as a therapeutic target in Alzheimer's disease. CNS Spectrums. 14 (8), 8-13 (2009).
  44. Wang, W., Zhao, F., Ma, X., Perry, G., Zhu, X. Mitochondria dysfunction in the pathogenesis of Alzheimer's disease: recent advances. Molecular Neurodegeneration. 15 (1), 30 (2020).
  45. Baloyannis, S. J. Mitochondrial alterations in Alzheimer's disease. Journal of Alzheimer's Disease. 9 (2), 119-126 (2006).
  46. Wallace, D. C. Mitochondria and cancer. Nature Reviews. Cancer. 12 (10), 685-698 (2012).
  47. Middleton, P., Vergis, N. Mitochondrial dysfunction and liver disease: role, relevance, and potential for therapeutic modulation. Therapeutic Advances in Gastroenterology. 14, 17562848211031394 (2021).

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

195HeLa

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Конфиденциальность

Условия эксплуатации

Политика

СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

РЕКОМЕНДОВАТЬ БИБЛИОТЕКЕ

НОВОСТИ JoVE

Исследования

Образование

АВТОРЫ

Библиотекарь

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены