En anpassad optisk densitetsbaserad mikroplattanalys för att karakterisera aktinobakteriofaginfektion

Bakteriofager är en viktig del av naturliga miljöer, och de har en kraftfull förmåga att forma bakteriepopulationer. För att förstå hur enskilda fager interagerar med långsamt växande bakterievärdar som aktinomyceter behövs en enkel och pålitlig metod för att kvantifiera långsiktig bakterietillväxt i närvaro av fager. Spektrofotometriska mikroplattläsare möjliggör upprepade mätningar med hög genomströmning, men inkubation av en liten volym under en längre tid kan ge tekniska utmaningar. Denna procedur anpassar en standard 96-brunns mikroplatta för att möjliggöra samodling av fager och bakterier utan delprovtagning i 96 timmar, med bakterietillväxten registrerad var 8: e timme med spektrofotometriska absorbansvärden. Dessa optiska densitetsvärden analyseras med R för att ge infektionsmått, inklusive procentuell tillväxthämning, relativ virulens och Stacy-Ceballos-indexet. Metoderna som beskrivs här ger ett effektivt sätt att genomföra och analysera experiment med mikroplattans tillväxtkurva med förlängd varaktighet och inkluderar modifieringar för att minska avdunstning och lockkondensation. Dessa protokoll underlättar mikroplattbaserade analyser av interaktioner mellan långsamt växande bakterievärdar och deras bakteriofager.