Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
Bir yaklaşım, biyokimyasal zar proteinlerinin in vivo protein-protein etkileşimleri (PPI) tanımlamak için tarif edilmektedir. Yöntem, protein çapraz-bağlama, afinite arıtma ve kütle spektrometrisi birleştirir, ve hemen hemen herhangi bir hücre tipi ya da organizma için uyarlanabilir. Bu yaklaşımla, geçici PPI bile tespiti mümkün olur.
Zar proteinleri, hücre canlılığı için gerekli olan ve bu nedenle önemli bir terapötik hedef 1-3 bulunmaktadır. Bu kompleksler 4 işlev için, bunların etkileşimleri belirlemek ve karakterize etmek için yöntemler 5 gereklidir. Bu amaçla, biz Membran-OMURGA 6 denilen Membran Strep-protein etkileşim deney geliştirdi. Bu teknik, Strep-işaretli zar yem proteinin afinite saflaştırma ile geri dönüşümlü çapraz bağlayıcı formaldehit kullanılarak çapraz bağlama, in vivo olarak bir araya getirmektedir. İşlem sırasında, çapraz bağlanmış av proteinleri membran yem protein ile birlikte saf hale getirilir ve daha sonra kaynatılarak ayrılır. Membran omurga kullanılarak zar proteinlerinin protein-protein etkileşimleri (PPI) analiz Bu yüzden, iki ana görevleri icra edilebilir: ilk olarak, immün, tarafından önerilen bir etkileşim ortağının ikinci onay, kütle spektrometrisi analizi ile yeni etkileşim ortaklarının tespiti . Dahası, lafinite ow, geçici PPIs Bu teknik ile tespit edilebilir. Son olarak, Membran-OMURGA membran proteinlerinin PPI tanımlamak için güçlü bir tarama aracı olarak geçerli hale, hemen hemen herhangi bir hücre tipine uyarlanabilir.
Bir proteinin işlevini anlamak için onun etkileşim ortaklarını bilmek önemlidir. Çeşitli klasik teknikler çözünür proteinlerin etkileşimi ortaklarının tespiti için kullanılabilir. Ancak, bu teknikler, hidrofobik doğası 4 dolayı zar proteinleri kolaylıkla transfer edilemez. Bu sınırlamayı aşmak için, Membran Strep-protein etkileşim deneyi (Membran-OMURGA) 6 geliştirdik. Bu çözünür proteinler 7 için uygundur olan OMURGA yöntemine dayanmaktadır.
Çapraz bağlama maddesi, iki formaldehid avantajlarından zara OMUR faydaları: ilk olarak, formaldehit kolayca nüfuz membranlar ve bu nedenle, bir canlı hücrenin 8'in interactome kesin bir görüntüsünü oluşturur olabilir. İkincisi, formaldehit çapraz bağlantılar 9 kaynatılarak ters olabilir. Burada, bu iki avantajı zar prote sürekli değil, aynı zamanda geçici bir PPI, sadece tanımlamak için kullanılırins 6.
Kısaca, Strep-eklentisi, integral zar yem proteinin C-ucuna kaynaştırılır. Membran yem proteini eksprese eden hücreler, çapraz bağlantıları membran proteinine yem proteinleri av formaldehid (Şekil 1) ile birlikte inkübe edilir. Av proteinleri modifikasyonları gerekli değildir. Daha sonra, membran fraksiyonu hazırlanır. Bu nedenle, membran proteinleri proteinleri afinite arıtma kullanarak av proteinleri ile birlikte saf hale deterjan tedavisi ve yem ile eritilir. Daha sonra, çapraz-link kaynatma ile tersine çevrilir ve yem ve eş-elüt av proteinler SDS-PAGE ile ayrılmıştır. Son olarak, av proteinleri bağışıklık beneklenme analizi veya kütle spektroskopisi ile tespit edilebilir.
Not: protokolde belirtilen tamponlar ile ilgili detaylı bilgiler Tablo 1'de kullanılabilir.
1.. Formaldehit Yaşayan hücreler içinde Çapraz bağlama ile protein-protein etkileşimleri Fixation
2. Strep-eklentisi Membran protein saflaştırılması (yem)
3. Strep-eklentisi Membran yem Protein ve SDS-PAGE ile saflaştırılması
4. İmmünoblot Analizi Etkileşim Ortaklar Onayla
5. Etkileşim Ortaklar tanımak NanoLC-ESI-MS/MS Yüksek Çözünürlük Deneyleri
Membran OMURGA analiz zar proteinlerinin ortak arıtma ve geçici olarak etkileşimli protein ortakları sağlar. Co-saflaştırma çapraz bağlama ajanı formaldehit kullanılarak elde edilir. Formaldehit konsantrasyonu ve çapraz bağlama süresi: İki parametre spesifik olmayan çapraz bağlantı engellemek için kritik öneme sahiptir. Formaldehid aşırı yeterli ama kullanımı kolay immunoblotting ile kontrol edilebilir. Formaldehit çapraz bağlanmış protein kompleksleri, SDS işlenerek kaynama değil ile ayr?...
Membran OMURGA analiz onaylamak ve membran proteinlerinin bu noktada bilinmeyen bir etkileşim ortakları tanımlamak için birini sağlayan biyokimyasal bir yaklaşımdır. Membran OMURGA bir Strep-etiketli yem zar proteini saflaştırılması ile formaldehid ile çapraz bağlanması vivo olarak bir araya getirmektedir. Immüno-lekeleme ile kombinasyon tahmin etkileşim ortaklarının onay (Şekil 2) kolaylaştırır. Buna ek olarak, MS analizi ile kombine bilinmeyen etkileşim ortaklarının ...
Biz ifşa hiçbir şey yok.
Bu araştırma SH Deutsche Forschungsgemeinschaft GraKo1121, Hu1011/2-1 ve SFB940 hibeler ile desteklenmiştir
Name | Company | Catalog Number | Comments |
37% Formaldehyde | Roth | 4979.1 | Should not be older than one year |
DNaseI | Sigma | DN25 | |
BCA protein assay kit | Pierce | 23225 | |
Micromagnetic rod | Roth | 0955.2 | 5 mm in length, 2 mm in diameter |
Triton X-100 | Roth | 6683.1 | standard detergent for solubilization |
n-Dodecyl-β-maltoside | Glycon | D97002-C | the best detergent to solubilze CpxA |
1 ml Strep-Tactin superflow gravity flow column | IBA | 2-1207-050 | |
Strep-tag protein purification buffer set | IBA | 2-1002-001 | Contains buffer W and buffer E |
Amicon Ultra-4 centrifugal filter | Millipore | UFC803024 | |
SuperSignal West Pico Chemiluminescent substrate | Pierce | 34080 | |
SilverQuest Silverstaining kit | Invitrogen | LC6070 | |
FireSilver Staining Kit | Proteome Factory | P-S-2001 | |
Ultracentrifuge |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır