Biz bu çalışmada analiz insan saç örneklerini sağlamak için Kymberlee O&#39;Brien, Celia Moore ve Edward Tronick (Psikoloji Bölümü, Massachusetts, Boston Üniversitesi) teşekkür ederim, ve Stephen Suomi ve Amanda Dettmer (Karşılaştırmalı litoloji, NICHD Laboratuvarı) için al yanaklı maymun saç örnekleri sağlar. Ilk gelişim ve bu yöntemin devam etmeniz MAN NIH RR11122 tarafından desteklenmiştir

1.. Örnek Toplama ve Saklama <ol><li> İnsan saçı <ol><li> Bir lastik bant ya da klips ile (çapı bir kalem-genişliği kadar) örneklenecek olan saçın tüm uzunluğu elde edin. Mümkün olduğunca kafa derisine yakın kesilmiş saç temiz bir makasla (değil nick cilt özen). Not: Standart örnekleme alanı kafatası arka tepe noktasıdır. </li><li> Bazı araştırmacılar da bakınız Manenschijn et al. 8 (su ve şampuan 7 tekrar tekrar maruz boşaltılmasında nedeniyle olabilir kafa derisi 6, uzaklaştıkça insan saç CORT seviyelerinde bir düşüş olduğunu bildirdi ve aksine sonuçlar için Thomson et al. 9&#39;daki adres bölümlere göre düşüş bu potansiyel &quot;arınma etkisi&quot; etkisini en aza indirmek için) gözlenmiştir ki, biz 1 cm / ay 10 ortalama artış hızı varsayımıyla 3 cm (daha büyük bir uzunluk ile kafa derisine yakın saç kesimleri toplama öneririz bir 3 cm segmenti C içerirYaklaşık son 3 ay içinde tevdi edilmiştir ORT). Bunu başarmak için, ilk kesim 3 cm boyutlarında ve 3 cm numune elde etmek için tekrar kesmek için bir cetvel kullanın. Not: saç uzunlukta kesilmiş sonra, bu çalışma öncesi numune için bir zaman periyodu boyunca CORT birikmesinin retrospektif takvim kurmak için ayrı bir 1 cm uzunluğunda bölümler halinde örnek kesmek içerir sürece hizada şeritleri tutmak için artık gerekli değildir 6. </li><li> Alüminyum folyo, temiz bir kağıt zarf, ya da örnek yıkama için kullanılan tipte bir 15 mL vida kapaklı santrifüj tüpü polipropilen yapılmış bir kese içinde saç numunesi yerleştirin. CORT saç 2 son derece stabil olduğu, gerekirse, numuneler, oda sıcaklığında bir gece boyunca sevk, -20 ° C&#39;de saklanır ve süresiz edilebilir. </li><li> Saç toplama prosedürü gönüllüler üzerinde uygulanmalıdır ve uygulama örnekleri tam çalışmaya başlamadan önce tartılır olmalıdır. Not: SMA gibi saç örnekleriBu düşük CORT altında standart EIA okumaları elde etme olasılığını en aza indirmek için numune&gt; 10 mg toplamak için tercih edilir, ancak ll 5-10 mg gibi, burada tarif edilen yöntemler kullanılarak analiz edilebilir. </li></ol></li><li> Maymun saç <ol><li> Standart bir hayvan kesme makinesi kullanılarak ense saç (100-250 mg) tıraş. , Mümkün olduğunca cilde yakın tıraş cilt değil nick için dikkatli olmak ve kan CORT düzeyleri saç bulunanlara kıyasla son derece yüksek, çünkü kanama neden olur. Not: genellikle saç için iyi bir kaynaktır ve kolayca öncesinde yeniden örnekleme için saç çıkma görülebilir, çünkü boyun bölgesi rutin numune için seçildi. </li><li> Alüminyum folyo ya da bir 15 mL vida kapaklı santrifüj tüpü polipropilen yapılmış bir kese içinde saç numunesi yerleştirin. Maymun saç örneklerinde depolanır ve insan saç örnekleri için yukarıda tarif edildiği gibi aynı şekilde sevk edilmelidir. </li><li> Maymun saç, insan saçlarınızdan aksine, st sonra belli bir uzunluğa kadar büyür ve çünkü11 büyüyen ops, bu CORT tevdi edilmesi için bir takvim olarak deriden mesafeyi kullanmak için bu durumda genel olarak mümkün değildir. Bir hayvan daha (periyodik rutin sağlık muayeneleri sırasında, örneğin) bir kez daha örnek olabilir, ancak bu bir başlangıç ​​zaman noktası ayarlayın ve daha sonra istenilen süre geçtikten sonra aynı alanı reshave bir ilk tıraş yapmak için arzu edilir. Ikinci numunede CORT bu aralıkta 5 üzerinden HPA etkinliğe numune CORT içeriğinin kesin bir atıfta izin tıraş-reshave aralık sırasında biriktirilmiştir. </li></ol></li></ol> 2. Numune Yıkama ve Kurutma <ol><li> Yıkama <ol><li> Bir 15 ml vida kapaklı polipropilen santrifüj tüpü içine her bir saç numunesi yerleştirin. </li><li> Bir rotator ile 3 dakika boyunca tekrar ters ardından her tüpe, yüksek performanslı sıvı kromatografisiyle (HPLC) dereceli izopropanol içinde 5 ml. </li><li> C alarak, bir atık kabı içine izopropanolü Durusunumunenin herhangi kaybetmek değildir. </li><li> Tekrar 2.1.2 ve 2.1.3 bir kez daha adım. </li></ol></li><li> Kurutma <ol><li> Tam izopropanol buharlaşmayı sağlamak için en az 2-3 gün boyunca saçınızı kurutun. </li></ol></li></ol> 3. Numune Taşlama ve CORT Ekstraksiyon - Geniş Örnek için Yöntem 1 <ol><li> Örnek taşlama <ol><li> Paslanmaz çelik tek bir 12 mm paslanmaz çelik öğütme top ile birlikte bir öğütme kabı 10 ml kuru saç 250 mg&#39;a kadar yerleştirin. </li><li> Bir bilyalı değirmen kullanılarak 25 Hz &#39;lık bir hızda 6 dakika için örnek öğütün. </li><li> Bir analitik terazi üzerinde toz halinde saç 50 mg kadar tartılır ve daha sonra, sonraki CORT ekstre için temiz bir 2.0 ml polipropilen mikrosantrifüj tüpüne transfer. </li></ol></li><li> CORT çıkarma <ol><li> Toz örneği içeren mikrosantrifüj tüpüne HPLC-grade metanol 1.0 ml ilave edilir. </li><li> Tüp kap ve işbirliği ile, oda sıcaklığında 18-24 saat boyunca inkübe örnekBir Picture kullanarak nstant inversiyon. </li><li> Toz halindeki saç pellet haline getirmek için oda sıcaklığında 1 dakika boyunca 14,000 rpm&#39;de santrifüje tüpler. </li><li> Toz saç pelet bozmamaya özen, temiz bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüpüne süpernatan 0.6 ml aktarın. </li></ol></li></ol> 4. Numune Taşlama ve CORT Ekstraksiyon - Küçük Örneklerden için Yöntem 2 <ol><li> Örnek taşlama <ol><li> Boncuk dayak için güçlendirilmiş bir önceden tartılmış 2 ml mikrosantrifüj tüpü içine saç 60 mg kadar yerleştirin. </li><li> Numune ağırlığı elde etmek için şişeyi yeniden tartın. </li><li> Her bir şişeye, 3.2 mm üç krom çelik boncuk ekleyin ve daha sonra bir boncuk mikser içinde en az 2 dakika için örnek öğütülür. Görsel muayene numune yetersiz pulverize olduğunu ortaya koyarsa, o zaman 0.5 veya 1 dakika ilave taşlama gerçekleştirin. Not: CORT ekstre öğütme ile aynı şişe içinde gerçekleştirilir çünkü zemin saç Resim aktarımı bu durumda gereklidir. </li></ol&gt; </li><li> CORT çıkarma <ol><li> Toz örneği içeren mikrosantrifüj tüpüne HPLC-grade metanol 1,5 ml ilave edilir. </li><li> Tüp kapak ve bir rotator kullanılarak sabit ters çevirme ile oda sıcaklığında 18-24 saat için örnek inkübe edin. </li><li> Toz halindeki saç pellet haline getirmek için oda sıcaklığında 5 dakika boyunca 10,000 rpm&#39;de santrifüje tüpler. Not: krom çelik boncuklar yöntem 1 ile karşılaştırıldığında, daha düşük hızda santrifüj hesapları olan, ekstraksiyon ve santrifüj aşamaları esnasında saç ile tüp içinde kalır. </li><li> Toz saç pelet bozmamaya özen, temiz bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüpüne süpernatan 1.0 ml aktarın. </li></ol></li></ol> 5. Çözücü Buharlaştırma ve Örnek Sulandırma <ol><li> Bir vakumlu buharlaştırıcı mevcut değilse, bir vakumlu bir buhar ya da azot gazı akışı kullanılarak metanol aşağı kurutun. Bir vakum evaporatör kullanılırsa, metanol buharı ile yakalanan edilebilirSoğuk tuzak veya bir aktifleştirilmiş odun kömürü kartuşu ile donatılmış bir kimyasal tuzağı. </li><li> Metanolun çıkarılmasından sonra, EIA deney tamponu (analiz seyreltici) uygun bir hacimde CORT özü sulandırın. Nispeten yüksek CORT değerleri beklenen ise, 0.4 ml veya daha büyük bir tampon hacmi kullanın. Nispeten düşük değerleri beklenen ise, o zaman birim duyarlılığı artırmak için 0.2 ml veya daha az azaltılabilir. Not: 0.2 ml örnek bir tekrar işleme gerekli olduğu durumda, en az iki kez, numune suret çözeltilerinin çalıştırmak için yeterli bir birimdir. </li><li> Hemen yeniden numune tahlil veya sonraki analiz için -20 ° C&#39;de dondur ya. Not: yeniden örnek dondurulmuşsa, bu numune hacminde bir değişiklik yana donma süresi boyunca süblimasyon önlemek için önemli olan son hesaplamalar yapılır yanlış CORT değere yol açacaktır. </li></ol> 6. CORT Deneyi ve Veri Dönüştürme <ol><li> Için saç özleri tahlilCORT yüksek hassasiyetli bir enzim immunoassay (EIA) kiti kullanılarak. Not: Test numuneleri yinelenen her yeniden saç ekstresinin alikoları yerine tükürük örnekleri olacak dışında kit prospektüsünde belirtilen CORT ÇED kit ticari tükürük kullanıyorsanız, üreticinin tavsiyelerini uygulayın. </li><li> Her deneyde kullanılmak üzere bir kalite kontrol (QC) saç özü hazırlayın. <ol><li> Ekstra saç örnekleri bir dizi toplamak ve ya adımlar 4.1 ve 4.2 veya 3.1 ve 3.2 adımları olarak büyük numune işleme için onları havuzu olarak tek tek onları süreci. </li><li> Çözücüyü buharlaştınn ve adımları 5.1 ve 5.2 &#39;de olduğu gibi özleri tekrar oluşturmak, sonra da birkaç ayrı veya toplanmış numuneleri arasındaki yeniden özler havuz. </li><li> Bireysel mikrosantrifüj tüpleri içine toplanmış yeniden özü (örneğin 0.10 ml), uygun bir eş-payı ve hacmi daha sonra kullanmak için dondurma. </li><li> Çözülme ve refe sağlamak için her immünotahlil mikrolevhadaki nüsha bir QC alikosunu çalıştırınher çalışma kalitesini kontrol etmek için CORT değer RENCE. </li><li> Varyasyon (CV, örnek değerler bir dizi ortalaması ile bölünen standart sapma olarak tanımlanır) bir intra-tahlil katsayısı arası bir deney CV hesaplanabilir oysa, aynı vadede 10-12 QC kuyu analiz hesaplanabilir çalışan bir grup genelinde QC değerleri kullanarak. Kişinin mikroplate okuyucu yazılım her saç özü temsil yinelenen kuyuları için bir CV hesaplar, sonra intra-tahlil CV belirlenmesi için alternatif bir yöntem bütün plaka üzerinde bu bireysel CV değerlerin ortalamasını hesaplamak için. </li><li> Herhangi bir örnek özü EIA en yüksek CORT standarda göre daha büyük bir okuma elde edilir, daha sonra özütü bir alikotu analiz tamponu içinde uygun bir miktarı ile seyreltilir ve daha sonra EIA okuma seyreltme faktörü için düzeltilir. Yinelenen kuyuları için CV&gt;% 10 ise numuneler de rutin olarak tekrar analiz edilir. </li><li> CORT ÇED kitleri CORT va ölçmek için tasarlanmıştır çünkülues tükürük veya plazma gibi sıvı örnekleri, mikroplaka okuyucu yazılım çıkış toz saç, birim ağırlık başına CORT miktarına dönüştürülmelidir. Aşağıdaki formül mg saç başına pg CORT ug / dl tahlil çıktı dönüştürür: (A / B) * (C / D) * E * 10000 = F burada tahlil çıkışından A = ug / dl, ekstraksiyon işlemine tabi saç B = ağırlık (mg olarak) C = vol. Metanol (ml) toz halindeki saç eklenmiştir; D = vol. Ekstreden geri kazanılmış ve daha sonra aşağı kurutuldu metanol (ml) E = vol. Kurutulmuş özü tekrar oluşturmak için kullanılan deney tamponu (ml) ve pg / mg saç CORT konsantrasyonunun F = son değer. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Selye, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress+and+the+general+adaptation+syndrome.">Stress and the general adaptation syndrome.</a> Br. Med. J. 1 (4667), 1383-1392 (1950).</li><li>Meyer, J. S., Novak, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Minireview:+Hair+cortisol:+A+novel+biomarker+of+hypothalamic-+pituitary-adrenocortical+activity.">Minireview: Hair cortisol: A novel biomarker of hypothalamic- pituitary-adrenocortical activity.</a> Endocrinology. 153, 4120-4127 (2012).</li><li>Tiefenbacher, S., Novak, M. A., Lutz, C. K., Meyer, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+physiology+and+neurochemistry+of+self-injurious+behavior:+A+nonhuman+primate+model.">The physiology and neurochemistry of self-injurious behavior: A nonhuman primate model.</a> Front. Biosci. 10, 1-11 (2005).</li><li>Davenport, M. D., Tiefenbacher, S., Lutz, C. K., Novak, M. A., Meyer, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+endogenous+cortisol+concentrations+in+the+hair+of+rhesus+macaques.">Analysis of endogenous cortisol concentrations in the hair of rhesus macaques.</a> Gen. Comp. Endocrinol. 147, 255-261 (2006).</li><li>Davenport, M. D., Lutz, C. K., Tiefenbacher, S., Novak, M. A., Meyer, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rhesus+monkey+model+of+self+injury:+Effects+of+relocation+stress+on+behavior+and+neuroendocrine+function.">A rhesus monkey model of self injury: Effects of relocation stress on behavior and neuroendocrine function.</a> Biol. Psychiatry. 63, 990-996 (2008).</li><li>Kirschbaum, C., Tietze, A., Skoluda, N., Dettenborn, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hair+as+a+retrospective+calendar+of+cortisol+production+-+Increased+cortisol+incorporation+into+hair+in+the+third+trimester+of+pregnancy.">Hair as a retrospective calendar of cortisol production - Increased cortisol incorporation into hair in the third trimester of pregnancy.</a> Psychoneuroendocrinology. 34, 32-37 (2009).</li><li>Hamel, A. F., Meyer, J. S., Henchey, E., Dettmer, A. M., Suomi, S. J., Novak, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+shampoo+and+water+washing+on+hair+cortisol+concentrations.">Effects of shampoo and water washing on hair cortisol concentrations.</a> Clin. Chim. Acta. 412, 382-385 (2011).</li><li>Manenschijn, L., Koper, J. W., Lamberts, S. W., van Rossum, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+method+to+measure+long+term+cortisol+levels.">Evaluation of a method to measure long term cortisol levels.</a> Steroids. 76, 1032-1036 (2011).</li><li>Thomson, S., Koren, G., Fraser, L. A., Rieder, M., Friedman, T. C., Van Uum, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hair+analysis+provides+a+historical+record+of+cortisol+levels+in+Cushing&#8217;s+syndrome.">Hair analysis provides a historical record of cortisol levels in Cushing&#8217;s syndrome.</a> Exp. Clin. Endocrinol. Diabetes. 118, 133-138 (2010).</li><li>LeBeau, M. A., Montgomery, M. A., Brewer, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+variations+in+growth+rate+and+sample+collection+on+interpreting+results+of+segmental+analyses+of+hair.">The role of variations in growth rate and sample collection on interpreting results of segmental analyses of hair.</a> Forensic Sci. Int. 210, 110-116 (2011).</li><li>Dolnick, E. H., Montagna, W., Dobson, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variability+of+hair+growth+in+Macaca+mulatta.">Variability of hair growth in Macaca mulatta.</a> Adv. Biol. Skin. IX, 121-128 (1969).</li><li>Sauv&#233;, B., Koren, G., Walsh, G., Uum Tokmakejian, S. V. a. n., H, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+cortisol+in+human+hair+as+a+biomarker+of+systemic+exposure.">Measurement of cortisol in human hair as a biomarker of systemic exposure.</a> Clin. Invest. Med. 30, 183-191 (2007).</li><li>Gow, R., Thomson, S., Rieder, M., Van Uum, S., Koren, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+assessment+of+cortisol+analysis+in+hair+and+its+clinical+applications.">An assessment of cortisol analysis in hair and its clinical applications.</a> Forensic Sci. Int. 196, 32-37 (2010).</li><li>Bechsh&#248;ft, T. &. #. 2. 1. 6. ;., Sonne, C., Dietz, R., Born, E. W., Novak, M. A., Henchey, E., Meyer, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cortisol+levels+in+hair+of+East+Greenland+polar+bears.">Cortisol levels in hair of East Greenland polar bears.</a> Sci. Total Environ. 409, 831-834 (2011).</li><li>Cooper, G. A. A., Kronstrand, R., Kintz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Society+of+Hair+Testing+guidelines+for+drug+testing+in+hair.">Society of Hair Testing guidelines for drug testing in hair.</a> Forensic Sci. Int. 218, 20-28 (2012).</li><li>Ito, N., Ito, T., Kromminga, A., Bettermann, A., Takigawa, M., Kees, F., Straub, R. H., Paus, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+hair+follicles+display+a+functional+equivalent+of+the+hypothalamic-pituitary-adrenal+(HPA)+axis+and+synthesize+cortisol.">Human hair follicles display a functional equivalent of the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis and synthesize cortisol.</a> FASEB J. 19, 1332-1334 (2005).</li><li>Russell, E., Koren, G., Rieder, M., Van Uum, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hair+cortisol+as+a+biological+marker+of+chronic+stress:+Current+status,+future+directions+and+unanswered+questions.">Hair cortisol as a biological marker of chronic stress: Current status, future directions and unanswered questions.</a> Psychoneuroendocrinology. 37, 589-601 (2012).</li><li>Stalder, T., Kirschbaum, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+cortisol+in+hair+-+State+of+the+art+and+future+directions.">Analysis of cortisol in hair - State of the art and future directions.</a> Brain Behav. Immun. 26, 1019-1029 (2012).</li><li>Staufenbiel, S. M., Penninx, B. W., Spijker, A. T., Elzinga, B. M., van Rossum, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hair+cortisol,+stress+exposure,+and+mental+health+in+humans:+A+systematic+review.">Hair cortisol, stress exposure, and mental health in humans: A systematic review.</a> Psychoneuroendocrinology. 38, 1220-1235 (2013).</li></ol>

Yazarlar beyan Çıkar çatışması var.

Yukarıda tarif edilmiş olan saç CORT prosedürü gerçekleştirmek için basit, nispeten ucuz olan, kolaylıkla temin kimyasallar, reaktifler ve malzemeleri kullanır ve bir istisna ile, tipik bir analitik laboratuar içinde mevcut olması muhtemel olduğundan, ekipman gerektirir. Özel bir bilyeli değirmen ya da mini beadbeater olarak bir öğütme aletidir. Bazı araştırma grupları küçük parçalara uzunluğunda 12 kabaca 1 mm içine saç örneklerini sakınmadan unutmayın, ama biz taşlama perfor...

Plazma, tükürük, idrar ya da zaman zaman ya da dışkılar in CORT ölçümü stres 1 HPA ekseninin rolünün Selye keşfi tarihi, fizyolojik stres göstergesi olarak kullanılmıştır. Çok sayıda kağıtları akut stresli durumlarla HPA aktivitesini ilgili yayınlanmış olmasına rağmen, alan kronik fizyolojik stres basit ve güvenilir bir indeks eksikliği engel olmuştur. Bu sorun ortaya çıkar sirkadiyen varyasyon tabidir ve çevresel bozukluklar tarafından eleştirilmiştir olabilir HPA aktivitesinin plazma ve tükürük verim hem de &quot;nokta&quot; tahminleri çünkü. İdrar ve dışkı örnekleri bazı durumlarda tam bir gün kadar sonrası bir dizi yayılma CORT ve / veya metabolit boşaltım ölçümleri elde edildi. Ancak bu yaklaşımların hiçbiri HPA aktivite gerçekten, uzun vadeli bir dizin ve bu sy yanıt sağlar, bu matrisler her zaman CORT seviyeleri kaba bir bileşik dizini sağlayabilir kullanarak birden fazla örneklerinin toplanmasıKronik stres kaynaklanıyor. Saç Cort Ölçme stres literatürde bu önemli ihtiyacı doldurmak başladı. Birkaç laboratuvarlar tarafından yapılan ilk çalışmalar, insan saç CORT varlığını gösterdi ama saç CORT seviyeleri stres 2 bir fonksiyonu olarak değiştirilmiş olup olmadığını araştırmak değildi. Bizim laboratuvar çeşitli sosyal ve davranışsal faktörler 3 ile al yanaklı maymun HPA ekseninin düzenlenmesinde yıllardır ilgi olmuştur, biz al yanaklı maymun saç 4 çıkarılması ve analizi için yöntemler kurmak ve doğrulamak için yola çıktı. Kan kaynaklı CORT yavaş yavaş ve sürekli olarak artan saç içine dahil edilen öncül göre, bu yeni yöntemin amacı aya haftalık dönemler boyunca HPA aktivitesinin bir göstergesi olarak entegre bir saç türetilmiş CORT seviyelerini kullanmaktı. Çeşitli metodolojik zorluklar mevcut protokolünü gelişmekte rastlanmıştır. İlk olarak, önceki çalışmalarda bu küçük miktarlar o göstermiştif ter ve sebum atılır Cort dolaşan ve bu nedenle kat saç milinin 2 dışında olabilir. Bu potansiyel şaşırtmak ortadan kaldırmak için, biz büyüyen saç şaft içinde mevcut CORT üzerinde minimal bir etkiye sahip ise dış Cort kaldırmak için görünen hafif bir yıkama prosedürü geliştirmiştir. Bu durumda, bu prosedürün (izopropanol yani iki adet 3-dakikalık yıkama) tâbi maymun saç toplam saç CORT içeriğinin yaklaşık olarak% 7-8 kayıp, ve üçüncü bir yıkama örnek 4 en az% 1 daha fazla steroid kaldırıldı. Aynı prosedür (yayınlanmamış K. Rosenberg ve J. Meyer) örneklerinde% 27, toplam CORT içeriğinin ortalama kaldırıldı yana, insan saçı daha fazla dış CORT var gibi görünüyor. Maymun saç gibi, ancak ek bir yıkama ilk iki yıkamadan çok daha az Cort (yaklaşık% 7) ihtiva etmiştir. Bu nedenle, Maymun ve insan saç hem de sonuçları büyük bir frac muhafaza ederken en (hepsi değilse), dış CORT kaldırılabilir iddiasını destekleyenDahili saç matris içinde CORT of tion. İkinci olarak, pilot çalışmalar da göstermiştir ki, muhtemelen saç gövdesinin kompleks matris proteinli açık kırma hem de çözücü olarak nüfuz etmesi için mevcut olan yüzey alanını arttırarak, numuneden önemli ölçüde artmıştır CORT kurtarma ekstraksiyon için saç önceden öğütme. İki farklı öğütme yöntemleri, avantajları ve dezavantajları ile her geliştirilmiştir. Bir top değirmen kullanarak Yöntem 1, en iyi toz üretme avantajına sahiptir. Ancak, bilyalı değirmen nispeten pahalı bir ekipman öğedir ve standart taşlama kavanoz ve topları ile kullanıldığında, bir defada sadece iki numune öğütme kapasitesine sahiptir. Küçük numuneler aynı zamanda standart öğütme kavanoz bir bilyalı değirmen kullanılarak işlenmesi zordur. Bir beadbeater kullanır Yöntem 2, kendi öğütme yeteneği daha az etkilidir. Sonuç olarak, ortalama iyileşme CORT bilyalı değirmen (yayınlanmamış veriler) ile karşılaştırıldığında, bu metodun kullanımı ile yaklaşık% 10 daha düşüktür. Öte yandan, bir beadbeaterönemli ölçüde daha az pahalı bir bilyalı değirmen daha 16-24 örnekleri bir kez modele bağlı olarak öğütülebilir ve yöntem, küçük örnekler için uygundur. Çünkü yukarıda bahsedilen ayırıcı toparlanma, belirli bir çalışma içinde, bütün numuneler için aynı öğütme yöntemi kullanmak tavsiye edilir. Saç örneklerinde işlendikten sonra, bu başlangıçta tükürük Cort ölçmek için tasarlanmış bir hassas ve özel ticari EIA kiti vasıtasıyla analiz edilir ekstrelerinde metanol ve CORT ile ekstre edilmiştir. Ekstraksiyon ve tahlil prosedürleri maymun saç örneklerinden özleri seri seyreltileri yakın özgün CORT standartları elde edilen okuma paralel EIA okumaları elde gösteren kısmen doğrulanmıştır. Daha sonra (plazma ve tükürük CORT ek olarak) saç CORT yeni konut çeyrek 4,5 üzere maymunların bir idari zorunlu yer değiştirme büyük yaşam stres duyarlı olduğunu gösterdi. Present kağıt, insan ve maymun saç örnekleri işleyen ve bu numunelerden Cort ayıklamak ve analiz etmek bizim laboratuvarda rutin kullanılan yöntemlerin ayrıntılı bir hesap sağlar.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="798">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">HPLC-grade isopropanol</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">A451</td>
			<td style="width:247px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">HPLC-grade methanol</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">A452</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Salivary cortisol assay kits</td>
			<td style="width:116px;">Salimetrics</td>
			<td style="width:119px;">1-3002</td>
			<td>See manufacturer&#39;s kit insert for information on assay sensitivity and specificity</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">15-ml polypropylene screw-cap centrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Max Scientific</td>
			<td>10-9151</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">1.5-ml Safe-Lock microcentrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">05-402-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">2.0-ml Safe-Lock microcentrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">05-402-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2.0-ml XXTuff reinforced microvials</td>
			<td style="width:116px;">BioSpec</td>
			<td>330TX</td>
			<td>Use with mini-beadbeater</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">3.2-mm chrome-steel beads</td>
			<td style="width:116px;">BioSpec</td>
			<td>11079132c</td>
			<td>Use with mini-beadbeater</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">10-ml stainless steel grinding jars</td>
			<td style="width:116px;">Retsch</td>
			<td style="width:119px;">02.462.0061</td>
			<td>Use with mixer mill</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">12-mm stainless steel grinding balls</td>
			<td style="width:116px;">Retsch</td>
			<td style="width:119px;">05.368.0037</td>
			<td>Use with mixer mill</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Savant activated carbon cartridge</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>DTK120R</td>
			<td>Use with Savant chemical trap</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;"></td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;"></td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Name of Equipment</td>
			<td style="width:116px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td>Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Rotator for 15-ml centrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>S02135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Rotator for microcentrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>NC9854190&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Benchtop centrifuge for microcentrifuge tubes</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>13-100-675</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">MM 200 mixer mill</td>
			<td style="width:116px;">Retsch</td>
			<td style="width:119px;">20.746.0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mini-Beadbeater 16&#160;</td>
			<td style="width:116px;">BioSpec</td>
			<td>607</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Savant DNA Speedvac</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>DNA120-115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Savant refrigerated vapor trap</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>RVT400-115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Savant chemical trap</td>
			<td style="width:116px;">Fisher</td>
			<td>SCT120</td>
			<td>Alternative to refrigerated vapor trap</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microplate reader</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microplate washer</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microplate mixer</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Multichannel pipetter</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Analytical balance</td>
			<td style="width:116px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

extraction and analysis of cortisol from human and monkey hair

Stres hormonu kortizol (CORT) yavaş yavaş insanlarda, insan olmayan primatlar ve diğer memeliler artan saç gövdesine dahil edilir. Biz, geliştirilmiş ve geçerli al yanaklı maymun saçtan CORT ekstraksiyonu ve analizi için bir yöntem ve daha sonra insan derisi saç ile kullanılmak için bu yöntemi uyarlanmıştır. Plazma veya tükürük elde CORT &quot;nokta örneklerinin&quot; aksine, saç CORT hormon esas döneminde, bir hipotalamus-hipofiz-adrenal (HPA) sistem etkinliğinin entegre ölçü ve böylece fizyolojik stres sağlar. Insan saç derisi 1 cm / ay ortalama bir hızda büyür, çünkü, saç kesimleri elde CORT seviyeleri uzunluğu birkaç cm potansiyel ay bir dizi üzerinde yaşanan stres bir biyolojik belirteç olarak hizmet verebilir. Bizim bir yöntemde, her bir saç örnek ilk ter veya terden de tevdi edilmiştir saç gövdesinin dışından herhangi bir Cort çıkarmak için izopropanol içinde iki kere yıkanmıştır. Kurutma işleminden sonra,örnek kıl protein matrisi parçalamak ve çıkarılması için yüzey alanını arttırmak için ince bir toz halinde öğütülür. Saç gövdesinin iç kısmından CORT metanol içine ekstrakte edildi, metanol buharlaştırıldı, ve ekstre deney tamponu içinde yeniden edilir. Çıkarılan CORT, standartlar ve kalite kontrol ile birlikte, o zaman duyarlı ve spesifik bir ticari olarak temin edilebilen bir enzim immunoassay (EIA) kiti vasıtasıyla analiz edilir. EIA okuma mg toz saç ağırlığı başına pg CORT dönüştürülür. Bu yöntem, insanlarda saç Cort analiz laboratuvarımızda kullanılmakta olan, makak maymunları, marmosets, köpekler, ve kutup ayıları birkaç tür. Laboratuvardan ve diğer araştırma grupları hem de birçok çalışma doğal kronik stres maruziyeti değerlendirmek yanı sıra laboratuar ayarları için saç CORT geniş uygulanabilirliğini göstermiştir.

Şekil 1 yöntemi 2 öğütme ve çıkarma kullanarak işlenen insan saç örnekleri (yetişkin erkek ve dişi insan denekler) bir temsilci kümesinden çıkışını gösterir. Bilgisayar yazılımı, veri çıkışı üretmek için ve CORT standartlara 4 parametreli sigmoidal bir eğri (Şekil 2) uygun olarak kullanıldı. Bu plakadan arası kuyunun özgeçmişleri 0.01-5.73 &#39;den% 1.34 ortalama% intra-tahlil CV ile değişiyordu. Deney-içi CV% 4.41 son dokuz insan saçı tahlille...

Watch this Scientific Journal Video about Extraction and Analysis of Cortisol from Human and Monkey Hair at JoVE.com

Extraction and Analysis of Cortisol from Human and Monkey Hair

Kortizol (CORT) insanlarda ve primatlarda artan saç gövdesine birikir. Biz yüksek hassasiyet ve duyarlılığı ile saç Cort çıkarma ve analiz yöntemleri açıklanmaktadır. Saç CORT ölçülmesi özellikle aya haftalık dönemler boyunca kronik stres değerlendirmek için çok uygundur.

Ekstraksiyon ve İnsan ve Maymun Saç gelen Kortizol Analizi

The stress hormone cortisol (CORT) is slowly incorporated into the growing hair shaft of humans, nonhuman primates, and other mammals. We developed and ...

extraction-and-analysis-of-cortisol-from-human-and-monkey-hair

Research

JoVE Journal

Biology

28.1K Görüntüleme.  University of Massachusetts, Amherst.  Kortizol (CORT) insanlarda ve primatlarda artan saç gövdesine birikir. Biz yüksek hassasiyet ve duyarlılığı ile saç Cort çıkarma ve analiz yöntemleri açıklanmaktadır. Saç CORT ölçülmesi özellikle aya haftalık dönemler boyunca kronik stres değerlendirmek için çok uygundur. 

Video: Extraction and Analysis of Cortisol from Human and Monkey Hair

A Neuronal and Astrocyte Co-Culture Assay for High Content Analysis of Neurotoxicity

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing measurement of multiple cellular phenotypes within a single assay. In this study, we utilized HCA to develop a novel assay for neurotoxicity. Neurotoxicity assessment represents an important part of drug safety evaluation, as well as being a significant focus of environmental protection efforts. Additionally, neurotoxicity is also a well-accepted in vitro marker of the development of neurodegenerative diseases such as Alzheimer's and Parkinson's diseases. Recently, the application of HCA to neuronal screening has been reported. By labeling neuronal cells with &beta;III-tubulin, HCA assays can provide high-throughput, non-subjective, quantitative measurements of parameters such as neuronal number, neurite count and neurite length, all of which can indicate neurotoxic effects. However, the role of astrocytes remains unexplored in these models. Astrocytes have an integral role in the maintenance of central nervous system (CNS) homeostasis, and are associated with both neuroprotection and neurodegradation when they are activated in response to toxic substances or disease states. GFAP is an intermediate filament protein expressed predominantly in the astrocytes of the CNS. Astrocytic activation (gliosis) leads to the upregulation of GFAP, commonly accompanied by astrocyte proliferation and hypertrophy. This process of reactive gliosis has been proposed as an early marker of damage to the nervous system. The traditional method for GFAP quantitation is by immunoassay. This approach is limited by an inability to provide information on cellular localization, morphology and cell number. We determined that HCA could be used to overcome these limitations and to simultaneously measure multiple features associated with gliosis - changes in GFAP expression, astrocyte hypertrophy, and astrocyte proliferation - within a single assay. In co-culture studies, astrocytes have been shown to protect neurons against several types of toxic insult and to critically influence neuronal survival. Recent studies have suggested that the use of astrocytes in an in vitro neurotoxicity test system may prove more relevant to human CNS structure and function than neuronal cells alone. Accordingly, we have developed an HCA assay for co-culture of neurons and astrocytes, comprised of protocols and validated, target-specific detection reagents for profiling &beta;III-tubulin and glial fibrillary acidic protein (GFAP). This assay enables simultaneous analysis of neurotoxicity, neurite outgrowth, gliosis, neuronal and astrocytic morphology and neuronal and astrocytic development in a wide variety of cellular models, representing a novel, non-subjective, high-throughput assay for neurotoxicity assessment. The assay holds great potential for enhanced detection of neurotoxicity and improved productivity in neuroscience research and drug discovery.

This article describes a novel protocol and reagent set designed for sensitive measurement of neurotoxic effects of compounds and treatments on co-cultures of neurons and astrocytes using high content analysis. Results demonstrate that high content analysis represents an exciting novel technology for neurotoxicity assessment.

Nörotoksisite Yüksek İçerik Analizi Nöronal ve Astrosit Hücre Co-Kültür Testi

High Content Analysis (HCA) assays combine cells and detection reagents with automated imaging and powerful image analysis algorithms, allowing ...

Biyoloji

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with nutrient and energy flow within terrestrial ecosystems. Cultivation-independent environmental genomic, also known as metagenomic, approaches promise unprecedented access to this genetic information with respect to pathway reconstruction and functional screening for high value therapeutic and biomass conversion processes. However, the soil microbiome still remains a challenge largely due to the difficulty in obtaining high molecular weight DNA of sufficient quality for large insert library production. Here we introduce a protocol for extracting high molecular weight, microbial community genomic DNA from soils and sediments. The quality of isolated genomic DNA is ideal for constructing large insert environmental genomic libraries for downstream sequencing and screening applications. 
The procedure starts with cell lysis. Cell walls and membranes of microbes are lysed by both mechanical (grinding) and chemical forces (&beta;-mercaptoethanol). Genomic DNA is then isolated using extraction buffer, chloroform-isoamyl alcohol and isopropyl alcohol. The buffers employed for the lysis and extraction steps include guanidine isothiocyanate and hexadecyltrimethylammonium bromide (CTAB) to preserve the integrity of the high molecular weight genomic DNA. Depending on your downstream application, the isolated genomic DNA can be further purified using cesium chloride (CsCl) gradient ultracentrifugation, which reduces impurities including humic acids. The first procedure, extraction, takes approximately 8 hours, excluding DNA quantification step. The CsCl gradient ultracentrifugation, is a two days process. During the entire procedure, genomic DNA should be treated gently to prevent shearing, avoid severe vortexing, and repetitive harsh pipetting.

A methodology to isolate high molecular weight and high quality genomic DNA from soil microbial community is described.

Topraklar ve tortulları Yüksek Moleküler Ağırlık Genomik DNA çıkarımı

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number gains and losses and DNA methylation. Advances in high-throughput, genome-wide profiling technologies, such as microarrays, have significantly improved our ability to identify and detect these specific alterations. However as technology continues to improve, a limiting factor remains sample quality and availability. Furthermore, follow-up clinical information and disease outcome are often collected years after the initial specimen collection. Specimens, typically formalin-fixed and paraffin embedded (FFPE), are stored in hospital archives for years to decades. DNA can be efficiently and effectively recovered from paraffin-embedded specimens if the appropriate method of extraction is applied. High quality DNA extracted from properly preserved and stored specimens can support quantitative assays for comparisons of normal and diseased tissues and generation of genetic and epigenetic signatures 1. To extract DNA from paraffin-embedded samples, tissue cores or microdissected tissue are subjected to xylene treatment, which dissolves the paraffin from the tissue, and then rehydrated using a series of ethanol washes. Proteins and harmful enzymes such as nucleases are subsequently digested by proteinase K. The addition of lysis buffer, which contains denaturing agents such as sodium dodecyl sulfate (SDS), facilitates digestion 2. Nucleic acids are purified from the tissue lysate using buffer-saturated phenol and high speed centrifugation which generates a biphasic solution. DNA and RNA remain in the upper aqueous phase, while proteins, lipids and polysaccharides are sequestered in the inter- and organic-phases respectively. Retention of the aqueous phase and repeated phenol extractions generates a clean sample. Following phenol extractions, RNase A is added to eliminate contaminating RNA. Additional phenol extractions following incubation with RNase A are used to remove any remaining enzyme. The addition of sodium acetate and isopropanol precipitates DNA, and high speed centrifugation is used to pellet the DNA and facilitate isopropanol removal. Excess salts carried over from precipitation can interfere with subsequent enzymatic assays, but can be removed from the DNA by washing with 70% ethanol, followed by centrifugation to re-pellet the DNA 3. DNA is re-suspended in distilled water or the buffer of choice, quantified and stored at -20&deg;C. Purified DNA can subsequently be used in downstream applications which include, but are not limited to, PCR, array comparative genomic hybridization 4 (array CGH), methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP) and sequencing, allowing for an integrative analysis of tissue/tumor samples.

This video demonstrates the protocol for DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded material. This is a multi-day procedure in which tissue sections are deparaffinized with xylene, rehydrated with ethanol and treated with proteinase K to purify and isolate DNA for subsequent gene-specific or genome-wide analysis.

Genetik ve epigenetik Analizleri Parafin Gömülü Malzeme DNA Ekstraksiyon

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using noninvasive sampling techniques to investigate population genetics and demography of wild populations1. This approach has proven to be especially useful when dealing with rare or elusive species2. While a number of these methods have been developed to sample hair, feces and other biological material from carnivores and medium-sized mammals, they have largely remained untested in elusive small mammals. In this video, we present a novel, inexpensive and noninvasive hair snare targeted at an elusive small mammal, the American pika (Ochotona princeps). We describe the general set-up of the hair snare, which consists of strips of packing tape arranged in a web-like fashion and placed along travelling routes in the pikas&#x2019; habitat. We illustrate the efficiency of the snare at collecting a large quantity of hair that can then be collected and brought back to the lab. We then demonstrate the use of the DNA IQ system (Promega) to isolate DNA and showcase the utility of this method to amplify commonly used molecular markers including nuclear microsatellites, amplified fragment length polymorphisms (AFLPs), mitochondrial sequences (800bp) as well as a molecular sexing marker. Overall, we demonstrate the utility of this novel noninvasive hair snare as a sampling technique for wildlife population biologists. We anticipate that this approach will be applicable to a variety of small mammals, opening up areas of investigation within natural populations, while minimizing impact to study organisms.

We present a noninvasive sampling approach to efficiently collect hair samples from elusive small mammals, as shown for the American pika. We demonstrate the utility of this method by extracting DNA from sampled hair and amplifying several types of molecular markers commonly used in studies of wildlife ecology and conservation.

Elusive Küçük Memeliler Yüksek Kalite DNA Edinme Noninvaziv Saç Örnekleme Tekniği

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Rapid Genetic Analysis of Epithelial-Mesenchymal Signaling During Hair Regeneration

Hair follicle morphogenesis, a complex process requiring interaction between epithelia-derived keratinocytes and the underlying mesenchyme, is an attractive model system to study organ development and tissue-specific signaling. Although hair follicle development is genetically tractable, fast and reproducible analysis of factors essential for this process remains a challenge. Here we describe a procedure to generate targeted overexpression or shRNA-mediated knockdown of factors using lentivirus in a tissue-specific manner. Using a modified version of a hair regeneration model 5, 6, 11, we can achieve robust gain- or loss-of-function analysis in primary mouse keratinocytes or dermal cells to facilitate study of epithelial-mesenchymal signaling pathways that lead to hair follicle morphogenesis. We describe how to isolate fresh primary mouse keratinocytes and dermal cells, which contain dermal papilla cells and their precursors, deliver lentivirus containing either shRNA or cDNA to one of the cell populations, and combine the cells to generate fully formed hair follicles on the backs of nude mice. This approach allows analysis of tissue-specific factors required to generate hair follicles within three weeks and provides a fast and convenient companion to existing genetic models.

Tissue-specific analysis of a hair follicle regeneration model using lentivirus to mediate gain- or loss-of-function.

Saç Rejenerasyon sırasında epitelyal-mezenkimal Sinyal Rapid Genetik Analizi

Hair follicle morphogenesis, a complex process requiring interaction between epithelia-derived keratinocytes and the underlying mesenchyme, is an ...

Analysis of Gene Function and Visualization of Cilia-Generated Fluid Flow in Kupffer's Vesicle

Internal organs such as the heart, brain, and gut develop left-right (LR) asymmetries that are critical for their normal functions1. Motile cilia are involved in establishing LR asymmetry in vertebrate embryos, including mouse, frog, and zebrafish2-6. These 'LR cilia' generate asymmetric fluid flow that is necessary to trigger a conserved asymmetric Nodal (TGF-&beta; superfamily) signaling cascade in the left lateral plate mesoderm, which is thought to provide LR patterning information for developing organs7. Thus, to understand mechanisms underlying LR patterning, it is essential to identify genes that regulate the organization of LR ciliated cells, the motility and length of LR cilia and their ability to generate robust asymmetric flow.
In the zebrafish embryo, LR cilia are located in Kupffer's vesicle (KV)2,4,5. KV is comprised of a single layer of monociliated epithelial cells that enclose a fluid-filled lumen. Fate mapping has shown that KV is derived from a group of ~20-30 cells known as dorsal forerunner cells (DFCs) that migrate at the dorsal blastoderm margin during epiboly stages8,9. During early somite stages, DFCs cluster and differentiate into ciliated epithelial cells to form KV in the tailbud of the embryo10,11. The ability to identify and track DFCs&mdash;in combination with optical transparency and rapid development of the zebrafish embryo&mdash;make zebrafish KV an excellent model system to study LR ciliated cells.
Interestingly, progenitors of the DFC/KV cell lineage retain cytoplasmic bridges between the yolk cell up to 4 hr post-fertilization (hpf), whereas cytoplasmic bridges between the yolk cell and other embryonic cells close after 2 hpf8. Taking advantage of these cytoplasmic bridges, we developed a stage-specific injection strategy to deliver morpholino oligonucleotides (MO) exclusively to DFCs and knockdown the function of a targeted gene in these cells12. This technique creates chimeric embryos in which gene function is knocked down in the DFC/KV lineage developing in the context of a wild-type embryo. To analyze asymmetric fluid flow in KV, we inject fluorescent microbeads into the KV lumen and record bead movement using videomicroscopy2. Fluid flow is easily visualized and can be quantified by tracking bead displacement over time.
Here, using the stage-specific DFC-targeted gene knockdown technique and injection of fluorescent microbeads into KV to visualize flow, we present a protocol that provides an effective approach to characterize the role of a particular gene during KV development and function.

Cilia-generated fluid flow in Kupffer&#x2019;s Vesicle (KV) controls left-right patterning of the zebrafish embryo. Here, we describe a technique to modulate gene function specifically in KV cells. In addition, we show how to deliver fluorescent beads into KV to visualize fluid flow.

Kupffer en veziküllü Gen Fonksiyonu ve Cilia Oluşturulan Akışkanın Görselleştirme Analizi

Internal organs such as the  heart, brain, and gut develop left-right (LR) asymmetries that are critical for  their normal functions1. Motile cilia are ...

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, which are lipid signals derived from polyunsaturated fatty acids (PUFAs)10-14. These signalling molecules are difficult to study because of their low abundance and reactive nature. The characteristic feature of prostaglandins is a cyclopentane ring structure located within the fatty acid backbone. In mammals, prostaglandins can be formed through cyclooxygenase enzyme-dependent and -independent pathways10,15. C. elegans synthesizes a wide array of prostaglandins independent of cyclooxygenases6,16,17. A large class of F-series prostaglandins has been identified, but the study of eicosanoids is at an early stage with ample room for new discoveries. Here we describe a procedure for extracting and analyzing prostaglandins and other eicosanoids. Charged lipids are extracted from mass worm cultures using a liquid-liquid extraction technique and analyzed by liquid chromatography coupled to electrospray ionization tandem mass spectrometry (LC-ESI-MS/MS). The inclusion of deuterated analogs of prostaglandins, such as PGF2 &alpha;-d4 as an internal standard is recommended for quantitative analysis. Multiple reaction monitoring or MRM can be used to quantify and compare specific prostaglandin types between wild-type and mutant animals. Collision-induced decomposition or MS/MS can be used to obtain information on important structural features. Liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) survey scans of a selected mass range, such as m/z 315-360 can be used to evaluate global changes in prostaglandin levels. We provide examples of all three analyses. These methods will provide researchers with a toolset for discovering novel eicosanoids and delineating their metabolic pathways.

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

In this paper, we describe an optimized procedure for extracting and analyzing prostaglandins and other eicosanoids from C. elegans using LC-MS/MS.

Prostaglandin Ekstraksiyon ve Analiz<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

Extraction of Venom and Venom Gland Microdissections from Spiders for Proteomic and Transcriptomic Analyses

Venoms are chemically complex secretions typically comprising numerous proteins and peptides with varied physiological activities. Functional characterization of venom proteins has important biomedical applications, including the identification of drug leads or probes for cellular receptors. Spiders are the most species rich clade of venomous organisms, but the venoms of only a few species are well-understood, in part due to the difficulty associated with collecting minute quantities of venom from small animals. This paper presents a protocol for the collection of venom from spiders using electrical stimulation, demonstrating the procedure on the Western black widow (Latrodectus hesperus). The collected venom is useful for varied downstream analyses including direct protein identification via mass spectrometry, functional assays, and stimulation of venom gene expression for transcriptomic studies. This technique has the advantage over protocols that isolate venom from whole gland homogenates, which do not separate genuine venom components from cellular proteins that are not secreted as part of the venom. Representative results demonstrate the detection of known venom peptides from the collected sample using mass spectrometry. The venom collection procedure is followed by a protocol for dissecting spider venom glands, with results demonstrating that this leads to the characterization of venom-expressed proteins and peptides at the sequence level.

This article provides a protocol for the extraction of venom from spiders using electrical stimulation in order to 1) conduct proteomic characterization, 2) stimulate venom gland gene expression, and 3) perform functional studies of venoms. This is followed by a description of venom gland microdissections for gene expression studies.

Proteomik ve Transkriptomik Analizleri Spiderlardan Venom çıkarımı ve Venom Bezi Microdissections

Venoms are chemically complex secretions typically comprising numerous proteins and peptides with varied physiological activities. Functional ...

A New Technique for Quantitative Analysis of Hair Loss in Mice Using Grayscale Analysis

Alopecia is a common form of hair loss which can occur in many different conditions, including male-pattern hair loss, polycystic ovarian syndrome, and alopecia areata. Alopecia can also occur as a side effect of chemotherapy in cancer patients. In this study, our goal was to develop a consistent and reliable method to quantify hair loss in mice, which will allow investigators to accurately assess and compare new therapeutic approaches for these various forms of alopecia. The method utilizes a standard gel imager to obtain and process images of mice, measuring the light absorption, which occurs in rough proportion to the amount of black (or gray) hair on the mouse. Data that has been quantified in this fashion can then be analyzed using standard statistical techniques (i.e., ANOVA, T-test). This methodology was tested in mouse models of chemotherapy-induced alopecia, alopecia areata and alopecia from waxing. In this report, the detailed protocol is presented for performing these measurements, including validation data from C57BL/6 and C3H/HeJ strains of mice. This new technique offers a number of advantages, including relative simplicity of application, reliance on equipment which is readily available in most research laboratories, and applying an objective, quantitative assessment which is more robust than subjective evaluations. Improvements in quantification of hair growth in mice will improve study of alopecia models and facilitate evaluation of promising new therapies in preclinical studies.

Alopecia is a common form of hair loss which can occur in many different conditions, including as a side-effect of chemotherapy. We have developed a method to quantify hair loss in mice, utilizing a standard gel imager to perform a grayscale analysis, to facilitate study of promising new alopecia therapies.

Gri tonlama Analizi İle Farelerde Saç Dökülmesi Kantitatif Analiz Yeni Bir Teknik

Alopecia is a common form of hair loss which can occur in many different conditions, including male-pattern hair loss, polycystic ovarian syndrome, and ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone function is mediated by extensive post-translational modification by a myriad of nuclear proteins. These modifications are critical for nuclear integrity as they regulate chromatin structure and recruit enzymes involved in gene regulation, DNA repair and chromosome condensation. Even though a large part of the scientific community adopts antibody-based techniques to characterize histone PTM abundance, these approaches are low throughput and biased against hypermodified proteins, as the epitope might be obstructed by nearby modifications. This protocol describes the use of nano liquid chromatography (nLC) and mass spectrometry (MS) for accurate quantification of histone modifications. This method is designed to characterize a large variety of histone PTMs and the relative abundance of several histone variants within single analyses. In this protocol, histones are derivatized with propionic anhydride followed by digestion with trypsin to generate peptides of 5 - 20 aa in length. After digestion, the newly exposed N-termini of the histone peptides are derivatized to improve chromatographic retention during nLC-MS. This method allows for the relative quantification of histone PTMs spanning four orders of magnitude.

This protocol outlines a fully integrated workflow for characterizing histone post-translational modifications using mass spectrometry (MS). The workflow includes histone purification from cell cultures or tissues, histone derivatization and digestion, MS analysis using nano-flow liquid chromatography and instructions for data analysis. The protocol is designed for completion within 2 - 3 days.

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...