JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

تعد الطريقة السريعة والدقيقة للكشف عن الملوية البوابية واختبار مقاومة الأدوية مهمة جدا للقضاء على بكفاءة في الممارسة السريرية. يهدف هذا البروتوكول إلى تقديم منهجية محددة تتضمن تفاعل البوليميراز الكمي للغشاء المخاطي في المعدة (qPCR) للكشف السريع عن الملوية البوابية ومقاومة المضادات الحيوية.

Abstract

هيليكوباكتر بيلوري هو أحد مسببات الأمراض الرئيسية التي تصيب ما يقرب من نصف سكان العالم وتهدد الصحة العامة بسبب مقاومتها المتزايدة للمضادات الحيوية. إلى جانب ذلك ، فإن هيليكوباكتر بيلوري مسؤول أيضا عن التهاب المعدة المزمن وقرحة المعدة والاثني عشر وسرطان المعدة وسرطان الغشاء المخاطي للأنسجة اللمفاوية المرتبطة بالغشاء المخاطي في المعدة (MALT). لذلك ، من الضروري إجراء تشخيص دقيق وفي الوقت المناسب لملوية البوابية وتحديد مقاومتها للمضادات الحيوية. في الوقت الحاضر ، تشمل الطرق الحالية لتشخيص الملوية البوابية بشكل أساسي اختبار اليورياز السريع (RUT) ، واختبار تنفس اليوريا (UBT) ، واختبار الأجسام المضادة في الدم ، واختبار المستضد ، وتنظير المعدة ، والثقافة البكتيرية. ومع ذلك ، لا يمكن استزراع البكتيريا من خلال طرق الكشف الخمس الأولى ، ناهيك عن الكشف عن مقاومة الأدوية. تستغرق الثقافة البكتيرية وقتا طويلا ، ولا يمكن إجراء اختبارات حساسية المضادات الحيوية بسرعة وبشكل روتيني. في البيئات السريرية ، يعد التعرف السريع والدقيق على الملوية البوابية وقابليتها للتأثر بالمضادات الحيوية أمرا بالغ الأهمية للتخلص منه بشكل فعال. الهدف من هذا البروتوكول هو تحديد نهج مستهدف يستخدم تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) على عينات الغشاء المخاطي في المعدة لتسريع تشخيص الملوية البوابية وتقييم مقاومتها للعوامل المضادة للميكروبات. تم استغلال qPCR للكشف عن جين ureA لعدوى الملوية البوابية والطفرات في جينات 23S rRNA و gyrA المرتبطة بمقاومة الكلاريثرومايسين والكينولونات ، على التوالي. حاليا ، لا تزال هناك تحديات في الغشاء المخاطي في المعدة qPCR بسبب عدم وجود إجراءات تشغيل قياسية. لذلك ، من الضروري مشاركة المنهجيات مع التفاصيل التجريبية لضمان الاتصال الدقيق للإجراءات التجريبية ، مما يساهم في بروتوكولات المعيار الذهبي التي تتيح قدرا أكبر من الشفافية. بشكل عام ، يقدم هذا البروتوكول بديلا اقتصاديا وسريعا للطرق التقليدية لتقييم عدوى الملوية البوابية وماوومتها للمضادات الحيوية من خلال تطبيق تقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR).

Introduction

بكتيريا الملوية البوابية هي بكتيريا سالبة الجرام يمكنها البقاء على قيد الحياة في وجود مستوى منخفض من الأكسجين. ينتمي الكائن الحي إلى العديد من التجمعات الجينية المتميزة ويظهر تنوعا جينيا عاليا. على الرغم من أن الكائن الحي عادة ما يكون حلزونيا ، إلا أنه يمكن تغييره إلى قضيب1. إنه عامل ممرض رئيسي يصيب ما يقرب من 50٪ من سكان العالم2. في الغالب ، تحدث العدوى عندما يظل المرضى حاملين أصحاء أثناء الطفولة ، وتظهر الأعراض في وقت لاحق من مرحلة البلوغ. تم الإبلاغ عن أنه مرتبط بالتهاب المعدة المزمن وقرحة المعدة والاثني عشر وسرطان المعدة والأنسجة اللمفاوية المرتبطة بالغشاء المخاطي في المعدة (MALT)سرطان الغدد الليمفاوية 3. يمكن أن تنبع الاختلافات في مظاهر عدوى الملوية البوابية من عناصر الإمراض للسلالات البكتيرية المتميزة ، بالإضافة إلى سمات المضيف وأنماطه الغذائية4. يشير البحث إلى أن الرجال الذين يمارسون التدخين واستهلاك الكحول أكثر عرضة للإصابة بعدوى الملوية البوابية 5. تم التحقق من فعالية القضاء على الملوية البوابية للوقاية من سرطان المعدة والآفات السرطانية في العديد من الدراسات6،7. لذلك ، تم نصح استئصال الملوية البوابية كتدبير وقائي من قبل الوكالة الدولية لأبحاث السرطان التابعة لمنظمة الصحة العالمية(WHO) 8.

يعد التشخيص السريع والدقيق لعدوى الملوية البوابية جزءا مهما من العلاج لمعظم الأفراد الذين يعانون من عسر الهضم بدون أعراض. يتضمن تشخيص بكتيريا الملوية البوابية مزيجا من الأساليب الغازية وغير الغازية. تشمل التقنيات الغازية عادة التنظير الداخلي للتصور المباشر ، والتحليل النسيجي لعينات الأنسجة ، واختبار اليورياز السريع (RUT) للكشف عن النشاط البكتيري ، واستزراع البكتيريا. من ناحية أخرى ، تشتمل الاستراتيجيات غير الغازية على اختبار تنفس اليوريا (UBT) ، الذي يقيس التمثيل الغذائي البكتيري. اختبار مستضد البراز (SAT) ، الذي يكتشف البروتينات البكتيرية في البراز ؛ الاختبارات المصلية التي تبحث عن الأجسام المضادة في الدم ؛ والتشخيص الجزيئي الذي يستخدم المواد الوراثية للكشف. في حين أن كل طريقة من طرق التشخيص هذه تأتي مع مجموعة من الفوائد والعيوب الخاصة بها ، في مجال الممارسة السريرية ، لا توجد طريقة واحدة معترف بها عالميا باعتبارها المعيار النهائي9.

حاليا ، العلاج الأساسي لعدوى الملوية البوابية هو المضادات الحيوية. ومع ذلك ، فإن معدلات نجاح العلاجات المضادة للميكروبات التي تهدف إلى استئصال بكتيريا الملوية البوابية آخذة في الانخفاض، تعزى إلى عوامل مختلفة. يشتبه في أن الأسباب الرئيسية لعدم فعالية العلاج هي مقاومة البكتيريا للعوامل المضادة للميكروبات والتزام المرضى بالنظام الموصوف10. على وجه التحديد ، سلالات الملوية البوابية المقاومة للكلاريثرومايسين كانت موضوع بحث مكثف11. وتتزايد هذه المقاومة في العديد من الدول. ترجع مقاومة الملوية البوابية بشكل أساسي إلى الطفرات في جين المنطقة المتغيرة ل 23S rRNA ، مما يسبب تغيرات توافقية في الريبوسوم. وبالتالي ، يتغير موقع الارتباط للكلاريثرومايسين ، مما يؤدي إلى ضعف التقارب بين H. pylori و clarithromycin ، مما يمنع تثبيط تخليق البروتين البكتيري12. من المعروف أن الطفرات في المواضع A2143G و A2142G و A2142C ضمن الجزء 2.9 كيلو بايت من جين 23S rRNA تمنح مقاومة للكلاريثروميسين. كان انتشار مقاومة الفلوروكينولونات أيضا محور العديد من التحقيقات. وثقت الدراسات معدلات مقاومة لليفوفلوكساسين عند 34.5٪ في الصين و 22.1٪ في إيطاليا13. تعمل أدوية الكينولون بشكل أساسي على توبويزوميراز الملوية البوابية II عن طريق تثبيط نشاط الإنزيم ، مما يؤثر على تخليق الحمض النووي وتكراره والبنية الثانوية ، وبالتالي تحقيق أغراض مضادة للبكتيريا. إذا حدثت طفرات في الجينات التي تشفر الوحدات الفرعية توبويزوميراز ، gyrA ، و gyrB ، فسوف يمنع ارتباط المضادات الحيوية مثل الليفوفلوكساسين والإنزيم ، مما يؤدي إلى عدم القدرة على تثبيط تكاثر جينوم الملوية البوابية ، مما يسبب المقاومة. من بين هذه ، تتركز النقاط الساخنة للطفرات في جين gyrA في الأحماض الأمينية 87 و 91 ، بينما تحدث الطفرات في جين gyrB بشكل أقل تواترا وغالبا ما تكون مصحوبة بطفرات في gyrA14. تشمل مواقع الطفرة لجين مقاومة الليفوفلوكساسين بشكل أساسي مواقع الطفرات الستة (A260T ، C261A ، T261G ، G271A ، G271T ، A272G) الموجودة في جين gyrA. أدى تحديد آليات المقاومة الناجمة عن التغيرات الجينية إلى انتقال تدريجي في الكشف عن بكتيريا الملوية البوابية ، والابتعاد عن الأساليب القائمة على الثقافة نحو تقنيات التشخيص الجزيئي.

UBT و SAT هما الاختبارات غير الغازية الأكثر شيوعا ، لكنهما لا يستطيعان توفير معلومات عن الحساسية للأدوية. وبالتالي ، فإن تطوير تقنية سريعة وشاملة للكشف عن الملوية البوابية وتقييم مقاومتها للأدوية أمر بالغ الأهمية للتخلص منه بشكل فعال في البيئاتالسريرية 15. من بين تقنيات الكشف الجزيئي ، شهد تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) تطورات كبيرة. على عكس تفاعل البوليميراز المتسلسل القياسي ، يلغي qPCR الحاجة إلى الرحلان الكهربائي للهلام ويتيح القياس الكمي الدقيق للحمض النووي أو الحمض النووي الريبي من خلال دمج بادئات ومجسات محددة أثناء مرحلة التلدين. توفر مجموعات qPCR المتوفرة تجاريا الآن القدرة على تحديد عدوى الملوية البوابية ومقاومة الأدوية16.

في الأساس ، هناك حاجة سريرية فورية لنهج تشخيصي قوي وشامل ، قادر على الكشف عن عدوى الملوية البوابية وتقييم مقاومة الأدوية بشكل متزامن. اعتمدنا تحليل qPCR الغشاء المخاطي في المعدة للكشف عن الملوية البوابية ومقاومة المضادات الحيوية باستخدام مجسات أولية مختلفة.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

أجريت الدراسة الحالية وفقا للاعتبارات الأخلاقية التي وضعتها اللجنة الأخلاقية لمستشفى الشعب بمقاطعة قوانغدونغ ، الجامعة الطبية الجنوبية ، قوانغتشو ، الصين (رقم الموافقة: KY2024-1115-01). تم تسجيل المرضى الذين تتراوح أعمارهم بين 18 و 60 عاما في هذه الدراسة. في هذه الدراسة ، تم استبعاد المشاركين إذا كانوا قد تناولوا مؤخرا المضادات الحيوية أو العلاجات العشبية المضادة للبكتيريا أو مثبطات مضخة البروتون (PPIs) أو مضادات مستقبلات H2 خلال أسبوعين قبل الاختبار. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الأفراد الذين خضعوا للعلاج المضاد ل H. pylori خلال الأشهر الثلاثة الماضية ، أو أولئك الذين يعانون من مشاكل قلبية أو كبدية أو كلوية كبيرة أو اعتلال عصبي شديد أو اضطرابات نفسية لم يكونوا مؤهلين للمشاركة. تم استبعاد أولئك الذين لديهم موانع لفحص تنظير المعدة ، مثل انثقاب الجهاز الهضمي ، والتقدم في السن ، والعلامات الحيوية غير المستقرة ، وما إلى ذلك. كما لم تشمل الدراسة النساء الحوامل أو المرضعات. يتضمن نموذج الموافقة المستنيرة للموضوعات بشكل أساسي المحتويات التالية: (1) خلفية البحث والغرض منه. (2) من هو غير المناسب للمشاركة في هذا المشروع البحثي؟ (3) ما هي متطلبات المشاركة في البحث؟ (4) الفوائد المحتملة للمشاركة في البحوث؛ (5) ردود الفعل السلبية المحتملة والمخاطر وعدم الراحة ؛ (6) حماية الخصوصية؛ (7) حقوق الموضوع؛ (8) إعلان الموضوع؛ (9) بيان الباحث ، إلخ.

1. أخذ عينات من الغشاء المخاطي في المعدة

  1. تحضير مستهلكات أخذ العينات
    1. تحضير أنبوب أخذ العينات الذي يحتوي على محلول التخزين.
    2. تحضير ملقط خزعة المعدة بالمنظار.
  2. تحضير كائنات أخذ العينات
    1. اجمع عينات من المرضى الذين يعانون من التهاب المعدة المزمن أو قرحة المعدة أو قرحة الاثني عشر أو سرطان المعدة أو المرضى المشتبه بهم. جمع العينات مع الحفاظ على الإجراءات المعقمة.
      ملاحظة: تضمنت العينات التي تم جمعها أنسجة الغشاء المخاطي في المعدة من المرضى أو المرضى المشتبه بهم.
    2. تأكد من تاريخ الدواء.
      1. تأكد من عدم تناول المريض أي مضادات حيوية وبزموت للملوية البوابية في غضون 4 أسابيع وعدم تناول مثبطات الأحماض في غضون أسبوعين.
      2. اطلب من المرضى الذين يتناولون الأدوية المضادة للتخثر (الوارفارين والأسبرين والكلوبيدوجريل وما إلى ذلك) التوقف عن تناول الأدوية لمدة 5-7 أيام.
  3. جمع العينات
    1. موقع أخذ العينات
      1. وفقا لمتطلبات نظام سيدني الجديد ، خذ عينات خزعة من antrum المعدة ، والانحناء الكبير والصغير لجسم المعدة ، والزاوية المعدية (ما مجموعه 5 نقاط). يتم عرض المواقع المحددة في الشكل 1. منحنى صغير من الجيب البوابي 2-3 سم من حلقة البواب (A1) وانحناء كبير (A2) ؛ 4 سم من المعدة (ب1) وثني كبير 8 سم من القلب (ب2) ؛ ركن المعدة (IA).
      2. وفقا لإجماع الخبراء على توحيد خزعة الجهاز الهضمي بالمنظار والفحص المرضي في الصين (مسودة) ، خذ عينات خزعة من الجانب الصغير من الجيوب الأنفية المعدية على بعد 5 سم من البواب (المجاور لزاوية المعدة) أو الجانب الكبير من زاوية المعدة (خزعة 1-2 قطعة).
    2. وصف موقع جمع العينات الخاصة
      1. بالنسبة للمرضى الذين يخضعون لأي علاج ، بعد الانسحاب لمدة 4 أسابيع ، يجب جمع عينات من أنتروم المعدة وجسم المعدة في وقت واحد.
      2. بالنسبة لمرضى سرطان المعدة ، اجمع الأنسجة من الانحناء الكبير للمعدة ولكن ليس من أنسجة الورم.
      3. بالنسبة للمرضى الذين يعانون من قرحة المعدة ، اجمع المضاف المعدي وأنسجة حافة قرحة المعدة. لا تجمع الجزء السفلي من القرحة.
      4. بالنسبة للمرضى الذين يعانون من التهاب المعدة الضموري ، قم بجمع antrum المعدة وجسم المعدة. لا تجمع عينات من ضمور الغشاء المخاطي في المعدة ومناطق الحؤول المعوي.
    3. خطوات أخذ العينات
      1. افتح صمام مشبك الخزعة وحركه ببطء إلى اليد المهيمنة. عندما يكون رأس الملقط في مجال الرؤية ، افتح رفرف المشبك وقم بمعالجة المنظار عند الغشاء المخاطي للمعدة في موقع أخذ العينات.
      2. ضع ضغطا طفيفا ، وأغلق ملقط الخزعة ، وقم بتثبيت أنسجة الغشاء المخاطي في المعدة (القطر: 0.5-1 مم ، حوالي 5-10 مجم / كتلة). استخرج عينات الأنسجة باستخدام الكماشة الموجودة في أنبوب أخذ العينات (بما في ذلك سائل الحفظ) لإكمال الموقع.
      3. استمر في إكمال أخذ عينات من المواقع الأخرى ووضعها في نفس أنبوب أخذ العينات (بما في ذلك محلول الحفظ).
      4. أكمل أخذ العينات من جميع المواقع ، وشد غطاء أنبوب أخذ العينات ، وأغلق لمنع الجفاف. قم بتسمية الأنابيب برقم تعريف فريد من الخارج.
      5. تقديم العينات التي تم جمعها للاختبار في أقرب وقت ممكن. لا تضع العينات في درجة حرارة الغرفة (RT) لأكثر من 24 ساعة. تجنب التجميد المتكرر وذوبان العينات السريرية أثناء النقل لمسافات طويلة. إذا تعذر ضمان درجة حرارة -20 ± 5 درجة مئوية ، فقم بنقلها عند 0-8 درجة مئوية. قم بتخزين العينات لمدة خمسة أشهر عند -20 ± 5 درجة مئوية ، وللتخزين طويل الأجل ، احتفظ بها أقل من -70 درجة مئوية.
    4. الاحتياطات
      1. عند أخذ العينات، اضغط على ملقط الخزعة بعمق قدر الإمكان للوصول إلى الطبقة الكاملة من الغشاء المخاطي.
      2. عند إزالة ملقط الخزعة وفتح الخزعة، كن لطيفا لمنع تمزق الغشاء المخاطي.

2. استخراج الحمض النووي

  1. اضبط درجة حرارة الحمام المعدني على 100 درجة مئوية مسبقا ؛ إذا تم تجميد العينة ، فقم بإزالتها واستعادتها إلى RT.
  2. اخلطي المحللة جيدا لتعليق راتنج حمض إيمينودي أسيتيك. خذ 100 ميكرولتر من المحللة في أنبوب الطرد المركزي مع عنصر المرشح ، أو أضف أنسجة الغشاء المخاطي في المعدة مباشرة إلى أنبوب الطرد المركزي مع 200 ميكرولتر من المحللة واخلطها مع تذبذب الدوامة.
  3. ضع أنبوب الطرد المركزي في حمام معدني عند 100 درجة مئوية لمدة 10 دقائق ، ثم أخرجه واتركه يبرد إلى RT.
  4. جهاز طرد مركزي عند 9500 جم لمدة 5-10 دقائق. ارسم المادة الطافية بعناية إلى أنبوب طرد مركزي معقم آخر وقم بتمييزه.
  5. قم بإجراء التجربة التالية على الفور أو قم بتخزينها مؤقتا عند 4 درجات مئوية للفحص.

3. الكشف عن qPCR للبكتيريا الملوية البوابية والجينات المقاومة للأدوية (كلاريثرومايسين وكينولونات)

  1. قم بإزالة مسبار التمهيدي ومحلول الإنزيم المختلط ومخزن الكشف المؤقت من المجموعة. قم بإذابة جميع المكونات على الجليد أو 2-8 درجة مئوية ، واخلطها مع اهتزاز طفيف وطرد مركزي فوري بسرعة منخفضة.
  2. امزج 12.5 ميكرولتر من المخزن المؤقت للكشف + 7.0 ميكرولتر من المسبار التمهيدي + 0.5 ميكرولتر من محلول الإنزيم. احسب كمية كل كاشف أولا ، وأضفه إلى أنبوب الطرد المركزي بالحجم المناسب ، واخلطه جيدا ، وجهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة.
    ملاحظة: يجب حساب الكمية الإجمالية لمحلول تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل من خلال تضمين عدد عينات الاختبار ، وتحكم إيجابي قوي ، وتحكم إيجابي ضعيف ، وتحكم سلبي واحد ، وتحكم سلبي واحد في تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR).
  3. بعد تكوين محلول تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل ، أضف 20.0 ميكرولتر من محلول تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل إلى كل تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل جيدا. ثم أضف 5.0 ميكرولتر من الحمض النووي إلى تفاعل تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل جيدا باستخدام محلول تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). لا تضاف أي عينة أو حمض نووي إلى بئر التحكم السلبي PCR.
  4. ضع أنبوب التفاعل في جهاز التدوير الحراري PCR الفلوري واضبط معلمات الدورة على النحو التالي: أولا ، قم بتسخين خليط التفاعل عند 42 درجة مئوية و 95 درجة مئوية لمدة دقيقتين ؛ ثانيا ، تشوه طبيعة لمدة 10 ثوان عند 95 درجة مئوية ، صلب ويمتد لمدة 45 ثانية عند 58 درجة مئوية ، كرر لمدة 40 دورة.
  5. اجمع إشارات التألق مثل FAM (طفرة جينية 23S rRNA) ، HEX / VIC (طفرة جينية gyrA ) ، ROX (H. pylori) ، و CY5 (معيار داخلي) ، والبيانات عند 58 درجة مئوية.
  6. بعد التفاعل ، احفظ البيانات وقم بتحليلها باستخدام برنامج qPCR محدد.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

النتائج

تقييم عدوى الملوية البوابية ومقاومة المضادات الحيوية في أنسجة المعدة عن طريق qPCR
تم إجراء فحوصات qPCR لتحديد الملوية البوابية عن طريق استهداف جين ureA ، وتم التأكد من مقاومة المضادات الحيوية من خلال فحص طفرات محددة في جينات 23S rRNA و...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

يتم استغلال الاختبارات التقليدية مثل RUT و UBT والأنسجة والاستزراع وكذلك الأمصال للكشف عن الملوية البوابية. يقدم كل نهج تشخيصي مزايا مميزة ويواجه تحديات محددة اعتمادا على السياق السريري17. غالبا ما تعتبر زراعة الملوية البوابية من خزعات الغشاء المخاط...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

اي.

Acknowledgements

تم دعم هذا العمل بمنح من برنامج حضانة NSFC التابع ل GDPH (8220080645) ومشروع صندوق أبحاث العلوم والتكنولوجيا الطبية بمقاطعة قوانغدونغ (A2024108).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
Bath IncubatorALLSHENGMK2000-2Provide a constant temperature environment
Biosafety cabinetHaierHR1500-figure-materials-187B2
CentrifugeThermo Fisher ScientificTHERMO ST16RCentrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
Chelex-100 sigmaC7901Resin
Gastroscope biopsy forcepsBoston Scientific CorporationSampling of the gastric mucosa
Helicobacter pylori 23S rRNA gene and gyrA gene mutation detection kitJiangsu Mole BioscienceCFDA 20223400137qPCR detection kit for H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Nucleic acid extraction reagentJiangsu Mole BioscienceSEDA 20150076For DNA extraction
SDS SoftwareApplied Biosystems7300/7500Data analysis
ThermocylcerThermo Fisher ScientificABI 7500For qPCR detection of H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Vortex mixerJOANLABVM-5005For mixing reagent

References

  1. Sharndama, H. C., Mba, I. E. Helicobacter pylori: an up-to-date overview on the virulence and pathogenesis mechanisms. Braz J Microbiol. 53 (1), 33-50 (2022).
  2. Ravikumara, M. Helicobacter pylori in children: think before you kill the bug. Therap Adv Gastroenterol. 16 (6), 1-10 (2023).
  3. Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World J Gastroenterol. 27 (7), 545-560 (2021).
  4. Al-Ouqaili, M. T. S., et al. Study of vacuolating cytotoxin A (vacA) genotypes of ulcerogenic and non-ulcerogenic strains of Helicobacter pylori and its association with gastric disease. Saudi J Biol Sci. 30 (12), 103867(2023).
  5. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. J Emerg Med Trauma Acute Care. 6, 12(2022).
  6. Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nat Rev Clin Oncol. 20 (5), 338-349 (2023).
  7. Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
  8. Gao, T. Y., et al. Cancer burden and risk in the Chinese population aged 55 years and above: A systematic analysis and comparison with the USA and Western Europe. J Glob Health. 14, 04014(2024).
  9. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393(2021).
  10. Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Aliment Pharmacol Ther. 43 (4), 514-533 (2016).
  11. Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infect Drug Resist. 13 (1), 311-322 (2020).
  12. Saranathan, R., et al. Helicobacter pylori Infections in the Bronx, New York: Surveying antibiotic susceptibility and strain lineage by whole-genome sequencing. J Clin Microbiol. 58 (3), e01591-e01619 (2020).
  13. Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
  14. Palma, G. Z. D., et al. Occurrence of mutations in the antimicrobial target genes related to levofloxacin, clarithromycin, and amoxicillin resistance in Helicobacter pylori isolates from Buenos Aires city. Microb Drug Resist. 23 (3), 351-358 (2017).
  15. Zhang, L., Zhao, M., Fu, X. S. Gastric microbiota dysbiosis and Helicobacter pylori infection. Front Microbiol. 14, 1153269(2023).
  16. Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. Int J Med Sci. 14 (6), 595-601 (2017).
  17. Weingart, V., et al. Sensitivity of a novel stool antigen test for detection of Helicobacter pylori in adult outpatients before and after eradication therapy. J Clin Microbiol. 42 (3), 1319-1321 (2004).
  18. Chi, W. J., et al. A rapid and high-throughput multiplex genetic detection assay for detection, semi-quantification and virulence genotyping of Helicobacter pylori in non-invasive oral samples. Front Cell Infect Microbiol. 13, 1267288(2023).
  19. Zhang, Y. M., et al. Validation of a high-throughput multiplex genetic detection system for Helicobacter pylori identification, quantification, virulence, and resistance analysis. Front Microbiol. 7, 1401(2016).
  20. Gisbert, J. P. Empirical or susceptibility-guided treatment for Helicobacter pylori infection? A comprehensive review. Therap Adv Gastroenterol. 13, 1756284820968736(2020).
  21. Bénéjat, L., et al. Real-time PCR for Helicobacter pylori diagnosis. The best tools available. Helicobacter. 23 (5), e12512(2018).
  22. Vasapolli, R., et al. Real-time assessment of H. pylori infection to guide molecular antibiotic resistance testing: A combined endoscopy-gastric juice analysis approach. Aliment Pharmacol Ther. 61 (3), 465-471 (2025).
  23. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi J Biol Sci. 29 (1), 513-520 (2022).
  24. Wang, Y. H., et al. A systematic review and meta-analysis of genotypic methods for detecting antibiotic resistance in Helicobacter pylori. Helicobacter. 23 (2), e12467(2018).
  25. Egli, K., et al. Comparison of the diagnostic performance of qPCR, Sanger sequencing, and whole-genome sequencing in determining clarithromycin and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori. Front Cell Infect Microbiol. 10, 596371(2020).
  26. Liu, Y., et al. Relationship between Helicobacter pylori infection and colorectal polyp/colorectal cancer. World J Gastrointest Surg. 16 (4), 1008-1016 (2024).
  27. Oliver, A. S., Wu, F., Chen, Y. The role of gastric microbiota in gastric cancer. Gut Microbes. 11 (5), 1220-1230 (2020).
  28. Hulten, K. G., et al. Comparison of culture with antibiogram to next-generation sequencing using bacterial isolates and formalin-fixed, paraffin embedded gastric biopsies. Gastroenterology. 161 (5), 1433-1442 (2021).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

QPCR23S RRNAGyrA

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved