Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • תוצאות
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

שיטה מהירה ומדויקת לזיהוי הליקובקטר פילורי ובדיקת עמידות לתרופות היא משמעותית מאוד למיגור יעיל של הליקובקטר פילורי בפרקטיקה הקלינית. פרוטוקול זה נועד להציג מתודולוגיה ספציפית הכוללת תגובת שרשרת פולימראז כמותית של רירית הקיבה (qPCR) לזיהוי מהיר של הליקובקטר פילורי ועמידות לאנטיביוטיקה.

Abstract

הליקובקטר פילורי הוא פתוגן עיקרי המדביק כמעט מחצית מאוכלוסיית העולם ומאיים על בריאות הציבור בשל עמידותו הגוברת לאנטיביוטיקה. חוץ מזה, הליקובקטר פילורי אחראי גם לדלקת קיבה כרונית, כיבים בקיבה ותריסריון, קרצינומה של הקיבה ולימפומה של רקמת לימפה הקשורה לרירית הקיבה (MALT). לכן, חיוני לבצע אבחון בזמן ומדויק של הליקובקטר פילורי וקביעת עמידותו לאנטיביוטיקה. כיום, השיטות הקיימות לאבחון הליקובקטר פילורי כוללות בעיקר בדיקת אוראז מהיר (RUT), בדיקת נשימה אוריאה (UBT), בדיקת נוגדנים בסרום, בדיקת אנטיגן, גסטרוסקופיה ותרבית חיידקים. עם זאת, לא ניתן היה לגדל חיידקים באמצעות חמש שיטות הזיהוי הראשונות, שלא לדבר על זיהוי עמידות לתרופות. תרבית החיידקים גוזלת זמן, ולא ניתן לבצע בדיקות רגישות לאנטיביוטיקה במהירות ובשגרה. במסגרות קליניות, זיהוי מהיר ומדויק של הליקובקטר פילורי ורגישותו לאנטיביוטיקה הוא חיוני לחיסול יעיל שלו. מטרת פרוטוקול זה היא להתוות גישה ממוקדת המשתמשת בתגובת שרשרת פולימראז כמותית (qPCR) על דגימות רירית הקיבה כדי לזרז את האבחנה של הליקובקטר פילורי ולהעריך את עמידותו לחומרים אנטי-מיקרוביאליים. qPCR נוצל לאיתור הגן ureA לזיהום בהליקובקטר פילורי ומוטציות בגנים 23S rRNA ו-gyrA הקשורים לעמידות לקלריתרומיצין וקווינולונים, בהתאמה. נכון לעכשיו, נותרו אתגרים ב-qPCR של רירית הקיבה עקב היעדר נהלי הפעלה סטנדרטיים. לכן, חיוני לשתף מתודולוגיות עם פרטי ניסוי כדי להבטיח תקשורת מדויקת של נהלי ניסוי, מה שתורם לפרוטוקולים בתקן זהב המאפשרים שקיפות רבה יותר. בסך הכל, פרוטוקול זה מציע אלטרנטיבה חסכונית ומהירה לשיטות קונבנציונליות להערכת זיהום הליקובקטר פילורי ועמידותו לאנטיביוטיקה באמצעות יישום טכנולוגיית תגובת שרשרת פולימראז כמותית (qPCR).

Introduction

הליקובקטר פילורי הוא חיידק גרם שלילי שיכול לשרוד בנוכחות רמת חמצן נמוכה. האורגניזם שייך למספר אוכלוסיות גנטיות נפרדות ומראה מגוון גנטי גבוה. למרות שהאורגניזם בדרך כלל בצורת ספירלה, ניתן לשנות אותו למוט1. זהו פתוגן עיקרי שמדביק כמעט 50% מאוכלוסיית העולם2. לרוב, זיהום מתרחש כאשר החולים נשארים נשאים בריאים במהלך הילדות, והתסמינים באים לידי ביטוי מאוחר יותר בבגרות. דווח כי הוא יחסי לדלקת קיבה כרונית, כיבים בקיבה ותריסריון, קרצינומה של הקיבה ולימפומה 3 של רקמת הלימפה הקשורה לרירית הקיבה (MALT). הבדלים בביטויים של זיהום הליקובקטר פילורי יכולים לנבוע ממרכיבי הפתוגניות של זני חיידקים מובחנים, כמו גם מתכונות המארח ודפוסי התזונה שלהם4. המחקר מצביע על כך שגברים העוסקים בעישון וצריכת אלכוהול נמצאים בסיכון גבוה יותר להידבק בזיהומי הליקובקטר פילורי 5. היעילות של סילוק הליקובקטר פילורי למניעת סרטן הקיבה ונגעים טרום סרטניים אומתה במספר מחקרים 6,7. לכן, מיגור הליקובקטר פילורי הומלץ כאמצעי מניעה על ידי הסוכנות הבינלאומית לחקר סרטן8 של ארגון הבריאות העולמי (WHO).

האבחון המהיר והמדויק של זיהום בהליקובקטר פילורי הוא חלק קריטי בטיפול עבור רוב האנשים הסובלים מדיספפסיה אסימפטומטית. האבחנה של הליקובקטר פילורי כוללת שילוב של גישות פולשניות ולא פולשניות כאחד. הטכניקות הפולשניות כוללות בדרך כלל אנדוסקופיה להדמיה ישירה, ניתוח היסטולוגי של דגימות רקמה, בדיקת אוראז מהירה (RUT) לאיתור פעילות חיידקית ותרבית של החיידקים. מצד שני, אסטרטגיות לא פולשניות כוללות את בדיקת הנשימה אוריאה (UBT), המודדת את חילוף החומרים של החיידקים; בדיקת אנטיגן הצואה (SAT), המזהה חלבונים חיידקיים בצואה; בדיקות סרולוגיות המחפשות נוגדנים בדם; ואבחון מולקולרי המשתמש בחומר גנטי לזיהוי. בעוד שלכל אחת משיטות האבחון הללו יש סט יתרונות וחסרונות משלה, בתחום הפרקטיקה הקלינית, אין שיטה אחת המוכרת באופן אוניברסלי כאמת המידה האולטימטיבית9.

נכון לעכשיו, הטיפול העיקרי בזיהומי הליקובקטר פילורי הוא אנטיביוטיקה. עם זאת, שיעורי ההצלחה של טיפולים אנטי-מיקרוביאליים שמטרתם למגר את הליקובקטר פילורי נמצאים בירידה, המיוחסת לגורמים שונים. הגורמים העיקריים לחוסר יעילות הטיפול חשודים כעמידות החיידקים לחומרים אנטי-מיקרוביאליים והיצמדות החולים למשטר שנקבע10. באופן ספציפי, זנים של הליקובקטר פילורי העמידים לקלריתרומיצין היו נושא למחקר מקיף11. השכיחות של התנגדות כזו נמצאת בעלייה במדינות רבות. עמידות להליקובקטר פילורי נובעת בעיקר ממוטציות בגן האזור המשתנה של 23S rRNA, הגורם לשינויים קונפורמטיביים בריבוזום. כתוצאה מכך, אתר הקישור לקלריתרומיצין משתנה, מה שמוביל לזיקה מוחלשת בין הליקובקטר פילורי לקלריתרומיצין, מה שמונע עיכוב של סינתזת חלבון חיידקי12. מוטציות במיקומים A2143G, A2142G ו-A2142C בתוך מקטע 2.9 kb של הגן 23S rRNA ידועות כמקנות עמידות לקלריתרומיצין. התפשטות העמידות לפלואורוקווינולונים הייתה גם מוקד של מחקרים רבים. מחקרים תיעדו שיעורי עמידות ללבופלוקסצין ב-34.5% בסין ו-22.1% באיטליה13. תרופות קווינולון פועלות בעיקר על הטופואיזומראז II של הליקובקטר פילורי על ידי עיכוב פעילות האנזים, המשפיעות על סינתזת ושכפול ה-DNA והמבנה המשני, ובכך משיגות מטרות אנטיבקטריאליות. אם מתרחשות מוטציות בגנים המקודדים את תת-היחידות הטופואיזומראז, gyrA ו-gyrB, זה ימנע קשירה של אנטיביוטיקה כגון levofloxacin והאנזים, וכתוצאה מכך חוסר יכולת לעכב את שכפול הגנום של H. pylori , ובכך לגרום לעמידות. בין אלה, הנקודות החמות של מוטציות בגן gyrA מרוכזות בחומצות אמינו 87 ו-91, בעוד שמוטציות בגן gyrB מתרחשות בתדירות נמוכה יותר ולעתים קרובות מלוות במוטציות ב-gyrA14. מוקדי המוטציה של גן העמידות ללבופלוקסצין כוללים בעיקר את ששת אתרי המוטציות (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) הממוקמים בגן gyrA. זיהוי מנגנוני עמידות הנובעים משינויים גנטיים הוביל למעבר הדרגתי בגילוי הליקובקטר פילורי, תוך התרחקות משיטות מבוססות תרבית לטכניקות אבחון מולקולריות.

UBT ו-SAT הן הבדיקות הלא פולשניות הנבחרות ביותר, אך הן אינן יכולות לספק מידע על רגישות לתרופות. כתוצאה מכך, פיתוח טכניקה מהירה ומקיפה לאיתור הליקובקטר פילורי והערכת עמידותו לתרופות הוא חיוני לחיסול יעיל שלו במסגרות קליניות15. בין טכניקות הזיהוי המולקולרי, תגובת שרשרת פולימראז כמותית (qPCR) ראתה התקדמות משמעותית. בניגוד ל-PCR רגיל, qPCR מבטל את הצורך באלקטרופורזה בג'ל ומאפשר כימות מדויק של DNA או RNA על ידי שילוב פריימרים ובדיקות ספציפיות בשלב החישול. ערכות qPCR הזמינות מסחרית מציעות כעת את היכולת לזהות זיהומי הליקובקטר פילורי ועמידות לתרופות16.

בעיקרון, יש צורך קליני מיידי בגישה אבחנתית שהיא גם חזקה וגם מקיפה, המסוגלת לזהות זיהומי הליקובקטר פילורי ולהעריך עמידות לתרופות במקביל. אימצנו ניתוח qPCR של רירית הקיבה לזיהוי הליקובקטר פילורי ועמידות לאנטיביוטיקה באמצעות בדיקות פריימר שונות.

Protocol

המחקר הקיים נערך בהתאם לשיקולים אתיים שנקבעו על ידי הוועדה האתית של בית החולים העממי המחוזי גואנגדונג, האוניברסיטה הרפואית הדרומית, גואנגג'ואו, סין (מספר אישור: KY2024-1115-01). מטופלים בגילאי 18 עד 60 נרשמו למחקר זה. במחקר זה, המשתתפים לא נכללו אם נטלו לאחרונה אנטיביוטיקה, תרופות צמחיות אנטיבקטריאליות, מעכבי משאבת פרוטון (PPI) או אנטגוניסטים לקולטן H2 במהלך השבועיים שקדמו לבדיקה. בנוסף, אנשים שעברו טיפול נגד הליקובקטר פילורי בשלושת החודשים האחרונים, או אנשים עם בעיות לב, כבד או כליות משמעותיות, נוירופתיה חמורה או הפרעות פסיכיאטריות לא היו זכאים להשתתף. אלה עם התוויות נגד לבדיקת גסטרוסקופיה, כגון ניקוב במערכת העיכול, גיל מתקדם, סימנים חיוניים לא יציבים וכו', לא נכללו. המחקר גם לא כלל נשים הרות או מניקות. טופס ההסכמה מדעת של הנבדקים כולל בעיקר את התכנים הבאים: (1) רקע מחקרי ומטרה; (2) מי אינו מתאים להשתתף בפרויקט מחקר זה? (3) מהן הדרישות להשתתפות במחקר? (4) יתרונות אפשריים של השתתפות במחקר; (5) תגובות שליליות אפשריות, סיכונים ואי נוחות; (6) הגנת הפרטיות; (7) זכויות סובייקט; (8) הצהרת נושא; (9) הצהרת חוקר וכו'.

1. דגימת רירית הקיבה

  1. הכנת חומרים מתכלים לדגימה
    1. הכן את צינור הדגימה המכיל את תמיסת האחסון.
    2. הכן מלקחיים לביופסיה של גסטרוסקופ.
  2. הכנת חפצי דגימה
    1. אסוף דגימות מחולים עם דלקת קיבה כרונית, כיב קיבה, כיב בתריסריון, סרטן קיבה או חולים חשודים. אסוף דגימות השומרות על ההליכים האספטיים.
      הערה: הדגימות שנאספו כללו רקמת רירית קיבה מחולים או חולים חשודים.
    2. אשר את היסטוריית התרופות.
      1. ודא כי המטופל לא נלקח אנטיביוטיקה וביסמוט להליקובקטר פילורי תוך 4 שבועות וכי לא נלקח מעכב חומצה תוך שבועיים.
      2. בקשו ממטופלים הנוטלים תרופות נוגדות קרישה (וורפרין, אספירין, קלופידוגרל וכו') להפסיק ליטול תרופות למשך 5-7 ימים.
  3. אוסף דגימות
    1. אתר הדגימה
      1. על פי הדרישות של מערכת סידני החדשה, יש לקחת דגימות ביופסיה מאנטרום הקיבה, העיקול הגדול והקטן של גוף הקיבה ופינת הקיבה (סה"כ 5 נקודות). האתרים הספציפיים מוצגים באיור 1. עיקול קטן של הסינוס הפילורי 2-3 ס"מ מהטבעת הפילורית (A1) ועיקול גדול (A2); 4 ס"מ מהקיבה (B1) וכיפוף גדול 8 ס"מ מהקרדיה (B2); פינת קיבה (IA).
      2. על פי קונצנזוס מומחים על סטנדרטיזציה של ביופסיה אנדוסקופית של מערכת העיכול ובדיקה פתולוגית בסין (טיוטה), קח דגימות ביופסיה מהצד הקטן של סינוס הקיבה 5 ס"מ מהפילורוס (צמוד לפינת הקיבה) או מהצד הגדול של פינת הקיבה (ביופסיה 1-2 חתיכות).
    2. תיאור מיקום האיסוף של דגימות מיוחדות
      1. עבור חולים בכל טיפול, לאחר נסיגה למשך 4 שבועות, יש לאסוף דגימות גוף קיבה ואנטרום קיבה בו זמנית.
      2. לחולים עם סרטן הקיבה, יש לאסוף רקמה מהעקמומיות הגדולה של הקיבה אך לא מרקמת הגידול.
      3. לחולים עם כיבי קיבה, יש לאסוף את אנטרום הקיבה ואת רקמת קצה כיב הקיבה. אל תאסוף את תחתית הכיב.
      4. לחולים עם דלקת קיבה אטרופית, יש לאסוף אנטרום קיבה וגוף קיבה. אין לאסוף דגימות מאזורי ניוון רירית הקיבה ומטפלזיה במעי.
    3. שלבי דגימה
      1. פתח את שסתום מהדק הביופסיה והעבר אותו לאט ליד הדומיננטית. כאשר ראש המלקחיים נמצא בשדה הראייה, פתח את דש המהדק ותפעל את האנדוסקופ ברירית הקיבה של אתר הדגימה.
      2. יש להפעיל לחץ קל, לסגור את מלקחיים הביופסיה ולהדק את רקמת רירית הקיבה (קוטר: 0.5-1 מ"מ, כ-5-10 מ"ג/בלוק). חלץ את דגימות הרקמה עם הצבת בצינור הדגימה (כולל נוזל שימור) כדי להשלים את האתר.
      3. המשיכו להשלים את הדיגום של אתרים אחרים והניחו אותם באותו צינור דגימה (כולל תמיסת שימור).
      4. השלם את הדגימה של כל האתרים, הדק את מכסה צינור הדגימה ואטום כדי למנוע התייבשות. סמן את הצינורות עם מספר זיהוי ייחודי מבחוץ.
      5. הגש את הדגימות שנאספו לבדיקה בהקדם האפשרי. אין להניח את הדגימות בטמפרטורת החדר (RT) למשך יותר מ-24 שעות. הימנע מהקפאה והפשרה חוזרת של דגימות קליניות במהלך הובלה למרחקים ארוכים. אם לא ניתן להבטיח טמפרטורה של -20 ± 5 מעלות צלזיוס, העבירו אותם בטמפרטורה של 0-8 מעלות צלזיוס. אחסן את הדגימות לתקופה של חמישה חודשים בטמפרטורה של -20 ± 5 מעלות צלזיוס, ולאחסון לטווח ארוך שמור אותן מתחת ל-70 מעלות צלזיוס.
    4. אמצעי זהירות
      1. בעת הדגימה, לחץ על מלקחיים הביופסיה עמוק ככל האפשר כדי להגיע לכל שכבת הרירית.
      2. בעת הסרת מלקחיים לביופסיה ופתיחת הביופסיה, יש לנהוג בעדינות כדי למנוע קרעים ברירית.

2. מיצוי חומצות גרעין

  1. התאם מראש את הטמפרטורה של אמבט המתכת ל 100 מעלות צלזיוס; אם הדגימה קפואה, הסר אותה ושחזר אותה למצב RT.
  2. מערבבים היטב את הליזט כדי להשעות את שרף החומצה האימינודיאצטית. קח 100 מיקרוליטר ליזאט לתוך הצינור הצנטריפוגלי עם אלמנט המסנן, או הוסף ישירות את רקמת רירית הקיבה לתוך צינור הצנטריפוגה עם 200 מיקרוליטר ליזאט וערבב עם תנודת מערבולת.
  3. הנח את צינור הצנטריפוגה באמבט מתכת בטמפרטורה של 100 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות, ולאחר מכן הסר וקרר ל-RT.
  4. צנטריפוגה ב 9500 גרם למשך 5-10 דקות. משוך בזהירות את הסופרנטנט לתוך צינור צנטריפוגה מעוקר אחר וסמן אותו.
  5. בצע מיד את הניסוי הבא או אחסן אותו באופן זמני בטמפרטורה של 4 מעלות צלזיוס לבדיקה.

3. זיהוי qPCR של הליקובקטר פילורי וגנים עמידים לתרופות (קלריתרומיצין וקינולונים)

  1. הסר את בדיקת הפריימר, תמיסת האנזים המעורב ומאגר הזיהוי מהערכה. ממיסים את כל הרכיבים על קרח או 2-8 מעלות צלזיוס, ומערבבים אותם עם טלטול קל וצנטריפוגה מיידית במהירות נמוכה.
  2. מערבבים 12.5 מיקרוליטר של מאגר זיהוי + 7.0 מיקרוליטר של בדיקת פריימר + 0.5 מיקרוליטר של תמיסת אנזים. חשב תחילה את הכמות של כל מגיב , הוסף לצינור הצנטריפוגה בנפח המתאים, ערבב היטב וצנטריפוגה בקצרה.
    הערה: יש לחשב את הכמות הכוללת של תמיסת תגובת ה-PCR על ידי הכללת מספר דגימות הבדיקה, בקרה חיובית חזקה אחת, בקרה חיובית חלשה אחת, בקרה שלילית אחת ובקרת PCR שלילית אחת.
  3. לאחר הגדרת תמיסת תגובת ה-PCR, הוסף 20.0 מיקרוליטר מתמיסת תגובת ה-PCR לכל תגובת PCR היטב. לאחר מכן, הוסף 5.0 מיקרוליטר של חומצת גרעין לתגובת ה-PCR היטב עם תמיסת תגובת ה-PCR. אין להוסיף דגימה או חומצת גרעין לבאר הבקרה השלילית של PCR.
  4. הכנס את צינור התגובה לתוך התרמו-ציקלר הפלואורסצנטי PCR והגדר את פרמטרי המחזור באופן הבא: ראשית, מחממים את תערובת התגובה ב-42 מעלות צלזיוס ו-95 מעלות צלזיוס למשך 2 דקות; שנית, דנטורציה למשך 10 שניות ב-95 מעלות צלזיוס, חישול והארכה למשך 45 שניות ב-58 מעלות צלזיוס, חזור על הפעולה במשך 40 מחזורים.
  5. אסוף את אותות הקרינה כ-FAM (מוטציה בגן 23S rRNA), HEX/VIC (מוטציה בגן gyrA ), ROX (H. pylori) ו-CY5 (תקן פנימי), ונתונים ב-58 מעלות צלזיוס.
  6. לאחר התגובה, שמור את הנתונים ונתח אותם באמצעות תוכנת qPCR ספציפית.

תוצאות

הערכת זיהום בהליקובקטר פילורי ועמידות לאנטיביוטיקה ברקמת הקיבה באמצעות qPCR
מבחני ה-qPCR לזיהוי הליקובקטר פילורי נערכו על ידי התמקדות בגן ureA , ועמידות לאנטיביוטיקה אומתה על ידי בחינת מוטציות ספציפיות בגנים 23S rRNA ו-gyrA (טב...

Discussion

בדיקות מסורתיות כגון RUT, UBT, היסטולוגיה, תרבות וכן סרולוגיה מנוצלות לגילוי הליקובקטר פילורי. כל גישה אבחנתית מציעה יתרונות מובהקים ומתמודדת עם אתגרים ספציפיים בהתאם להקשר הקליני17. גידול הליקובקטר פילורי מביופסיות רירית הקיבה נחשב לעתים קרובות לאמ...

Disclosures

ללא.

Acknowledgements

עבודה זו נתמכה על ידי מענקים מתוכנית החממה של NSFC של GDPH (8220080645) ופרויקט קרן המחקר למדע וטכנולוגיה רפואית של מחוז גואנגדונג (A2024108).

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
Bath IncubatorALLSHENGMK2000-2Provide a constant temperature environment
Biosafety cabinetHaierHR1500-figure-materials-309B2
CentrifugeThermo Fisher ScientificTHERMO ST16RCentrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
Chelex-100 sigmaC7901Resin
Gastroscope biopsy forcepsBoston Scientific CorporationSampling of the gastric mucosa
Helicobacter pylori 23S rRNA gene and gyrA gene mutation detection kitJiangsu Mole BioscienceCFDA 20223400137qPCR detection kit for H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Nucleic acid extraction reagentJiangsu Mole BioscienceSEDA 20150076For DNA extraction
SDS SoftwareApplied Biosystems7300/7500Data analysis
ThermocylcerThermo Fisher ScientificABI 7500For qPCR detection of H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Vortex mixerJOANLABVM-5005For mixing reagent

References

  1. Sharndama, H. C., Mba, I. E. Helicobacter pylori: an up-to-date overview on the virulence and pathogenesis mechanisms. Braz J Microbiol. 53 (1), 33-50 (2022).
  2. Ravikumara, M. Helicobacter pylori in children: think before you kill the bug. Therap Adv Gastroenterol. 16 (6), 1-10 (2023).
  3. Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World J Gastroenterol. 27 (7), 545-560 (2021).
  4. Al-Ouqaili, M. T. S., et al. Study of vacuolating cytotoxin A (vacA) genotypes of ulcerogenic and non-ulcerogenic strains of Helicobacter pylori and its association with gastric disease. Saudi J Biol Sci. 30 (12), 103867 (2023).
  5. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. J Emerg Med Trauma Acute Care. 6, 12 (2022).
  6. Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nat Rev Clin Oncol. 20 (5), 338-349 (2023).
  7. Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
  8. Gao, T. Y., et al. Cancer burden and risk in the Chinese population aged 55 years and above: A systematic analysis and comparison with the USA and Western Europe. J Glob Health. 14, 04014 (2024).
  9. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393 (2021).
  10. Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Aliment Pharmacol Ther. 43 (4), 514-533 (2016).
  11. Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infect Drug Resist. 13 (1), 311-322 (2020).
  12. Saranathan, R., et al. Helicobacter pylori Infections in the Bronx, New York: Surveying antibiotic susceptibility and strain lineage by whole-genome sequencing. J Clin Microbiol. 58 (3), e01591-e01619 (2020).
  13. Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
  14. Palma, G. Z. D., et al. Occurrence of mutations in the antimicrobial target genes related to levofloxacin, clarithromycin, and amoxicillin resistance in Helicobacter pylori isolates from Buenos Aires city. Microb Drug Resist. 23 (3), 351-358 (2017).
  15. Zhang, L., Zhao, M., Fu, X. S. Gastric microbiota dysbiosis and Helicobacter pylori infection. Front Microbiol. 14, 1153269 (2023).
  16. Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. Int J Med Sci. 14 (6), 595-601 (2017).
  17. Weingart, V., et al. Sensitivity of a novel stool antigen test for detection of Helicobacter pylori in adult outpatients before and after eradication therapy. J Clin Microbiol. 42 (3), 1319-1321 (2004).
  18. Chi, W. J., et al. A rapid and high-throughput multiplex genetic detection assay for detection, semi-quantification and virulence genotyping of Helicobacter pylori in non-invasive oral samples. Front Cell Infect Microbiol. 13, 1267288 (2023).
  19. Zhang, Y. M., et al. Validation of a high-throughput multiplex genetic detection system for Helicobacter pylori identification, quantification, virulence, and resistance analysis. Front Microbiol. 7, 1401 (2016).
  20. Gisbert, J. P. Empirical or susceptibility-guided treatment for Helicobacter pylori infection? A comprehensive review. Therap Adv Gastroenterol. 13, 1756284820968736 (2020).
  21. Bénéjat, L., et al. Real-time PCR for Helicobacter pylori diagnosis. The best tools available. Helicobacter. 23 (5), e12512 (2018).
  22. Vasapolli, R., et al. Real-time assessment of H. pylori infection to guide molecular antibiotic resistance testing: A combined endoscopy-gastric juice analysis approach. Aliment Pharmacol Ther. 61 (3), 465-471 (2025).
  23. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi J Biol Sci. 29 (1), 513-520 (2022).
  24. Wang, Y. H., et al. A systematic review and meta-analysis of genotypic methods for detecting antibiotic resistance in Helicobacter pylori. Helicobacter. 23 (2), e12467 (2018).
  25. Egli, K., et al. Comparison of the diagnostic performance of qPCR, Sanger sequencing, and whole-genome sequencing in determining clarithromycin and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori. Front Cell Infect Microbiol. 10, 596371 (2020).
  26. Liu, Y., et al. Relationship between Helicobacter pylori infection and colorectal polyp/colorectal cancer. World J Gastrointest Surg. 16 (4), 1008-1016 (2024).
  27. Oliver, A. S., Wu, F., Chen, Y. The role of gastric microbiota in gastric cancer. Gut Microbes. 11 (5), 1220-1230 (2020).
  28. Hulten, K. G., et al. Comparison of culture with antibiogram to next-generation sequencing using bacterial isolates and formalin-fixed, paraffin embedded gastric biopsies. Gastroenterology. 161 (5), 1433-1442 (2021).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

QPCRUreA23S RRNAGyrA

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved