JoVE Logo
Yazarlar
Bize Ulaşın

Oturum Aç

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.

Bu Makalede

  • Özet
  • Özet
  • Giriş
  • Protokol
  • Sonuçlar
  • Tartışmalar
  • Açıklamalar
  • Teşekkürler
  • Malzemeler
  • Referanslar
  • Yeniden Basımlar ve İzinler

Özet

H. pylori tespiti ve ilaç direnci testi için hızlı ve doğru bir yöntem, klinik uygulamada H. pylori'nin etkili bir şekilde eradike edilmesi için çok önemlidir. Bu protokol, H. pylori ve antibiyotik direncinin hızlı tespiti için mide mukozası kantitatif polimeraz zincir reaksiyonunu (qPCR) içeren spesifik bir metodoloji sunmayı amaçlamaktadır.

Özet

Helicobacter pylori, dünya nüfusunun neredeyse yarısını enfekte eden ve artan antibiyotik direnci nedeniyle halk sağlığını tehdit eden ana patojendir. Ayrıca Helicobacter pylori, kronik gastrit, mide ve duodenum ülserleri, mide karsinomu ve mide mukozası ile ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfomadan da sorumludur. Bu nedenle, H. pylori'nin zamanında ve doğru bir şekilde teşhis edilmesi ve antibiyotik direncinin belirlenmesi esastır. Günümüzde, H. pylori tanısının mevcut yöntemleri arasında temel olarak hızlı üreaz testi (RUT), üre nefes testi (UBT), serum antikor testi, antijen testi, gastroskopi ve bakteri kültürü yer almaktadır. Bununla birlikte, bakteriler, ilaç direncinin saptanmasından bahsetmek yerine, ilk beş tespit yöntemiyle kültürlenemedi. Bakteri kültürü zaman alıcıdır ve antibiyotik duyarlılık testleri hızlı ve rutin olarak yapılamaz. Klinik ortamlarda, H. pylori'nin hızlı ve kesin bir şekilde tanımlanması ve antibiyotiklere duyarlılığı, etkili bir şekilde eliminasyonu için çok önemlidir. Bu protokolün amacı, H. pylori tanısını hızlandırmak ve antimikrobiyal ajanlara direncini değerlendirmek için mide mukozal örneklerinde kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kullanan hedefe yönelik bir yaklaşımın ana hatlarını çizmektir. qPCR, H. pylori enfeksiyonu için ureA genini ve sırasıyla klaritromisin ve kinolonlara dirençle ilişkili 23S rRNA ve gyrA genlerindeki mutasyonları tespit etmek için kullanıldı. Şu anda, standart ameliyat prosedürlerinin olmaması nedeniyle mide mukozası qPCR'de zorluklar devam etmektedir. Bu nedenle, deneysel prosedürlerin doğru bir şekilde iletilmesini sağlamak ve daha fazla şeffaflık sağlayan altın standart protokollere katkıda bulunmak için metodolojileri deneysel ayrıntılarla paylaşmak esastır. Genel olarak, bu protokol, kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) teknolojisinin uygulanması yoluyla H. pylori enfeksiyonunu ve antibiyotiklere direncini değerlendirmek için geleneksel yöntemlere ekonomik ve hızlı bir alternatif sunar.

Giriş

H. pylori, düşük oksijen seviyesinin varlığında hayatta kalabilen gram negatif bir bakteridir. Organizma birkaç farklı genetik popülasyona aittir ve yüksek genetik çeşitlilik gösterir. Organizma genellikle spiral şekilli olmasına rağmen, bir çubuk1 olarak değiştirilebilir. Küresel nüfusun yaklaşık% 50'sini enfekte eden ana patojendir2. Çoğunlukla, enfeksiyon hastalar çocukluk döneminde sağlıklı taşıyıcılar olarak kaldıklarında ortaya çıkar ve semptomlar daha sonra yetişkinlikte ortaya çıkar. Kronik gastrit, mide ve duodenum ülserleri, mide karsinomu ve mide mukozası ile ilişkili lenfoid doku (MALT) lenfoma3 ile akraba olduğu bildirilmiştir. H. pylori enfeksiyonunun belirtilerindeki farklılıklar, farklı bakteri suşlarının patojenite unsurlarının yanı sıra konağın özelliklerinden ve diyet modellerinden kaynaklanabilir4. Araştırmalar, sigara ve alkol tüketimi yapan erkeklerin H. pylori enfeksiyonlarına yakalanma riskinin daha yüksek olduğunu göstermektedir5. Mide kanseri ve prekanseröz lezyonları önlemek için H. pylori'yi ortadan kaldırmanın etkinliği çeşitli çalışmalarda doğrulanmıştır 6,7. Bu nedenle, H. pylori eradikasyonu, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) Uluslararası Kanser Araştırmaları Ajansı tarafından önleyici bir tedbir olarak önerilmiştir8.

H. pylori enfeksiyonunun hızlı ve doğru teşhisi, asemptomatik dispepsiden muzdarip çoğu birey için tedavinin kritik bir parçasıdır. H. pylori tanısı hem invaziv hem de non-invaziv yaklaşımların bir kombinasyonunu içerir. İnvaziv teknikler tipik olarak doğrudan görselleştirme için endoskopiyi, doku örneklerinin histolojik analizini, bakteri aktivitesini tespit etmek için hızlı üreaz testini (RUT) ve bakterilerin kültürlenmesini kapsar. Öte yandan, non-invaziv stratejiler, bakteri metabolizmasını ölçen üre nefes testini (UBT); dışkıdaki bakteriyel proteinleri tespit eden dışkı antijen testi (SAT); kandaki antikorları arayan serolojik testler; ve tespit için genetik materyal kullanan moleküler teşhis. Bu tanı yöntemlerinin her biri kendi yararları ve sakıncaları ile birlikte gelse de, klinik uygulama alanında, evrensel olarak nihai ölçüt9 olarak kabul edilen tek bir yöntem yoktur.

Şu anda, H. pylori enfeksiyonları için birincil tedavi antibiyotiklerdir. Bununla birlikte, H. pylori'yi ortadan kaldırmayı amaçlayan antimikrobiyal tedavilerin başarı oranları, çeşitli faktörlere bağlı olarak azalmaktadır. Tedavi etkisizliğinin baskın nedenlerinin bakterilerin antimikrobiyal ajanlara direnci ve hastaların reçete edilen rejime uyumu olduğundan şüphelenilmektedir10. Spesifik olarak, klaritromisine dirençli H. pylori suşları kapsamlı araştırmalara konu olmuştur11. Bu tür direnişlerin görülme sıklığı çok sayıda ülkede artmaktadır. H. pylori direnci esas olarak, ribozomda konformasyonel değişikliklere neden olan 23S rRNA'nın değişken bölge genindeki mutasyonlardan kaynaklanır. Sonuç olarak, klaritromisin için bağlanma bölgesi değişir, bu da H. pylori ve klaritromisin arasında zayıflamış bir afiniteye yol açarak bakteriyel protein sentezinin inhibisyonunu önler12. 23S rRNA geninin 2.9 kb segmenti içindeki A2143G, A2142G ve A2142C pozisyonlarındaki mutasyonların klaritromisine direnç kazandırdığı bilinmektedir. Florokinolonlara karşı direncin yayılması da çok sayıda araştırmanın odak noktası olmuştur. Çalışmalar, levofloksasine direnç oranlarını Çin'de %34,5 ve İtalya'da %22,1 olarak belgelemiştir13. Kinolon ilaçları esas olarak enzim aktivitesini inhibe ederek, DNA sentezini ve replikasyonunu ve ikincil yapıyı etkileyerek H. pylori'nin topoizomeraz II'sine etki eder ve böylece antibakteriyel amaçlara ulaşır. Topoizomeraz alt birimlerini, gyrA ve gyrB'yi kodlayan genlerde mutasyonlar meydana gelirse, levofloksasin ve enzim gibi antibiyotiklerin bağlanmasını önleyecek ve bu da H. pylori genomunun replikasyonunu inhibe edememe ile sonuçlanacak ve böylece dirence neden olacaktır. Bunlar arasında, gyrA genindeki mutasyonların sıcak noktaları 87 ve 91 amino asitlerinde yoğunlaşırken, gyrB genindeki mutasyonlar daha az sıklıkta meydana gelir ve sıklıkla gyrA14'teki mutasyonlar eşlik eder. Levofloksasin direnç geninin mutasyon lokusları esas olarak gyrA geninde bulunan altı mutasyon bölgesini (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) içerir. Genetik değişikliklerden kaynaklanan direnç mekanizmalarının tanımlanması, H. pylori'nin saptanmasında kültür tabanlı yöntemlerden moleküler tanı tekniklerine doğru ilerleyen bir geçişe neden olmuştur.

UBT ve SAT en sık seçilen non-invaziv testlerdir, ancak ilaca duyarlılık bilgisi sağlayamazlar. Sonuç olarak, H. pylori'yi tespit etmek ve ilaçlara karşı direncini değerlendirmek için hızlı ve kapsamlı bir tekniğin geliştirilmesi, klinik ortamlarda etkili bir şekilde ortadan kaldırılması için çok önemlidir15. Moleküler tespit teknikleri arasında, kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) önemli ilerlemeler kaydetmiştir. Standart PCR'den farklı olarak qPCR, jel elektroforezi ihtiyacını ortadan kaldırır ve tavlama aşaması sırasında spesifik primerler ve problar dahil ederek DNA veya RNA'nın hassas bir şekilde ölçülmesini sağlar. Ticari olarak temin edilebilen qPCR kitleri artık H. pylori enfeksiyonlarını ve ilaçlara direnci belirleme yeteneği sunmaktadır16.

Temel olarak, hem güçlü hem de kapsamlı, H. pylori enfeksiyonlarını tespit edebilen ve aynı anda ilaç direncini değerlendirebilen bir tanı yaklaşımına acil bir klinik ihtiyaç vardır. H . pylori tespiti ve antibiyotik direnci için farklı primer problar kullanarak mide mukozası qPCR analizini benimsedik.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protokol

Mevcut çalışma, Çin'in Guangzhou kentindeki Güney Tıp Üniversitesi, Guangdong İl Halk Hastanesi etik komitesi tarafından belirlenen etik hususlara uygun olarak yürütülmüştür (Onay Numarası: KY2024-1115-01). Bu çalışmaya 18 ila 60 yaş arası hastalar dahil edildi. Bu çalışma için, testten önceki 2 hafta içinde yakın zamanda antibiyotikler, antibakteriyel bitkisel ilaçlar, proton pompa inhibitörleri (PPI'ler) veya H2 reseptör antagonistleri almışlarsa katılımcılar hariç tutuldu. Ek olarak, son 3 ay içinde anti-H. pylori tedavisi görmüş veya önemli kardiyak, hepatik veya böbrek sorunları, ciddi nöropati veya psikiyatrik bozuklukları olan kişiler katılım için uygun değildi. Gastrointestinal perforasyon, ileri yaş, kararsız yaşamsal bulgular gibi gastroskopi incelemesi için kontrendikasyonları olanlar çalışma dışı bırakıldı. Çalışma ayrıca hamile veya emziren kadınları da içermedi. Deneklerin bilgilendirilmiş onam formu temel olarak aşağıdaki içerikleri içerir: (1) araştırma geçmişi ve amacı; (2) Bu araştırma projesine kimler katılmak için uygun değildir? (3) Araştırmaya katılmak için gerekli şartlar nelerdir? (4) Araştırmaya katılmanın olası faydaları; (5) Olası advers reaksiyonlar, riskler ve rahatsızlık; (6) Gizlilik koruması; (7) İlgili haklar; (8) Konu beyanı; (9) Araştırmacı beyanı vb.

1. Mide mukozasından numune alınması

  1. Numune alma sarf malzemelerinin hazırlanması
    1. Depolama çözeltisini içeren numune alma tüpünü hazırlayın.
    2. Gastroskop biyopsi forsepslerini hazırlayın.
  2. Numune alma nesnelerinin hazırlanması
    1. Kronik gastrit, mide ülseri, duodenum ülseri, mide kanseri veya şüpheli hastaları olan hastalardan örnekler toplayın. Aseptik prosedürleri koruyarak numuneleri toplayın.
      NOT: Toplanan örnekler, hastalardan veya şüpheli hastalardan alınan gastrik mukozal dokuyu içeriyordu.
    2. İlaç geçmişini onaylayın.
      1. Hasta tarafından 4 hafta içinde H. pylori için hiçbir antibiyotik ve bizmut alınmadığından ve 2 hafta içinde hiçbir asit inhibitörü alınmadığından emin olun.
      2. Antikoagülan ilaçlar (warfarin, aspirin, klopidogrel vb.) kullanan hastalardan 5-7 gün ilaç almayı bırakmalarını isteyin.
  3. Örneklerin toplanması
    1. Örnekleme sitesi
      1. Yeni Sydney sisteminin gereksinimlerine göre, mide antrumundan, mide gövdesinin büyük ve küçük kıvrımından ve mide köşesinden (toplam 5 puan) biyopsi örnekleri alın. Belirli siteler Şekil 1'de gösterilmiştir. Pilor halkasından 2-3 cm uzakta pilorik sinüsün küçük bir kıvrımı (A1) ve büyük bir bükülme (A2); mideden 4 cm (B1) ve kardiyadan 8 cm uzakta (B2) büyük bir kıvrım; mide köşesi (IA).
      2. Çin'de Sindirim Endoskopik Biyopsi ve Patolojik İncelemenin Standardizasyonuna İlişkin Uzman Konsensüsüne (Taslak) göre, mide sinüsünün pilordan 5 cm uzaktaki küçük tarafından (mide köşesine bitişik) veya mide köşesinin büyük tarafından biyopsi örnekleri alın (biyopsi 1-2 adet).
    2. Özel numunelerin toplanma yerinin tanımı
      1. Herhangi bir tedavi altındaki hastalar için, 4 hafta boyunca geri çekildikten sonra, mide antrumu ve mide vücut örneklerini aynı anda toplayın.
      2. Mide kanseri olan hastalar için, midenin büyük eğriliğinden doku toplayın, ancak tümör dokusundan değil.
      3. Mide ülseri olan hastalar için mide antrumunu ve mide ülseri kenar dokusunu toplayın. Ülserin altını toplamayın.
      4. Atrofik gastritli hastalar için gastrik antrum ve gastrik cisim toplayın. Mide mukozal atrofisi ve bağırsak metaplazisi alanlarından örnek almayın.
    3. Örnekleme adımları
      1. Biyopsi kelepçe valfini açın ve yavaşça baskın ele doğru hareket ettirin. Forsepsin başı görüş alanındayken, kelepçe kapağını açın ve endoskopu örnekleme bölgesinin mide mukozasında manipüle edin.
      2. Hafif bir baskı uygulayın, biyopsi forsepslerini kapatın ve mide mukoza dokusunu klempleyin (çap: 0.5-1 mm, yaklaşık 5-10 mg / blok). Bölgeyi tamamlamak için doku örneklerini numune alma tüpündeki pense ile (koruma sıvısı dahil) çıkarın.
      3. Diğer sitelerin örneklemesini tamamlamaya devam edin ve bunları aynı örnekleme tüpüne (koruma solüsyonu dahil) yerleştirin.
      4. Tüm sitelerin örneklemesini tamamlayın, örnekleme tüpü kapağını sıkın ve kurumayı önlemek için kapatın. Tüpleri dış kısımda benzersiz bir kimlik numarası ile etiketleyin.
      5. Toplanan numuneleri test için mümkün olan en kısa sürede gönderin. Numuneleri oda sıcaklığında (RT) 24 saatten fazla bekletmeyin. Uzun mesafeli taşıma sırasında klinik örneklerin tekrar tekrar dondurulmasını ve çözülmesini önleyin. -20 ± 5 °C arasında bir sıcaklık sağlanamıyorsa, 0-8 °C'de taşıyın. Numuneleri -20 ± 5 °C'de beş aylık bir süre boyunca saklayın ve uzun süreli saklama için -70 °C'nin altında tutun.
    4. Önlem
      1. Örnekleme yaparken, tüm mukoza tabakasına ulaşmak için biyopsi forsepslerini mümkün olduğunca derine bastırın.
      2. Biyopsi forsepslerini çıkarırken ve biyopsiyi açarken, mukozal yırtıkları önlemek için nazik olun.

2. Nükleik asit ekstraksiyonu

  1. Metal banyosunun sıcaklığını önceden 100 °C'ye ayarlayın; örnek donmuşsa, çıkarın ve RT'ye geri yükleyin.
  2. İmininodiasetik asit reçinesini askıya almak için lizatı iyice karıştırın. Filtre elemanı ile santrifüj tüpüne 100 μL lizat alın veya mide mukoza dokusunu doğrudan 200 μL lizat ile santrifüj tüpüne ekleyin ve girdap salınımı ile karıştırın.
  3. Santrifüj tüpünü 10 dakika boyunca 100 °C'de metal bir banyoya yerleştirin, ardından çıkarın ve RT'ye soğutun.
  4. 9500 g'da 5-10 dakika santrifüjleyin. Süpernatanı dikkatlice başka bir sterilize edilmiş santrifüj tüpüne çekin ve işaretleyin.
  5. Hemen aşağıdaki deneyi yapın veya inceleme için geçici olarak 4 °C'de saklayın.

3. H. pylori ve ilaca dirençli genlerin (klaritromisin ve kinolonlar) qPCR tespiti

  1. Astar probunu, karışık enzim çözeltisini ve algılama tamponunu kitten çıkarın. Tüm bileşenleri buz üzerinde veya 2-8 °C'de eritin ve düşük hızda hafif çalkalama ve anlık santrifüjleme ile karıştırın.
  2. 12.5 μL algılama tamponu + 7.0 μL primer probu + 0.5 μL enzim çözeltisini karıştırın. Önce her bir reaktifin miktarını hesaplayın, uygun hacimli santrifüj tüpüne ekleyin, iyice karıştırın ve kısaca santrifüjleyin.
    NOT: PCR reaksiyon çözeltisinin toplam miktarı, test numunelerinin sayısı, bir güçlü pozitif kontrol, bir zayıf pozitif kontrol, bir negatif kontrol ve bir PCR negatif kontrolü dahil edilerek hesaplanmalıdır.
  3. PCR reaksiyon çözeltisi yapılandırıldıktan sonra, her bir PCR reaksiyon kuyucuğuna 20.0 μL PCR reaksiyon çözeltisi ekleyin. Ardından, PCR reaksiyon çözeltisi ile PCR reaksiyon kuyusuna 5.0 μL nükleik asit ekleyin. PCR negatif kontrol kuyusuna numune veya nükleik asit eklemeyin.
  4. Reaksiyon tüpünü floresan PCR termocycler'a koyun ve döngü parametrelerini aşağıdaki gibi ayarlayın: önce reaksiyon karışımını 42 °C ve 95 °C'de 2 dakika ısıtın; ikincisi, 95 ° C'de 10 saniye denatüre edin, tavlayın ve 58 ° C'de 45 saniye uzatın, 40 döngü boyunca tekrarlayın.
  5. Floresan sinyallerini FAM (23S rRNA gen mutasyonu), HEX/VIC (gyrA gen mutasyonu), ROX (H. pylori) ve CY5 (dahili standart) ve 58 °C'de veri olarak toplayın.
  6. Reaksiyondan sonra verileri kaydedin ve özel qPCR yazılımı kullanarak analiz edin.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Sonuçlar

Mide Dokusunda H. pylori Enfeksiyonu ve Antibiyotik Direncinin qPCR ile Değerlendirilmesi
H. pylori'yi tanımlamak için qPCR testleri, ureA geni hedeflenerek gerçekleştirildi ve antibiyotik direnci, 23S rRNA ve gyrA genlerindeki spesifik mutasyonlar incelenerek tespit edildi (Tablo 1). Her üç gruptaki CT değerleriyle temsil edilen kalite güvence verileri, kabul edilebilir s...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Tartışmalar

RUT, UBT, histoloji, kültürleme ve seroloji gibi geleneksel testler H. pylori'nin tespiti için kullanılır. Her tanı yaklaşımı farklı avantajlar sunar ve klinik bağlama bağlı olarak belirli zorluklarla karşı karşıya kalır17. Gastrik mukozal biyopsilerden H. pylori'nin yetiştirilmesi genellikle tanı için ölçüt olarak kabul edilir. Bununla birlikte, bu yöntem emek yoğundur ve doğruluğu teknik zorluklar, inkübasyon için ...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Açıklamalar

Hiç kimse.

Teşekkürler

Bu çalışma, GDPH NSFC Kuluçka Programı (8220080645) ve Guangdong İl Tıp Bilimi ve Teknolojisi Araştırma Fonu Projesi'nden (A2024108) alınan hibelerle desteklenmiştir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Malzemeler

NameCompanyCatalog NumberComments
Bath IncubatorALLSHENGMK2000-2Provide a constant temperature environment
Biosafety cabinetHaierHR1500-figure-materials-187B2
CentrifugeThermo Fisher ScientificTHERMO ST16RCentrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
Chelex-100 sigmaC7901Resin
Gastroscope biopsy forcepsBoston Scientific CorporationSampling of the gastric mucosa
Helicobacter pylori 23S rRNA gene and gyrA gene mutation detection kitJiangsu Mole BioscienceCFDA 20223400137qPCR detection kit for H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Nucleic acid extraction reagentJiangsu Mole BioscienceSEDA 20150076For DNA extraction
SDS SoftwareApplied Biosystems7300/7500Data analysis
ThermocylcerThermo Fisher ScientificABI 7500For qPCR detection of H. pylori and drug-resistance genes (clarithromycin and quinolones)
Vortex mixerJOANLABVM-5005For mixing reagent

Referanslar

  1. Sharndama, H. C., Mba, I. E. Helicobacter pylori: an up-to-date overview on the virulence and pathogenesis mechanisms. Braz J Microbiol. 53 (1), 33-50 (2022).
  2. Ravikumara, M. Helicobacter pylori in children: think before you kill the bug. Therap Adv Gastroenterol. 16 (6), 1-10 (2023).
  3. Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World J Gastroenterol. 27 (7), 545-560 (2021).
  4. Al-Ouqaili, M. T. S., et al. Study of vacuolating cytotoxin A (vacA) genotypes of ulcerogenic and non-ulcerogenic strains of Helicobacter pylori and its association with gastric disease. Saudi J Biol Sci. 30 (12), 103867(2023).
  5. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. J Emerg Med Trauma Acute Care. 6, 12(2022).
  6. Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nat Rev Clin Oncol. 20 (5), 338-349 (2023).
  7. Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
  8. Gao, T. Y., et al. Cancer burden and risk in the Chinese population aged 55 years and above: A systematic analysis and comparison with the USA and Western Europe. J Glob Health. 14, 04014(2024).
  9. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393(2021).
  10. Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Aliment Pharmacol Ther. 43 (4), 514-533 (2016).
  11. Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infect Drug Resist. 13 (1), 311-322 (2020).
  12. Saranathan, R., et al. Helicobacter pylori Infections in the Bronx, New York: Surveying antibiotic susceptibility and strain lineage by whole-genome sequencing. J Clin Microbiol. 58 (3), e01591-e01619 (2020).
  13. Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
  14. Palma, G. Z. D., et al. Occurrence of mutations in the antimicrobial target genes related to levofloxacin, clarithromycin, and amoxicillin resistance in Helicobacter pylori isolates from Buenos Aires city. Microb Drug Resist. 23 (3), 351-358 (2017).
  15. Zhang, L., Zhao, M., Fu, X. S. Gastric microbiota dysbiosis and Helicobacter pylori infection. Front Microbiol. 14, 1153269(2023).
  16. Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. Int J Med Sci. 14 (6), 595-601 (2017).
  17. Weingart, V., et al. Sensitivity of a novel stool antigen test for detection of Helicobacter pylori in adult outpatients before and after eradication therapy. J Clin Microbiol. 42 (3), 1319-1321 (2004).
  18. Chi, W. J., et al. A rapid and high-throughput multiplex genetic detection assay for detection, semi-quantification and virulence genotyping of Helicobacter pylori in non-invasive oral samples. Front Cell Infect Microbiol. 13, 1267288(2023).
  19. Zhang, Y. M., et al. Validation of a high-throughput multiplex genetic detection system for Helicobacter pylori identification, quantification, virulence, and resistance analysis. Front Microbiol. 7, 1401(2016).
  20. Gisbert, J. P. Empirical or susceptibility-guided treatment for Helicobacter pylori infection? A comprehensive review. Therap Adv Gastroenterol. 13, 1756284820968736(2020).
  21. Bénéjat, L., et al. Real-time PCR for Helicobacter pylori diagnosis. The best tools available. Helicobacter. 23 (5), e12512(2018).
  22. Vasapolli, R., et al. Real-time assessment of H. pylori infection to guide molecular antibiotic resistance testing: A combined endoscopy-gastric juice analysis approach. Aliment Pharmacol Ther. 61 (3), 465-471 (2025).
  23. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi J Biol Sci. 29 (1), 513-520 (2022).
  24. Wang, Y. H., et al. A systematic review and meta-analysis of genotypic methods for detecting antibiotic resistance in Helicobacter pylori. Helicobacter. 23 (2), e12467(2018).
  25. Egli, K., et al. Comparison of the diagnostic performance of qPCR, Sanger sequencing, and whole-genome sequencing in determining clarithromycin and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori. Front Cell Infect Microbiol. 10, 596371(2020).
  26. Liu, Y., et al. Relationship between Helicobacter pylori infection and colorectal polyp/colorectal cancer. World J Gastrointest Surg. 16 (4), 1008-1016 (2024).
  27. Oliver, A. S., Wu, F., Chen, Y. The role of gastric microbiota in gastric cancer. Gut Microbes. 11 (5), 1220-1230 (2020).
  28. Hulten, K. G., et al. Comparison of culture with antibiogram to next-generation sequencing using bacterial isolates and formalin-fixed, paraffin embedded gastric biopsies. Gastroenterology. 161 (5), 1433-1442 (2021).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Yeniden Basımlar ve İzinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi

Izin talebi

Daha Fazla Makale Keşfet

Helicobacter PyloriAntibiyotik DirenciMide MukozasKantitatif Polimeraz Zincir ReaksiyonuQPCRKronik GastritMide KarsinomuBakteri K lt rUreA Gen23S RRNAGyrA GenAntimikrobiyal AjanlarTan Y ntemlerila Direnci Tespiti

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Gizlilik

Kullanım Şartları

İlkeler

Bize Ulaşın

KÜTÜPHANEYE TAVSİYE ET

JoVE HABER BÜLTENLERİ

Araştırma

Eğitim

Yazarlar

Kütüphaneciler

JoVE Hakkında

Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır