1. نمو الكتان في ظل الظروف المحفزة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمتلئ 5 &quot;القدور مع التربة وتماسكت. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تزرع بذور ثلاثة في وعاء عميق ¼ بوصة والتربة ارتفعت أكثر من البذور. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ثم تسقى القدور مع 100ML الحلول المناسبة والمغذيات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وعدم التسبب التحكم (C) الظروف استخدام القوة 10/01 عشر معجزة - غرو كل أسبوع. حالة عالية من المغذيات (النيتروجين والعلاج) وكان كامل المعجزة قوة تنمو تطبيق الأسبوعية. انخفاض المغذيات -- نباتات سوى مياه الصنبور تطبق في جميع أنحاء نموها. (دورانت 1971 ، Cullis 1980). </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تزرع النباتات تحت الضوء الطبيعي خلال فصل الصيف. خلال فصل الشتاء وتزرع فيها تحت أضواء الصوديوم مع دائرة الضوء / الظلام 16 / 8 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> على فترات أسبوعية يتم جمع الأوراق وmeristems. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم تجميد سريع المواد النباتية في النيتروجين السائل. </li></ol> النتائج والمورثات three تنمو بمعدلات نسبية مختلفة تبعا للظروف (الشكل 1). ولذلك في ظل ظروف السيطرة على خط رر ينمو بشكل أفضل مع L يجري أكثر نشاطا من S (الشكل 1A). بموجب المواد الغذائية منخفضة (الماء) ، S ينمو بشكل أفضل من أي لتر أو PL (1B الشكل). تحت المغذيات عالية (NPK) L ينمو بشكل أفضل من الذي ينمو فقط رر أفضل قليلا من S (الشكل 1C). ويبين مقارنة بين كل من خطوط نمت تحت العلاجات three اختلاف في الشكل 1 د -- واو رر ينمو بشكل أفضل في ظل ظروف السيطرة (1D الشكل) ، L أفضل تحت المغذيات عالية (الشكل 1E) و S بالمثل في إطار كل من المواد الغذائية العالية وظروف التحكم (الشكل 1F). هذه البيانات تظهر أنه يمكن التفريق بين الخطوط الثلاثة على أساس نموها في ظل البيئات الثلاث. وتجدر الإشارة أن رر ينمو بشكل أفضل في ظل الظروف السيطرة في الوقت الذي لام ينمو بشكل أفضل في ظل الظروف NPK (الذي كان بفعل ذلك). S ينمو حول نفسها في جميع الحالات الثلاث ، أي أنه غير قادر على الاستفادة من تحسن الظروف المغذيات ولكن من الأفضل قادرة على النمو في ظل الظروف الغذائية منخفضة جدا. المعلمات النمو والتي لها صلة التفريق بين النباتات وتشمل ارتفاع النبات (ويترافق مع هذا الطول internode ، وهذا هو المسافة بين كل ورقة) ، وحجم ورقة ودرجة التفرع. لرر في ظل ظروف السيطرة على المصنع هو طويل القامة مع فروع وأوراق خضراء كبيرة ومظلمة. بموجب المواد الغذائية منخفضة محطة قصيرة جدا ، والمسافة بين كل ورقة هو أيضا قصيرة جدا ، والأوراق الخضراء الصغيرة والخفيفة. يترك على الحافة والأخضر الداكن من تلك التي في أسفل الساق. تحت المغذيات النباتية عاليا تبدو مشابهة جدا لأنه في ظل ظروف السيطرة إلا أن كلا من الساق الرئيسي ويطلق النار على الجانب أقصر مما كانت عليه في محطات التحكم. لgenotroph كبيرة النباتات تبدو مشابهة جدا لتلك التي رر إلا أن معظم النمو القوي في أقل من المواد الغذائية العالية. مرة أخرى تحت المواد الغذائية منخفضة محطة قصيرة جدا ، والأوراق الخضراء الخفيفة. وgenotroph S ينمو على نحو مماثل في جميع البيئات الثلاث على الرغم من أن يترك هي أخف الخضراء تحت المواد الغذائية منخفضة. ومع ذلك ، في الظروف المغذيات منخفض genotroph S هي أكثر نشاطا من أي من رر أو خطوط L. 2. تتم عمليات الاستخراج والحمض النووي الريبي DNA من meristems الكتان ويترك على حدة. وكان استخدام الحمض النووي الريبي مجموع روش الإعدادية عدة لإخراج الجيش الملكي النيبالي ، وكان يستخدم محطة الدنا DNeasy Qiagen الإعدادية عدة لقلع الحمض النووي. استخراج الحمض النووي الريبي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم نقل 3 meristems بالإضافة إلى بعض الأوراق المحيطة من cryovial التخزين في أنبوب إيبندورف وضعها في النيتروجين السائل حتى تكون على استعداد لأرض الواقع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يضاف إلى الأنبوب عقيمة الرمال والأرض الأنسجة باستخدام micropestle حتى الغرامة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يضاف 400 تحلل UL / العازلة ملزم من مجموع روش طقم الإعدادية RNA والأنسجة هو مزيد من الأرض حتى لا كتل مرئية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> هو نموذج لvortexed 15 ثانية للمساعدة على تحلل ومن ثم نسج ل1 دقيقة في 13000 دورة في الدقيقة لجمع الرمال والحطام وجدت. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يضاف طاف تدور العمود وتتبع بقية التعليمات RNA طقم الإعدادية وفقا لتوجيهات. </li></ol> الدناز العلاج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يضاف 1 / 10 من حجم عينة الحمض النووي الريبي العازلة الدناز 10X. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم إضافة 30 وحدة من الدناز والمحتضنة رد فعل عند 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة و 70 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. </li></ol> عكس النسخ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يستخدم تطبيق النظم البيولوجية RNA إلى عدة اتجاهات [كدنا] كما في رد فعل المحتضنة في 37 درجة مئوية لمدة 1 ساعة و 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. </li></ol> ثم يستخدم في [كدنا] أو PCR qPCR qPCR تم تنفيذ الخطوة qPCR باستخدام ABI نظام واحد. وأجريت فحوصات في كل ثلاث نسخ عن كل تشغيل. تم استخدام الجينات أكتين كنسخة السيطرة الرقم كأفضل الجين التدبير المنزلي المتاحة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وأضاف الزوج التمهيدي المناسبة لكل أنبوب في 1μl. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد تضعف [كدنا] إلى تركيز مناسب ويضاف إلى كل 9μl أنبوب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وأضاف 10μl من السلطة 2X SYBR MasterMix PCR الأخضر (ABI) ، وإلى كل أنبوب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وكان برنامج التضخيم البرنامج : <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 دقائق في درجة حرارة 95 درجة مئوية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 40 دورات 15sec في 95 درجة مئوية ، 1 دقيقة عند 60 درجة مئوية </li></ul> الخطوة تمسخ الحرارية للتحقق من نوعية التضخيم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تم تحديد مستويات التعبير النسبية في قيمة 2 (CTunknown -- CTactin). </li></ol> إعداد DNA <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يضاف AP1 العازلة من مجموعة النباتات DNeasy Qiagen الإعدادية الحمض النووي إلى 6 يترك مع الرمال العقيمة في أنبوب microfuge. هي الأرض النسيج مع كتل micropestle حتى لا تكون مرئية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم اتباع الإرشادات عدة وفقا لتوجيهات. </li></ol> النتائج PCR التضخيم من الحمض النووي من أوراق معزولة في مواقع مختلفة على طول الساق يدل على أن ظهور LIS - 1 يحدث في حين أن النباتات تنمو في ظل الظروف المحفزة (4). نتائج qPCR تظهر أن وجود LIS - 1 (أو التغيرات الجرثومية الأخرى المرتبطة الاستقراء) يؤثر على التعبير عن الجينات في المنطقة المجاورة مباشرة للLIS - 1 (الشكل 2). هي كل الجينات الست المبينة في الشكل 2 وأعرب تفاضلي في رر وS مع أربع وجود ارتفاع في التعبير PL (بدون LIS - 1) واثنين من وجود ارتفاع في التعبير S (الذي لديه LIS - 1). لوحة 1 و 2 هي الجينين الأقرب إلى نقطة الإدراج من LIS - 1. وسوف تكون هناك حاجة إلى التعبير عن هذه الجينات في ليالي genotroph الكبيرة (التي كان يسببها التغييرات ولكن ليس لديها LIS - 1) والتعبير في ظل ظروف النمو المختلفة لتحديد أي علاقة سببية بين LIS - 1 والتغيرات التعبير. <img src="/files/ftp_upload/2332/2332fig1.jpg" alt="الشكل 1" /> الشكل 1. رر ، L S ونمت في ظل الأنظمة الثلاثة مغذيات مختلفة. لوحات أ -- السيطرة ، ب -- المواد الغذائية وانخفاض ج -- النيتروجين. د -- رر ، ه -- S ، و -- لوحات ل د -- و من اليسار إلى اليمين : المواد الغذائية منخفضة ، ومراقبة والنيتروجين. د -- رر ، ه -- L ، F -- S. <img src="/files/ftp_upload/2332/2332fig2tmb.jpg" alt="الشكل 2 الإبهام" /> التعبير الجيني الرقم 2. حول نقطة الإدراج 1 - LIS. الجينات 1 (المانع للنمو) وعلى الفور 5 &#39;إلى LIs1 والجين 2 (كيب ذات الصلة التي تعتمد على cyclin مثبط كيناز معرف 3&quot; من LIS - 1 ، وغيرها من الجينات على طول نفس سقالة (~ 500KB) التي بنيت من تسلسل الجينوم الكامل الكتان. الرجاء <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/2332/2332fig2.jpg">انقر هنا لرؤية أكبر شخصية</a> . <img src="/files/ftp_upload/2332/2332fig3.jpg" alt="الشكل 3" /> الشكل 3. التكبير PCR للسلطات الوطنية المعينة المستخرجة من أوراق النباتات الفردية من سيروس ستورمونت نمت في ظل الظروف الغذائية منخفضة. تم فصل المنتجات PCR على agarose هلام - TBE 2 ٪. يظهر موقع uninserted في الفريق ، وترد على طرفي موقع إدراجها في ألواح وب ج. وقد تم عزل 6 في فترات أسبوعية مع نموذج 1 في أقرب وقت بعد أن بذر -- عينات نبات 1.

<ol>
	<li>Durrant, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+environmental+induction+of+heritablel+change+in+Linum.">The environmental induction of heritablel change in Linum.</a> Heredity. 17, 27-61 (1962).</li><li>Cullis, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+aspects+of+the+environmental+induction+of+heritable+changes+in+flax.">Molecular aspects of the environmental induction of heritable changes in flax.</a> Heredity. 38, 129-154 (1977).</li><li>Chen, Y., Schneeberger, R. G., Cullis, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+site-specific+insertion+sequence+in+flax+genotrophs+induced+by+the+environment.+New+Phytol.">A site-specific insertion sequence in flax genotrophs induced by the environment. New Phytol.</a> , 167-171 (2005).</li><li>Chen, Y., Lowenfeld, R., Cullis, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+environmentally+induced+adaptive+(?)+insertion+event+in+flax.">An environmentally induced adaptive (?) insertion event in flax.</a> Int. J. Genet. Mol. Biol. 1, 38-47 (2009).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

الكتان يبدو أن له الجينوم غير مستقر بطبيعته. وهناك عدد من الأصناف التجارية ألياف الكتان تصبح بسرعة غير موحدة عندما نمت لعدة أجيال. الملاحظات نفسها لا يبدو صحيحا بالنسبة للأصناف الكتان النفط. ولذلك يبدو أن هناك وجود ارتباط بين اختيار نوعية الألياف وعدم الاستقرار الجينوم. والناجم عن التغيرات في بيئة الموروثة الكتان وحددت أصلا من خلال التحقيق في الملاحظات الزراعية لنمو المحصول الألياف. تكرار هذه الملاحظات محددة الاختلافات المظهرية والجينومية يثير التساؤل حول كيفية الضغط على البيئة يمكن أن تؤثر على مجموعة من إعادة ترتيب الجينوم التي يمكن أن تحدث. مظهر المتكررة LIS - 1 ردا على بيئات معينة يتفق مع هذا التحول يتم بصورة مباشرة أو غير مباشرة مختارة. نمو خطوط الناجم عن العلاجات المختلفة يشير أيضا إلى تحسين الأداء في ظل الظروف المحفزة ذات الصلة. التغيرات في التعبير يرتبط أيضا مع وجود LIS - 1 مرة أخرى تشير إلى أن هذا الإدراج تؤثر على أداء المصنع. عرض الفيديو يوفر منتدى لرصد التغيرات النباتية المظهري بطريقة يستحيل أن أنقل من خلال المواد المطبوعة التقليدية.

<ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الرمز بذور الكتان للصنف الأصلي سيروس ستورمونت رر genotrophs ولام وS. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 5 &quot;القدور </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تربة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معجزة - غرو </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> دفيئة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ارتفاع ضغط الصوديوم مصابيح </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> النيتروجين السائل </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> هاون والمطاحن </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Micropestles وأنابيب microfuge </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Thermocycler </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Agarose هلام المعدات الكهربائي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التصوير الرقمي الإعداد </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> StepOne qPCR الوحدة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Qiagen DNeasy النباتية الحمض النووي طقم الإعدادية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تطبيق النظم البيولوجية RNA إلى عدة [كدنا] </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> روش مجموع RNA طقم الإعدادية </li></ul>

environmentally induced heritable changes in flax

بعض أصناف الكتان الاستجابة للإجهاد المواد الغذائية عن طريق تعديل الجينوم ، ويمكن أن تكون ورثت هذه التعديلات من خلال أجيال عديدة. يرتبط أيضا مع هذه التغيرات الجرثومية وراثية الاختلافات المظهرية 1،2. لا يمكن للمجموعة الكتان ستورمونت سيروس (PL) عندما نمت في ظل الشروط الثلاثة مغذيات مختلفة ، إما محرض (تحت ظروف التحكم) ، أو أن تصبح تعديل ستابلي إما إلى genotroph كبيرة أو صغيرة من النمو في ظل ظروف غذائية عالية أو منخفضة على التوالي. خطوط الناتجة عن النمو الأولي تحت كل هذه الظروف يبدو أن تنمو على نحو أفضل عندما نمت في ظل نفس الظروف في الأجيال اللاحقة ، ولا سيما خط رر ينمو بشكل أفضل تحت العلاج السيطرة مشيرا الى ان النباتات التي تنمو تحت المواد الغذائية على حد سواء العالية والمنخفضة وتحت الإجهاد. واحدة من التغيرات الجرثومية التي ترتبط مع تحريض الموروثة التغييرات هو مظهر عنصر الإدراج (LIS - 1) 3 ، 4 في حين أن النباتات تنمو تحت وطأة المغذيات. فيما يتعلق بهذا الحدث الإدراج ، وتنوع الكتان ستورمونت سيروس (PL) عندما نمت في ظل الشروط الثلاثة مغذيات مختلفة يمكن أن تبقى دون تغيير سواء (وفقا للشروط الرقابة) ، فقد تظهر في ادراج كل النباتات (تحت المواد الغذائية المنخفضة) ، ويكون هذا المنقولة للجيل القادم ، أو لديك الإدراج (أو أجزاء منه) ولكن لا يبدو أن تنتقل عبر الأجيال (تحت المغذيات عالية) 4. تواتر ظهور هذا الإدراج يدل على أنه في إطار التحديد الإيجابي ، الذي يتسق أيضا مع استجابة النمو في الأجيال اللاحقة. وتستعمل أوراق أو meristems حصادها في مراحل مختلفة من النمو في الحمض النووي الريبي والعزلة. ويستخدم الحمض النووي الريبي لتحديد الاختلاف في التعبير المرتبطة بيئات النمو المختلفة و / أو انه ر حضور / غياب LIS - 1. يتم استخدام الحمض النووي لتحديد تلك المعزولة في النباتات التي الإدراج حدث.

Watch this Scientific Journal Video about Environmentally Induced Heritable Changes in Flax at JoVE.com

Environmentally Induced Heritable Changes in Flax

تزايد بعض اصناف الكتان تحت الضغط النتائج المغذيات في الاختلاف الجيني في داخل مجموعة فرعية من الجينوم والتباين المظهري. ويرتبط المجمع الإدراج في موقع معين مع النمو في ظل الأنظمة المختلفة والمواد الغذائية مع التغيرات في التعبير الجيني للتغلب على هذه المواقع.

المستحثة بيئيا توريثه التغييرات في كتان

Some flax varieties respond to nutrient stress by modifying their genome and these modifications can be inherited through many generations. Also ...

environmentally-induced-heritable-changes-in-flax

Research

JoVE Journal

Biology

10.2K Views.  Case Western Reserve University. تزايد بعض اصناف الكتان تحت الضغط النتائج المغذيات في الاختلاف الجيني في داخل مجموعة فرعية من الجينوم والتباين المظهري. ويرتبط المجمع الإدراج في موقع معين مع النمو في ظل الأنظمة المختلفة والمواد الغذائية مع التغيرات في التعبير الجيني للتغلب على هذه المواقع.

Video: Environmentally Induced Heritable Changes in Flax

A Behavioral Assay to Measure Responsiveness of Zebrafish to Changes in Light Intensities 

The optokinetic reflex (OKR) is a basic visual reflex exhibited by most vertebrates and plays an important role in stabilizing the eye relative to the visual scene. However, the OKR requires that an animal detect moving stripes and it is possible that fish that fail to exhibit an OKR may not be completely blind. One zebrafish mutant, the no optokinetic response c (nrc) has no OKR under any light conditions tested and was reported to be completely blind. Previously, we have shown that OFF-ganglion cell activity can be recorded in these mutants. To determine whether mutant fish with no OKR such as the nrc mutant can detect simple light increments and decrements we developed the visual motor behavioral assay (VMR). In this assay, single zebrafish larvae are placed in each well of a 96-well plate allowing the simultaneous monitoring of larvae using an automated video-tracking system. The locomotor responses of each larva to 30 minutes light ON and 30 minutes light OFF were recorded and quantified. WT fish have a brief spike of motor activity upon lights ON, known as the startle response, followed by return to lower-than baseline activity, called a freeze. WT fish also sharply increase their locomotor activity immediately following lights OFF and only gradually (over several minutes) return to baseline locomotor activity. The nrc mutants respond similarly to light OFF as WT fish, but exhibit a slight reduction in their average activity as compared to WT fish. Motor activity in response to light ON in nrc mutants is delayed and sluggish. There is a slow rise time of the nrc mutant response to light ON as compared to WT light ON response. The results indicate that nrc fish are not completely blind. Because teleosts can detect light through non-retinal tissues, we confirmed that the immediate behavioral responses to light-intensity changes require intact eyes by using the chokh (chk) mutants, which completely lack eyes from the earliest stages of development. In our VMR assay, the chk mutants exhibit no startle response to either light ON or OFF, showing that the lateral eyes mediate this behavior. The VMR assay described here complements the well-established OKR assay, which does not test the ability of zebrafish larvae to respond to changes in light intensities. Additionally, the automation of the VMR assay lends itself to high-throughput screening for defects in light-intensity driven visual responses.

A Behavioral Assay to Measure Responsiveness of Zebrafish to Changes in Light Intensities

We developed the Visual-Motor Response to quantitate the motor output of larval zebrafish in response to light increments and decrements. We also examined zebrafish vision mutants, including the no optokinetic response (nrc) mutants, which were thought to be completely blind when tested by another vision assay, the optokinetic reflex.

والفحص السلوكية لقياس الاستجابة للاسماك الزرد إلى التغيرات في شدة الضوء

The optokinetic reflex (OKR) is a basic visual reflex exhibited by most vertebrates and plays an important role in stabilizing the eye relative to the ...

Single Molecule Methods for Monitoring Changes in Bilayer Elastic Properties

Membrane protein function is regulated by the cell membrane lipid composition.  This regulation is due to a combination of specific lipid-protein interactions and more general lipid bilayer-protein interactions. These interactions are particularly important in pharmacological research, as many current pharmaceuticals on the market can alter the lipid bilayer material properties, which can lead to altered membrane protein function.   The formation of gramicidin channels are dependent on conformational changes in gramicidin subunits which are in turn dependent on the properties of the lipid.  Hence the gramicidin channel  current is a reporter of altered properties of the bilayer due to certain compounds.  

Membrane protein function is regulated by the cell membrane lipid composition. This video-article details how to form a patch using bilayer patch electrodes, as well as how to use gramicidin channels as reporters of altered membrane properties.

طرق جزيء واحد لرصد التغيرات في خصائص طبقة ثنائية مطاطا

Membrane protein function is regulated by the cell membrane lipid composition.  This regulation is due to a combination of specific lipid-protein ...

Changes in Mammary Gland Morphology and Breast Cancer Risk in Rats

Studies in rodent models of breast cancer show that exposures to dietary/hormonal factors during the in utero and pubertal periods, when the mammary gland undergoes extensive modeling and re-modeling, alter susceptibility to carcinogen-induced mammary tumors. Similar findings have been described in humans: for example, high birthweight increases later risk of developing breast cancer, and dietary intake of soy during childhood decreases breast cancer risk. It is thought that these prenatal and postnatal dietary modifications induce persistent morphological changes in the mammary gland that in turn modify breast cancer risk later in life. These morphological changes likely reflect epigenetic modifications, such as changes in DNA methylation, histones and miRNA expression that then affect gene transcription . In this article we describe how changes in mammary gland morphology can predict mammary cancer risk in rats. Our protocol specifically describes how to dissect and remove the rat abdominal mammary gland and how to prepare mammary gland whole mounts. It also describes how to analyze mammary gland morphology according to three end-points (number of terminal end buds, epithelial elongation and differentiation) and to use the data to predict risk of developing mammary cancer.

Our protocol describes how to dissect the rat abdominal mammary gland and how to prepare mammary gland whole mounts. It also describes how to analyze mammary gland morphology using three end-points (number of terminal end buds, epithelial elongation and differentiation) and to use these results to predict mammary cancer risk in rats which were exposed to dietary modifications in utero or during prepuberty.

التغيرات في الغدة الثديية المورفولوجيا واحتمال الاصابة بسرطان الثدي في الفئران

Studies in rodent models of breast cancer show that exposures to dietary/hormonal factors during the in utero and pubertal periods, when the mammary gland ...

Monitoring Equilibrium Changes in RNA Structure by 'Peroxidative' and 'Oxidative' Hydroxyl Radical Footprinting

RNA molecules play an essential role in biology. In addition to transmitting genetic information, RNA can fold into unique tertiary structures fulfilling a specific biologic role as regulator, binder or catalyst. Information about tertiary contact formation is essential to understand the function of RNA molecules. Hydroxyl radicals (&bull;OH) are unique probes of the structure of nucleic acids due to their high reactivity and small size.1 When used as a footprinting probe, hydroxyl radicals map the solvent accessible surface of the phosphodiester backbone of DNA1 and RNA2 with as fine as single nucleotide resolution. Hydroxyl radical footprinting can be used to identify the nucleotides within an intermolecular contact surface, e.g. in DNA-protein1 and RNA-protein complexes. Equilibrium3 and kinetic4 transitions can be determined by conducting hydroxyl radical footprinting as a function of a solution variable or time, respectively. A key feature of footprinting is that limited exposure to the probe (e.g., 'single-hit kinetics') results in the uniform sampling of each nucleotide of the polymer.5
In this video article, we use the P4-P6 domain of the Tetrahymena ribozyme to illustrate RNA sample preparation and the determination of a Mg(II)-mediated folding isotherms. We describe the use of the well known hydroxyl radical footprinting protocol that requires H2O2 (we call this the 'peroxidative' protocol) and a valuable, but not widely known, alternative that uses naturally dissolved O2 (we call this the 'oxidative' protocol). An overview of the data reduction, transformation and analysis procedures is presented.

Monitoring Equilibrium Changes in RNA Structure by &#039;Peroxidative&#039; and &#039;Oxidative&#039; Hydroxyl Radical Footprinting

This protocol describes how to quantify the Mg(II)-dependent formation of RNA tertiary structure by two methods of hydroxyl radical footprinting.

التغييرات في هيكل رصد التوازن الحمض النووي الريبي ل &#39;Peroxidative&#39; و &#39;مؤكسد&#39; Footprinting الهيدروكسيل

RNA molecules play an essential role in biology. In addition to transmitting genetic information, RNA can fold into unique tertiary structures fulfilling ...

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) Using Retroviral Vector with GFP

Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent and an invaluable cellular sources for in vitro disease modeling and regenerative medicine1. It has been previously shown that human somatic cells can be reprogrammed to pluripotency by ectopic expression of four transcription factors (Oct4, Sox2, Klf4 and Myc) and become induced pluripotent stem cells (iPSCs)2-4 . Like hESCs, human iPSCs are pluripotent and a potential source for autologous cells. Here we describe the protocol to reprogram human fibroblast cells with the four reprogramming factors cloned into GFP-containing retroviral backbone4. Using the following protocol, we generate human iPSCs in 3-4 weeks under human ESC culture condition. Human iPSC colonies closely resemble hESCs in morphology and display the loss of GFP fluorescence as a result of retroviral transgene silencing. iPSC colonies isolated mechanically under a fluorescence microscope behave in a similar fashion as hESCs. In these cells, we detect the expression of multiple pluripotency genes and surface markers.

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells iPSCs Using Retroviral Vector with GFP

A method to generate human induced pluripotent stem cells (iPSCs) via retrovirus-mediated ectopic expression of OCT4, SOX2, KLF4 and MYC is described. A practical way to identify human iPSC colonies based on GFP expression is also discussed.

إعادة برمجة الخلايا الجسدية البشرية المستحثة إلى الخلايا الجذعية المحفزة (iPSCs) استخدام ناقلات فيروسات الرجعية مع GFP

Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent and an invaluable cellular sources for in vitro disease modeling and regenerative medicine1. It has ...

Efficient Generation Human Induced Pluripotent Stem Cells from Human Somatic Cells with Sendai-virus

A few years ago, the establishment of human induced pluripotent stem cells (iPSCs) ushered in a new era in biomedicine. Potential uses of human iPSCs include modeling pathogenesis of human genetic diseases, autologous cell therapy after gene correction, and personalized drug screening by providing a source of patient-specific and symptom relevant cells. However, there are several hurdles to overcome, such as eliminating the remaining reprogramming factor transgene expression after human iPSCs production. More importantly, residual transgene expression in undifferentiated human iPSCs could hamper proper differentiations and misguide the interpretation of disease-relevant in vitro phenotypes. With this reason, integration-free and/or transgene-free human iPSCs have been developed using several methods, such as adenovirus, the piggyBac system, minicircle vector, episomal vectors, direct protein delivery and synthesized mRNA. However, efficiency of reprogramming using integration-free methods is quite low in most cases.
Here, we present a method to isolate human iPSCs by using Sendai-virus (RNA virus) based reprogramming system. This reprogramming method shows consistent results and high efficiency in cost-effective manner.

Here, we present our established method to reprogram human somatic cells into transgene-free human iPSCs with Sendai virus, which shows consistent outcome and enhanced efficiency.

كفاءة الجيل المستحثة الإنسان افرة القوة الخلايا الجذعية من الخلايا الجسدية البشرية مع سينداي الفيروسات

A few years ago, the establishment of human induced pluripotent stem cells (iPSCs) ushered in a new era in biomedicine. Potential uses of human iPSCs ...

Measuring Glutathione-induced Feeding Response in Hydra

Hydra is among the most primitive organisms possessing a nervous system and chemosensation for detecting reduced glutathione (GSH) for capturing the prey. The movement of prey organisms causes mechanosensory discharge of the stinging cells called nematocysts from hydra, which are inserted into the prey. The feeding response in hydra, which includes curling of the tentacles to bring the prey towards the mouth, opening of the mouth and consequent engulfing of the prey, is triggered by GSH present in the fluid released from the injured prey. To be able to identify the molecular mechanism of the feeding response in hydra which is unknown to date, it is necessary to establish an assay to measure the feeding response. Here, we describe a simple method for the quantitation of the feeding response in which the distance between the apical end of the tentacle and mouth of hydra is measured and the ratio of such distance before and after the addition of GSH is determined. The ratio, called the relative tentacle spread, was found to give a measure of the feeding response. This assay was validated using a starvation model in which starved hydra show an enhanced feeding response in comparison with daily fed hydra.

Here we describe a simple assay for the quantification of the feeding response in hydra induced by the reduced form of glutathione. This assay relies on measuring the distance between the apical end of the tentacle and mouth of hydra.

قياس الاستجابة التغذية الناجم عن الجلوتاثيون في حيدرة

Hydra is among the most primitive organisms possessing a nervous system and chemosensation for detecting reduced glutathione (GSH) for capturing the prey. ...

Floral-Dip Transformation of Flax (Linum usitatissimum) to Generate Transgenic Progenies with a High Transformation Rate

Agrobacterium-mediated plant transformation via floral-dip is a widely used technique in the field of plant transformation and has been reported to be successful for many plant species. However, flax (Linum usitatissimum) transformation by floral-dip has not been reported. The goal of this protocol is to establish that Agrobacterium and the floral-dip method can be used to generate transgenic flax. We show that this technique is simple, inexpensive, efficient, and more importantly, gives a higher transformation rate than the current available methods of flax transformation.
In summary, inflorescences of flax were dipped in a solution of Agrobacterium carrying a binary vector plasmid (T-DNA fragment plus the Linum Insertion Sequence, LIS-1) for 1 - 2 min. The plants were laid flat on their side for 24 hr. Then, plants were maintained under normal growth conditions until the next treatment. The process of dipping was repeated 2 - 3 times, with approximately 10 - 14 day intervals between dipping. The T1 seeds were collected and germinated on soil. After approximately two weeks, treated progenies were tested by direct PCR; 2 - 3 leaves were used per plant plus the appropriate T-DNA primers. Positive transformants were selected and grown to maturity. The transformation rate was unexpectedly high, with 50 - 60% of the seeds from treated plants being positive transformants. This is a higher transformation rate than those reported for Arabidopsis thaliana and other plant species, using floral-dip transformation. It is also the highest, which has been reported so far, for flax transformation using other methods for transformation.

Floral-Dip Transformation of Flax Linum usitatissimum to Generate Transgenic Progenies with a High Transformation Rate

Here, we present a protocol to transform flax using Agrobacterium-mediated plant transformation via floral-dip. This protocol is simple to perform and inexpensive, yet yields a higher transformation rate than the current available methods for flax transformation.

الأزهار وتراجع التحول من الكتان (<em&gt; LINUM usitatissimum</em&gt;) لتوليد المعدلة وراثيا السلالات مع معدل التحويل عالية

Agrobacterium-mediated plant transformation via floral-dip is a widely used technique in the field of plant transformation and has been reported to be ...

Tracking Drug-induced Changes in Receptor Post-internalization Trafficking by Colocalizational Analysis

The intracellular trafficking of receptors is a collection of complex and highly controlled processes. Receptor trafficking modulates signaling and overall cell responsiveness to ligands and is, itself, influenced by intra- and extracellular conditions, including ligand-induced signaling. Optimized for use with monolayer-plated cultured cells, but extendable to free-floating tissue slices, this protocol uses immunolabelling and colocalizational analysis to track changes in intracellular receptor trafficking following both chronic/prolonged and acute interventions, including exogenous drug treatment. After drug treatment, cells are double-immunolabelled for the receptor and for markers for the intracellular compartments of interest. Sequential confocal microscopy is then used to capture two-channel photomicrographs of individual cells, which are subjected to computerized colocalizational analysis to yield quantitative colocalization scores. These scores are normalized to permit pooling of independent replicates prior to statistical analysis. Representative photomicrographs may also be processed to generate illustrative figures. Here, we describe a powerful and flexible technique for quantitatively assessing induced receptor trafficking.

Receptor trafficking modulates signaling and cell responsiveness to ligands and is, itself, responsive to cell conditions, including ligand-induced signaling. Here, we describe a powerful and flexible technique for quantitatively assessing drug-induced receptor trafficking using immunolabeling and colocalizational analysis.

تتبع التغييرات الناجمة عن المخدرات في مستقبلات بعد استيعاب الاتجار عن طريق تحليل Colocalizational

The intracellular trafficking of receptors is a collection of complex and highly controlled processes. Receptor trafficking modulates signaling and ...

Methods to Study Changes in Inherent Protein Aggregation with Age in Caenorhabditis elegans

In the last decades, the prevalence of neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's disease (AD) and Parkinson's disease (PD), has grown. These age-associated disorders are characterized by the appearance of protein aggregates with fibrillary structure in the brains of these patients. Exactly why normally soluble proteins undergo an aggregation process remains poorly understood. The discovery that protein aggregation is not limited to disease processes and instead part of the normal aging process enables the study of the molecular and cellular mechanisms that regulate protein aggregation, without using ectopically expressed human disease-associated proteins. Here we describe methodologies to examine inherent protein aggregation in Caenorhabditis elegans through complementary approaches. First, we examine how to grow large numbers of age-synchronized C. elegans to obtain aged animals and we present the biochemical procedures to isolate highly-insoluble-large aggregates. In combination with a targeted genetic knockdown, it is possible to dissect the role of a gene of interest in promoting or preventing age-dependent protein aggregation by using either a comprehensive analysis with quantitative mass spectrometry or a candidate-based analysis with antibodies. These findings are then confirmed by in vivo analysis with transgenic animals expressing fluorescent-tagged aggregation-prone proteins. These methods should help clarify why certain proteins are prone to aggregate with age and ultimately how to keep these proteins fully functional.

Methods to Study Changes in Inherent Protein Aggregation with Age in Caenorhabditis elegans

The goal of the method presented here is to explore protein aggregation during normal aging in the model organism C. elegans. The protocol represents a powerful tool to study the highly insoluble large aggregates that form with age and to determine how changes in proteostasis impact protein aggregation.

أساليب "دراسة التغيرات" في "تجميع البروتين الأصيل" مع التقدم في السن في ايليجانس كاينورهابديتيس

In the last decades, the prevalence of neurodegenerative disorders, such as Alzheimer's disease (AD) and Parkinson's disease (PD), has grown. These ...