La financiación de este trabajo ha sido proporcionada por NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959 y NIH R56 AI063274

<ol>
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Los autores de este artículo no tienen intereses financieros en competencia a revelar.

Aplicaciones de genotipado a gran escala se han utilizado para comprender mejor el mecanismo genético subyacente en muchas enfermedades humanas. El descubrimiento de cualquier variante significativa a través de un análisis de asociación amplia del genoma puede destacar una región candidata para el estudio adicional. Además, los datos genotipo es una buena herramienta para el control de calidad en los proyectos de secuenciación. Para maximizar el rendimiento de la muestra, múltiples placas de muestra se pueden amplificar y almacenados en sus estados fragmentados, resuspendido. Ocho placas pueden ser amplificados en un solo día, la combinación de las primeras 24 h del protocolo para varios lotes y proporcionar material suficiente para ~ 2-8 días de procesamiento de chip. Si las placas amplificados se almacenan de antemano, y si las nuevas muestras se hibridan a los chips inmediatamente después de la exploración comienza en la ejecución anterior, el procesamiento puede funcionar continuamente sin la necesidad de hacer una pausa para la preparación de la muestra adicional. Por lo tanto, aunque las muestras tendrán tres días para someterse a la completaensayo, los datos se pueden generar todos los días. Fichas Assuming24 se procesan cada día, una semana laboral de 5 días permite más de un 1.000 muestras de ADN para que se ejecuten en un chip de talón 12 muestras. Si cualquier paso o reactivo no ha logrado, sin embargo, varios lotes podrían estar en riesgo de malos resultados antes de cualquier corrección se puede aplicar. Los errores pueden pasar desapercibidos hasta que los arrays se escanean o analizados, por lo tanto, si el rendimiento se maximiza, cientos de muestras en diferentes etapas del protocolo pueden ya han recibido el mismo tratamiento defectuoso sobre el descubrimiento. Como reactivos y la pérdida de datos no se pueden recuperar, el usuario debe sopesar estos riesgos contra la necesidad de un flujo de trabajo acelerado. El software de análisis de GenomeStudio es la primera oportunidad de medir realmente el éxito del proceso de determinación del genotipo. Si la norma-R vs parcelas intensidad Norma-Theta están debidamente agrupados, la tasa media de las llamadas (por ciento del total de SNPs escrito correctamente) de las muestras debe acercarse a 99%, aunque este valor varía slightly dependiendo del tipo de matriz. Los datos de cualquier muestra con una tarifa de llamadas inferiores a 85-90%, no es digno de confianza y deben desecharse. A efectos de control de calidad, los resultados deben ser comparados con ningún genotipos siempre que sea posible previamente conocidos. Si no existe tal información, intencional duplicación de la muestra es una herramienta útil en la verificación de la placa o de matriz colocaciones. Estos pares de duplicados se deben colocar en chips separados, placas, lotes o proyectos; sus genotipos comprueban tras generación. Si bien las limitaciones de CC específicos varían de acuerdo a la preferencia del investigador, las limitaciones SNP comunes se basan en el éxito llamada de ejemplo, Hardy-Weinberg o missingness entre casos y controles, mientras que las restricciones de muestra comunes se basan en las tarifas de llamadas, incoherencias mendelianos, o las referencias cruzadas del cromosoma X heterocigosidad a los datos clínicos de género [13]. Si surge algún problema, el Dashboard controles, que se encuentra en la sala de análisis, puede ser sometido a laempresa con el fin de determinar la causa. Estos controles a menudo pueden reducir la cuestión a la etapa más probable o el fracaso de reactivos. Si alguno de los SNPs de interés se encuentran a través de un experimento de genotipado Infinium, sus parcelas intensidad debe ser una doble comprobación en GenomeStudio por errores de agrupación antes de que se realicen más investigaciones. Un fallido Infinium experimento de genotipado es probablemente debido a un error de procesamiento humano o ADN de entrada de baja calidad. Ejemplo de cuantificación debe ser exacta y precisa. Para obtener los mejores resultados, ningún reactivo añadido a cualquier muestra o chip deben ser dispensadas en el volumen establecido por el protocolo. Las pipetas se calibran correctamente. Los reactivos no deben ejecutarse después de la caducidad y no deben volver a congelarse una vez descongelado, salvo para el reactivo RA1. Con el fin de minimizar los posibles errores de tinción y extensión, la mezcla formamida / EDTA debe estar preparado fresco cada mes. Todos los -20 ° C, los reactivos deben almacenarse en sólo congeladores de descongelación manual. Todo el material de laboratorio utilizado en la víaaining, de extensión y de lavado de partes del protocolo se deben enjuagar bien con agua y detergente suave inmediatamente después de dejar de usar. Los depósitos en la cámara de humidificación hyb se deben lavar con un cepillo de tubo de ensayo y un detergente suave. Las placas de vidrio se deben lavar con lejía al 10%, según las instrucciones de sus manuales de usuario, una vez a la semana.

Escribiendo polimorfismos de nucleótido único (SNP) es un método clave para la identificación de variantes de riesgo asociados con la enfermedad. Históricamente, el alcance de experimentos de genotipado ha sido limitada por la tecnología disponible. Métodos de genotipificación basados ​​en la electroforesis en gel se limitan en la muestra-y SNP-producción [1]. El desarrollo de estos ensayos a menudo puede ser de trabajo intensivo, basándose en la composición y la estructura de la región que rodea la variante para la optimización de [1]. Genotipificación TaqMan, desarrollado por Life Technologies, se puede ejecutar un gran número de muestras de forma rápida y con una mínima participación técnico [2], pero las restricciones SNP-multiplexación siguen limitando el número total de los genotipos a bastante menos de un millón al día [3,4 ]. Plataforma de Sequenom IPLEX también puede ejecutar muchas muestras a la vez, pero, ya que menos de un centenar de SNPs pueden ser multiplexados juntos, el rendimiento es comparativamente bajo en general [5]. Secuencia tecnología SNP de Beckman Coulterpodría producir teóricamente más de tres millones de genotipos por día, pero este rango de proyecto límites de la tecnología a un máximo de sólo cuarenta y ocho SNPs por reacción de [4,6]. Si bien el ensayo GoldenGate puede procesar casi doscientos muestras de ADN de cada día en cientos o miles de SNPs por muestra, el precio por el genotipo no es competitivo con, técnicas de ultra-alto rendimiento avanzados al escribir más de tres mil SNPs a la vez [4,7 ]. Para procesar varios millones de genotipos por día, la escala necesaria para grandes estudios de asociación de todo el genoma, los ensayos de matriz de hibridación se han convertido en la opción más rentable en el mercado. Línea de Affymetrix arrays de hibridación y de la línea de arrays basados ​​en Infinium de Illumina permiten potencialmente cientos de muestras que se escriben en los cientos de miles o millones de SNPs en paralelo [4,8]. Estos SNPs pueden estar dispersos por todo el genoma, localizada en las regiones de interés, como el exomes, o personalizado a la preferencia del usuario. Estas matrices tienen la ventaja de no sólo ser capaz de determinar el genotipo de forma precisa un millón de SNPs por muestra a la vez, sino también para medir el número de copias variación, anomalías cromosómicas potencialmente revelando. Alineados Infinium matrices OMNI BeadChip actualmente tienen la capacidad de determinar el genotipo de hasta casi cinco millones de marcadores por muestra, incluyendo medio de un millón de loci de encargo, en un máximo de casi un centenar de muestras de cada día. Como la mayoría de las enfermedades tienen un componente genético, estos experimentos a gran escala puede ser crucial en la búsqueda de genes asociados con la enfermedad. Genotipado de alto rendimiento permite una generación genotipo eficiente de ejemplo establece lo suficientemente grande para detectar de manera convincente de asociación genética en las frecuencias de alelos menores inferiores. Proyectos de genotipado de todo el genoma se pueden utilizar para localizar regiones con estadísticamente significativa frecuencia de los alelos de casos y controles o las diferencias de número de copias [9,10,11]. Según el Ge humano NacionalInstituto de Investigación nome, estudios de asociación del genoma llevó a 1.490 publicaciones separadas entre el 25 de noviembre de 2008 y 25 de enero 2013, derivada del descubrimiento de 8283 SNPs con un p-valor inferior a 1 x 10 -5 (ver http:// www.genome.gov/gwastudies/). Estos estudios, que investigan las condiciones que van desde la altura con el cáncer testicular, se benefició de las líneas generales que ofrece un análisis de todo el genoma. En casos como estos, regiones enteras de interés podrían haber escapado a la atención había el alcance de la tipificación sido demasiado restrictivo. Por lo tanto, para los análisis de asociación a gran escala, una técnica de determinación del genotipo de todo el genoma es la técnica de elección. Existen diferentes versiones del ensayo Infinium, cada uno diseñado para ser utilizado con los tipos específicos de arrays. El ensayo InfiniumUltra, discutido en profundidad más adelante, es apropiada para muchos 12 - o 24-muestra fichas de matriz. Estos a menudo genotipo más de cien mil SNPs por muestra de ADN y se centran en tregiones argeted, como en los paneles exoma o personalizados. Otras versiones de ensayo podrían ser necesarias para otros tipos de chips, tales como las matrices de genotipado de todo el genoma. Sin embargo, como todos los ensayos Infinium comparten una base común y difieren principalmente sólo por los nombres de reactivos, los volúmenes de reactivos, o el procedimiento exacto reactivo de tinción, técnicas perfeccionadas en una versión de ensayo a menudo pueden ser de aplicación universal. Otras matrices, tales como arrays de metilación, pueden utilizar un protocolo casi idéntico, también. Se debe tener cuidado al usar sólo la versión del ensayo requerida para el tipo de chip en uso. Algunos tipos, como aquellos que miden el nivel de expresión de genes, podrían requerir el uso de un protocolo nonInfinium. Las muestras deben ser procesadas en lotes. Por ejemplo, con el ensayo InfiniumUltra, tubos de reactivo de prehibridación contienen suficiente volumen para funcionar 96 muestras, y los tubos no se pueden volver a congelar. Por lo tanto, las muestras se deben ejecutar en lotes de 96 muestras a la vez. Las muestras se amplifican en los abetost días. Después de aproximadamente 1 hora de benchwork, las muestras deben ser calentados en un horno de convección durante 20-24 h. Al día siguiente, casi 4 horas se gastará fragmentación, lo que precipitó y resuspender las muestras, momento en el que las muestras pueden o bien ser congelados para uso futuro o hibrida con el chip. Cargando fichas toma cerca de 2 horas, después de lo cual las muestras se hibridó durante la noche de 16 a 24 h. En el tercer día, la etapa de tinción y la extensión toma ~ 4 horas. Una hora más se gastará de lavado, recubrimiento, y el secado de las virutas. Finalmente, las matrices se escanean, que puede tardar 15-60 min / viruta, dependiendo del tipo utilizado. Se aplican las medidas de seguridad de laboratorio y de limpieza estándar. Aunque la amplificación está basada en la PCR no es así, las estaciones de trabajo separadas para pre y postamplification procedimientos son necesarios con el fin de reducir al mínimo la probabilidad de contaminación. El número de identificación de cada reactivo kit suministrado en uso hay que estar inscrito en una hoja de seguimiento. Reagents deben descongelarse inmediatamente antes de su uso y de invertir varias veces antes de la dispensación. El ADN que ser escrito debe ser ADN genómico de alta calidad (260/280 relación de absorbancia de 1,6-2,0, 260/230 relación de absorbancia de por debajo de 3,0), aislado por métodos estándar y se cuantifica con un fluorómetro. La degradación de ADN es a menudo un factor que contribuye a los resultados del ensayo de baja calidad. Típicamente, se requiere 200 ng de ADN, aunque esta cantidad puede variar para algunos tipos de chips. Un robot de manejo de líquidos Tecan puede automatizar muchas de las etapas del protocolo y minimizar el error humano como factor.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="477">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="66">
			<td height="66" style="height:66px;width:145px;">Consumable or Equipment</td>
			<td style="width:121px;">Manufacturer&#160;</td>
			<td style="width:99px;">Part Number&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Minimum Required for 96 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.8 ml Deep Well Plate</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0765</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Plate Mats</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0674</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Reagent Basin</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-681-502</td>
			<td style="width:113px;">9</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat-seal Sheets</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0559</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow-through Spacer</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">NC9563984</td>
			<td style="width:113px;">6</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 200 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L200F</td>
			<td style="width:113px;">192</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 10 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L10F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 1,000 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L1000F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">DNA Suspension Buffer</td>
			<td style="width:121px;">Teknova</td>
			<td style="width:99px;">T0220</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.1 N NaOH</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AC12419-0010</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Isopropanol (HPLC grade)</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">A451</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Ethanol (200-proof)</td>
			<td style="width:121px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:99px;">459836</td>
			<td style="width:113px;">330 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Formamide (100%)</td>
			<td style="width:121px;">Thomas Scientific</td>
			<td style="width:99px;">C001K38</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">EDTA (0.5 M)</td>
			<td style="width:121px;">Amresco</td>
			<td style="width:99px;">E177</td>
			<td style="width:113px;">0.2 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">10 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-10XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">200 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-200XLS</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">1,000 &#956;l Single-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L-1000XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Microplate Shaker</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">13500-890</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Refrigerated Microplate Centrifuge</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">BK369434</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybridization Oven</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">SE-901-1001</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex Microsample Incubator</td>
			<td style="width:121px;">SciGene</td>
			<td style="width:99px;">1057-30-0</td>
			<td align="right" style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex MIDI Heat Block Insert</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-601</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat Sealer</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0384</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hyb Chamber w/ Insert and Mat</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-402</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Surgical Scissors</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-804-20</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow Through Assembly Parts</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-202</td>
			<td style="width:113px;">8</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Wash Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-450</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Genepaint Chamber Rack</td>
			<td style="width:121px;">Tecan</td>
			<td style="width:99px;">760-800</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Temperature Probe</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">A1-99-109</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Staining Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-207</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Self-Closing Tweezers</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc</td>
			<td style="width:99px;">5374-NM</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Vacuum Manifold</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc&#160;</td>
			<td style="width:99px;">2240</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">iScan or HiScan</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">-</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

infinium assay for large-scale snp genotyping applications

Variantes de genotipado en el genoma humano ha demostrado ser un método eficaz para identificar asociaciones genéticas con fenotipos. La distribución de las variantes dentro de las familias o de las poblaciones puede facilitar la identificación de los factores genéticos de la enfermedad. Panel de Illumina de BeadChips genotipado permite a los investigadores determinar el genotipo de miles o millones de polimorfismos de nucleótido único (SNP) o para analizar otras variantes genómicas, como el número de copias, a través de un gran número de muestras de ADN. Estos SNPs se pueden propagar por todo el genoma o dirigidos en regiones específicas con el fin de maximizar el potencial descubrimiento. La prueba Infinium ha sido optimizado para producir alta calidad, resultados precisos de forma rápida. Con una configuración adecuada, un solo técnico puede procesar desde unos pocos cientos a más de mil muestras de ADN por semana, dependiendo del tipo de matriz. Este ensayo guía a los usuarios a través de cada paso, empezando con ADN genómico y terminando con el escaneo de la matriz. Usando Reage decoronts, ​​las muestras se amplifican, fragmentada, se precipitó, se resuspendió, se hibrida con el chip, prorrogado por una sola base, manchado, y escaneado a cada una de alta resolución del sistema óptico de imagen iScan o Hi Scan. Se requiere un paso durante la noche para amplificar el ADN. El ADN se desnaturaliza y isotérmicamente amplificado por amplificación de todo el genoma, por lo tanto, no se requiere la PCR. Las muestras se hibridan con las matrices durante una segunda etapa durante la noche. Por el tercer día, las muestras están listas para ser escaneado y analizado. El ADN amplificado puede ser almacenada en grandes cantidades, lo que permite matrices de perlas que se procesen todos los días de la semana, maximizando así el rendimiento.

Un chip de grano procesado correctamente, debe aparecer intensidades de luz láser de color rojo y de color verde brillante y distintas durante la exploración. En la figura 6, el software de exploración iScan muestra una muestra de ADN genómico estándar hibridado con éxito a una costumbre-panel de agrupación en el genotipado de SNP. Los nucleótidos marcados que fueron colocados durante las etapas de extensión y tinción fluorescente bajo las luces de los dos láseres. Como estos nucleótidos se extienden selectivamente la cadena de oligonucleótido de la perla hibridado a la cadena de ADN fragmentado, y como las cadenas de oligonucleótidos están diseñados para terminar en el sitio de la variante, el color y la intensidad de la señal resultante se puede utilizar para determinar los alelos presentes en la SNP sitio. Una hoja generado por los usuarios de la muestra, que coincide con los ID de las muestras y la información clínica a ChipID y la posición, y un SNP manifiesto específica de la matriz, que se obtiene directamente de la compañía, son necesarios para poder importar el scaarchivos de salida Nner en el software de análisis GenomeStudio. Hojas Ejemplo de muestra se pueden encontrar en el sitio web de la compañía. Una vez que el proyecto GenomeStudio está construido, los genotipos se pueden obtener a partir de los grupos de intensidad resultantes generados automáticamente por el software. Aunque existen múltiples opciones de visualización, la vista predeterminada, Norm-R (un valor de intensidad normalizada) vs Norma-Theta (una relación de intensidad alélica), es a menudo el argumento más fácil de diferenciar tres grupos distintos. La mayoría de los SNPs deben mostrar uno, dos, o tres grupos, dependiendo de la frecuencia del alelo menor. Los tres grupos representan muestras que demuestran AA, AB, BB o alelos (véase la Figura 7). Estos grupos se pueden asignar genotipos, ya sea mediante la importación de una plantilla de la posición estándar de la agrupación directamente de la empresa, mediante la selección de &quot;Cluster Todos SNPs&quot; de la barra de herramientas de análisis del software, o haciendo clic y arrastrando los círculos de colores en las parcelas intensidad para edi manualmente<html> t llama. El color de la muestra en el gráfico de intensidad (rojo, púrpura o azul) indica que la llamada (AA, AB, BB o, respectivamente); negro indica que no hay llamada. Al desplazarse por los SNPs que figuran en el panel de datos completa del software, la agrupación para cada SNP puede ser visto o recordado. Una vez que los grupos se asignan las llamadas satisfactorias, el panel de datos completa del software enumera los genotipos para cada muestra individual en cada SNP particular. La opción Selector de columnas por encima de la tabla puede cambiar los formatos de datos. Los datos pueden ser exportados, ya sea a través de la barra de herramientas de análisis o directamente de la tabla completa de datos para un análisis en profundidad. <img alt="Figura 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> Figura 1. Información general - Protocolo de ensayo Infinium.683/50683fig1highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; Haga clic aquí para ver la imagen más grande. <img alt="Figura 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> Figura 2. Complete Chamber Hyb base y colchón, y tapa. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver la imagen más grande</a> . <img alt="Figura 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> Figura 3 Carga de un BeadChip -.. Dispense la muestra en los puertos de entrada [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver más grande</a><html> imagen. <img alt="Figura 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> Figura 4 Extracción de la BeadChip Coverseal -.. Sujete el sello en la esquina y quitar con cuidado en diagonal [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver la imagen más grande</a> . <img alt="La figura 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> Figura 5. Conjunto completo BeadChip Flow-through - El BeadChip se separa de un portaobjetos de vidrio con un espaciador y ató con broches.&gt; Haga clic aquí para ver la imagen más grande. <img alt="La figura 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> Figura 6. Exitosa BeadChip Scan - A) El BeadChip se escanea con tanto un láser rojo y verde, el software de escaneo muestra tanto de forma simultánea. Secciones pasan QC intensidad destacarán verde en la pantalla BeadChip a la izquierda. Secciones defecto QC intensidad se destacan rojo en la pantalla BeadChip. B) Una vez finalizado el escaneo, el software se superpondrá a las pantallas de color rojo y verde. Se muestra una imagen con zoom-in. El color y la intensidad de cada grano individual indica el alelo presente. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver la imagen más grande</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.wipáginas delgado = &quot;always&quot;&gt; <img alt="La figura 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> Figura 7. SNP NORMA-R vs Perfiles del clúster NORM-THETA - A) Un SNP es válido con tres grupos distintos que representan a AA, AB, BB y genotipos, de color rojo, púrpura y azul B) Una edición que requiere SNP.. El grupo medio, que debe ser homocigotos AB, se deja llamado-un. El cluster BB está equivocadamente llamado AB. C) Una de bajo rendimiento SNP. No hay genotipos se pueden obtener de esta parcela intensidad, ya que no existen grupos distintos. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver la imagen más grande</a> .

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Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Un protocolo se describe que utiliza ensayos Infinium de Illumina para llevar a cabo la genotipificación a gran escala. Estos ensayos pueden determinar el genotipo de forma fiable a millones de SNPs a través de cientos de muestras de ADN individuales en tres días. Una vez generada, estos genotipos se pueden utilizar para comprobar las asociaciones con una variedad de diferentes enfermedades o fenotipos.

Ensayo Infinium para aplicaciones a gran escala de genotipado de SNP

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

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38.7K vistas.  Oklahoma Medical Research Foundation.  Un protocolo se describe que utiliza ensayos Infinium de Illumina para llevar a cabo la genotipificación a gran escala. Estos ensayos pueden determinar el genotipo de forma fiable a millones de SNPs a través de cientos de muestras de ADN individuales en tres días. Una vez generada, estos genotipos se pueden utilizar para comprobar las asociaciones con una variedad de diferentes enfermedades o fenotipos. 

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Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation. Generating a streamlined procedure for creating and screening metagenomic libraries is therefore useful for efficient high-throughput investigations into the genetic and metabolic properties of uncultured microbial assemblages. Here, key protocols are presented on video, which we propose is the most useful format for accurately describing a long process that alternately depends on robotic instrumentation and (human) manual interventions. First, we employed robotics to spot library clones onto high-density macroarray membranes, each of which can contain duplicate colonies from twenty-four 384-well library plates. Automation is essential for this procedure not only for accuracy and speed, but also due to the miniaturization of scale required to fit the large number of library clones into highly dense spatial arrangements. Once generated, we next demonstrated how the macroarray membranes can be screened for genes of interest using modified versions of standard protocols for probe labeling, membrane hybridization, and signal detection. We complemented the visual demonstration of these procedures with detailed written descriptions of the steps involved and the materials required, all of which are available online alongside the video.

A gran escala de pantallas de bibliotecas metagenómicas

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Investigación

Biología

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a tremendous amount of data available comes an explosion of genotyping methods. Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. It also has the ability to identify tri-allelic, indels, short-repeat polymorphisms, along with determining allele percentages for methylation or pooled sample assessment. In addition, there is a standardized control sequence that provides internal quality control. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.


Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.

Pyrosequencing: Un método simple para determinar el genotipo exacto

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the expression pattern of a target protein across the entire brain are relatively easy to answer when using IHC in small brains, such as those of rodents. However, answering the same questions in large and convoluted brains, such as those of primates presents a number of challenges. Here we present a systematic approach for immunodetection of target proteins in an adult monkey brain. This approach relies on the tissue embedding and sectioning methodology of NeuroScience Associates (NSA) as well as tools developed specifically for batch-staining of free-floating sections. It results in uniform staining of a set of sections which, at a particular interval, represents the entire brain. The resulting stained sections can be subjected to a wide variety of analytical procedures in order to measure protein levels, the population of neurons expressing a certain protein.

Large-scale immunodetection of target proteins across the entire primate brain is possible by employing novel tissue embedding and sectioning methods combined with the use of creative apparatus for batch staining of multiple free-floating sections at a given time.

Lote de inmunotinción para la detección de proteínas a gran escala en el cerebro del mono entero

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult human peripheral blood within a mean of 12 days. After large scale expansion &gt;1x108 ECFCs can be obtained for further tests. Advantageously by using pHPL the contact of human cells with bovine serum antigens can be excluded. By flow cytometry and immunohistochemistry the isolated cells can be characterized as ECFC and their in vitro functionality to form vascular like structures can be tested in a matrigel assay. Further these cells can be subcutaneously injected in a mouse model to form functional, perfused vessels in vivo. After long term expansion and cryopreservation proliferation, function and genomic stability appear to be preserved. 3,4
This animal-protein free isolation and expansion method is easily applicable to generate a large quantity of ECFCs.

Endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) are a promising tool to study vascular homeostasis and repair.1,2 This paper introduces a novel animal-serum free method for isolation and expansion of ECFC from heparinised adult human peripheral blood with pooled human platelet lysate (pHPL) diminishing the risk of anti-bovine immunisation.

El aislamiento y la expansión a gran escala de células humanas adultas Colonia progenitoras endoteliales formación

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to mammals, zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

A gran escala basado en pez cebra En vivo Pantalla de moléculas pequeñas

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting factors, such as labor intensive sample preparations, low detection limits, slow scan speeds, intensive method optimization for each metabolite, and the inability to measure both positively and negatively charged ions in single experiments. Therefore, a novel metabolomics protocol could advance metabolomics studies. Amide-based hydrophilic chromatography enables polar metabolite analysis without any chemical derivatization. High resolution MS using the Q-Exactive (QE-MS) has improved ion optics, increased scan speeds (256 msec at resolution 70,000), and has the capability of carrying out positive/negative switching. Using a cold methanol extraction strategy, and coupling an amide column with QE-MS enables robust detection of 168 targeted polar metabolites and thousands of additional features simultaneously.&#160; Data processing is carried out with commercially available software in a highly efficient way, and unknown features extracted from the mass spectra can be queried in databases.

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. Utilizing normal-phased liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with polarity switching and a rapid duty cycle, we describe a protocol to analyze the polar metabolic composition of biological material with high sensitivity, accuracy, and resolution.

Una estrategia para sensibles, grande escala cuantitativa Metabolómica

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic chromosome, synIII1, and one synthetic chromosome arm, synIXR2, have been constructed and their in vivo function validated in the absence of the corresponding wild type chromosomes. An important design feature of Sc2.0 chromosomes is the introduction of PCRTags, which are short, re-coded sequences within open reading frames (ORFs) that enable differentiation of synthetic chromosomes from their wild type counterparts. PCRTag primers anneal selectively to either synthetic or wild type chromosomes and the presence/absence of each type of DNA can be tested using a simple PCR assay. The standard readout of the PCRTag assay is to assess presence/absence of amplicons by agarose gel electrophoresis. However, with an average PCRTag amplicon density of one per 1.5 kb and a genome size of ~12 Mb, the completed Sc2.0 genome will encode roughly 8,000 PCRTags. To improve throughput, we have developed a real time PCR-based detection assay for PCRTag genotyping that we call qPCRTag analysis. The workflow specifies 500 nl reactions in a 1,536 multiwell plate, allowing us to test up to 768 PCRTags with both synthetic and wild type primer pairs in a single experiment.

Designer chromosomes of the Synthetic Yeast Genome project, Sc2.0, can be distinguished from their native counterparts using a PCR-based genotyping assay called PCRTagging, which has a presence/absence endpoint. Here we describe a high-throughput real time PCR detection method for PCRTag genotyping.

Análisis qPCRTag - Un alto rendimiento, Tiempo real ensayo PCR para Sc2.0 Genotipado

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, log-phase, and stationary-phase. Each growth phase can reveal different aspects of fitness that are related to various environmental and genetic conditions. High-resolution and quantitative measurements of all 3 phases of growth are generally difficult to obtain. Here we present a detailed method to characterize all 3 growth phases on solid media using an assay called One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). ODELAY quantifies growth phenotypes of individual cells growing into colonies on solid media using time-lapse microscopy. This method can directly observe population heterogeneity with each growth parameter in genetically identical cells growing into colonies. This population heterogeneity offers a unique perspective for understanding genetic and epigenetic regulation, and responses to genetic and environmental perturbations. While the ODELAY method is demonstrated using yeast, it can be utilized on any colony forming microorganism that is visible by bright field microscopy.

We present a method for quantifying growth phenotypes of individual yeast cells as they grow into colonies on solid media using time-lapse microscopy termed, One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). Population heterogeneity of genetically identical cells growing into colonies can be directly observed and quantified.

ODELAY: Un método a gran escala para la cuantificación multiparamétrica del crecimiento de la levadura

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, ...

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water deficit or pathogens plays a crucial role. Identifying small molecules that regulate stomatal movement can therefore contribute to understanding the physiological basis by which plants adapt to their environment. Large-scale screening approaches that have been used to identify regulators of stomatal movement have potential limitations: some rely heavily on the abscisic acid (ABA) hormone signaling pathway, therefore excluding ABA-independent mechanisms, while others rely on the observation of indirect, long-term physiological effects such as plant growth and development. The screening method presented here allows the large-scale treatment of plants with a library of chemicals coupled with a direct quantification of their transpiration by thermal imaging. Since evaporation of water through transpiration results in leaf surface cooling, thermal imaging provides a non-invasive approach to investigate changes in stomatal conductance over time. In this protocol, Helianthus annuus seedlings are grown hydroponically and then treated by root feeding, in which the primary root is cut and dipped into the chemical being tested. Thermal imaging followed by statistical analysis of cotyledonary temperature changes over time allows for the identification of bioactive molecules modulating stomatal aperture. Our proof-of-concept experiments demonstrate that a chemical can be carried from the cut root to the cotyledon of the sunflower seedling within 10 minutes. In addition, when plants are treated with ABA as a positive control, an increase in leaf surface temperature can be detected within minutes. Our method thus allows the efficient and rapid identification of novel molecules regulating stomatal aperture.

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

We provide a method for identifying modulators of foliar transpiration by large-scale screening of a compound library.

Identificación de nuevos reguladores de la transpiración de plantas mediante el cribado térmico de imágenes a gran escala en Helianthus Annuus

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water ...

A Semiautomated ChIP-Seq Procedure for Large-scale Epigenetic Studies

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific histone modifications, such as H3K27ac, to help identify cis-regulatory DNA elements. The manual process to complete a ChIP-Seq is labor intensive, technically challenging, and often requires large-cell numbers (&#62;100,000 cells). The method described here helps to overcome those challenges. A complete semiautomated, microscaled H3K27ac ChIP-Seq procedure including cell fixation, chromatin shearing, immunoprecipitation, and sequencing library preparation, for batch of 48 samples for cell number inputs less than 100,000 cells is described in detail. The semiautonomous platform reduces technical variability, improves signal-to-noise ratios, and drastically reduces labor. The system can thereby reduce costs by allowing for reduced reaction volumes, limiting the number of expensive reagents such as enzymes, magnetic beads, antibodies, and hands-on time required. These improvements to the ChIP-Seq method suit perfectly for large-scale epigenetic studies of clinical samples with limited cell numbers in a highly reproducible manner.

This paper describes a semiautomated, microscaled ChIP-Seq protocol of DNA regions associated with a specific histone modification (H3K27ac) using a ChIP liquid-handler platform, followed by library preparation using tagmentation. The procedure includes control assessment for quality and quantity purposes and can be adopted to other histone modifications or transcription factors.

Un procedimiento ChIP-Seq semiautomatizado para estudios epigenéticos a gran escala

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific ...