이 작품에 대한 자금 지원은 NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959, 그리고 NIH R56 AI063274에 의해 제공되었다

<ol>
	<li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies.">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li><li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li><li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction:+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li><li>Bay&#233;s, M., Gut, I. G., ed, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+Genotyping.">Overview of Genotyping.</a> Molecular Analysis and Genome Discovery. , 1-23 (2011).</li><li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa.">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li><li>Liu, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+Genotyping+Platforms.">SNP Genotyping Platforms.</a> Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture. , 123-132 (2011).</li><li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays.">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li><li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotyping+technologies+for+all.">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li><li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis.">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li><li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample.">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li><li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma.">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li><li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1. , 15-101 (2009).</li><li>Turner, S., Armstrong, L. o. r. e. n. L., Yuki Bradford, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies.">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li></ol>

이 문서의 저자가 공개하는 경쟁 금전적 이해 관계가 없습니다.

대형 유전자형 어플리케이션은 더 많은 인간 질병의 기초 유전 메커니즘을 이해하기 위해 사용되어왔다. 게놈 넓은 협회 분석을 통해 의미있는 변형의 발견은 추가 연구를 위해 후보 지역에 플래그를 할 수 있습니다. 또, 유전자형 데이터 시퀀싱 프로젝트의 품질 관리를위한 좋은 도구이다. 시료 처리량을 극대화하기 위해, 여러 개의 샘플 플레이트 증폭 단편적인, 재 부유 상태로 저장 될 수있다. 여덟 판은 여러 일괄 처리를위한 프로토콜의 첫 번째 24 시간을 결합하고 칩의 처리 ~ 2-8일에 대한 충분한 자료를 제공하고, 하루에 증폭 될 수있다. 증폭 된 플레이트를 미리 비축하고, 새로운 샘플을 스캐닝이 이전 실행에서 시작 직후 칩에 혼성화되는 경우, 처리는 추가적인 샘플 준비 동안 정지 할 필요없이 연속적으로 실행할 수있는 경우. 따라서, 비록 샘플 전체를 받아야하는 3 일 정도 걸릴 것입니다분석 데이터는 매일 발생 될 수있다. Assuming24 칩이 매일 처리되고, 5 일 근무제는 12 샘플 비드 칩에서 실행되는 1,000 이상 DNA 샘플 수 있습니다. 모든 단계 또는 시약이 실패하면 어떤 보정을 적용 할 수 있습니다 전에 그러나, 여러 일괄 처리 성능 저하에 대한 위험이있을 수 있습니다. 배열 스캔하거나 분석 할 때까지 오류 통지를 벗어날 수도, 처리량이 최대화되어있는 경우 따라서, 프로토콜의 다양한 단계에있는 수백 개의 샘플이 이미 발견시 같은 결함이 치료를 받고 있습니다. 분실 된 시약 및 데이터가 복구 될 수 없으므로, 사용자는 가속 플로에 대한 필요성에 대해 이러한 위험을 계량한다. GenomeStudio 분석 소프트웨어 진정 유전자형 프로세스의 성공을 측정하는 제 기회이다. 규범 세타 강도 플롯 대 규격-R이 제대로 클러스터 된 경우이 값이 SLI 다르지만, 샘플의 평균 통화 비율 (전체의 SNP %가 성공적으로 입력), 99 %를 접근해야ghtly 배열 유형에 따라 다릅니다. 85-90%보다 낮은 전화 요금과 함께 모든 샘플의 데이터는 신뢰할 수없는 폐기해야합니다. 품질 관리 목적으로, 결과는 가능한 이전에 공지 된 유전자형마다에 비교되어야한다. 이러한 데이터가 존재하지 않는 경우는, 의도적 샘플 중복 판 또는 배열 게재 위치를 확인하는 유용한 도구입니다. 이러한 중복 쌍은 별도의 칩, 접시, 배치, 또는 프로젝트에 배치해야합니다, 그들의 유전자형 세대에 확인. 특정 QC 제약 연구자의 취향에 따라 다양하지만, 일반적인 SNP 제약은 샘플 호출 성공, 하디 - 와인버그 평형, 또는 케이스 및 컨트롤 사이 missingness을 기반으로하는 일반적인 샘플 제약은 전화 요금, 멘델의 불일치, 또는 상호 참조를 기반으로하면서 임상 성 데이터에 대한 X-염색체의 이형 접합의 [13]. 어떤 문제가 발생하면, 분석 제품군에있는 컨트롤 대시 보드는에 제출 될 수있다원인을 확인하기 위해 회사. 이러한 컨트롤은 종종 확률이 높은 단계 또는 시약 실패 문제를 좁힐 수 있습니다. 그 중 하나의 SNP가 Infinium의 유전자형 실험을 통해 발견하는 경우, 자신의 강도 플롯 재확인 추가 연구가 수행되기 전에 클러스터링 오류 GenomeStudio에 있어야합니다. 실패 Infinium의 유전자형 실험으로 인해 인간의 처리 오류 또는 품질이 낮은 입력 DNA 가능성이있다. 샘플 정량화 정확하고 정확해야합니다. 최상의 결과를 위해, 모든 시약은 시료에 추가 또는 칩은 프로토콜에 의해 볼륨 세트에 분배해야합니다. 피펫은 올바르게 조정해야합니다. 시약 만료 후 실행할 수 없습니다 한 번 해동 다시 냉동하지 말아야 RA1 시약 저장. 가능한 염색 및 확장 오류를 최소화하기 위하여, 포름 아미드 / EDTA 혼합물을 매월 신선한 준비되어야한다. 모두 -20 ° C 시약은 수동 제상 냉동고에 보관해야합니다. 명세서에 사용 된 모든 실험기구aining, 프로토콜의 확장 및 세척 부분은 즉시 폐기에 물과 중성 세제로 깨끗이 세척해야한다. HYB 실 가습 저수지 테스트 튜브 브러시와 중성 세제로 세정해야한다. 일주일에 한 번, 자신의 사용 설명서의 지시에 따라 유리 슬라이드는 10 % 표백제로 세척해야한다.

단일 염기 다형성 (SNP를)를 입력하면 질환과 관련된 위험 변종을 식별하는 중요한 방법입니다. 역사적으로, 유전자형 실험의 범위는 가능한 기술에 의해 제한되었습니다. 겔 전기 영동 기반 유전자형 방법은 샘플 및 SNP 처리량으로 제한된다 [1]. 이러한 분석을 개발하는 것은 종종 최적화를위한 변형 주변 지역의 구성과 구조에 의존하는 노동 집약적 일 수있다 [1]. 생명 기술에 의해 개발의 TaqMan 유전자형 분석은, 신속하고 최소 기술자 개입 많은 샘플을 실행할 수있다 [2]하지만 SNP 멀티플렉싱 제한 일당 아니라 아래 백만 [3,4에 유전자형의 총 수를 제한하는 것을 계속 ]. 미만 백 SNP를 함께 다중화 될 수 Sequenom의 IPLEX 플랫폼은 또한, 한 번에 많은 샘플을 실행할 수 있지만, 처리량이 전체의 비교적 낮은 [5]. 베크만 쿨터의 SNP 스트림 기술이론적으로는 하루에 3 백만 유전자형을 생성 할 수 있지만, 반응 당 마흔 여덟의 SNP 최대이 기술의 한계 프로젝트 범위 [4,6]. GoldenGate는 분석은 샘플 당 SNP를 수백 또는 수천에 매일 거의 이백 DNA 샘플을 처리 할 수 있지만 한 번 [4,7에서 삼천의 SNP를 입력 할 때, 유전자형 당 가격은 고급, 매우 높은 처리량 기술과 경쟁하지 않습니다 ]. 하루 수백만 유전자형을 처리하기 위해 대규모 게놈 - 와이드 관련 연구에 필요한 치수는 어레이 혼성화 분석법은 시장에서 가장 비용 효율적인 옵션이되었다. 하이브리드 어레이의 어피 메트릭스의 라인과 Infinium 기반 배열의 Illumina의 라인은 샘플의 잠재적으로 수백 개의 병렬 [4,8]에서 SNP를 수천 또는 수백만의 수백에 입력 할 수 있습니다. 이들의 SNP는 전 등 관심 지역에서 지역화, 전체 게놈에 분산 될 수있다OMES, 또는 사용자의 취향에 맞게 사용자 정의. 이러한 배열은 정확하게 한 번에 샘플 당 만의 SNP 유전자형 할뿐만 아니라, 잠재적으로 발표 염색체 이상을 카피 수 변화를 측정 할 수있는 단지의 혜택이있다. Infinium 정렬 OMNI BeadChip 배열은 현재 하루에 약 백 개의 샘플에, 50 만 사용자 지정 궤적 등의 샘플 당 약 오백 만 마커까지 유전자형하는 기능이 있습니다. 대부분의 질환은 유전 적 요소를 가지고, 이러한 대규모 실험 질환과 관련된 유전자를 찾는 데 중요 할 수있다. 높은 처리량의 유전자형이 샘플의 효율적인 유전자형의 생성을 허용하는 것은 설득력 낮은 작은 대립 유전자 주파수에서 유전 연결을 감지하기에 충분히 큰 설정합니다. 전체 게놈 유전자형 프로젝트는 통계적으로 유의 한 환자 - 대조군의 대립 유전자 빈도 나 카피 수의 차이와 지역의 위치를 찾을 수 있습니다 [9,10,11]. 국가 인간 창에 따르면놈 연구소, 게놈 넓은 협회 연구는 P-1보다 작은 값 × 10 -5으로 8,283의 SNP의 발견에 따른 2008 년 11 월 25 일 및 2013년 1월 25일 사이에 1,490 별도의 서적을 주도 (http://를 참조 높이에서 게놈 전체 분석에 의해 제공 폭 넓은 접근 방식의 혜택 고환암에 이르기까지 조건을 연구 www.genome.gov/gwastudies/). 이러한 연구. 입력의 범위가 너무 제한적이었다 이러한 경우, 그 전체 지역 통지를 탈출 할 수 있습니다. 대규모 협회 분석에 따라서,, 게놈 전체의 유전자형 기술 선택의 기술입니다. Infinium 분석의 다양한 버전은 각각 특정 유형의 어레이로 사용하는 것을 목적으로 존재한다. 또는 24 샘플 어레이 칩 - 아래 깊이에서 논의 In​​finiumUltra 분석은, 많은 12에 적합합니다. 이들은 종종 DNA 샘플 당 십만 이상의 SNP를 유전자형과 t에 초점을이러한 엑솜 또는 사용자 정의 패널에 같은 argeted 지역. 다른 분석 버전은 전체 게놈 유전자형 배열과 같은 다른 칩 유형, 필요할 수 있습니다. 모든 Infinium 분석법은 공통 기준을 공유하고 주로 만 시약 이름, 시약 볼륨 또는 실 염색 시약 절차에 의해 다를 그러나 번 분석 버전에 완전히 기술들은 보편적으로 적용될 수있다. 이러한 메틸화 배열과 같은 다른 배열은 물론, 거의 - 동일한 프로토콜을 사용할 수 있습니다. 케어 칩 유형 사용에 필요한 분석의 버전을 사용하는 경우에만주의해야한다. 이러한 유전자 발현 수준을 측정하는 것과 같은 일부 유형은, nonInfinium 프로토콜의 사용을 요구할 수있다. 샘플은 일괄 적으로 처리해야합니다. 예를 들어, InfiniumUltra 분석법으로, 예비 혼성화 시약 튜브는 96 샘플을 실행하기에 충분한 양을 포함하고, 튜브는 다시 냉동 될 수 없다. 따라서, 샘플은 한 번에 96 샘플의 일괄 처리로 실행해야합니다. 샘플은 전나무에 증폭 될 것이다T 날. benchwork 약 1 시간 후, 샘플 20 ~ 24 시간 동안 대류 오븐에서 가열되어야한다. 다음 날, 거의 4 시간이 침전하고, 샘플을 나중에 사용하기 위해 냉동 또는 칩에 하이브리드 될 수 있습니다 어느 시점에서 샘플을 재현 탁, 단편화를 소비한다. 칩을 넣기 샘플이 16 ~ 24 시간 동안 밤새 하이브리드 될 후, 약 2 시간 소요됩니다. 셋째 날, 염색 및 확장 단계 ~ 4 시간이 걸립니다. 추가 시간은 세척, 코팅, 그리고 칩을 건조 소요됩니다. 마지막으로, 배열은 사용 유형에 따라 15 ~ 60 분 / 칩에서 걸릴 수있는, 스캔됩니다. 표준 실험실의 안전과 청결주의 사항이 적용됩니다. 증폭 PCR 기반은 아니지만, 사전 및 postamplification 절차에 대해 별도의 워크 스테이션은 오염의 가능성을 최소화하기 위해 필요합니다. 사용중인 모든 장비 제공 시약의 식별 번호는 추적 시트에 로그온해야합니다. Reage국세청은 분배하기 전에 여러 번 사용하기 직전에 해동 반전해야한다. 입력되는 DNA는 표준 방법에 의해 단리 및 형광 분석기로 정량 고품질 게놈 DNA (280분의 260 1.6-2.0의 흡광도 비, 3.0 이하의 230분의 260 흡광도 비)이어야한다. DNA의 분해는 종종 낮은 품질의 분석 결과에 기여하는 요인이다. 이 금액은 어떤 칩 종류에 따라 다를 수 있지만 일반적으로 DNA 200 NG가 필요합니다. 테칸 액체 핸들링 로봇은 프로토콜의 여러 단계를 자동화하고 요인으로 인간의 오류를 최소화 할 수있다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="477">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="66">
			<td height="66" style="height:66px;width:145px;">Consumable or Equipment</td>
			<td style="width:121px;">Manufacturer&#160;</td>
			<td style="width:99px;">Part Number&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Minimum Required for 96 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.8 ml Deep Well Plate</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0765</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Plate Mats</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0674</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Reagent Basin</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-681-502</td>
			<td style="width:113px;">9</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat-seal Sheets</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0559</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow-through Spacer</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">NC9563984</td>
			<td style="width:113px;">6</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 200 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L200F</td>
			<td style="width:113px;">192</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 10 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L10F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 1,000 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L1000F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">DNA Suspension Buffer</td>
			<td style="width:121px;">Teknova</td>
			<td style="width:99px;">T0220</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.1 N NaOH</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AC12419-0010</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Isopropanol (HPLC grade)</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">A451</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Ethanol (200-proof)</td>
			<td style="width:121px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:99px;">459836</td>
			<td style="width:113px;">330 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Formamide (100%)</td>
			<td style="width:121px;">Thomas Scientific</td>
			<td style="width:99px;">C001K38</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">EDTA (0.5 M)</td>
			<td style="width:121px;">Amresco</td>
			<td style="width:99px;">E177</td>
			<td style="width:113px;">0.2 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">10 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-10XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">200 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-200XLS</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">1,000 &#956;l Single-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L-1000XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Microplate Shaker</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">13500-890</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Refrigerated Microplate Centrifuge</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">BK369434</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybridization Oven</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">SE-901-1001</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex Microsample Incubator</td>
			<td style="width:121px;">SciGene</td>
			<td style="width:99px;">1057-30-0</td>
			<td align="right" style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex MIDI Heat Block Insert</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-601</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat Sealer</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0384</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hyb Chamber w/ Insert and Mat</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-402</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Surgical Scissors</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-804-20</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow Through Assembly Parts</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-202</td>
			<td style="width:113px;">8</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Wash Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-450</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Genepaint Chamber Rack</td>
			<td style="width:121px;">Tecan</td>
			<td style="width:99px;">760-800</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Temperature Probe</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">A1-99-109</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Staining Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-207</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Self-Closing Tweezers</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc</td>
			<td style="width:99px;">5374-NM</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Vacuum Manifold</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc&#160;</td>
			<td style="width:99px;">2240</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">iScan or HiScan</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">-</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

infinium assay for large-scale snp genotyping applications

인간 게놈의 유전자형 변형 표현형과 유전 연결을 식별하는 효과적인 방법으로 입증되었습니다. 가족이나 집단 내의 변형의 분포는 질병의 유전 적 요인의 식별을 용이하게 할 수있다. 유전자형 BeadChips의 Illumina의의 패널 조사는 수천 또는 단일 염기 다형성의 수백만 (SNP를을) 유전자형하거나 DNA 샘플의 큰 숫자에서 같은 사본 수와 같은 다른 게놈 변이를 분석 할 수 있습니다. 이 SNP를 게놈으로 확산 될 가능성 발견을 극대화하기 위해 특정 지역에 타겟팅 할 수 있습니다. Infinium 분석 신속 고품질, 정확한 결과를 얻을 수 있도록 최적화되었다. 올바른 설정으로, 하나의 기술자가 배열의 종류에 따라, 주 수천에 DNA 샘플을 몇 백에서 처리 할 수​​ 있습니다. 이 분석은 게놈 DNA로 시작하고 배열의 스캔으로 끝나는, 모든 단계를 통해 사용자를 안내합니다. 타당성 reage 사용국세청은, 샘플을 증폭, 조각, 침전 재현 탁, 스테인드 단일 기본, 연장 칩에 하이브리드 및 이스 칸 또는 하이 스캔 고해상도 광학 이미징 시스템 중 하나에서 검색합니다. 한 하룻밤 단계는 DNA를 증폭하는 데 필요합니다. DNA 변성과 등온 전체 게놈 증폭에 의해 증폭되고, 따라서, PCR이 필요하지 않습니다. 샘플은 두 번째 밤새 단계에서 배열에 하이브리드된다. 셋째 날에 의해, 샘플을 스캔하고 분석 할 준비가 된 것입니다. 증폭 된 DNA는 비드 배열함으로써 처리량을 최대화 모든 요일을 처리 할 수​​ 있도록 다량 비축 될 수있다.

스캔하는 동안 제대로 처리 비드 칩은 밝고 뚜렷한 빨강과 녹색 레이저 광 강도를 표시해야합니다. 그림 6에서, 이스 칸 스캔 소프트웨어가 성공적으로 사용자 정의 패널 SNP 유전자형 배열에 하이브리드 표준 게놈 DNA 샘플을 표시합니다. 확장 및 염색 단계에서 부착 한 표지 뉴클레오티드는 두 레이저의 조명에서 형광. 이러한 뉴클레오티드는 선택적으로 단편화 DNA 가닥으로 혼성화 비드의 올리고 뉴클레오티드 사슬 연장, 및 올리고 뉴클레오티드 사슬이 변이체의 사이트에서 종료하도록 설계된대로, 얻어진 신호의 색상과 강도가 존재 대립 유전자를 결정하기 위하여 사용될 수있는 바와 같이 SNP 사이트. 회사로부터 직접 받아 chipID와 위치에 샘플 ID와 임상 정보와 일치하는 사용자가 생성 한 샘플 시트 및 배열 특정 SNP 매니페스트는 SCA를 가져 오려면 모두 필요하다nner 출력 파일 GenomeStudio 분석 소프트웨어로. 예를 들어 샘플 시트는 회사의 웹 사이트에서 찾을 수 있습니다. GenomeStudio 프로젝트가 건설되면, 유전자형은 소프트웨어에 의해 자동으로 생성 된 결과 강도 클러스터에서 얻을 수 있습니다. 다중 디스플레이 옵션이 존재하지만, 기본보기, 규범 시타 (대립 유전자 강도 비) 대 규격-R (정규화 된 강도 값), 종종 세 가지 클러스터를 구별하는 가장 쉬운 플롯이다. 대부분의 SNP는 마이너 대립 유전자 빈도에 따라 하나, 둘 또는 세 개의 클러스터를 표시한다. 세 개의 클러스터는 AA, AB, BB 또는 대립 유전자 (그림 7 참조)를 보여주는 샘플을 나타냅니다. 이 클러스터는 소프트웨어의 분석 도구 모음에서 &quot;모두의 SNP를 클러스터&quot;를 선택하여, 회사에서 직접 표준 클러스터링 위치 템플릿을 가져 와서, 또는 클릭하고 수동으로 EDI 강도 플롯의 색깔의 원형을 드래그하여 하나 유전자형을 할당 할 수 있습니다<html> t를 호출합니다. (빨간색, 보라색, 파란색) 강도 음모에 샘플의 색은 전화 (AA, AB, 또는 BB, 각각)을 나타내고, 검은 색은 전화를 나타냅니다. 소프트웨어의 전체 데이터 창에 표시 SNP를 스크롤함으로써, 각 SNP에 대한 클러스터링을 보거나 호출 할 수 있습니다. 클러스터가 만족 통화를 할당되면, 소프트웨어의 전체 데이터 창은 각각의 특정 SNP에 각각의 샘플에 대한 유전자형을 나열합니다. 테이블 위의 열 선택기 옵션은 데이터 형식을 전환 할 수 있습니다. 데이터에 대한 심층 분석을위한 분석 도구 모음을 통해 또는 직접 전체 데이터 테이블에서 하나를 내보낼 수 있습니다. <img alt="그림 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> 그림 1. 개요 - Infinium 분석 프로토콜.683/50683fig1highres.jpg &quot;대상 =&quot;_blank &quot;&gt; 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> 그림 2. 전체 그리고, Hyb 상공 회의소베이스와 매트 플러스 뚜껑. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오</a> . <img alt="그림 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> 그림 3 Beadchip로드 -.. 입구 포트에서 샘플을 분배 [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">더 보려면 여기를 클릭하십시오</a><html> 이미지. <img alt="그림 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> 그림 4 Beadchip Coverseal을 제거 -.. 코너에 실을 잡고 부드럽게 대각선 껍질 [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오</a> . <img alt="그림 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> 그림 5. 전체 Beadchip 흐름을 통해 조립 - BeadChip는 스페이서 유리 슬라이드에서 분리 걸쇠에 바인딩됩니다.&gt; 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오. <img alt="그림 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> 그림 6. 성공적인 BeadChip 스캔 - A) BeadChip는 모두 빨간색과 녹색의 레이저로 스캔, 스캔 소프트웨어 모두 표시 동시에. 강도 QC를 통과하는 부분은 왼쪽으로 BeadChip 디스플레이에 녹색을 강조 할 것입니다. 강도 QC 실패한 섹션 BeadChip 디스플레이에 적색 강조한다. B)를 스캔이 완료되면, 소프트웨어는 적색 및 녹색 디스플레이를 오버레이한다. 확대 된 이미지가 표시됩니다. 각 구슬의 색과 강도는 대립 유전자의 존재를 나타냅니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">더 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.wi얇은 페이지 = &quot;항상&quot;&gt; <img alt="그림 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> 그림 7. NORM-THETA 클러스터 프로필 대 SNP NORM-R -. AA, AB, BB와 유전자형, 빨간색, 보라색, 파란색 B 색) SNP 요구하는 편집 기능을 나타내는 세 가지 클러스터와) 유효 SNP. 동형 접합 AB해야 중간 클러스터, 취소라고 남아 있습니다. BB 클러스터가 잘못 AB. C)별로 실적 SNP라고한다. 뚜렷한 클러스터가 존재하지 않기 때문에 어떤 유전자형이 강도 음모에서 얻을 수 없습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">더 큰 이미지를 보려면 여기를 클릭하십시오</a> .

Watch this Scientific Journal Video about Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications at JoVE.com

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

프로토콜은 대규모 유전자형을 수행 Illumina 사 Infinium의 분석법을 사용하는 것이 기재되어있다. 이러한 분석은 안정적으로 사흘 만에 개인의 DNA 샘플의 수백에 걸쳐 수백만의 SNP 유전자형 수 있습니다. 일단 생성,이 유전자형이 다른 질병 또는 표현형의 다양한 연결을 확인하는 데 사용할 수 있습니다.

대규모 SNP 유전자형 응용 프로그램에 대한 Infinium 분석

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

infinium-assay-for-large-scale-snp-genotyping-applications

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Biology

Unit 2

Genomes and Evolution

SCIENTISTS IN ACTION

38.8K 조회수.  Oklahoma Medical Research Foundation.  프로토콜은 대규모 유전자형을 수행 Illumina 사 Infinium의 분석법을 사용하는 것이 기재되어있다. 이러한 분석은 안정적으로 사흘 만에 개인의 DNA 샘플의 수백에 걸쳐 수백만의 SNP 유전자형 수 있습니다. 일단 생성,이 유전자형이 다른 질병 또는 표현형의 다양한 연결을 확인하는 데 사용할 수 있습니다. 

비디오: Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation. Generating a streamlined procedure for creating and screening metagenomic libraries is therefore useful for efficient high-throughput investigations into the genetic and metabolic properties of uncultured microbial assemblages. Here, key protocols are presented on video, which we propose is the most useful format for accurately describing a long process that alternately depends on robotic instrumentation and (human) manual interventions. First, we employed robotics to spot library clones onto high-density macroarray membranes, each of which can contain duplicate colonies from twenty-four 384-well library plates. Automation is essential for this procedure not only for accuracy and speed, but also due to the miniaturization of scale required to fit the large number of library clones into highly dense spatial arrangements. Once generated, we next demonstrated how the macroarray membranes can be screened for genes of interest using modified versions of standard protocols for probe labeling, membrane hybridization, and signal detection. We complemented the visual demonstration of these procedures with detailed written descriptions of the steps involved and the materials required, all of which are available online alongside the video.

Metagenomic 도서관 대규모 화면

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

연구

생물학

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a tremendous amount of data available comes an explosion of genotyping methods. Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. It also has the ability to identify tri-allelic, indels, short-repeat polymorphisms, along with determining allele percentages for methylation or pooled sample assessment. In addition, there is a standardized control sequence that provides internal quality control. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.


Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.

Pyrosequencing : 정확한 Genotyping을위한 간단한 방법

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the expression pattern of a target protein across the entire brain are relatively easy to answer when using IHC in small brains, such as those of rodents. However, answering the same questions in large and convoluted brains, such as those of primates presents a number of challenges. Here we present a systematic approach for immunodetection of target proteins in an adult monkey brain. This approach relies on the tissue embedding and sectioning methodology of NeuroScience Associates (NSA) as well as tools developed specifically for batch-staining of free-floating sections. It results in uniform staining of a set of sections which, at a particular interval, represents the entire brain. The resulting stained sections can be subjected to a wide variety of analytical procedures in order to measure protein levels, the population of neurons expressing a certain protein.

Large-scale immunodetection of target proteins across the entire primate brain is possible by employing novel tissue embedding and sectioning methods combined with the use of creative apparatus for batch staining of multiple free-floating sections at a given time.

전체 몽키 브레인에서 대규모 단백질 탐지에 대한 배치 Immunostaining

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult human peripheral blood within a mean of 12 days. After large scale expansion &gt;1x108 ECFCs can be obtained for further tests. Advantageously by using pHPL the contact of human cells with bovine serum antigens can be excluded. By flow cytometry and immunohistochemistry the isolated cells can be characterized as ECFC and their in vitro functionality to form vascular like structures can be tested in a matrigel assay. Further these cells can be subcutaneously injected in a mouse model to form functional, perfused vessels in vivo. After long term expansion and cryopreservation proliferation, function and genomic stability appear to be preserved. 3,4
This animal-protein free isolation and expansion method is easily applicable to generate a large quantity of ECFCs.

Endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) are a promising tool to study vascular homeostasis and repair.1,2 This paper introduces a novel animal-serum free method for isolation and expansion of ECFC from heparinised adult human peripheral blood with pooled human platelet lysate (pHPL) diminishing the risk of anti-bovine immunisation.

분리 및 성인 인간 내피 콜로니 형성 전구 세포의 대규모 확장

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to mammals, zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

대규모 Zebrafish 기반 생체내에서 작은 분자 화면

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Absolute Quantum Yield Measurement of Powder Samples

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and research of illumination, AV equipment, organic EL material, films, filters and fluorescent probes for bio-industry.
Quantum yield is calculated as the ratio of the number of photons absorbed, to the number of photons emitted by a material. The higher the quantum yield, the better the efficiency of the fluorescent material.
For the measurements featured in this video, we will use the Hitachi F-7000 fluorescence spectrophotometer equipped with the Quantum Yield measuring accessory and Report Generator program. All the information provided applies to this system. 
Measurement of quantum yield in powder samples is performed following these steps:
<ol>
 <li>Generation of instrument correction factors for the excitation and emission monochromators. This is an important requirement for the correct measurement of quantum yield. It has been performed in advance for the full measurement range of the instrument and will not be shown in this video due to time limitations.</li>
 <li>Measurement of integrating sphere correction factors. The purpose of this step is to take into consideration reflectivity characteristics of the integrating sphere used for the measurements.</li>
 <li>Reference and Sample measurement using direct excitation and indirect excitation.</li>
 <li>Quantum Yield calculation using Direct and Indirect excitation. Direct excitation is when the sample is facing directly the excitation beam, which would be the normal measurement setup. However, because we use an integrating sphere, a portion of the emitted photons resulting from the sample fluorescence are reflected by the integrating sphere and will re-excite the sample, so we need to take into consideration indirect excitation. This is accomplished by measuring the sample placed in the port facing the emission monochromator, calculating indirect quantum yield and correcting the direct quantum yield calculation.</li>
 <li>Corrected quantum yield calculation.</li>
 <li>Chromaticity coordinates calculation using Report Generator program.</li>
</ol>
The Hitachi F-7000 Quantum Yield Measurement System offer advantages for this
application, as follows:
<ul>
 <li>High sensitivity (S/N ratio 800 or better RMS). Signal is the Raman band of water measured under the following conditions: Ex wavelength 350 nm, band pass Ex and Em 5 nm, response 2 sec), noise is measured at the maximum of the Raman peak. High sensitivity allows measurement of samples even with low quantum yield. Using this system we have measured quantum yields as low as 0.1 for a sample of salicylic acid and as high as 0.8 for a sample of magnesium tungstate.</li>
 <li>Highly accurate measurement with a dynamic range of 6 orders of magnitude allows for measurements of both sharp scattering peaks with high intensity, as well as broad fluorescence peaks of low intensity under the same conditions. </li>
 <li>High measuring throughput and reduced light exposure to the sample, due to a high scanning speed of up to 60,000 nm/minute and automatic shutter function. </li>
 <li>Measurement of quantum yield over a wide wavelength range from 240 to 800 nm.</li>
 <li>Accurate quantum yield measurements are the result of collecting instrument spectral response and integrating sphere correction factors before measuring the sample.</li>
 <li>Large selection of calculated parameters provided by dedicated and easy to use software.
</li>
</ul> 
During this video we will measure sodium salicylate in powder form which is known to have a quantum yield value of 0.4 to 0.5.

In this video we will demonstrate measuring and calculating absolute quantum yield and chromaticity coordinates directly in powder samples using the Hitachi F-7000 Quantum Yield Measuring System.

파우더 샘플의 절대 양자 수율 측정

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting factors, such as labor intensive sample preparations, low detection limits, slow scan speeds, intensive method optimization for each metabolite, and the inability to measure both positively and negatively charged ions in single experiments. Therefore, a novel metabolomics protocol could advance metabolomics studies. Amide-based hydrophilic chromatography enables polar metabolite analysis without any chemical derivatization. High resolution MS using the Q-Exactive (QE-MS) has improved ion optics, increased scan speeds (256 msec at resolution 70,000), and has the capability of carrying out positive/negative switching. Using a cold methanol extraction strategy, and coupling an amide column with QE-MS enables robust detection of 168 targeted polar metabolites and thousands of additional features simultaneously.&#160; Data processing is carried out with commercially available software in a highly efficient way, and unknown features extracted from the mass spectra can be queried in databases.

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. Utilizing normal-phased liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with polarity switching and a rapid duty cycle, we describe a protocol to analyze the polar metabolic composition of biological material with high sensitivity, accuracy, and resolution.

민감한, 대규모 양적 대사 체학을위한 전략

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic chromosome, synIII1, and one synthetic chromosome arm, synIXR2, have been constructed and their in vivo function validated in the absence of the corresponding wild type chromosomes. An important design feature of Sc2.0 chromosomes is the introduction of PCRTags, which are short, re-coded sequences within open reading frames (ORFs) that enable differentiation of synthetic chromosomes from their wild type counterparts. PCRTag primers anneal selectively to either synthetic or wild type chromosomes and the presence/absence of each type of DNA can be tested using a simple PCR assay. The standard readout of the PCRTag assay is to assess presence/absence of amplicons by agarose gel electrophoresis. However, with an average PCRTag amplicon density of one per 1.5 kb and a genome size of ~12 Mb, the completed Sc2.0 genome will encode roughly 8,000 PCRTags. To improve throughput, we have developed a real time PCR-based detection assay for PCRTag genotyping that we call qPCRTag analysis. The workflow specifies 500 nl reactions in a 1,536 multiwell plate, allowing us to test up to 768 PCRTags with both synthetic and wild type primer pairs in a single experiment.

Designer chromosomes of the Synthetic Yeast Genome project, Sc2.0, can be distinguished from their native counterparts using a PCR-based genotyping assay called PCRTagging, which has a presence/absence endpoint. Here we describe a high-throughput real time PCR detection method for PCRTag genotyping.

qPCRTag 분석 - 높은 처리량, Sc2.0 유전형에 대한 실시간 PCR 분석

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, log-phase, and stationary-phase. Each growth phase can reveal different aspects of fitness that are related to various environmental and genetic conditions. High-resolution and quantitative measurements of all 3 phases of growth are generally difficult to obtain. Here we present a detailed method to characterize all 3 growth phases on solid media using an assay called One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). ODELAY quantifies growth phenotypes of individual cells growing into colonies on solid media using time-lapse microscopy. This method can directly observe population heterogeneity with each growth parameter in genetically identical cells growing into colonies. This population heterogeneity offers a unique perspective for understanding genetic and epigenetic regulation, and responses to genetic and environmental perturbations. While the ODELAY method is demonstrated using yeast, it can be utilized on any colony forming microorganism that is visible by bright field microscopy.

We present a method for quantifying growth phenotypes of individual yeast cells as they grow into colonies on solid media using time-lapse microscopy termed, One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). Population heterogeneity of genetically identical cells growing into colonies can be directly observed and quantified.

ODELAY : 효모 성장의 다 변수 정량화를위한 ​​대규모 방법

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, ...

A Semiautomated ChIP-Seq Procedure for Large-scale Epigenetic Studies

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific histone modifications, such as H3K27ac, to help identify cis-regulatory DNA elements. The manual process to complete a ChIP-Seq is labor intensive, technically challenging, and often requires large-cell numbers (&#62;100,000 cells). The method described here helps to overcome those challenges. A complete semiautomated, microscaled H3K27ac ChIP-Seq procedure including cell fixation, chromatin shearing, immunoprecipitation, and sequencing library preparation, for batch of 48 samples for cell number inputs less than 100,000 cells is described in detail. The semiautonomous platform reduces technical variability, improves signal-to-noise ratios, and drastically reduces labor. The system can thereby reduce costs by allowing for reduced reaction volumes, limiting the number of expensive reagents such as enzymes, magnetic beads, antibodies, and hands-on time required. These improvements to the ChIP-Seq method suit perfectly for large-scale epigenetic studies of clinical samples with limited cell numbers in a highly reproducible manner.

This paper describes a semiautomated, microscaled ChIP-Seq protocol of DNA regions associated with a specific histone modification (H3K27ac) using a ChIP liquid-handler platform, followed by library preparation using tagmentation. The procedure includes control assessment for quality and quantity purposes and can be adopted to other histone modifications or transcription factors.

대규모 후생유전학 연구를 위한 반자동 ChIP-Seq 절차

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific ...