Bu iş için finansman NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959 ve NIH R56 AI063274 tarafından sağlanmıştır

<ol>
	<li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies.">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li><li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li><li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+genotyping+by+the+5'-nuclease+reaction:+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms.">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li><li>Bay&#233;s, M., Gut, I. G., ed, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+Genotyping.">Overview of Genotyping.</a> Molecular Analysis and Genome Discovery. , 1-23 (2011).</li><li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa.">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li><li>Liu, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNP+Genotyping+Platforms.">SNP Genotyping Platforms.</a> Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture. , 123-132 (2011).</li><li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays.">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li><li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotyping+technologies+for+all.">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li><li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis.">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li><li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample.">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li><li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma.">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li><li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1. , 15-101 (2009).</li><li>Turner, S., Armstrong, L. o. r. e. n. L., Yuki Bradford, ., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies.">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li></ol>

Bu makalenin yazarları ifşa etmek hiçbir rakip mali çıkarları var.

Büyük ölçekli genotiplendirme uygulamaların daha çok insan hastalıklarının altında yatan genetik mekanizmasını anlamak için kullanılmıştır. Bir genom ilişki analizi yoluyla önemli bir varyantı keşif daha fazla çalışma için bir aday bölgeyi bayrak olabilir. Buna ek olarak, genotip veri dizileme projeleri üzerinde kalite kontrol için iyi bir araçtır. Numune hacmini en üst düzeye çıkarmak için, birden çok numune levhalar büyütülmüş ve parçalanmış, yeniden süspansiyon haline getirilmiş eyalette saklanabilir. Sekiz plakalar birden çok toplu için protokolün ilk 24 saat birleştirerek ve chip-işleme ~ 2-8 gün için yeterince malzeme sağlayan, tek bir gün içinde güçlendirilebilir. Güçlendirilmiş plakaları önceden stoklanmış, ve yeni örnekleri taramalı önceki çalışması başlar hemen sonra cips melezleşmiştir ise, işleme ek numune hazırlama için duraklama gerek olmadan sürekli çalıştırabilirsiniz. Bu nedenle olsa örnekler tam geçmesi için üç gün sürertahlil, veriler günlük oluşturulabilir. Assuming24 cips her gün işlenen, 5 günlük bir çalışma haftası 12 numune boncuk çip üzerinde çalıştırmak üzere 1000 yılı aşkın bir DNA örneklerinin sağlar. Herhangi bir adım veya reaktif başarısız olursa herhangi bir düzeltme uygulanabilir önce, ancak, birden fazla toplu kötü performans için risk altında olabilir. Diziler taranmış veya analiz edilinceye kadar hataları fark kaçış olabilir; verim maksimize bu nedenle, protokol çeşitli aşamalarında numunelerin şimdiden yüzlerce keşif üzerine aynı kusurlu tedavi almış olabilir. Kayıp reaktifler ve veri geri alınamaz gibi, kullanıcı hızlandırılmış bir iş akışı için ihtiyaç karşı bu riskleri tartmak gerekir. GenomeStudio analiz yazılımı gerçekten genotiplendirme sürecinin başarısını ölçmek için ilk fırsattır. Norm-Teta yoğunluk araziler vs Norm-R düzgün kümelenmiş ise bu değer sli göstermekle beraber, numunelerin ortalama çağrı sayısı (toplam SNP yüzde başarıyla yazdığınız),% 99 yaklaşım gerekirghtly dizi türüne bağlı. % 85-90 daha düşük bir çağrı oranı ile herhangi bir örnek veriler güvenilir değildir ve atılmalıdır. Kalite kontrolü amacıyla, sonuçlar, daha önce mümkün olan her zaman bilinen bir genotip ile karşılaştırılmalıdır. Böyle bir veri varsa, kasıtlı örnek çoğaltılması plaka ya da dizi yerleşimleri doğrulayarak bir araçtır. Bu yinelenen çiftleri ayrı cips, levhalar, gruplar, ya da projeler üzerinde konulmalıdır; onların genotipleri üretimi üzerine kontrol etti. Belirli QC kısıtlamaları araştırmacının tercihine göre değişmekle birlikte, ortak SNP kısıtlamalar örnek çağrı başarı, Hardy-Weinberg denge, ya da vakalar ve kontroller arasındaki missingness, dayalı ortak örnek kısıtlamaları arama oranları, Mendel tutarsızlıklar veya çapraz referanslara dayalı iken Klinik cinsiyet verilerine X-kromozom heterozigosite [13]. Herhangi bir sorun ortaya çıkarsa, analiz takımında bulunan Denetimler Dashboard, teslim edilebilirnedenini belirlemek amacıyla şirket. Bu kontroller genellikle muhtemel adıma veya reaktif başarısızlık sorunu daraltmak. Ilgi herhangi bir SNP Infinium genotiplendirme deney yoluyla bulunursa, bunların yoğunluk araziler çift kontrol daha fazla araştırma yapılır önce kümeleme hataları GenomeStudio olmalıdır. Başarısız Infinium genotiplendirme deney nedeniyle insan işleme hatası veya düşük kaliteli giriş DNA muhtemeldir. Örnek ölçümü doğru ve kesin olmalıdır. En iyi sonuçları elde etmek için, herhangi bir reaktif bir örneğe ilave veya yonga protokolü tarafından belirlenen ses seviyesinde tevzi gerekir. Pipetler düzgün kalibre edilmelidir. Reaktifler bitiminden sonra koşmak olmamalı ve bir kez eritilip tekrar dondurulmamalıdır, RA1 reaktif için kaydedin. Mümkün boyama ve uzatma hataları en aza indirmek amacıyla, formamid / EDTA kanşımı her ay yeni hazırlanmalıdır. Tüm reaktifler, -20 ° C, sadece el ile defrost dondurucu saklanmalıdır. St kullanılan tüm laboratuvarAining, protokol uzantısı ve yıkama bölümleri hemen terketmek üzerine su ve yumuşak bir deterjan ile iyice durulanmalıdır. HYB odasında nemlendirme rezervuarlar bir test tüpü fırça ve hafif bir deterjanla temizlendi olmalıdır. Haftada bir kez, kendi kullanıcı kılavuzları tarafından talimat olarak cam slaytlar,% 10 çamaşır suyu ile yıkanmalıdır.

Tek nükleotid polimorfizm (SNP) yazma hastalığı ile bağlantılı risk varyantlarını tanımlayan önemli bir yöntemdir. Tarihsel olarak, genotipleme deneyler kapsamı mevcut teknoloji ile sınırlı kalmıştır. Jel elektroforez tabanlı genotiplendirme yöntemleri örnek ve SNP-throughput sınırlıdır [1]. Bu tahliller geliştirmek genellikle optimizasyonu için varyant çevreleyen bölgenin makyaj ve yapısına dayanarak, emek-yoğun olabilir [1]. Life Technologies tarafından geliştirilen TaqMan genotipleme deneyler, hızlı bir şekilde ve en az teknisyen tutulumu olan örnekler çok sayıda çalışabilir [2], fakat SNP-çoklama sınırlamaları günde de altında bir milyon [3,4 genotip için toplam sayısını sınırlamak için devam ]. Az yüz SNP birlikte çoğaltılmış olabilir gibi Sequenom en iPlex platformu ayrıca, aynı anda birçok örnekleri çalıştırmak, ancak, verimlilik genel olarak nispeten düşüktür [5]. Beckman Coulter SNP stream teknolojisiteorik olarak günde üç milyon genotipleri üretmek, ama olabilir reaksiyon başına sadece kırk sekiz SNP maksimum bu teknolojinin sınırları proje aralığı [4,6]. GoldenGate deney numune başına SNP yüzlerce veya binlerce her gün yaklaşık iki yüz DNA örnekleri işleyebilir iken bir kez [4,7 anda üç bin SNP yazarken, genotip başına fiyat gelişmiş, ultra-yüksek verimli teknikleri ile rekabet değil ]. Günde birkaç milyon genotipleri işlemek için büyük genom dernek çalışmaları için gerekli ölçek, dizi-hibridizasyon deneyleri piyasadaki en uygun maliyetli bir seçenek haline gelmiştir. Melezleme dizilerin affymetrix hattı ve Infinium tabanlı dizileri Illumina&#39;nın hat örneklerinin potansiyel yüzlerce paralel [4,8] içinde SNP binlerce veya milyonlarca yüzlerce yazılmasına izin. Bu SNP gibi eski gibi ilgi bölgelerde, lokalize, tüm genom çapında dağınık olabiliromes, ya da kullanıcının tercihlerine göre kişiselleştirilebiliyor. Bu diziler doğru seferde numune başına bir milyon SNP genotiplemesi için değil, aynı zamanda, potansiyel olarak açıklanması kromozom anormallikleri kopya sayısı varyasyonu ölçmek mümkün değil, sadece yarar var. Infinium hizalanmış OMNI BeadChip dizileri şu anda her gün yaklaşık yüz kadar örnek üzerinde, yarım milyon özel loci dahil numune başına yaklaşık beş milyon belirteçleri, kadar genotiplemesi için yeteneği var. Çoğu hastalıklar genetik bir bileşeni var gibi, bu büyük ölçekli deneyler hastalığı ile ilişkili genleri bulmakta önemli olabilir. Yüksek verim genotipleme örneğinde etkili genotip üretimine olanak ikna edici bir alt ufak alel frekanslarda genetik ilişkiyi tespit etmek için yeterince büyük ayarlar. Tüm genom genotip projeler istatistiksel olarak anlamlı bir vaka-kontrol alel frekansı veya kopya sayısı farklılıkları bölgeleri bulmak için kullanılabilmektedir [9,10,11]. Ulusal İnsan Ge görenome Araştırma Enstitüsü, genom-geniş dernek çalışmaları bir p-değeri en az 1 x 10 -5 ile 8283 SNP keşfinden kaynaklanan, 25 Kasım 2008 ve 25 Ocak 2013 tarihleri ​​arasında 1.490 ayrı yayın yol açtı (http:// bakın yükseklikten bir genom analizi ile sağladığı geniş yaklaşımdan yararlanmıştır testis kanseri kadar değişen koşulları araştırılmış www.genome.gov/gwastudies/). Bu çalışmalar,. Yazarak kapsamı çok kısıtlayıcı olmuştu bu gibi durumlarda, ilgilenilen tüm bölgeleri fark kaçmış olabilir. Büyük ölçekli dernek analizleri için Böylece, bir genom genotiplemesi tekniği tercih tekniktir. Infinium deneyi farklı versiyonları her dizilerin belirli türleri ile kullanılmak üzere tasarlanmıştır, var. Veya 24 örnek dizisi chips - Aşağıdaki ayrıntılı olarak tartışılan InfiniumUltra deneyi, bir çok 12 için uygundur. Bunlar genellikle DNA numune başına yüz bin yılı aşkın bir SNP genotip ve t odaklanmakBöyle exome veya özel paneller gibi argeted bölgeler. Diğer deney versiyonları gibi bütün genom genotipleme dizileri gibi diğer çip türleri için gerekli olabilir. Tüm deneyler, Infinium ortak bir temeli vardır ve ağırlıklı olarak sadece reaktif isimler, ayıraç hacimli ya da tam reaktif boyama işlemi ile farklılık olarak, ancak, bir deney versiyonuna mükemmel teknikleri genellikle evrensel olarak uygulanabilir. Gibi metilasyon diziler gibi diğer diziler, yanı, neredeyse özdeş protokolünü kullanabilirsiniz. Bakım çip tipi kullanım için gerekli testin sürümünü kullanmak sadece alınmalıdır. Bu tür gen ekspresyonu seviyesini ölçmek için olanlar gibi bazı türleri, bir nonInfinium protokolünün kullanılmasını gerektirebilir. Örnekler toplu olarak işlenmelidir. Örneğin, InfiniumUltra yöntemi ile, reaktif melezleştirme borular 96 örnekleri çalıştırmak için yeterli hacim içeren ve tüpler refrozen edilemez. Bu nedenle, örnek bir seferde 96 örneklerinin gruplar halinde çalıştırılmalıdır. Numuneler köknar üzerinde amplifiye edilecektirt gün. Benchwork Yaklaşık 1 saat sonra, numuneler, 20-24 saat boyunca bir konveksiyon fırınında ısıtılmalıdır. Ertesi gün, yaklaşık 4 saat çökeltilmesi ve örnekler ileride kullanılmak üzere dondurulabilir ya da çip hibridize olabilir ya da bu noktada numune, tekrar askıda bırakılması, parçalanan harcanacak. Fiş yükleme numuneler, 16-24 saat boyunca bir gece boyunca hibridize olacak sonra, yaklaşık 2 saat sürer. Üçüncü gün, boyama ve uzatma adım ~ 4 saat sürer. Bir başka saat yıkama, kaplama ve cips kurutulması harcanacak. Son olarak, diziler kullanılan türüne bağlı olarak, 15-60 dakika / çipinden sürebilir, taranır. Standart laboratuvar güvenliği ve temizlik önlemleri uygulayın. Amplifikasyon PCR bazlı olmasa da, ön ve postamplification işlemleri için ayrı iş istasyonları kontaminasyon olasılığını en aza indirmek için gereklidir. Kullanılan her kit sağlanan ayıracı kimlik numarası izleme kağıda giriş yapmalısınız. ReageNTS dağıtma önce birkaç kez kullanımdan hemen önce çözülmüş ve ters olmalıdır. Yazılmaları için DNA, standart yöntemlerle izole edilir ve bir florometre ile nicelleştirilmiştir yüksek kaliteli bir genomik DNA (260/280 1,6-2,0 arasında emme oranı, 3.0 &#39;ın altına ve 260/230 emme oranı) olması gerekir. DNA bozulması genellikle düşük kaliteli deney sonuçlarında katkıda bulunan bir faktördür. Bu miktar bir yonga tipleri için değişebilir ama tipik olarak, 200 ng of DNA gereklidir. A Tecan sıvı-yü protokolün birçok adımları otomatik ve bir faktör olarak insan hatası en aza indirebilirsiniz.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="477">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="66">
			<td height="66" style="height:66px;width:145px;">Consumable or Equipment</td>
			<td style="width:121px;">Manufacturer&#160;</td>
			<td style="width:99px;">Part Number&#160;</td>
			<td style="width:113px;">Minimum Required for 96 Samples</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.8 ml Deep Well Plate</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0765</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Plate Mats</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0674</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Reagent Basin</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-681-502</td>
			<td style="width:113px;">9</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat-seal Sheets</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0559</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow-through Spacer</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">NC9563984</td>
			<td style="width:113px;">6</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 200 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L200F</td>
			<td style="width:113px;">192</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 10 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L10F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Pipette tips - 1,000 &#956;l</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">GP-L1000F</td>
			<td style="width:113px;">16</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">DNA Suspension Buffer</td>
			<td style="width:121px;">Teknova</td>
			<td style="width:99px;">T0220</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">0.1 N NaOH</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AC12419-0010</td>
			<td style="width:113px;">0.5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Isopropanol (HPLC grade)</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">A451</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Ethanol (200-proof)</td>
			<td style="width:121px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:99px;">459836</td>
			<td style="width:113px;">330 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Formamide (100%)</td>
			<td style="width:121px;">Thomas Scientific</td>
			<td style="width:99px;">C001K38</td>
			<td style="width:113px;">15 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">EDTA (0.5 M)</td>
			<td style="width:121px;">Amresco</td>
			<td style="width:99px;">E177</td>
			<td style="width:113px;">0.2 ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">10 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-10XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">200 &#956;l 8-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L8-200XLS</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">1,000 &#956;l Single-channel Pipette</td>
			<td style="width:121px;">Rainin</td>
			<td style="width:99px;">L-1000XLS</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Microplate Shaker</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">13500-890</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Refrigerated Microplate Centrifuge</td>
			<td style="width:121px;">VWR</td>
			<td style="width:99px;">BK369434</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybridization Oven</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">SE-901-1001</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex Microsample Incubator</td>
			<td style="width:121px;">SciGene</td>
			<td style="width:99px;">1057-30-0</td>
			<td align="right" style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hybex MIDI Heat Block Insert</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-601</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Heat Sealer</td>
			<td style="width:121px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:99px;">AB-0384</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Hyb Chamber w/ Insert and Mat</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-402</td>
			<td style="width:113px;">2</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Surgical Scissors</td>
			<td style="width:121px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:99px;">13-804-20</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Flow Through Assembly Parts</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-202</td>
			<td style="width:113px;">8</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Wash Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">BD-60-450</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Genepaint Chamber Rack</td>
			<td style="width:121px;">Tecan</td>
			<td style="width:99px;">760-800</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Temperature Probe</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">A1-99-109</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Staining Rack and Dish</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">WG-10-207</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Self-Closing Tweezers</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc</td>
			<td style="width:99px;">5374-NM</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">Vacuum Manifold</td>
			<td style="width:121px;">Ted Pella, Inc&#160;</td>
			<td style="width:99px;">2240</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:145px;">iScan or HiScan</td>
			<td style="width:121px;">Illumina</td>
			<td style="width:99px;">-</td>
			<td style="width:113px;">1</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

infinium assay for large-scale snp genotyping applications

Insan genomundaki genotipleme varyantları fenotipleri ile genetik ilişkileri belirlemek için etkin bir yöntem olduğu kanıtlanmıştır. Ailelerin veya nüfus içindeki varyantın dağılımı hastalığın genetik faktörlerin belirlenmesini kolaylaştırabilir. Genotiplemesi BeadChips bir Illumina&#39;nın paneli araştırmacılar binlerce veya tek nükleotid polimorfizmlerinin milyonlarca (SNP) genotip veya DNA örneklerinin çok sayıda genelinde bu tür kopya sayısı gibi diğer genomik varyantlar, analiz etmeyi sağlar. Bu SNP genom boyunca yayılmış veya potansiyel keşif maksimize etmek için belirli bölgelerde hedeflenebilir. Infinium deneyi hızlı, yüksek kaliteli, doğru sonuçlar elde etmek için optimize edilmiştir. Doğru kurulum ile, tek bir teknisyen dizinin tipine bağlı olarak, haftada binden fazla DNA örnekleri için birkaç yüz işleyebilir. Bu deney, genomik DNA ile başlayan ve dizinin tarama ile biten her adımda kullanıcılara yol gösterir. Yerindelik Reage kullanmaNTS, örnekler güçlendirilir, parçalanmış, çöktürülmüş yeniden süspanse, lekeli tek bir baz tarafından genişletilmiş çip, hibritlenmiş ve bir iScan veya Hi Tarama, yüksek çözünürlüklü optik görüntüleme sistemi ya taranır. Bir gece boyunca adım DNA&#39;yı yükseltmek için gereklidir. DNA denatüre ve izotermal olarak bütün genom amplifikasyonu ile büyütülmüş, bu nedenle, hiçbir PCR gereklidir. Numuneler, bir gece boyunca, ikinci aşama sırasında diziler hibridize edilir. Üçüncü gün, numuneler taranmış ve incelenmiştir hazırdır. Çoğaltılan DNA, boncuk dizileri, böylece verim maksimize, haftanın her günü işlenecek sağlayan, büyük miktarlarda depolanmış olabilir.

Tararken A düzgün işlenmiş boncuk çip parlak ve belirgin kırmızı ve yeşil lazer ışık şiddetleri göstermesi gerekir. Şekil 6&#39;da, iScan tarama yazılım başarılı bir şekilde özel bir panel SNP genotipleme dizisine hibridize standart bir genomik DNA örneği gösterir. Uzantı ve boyama aşamaları esnasında bağlanmıştır etiketli nükleotidler, iki lazer ışıkları altında floresan. Bu nükleotidler, seçici olarak parçalanmış DNA sarmalına hibridize boncuk oligonükleotid zinciri uzanır ve oligonükleotid zinciri varyantın yerinde sona erdirmek için tasarlanmış olarak, elde edilen sinyalin renk ve yoğunluğu mevcut allel belirlemek için kullanılabilir gibi SNP sitesi. Şirketin doğrudan elde chipID ve pozisyona örnek kimlikleri ve klinik bilgilerini eşleşen bir kullanıcı tarafından oluşturulan örnek levha, ve bir dizi özel SNP tezahür, SCA ithal etmek için her ikisi de gereklidirnner çıktı dosyaları GenomeStudio analiz yazılımı. Örnek örnek sayfaları şirketin web sitesinde bulunabilir. GenomeStudio Proje oluşturulduktan sonra, genotip otomatik yazılım tarafından oluşturulan sonuçtaki yoğunluğu kümelerden elde edilebilir. Birden fazla ekran seçenekleri mevcut olmasına rağmen, varsayılan görünüm, Norm-Teta (bir alel yoğunluğu oranı) vs Norm-R (bir normalize yoğunluk değeri), genellikle üç ayrı kümeleri ayırt etmek kolay komplo olduğunu. En küçük SNP aleli frekansına bağlı olarak, bir, iki ya da üç kümeleri göstermelidir. Üç küme AA, AB, BB veya alellerini (bkz. Şekil 7) gösteren örnekleri temsil eder. Bu kümeler, yazılım analizi araç çubuğundan &quot;Tüm SNP Küme&quot; seçerek, şirketin doğrudan bir standart kümeleme pozisyon şablon alarak, ya da tıklayarak ve elle edi yoğunluğu araziler üzerinde renkli daireler sürükleyerek ya genotipleri atanabilir<html> t çağırır. (Kırmızı, mor veya mavi) yoğunluğu arsa üzerinde numunenin rengi çağrısı (AA, AB, BB veya sırasıyla) belirtir; siyah hiçbir çağrıyı gösterir. Yazılımın Tam Veri bölmesinde listelenen SNP gezinerek, her SNP için kümeleme görüntülenebilir veya geri çağırılabilir. Kümeler tatmin edici aramaları atanır sonra, yazılımın Tam Veri bölmesi her özel SNP&#39;de her numune için genotipleri listeler. Yukarıdaki tabloda Sütun Seçici seçenek veri formatları arasında geçiş yapabilirsiniz. Veri derinlemesine analizi için analiz araç çubuğu üzerinden veya doğrudan Tam Veri tablosundan ya ihraç edilebilir. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> Şekil 1. Genel Bakış - Infinium Deney Protokolü.683/50683fig1highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; büyük resmi görebilmek için buraya tıklayın. <img alt="Şekil 2," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> Şekil 2. Komple HYB Odası tabanı ve mat, artı kapak. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 3," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> Şekil 3 Beadchip Yükleme -.. Giriş portları üzerindeki örnek dağıtın [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">büyük görmek için buraya tıklayın</a><html> görüntü. <img alt="Şekil 4," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> Şekil 4 Beadchip Coverseal Çıkarma -.. Köşesinde mühür tutun ve yavaşça çapraz soyup [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın</a> . <img alt="Şekil 5," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> Şekil 5,. Komple Beadchip Flow-through Meclisi - BeadChip bir ayırıcı ile bir cam slayt ayrılır ve tokalar ile bağlıdır.&gt; Daha büyük resmi görmek için buraya tıklayın. <img alt="Şekil 6," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> Şekil 6,. Başarılı BeadChip Tarama - A) BeadChip hem kırmızı ve yeşil lazer ile taranır; tarama yazılımı görüntüler hem de aynı anda. Yoğunluk QC geçen Bölümler sola BeadChip ekranda yeşil vurgular. Yoğunluk QC başarısız Bölümler BeadChip ekranda kırmızı vurgulamak olacaktır. B) tarama tamamlandıktan sonra, yazılım, kırmızı ve yeşil görüntüler kaplayacaktır. A büyütüldüğünde görüntü gösterilir. Her boncuğun rengi ve yoğunluğu alel mevcut gösterir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.wiince-page = &quot;Her zaman&quot;&gt; <img alt="Şekil 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> Şekil 7. NORM-THETA Küme Profiller vs SNP NORM-R -. AA, AB ve BB genotipleri, kırmızı, mor ve mavi renkli B) A SNP gerektiren düzenlemeyi temsil eden üç ayrı kümeler A) geçerli bir SNP. Homozigot AB olmalı orta küme, un-denir bırakılır. BB küme yanlışlıkla AB. C) Bir kötü performans SNP denir. Hiçbir farklı kümeleri var gibi hiçbir genotipleri, bu yoğunluk arsa elde edilebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın</a> .

Watch this Scientific Journal Video about Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications at JoVE.com

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Bir protokol büyük ölçekli genotipleme gerçekleştirmek için Illumina&#39;nın Infinium tahlilleri kullandığı açıklanmaktadır. Bu deneyler, güvenilir bir şekilde üç gün sonra tek tek DNA numunelerinin yüz üzerinde SNP milyonlarca genotip olabilir. Bir kere üretilen, bu genotipleri farklı hastalıklar veya fenotipleri çeşitli dernekler kontrol etmek için kullanılabilir.

Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

infinium-assay-for-large-scale-snp-genotyping-applications

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Molecular Biology

Biology

Unit 2

Genomes and Evolution

SCIENTISTS IN ACTION

38.8K Görüntüleme.  Oklahoma Medical Research Foundation.  Bir protokol büyük ölçekli genotipleme gerçekleştirmek için Illumina'nın Infinium tahlilleri kullandığı açıklanmaktadır. Bu deneyler, güvenilir bir şekilde üç gün sonra tek tek DNA numunelerinin yüz üzerinde SNP milyonlarca genotip olabilir. Bir kere üretilen, bu genotipleri farklı hastalıklar veya fenotipleri çeşitli dernekler kontrol etmek için kullanılabilir. 

Video: Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation. Generating a streamlined procedure for creating and screening metagenomic libraries is therefore useful for efficient high-throughput investigations into the genetic and metabolic properties of uncultured microbial assemblages. Here, key protocols are presented on video, which we propose is the most useful format for accurately describing a long process that alternately depends on robotic instrumentation and (human) manual interventions. First, we employed robotics to spot library clones onto high-density macroarray membranes, each of which can contain duplicate colonies from twenty-four 384-well library plates. Automation is essential for this procedure not only for accuracy and speed, but also due to the miniaturization of scale required to fit the large number of library clones into highly dense spatial arrangements. Once generated, we next demonstrated how the macroarray membranes can be screened for genes of interest using modified versions of standard protocols for probe labeling, membrane hybridization, and signal detection. We complemented the visual demonstration of these procedures with detailed written descriptions of the steps involved and the materials required, all of which are available online alongside the video.

Metagenomic Kütüphaneler Büyük Ölçekli Ekranlar

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Biyoloji

Pyrosequencing: A Simple Method for Accurate Genotyping

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a tremendous amount of data available comes an explosion of genotyping methods. Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. It also has the ability to identify tri-allelic, indels, short-repeat polymorphisms, along with determining allele percentages for methylation or pooled sample assessment. In addition, there is a standardized control sequence that provides internal quality control. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.


Pyrosequencing(R) is one of the most thorough yet simple methods to date used to analyze polymorphisms. This method has led to rapid and efficient single-nucleotide polymorphism evaluation including many clinically relevant polymorphisms. The technique and methodology of Pyrosequencing is explained.

Pyrosequencing: Doğru Genotiplendirme için Basit Bir Yöntem

Pharmacogenetic research benefits first-hand from the abundance of information provided by the completion of the Human Genome Project. With such a ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the expression pattern of a target protein across the entire brain are relatively easy to answer when using IHC in small brains, such as those of rodents. However, answering the same questions in large and convoluted brains, such as those of primates presents a number of challenges. Here we present a systematic approach for immunodetection of target proteins in an adult monkey brain. This approach relies on the tissue embedding and sectioning methodology of NeuroScience Associates (NSA) as well as tools developed specifically for batch-staining of free-floating sections. It results in uniform staining of a set of sections which, at a particular interval, represents the entire brain. The resulting stained sections can be subjected to a wide variety of analytical procedures in order to measure protein levels, the population of neurons expressing a certain protein.

Large-scale immunodetection of target proteins across the entire primate brain is possible by employing novel tissue embedding and sectioning methods combined with the use of creative apparatus for batch staining of multiple free-floating sections at a given time.

Tüm Maymun Beyin Büyük Ölçekli Protein Algılama için Toplu immün

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult human peripheral blood within a mean of 12 days. After large scale expansion &gt;1x108 ECFCs can be obtained for further tests. Advantageously by using pHPL the contact of human cells with bovine serum antigens can be excluded. By flow cytometry and immunohistochemistry the isolated cells can be characterized as ECFC and their in vitro functionality to form vascular like structures can be tested in a matrigel assay. Further these cells can be subcutaneously injected in a mouse model to form functional, perfused vessels in vivo. After long term expansion and cryopreservation proliferation, function and genomic stability appear to be preserved. 3,4
This animal-protein free isolation and expansion method is easily applicable to generate a large quantity of ECFCs.

Endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) are a promising tool to study vascular homeostasis and repair.1,2 This paper introduces a novel animal-serum free method for isolation and expansion of ECFC from heparinised adult human peripheral blood with pooled human platelet lysate (pHPL) diminishing the risk of anti-bovine immunisation.

İzolasyon ve Büyük Ölçekli Genişleme Yetişkin İnsan Endotel Koloni Oluşturan Progenitör Hücreler

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to mammals, zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

Large Scale Zebrafish-Based In vivo Small Molecule Screen

Zebrafish has emerged as a powerful in vivo platform for phenotype-based drug screens and chemical genetic analysis. Here, we demonstrate a simple, practical method for large-scale screening of small molecules using zebrafish embryos.

Büyük Ölçekli Zebra balığı Tabanlı In vivo Küçük Molekül Ekran

Given their small embryo size, rapid development, transparency, fecundity, and numerous molecular, morphological and physiological similarities to ...

Absolute Quantum Yield Measurement of Powder Samples

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and research of illumination, AV equipment, organic EL material, films, filters and fluorescent probes for bio-industry.
Quantum yield is calculated as the ratio of the number of photons absorbed, to the number of photons emitted by a material. The higher the quantum yield, the better the efficiency of the fluorescent material.
For the measurements featured in this video, we will use the Hitachi F-7000 fluorescence spectrophotometer equipped with the Quantum Yield measuring accessory and Report Generator program. All the information provided applies to this system. 
Measurement of quantum yield in powder samples is performed following these steps:
<ol>
 <li>Generation of instrument correction factors for the excitation and emission monochromators. This is an important requirement for the correct measurement of quantum yield. It has been performed in advance for the full measurement range of the instrument and will not be shown in this video due to time limitations.</li>
 <li>Measurement of integrating sphere correction factors. The purpose of this step is to take into consideration reflectivity characteristics of the integrating sphere used for the measurements.</li>
 <li>Reference and Sample measurement using direct excitation and indirect excitation.</li>
 <li>Quantum Yield calculation using Direct and Indirect excitation. Direct excitation is when the sample is facing directly the excitation beam, which would be the normal measurement setup. However, because we use an integrating sphere, a portion of the emitted photons resulting from the sample fluorescence are reflected by the integrating sphere and will re-excite the sample, so we need to take into consideration indirect excitation. This is accomplished by measuring the sample placed in the port facing the emission monochromator, calculating indirect quantum yield and correcting the direct quantum yield calculation.</li>
 <li>Corrected quantum yield calculation.</li>
 <li>Chromaticity coordinates calculation using Report Generator program.</li>
</ol>
The Hitachi F-7000 Quantum Yield Measurement System offer advantages for this
application, as follows:
<ul>
 <li>High sensitivity (S/N ratio 800 or better RMS). Signal is the Raman band of water measured under the following conditions: Ex wavelength 350 nm, band pass Ex and Em 5 nm, response 2 sec), noise is measured at the maximum of the Raman peak. High sensitivity allows measurement of samples even with low quantum yield. Using this system we have measured quantum yields as low as 0.1 for a sample of salicylic acid and as high as 0.8 for a sample of magnesium tungstate.</li>
 <li>Highly accurate measurement with a dynamic range of 6 orders of magnitude allows for measurements of both sharp scattering peaks with high intensity, as well as broad fluorescence peaks of low intensity under the same conditions. </li>
 <li>High measuring throughput and reduced light exposure to the sample, due to a high scanning speed of up to 60,000 nm/minute and automatic shutter function. </li>
 <li>Measurement of quantum yield over a wide wavelength range from 240 to 800 nm.</li>
 <li>Accurate quantum yield measurements are the result of collecting instrument spectral response and integrating sphere correction factors before measuring the sample.</li>
 <li>Large selection of calculated parameters provided by dedicated and easy to use software.
</li>
</ul> 
During this video we will measure sodium salicylate in powder form which is known to have a quantum yield value of 0.4 to 0.5.

In this video we will demonstrate measuring and calculating absolute quantum yield and chromaticity coordinates directly in powder samples using the Hitachi F-7000 Quantum Yield Measuring System.

Toz numuneler mutlak Kuantum Verimi Ölçümü

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting factors, such as labor intensive sample preparations, low detection limits, slow scan speeds, intensive method optimization for each metabolite, and the inability to measure both positively and negatively charged ions in single experiments. Therefore, a novel metabolomics protocol could advance metabolomics studies. Amide-based hydrophilic chromatography enables polar metabolite analysis without any chemical derivatization. High resolution MS using the Q-Exactive (QE-MS) has improved ion optics, increased scan speeds (256 msec at resolution 70,000), and has the capability of carrying out positive/negative switching. Using a cold methanol extraction strategy, and coupling an amide column with QE-MS enables robust detection of 168 targeted polar metabolites and thousands of additional features simultaneously.&#160; Data processing is carried out with commercially available software in a highly efficient way, and unknown features extracted from the mass spectra can be queried in databases.

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. Utilizing normal-phased liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with polarity switching and a rapid duty cycle, we describe a protocol to analyze the polar metabolic composition of biological material with high sensitivity, accuracy, and resolution.

Hassas, Büyük Ölçekli Kantitatif metabolomik için bir strateji

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic chromosome, synIII1, and one synthetic chromosome arm, synIXR2, have been constructed and their in vivo function validated in the absence of the corresponding wild type chromosomes. An important design feature of Sc2.0 chromosomes is the introduction of PCRTags, which are short, re-coded sequences within open reading frames (ORFs) that enable differentiation of synthetic chromosomes from their wild type counterparts. PCRTag primers anneal selectively to either synthetic or wild type chromosomes and the presence/absence of each type of DNA can be tested using a simple PCR assay. The standard readout of the PCRTag assay is to assess presence/absence of amplicons by agarose gel electrophoresis. However, with an average PCRTag amplicon density of one per 1.5 kb and a genome size of ~12 Mb, the completed Sc2.0 genome will encode roughly 8,000 PCRTags. To improve throughput, we have developed a real time PCR-based detection assay for PCRTag genotyping that we call qPCRTag analysis. The workflow specifies 500 nl reactions in a 1,536 multiwell plate, allowing us to test up to 768 PCRTags with both synthetic and wild type primer pairs in a single experiment.

Designer chromosomes of the Synthetic Yeast Genome project, Sc2.0, can be distinguished from their native counterparts using a PCR-based genotyping assay called PCRTagging, which has a presence/absence endpoint. Here we describe a high-throughput real time PCR detection method for PCRTag genotyping.

qPCRTag Analizi - A Yüksek Verimli, Sc2.0 Genotiplendirme için Real Time PCR Testi

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, log-phase, and stationary-phase. Each growth phase can reveal different aspects of fitness that are related to various environmental and genetic conditions. High-resolution and quantitative measurements of all 3 phases of growth are generally difficult to obtain. Here we present a detailed method to characterize all 3 growth phases on solid media using an assay called One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). ODELAY quantifies growth phenotypes of individual cells growing into colonies on solid media using time-lapse microscopy. This method can directly observe population heterogeneity with each growth parameter in genetically identical cells growing into colonies. This population heterogeneity offers a unique perspective for understanding genetic and epigenetic regulation, and responses to genetic and environmental perturbations. While the ODELAY method is demonstrated using yeast, it can be utilized on any colony forming microorganism that is visible by bright field microscopy.

We present a method for quantifying growth phenotypes of individual yeast cells as they grow into colonies on solid media using time-lapse microscopy termed, One-cell Doubling Evaluation of Living Arrays of Yeast (ODELAY). Population heterogeneity of genetically identical cells growing into colonies can be directly observed and quantified.

ODELAY: Maya Büyümesinin Çok Parametreli Niceleşmesi İçin Büyük Ölçekli Bir Yöntem

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, ...

A Semiautomated ChIP-Seq Procedure for Large-scale Epigenetic Studies

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific histone modifications, such as H3K27ac, to help identify cis-regulatory DNA elements. The manual process to complete a ChIP-Seq is labor intensive, technically challenging, and often requires large-cell numbers (&#62;100,000 cells). The method described here helps to overcome those challenges. A complete semiautomated, microscaled H3K27ac ChIP-Seq procedure including cell fixation, chromatin shearing, immunoprecipitation, and sequencing library preparation, for batch of 48 samples for cell number inputs less than 100,000 cells is described in detail. The semiautonomous platform reduces technical variability, improves signal-to-noise ratios, and drastically reduces labor. The system can thereby reduce costs by allowing for reduced reaction volumes, limiting the number of expensive reagents such as enzymes, magnetic beads, antibodies, and hands-on time required. These improvements to the ChIP-Seq method suit perfectly for large-scale epigenetic studies of clinical samples with limited cell numbers in a highly reproducible manner.

This paper describes a semiautomated, microscaled ChIP-Seq protocol of DNA regions associated with a specific histone modification (H3K27ac) using a ChIP liquid-handler platform, followed by library preparation using tagmentation. The procedure includes control assessment for quality and quantity purposes and can be adopted to other histone modifications or transcription factors.

Büyük Ölçekli Epigenetik Çalışmalar için Yarı Otomatik ChIP-Seq Prosedürü

Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific ...