Bibliothèque de Peptide qui se chevauchent pour mapper les épitopes de Qa-1 dans une protéine

Résumé

QA-1 (HLA-E chez l’homme) appartient à un groupe de molécules 1 b complexe majeur d’histocompatibilité non-classique. Vaccination avec Qa-1-liaison épitopes s’est avérée augmenter tissu-spécifique régulation immunitaire et d’améliorer plusieurs maladies auto-immunes. Dans les présentes, nous décrivons une stratégie de bibliothèque de peptide qui se chevauchent pour l’identification des épitopes Qa-1 en une protéine.

Résumé

QA-1 (HLA-E chez l’homme) appartient à un groupe de 1 b complexe majeur d’histocompatibilité non-classique molécules (MHC-Ib). Des données récentes suggèrent que Qa-1 molécules jouent un rôle important dans l’arpentage pour l’intégrité structurale et fonctionnelle des cellules, induisant la régulation immunitaire et en limitant la réponse immunitaire aux infections virales. En outre, augmentation fonctionnelle de Qa-1-accès restreint CD8⁺ T des cellules par l’intermédiaire d’épitope vaccination a montré des effets thérapeutiques dans plusieurs modèles animaux de maladies auto-immunes, par exemple l’encéphalomyélite allergique expérimentale, l’arthrite induite par le collagène et le diabète non obèses. Par conséquent, il y a un besoin urgent d’une méthode qui permet d’identifier rapidement et efficacement des épitopes de Qa-1 fonctionnelles dans une protéine. Nous décrivons ici un protocole qui utilise Qa-1-accès restreint CD8⁺ des lymphocytes T lignes spécifiques pour une bibliothèque de peptide (PLO) qui se chevauchent pour déterminer les épitopes de Qa-1 en une protéine. Cette bibliothèque de PLO contient 15-mer peptides qui se chevauchent qui couvrent toute la longueur d’une protéine, et chevauchent les peptides adjacents de 11 acides aminés. Utilisant ce protocole, nous avons récemment identifié un épitope de Qa-1 9-mer en glycoprotéine de myéline oligodendrocyte (MOG). Cet épitope MOG Qa-1 nouvellement mappé a été montré pour induire des CD8 spécifiques d’épitope, Qa-1-accès restreint⁺ T cells accrue myéline spécifique immunitaire duditrèglement. Par conséquent, ce protocole est utile pour l’enquête future de nouvelles cibles et fonctions du CD8 Qa-1-accès restreint⁺ T des cellules.

Introduction

QA-1 appartient à un groupe de 1 b complexe majeur d’histocompatibilité non-classique molécules (MHC-Ib) chez la souris. Son homologue humain est HLA-E. Témoignage antérieur a démontré que les molécules de Qa-1 ont des fonctions biologiques importantes. Tout d’abord, Qa-1 molécules jouent un rôle important dans l’arpentage pour l’intégrité structurale et fonctionnelle des cellules. À cet égard, Qa-1 molécules ont évolué plusieurs stratégies pour surveiller la fonction normale d’une cellule. Une telle stratégie permet aux molécules de Qa-1 pour former des complexes avec un peptide leader transformés (épitope), c'est-à-dire le Qa-1 déterminant modificateur (Qdm) qui est transformés à base de molécules de MHC-Ia classiques dans le réticulum endoplasmique¹. Ces complexes de Qa-1/Qdm plus tard affichent sur la surface d’une cellule et se lient aux récepteurs de NKG2A inhibitrices sur les cellules NK pour inhiber NK tuant l’activité². Si l’expression de molécules MHC-Ia est perdue, une cellule (par exemple une cellule maligne) devient sensible à NK tuant². L’autre stratégie permet aux molécules de Qa-1 former de nouveaux complexes de Qa-1/épitope sur la surface d’une cellule qui est déficiente en TAP (transporter associé au traitement de l’antigène)³ et/ou ERAAP (aminopeptidase de réticulum endoplasmique associé traitement de l’antigène)⁴ (les deux défauts se produisent souvent dans les cellules malignes). La cellule qui exprime ces nouveaux complexes de Qa-1/épitope peut ensuite être reconnue et éliminée par l’épitope spécifique CD8 Qa-1-accès restreint⁺ T des cellules. Deuxièmement, Qa-1 molécules induisent immunorégulation⁵. À cet égard, Qa-1/épitope complexes ont été montrés pour stimuler CD8⁺ des lymphocytes T (Treg) régulateurs qui sont importants pour la prévention des dommages immunitaire du self-tissus^{6,7,8 ,9,10}. Troisièmement, Qa-1-accès restreint CD8⁺ Treg cellules auraient dû être divulgués afin de limiter les réponses immunitaires contre les infections virales,¹¹.

Par conséquent, augmentation spécifique de l’épitope spécifique Qa-1-restrictred CD8⁺ T des cellules est une stratégie potentiellement prometteuse pour l’élimination des cellules anormales, pour le renforcement de la régulation immunitaire et pour le contrôle de l’ampleur des Viro-induite des réponses immunitaires. Tandis qu’il n’a pas été déterminé si augmentation des épitopes spécifiques CD8 Qa-1-accès restreint⁺ T cellules peuvent améliorer la surveillance du système immunitaire et limiter Viro-induite des réponses immunitaires, nos laboratoires et autres ont clairement démontré que immunisation avec des épitopes Qa-1 capable de compléter la fonction de Qa-1-accès restreint CD8⁺ Treg cellules spécifiques pour CD4 auto-immunes pathogènes⁺ T cellules, menant à un contrôle efficace des CD4⁺ T cell-mediated des maladies auto-immunes dans un variété des animaux modèles tels qu’encéphalomyélite allergique expérimentale (un modèle animal de la sclérose en plaques humaine)^6,10, arthrite induite par le collagène (un modèle animal de la polyarthrite rhumatoïde)⁷, et diabète non obèses (un modèle animal du diabète de type humain 1)⁸. En outre, nous avons découvert que la vaccination avec un épitope de Qa-1 tissu-spécifique conduit à contrôle spécifique de l’inflammation immunitaire dans ce tissu par augmentation de CD8⁺ Treg cellules¹². Les succès ci-dessus des études précliniques indiquent un besoin pour une évaluation complète de l’immunisation d’épitope Qa-1 pour le traitement des maladies à médiation immunitaire tissu-spécifique et, éventuellement, pour le traitement d’autres maladies associées aux carences dans le robinet et ERAAP.

En conséquence, il y a une demande pour une technologie qui permet d’analyser rapidement et de façon fiable des épitopes de Qa-1 en une protéine. À cet égard, un nombre limité de biologiquement importants épitopes Qa-1 a été décrite. La plupart de ces épitopes Qa-1 ont été identifiée par hasard au cours de l’étude des CD8⁺ T cell réponses aux bactéries¹³, cellules déficientes en robinet³, cellules déficientes en ERAAP⁴et les cellules qui causent de l’EAE^{6, 9}. Par conséquent, une technique à haut débit est souhaitable pour l’identification des épitopes de Qa-1 biologiquement importants dans une protéine définie. Dans ce qui suit, nous décrivons une stratégie de bibliothèque de peptide (PLO) qui se chevauchent qui mappe des épitopes de Qa-1 fonctionnelles dans une protéine à l’aide de CD8 Qa-1-resrticted⁺ des lymphocytes T lignes spécifiques pour le pool de PLO (OLP_pool) d’une protéine.

Protocole

Toutes les expériences ont été faites conformément à un protocole d’utilisation approuvées par le Comité de l’urbanisme à l’Université du Texas à El Paso et Université de Loma Linda et animalier et d’institutionnels animalier.

1. génération d’une bibliothèque de PLO couvrant toute la longueur d’une protéine

1. Concevez une bibliothèque de PLO dans lequel tous les peptides sont 15-mer en longueur, et chevauchent les peptides adjacents de 11 acides aminés.
   Remarque : Dans l’étude de MOG OLP, séquence du précurseur MOG [Mus musculus] ont été extraites de la base de protéine NCBI en suivant ce lien : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_034944. Le précurseur MOG (247 acides aminés), qui contenait le signal et peptides matures, a été utilisé parce que la plupart des épitopes de Qa-1 (HLA-E) signalés était située dans les peptides signaux (p. ex. Qdm¹). Partant de son extrémité N-terminale, les séquences de peptides 15-mer ont été identifiés tels que deux peptides adjacents se chevauchaient de 11 acides aminés (Figure 1). C’est pourquoi exactement 59 achats ont été identifiés dans le précurseur MOG de 247 acides aminés. Toutefois, le dernier PLO peut varier de 12 à 15-mer selon la longueur de la protéine. En outre, nous choisissons bibliothèque 15-mer parce que nous et autres avons démontré que les peptides de 15-mer, lors de l’ajout dans les cellules dendritiques (CD) ou des macrophages, peuvent être efficacement transformé les épitopes de reconnaissance par CD8⁺ T cells^14,15 .
2. Acheter chaque peptide individuel dans le commerce. 5 mg / peptide devrait être suffisant pour le dépistage. Achats et peptides tronqués (étape 6.1) peuvent être des peptides dessalées (pureté est d’environ 50-70 %). La pureté du peptide optimale (étape 6.2) qui sera utilisé pour la génération de tétramère et pour les futures analyses biologiques devrait être > 90 %. Reconstituer les peptides dans des conditions stériles.
3. Faites 50 mg/mL de stocks individuels peptide à 100 % DMSO. 5 mg de chaque peptide, ajouter 100 μL de DMSO dans chaque tube, mélanger et stocker les peptides à-20 ° C. Ces stocks seront utilisés pour faire un stock de OLP_pool pour la génération de CD8⁺ T cell lines réactive à la OLP_pool. En outre, ces stocks se serviront aussi à faire 10 mg/mL de stocks de peptide individuels pour déterminer l’aptitude de chaque peptide individuel pour stimuler une réponse Qa-1-accès restreint dans un OLP_pool-réactive CD8⁺ lignée de cellules T.
4. Fabrication OLP_pool stock en ajoutant un volume égal de chaque peptide dans un nouveau tube. Ce stock de OLP_pool contient 100 % DMSO. Dans l’étude de MOG OLP, comptait 59 achats¹². Par conséquent, la concentration de chaque peptide dans le OLP_pool était 847.46 μg/mL (50 mg/mL ÷ 59).
5. Faire 10 mg/mL les stocks individuels de peptide par dilution (x 5) le stock de 50 mg/mL stérile H₂O dans une plaque de fond en V 96 puits (ce stock contient 20 % DMSO). Faire ces stocks dans une plaque à 96 puits, parce que la détermination de la réponse de Qa-1-accès restreint de chaque peptide individuel se dérouleront dans une plaque à 96 puits à l’aide d’une pipette multicanaux de 8 ou 12 canaux.
   Remarque : Tous les peptides, y compris les achats et les peptides tronqués, doivent être dilués en soit une plaque de fond en V 96 puits ou un rack de 96 puits échantillon rempli de tubes 1 mL étant donné que le criblage de peptide est réalisé en plaques 96 puits à l’aide d’une pipette multicanaux. S’il est difficile diluer un peptide, ajouter 1 goutte de NaOH N sage pour aider à dissoudre le peptide.

2. amorçage de K^b-/- D^b-/- CD8⁺ cellules de T avec le K OLP_pool-pulsé^b-/- D^b-/- les cellules dendritiques (CD).

Remarque : Il y a deux allèles de Qa-1 principaux : l’un est Qa-1^unet l’autre est Qa-1^b. Depuis les animaux couramment utilisés pour la recherche universitaire, par exemple C57BL/6 et souris Balb/c, Qa-1^b, ce protocole décrit la procédure pour les épitopes de cartographie Qa-1^b à une protéine. CD8⁺ T cellules utilisées dans le présent protocole sont purifiés de K^b-/-D^b-/- souris C57BL/6 (en arrière-plan) dans lequel CD8⁺ T cellules se limitent pour la plupart par des molécules de MHC-Ib non-classique dont Qa-1.

1. Produits dérivés de la moelle osseuse DCs décrite précédemment¹².
   1. En bref, la culture suspensions seule cellule de la moelle osseuse (1 x 10⁶ cellules/mL) dans un milieu RPMI-10 (RPMI 1640 additionné de sérum de veau fœtal 10 %, 5,5 x 10^-5 M 2-mercaptoéthanol, pyruvate de sodium 1 mM et d’acides aminés non essentiels de 0,1 mM) contenant 10 U/mL IL-4 et 100 U/mL GM-CSF dans une plaque de 6 puits (4 mL/puits) à 37 ° C, 5 % de CO₂.
   2. Deux jours plus tard, enlever les cellules non adhérentes avec précaution et ajouter les cytokines et les supports neufs.
   3. Après mise en culture des cellules pendant encore deux jours, transférer les cellules non adhérentes contenant des supports neufs et cytokines dans une nouvelle plaque 6 puits.
   4. Les cellules de la culture pendant encore deux jours et alimentée par les supports neufs et cytokines contenant LPS (0,1 µg/mL) pour activer les contrôleurs de domaine.
   5. 24 h recueillir plus tard, les contrôleurs de domaine pour des expériences.
2. Irradier la DCs avec 3000 Rads.
   1. Vous pouvez également traiter les contrôleurs de domaine (5 x 10⁷ cellules/mL) avec la mitomycine C (50 μg/mL) dans du PBS à 37 ° C pendant 20 min. ajouter le RPMI-0 (RPMI 1640 sans sérum) pour remplir le tube (~ 12 mL) et faire tourner les cellules pendant 10 min dans une centrifugeuse de table-top à 300 x surnageants Discard g. et repea t la procédure de nettoyage deux fois plus. Ces trois lavages sont essentiels parce que n’importe quel montant de trace de la mitomycine C peut inhiber la réponse de CD8⁺ T des cellules au cours de la co-culture de cellules DC-T.
3. Ajuster la concentration de DC à 5 x 10⁶ cellules/mL dans un milieu sans sérum (AIM-V sans sérum additionné à 5,5 x 10^-5 M 2-mercaptoéthanol, pyruvate de sodium 1 mM et d’acides aminés non essentiels de 0,1 mM).
4. Ajouter de la solution mère de OLP_pool, qui contient 100 % DMSO, sur les contrôleurs de domaine, telle que la concentration finale de DMSO s’élèvera à 0,5 % (200 x). Dans l’étude de l’OLP MOG, la concentration de chaque PLO dans la OLP_pool était 847.46 μg/mL ; C’est pourquoi la concentration finale de chaque PLO dans la culture de la DC était 4.2 μg/mL (μg/mL 847.46 ÷ 200).

Cependant, cette concentration peut évoluer jusqu'à 100 μg/mL aussi longtemps que la concentration de DMSO dans la culture de cellules reste inférieure à 1 %.

Incuber à température ambiante pendant 3 h, les contrôleurs de domaine et secouez les cellules toutes les 15 min.

Au cours de cette période d’incubation, purifier CD8⁺ T les cellules de la rate récolté ou les ganglions lymphatiques de K^b-/-D^b-/- souris à l’aide d’un commercial CD8⁺ T cell kit de purification, ajuster la concentration cellulaire de 10 x 10⁶ cellules/mL dans le le milieu sans sérum contenant 50 U/mL interleukine 2 (il-2) et 100 U/mL de l’IL-7.

Maintenant, ajoutez le CD8⁺ T des cellules dans une plaque de 48 puits comme 0,5 mL par puits (après l’addition de 0,5 mL/puits de la DCs OLP_pool-pulsé dans étape 2.8, la concentration finale du CD8⁺ T cellules sera de 5 x 10⁶ cellules/mL).
NOTE : CD8⁺ T les cellules des ganglions lymphatiques et la rate de souris peuvent être purifiés à l’aide de CD8 positifs Isolation Kit en suivant les instructions fournies par le fabricant. CD8⁺ T cellules obtenues sont libres de perles.

Tournez en bas les DCs OLP_pool-pulsé (300 x g, 10 min) au RT. reconstituer la DCs OLP_pool-pulsé à 2 x 10⁶ cellules/mL dans le milieu sans sérum et ajouter 0,5 mL par puits dans la plaque de 48 puits qui contient le CD8⁺ T cells (concentration finale du PLO DCs _pool pulsé est de 1 x 10⁶ cellules/mL, la concentration finale de CD8⁺ T cellules est de 5 x 10⁶ cellules/mL, la concentration finale d’il-2 est de 25 U/mL et la concentration finale de l’IL-7 est 50 U/mL). La culture des cellules à 37 ° C et 5 % de CO₂.

Jour 4, enlever et jeter environ 400 μl de milieu de culture et ajouter 500 μl de milieu sans sérum frais contenant 100 U/mL IL-2 et 100U/mL de l’IL-7 dans chaque puits. Incuber les cellules à 37 ° C et 5 % de CO₂.

Jour 7 ou 8, re-stimuler le CD8 sensibilisées OLP_pool⁺ T des cellules avec la OLP_pool.

3. restimulation de la couche d’apprêt CD8⁺ T avec les Macrophages, les cellules pulsé avec le OLP_pool

1. Quatre jours avant la re-stimulation de la OLP_pool-amorcé CD8⁺ T cellules, préparer la solution à 2 % (v/v) polyacrylamide perle : laver 2 g de perles de polyacrylamide deux fois dans 20 mL exempte d’endotoxine H₂O ou PBS. Les perles de polyacrylamide de granule par centrifugation (400 x g) pendant 5 min et remettre en suspension dans 100 mL de PBS. Autoclave à 15 lb/m pendant 20 min. magasin à la température ambiante.
2. Injecter par voie intrapéritonéale souris avec 1 mL/souris de la solution stérile de perle polyacrylamide de 2 % pour attirer la migration des monocytes/macrophages dans la cavité péritonéale¹⁶.
3. Quatre jours plus tard, sacrifier les animaux en surdose de CO₂ .
   1. Dans des conditions stériles, coupez une petite ouverture au centre de l’abdomen, telle que l’ouverture soit juste assez pour faire passer une pipette de 5 mL. Remplir la pipette de transfert avec RPMI-0 et insérer la pipette dans la cavité de l’abdomen à travers l’ouverture.
   2. Rincer la cavité de l’abdomen par pipetage. Pipetter sur autant de liquide que possible de la cavité de l’abdomen dans un tube stérile (ce sont des macrophages péritonéaux). Répétez l’étape de rinçage 4 - 5 fois.
4. Irradier les macrophages péritonéaux avec 3000 Rads.
   1. Vous pouvez également traiter les macrophages péritonéaux avec la mitomycine C (suivez la procédure décrite au point 2.2).
5. Ajuster la concentration des macrophages péritonéaux à 5 x 10⁶ cellules/mL dans le milieu sans sérum. Ajouter OLP_pool stock (la concentration finale de DMSO est inférieure à 1 %) et M-CSF (concentration finale = 100 U/mL).
   Remarque : Dans cette étude de MOG OLP, nous avons utilisé 0,5 % DMSO. Ainsi, MOG OLP_pool stock a été dilué 200 x (par exemple 1 μL de MOG OLP_Pool stock a été ajouté en 199 μL des macrophages péritonéaux). Par conséquent, la concentration finale de chaque PLO était 4.2 μg/mL).
6. Ajouter 200 μL/puits (1 x 10⁶ cellules/puits) dans une plaque de culture tissulaire 48 puits et incuber les plaques à 37 ° C pendant 4 h.
7. Supprimer les cellules non adhérentes et les cordons de polyacrylamide par des lavages doux à 200 μL/puits du préchauffé RPMI-0.
8. À frais virés et piscine la OLP_pool amorcée CD8⁺ T les cellules de l’étape 2.10. Ajuster la OLP_pool amorcée CD8⁺ concentration de cellules T à 1 x 10⁶ cellules/mL dans le milieu sans sérum contenant 25 U/mL IL-2 et 50 U/mL de l’IL-7. Ajouter 1 mL/puits de la plaque de 48 puits contenant les macrophages péritonéaux pulsé OLP_pool.
9. Quatre jours plus tard, reconstituer le milieu de la plaque de 48 puits. Retirer et jeter environ 400 ml de milieu de culture dans les plaques de 48 puits de culture. Ajouter 500 μl de frais moyen sans sérum contenant 100 U/mL IL-2 et 100 U/mL de l’IL-7 dans chaque puits. La culture des cellules à 37 ° C et 5 % de CO₂.
10. Trois ou quatre jours plus tard, examiner le CD8 restimulés OLP_pool⁺ T des cellules d’intervention spécifiques OLP_pool, Qa-1-accès restreint par dosage immunoenzymatique immunospot (ELISPOT). Après ce point, re-stimuler le CD8⁺ T cellules tous les 7-10 jours.
    NOTE : Les Macrophages sont préférés pour la re-stimulation de la CD8 OLP_pool-amorcé⁺ T des cellules. Nous avons remarqué que CD8⁺ T re-stimulé par les macrophages des cellules croissent mieux que DCs in vitro.

4. détermination de la OLP_pool spécifique, réponse Qa-1-accès restreint dans un OLP_pool-restimulés CD8⁺ T Cell Line

NOTE : Réponse spécifique OLP_pool, Qa-1-accès restreint dans un OLP_pool-restimulés CD8⁺ lignée de cellules T est déterminée par la sécrétion d’IFNγ après stimulation par l’OLP_pool en présence de C1R ou C1R. QA-1^b des cellules à l’aide d’un test ELISPOT IFNγ. C1r cellules peuvent être obtenues sur le marché. C1R. Cellules de QA-1^b peuvent être générés par transduction C1R cellules avec le vecteur lentiviral Qa-1.

1. Ajouter 100 μL/puits d’un anticorps anti-IFN-γ de capture dilué dans un tampon enduit (PBS) dans les puits d’une plaque d’ELISPOT.

Sceller et incuber la plaque à 4 ° C durant la nuit.

Le deuxième jour, ignorer le buffer de revêtement contenant l’anticorps anti-IFN-γ de capture et ajouter 200 μL/well-blocking solution (milieu sans sérum) et incuber la plaque pendant 2 h à température ambiante.

Irradier la C1R et C1R. Cellules de QA-1^b avec 9 600 Rads.

1. Vous pouvez également traiter les C1R et C1R. Cellules de QA-1^b avec la mitomycine C tel que décrit dans l’étape 2.2, sauf que le temps de traitement sera de 30 min.

Ajustez la C1R et C1R. Cellules de QA-1^b dans le milieu sans sérum à 4 x 10⁶ cellules/mL.

Jeter la solution de blocage dans la plaque et ajouter les C1R et C1R. Cellules de QA-1^b à 50 μL/puits (200 000 cellules/puits) et mélanger.

Ajouter 50 μL par puits de 100 x dilué OLP_pool stock (dans le milieu sans sérum) et mélanger bien. Incuber les plaques à température ambiante pendant 2-3 h.

Ajuster le CD8 restimulés OLP_pool⁺ T des cellules à 1-2 x 10⁶ cellules/mL dans le milieu sans sérum contenant 150 U/mL de l’IL-7 et ajouter 50 μL/puits (50 000-100 000 cellules/puits) sur la plaque. Centrifuger la plaque (58 x g) pendant 5 min.

Incuber les plaques à 37 ° C et 5 % de CO₂ pendant la nuit.

Aspirer la suspension cellulaire. Laver les puits 2 fois avec l’eau désionisée (DI) (250 μL/puits). Permettre aux puits à tremper pendant 5 min à chaque étape de lavage.

Puits de laver 3 fois avec le tampon de lavage j’ai (PBS contenant 0,05 % Tween20). Permettre aux puits à tremper pendant 1 min à chaque étape de lavage. Jeter le tampon de lavage.

Ajouter 100 μL de l’anticorps de détection dilué dans un tampon de dilution (PBS contenant 10 % sérum fœtal (SVF)).

Incuber les plaques à température ambiante pendant 2 h.

Jeter la solution de détection des anticorps. Laver les puits 3 fois avec 250 µL/puits puits de laver un tampon I. permettre à tremper pendant 1 min à chaque étape de lavage.

Ajouter 100 μL par puits de conjugué enzymatique (streptavidine-HRP) dilué dans le tampon de dilution à une dilution au 1/100.

Incuber les boîtes pendant 1 h à température ambiante.

Jeter la solution conjugué enzymatique. Laver les puits 4 fois avec 250 µL/puits puits de laver un tampon I. permettre à tremper pendant 1 min à chaque étape de lavage.

Laver les puits 2 fois avec 250 µL/puits de tampon de lavage II (PBS).

Ajouter 100 µL de Solution de substrat (mélange 1 goutte = 20 µL d’AEC chromogène avec 1 mL de substrat AEC) dans chaque puits. Surveiller le développement comptant de 5 à 60 min.

Lorsque les résultats escomptés commencent à apparaître, arrêter la réaction du substrat en lavant les puits avec de l’eau distillée.

Sécher les plaques à température ambiante pendant 2 heures ou toute la nuit jusqu'à ce qu’elle soit totalement sèche. Retrait du bac en plastique sous les plaques facilitera le séchage. Stocker les plaques dans un sac en plastique scellé dans l’obscurité jusqu'à ce qu’il est analysé.

Énumérer les taches manuellement en inspectant sous un microscope à dissection ou en utilisant un lecteur de plaque ELISPOT. Voir le résultat représentatif dans la Figure 2.

5. détermination des Peptides individuels dans le OLP_pool qui stimulent à la sécrétion d’IFN-γ Qa-1 restreint dans un CD8 spécifiques OLP_pool⁺ T Cell Line

1. Déterminer les peptides individuels qui stimulent la OLP_pool spécifiques, sécrétion de Qa-1-restrictred IFN-γ dans un CD8 spécifiques OLP_pool⁺ ligne de cellules T à l’aide de ce qui précède décrit test ELISPOT IFN-γ (concentration finale de chaque peptide individuel utilisé pour le ELISOPT essai est 10 μg/mL). Voir les résultats représentatifs dans la Figure 3.
   NOTE : Un PLO-spécifique, Qa-1-restircted réponse est défini comme une réponse qui soit au moins trois fois de la réponse en présence de C1R. QA-1^b cellules mais sans le PLO. Dans l’étude de MOG OLP, OLP68, OLP96 et OLP105 toutes remplies à ce critère. Par conséquent, tous les trois achats contiennent potentiellement Qa-1 épitopes¹² (Figure 3). Cependant, le OLP105 a systématiquement répondu comme plus fort ; Nous avons donc effectué une analyse détaillée de la OLP105 (Figure 4 et Figure 5)¹².

6. l’identification de l’épitope Qa-1 optimale dans un PLO 15-mer qui stimule la réponse épitope spécifique, Qa-1-accès restreint dans un CD8 spécifiques OLP_pool⁺ T Cell Line

1. Synthétiser des peptides C - et N-terminale tronqué à un PLO 15-mer tel qu’illustré à la Figure 4.
2. Examiner la sécrétion de l’IFN-γ dans un CD8 spécifiques PLO⁺ ligne de cellules T en stimulant le CD8⁺ T cells avec chacun des peptides tronqués ainsi que le PLO parentale 15-mer en présence de C1R ou C1R. QA-1^b des cellules à l’aide de ce qui précède décrit test ELISPOT IFN-γ. La concentration finale de chaque peptide individuel utilisé pour le test ELISPOT est de 10 μg/mL. Un peptide est défini comme l’épitope Qa-1 optimale si le peptide : 1) donne toujours semblable ou plus forte réponse IFN-γ, par rapport à l’original 15-mer peptide, en présence de C1R. Cellules de QA-1^b ; 2) se situe entre 8 - 10-mer (peptide 9-mer préféré) qui sont les longueurs de peptide liés à MHC-I molécules^15,17. Voir les Résultats de représentant à la Figure 5.

Résultats

Conception d’une bibliothèque de PLO couvrant toute la longueur d’une protéine

Partant de l’extrémité N-terminale d’une protéine, chaque peptide est 15 acides aminés (15-mer). Par conséquent, le premier peptide s’étend sur la position 1 à la position 15. N-terminal du second peptide chevauche l’extrémité C-terminale du premier peptide de 11 acides aminés. Par conséquent, le second peptide s’étend sur la ...

Discussion

Ici, nous avons décrit un protocole pour l’analyse des épitopes Qa-1 en une protéine. En ce qui concerne le présent protocole, plusieurs autres stratégies ont également été signalés auparavant. Tout d’abord, allogéniques CD8⁺ des lignées de cellules T et les clones ont été utilisées pour l’identification de la Qdm¹. Deuxièmement, un motif de liaison-1-Qa putatif de l’analyse du Qdm a été utilisé pour l’identification de l’HSP60p216-224 et un épitope-TCRBV8...

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
The protein to be analyzed	N/A	N/A	Sequence of the protein can be obtained from NCBI
Dimethyl sulfoxide (DMSO)	Sigma-Aldrich	Cat#: D2650 SIGMA	DMSO should be sterile and cell culture tested.
Kb-/-Db-/- mice	The Lackson Laboratory	Stock#: 019995	We used Taconic H2-KbH2-Db doube knockout mice (Cat#: 4215-F and 4215-M) which however are not available anymore.
AIM V Serum Free Medium	ThermoFisher Scientific	Cat#: 12055091
2-mercaptoethanol	ThermoFisher Scientific	Cat#: 21985023
Sodium pyruvate	ThermoFisher Scientific	Cat#: 11360070
Nonessential Amino Acids	ThermoFisher Scientific	Cat#: 11140076
Dynabeads CD8 Positive Isolation Kit	ThermoFisher Scientific	Cat#: 11333D
Bio-Gel P-100	Bio-Rad	Cat#: 150-4171
Phoshate Balanced Solution (PBS)	ThermoFisher Scientific	Cat#: 20012027
Trasfer pipette	Globe Scientific	Mfg#: 137238
Murine M-CSF	PeproTech	Cat#: 315-02
48-well tissue culture plates	USA Scientific	Cat#: CC7682-7548
Corning Costar TC-treated Multiple well Plates, 96-well, V-shaped bottom	Sigma-Aldrich	Cat#: Z372129 Sigma
1ml deep 06-well PP plate, sterile	USA Scientific	Item#: 1896-1110
Recombinant murine IL-2	PeproTech	Cat#: 212-12
Recombinant murine IL-7	PeproTech	Cat#L: 217-17
Capture anti-IFN-γ antibody	BD Biosciences	Cat#: 551881
ELISPOT plate	Sigma-Aldrich	Cat#: S2EM004M99
C1R	ATCC	Cat#: ATCC CRL-1993
C1R.Qa-1b			Custom made (GenBank access#: NM_010398.3)
Qa-1 lentiviral vector	GeneCopoeia	Product#: Mm02955
Detection anti-IFN-γ antibody	BD Biosciences	Cat#: 551881
Tween20	Sigma-Aldrich	Cat#: P9416
Streptavidin-HRP	BD Biosciences	Cat#: BD557630
AEC substrate	BD Biosciences	Cat#: 551951
ImmunoSpot Analyzer	ImmunoSpot		Any immunoSpot analyer should work for this purpose.