Séquençage du génome entier pour la caractérisation rapide du virus de la rage à l’aide de la technologie des nanopores

Notre recherche utilise la génomique avancée pour améliorer la surveillance des agents pathogènes dans les pays à revenu faible et intermédiaire. Et cela nous aide à donner aux chercheurs locaux les moyens de répondre à cinq grandes questions : qui, quoi, où, pourquoi et quand. Et cela peut éclairer des solutions pratiques sur le terrain.

Nous utilisons la technologie des nanopores pour décentraliser le séquençage. Sa facilité d’utilisation, sa portabilité et ses coûts moins élevés par rapport aux autres plates-formes le rendent idéal pour les environnements à faibles ressources. Et la capacité de séquencer rapidement à la source de l’échantillon signifie que nous pouvons faire de la surveillance à l’interface entre l’animal et l’homme.

Nous sommes confrontés à des défis pour obtenir des génomes entiers à partir d’échantillons de qualité variable. Souvent, les soumissions provenant de régions éloignées étaient transportées dans de mauvaises conditions d’entreposage. De plus, nous avons une expertise limitée dans les outils bioinformatiques qui seraient utiles à l’interprétation des données.

Donc, ces outils seraient comme MADDOG et drug-V GLUE. Cela pourrait être utilisé pour interpréter les données de manière universelle afin d’aider à initier le contrôle. Nous essayons de démontrer comment ils optimisent le protocole pour des séquences rapides ou pour des séquences génomiques entières de la rage et de voir comment il peut être adapté et utilisé dans les pays à faible revenu pour le séquençage de la rage afin de répondre à différentes questions sur la façon dont elle circule réellement, qu’est-ce qui circule et quand circule-t-elle ?

Et ces informations sont nécessaires pour les stratégies d’élimination de la rage. La surveillance génomique virale est désormais plus accessible. Cependant, les directives pour l’analyse et l’interprétation des données dans le cadre des efforts de contrôle local sont plus limitées.

Notre protocole offre un pipeline de bout en bout, permettant aux scientifiques locaux de disposer de capacités de surveillance de première ligne. Une plus grande disponibilité des génomes viraux et des méthodes d’interprétation de ces données permet aux chercheurs de traduire les connaissances épidémiologiques en informations exploitables pour les ministères ou les programmes de lutte contre les maladies et d’orienter le processus de prise de décision.