פרוטוקול זה הוא דרך פשוטה וישימה עבור סטודנטים לתואר ראשון לערוך מחקר אותנטי שיכול להוביל לתוצאות הניתנות לפרסום. היתרון העיקרי הוא שהתלמידים יכולים לערוך מחקר מקורי בשאלות שהם מחליטים על דעת עצמם. כדי להתחיל, לעשות מפזר תמיסה על ידי כיפוף בזהירות של פיפטה מזכוכית תשעה מיליליטר פסטר בלהבת מבער בונזן ולסגור את פתח הפיפטה.
לאחר מכן אתנול מעקרים את המפיץ לפני כל התפשטות על צלחת פטרי. באמצעות מיקרופיפטר, מניחים 100 מיקרוליטרים של הדילול על מרכז האגר ומתפשטים בעדינות על פני השטח עם המפזר המעוקר. לאחר מכן הניחו בצד את כלי הפטרי המכוסים ותנו לתמיסה להיספג על פני השטח עד לייבוש.
עבור תקופות חשיפה של יותר מ-12 שעות, הוסיפו 50 מיקרוליטרים של תרבית לילה של Escherichia coli ללוחות לפני הוספת הנמטודות, בעוד שלניסויים חריפים של 12 שעות או פחות, אין צורך ב-E.coli על הלוחות. באמצעות מיקרופיפט, מניחים מיליליטר אחד של מים סטריליים על צלחת הנמטודות. לאחר מכן, סובבו את המים כדי להרים את הנמטודות, ואז הסירו את הנוזל עם הנמטודות לצינור מיקרופוג' של 1.5 מיליליטר.
לאחר 10 דקות, כאשר הנמטודות התיישבו על ידי כוח הכבידה, להסיר בזהירות לפחות 500 microliters של המים ולהשליך. לאחר מכן משחזרים את הנמטודות, ובאמצעות קצה פיפטה צהוב מנותק, מסירים 50 עד 100 מיקרוליטרים של תולעים תלויות לכל צלחת טיפול, מה שמבטיח שלכל צלחת יש לפחות 10 תולעים בוגרות. הכינו שתי שקופיות על ידי הצבת פיסת נייר דבק רק בצד אחד של המגלשה כדי ליצור כרית בעובי אחיד, ולאחר מכן הניחו שקופית נקייה שאינה בשימוש ביניהן על הספסל.
מניחים טיפה של 10 מיקרוליטר של אגרוז מומס על מרכז המגלשה באמצעות מיקרופיפטר. לאחר מכן שטחו את הטיפה על ידי הצבת מגלשה נקייה נוספת על הניצב העליון למגלשה עם הטיפה והפעילו לחץ כך שטיפת האגרוז תיצור את עובי סרט הסימון. לאחר מכן, הפעילו לחץ קבוע כדי להפריד בין שתי השקופיות.
לאחר מכן הניחו את המגלשה הזו עם צד האגר למעלה על הספסל ותנו לו להתייבש במשך דקה עד שתיים דקות לפני השימוש. כדי להוסיף נמטודות של המגלשה המוכנה עם כרית האגרוז, הוסיפו טיפת מים של חמישה מיקרוליטרים המכילה נתרן אזיד טוחן אחד למשטח האגר, אשר ימריד את התולעים ויגייס אותן. לאחר מכן מעבירים ב-10 נמטודות לכל שקופית טיפול לטיפה באמצעות פיק תולעים, אותו יש לעקר לפני ואחרי העברת הנמטודות.
לאחר מכן, הוסיפו כיסוי באמצעות מלקחיים על ידי הצבתו בזווית והורדתו באיטיות. לאחר מכן, הניחו את התושבת הרטובה המוכנה על מיקרוסקופ פלואורסצנטי כדי לצפות בתולעים תחילה תחת הגדלה וניגודיות פאזה של פי 10, ולאחר מכן תחת הגדלה של פי 40 עם ניגודיות פאזה ותאורה פלואורסצנטית. הניחו תושבת רטובה אחת בכל פעם על שלב המיקרוסקופ והקפידו על מקומם באמצעות קליפסים של שלב המיקרוסקופ, ואז התחילו לצפות בתושבות הרטובות עם מטרת ההגדלה הנמוכה ביותר, שהיא בדרך כלל פי 10 והשתמשו בשדה בהיר או בניגוד פאזה כדי לדמיין ולהתמקד בנמטודות.
ברגע שנמטודה ממוקמת בשדה הראייה, התמקדו בה באמצעות ידית המיקוד העדינה במיקרוסקופ, ואז החליפו את התאורה לפלואורסצנציה על ידי סיבוב החוגה והפנו את האור למצלמה כדי ללכוד את התמונות הדיגיטליות. לאחר מכן, התאימו את התאורה באמצעות תוכנת ההדמיה כך שהנוירונים יהיו מוארים בבהירות, אך לא רוויים יתר על המידה. בשלב מסוים, קבל תמונה נפרדת של סרגל באותה הגדלה כמו תמונות התא כדי לספק סולם הגדלה עבור הדמות שלהם.
ההשפעות של מנגן המכיל חומרי הדברה על מורפולוגיה של נוירוני דופמין באמצעות זן שבו נוירוני דופמין ביטאו GFP נחקרו והראו אות בהיר. עם זאת, האות הפלואורסצנטי מלבין אם הנוירונים נחשפים לאור לפרקי זמן ארוכים. הליך זה יכול להיות חלק מפרויקט מונחה תלמידים רב-שבועי שיכול לכלול גם נתונים התנהגותיים או אחרים.
