이 작품은 부분 NIH 교부금 R01 A1064826-01, U19 AI062627-01, NO1-HHSN26600500032C (SM까지)에서 지원됩니다. 우리는 원고의 비판적 검토, 논의와 기술적 도움 티나 히틀러를 저희 연구실 구성원 감사드립니다. 우리는 바이러스 문화와 PCR을위한 데이비드 비나, 밀워키 보건국 실험실을 감사드립니다.

<ol>
	<li>Hirst, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+agglutination+of+red+cells+by+allantoic+fluid+of+chick+embryos+infected+with+influenza+virus.">The agglutination of red cells by allantoic fluid of chick embryos infected with influenza virus.</a> Science. 94, 22-23 (1941).</li><li>Jonsson, N., Gullberg, M., Lindberg, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+polymerase+chain+reaction+as+a+rapid+and+efficient+alternative+to+estimation+of+picornavirus+titers+by+tissue+culture+infectious+dose+50%+or+plaque+forming+units.">Real-time polymerase chain reaction as a rapid and efficient alternative to estimation of picornavirus titers by tissue culture infectious dose 50% or plaque forming units.</a> Microbiol. Immunol. 53, 149-154 (2009).</li><li>Kalter, S. 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우리는 공개 할게 없다.

동남 아시아에서 조류 독감과 돼지 독감 유행병의 세계적 공포의 최근 전염병 발생은 공중 보건과 안전에 대한 커다란 우려를 부과. 중요한 초점은 인플루엔자 바이러스의 기존 및 새로운 변종을위한 백신을 발전 전념하고있다. 정확한 감지하고 정확한 바이러스 titer의 계산을위한 신속한 높은 처리량 기술의 가용성은 대단히 치료를 향상됩니다. 바이러스 titer를 계산하기 위해 사용된 가장 일반적으로 사용되는 기법은 플라크 형성과 독감 hemagglutination의 assays를 포함합니다. 플라크 형성 검정 처음으로 박테리오 파지 titers을 추정하기 위해 개발되었으며, 동물의 바이러스성 titers에게 4 계산할 Renato Dulbecco에 의해 채택되었습니다. 이러한 분석을 수행하려면 6 - 잘 접시에 인플루엔자 주식이나 BAL 유체와 같은 동물 표본의 10 배 dilutions이 준비되며 0.1 ML aliquots는 MDCK 세포 단일층에 주사한다. 바이러스는 광고 뒤에 MDCK 세포에 adsorb 할 수 있습니다영양 매체와 아가로 오스의 dition. 배양하는 동안, 원래 감염된 세포는 이웃 세포에게 전염 바이러스 자손을 풀어주고있다. 독감 바이러스 감염의 cytopathogenic 효과 상패 불리는 감염된 세포의 원형 영역을 생산하고 있습니다. 각 플라크는 아마도 바이러스의 복제를 다음 단일 바이러스 입자와 단일 세포의 감염 후에 형성된다. 살아있는 세포와 plaques 사이의 대비 같은 크리스탈 바이올렛 등 염료에 의해 향상될 수 있습니다. 이 분석의 주요 단점은 재현성과 실험 사이 거대한 변화의 부족이다. 인플루엔자 바이러스 titer를 결정하는 데 사용되는 또 다른 분석은 hemagglutination 분석이다. 인플루엔자 바이러스의 표면에 적혈구응집소 단백질 선물 효율적으로 포유류와 조류 적혈구 1 N-acetylneuraminic 초산 함유 단백질에 바인딩합니다. 인플루엔자 바이러스와 적혈구 간의 이러한 상호 작용은 격자의 형태로 응집이 생깁니다. 리터응집의 거시기는 테스트 표본에서 인플루엔자 바이러스의 titer를 추정하는 데 사용됩니다. 적혈구 응집 분석은 알려진 바이러스의 적정을 결정하기 위해서만 사용되며, 스트레인 식별 목적으로 사용할 수 없습니다. 이 분석은 실제와 죽은 바이러스를 구분하지 않기 때문에, 그것은 바이러스 titers의 정확한 계산을 얻기 어렵습니다. 인플루엔자 감염 현재 임상 진단은 serologic 검사, 중합 효소 사슬 반응, 직접 표본 immunofluorescence 및 세포 배양 1,6를 기준으로합니다. 새로운 방법은 또한 임상 및 실험실 진단 잠재력을 가지고 여기에 설명했다. 인플루엔자 검출 키트 Directigen 독감 등 핵 단백질 7으로 바이러스 항원을 검출하기 위해 (BD Biosciences, 산호세, 캘리포니아)과 BinaxNow (Binax 주식 회사, 스카, ME) 사용 immunochromatography 분석. , 바이러스 감지 이러한 키트를 사용하면 15 분 이내에 달성될 수 있지만, 모든 부정적인 샘플이 더들 있어야세포 배양 방법으로 creened. 각종 연구는 또한 감염이 약한 또는 8 낮았다 특히이 키트의 낮은 감도를,보고했습니다. 우리의 방법에서 우리는 지속적으로 바이러스의 낮은 100 등 PFU을 감지. 이것은 감염이 약한 경우에도 우리의 기술은, 임상 샘플에서 H1N1 바이러스를 검출에 유용합니다 제안합니다. 중 nasopharyngeal 대기음의 표본 직접 분석 않았거나 바이러스 증식 및 후속 분석 9 감염될 세포 단일층에 주사 곳 - 바이러스 항원을 감지하는 형광 기반의 방법은,보고되었습니다. 그러나 이러한 방법은 진단 목적으로 제한 및 바이러스 titer 계산에 적합하지 않습니다. Q-PCR은 RNA 바이러스의 존재를 파악하는 데 도움과 실시간 바이러스의 감염을 추정하지 않습니다. 이러한 assays에 비해 IR 염료 기반의 분석 시스템은 임상 및 실험실 표본의 탐지 및 바이러스 titer 열거에 도움이 될 것입니다. 독감 발발 경우에는 그렇지짧은 기간 동안 견본의 수천을 진단하는 것이 중요합니다. 384 잘 플레이트와 적외선 스캐너를 기반으로 우리의 방법은 그러므로 다른 직접적인 형광등 방식에 비해 큰 이점을 제공 시간 (&gt; 2,000 샘플)에 6 접시를 스캔할 수 있습니다. 임상 견본의 수천의 빠른 처리 타당성은 분석 시간과 비용을 테스트 변화, 길이를 줄일 수 있습니다. M2 특정 항체의 사용은 H와 N 단백질의 변형 차이 독립적이라는 장점을 제공합니다. M2-단백질은 상대적으로 인간을 감염 대부분의 인플루엔자 변종에 보존되어있다. 순환 얼룩 특정 항체는 저희 시스템과 결합하는 경우에는 하나는 바이러스의 두 titer를 측정하고 긴장을 식별할 수 있습니다. M2는 Amantadine 같은 약물의 대상이기 때문에 그러나, 돌연변이 여기에 사용되는 mAb에 대한 바인딩 사이트를 바꿀 수 있었 발생할 수 있습니다. 이것은이 약물에 의해 치료되고 개인이 시스템에 대한 잠재적인 제한 사항을 나타냅니다. 복수assays는 테스트 샘플에서 인플루엔자 titers를 열거하는 데 사용됩니다. 바이러스 titer, 50 %의 조직 문화가 전염성 선량 (TCID 50) 계란 allantoic 유체 기반 assays를 계산하기 위해서는 널리 1,10를 사용합니다. 그러나 여러 일 요구 사항은 이러한 방법이 덜 안정적인합니다. 또한, 이러한 방법에 plaques의 수가 50 %의 변화를 기반으로 계산이 정확한 이론 있지만 바이러스 titrations를 제공합니다. assays를 형성 상패가 96시간 이내에 수행할 수 있으나, 재현성의 부족 바이러스 titer 계산에서 주요 관심사입니다. 여기에 설명된 현재의 기술은 몇 가지 뚜렷한 장점이 있습니다. 첫째, 일관성있는 결과와 높은 재현성 기술입니다. 둘째, 바이러스 titer의 계산은 정의된 표준 곡선 비교되는 형광 강도의 간단한 부량 기준으로 산정됩니다. 셋째, 두 개 이상의 일차 항체는 주어진 샘플에서 여러 serotypes를 진단하는 데 사용할 수 있습니다. 또한 IR 염료 복합 항체가 미소를알 autofluorescence하며 세포 이미징 11 사용되었습니다. 높은 양자 항복 내생 fluorophores의 존재로 인해 높은 휴대 autofluorescence의 자외선이나 방사선 영상 (300-600 nm의) 결과입니다. 이들은 방향족 아미노산, 사러가 - 안료, pyridinic 세포핵 (NADPH), 엘라스틴, 콜라겐과 플라 빈의 coenzymes을 포함합니다. 세포의 이러한 본질적인 속성은 프로브는 특정 단백질의 표현을 수치로 어렵게 방사선 이러한 소스를 활용할 수 있습니다. 반면, 가까운 적외선 염료는 자극과 670-1000 nm의 사이에 내보냅니다. 많은 호스트 세포 분자와 polyaromatic 탄화 수소는이 파장에 자극 및 감소 광 산란으로 인해 매우 낮은 배경 형광을 방출하지 않습니다. 또한, 배경과 구체적인 탐지 사이의 창이 크게 부근-IR fluorophores의 높은 흡광 계수에 의해 향상됩니다. Photostability, 우수한 신호 대 노이즈 비율은 바이러스 titers의 부량에 매우 적합합니다. microfl 사용uidic 챔버 스는 로봇 제어를 통해 심사 과정을 자동화합니다, 그리고 우리가 쉽게 높은 전염성 임상 샘플을 테스트할 수있다. 따라서 이러한 메서드에 가까운 적외선 염료의 활용은 조직 샘플에서 바이러스 titers를 열거할 수 이상과 높은 신뢰성이다.

<table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> 소의 혈청 알부민 </td><td> 애틀랜타 체액 </td><td> S11750 </td><td></td></tr><tr><td> PR8 바이러스 </td><td></td><td></td><td> 닥터 토마스 M 모란에서 </td></tr><tr><td> 염소 항 마우스 IRDye @ 800 </td><td> LI-COR biosciences </td><td> 926-32210 </td><td> 1:200 희석 </td></tr><tr><td> LI-COR 오디세이 IR 스캐너 </td><td> LI-COR-biosciences </td><td> 9201-01 </td><td></td></tr><tr><td> 384 우물 평면 바닥 플레이트 </td><td> Nalge Nunc 인터내셔널 </td><td> 164,730 </td><td></td></tr><tr><td> 96 우물 평면 바닥 플레이트 </td><td> Nalge Nunc 인터내셔널 </td><td> 165,305 </td><td></td></tr><tr><td> DMEM 배지 </td><td> Invitrogen </td><td> 11965126 </td><td></td></tr><tr><td> RPMI 배지 </td><td> Invitrogen </td><td> 11875135 </td><td></td></tr><tr><td> 나트륨 중탄산염 </td><td> Invitrogen </td><td> 25,080 </td><td></td></tr><tr><td> L-글루타민 100x </td><td> Invitrogen </td><td> 25,030 </td><td></td></tr><tr><td> Trypson-EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산) </td><td> Invitrogen </td><td> R001100 </td><td></td></tr><tr><td> 나트륨 Pyruvate </td><td> Invitrogen </td><td> 11360070 </td><td></td></tr><tr><td> 반 (反) M-2 항체 </td><td></td><td></td><td> 닥터 토마스 M 모란에서 </td></tr><tr><td> 안티 NP mAb </td><td> CDC </td><td> V2S2208 </td><td> MTA로 획득 </td></tr></tbody></table>

high-throughput detection method for influenza virus

인플루엔자 바이러스는 세계의 여러 지역에서 병적 상태와 사망률 매년 높은 학위를 일으키는 호흡기 병원체이다. 따라서 임상 샘플 방대한 숫자의 감염 변형 및 신속한 높은 처리량 검사의 정확한 진단 유행성 감염의 확산을 제어할 답해야 해요. 인플루엔자 감염 현재 임상 진단은 serologic 검사, 중합 효소 사슬 반응, 직접 표본 immunofluorescence 및 세포 배양 1,2를 기준으로합니다. 여기서는 라이브 인플루엔자 바이러스를 검색하는 데 사용 소설 진단 기술의 발전을보고합니다. 우리는 MDCK 세포에게 4를 사용하여이 기술의 효능을 테스트하는 마우스 적응 인간 A/PR/8/34 (PR8, H1N1) 바이러스 3 사용됩니다. MDCK 세포는 (물론 지당 10 4 ~ 5 × 10 3) 96에서 배양해 있었다 - 또는 PR8 및 바이러스성 단백질에 감염된 384 잘 접시는 IR 염료 복합 초에 의해 안티 M2 다음을 사용하여 발견되었습니다ondary 항체. M2 5 적혈구응집소 1은 다양한 진단 assays에 사용되는 두 가지 주요 마커 단백질입니다. 채용 IR-염료 복합 이차 항체는 다른 형광 염료와 관련된 autofluorescence을 최소화. 안티 M2 항체의 사용은 우리가 바이러스 수량의 직접적인 메트 릭으로 항원에 특정한 형광 강도를 사용하도록 허용했다. 형광 강도를 열거하기 위해 우리는 LI-COR 오디세이 기반 적외선 스캐너를 사용했습니다. 이 시스템은 fluorophores을 파악하고 배경 잡음에서 그들을 차별화하기 위해 두 채널의 레이저 기반 적외선 탐지를 사용합니다. 첫 번째 채널은 680 nm의에서 흥분과 배경을 계량하기 위해 700 nm의에서 방출. 두 번째 채널은 780 nm의에서 fluorophores 그 자극을 감지 및 800 nm의에서 내보냅니다. 적외선 스캐너의 PR8에 감염된 MDCK 세포 검사는 바이러스 titer 종속 밝은 형광을 지적했다. 10 2 -10 5 PFU부터 바이러스 titer에 대한 형광 강도의 긍정적인 상관 관계가 사기꾼이 될 수도sistently 관찰했다. 10 2 -10 3 PFU PR8 바이러스성 titers는 거의 적외선 염료의 높은 감도를 보여주지만, 최소한의 감지 양성 지속적으로 본. 신호 대 잡음 비율 모의 - 감염된 또는 isotype 항체 - 대우 MDCK 세포를 비교하여 결정되었다. 96에서 형광 강도를 사용하여 - 또는 384 - 잘 플레이트 형식을, 우리는 표준 적정 곡선을 잽니다. 두 번째 변수는 형광 강도가있는 동안이 계산에서 첫 번째 변수는 바이러스 titer입니다. 따라서 바이러스 titers와 형광 농도 사이의 다항식 관계를 결정하는 곡선 맞춤을 생성하는 지수 분포를 사용했습니다. 집단적으로, 우리는 IR 염료 기반의 단백질 검출 시스템은 바이러스 변종에 감염 진단하고 정확하게 감염 병원체의 titer를 열거할 수 있습니다 결론.

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High-throughput Detection Method for Influenza Virus

이 방법은 높은 감도에 감염된 생쥐들의 bronchioalveolar 세척 (BAL) 유체에서 H1N1의 탐지를위한 적외선 염료 기반 이미징 시스템의 사용을 설명합니다. 이 방법론은 96에서 수행할 수 있습니다 - 또는 판 384 자, 시험 물질 &lt;10 μl 볼륨이 필요하고 여러 병원체의 동시 상영을위한 잠재력을 가지고 있습니다.

인플루엔자 바이러스에 대한 높은 처리량 검출 방법

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

high-throughput-detection-method-for-influenza-virus

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

26.0K 조회수.  Blood Research Institute. 이 방법은 높은 감도에 감염된 생쥐들의 bronchioalveolar 세척 (BAL) 유체에서 H1N1의 탐지를위한 적외선 염료 기반 이미징 시스템의 사용을 설명합니다. 이 방법론은 96에서 수행할 수 있습니다 - 또는 판 384 자, 시험 물질 

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Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally established in 1999 1,2 plasmid-based reverse genetic techniques to generate recombinant viruses have revolutionized the influenza research field because specific questions have been answered by genetically engineered, infectious, recombinant influenza viruses. Such studies include virus replication, function of viral proteins, the contribution of specific mutations in viral proteins in viral replication and/or pathogenesis and, also, viral vectors using recombinant influenza viruses expressing foreign proteins 3.

Rescue of influenza A viruses from plasmid DNA is a basic and essential experimental technique that allows influenza researchers to generate recombinant viruses to study multiple aspects in the biology of influenza virus, and to be used as potential vectors or vaccines.

플라스미드 DNA의 재조합 독감 바이러스의 생성

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

연구

면역학 및 감염병학

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of infection with influenza virus alone. Instead, most individuals are thought to have succumbed to a secondary bacterial infection, predominately caused by the bacterium Streptococcus pneumoniae (the pneumococcus). The synergistic relationship between infections caused by influenza virus and the pneumococcus has subsequently been observed during the 1957 Asian influenza virus pandemic, as well as during seasonal outbreaks of the virus (reviewed in 1, 2). Here, we describe a protocol used to investigate the mechanism(s) that may be involved in increased morbidity as a result of concurrent influenza A virus and S. pneumoniae infection. We have developed an infant murine model to reliably and reproducibly demonstrate the effects of influenza virus infection of mice colonised with S. pneumoniae. Using this protocol, we have provided the first insight into the kinetics of pneumococcal transmission between co-housed, neonatal mice using in vivo imaging 3.

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

A concurrent infection with influenza A virus is one of the factors implicated in the induction of invasive pneumococcal disease during asymptomatic Streptococcus pneumoniae carriage. Here we describe a mixed infection method using infant mice to investigate the synergism between these two respiratory pathogens.

사이 Synergism을 맡은 이후로 발광 생물 이미징을 사용하여 연쇄상 구균 pneumoniae</em유아 마우스에서>와 인플루엔자 바이러스

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5 For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus have been demonstrated.6-11 The identification and subtyping of influenza on DNA microarrays has applications in both public health and the clinic for early detection, rapid intervention, and minimizing the impact of an influenza pandemic. Traditional fluorescence is currently the most commonly used microarray detection method. However, as microarray technology progresses towards clinical use,1 replacing expensive instrumentation with low cost detection technology exhibiting similar performance characteristics to fluorescence will make microarray assays more attractive and cost-effective.
The ampliPHOX colorimetric detection technology is intended for research applications, and has a limit of detection within one order of magnitude of traditional fluorescence11, with a main advantage being an approximate ten-fold lower instrument cost compared to the confocal microarray scanners required for fluorescence microarray detection. Another advantage is the compact size of the instrument which allows for portability and flexibility, unlike traditional fluorescence instruments. Because the polymerization technology is not as inherently linear as fluorescence detection, however, it is best suited for lower density microarray applications in which a yes/no answer for the presence of a certain sequence is desired, such as for pathogen detection arrays. Currently the maximum spot density compatible with ampliPHOX detection is &tilde;1800 spots/array. Because of the spot density limitations, higher density microarrays are not suitable for ampliPHOX detection.
Here, we present ampliPHOX colorimetric detection technology as a method of signal amplification on a low density microarray developed for the detection and characterization of influenza viruses (FluChip). Although this protocol uses the FluChip (a DNA microarray) as one specific application of ampliPHOX detection, any microarray incorporating biotinylated target can be labeled and detected in a similar manner. The microarray design and biotinylation of the target to be captured are the responsibility of the user. Once the biotinylated target has been captured on the array, ampliPHOX detection can be performed by first tagging the array with a streptavidin-label conjugate (ampliTAG). Upon light exposure using the ampliPHOX Reader instrument, polymerization of a monomer solution (ampliPHY) occurs only in regions containing ampliTAG-labeled targets. The polymer formed can be subsequently stained with a non-toxic solution to improve visual contrast, followed by imaging and analysis using a simple software package (ampliVIEW). The entire FluChip assay from un-extracted sample to result can be performed in about 6 hours, and the ampliPHOX detection steps described above can be completed in about 30 min.

ampliPHOX colorimetric detection technology is presented as an inexpensive alternative to fluorescence detection for microarrays. Based on photopolymerization, ampliPHOX produces solid polymer spots visible to the naked eye in just a few minutes. Results are then imaged and automatically interpreted with a simple yet powerful software package.

인플루엔자에의 DNA Microarray에 ampliPHOX Colorimetric 검색

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous emergence of new influenza virus strains due to mutation and re-assortment complicates the control of the virus and necessitates the permanent development of novel drugs and vaccines. The laboratory-based study of influenza requires a reliable and cost-effective method for the propagation of the virus. Here, a comprehensive protocol is provided for influenza A virus propagation in fertile chicken eggs, which consistently yields high titer viral stocks. In brief, serum pathogen-free (SPF) fertilized chicken eggs are incubated at 37 &#176;C and 55-60% humidity for 10 &#8211; 11 days. Over this period, embryo development can be easily monitored using an egg candler. Virus inoculation is carried out by injection of virus stock into the allantoic cavity using a needle. After 2 days of incubation at 37 &#176;C, the eggs are chilled for at least 4 hr at 4 &#176;C. The eggshell above the air sac and the chorioallantoic membrane are then carefully opened, and the allantoic fluid containing the virus is harvested. The fluid is cleared from debris by centrifugation, aliquoted and transferred to -80 &#176;C for long-term storage. The large amount (5-10 ml of virus-containing fluid per egg) and high virus titer which is usually achieved with this protocol has made the usage of eggs for virus preparation our favorable method, in particular for in vitro studies which require large quantities of virus in which high dosages of the same virus stock are needed.

Fertile chicken eggs are widely used to produce large amounts of human influenza A virus as they provide a convenient and cost-effective system to prove high yields of virus.

인간 백신 닭 계란에 인플루엔자 바이러스 전파

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and new strains are continually emerging. Swine are able to be infected by diverse lineages of influenza A virus making them important hosts for the emergence and maintenance of novel influenza A virus strains. Sampling pigs in diverse settings such as commercial swine farms, agricultural fairs, and live animal markets is important to provide a comprehensive view of currently circulating IAV strains. The current gold-standard ante-mortem sampling technique (i.e. collection of nasal swabs) is labor intensive because it requires physical restraint of the pigs. Nasal wipes involve rubbing a piece of fabric across the snout of the pig with minimal to no restraint of the animal. The nasal wipe procedure is simple to perform and does not require personnel with professional veterinary or animal handling training. While slightly less sensitive than nasal swabs, virus detection and isolation rates are adequate to make nasal wipes a viable alternative for sampling individual pigs when low stress sampling methods are required. The proceeding protocol outlines the steps needed to collect a viable nasal wipe from an individual pig.

The authors present a protocol to collect swine nasal wipes to detect and isolate influenza A viruses.

돼지에서 인플루엔자 바이러스 탐지 및 격리를위한 코 닦음

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus (IAV), virus fusion with the endosomal membrane as well as the subsequent disassembly of the viral capsid, called uncoating, is governed by the ionic conditions inside endocytic vesicles. The early steps in the virus life cycle are hard to study because endosomes cannot be directly accessed experimentally, creating the need for an in vitro approach. Here, we describe a method based on velocity gradient centrifugation of purified virions through a two-layer glycerol gradient, which enables analysis of the IAV core and its stability. The gradient contains a non-ionic detergent (NP-40) in its lower layer to remove the viral membrane by solubilization as the virus sediments toward the bottom. At neutral pH, viral cores are pelleted as stable structures. The major core components, matrix protein (M1) and the viral ribonucleoproteins (vRNPs), can be clearly identified in the pellet fraction by SDS-PAGE. Decreasing the pH to 6.0 or lower in the bottom layer selectively removes M1 from the pellet followed by release of vRNPs at more acidic conditions. Viral protein bands on Coomassie-stained gels can be subjected to densitometric quantification to monitor intermediate states of IAV disassembly. Besides pH, other factors that influence viral core stability can be assessed, such as salt concentration and putative viral uncoating factors, simply by modifying the detergent-containing glycerol layer accordingly. Taken together, the presented technique allows highly reproducible and quantitative analysis of viral uncoating in vitro. It can be applied to other enveloped viruses that undergo complex uncoating processes.

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

Disassembly of influenza A virus cores during virus entry into host cells is a multistep process. We describe an in vitro method to analyze the early stages of viral uncoating. In this approach, velocity gradient centrifugation is used to biochemically dissect the steps that initiate uncoating under defined conditions.

그라데이션 원심 분리에 의해 인플루엔자 A 바이러스 캡시드의 생체 외 분해에

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR

Nanoliter scale real-time PCR uses spatial multiplexing to allow multiple assays to be run in parallel on a single plate without the typical drawbacks of combining reactions together. We designed and evaluated a panel based on this principle to rapidly identify the presence of common disease agents in dogs and horses with acute respiratory illness. This manuscript describes a nanoscale diagnostic PCR workflow for sample preparation, amplification, and analysis of target pathogen sequences, focusing on procedures that are different from microliter scale reactions. In the respiratory panel presented, 18 assays were each set up in triplicate, accommodating up to 48 samples per plate. A universal extraction and pre-amplification workflow was optimized for high-throughput sample preparation to accommodate multiple matrices and DNA and RNA based pathogens. Representative data are presented for one RNA target (influenza A matrix) and one DNA target (equine herpesvirus 1). The ability to quickly and accurately test for a comprehensive, syndrome-based group of pathogens is a valuable tool for improving efficiency and ergonomics of diagnostic testing and for acute respiratory disease diagnosis and management.

High-throughput testing of DNA and RNA based pathogens by nanoscale PCR is described using a syndromic canine and equine respiratory PCR panel.

나노 PCR에 의한 동물 표본의 호흡기 병원체의 높은 처리량 검출

Nanoliter scale real-time PCR uses spatial multiplexing to allow multiple assays to be run in parallel on a single plate without the typical drawbacks of ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone considering direct medical and hospitalization expenses and work absenteeism2. Animal models are crucial in Influenza A virus (IAV) studies to evaluate viral pathogenesis, host-pathogen interactions, immune responses, and the efficacy of current and/or novel vaccine approaches as well as antivirals. Mice are an advantageous small animal model because their immune system is evolutionarily similar to that found in humans, they are available from commercial vendors as genetically identical subjects, there are multiple strains that can be exploited to evaluate the genetic basis of infections, and they are relatively inexpensive and easy to manipulate. To recapitulate IAV infection in humans via the airways, mice are first anesthetized prior to intranasal inoculation with infectious IAVs under proper biosafety containment. After infection, the pathogenesis of IAVs is determined by monitoring daily the morbidity (body weight loss) and mortality (survival) rate. In addition, viral pathogenesis can also be evaluated by assessing virus replication in the upper (nasal mucosa) or lower (lungs) respiratory tract of infected mice. Humoral responses upon IAV infection can be rapidly evaluated by non-invasive bleeding and secondary antibody detection assays aimed at detecting the presence of total or neutralizing antibodies. Here, we describe the common methods used to infect mice intranasally (i.n) with IAV and evaluate pathogenesis, humoral immune responses and protection efficacy.

Influenza A viruses (IAVs) are important human respiratory pathogens. To understand the pathogenicity of IAVs and to perform preclinical testing of novel vaccine approaches, animal models mimicking human physiology are required. Here, we describe techniques to evaluate IAV pathogenesis, humoral responses and vaccine efficacy using a mouse model of infection.

감염 마우스 모델에서 인플루엔자 A 바이러스 연구

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...

Generation of Escape Variants of Neutralizing Influenza Virus Monoclonal Antibodies

Influenza viruses exhibit a remarkable ability to adapt and evade the host immune response. One way is through antigenic changes that occur on the surface glycoproteins of the virus. The generation of escape variants is a powerful method in elucidating how viruses escape immune detection and in identifying critical residues required for antibody binding. Here, we describe a protocol on how to generate influenza A virus escape variants by utilizing human or murine monoclonal antibodies (mAbs) directed against the viral hemagglutinin (HA). With the use of our technique, we previously characterized critical residues required for the binding of antibodies targeting either the head or stalk of the novel avian H7N9 HA. The protocol can be easily adapted for other virus systems. Analyses of escape variants are important for modeling antigenic drift, determining single nucleotide polymorphisms (SNPs) conferring resistance and virus fitness, and in the designing of vaccines and/or therapeutics.

We describe a method by which we identify critical residues required for the binding of human or murine monoclonal antibodies that target the viral hemagglutinin of influenza A viruses. The protocol can be adapted to other virus surface glycoproteins and their corresponding neutralizing antibodies.

인플루엔자 바이러스 단일 클론 항 체를 중화의 탈출 변종의 생성

Influenza viruses exhibit a remarkable ability to adapt and evade the host immune response. One way is through antigenic changes that occur on the surface ...

Rapid, Safe, and Simple Manual Bedside Nucleic Acid Extraction for the Detection of Virus in Whole Blood Samples

The rapid diagnosis of an infection is essential for the outbreak management, risk containment, and patient care. We have previously shown a method for the rapid bedside inactivation of the Ebola virus during blood sampling for safe nucleic acid (NA) tests by adding a commercial lysis/binding buffer directly into the vacuum blood collection tubes. Using this bedside inactivation approach, we have developed a safe, rapid, and simplified bedside NA extraction method for the subsequent detection of a virus in lysis/binding buffer-inactivated whole blood. The NA extraction is directly performed in the blood collection tubes and requires no equipment or electricity. 
After the blood is collected into the lysis/binding buffer, the contents are mixed by flipping the tube by hand, and the mixture is incubated for 20 min at room temperature. Magnetic glass particles (MGPs) are added to the tube, and the contents are mixed by flipping the collection tube by hand. The MGPs are then collected on the side of the blood collection tube using a magnetic holder or a magnet and a rubber band. The MGPs are washed three times, and after the addition of elution buffer directly into the collection tube, the NAs are ready for NA tests, such as qPCR or isothermal loop amplification (LAMP), without the removal of the MGPs from the reaction. The NA extraction method is not dependent on any laboratory facilities and can easily be used anywhere (e.g., in field hospitals and hospital isolation wards). When this NA extraction method is combined with LAMP and a portable instrument, a diagnosis can be obtained within 40 min of the blood collection.

Here, we present a protocol for the rapid virus nucleic acid extraction from the virus-inactivated whole blood. The extraction is performed directly in the blood collection tubes and requires no equipment or electricity. The method is not dependent on laboratory facilities and can be used anywhere (e.g., in field hospitals).

전체 혈액 샘플에서 바이러스의 검출, 안전, 신속 하 고 간단한 수동 침대 핵 산 추출

The rapid diagnosis of an infection is essential for the outbreak management, risk containment, and patient care. We have previously shown a method for ...