A amplificação de oncogenes é um fator crítico de câncer. A caracterização citogenética em amostras FFPE é uma maneira econômica de estudar a amplificação de oncogenes. Apresentamos instruções robustas e abrangentes para investigar amplificação de genes focais e amostras de FFPE.
Ao examinar o padrão de sinal FISH, torna-se inequivocamente claro se e como um locus gênico é amplificado. Oncogenes amplificados como DNA cromossômico extra são prevalentes no câncer humano, como câncer de pulmão, mama e cérebro. O sequenciamento do genoma completo e o FISH são os métodos mais amplamente utilizados para detectar DNA extracromossômico.
A aplicação de FISH a tecidos FFPE é um desafio porque os artefatos de reticulação e a autofluorescência de fundo geralmente prejudicam a qualidade dos dados. Nosso protocolo inclui procedimentos otimizados, incluindo extração e digestão de proteínas, técnicas de desnaturação por calor e extinção de autofluorescência para melhorar a qualidade dos dados durante o FISH em amostras FFPE, o que fornecerá informações valiosas sobre a progressão do câncer em pacientes. Estudaremos as funções moleculares do DNA extracromossômico e como as células cancerígenas mantêm o DNA extracromossômico.
Em última análise, pretendemos eliminá-los para tratar o câncer.
