Rilevamento robusto dell'amplificazione genica in campioni inclusi in paraffina fissati in formalina mediante ibridazione in situ a fluorescenza

L'amplificazione degli oncogeni è un fattore critico del cancro. La caratterizzazione citogenetica su campioni di FFPE è un modo economico per studiare l'amplificazione dell'oncogene. Presentiamo istruzioni solide e complete per lo studio dell'amplificazione genica focale e dei campioni FFPE.

Esaminando il modello di segnale FISH, diventa inequivocabilmente chiaro se e come un locus genico viene amplificato. Si è scoperto che gli oncogeni amplificati come DNA cromosomico extra sono prevalenti nel cancro umano, come il cancro ai polmoni, al seno e al cervello. Il sequenziamento dell'intero genoma e la FISH sono i metodi più utilizzati per rilevare il DNA extracromosomico.

L'applicazione della FISH ai tessuti FFPE è impegnativa perché gli artefatti di reticolazione e l'autofluorescenza di fondo spesso minano la qualità dei dati. Il nostro protocollo include procedure ottimizzate, tra cui l'estrazione e la digestione delle proteine, la denaturazione a caldo e le tecniche di estinzione in autofluorescenza per migliorare la qualità dei dati durante la FISH su campioni FFPE, che forniranno preziose informazioni sulla progressione del cancro nei pazienti. Studieremo le funzioni molecolari del DNA extracromosomico e come le cellule tumorali mantengono il DNA extracromosomico.

In definitiva, miriamo a eliminarli per curare il cancro.