Détection robuste de l’amplification génique dans des échantillons fixés au formol et inclus dans de la paraffine par hybridation in situ en fluorescence

L’amplification oncogène est un facteur critique du cancer. La caractérisation cytogénétique sur des échantillons FFPE est un moyen rentable d’étudier l’amplification des oncogènes. Nous présentons des instructions robustes et complètes pour l’étude de l’amplification des gènes focaux et des échantillons FFPE.

En examinant le modèle de signal FISH, il devient clair sans équivoque si et comment un locus de gène est amplifié. Les oncogènes amplifiés sous forme d’ADN extrachromosomique sont répandus dans le cancer humain, comme le cancer du poumon, du sein et du cerveau. Le séquençage du génome entier et le FISH sont les méthodes les plus utilisées pour détecter l’ADN extrachromosomique.

L’application de FISH aux tissus FFPE est difficile car les artefacts de réticulation et l’autofluorescence de fond compromettent souvent la qualité des données. Notre protocole comprend des procédures optimisées, notamment l’extraction et la digestion des protéines, la dénaturation thermique et les techniques d’extinction par autofluorescence pour améliorer la qualité des données pendant la FISH sur les échantillons FFPE, ce qui donnera des informations précieuses sur la progression du cancer chez les patients. Nous étudierons les fonctions moléculaires de l’ADN extrachromosomique et comment les cellules cancéreuses maintiennent l’ADN extrachromosomique.

À terme, nous visons à les éliminer pour traiter le cancer.