Амплификация онкогенов является важнейшим фактором развития рака. Цитогенетическая характеристика образцов FFPE является экономически эффективным способом изучения амплификации онкогенов. Мы представляем надежные и исчерпывающие инструкции по исследованию фокальной амплификации генов и образцов FFPE.
Изучая паттерн сигнала FISH, становится однозначно ясно, усиливается ли локус гена и каким образом. Обнаружено, что онкогены, амплифицируемые в виде дополнительной хромосомной ДНК, преобладают при раке человека, таком как рак легких, молочной железы и мозга. Секвенирование всего генома и FISH являются наиболее широко используемыми методами обнаружения внехромосомной ДНК.
Применение FISH к тканям FFPE является сложной задачей, поскольку артефакты сшивания и фоновая автофлуоресценция часто ухудшают качество данных. Наш протокол включает в себя оптимизированные процедуры, включая экстракцию и разложение белка, методы термоденатурации и автофлуоресцентного гашения для улучшения качества данных во время FISH на образцах FFPE, что даст ценную информацию о прогрессировании рака у пациентов. Мы будем изучать молекулярные функции внехромосомной ДНК и то, как раковые клетки поддерживают внехромосомную ДНК.
В конечном счете, мы стремимся устранить их для лечения рака.
