Robuster Nachweis der Genamplifikation in formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten Proben durch Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung

Die Onkogen-Amplifikation ist ein entscheidender Faktor für Krebs. Die zytogenetische Charakterisierung an FFPE-Proben ist eine kostengünstige Möglichkeit, die Onkogenamplifikation zu untersuchen. Wir präsentieren robuste und umfassende Anweisungen für die Untersuchung von fokaler Genamplifikation und FFPE-Proben.

Durch die Untersuchung des FISH-Signalmusters wird eindeutig klar, ob und wie ein Genlocus amplifiziert wird. Es wurde festgestellt, dass Onkogene, die als zusätzliche chromosomale DNA amplifiziert werden, bei menschlichen Krebsarten wie Lungen-, Brust- und Hirnkrebs weit verbreitet sind. Die Sequenzierung des gesamten Genoms und FISH sind die am weitesten verbreiteten Methoden zum Nachweis extrachromosomaler DNA.

Die Anwendung von FISH auf FFPE-Gewebe ist eine Herausforderung, da Vernetzungsartefakte und Hintergrundautofluoreszenz oft die Datenqualität untergraben. Unser Protokoll umfasst optimierte Verfahren, einschließlich Proteinextraktion und -verdau, Wärmedenaturierung und Autofluoreszenzlöschtechniken, um die Datenqualität während der FISH an FFPE-Proben zu verbessern, was wertvolle Einblicke in das Fortschreiten der Krebserkrankung bei Patienten geben wird. Wir werden die molekularen Funktionen der extrachromosomalen DNA untersuchen und untersuchen, wie Krebszellen die extrachromosomale DNA aufrechterhalten.

Letztendlich wollen wir sie eliminieren, um Krebs zu behandeln.