The authors thank Davy Opdenacker for technical assistance and photography. We greatly thank Dr. Annick Bleys for helpful suggestions to improve the manuscript. This work was financed by the Interuniversity Attraction Poles Programme IUAP P7/29 'MARS' from the Belgian Federal Science Policy Office, by the FWO grant G027313N and by the Agency for Innovation by Science and Technology, IWT (IR).

1. Arabidopsis lris Protokolü Not: Metin &quot;küçük&quot; veya &quot;büyük&quot; ölçekli deneyler anlamına gelir. Bu tür işaret hattı analizi ve histolojik boyama 6, 14 gibi küçük ölçekli deneyler, sadece bir kaç numune gereklidir. Bu tür kantitatif gerçek zamanlı Mah-PCR, mikro-diziler 9-11 veya RNA sıralama gibi büyük ölçekli deneyler, örneklerin büyük bir miktarda gerektirir. Bu nedenle, her örnek için 1000 fide Vanneste ve arkadaşları tarafından kullanılan ~ arasında. 11 bir miktar kök kademeli bir diseksiyon sonra mikrodizi deneyi gerçekleştirmek için. 1.GÜN <ol><li> Arabidopsis tohumları Sterilizasyon Not: Tohum sterilizasyonu için aşağıdaki yöntemlerden birini seçin. Bunlardan herhangi protokol aşağıdaki adımları için uygundur. Gaz sterilizasyonu (1.1.2) sıvı sterilizasyon (1.1.1) üzerinden iki ana avantajı sunuyor: Büyük bir uyuşmuş tutarken daha az zaman alırTohumların er, pipetleme bireysel numuneleri oluşabilir gerektiği için; ve sterilize edilmiş tohumlar, daha uzun bir süre boyunca saklanabilir. Bununla birlikte, bu bir desikatörde ve dikkatli bir şekilde kullanılması gerekmektedir. <ol><li> Sıvı sterilizasyon <ol><li> Mikro-santrifüj tüplerine tohumların istenilen sayıda dökün. 2 ml&#39;lik bir mikro santrifüj tüplerine 1.5 ml bir tüp içinde 20 mg (~ 800 tohumlar) ya da 40 mg (~ 1.600 tohumlar) kadar kullanın. </li><li> % 70 etanol içinde 1 ml ilave edilir. Çevirin ya da hafifçe 2 dakika süreyle çalkalayın. </li><li> 15 dakika boyunca 1 ml sterilizasyon solüsyonu ile% 70 etanol değiştirin. (Taze sterilizasyon çözüm hazırlayın: 3.85 ml sodyum hipoklorit (NaOCl) stok (% 12) (DİKKAT: Kullanım) kaput duman 5 ul Tween 20, su ile 10 ml&#39;ye kadar tüm tohumların gelip emin olmak için boruları birkaç kez ters çevirin. çözeltisi ile temas halinde değildir. </li><li> Tekrarlanan bir laminar hava akış kabini olarak, 5 dakika boyunca tohumlar 5 kez 1 ml steril damıtılmış su ile sterilizasyon solüsyonu yerine ve durulamaly taze, steril damıtılmış su içinde 1 ml değiştirilmesi. </li></ol></li><li> Gaz Sterilizasyon <ol><li> 2 ml mikro santrifüj tüpü içinde tohum istenilen sayıda dökün. Birkaç bağımsız çizgiler ile çalışan tek tek tüpler kullanımı ve bunların plastik bir mikro santrifüj tüplerine ya da kutu yuvasına açılan sağlayabilir. Bir tüp tohum sayısı 500 (12.5 mg) üzerinde ise, başarılı bir sterilizasyon sağlamak için boruların uygun sayıda tohum ayırabiliriz. Komşu tüplerin kapakları birbirine örtmeyen emin olun. O sterilizasyon için de desikatöre olması gerekir gibi alt kutunun kapağını birbirine uygun. </li><li> Bir cam beher ile birlikte bir desikatörde bir kase kutusu yerleştirmek (DİKKAT: kaput duman). </li><li> (: Kullan davlumbaz DİKKAT)% 12 NaOCİ 100 ml beher doldurun. Desikatöre kapağı koymak, ama beher yerleştirilen küçük bir diyafram bırakın. </li><li> (CAU% 37 hidroklorik asit (dumanlı) 3 ml ilave edilirTION: kullan küçük delikten beher kaputu) duman ve hızlı bir şekilde desiccator kapatın. Cl 2-gaz oluşumu nedeniyle bir süredir çözüm olacak kabarcık. Sistemi bırakın O / N (veya en azından 8 saat) kapattı. </li><li> Desikatöre kapağını kaldırın. Kutusunu çıkarın ve taşıma sırasında kontaminasyonu önlemek için kapak ile örtün. </li><li> Bir laminar hava akışı kabini içinde kutu koyun kapağını çıkarın ve gaz çıkışına izin vermek için oda sıcaklığında yaklaşık 1 saat için tohum bırakın. Not: Tohum güvenli bir şekilde 4 ° C &#39;de 2 hafta boyunca, kapalı mikro santrifüj tüplerine kuru saklanabilir. </li></ol></li></ol></li><li> Arabidopsis&#39;te yanal kök indüksiyonu <ol><li> Yanal Kök İnhibisyon (NPA Tedavisi) <ol><li> In vitro büyüme için büyüme ortamı hazırlar. Ortamı, yarı kuvvetli Murashige ve Skoog tuzu karışımını 15, 0,1 g / L miyo-inositol, 10 g / L sakkaroz içeren, ve 0.5 ile tamponlanmıştırg / L 2- (N-morfolino) etansülfonik asit (MES). </li><li> 1 M KOH ile 5.7 pH ayarlayın. Bitki doku agar 8 g / L ilave edin ve 121 ° C &#39;de 20 dakika boyunca ortam otoklav. </li><li> Dimetilsülfoksit (DMSO) (: eldiven kullanın DİKKAT) NPA 25 mM stok çözeltisi hazırlayın. Levhalı bir hava akış kabininde, (şişe elle tutulabilen sıcaklıktır) yaklaşık 65 ° C&#39;ye kadar otoklava ortamın soğutulması ve 10 uM NPA nihai bir konsantrasyon elde etmek için, 25 mM stok çözeltisi NPA ekleyin. </li><li> Yavaşça 10 saniye boyunca şişeyi çalkalayarak eklendikten sonra homojenize. Kare petri tabağı başına ortam 50 ml (12 cm x 12 cm) dökün. Not: Büyük ölçekli deney durumunda, kolay aktarım sağlamak için, bir naylon örgü (20 um) uygulanır. Otoklavlama (Şekil 1A) bir örgü (9 cm x 9 cm) hazırlayın. Otoklavda sterilize edildiği zaman steril cımbız (Şekil 1B) kullanarak büyüme ortamına örgü uygulanır. Yavaşça ste kullanarak büyüme ortamına itmek örgü(: Steril şartlarda çalışmak DİKKAT) büyüme ortamına (Şekil 1B) ile iyi temas olduğundan emin olmak için drigalsky rilized. </li><li> NPA-plakalar üzerinde tohum ekmek. , Durumunda büyük ölçekli deneme planlanmaktadır (1.2.2.3 bakınız) örnekleme kolaylaştırmak için 50 tohum 2 yoğun ve iyi hizalanmış satırları saçmak: Not. <ol><li> Sıvı sterilizasyon durumda, 200 ul pipet kullanılarak NPA-plakalar üzerinde tohumları ekmek. 3 kes - sırayla steril koşullar (ya da ipuçları sterilize edilmeden önce) içinde pipet uçları sonu 4 mm tohumları pipetlemeyin edebilmek için. Pipet yukarı ve tohum yeniden askıya birkaç kez aşağı, sonra 10 ile yaklaşık 150 ul steril su pipetlemeyin - 20 tohumlar ve bahşiş altındaki tohumlar sediment kadar bekleyin. (DİKKAT: Steril şartlarda Çalışma) Not: ucu ile hafifçe agar veya örgü dokunulduğunda bir tohumuyla bir damla su (şekil 1C) için serbest bırakılır. </li> &lt;Gaz sterilizasyon durumunda li&gt; yapışkan bir yüzey sağlamak için tohumlarını almadan önce otoklava toothpicks.Pinch agar içine kürdan kullanarak tohumlarını ekmeye. Kürdan kullanarak tek tohum bir pick up ve plakaları (Şekil 1D) tohumları dağıtıyoruz. (: Steril şartlarda çalışmak DİKKAT) Alternatif olarak, tohumlara steril su ekleyin ve 1.2.1.5.1 tarif edildiği gibi ekmek. </li></ol></li><li> Hava yapışkan bir bantla kapatın ve plakalar, en az 2 gün, en fazla bir hafta boyunca karanlıkta 4 ° C de onları plakaları saklayın. Bu tabakalaşma ve senkronize sağlar ve daha verimli çimlenmesi için gereklidir. Not: Alternatif olarak, tohumlar, ekim öncesi tabakalı az soğutma alanı gerektirir mikro santrifüj tüplerine, damıtık suya daldırılır edilebilir. Bu durumda, 4 ° C&#39;de en az bir hafta süreyle tüplerini muhafaza ve hemen (1.2.1.7 bakınız), ekimden sonra büyüme odasında plakaları hareket ettirin. 3. GÜN </li&gt; <li> Büyüme odasında plakaları hareket (sürekli ışık (110 μE m -2 s-1), 21 ° C) yaklaşık dikey bir pozisyonda 5 gün boyunca (çimlenme 2 gün ve büyüme 3 gün) (80-90 °) orta kök üzerinde büyümeyi değil, emin olmak için. 8. GÜN </li></ol></li><li> Yanal Kök İndüksiyon (NAA Tedavisi) <ol><li> 1.2.1.1 ve 1.2.1.2 tarif edildiği gibi aynı büyüme ortamı hazırlayın. (: Eldiven kullanın DİKKAT) DMSO içinde NAA 50 mM stok çözeltisi hazırlayın. Aşağı 65 ° C&#39;ye kadar soğutun ve otoklavlanmış orta 10 uM NAA bir son konsantrasyon elde etmek için ortama NAA solüsyonu (DİKKAT: steril koşullar altında çalışmak). <ol><li> Yavaşça 10 saniye boyunca şişeyi çalkalayarak eklendikten sonra homojenize. Kare petri tabağı başına ortam 50 ml (12 cm x 12 cm) dökün. </li></ol></li><li> Bu sup 10 uM NPA ile desteklenmiş büyüme ortamını ihtiva eden plakalar fide aktarma10 uM NAA ile eklentilerle. <ol><li> Fide kotiledonlarında altında kavisli cımbız silah kanca ve yavaşça plaka çıkarın. Sadece kökleri tamamen tercihen aşağı NPA-büyüme ortamı ile temas büyüdü hangi fidan aktarmak. </li><li> Küçük bir mesafe boyunca NAA içeren büyüme ortamı içinde kök yağsız bir yüzey. Bitki kökleri büyüme ortamı ile iyi temas olduğundan emin olun. Gerekirse, cımbız ile büyüme ortamı yüzeyine hafifçe kök basın. Not: Büyük ölçekli deney durumunda, cımbız ile iki üst köşelerde örgü kaldırarak örgü ve transferi ile temas halinde olmayan tüm fideler çıkarın. Emin örgü küçük bir mesafe (Şekil 1E) üzerinde agar yüzeyi üzerinde örgü kaymağını tarafından NAA içeren ortamı ile iyi temas halinde olun. </li></ol></li><li> Nefes bandı ile yeni plakaları Seal ve (büyüme dolabında con koyun, devamlı ışık örnekleme kadar indüksiyonundan sonra istenen bir süre için dik bir konumda (110 μE m -2 s-1), 21 ° C). Not: büyük ölçekli deney durumunda, ağ üzerine bir defada, doğrudan kök parçalarını kesmek ve yavaşça mesh yüzeyini kazıyarak örnek onları için bir neşter kullanmak. </li></ol></li></ol></li></ol> 2. lris Mısır Protokolü <ol><li> Mısır çekirdeklerde Tabakalaşma <ol><li> En az 1 hafta süreyle karanlıkta 4 ° C&#39;de mısır tanelerini inkübe edin. Not: Bu protokol B73 mısır kendilenmiş hattı kullanarak geliştirilmiştir. </li></ol></li><li> Mısır çekirdeklerde Sterilizasyon 1.GÜN Not: mısır fideleri edilen steril şartlarda yetiştirildiği olmak zorunda değildir, ancak bu, kağıt rulo mantar büyümesini önlemek için mısır tanelerini sterilize ve steril bir malzeme ile çalışılması tavsiye edilmektedirsistemi. <ol><li> Steril bir cam beher içinde, mısır tanelerinin gerekli sayıda koyun. </li><li> (Su içinde% 6 NaOCl) sterilizasyon solüsyonu (: kullan davlumbaz DİKKAT) 100 ml ekleyin. </li><li> Manyetik bir karıştırma çubuğu ilave edin ve 5 dakika boyunca oda sıcaklığında, düşük karıştırma hızında (yaklaşık 250 rpm), bir manyetik karıştırıcı Beher yerleştirin. </li><li> Taze steril su, 100 ml çözelti yerine 5 dakika boyunca beş kez çalkalayın. </li></ol></li><li> Mısır çekirdeklerde ekim <ol><li> Kontaminasyon riskini azaltmak ve kağıt havlu rulosu almak için eldiven giyin. </li><li> Iki yaprak (yaklaşık 92 cm x 24 cm) toplam uzunluğu ile el havlusu kağıt iki uzanıyor yırtın ve temiz bir yüzeye (Şekil 2A) üzerinde birbirinin üstüne koyun. </li><li> Yaprak uzunluğu (yaklaşık 92 cm x 12 cm) (Şekil 2A) üzerine çift katlayın. </li><li> T üzerinde üstten yaklaşık 2 cm 10 çekirdekleri dağıtmak için cımbız kullanınO kağıt tüm uzunluğu, her iki ucunda (Şekil 2B) serbest, her çekirdek ve 8 cm arasında, 8 cm bir ara tutulmuştur. Çekirdeğin radicle aşağı ve kağıt (Şekil 2B) doğru baktığından emin olun. </li><li> Tohum yerine (Şekil 2B) tutarken yavaşça, uzunluğu boyunca kağıt rulo. Haddeleme kolaylaştırmak için, ilk önce, steril su ile kağıt sprey isteğe bağlıdır. </li><li> Yaklaşık 6 cm çapında ve 14 cm yüksekliğinde (örneğin, 250 ml santrifüj tüpleri) ve steril cam tüplerde kağıt ruloları koyun ve bir rafa (Şekil 2C) koyun. </li></ol></li><li> Mısırda Yanal Kök İndüksiyon <ol><li> (DMSO içinde çözülmüş) bir 50 mM stok çözelti NPA (: kullanımlar eldivenler DİKKAT) hazırlayın. </li><li> Her bir tüp, bir steril cam beher 125 ml steril su 50 mM NPA stok çözeltisinden 125 ul ekleyerek 50 mcM NPA çözümünü yapmak. </li><li> İyice karıştırın vetüp kağıt rulo üzerinde 50 uM NPA çözeltisi 125 ml dökün. Kağıt rulosu çözümü emer ve tamamen batırılmış olacak. Not: Diğer boyutlarıyla kağıt rulo ve tüpler kullanırken, buna göre ses seviyesini ayarlamak. Sıvı alımını sağlamak için yeterli yarım tüp ulaşmalıdır. </li><li> Üç gün (27 ° C, sürekli ışığa,% 70 nispi nem) bir büyüme odasında kağıt rulo sistemi yerleştirin. Çözelti zaman (Şekil 2B) üzerinden buharlaşır çünkü kağıt ruloları, ekstra 50 mcM NPA çözeltisi ilave edilerek sırılsıklam kalır emin olun. 4. GÜN </li><li> (DMSO içinde çözülmüş) bir 50 mM stok çözelti NAA (: kullanımlar eldivenler DİKKAT) hazırlayın. </li><li> Her bir tüp, bir steril cam beher içinde 125 ml steril su, 50 mM NAA stoktan 125 ul eklenmesi ile 50 uM NAA solüsyon hazırlanır. </li><li> Yavaşça kağıt ruloları kalan NPA çözümün en sıkmak ve koyun5 dakika boyunca steril su m (: eldiven kullanın DİKKAT) dışarı yıkamak. Yavaşça kağıt ruloları gelen suyun çoğu sıkmak. Bu yıkama adımı üç kez tekrarlayın. </li><li> İyice karıştırın ve tüplerde kağıt ruloları üzerinde 50 mcM NAA çözüm dökün. Tamamen batırılmış emin olun. </li><li> Indüksiyon sonrası istenilen süre büyüme kabine (27 ° C, sürekli ışık,% 70 bağıl nem) kağıt rulo sistemi yerleştirin. </li></ol></li><li> Mısırın Adventif Taç Roots Yanal Kök İndüksiyon Not: İris primer kök yanal kökler indükler yukarıda tarif edildiği gibi. Ancak, mısır ve birlikte yan kökleri ile diğer monokotiledonlar, birincil kök ve embriyonik seminal kökleri içinde, fide gelişimi sırasında özellikle önemlidir. Bitki büyümesinde Daha sonraki bir aşamada, post-embriyonik adventif kökler kök üzerinde ortaya çıkan ve aynı zamanda yeni bir kök sistemine 16 oluşturmak için yan kökleri gelişir. Iris de kullanmak olabilird embriyonik birincil kök lris bazı küçük ayarlamalar takip ederek bu post-embriyonik adventif taç kökleri üzerinde yanal köklerini uyardığı. <ol><li> Kağıt rulo yapmak için, dış tarafında kağıt havlular sırasıyla iki tabaka ve içindeki çimlenme iki kağıt tabakası ile kağıt bir sandviç oluşturur. Çimlenme iki kağıt arasına sterilize çekirdekleri (adımları 2.2&#39;ye 2.1 bakınız) yerleştirin. Çimlenme kağıt, el havlusu kağıt ile karşılaştırıldığında, kağıt açılması daha sonra daha kolay rulo yapacak kök tüyleri ve yanal kökler tarafından nüfuz daha az eğilimli olacaktır. Diğer yandan, kağıt havlular, iki dış tabakayı sıvı emilimini kolaylaştırır. </li><li> 700 ml&#39;lik cam tüplerde rulo yerleştirin ve üzerlerine NPA olmadan steril su dökün. Tamamen batırılmış emin olun. </li><li> Büyüme kabine sterilize çekirdekleri çimlenmeye (adım 2.4.9 bakınız). </li><li> Adventif taç kökleri kadar fidan büyür(B73 için 6 gün) ortaya başlar. Kağıt ruloları gerektiğinde steril su ekleyerek her zaman ıslak tutulur emin olun. </li><li> Bir yıkama aşamasından sonra 50 uM NAA çözeltisi ile NPA çözeltisi değiştirerek yan kök başlatma benzer indüksiyon ardından 4 gün boyunca (adımları 2.4.4 2.4.1 bakınız) için 25 uM NPA çözeltisi transfer (adım 2.4 2.4.9 için 0,5). </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Van Norman, J. M., Xuan, W., Beeckman, T., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+branch+or+not+to+branch:+the+role+of+pre-patterning+in+lateral+root+formation.">To branch or not to branch: the role of pre-patterning in lateral root formation.</a> Development. 140, 4301-4310 (2013).</li><li>Dolan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+organisation+of+the+Arabidopsis+thaliana+root.">Cellular organisation of the Arabidopsis thaliana root.</a> Development. 119, 71-84 (1993).</li><li>Bell, J. K., McCully, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+histological+study+of+lateral+root+initiation+and+development+in+Zea+mays.">A histological study of lateral root initiation and development in Zea mays.</a> Protoplasma. 70, 179-205 (1970).</li><li>Benkova, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local,+efflux-dependent+auxin+gradients+as+a+common+module+for+plant+organ+formation.">Local, efflux-dependent auxin gradients as a common module for plant organ formation.</a> Cell. 115, 591-602 (2003).</li><li>Beeckman, T., Burssens, S., Inz&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+peri-cell-cycle+in+Arabidopsis.">The peri-cell-cycle in Arabidopsis.</a> J. Exp. Bot. 52, 403-411 (2001).</li><li>Himanen, K., Boucheron, E., Vanneste, S., de Almeida Engler, J., Inz&#233;, D., Beeckman, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Auxin-mediated+cell+cycle+activation+during+early+lateral+root+initiation.">Auxin-mediated cell cycle activation during early lateral root initiation.</a> Plant Cell. 14, 2339-2351 (2002).</li><li>Jansen, L., Parizot, B., Beeckman, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inducible+system+for+lateral+roots+in+Arabidopsis+thaliana+and+maize.">Inducible system for lateral roots in Arabidopsis thaliana and maize.</a> Methods Mol Biol. 959, 149-158 (2013).</li><li>Casimiro, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Auxin+transport+promotes+Arabidopsis+lateral+root+initiation.">Auxin transport promotes Arabidopsis lateral root initiation.</a> Plant Cell. 13, 843-852 (2001).</li><li>Himanen, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcript+profiling+of+early+lateral+root+initiation.">Transcript profiling of early lateral root initiation.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101, 5146-5151 (2004).</li><li>De Smet, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Receptor-like+kinase+ACR4+restricts+formative+cell+divisions+in+the+Arabidopsis+root.">Receptor-like kinase ACR4 restricts formative cell divisions in the Arabidopsis root.</a> Science. 322, 594-597 (2008).</li><li>Vanneste, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+cycle+progression+in+the+pericycle+is+not+sufficient+for+SOLITARY+ROOT/IAA14-mediated+lateral+root+initiation+in+Arabidopsis+thaliana.">Cell cycle progression in the pericycle is not sufficient for SOLITARY ROOT/IAA14-mediated lateral root initiation in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Cell. 17, 3035-3050 (2005).</li><li>De Rybel, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+role+for+the+root+cap+in+root+branching+revealed+by+the+non-auxin+probe+naxillin.">A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin.</a> Nat. Chem. Biol. 8, 798-805 (2012).</li><li>Jansen, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+transcriptomics+as+a+tool+for+the+identification+of+root+branching+genes+in+maize.">Comparative transcriptomics as a tool for the identification of root branching genes in maize.</a> Plant Biotechnol. J. 11, 1092-1102 (2013).</li><li>Parizot, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diarch+symmetry+of+the+vascular+bundle+in+Arabidopsis+root+encompasses+the+pericycle+and+is+reflected+in+distich+lateral+root+initiation.">Diarch symmetry of the vascular bundle in Arabidopsis root encompasses the pericycle and is reflected in distich lateral root initiation.</a> Plant Physiol. 146, 140-148 (2008).</li><li>Murashige, T., Skoog, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revised+medium+for+rapid+growth+and+bio+assays+with+tobacco+tissue+cultures.">A revised medium for rapid growth and bio assays with tobacco tissue cultures.</a> Physiol. Plant. 15, 473-497 (1962).</li><li>Bellini, C., Pacurar, D. I., Perrone, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adventitious+roots+and+lateral+roots:+similarities+and+differences.">Adventitious roots and lateral roots: similarities and differences.</a> Annu Rev Plant Biol. 65, 639-666 (2014).</li><li>Grunewald, W., Parizot, B., Inz&#233;, D., Gheysen, G., Beeckman, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developmental+biology+of+roots:+One+common+pathway+for+all+angiosperms?.">Developmental biology of roots: One common pathway for all angiosperms?.</a> Int. J. Plant Dev. Biol. 1, 212-225 (2007).</li><li>Parizot, B., Beeckman, T., Crespi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomics+of+root+development.">Genomics of root development.</a> Root Genomics and Soil Interactions. , 3-28 (2012).</li><li>Bargmann, B. O., Birnbaum, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+activated+cell+sorting+of+plant+protoplasts.">Fluorescence activated cell sorting of plant protoplasts.</a> Journal of visualized experiments : JoVE. , (2010).</li><li>Nakazono, M., Qiu, F., Borsuk, L. A., Schnable, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection,+a+tool+for+the+global+analysis+of+gene+expression+in+specific+plant+cell+types:+identification+of+genes+expressed+differentially+in+epidermal+cells+or+vascular+tissues+of+maize.">Laser-capture microdissection, a tool for the global analysis of gene expression in specific plant cell types: identification of genes expressed differentially in epidermal cells or vascular tissues of maize.</a> Plant Cell. 15, 583-596 (2003).</li><li>Ludwig, Y., Hochholdinger, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+microdissection+of+plant+cells.">Laser microdissection of plant cells.</a> Methods Mol Biol. 1080, 249-258 (2014).</li><li>Beeckman, T., Engler, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+easy+technique+for+the+clearing+of+histochemically+stained+plant+tissue.">An easy technique for the clearing of histochemically stained plant tissue.</a> Plant Mol. Biol. Rep. 12, 37-42 (1994).</li><li>Ditengou, F. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanical+induction+of+lateral+root+initiation+in+Arabidopsis+thaliana.">Mechanical induction of lateral root initiation in Arabidopsis thaliana.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105, 18818-18823 (2008).</li><li>Lucas, M., Godin, C., Jay-Allemand, C., Laplaze, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Auxin+fluxes+in+the+root+apex+co-regulate+gravitropism+and+lateral+root+initiation.">Auxin fluxes in the root apex co-regulate gravitropism and lateral root initiation.</a> J. Exp. Bot. 59, 55-66 (2008).</li><li>Wang, S., Taketa, S., Ichii, M., Xu, L., Xia, K., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lateral+root+formation+in+rice+(Oryza+Sativa.+L.):+differential+effects+of+indole-3-acetic+acid+and+indole-3-butyric+acid.">Lateral root formation in rice (Oryza Sativa. L.): differential effects of indole-3-acetic acid and indole-3-butyric acid.</a> Plant Growth Regul. 41, 41-47 (2003).</li><li>Martinez-de la Cruz, E., Garcia-Ramirez, E., Vazquez-Ramos, J. M., Reyes de la Cruz, H., Lopez-Bucio, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Auxins+differentially+regulate+root+system+architecture+and+cell+cycle+protein+levels+in+maize+seedlings.">Auxins differentially regulate root system architecture and cell cycle protein levels in maize seedlings.</a> J Plant Physiol. 176, 147-156 (2015).</li><li>Beyer, E. M., Morgan, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+ethylene+on+uptake,+distribution,+and+metabolism+of+indoleacetic+acid-1-14C+and+-2-14C+and+naphthaleneacetic+acid-1-14C.">Effect of ethylene on uptake, distribution, and metabolism of indoleacetic acid-1-14C and -2-14C and naphthaleneacetic acid-1-14C.</a> Plant Physiol. 46, 157-162 (1970).</li><li>Delbarre, A., Muller, P., Imhoff, V., Guern, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+mechanisms+controlling+uptake+and+accumulation+of+2,4-dichlorophenoxy+acetic+acid,+naphthalene-1-acetic+acid,+and+indole-3-acetic+acid+in+suspension-cultured+tobacco+cells.">Comparison of mechanisms controlling uptake and accumulation of 2,4-dichlorophenoxy acetic acid, naphthalene-1-acetic acid, and indole-3-acetic acid in suspension-cultured tobacco cells.</a> Planta. 198, 532-541 (1996).</li><li>Bailey-Serres, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microgenomics:+genome-scale,+cell-specific+monitoring+of+multiple+gene+regulation+tiers.">Microgenomics: genome-scale, cell-specific monitoring of multiple gene regulation tiers.</a> Annu Rev Plant Biol. 64, 293-325 (2013).</li><li>Perez-Torres, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphate+availability+alters+lateral+root+development+in+Arabidopsis+by+modulating+auxin+sensitivity+via+a+mechanism+involving+the+TIR1+auxin+receptor.">Phosphate availability alters lateral root development in Arabidopsis by modulating auxin sensitivity via a mechanism involving the TIR1 auxin receptor.</a> Plant Cell. 20, 3258-3272 (2008).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Arabidopsis lris protokol, sadece tamamen NPA-ihtiva eden büyüme ortamı ile temas içinde büyüdü fide transferi için önemlidir. Bu yanal kök başlatma tüm kök uzunluğu boyunca bloke olmasını sağlar. Aktarım sırasında fidanları yaralama önlemek amacıyla, kavisli bir forseps kolları fide kotiledonlarında altında asılabilir. Devirden sonra fide kökleri NAA içeren agar ortamı ile yeterli temas halinde olduğundan emin olun. Bu, küçük bir mesafe boyunca agar yüzeyi üzerinde kök kaym...

Topraktan gelen ankraj ve su alımını ve besin sağlar çünkü kök sistemi, bitki büyümesi için çok önemlidir. Bir kök sistemi gelişimi genel olarak yan kök üretimi dayandığından, bunların başlangıç ​​ve oluşum yaygın olarak incelenmiştir. Yanal kökleri kurucu hücreler 1 olarak adlandırılan, perisiklden hücrelerinin belirli bir alt başlatılır. Örneğin mısır gibi monokotlarda bölgesi, bunlar floem kutup 3 bulunan, oysa Arabidopsis thaliana gibi en dikotillere, bu hücreler, protoxylem kutup 2 yer almaktadır. Kurucu hücreleri özel hücre döngüsü genlerinin sentezlenmesi, ardından artan oksin yanıt 4 ile işaretlenmiştir (örneğin, siklin B1, 1 / CYCB1; 1), bundan sonra, asimetrik anticlinal bölümleri 5 bir birinci tur geçirilir. Koordineli antiklinal ve periclinal bölünmeler bir dizi sonra, lateral kök taslaklarının nihayet a olarak ortaya çıkacak oluşturulmuşturutonomous yanal kök. Bu olaylar bol ne de senkronize ne olduğundan konumu ve yan kök başlama zamanlaması, ancak öngörülebilir değildir. Bu, bu işlem çalışma transkriptomik gibi moleküler yaklaşımların kullanımı engeller. Bu konuya ilişkin olarak, bir yanal kök İndüklenebilir Sistemi (lris), 6 geliştirilmiştir 7. Bu sistemde, fideler, ilk sonuç olarak yan kök başlangıcı bloke, oksin taşınmasını ve birikmesini engelleyen N -1-naphthylphthalamic asit (NPA) ile muamele edilir 8. Sonradan sentetik oksin 1-naftalin asetik asit (NAA) içeren ortama fide aktararak tüm perisiklden tabakası böylece kitlesel yüksek oksin seviyelerinin indükleyici yanal kök hücre başlatarak bölünmeler 6 yanıt verir. Bu nedenle, bu sistem, geç belirli bir aşaması için zenginleştirilmiş kök örnekleri kolayca toplanmasını sağlayan, hızlı, senkron ve geniş yan kökler inisiyasyonlara açarral kök gelişimi. Daha sonra, bu numune yan kök oluşumu sırasında genom çapında ekspresyon profillerini belirlemek için kullanılabilir. Iris diğer bitki türleri bu sistemi uygulamak için yan kök Arabidopsis başlatılması ve mısır 9-13, ancak ihtiyaç hakkında zaten önemli bilgiyi vermiştir fazla genomları sıralı olarak daha belirgin hale gelir ve ekonomik önemli bilgiyi aktarmak için artan bir ilgi var türler. Burada, Arabidopsis ve darı LRISs ayrıntılı protokolleri verilmiştir. Daha sonra, sistemin kullanımına ilişkin bir örnek, mısır Iris elde transkriptomik veriler, farklı bitki türleri boyunca yanal kök başlatma sırasında korunmuş bir fonksiyonu sahip fonksiyonel homologları tespit etmek için kullanılabilir olduğunu göstererek temin edilmektedir. Diğer bitki türlerinin önerildiği için Son olarak, kılavuzlar Iris optimize etmek.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1258">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">ARABIDOPSIS LRIS</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:551px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Seeds</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Arabidopsis seeds</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Col-0 ecotype</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Gas sterilization of seeds</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">micro-centrifuge tubes 1.5 ml</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">0030 125.215</td>
			<td>Eppendorf microtubes 3810X, PCR clean</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">micro-centrifuge tubes 2 ml</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">0030 120.094</td>
			<td>Eppendorf Safe-Lock microcentrifuge tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">hydrochloric acid</td>
			<td style="width:228px;">Merck KGaA</td>
			<td style="width:119px;">1,003,171,000</td>
			<td>37% (fuming) for analysis EMSURE ACS,ISO,Reag. Ph Eu</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">glass desiccator</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Pyrex</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:361px;">glass beaker</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">plastic micro-centrifuge tubes box or holder</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Bleach sterilization of seeds</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">ethanol</td>
			<td style="width:228px;">Chem-Lab nv</td>
			<td style="width:119px;">CL00.0505.1000</td>
			<td>Ethanol, abs. 100% a.r. dilute to 70%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sodium hypochlorite (NaOCl)</td>
			<td style="width:228px;">Carl Roth</td>
			<td style="width:119px;">9062.3</td>
			<td>12%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Tween 20</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">P1379</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sterile water</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Growth medium</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Murashige and Skoog salt mixture</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">M0221-0050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">myo-inositol</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">I5125-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">M1503.0100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sucrose</td>
			<td style="width:228px;">VWR, Internation LLC</td>
			<td style="width:119px;">27483.294</td>
			<td>D(+)-Sucrose Ph. Eur.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">KOH</td>
			<td style="width:228px;">Merck KGaA</td>
			<td style="width:119px;">1050211000</td>
			<td>pellets for analysis (max. 0.002% Na) EMSURE ACS,ISO,Reag. Ph Eur</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Plant Tissue Culture Agar</td>
			<td style="width:228px;">LabM Limited</td>
			<td style="width:119px;">MC029</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Lateral root induction chemicals</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">N-1-naphthylphthalamic acid (NPA)</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">No. N0926.0250</td>
			<td>10 &#181;M (Arabidopsis)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">1-naphthalene acetic acid (NAA)</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">No. N0903.0050</td>
			<td>10 &#181;M (Arabidopsis)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">dimethylsulfoxide (DMSO)</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">494429-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Making a mesh for transfer</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">nylon mesh</td>
			<td style="width:228px;">Prosep byba</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Synthetic nylon mesh 20 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Sowing and seedling handling</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">square petri dish plates</td>
			<td style="width:228px;">GOSSELIN</td>
			<td style="width:119px;">BP124-05</td>
			<td>12 x 12 cm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">50 ml DURAN tubes</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">CLS430304</td>
			<td>Corning&#160;50 mL centrifuge tubes</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">drigalski</td>
			<td style="width:228px;">Carl Roth</td>
			<td style="width:119px;">K732.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">pipette</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">cut pipette tips</td>
			<td style="width:228px;">Daslab</td>
			<td style="width:119px;">162001X</td>
			<td>Universal 200, cut off 5 mm of tip before autoclaving</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">breathable tape&#160;</td>
			<td style="width:228px;">3M Deutschland GmbH</td>
			<td style="width:119px;">cat. no. 1530-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">tweezers</td>
			<td style="width:228px;">Fiers nv/sa</td>
			<td style="width:119px;">K342.1; K344.1</td>
			<td>Dumont tweezers type a nr 5; Dumont tweezers type e nr 7</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Growth conditions</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">growth room</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>21 &#176;C, continuous light</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Materials</td>
			<td style="width:228px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">MAIZE LRIS</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Seeds</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Maize kernels</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>B-73</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Bleach sterilization of kernels</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:361px;">glass beaker</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">magnetic stirrer&#160;</td>
			<td style="width:228px;">Fiers nv/sa</td>
			<td style="width:119px;">C267.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sodium hypochlorite (NaOCl)</td>
			<td style="width:228px;">Carl Roth</td>
			<td style="width:119px;">9062.3</td>
			<td>12%</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sterile water</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Lateral root induction chemicals</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">N-1-naphthylphthalamic acid (NPA)</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">No. N0926.0250</td>
			<td>50 &#181;M (maize primary root), 25 &#181;M (maize adventitious root)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">1-naphthalene acetic acid (NAA)</td>
			<td style="width:228px;">DUCHEFA Biochemie B.V.</td>
			<td style="width:119px;">No. N0903.0050</td>
			<td>50 &#181;M (maize)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">dimethylsulfoxide (DMSO)</td>
			<td style="width:228px;">SIGMA-ALDRICH</td>
			<td style="width:119px;">494429-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Sowing and seedling handling</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">paper hand towels</td>
			<td style="width:228px;">Kimberly-Clark Professional*</td>
			<td style="width:119px;">6681</td>
			<td>SCOTT Hand Towels - Roll / White; sheet size (24 x 46 cm)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">seed germination paper</td>
			<td style="width:228px;">Anchor Paper Company</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>10 X 15 38# seed germination paper</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">tweezers</td>
			<td style="width:228px;">Fiers nv/sa</td>
			<td style="width:119px;">K342.1; K344.1</td>
			<td>Dumont tweezers type a nr 5; Dumont tweezers type e nr 7</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">250 ml (centrifuge) tubes</td>
			<td style="width:228px;">SCHOTT DURAN</td>
			<td style="width:119px;">2160136</td>
			<td>approx. 5.6 cm diameter and 14.7 cm height&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">700 ml tubes</td>
			<td style="width:228px;">DURAN GROUP</td>
			<td style="width:119px;">213994609</td>
			<td>cylinders, round foot tube, D 60&#160; x 250</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">rack</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>for maize tubes, home made</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">sterile water</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:361px;">Growth conditions</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">growth cabinet</td>
			<td style="width:228px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>27 &#176;C, continuous light, 70% relative humidity</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

lateral root inducible system in arabidopsis and maize

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is however tedious, because it occurs only in a few cells inside the root and in an unpredictable manner. To circumvent this problem, a Lateral Root Inducible System (LRIS) has been developed. By treating seedlings consecutively with an auxin transport inhibitor and a synthetic auxin, highly controlled lateral root initiation occurs synchronously in the primary root, allowing abundant sampling of a desired developmental stage. The LRIS has first been developed for Arabidopsis thaliana, but can be applied to other plants as well. Accordingly, it has been adapted for use in maize (Zea mays). A detailed overview of the different steps of the LRIS in both plants is given. The combination of this system with comparative transcriptomics made it possible to identify functional homologs of Arabidopsis lateral root initiation genes in other species as illustrated here for the CYCLIN B1;1 (CYCB1;1) cell cycle gene in maize. Finally, the principles that need to be taken into account when an LRIS is developed for other plant species are discussed.

Iris Uygulama Yanal Kök Başlatma Süreci Karşılaştırmalı transkriptomik gerçekleştir İris bir uygulaması, farklı türlerde yan kök oluşumu esnasında karşılaştırma ve gen ekspresyon profillerinin korelasyondur. Karşılaştırmalı transkriptomik farklı türler lateral kök geliştirme sürecine dahil orthologous genleri saptamak için olanak yaratmak yaklaşır. Önceden oluşturulmuş kök...

Watch this Scientific Journal Video about Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize at JoVE.com

Arabidopsis ve Mısırda Yanal Kök İndüklenebilir Sistem | Biyoloji | Video

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Lateral Kök İndüklenebilir Sistemi<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Ve Mısır

The Lateral Root Inducible System (LRIS) allows for synchronous induction of lateral roots and is presented for Arabidopsis thaliana and maize.

Lateral root development contributes significantly to the root system, and hence is crucial for plant growth. The study of lateral root initiation is ...

lateral-root-inducible-system-in-arabidopsis-and-maize

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Biology

Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Plant Biology

Plant Structure, Growth, and Nutrition

SCIENTISTS IN ACTION

13.7K Görüntüleme.  Ghent. The Lateral Root Inducible System (LRIS) allows for synchronous induction of lateral roots and is presented for Arabidopsis thaliana and maize.

Video: Lateral Root Inducible System in Arabidopsis and Maize

Preparation and Maintenance of Dorsal Root Ganglia Neurons in Compartmented Cultures

Neurons extend axonal processes that are far removed from the cell body to innervate target tissues, where target-derived growth factors are required for neuronal survival and function. Neurotrophins are specifically required to maintain the survival and differentiation of innervating sensory neurons but the question of how these target-derived neurotrophins communicate to the cell body of innervating neurons has been an area of active research for over 30 years. The most commonly accepted model of how neurotrophin signals reach the cell body proposes that signaling endosomes carry this signal retrogradely along the axon. In order to study retrograde transport, a culture system was originally devised by Robert Campenot, in which cell bodies are isolated from their axons. The technique of preparing these compartmented chambers for culturing sensory neurons recapitulates the selective stimulation of neuron terminals that occurs in vivo following release of target-derived neurotrophins. Retrograde signaling events that require long-range microtubule dependent retrograde transport have important implications for the treatment of neurodegenerative disorders.

Here we describe the technique of preparing and maintaining compartmented chambers for culturing sensory neurons of the dorsal root ganglia.

Kompartman Kültürleri Dorsal Kök Ganglia Nöronlar hazırlanması ve Bakım

Neurons extend axonal processes that are far removed from the cell body to innervate target tissues, where target-derived growth factors are required for ...

Biyoloji

Do-It-Yourself Device for Recovery of Cryopreserved Samples Accidentally Dropped into Cryogenic Storage Tanks

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term storage of biological materials such as blood, cells and tissues 1,2. The cryogenic nature of liquid nitrogen, while ideal for sample preservation, can cause rapid freezing of live tissues on contact - known as 'cryogenic burn'2, which may lead to severe frostbite in persons closely involved in storage and retrieval of samples from Dewars. Additionally, as liquid nitrogen evaporates it reduces the oxygen concentration in the air and might cause asphyxia, especially in confined spaces2.
In laboratories, biological samples are often stored in cryovials or cryoboxes stacked in stainless steel racks within the Dewar tanks1. These storage racks are provided with a long shaft to prevent boxes from slipping out from the racks and into the bottom of Dewars during routine handling. All too often, however, boxes or vials with precious samples slip out and sink to the bottom of liquid nitrogen filled tank. In such cases, samples could be tediously retrieved after transferring the liquid nitrogen into a spare container or discarding it. The boxes and vials can then be relatively safely recovered from emptied Dewar. However, the cryogenic nature of liquid nitrogen and its expansion rate makes sunken sample retrieval hazardous. It is commonly recommended by Safety Offices that sample retrieval be never carried out by a single person. Another alternative is to use commercially available cool grabbers or tongs to pull out the vials3. However, limited visibility within the dark liquid filled Dewars poses a major limitation in their use.
In this article, we describe the construction of a Cryotolerant DIY retrieval device, which makes sample retrieval from Dewar containing cryogenic fluids both safe and easy.

Here we present a low cost, durable cryotolerant device for sample retrieval from Dewar tanks filled with liquid nitrogen. The ease of construction and modular design of the device makes the process of sample retrieval from cryogenic tanks safe and easy.

KRİYOPREZERVE Numune Kurtarma için Do-It-Yourself Aygıt yanlışlıkla Kriyojenik Depolama Tankları içine Dropped

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term ...

Using Flatbed Scanners to Collect High-resolution Time-lapsed Images of the Arabidopsis Root Gravitropic Response

Research efforts in biology increasingly require use of methodologies that enable high-volume collection of high-resolution data. A challenge laboratories can face is the development and attainment of these methods. Observation of phenotypes in a process of interest is a typical objective of research labs studying gene function and this is often achieved through image capture. A particular process that is amenable to observation using imaging approaches is the corrective growth of a seedling root that has been displaced from alignment with the gravity vector. Imaging platforms used to measure the root gravitropic response can be expensive, relatively low in throughput, and/or labor intensive. These issues have been addressed by developing a high-throughput image capture method using inexpensive, yet high-resolution, flatbed scanners. Using this method, images can be captured every few minutes at 4,800 dpi. The current setup enables collection of 216 individual responses per day. The image data collected is of ample quality for image analysis applications.

This protocol describes a process for rapid collection of images of Arabidopsis seedlings responding to a gravity stimulus using commercially-available flatbed scanners. The method allows for inexpensive, high-volume capture of high-resolution images amenable for downstream analysis algorithms.

Arabidopsis Kök Gravitropic Müdahale Yüksek çözünürlüklü Zaman lapsed Resim Toplama Masaüstü Tarayıcılar kullanma

Research efforts in biology increasingly require use of methodologies that enable high-volume collection of high-resolution data. A challenge laboratories ...

An Assay for Lateral Line Regeneration in Adult Zebrafish

Due to the clinical importance of hearing and balance disorders in man, model organisms such as the zebrafish have been used to study lateral line development and regeneration. The zebrafish is particularly attractive for such studies because of its rapid development time and its high regenerative capacity. To date, zebrafish studies of lateral line regeneration have mainly utilized fish of the embryonic and larval stages because of the lower number of neuromasts at these stages. This has made quantitative analysis of lateral line regeneration/and or development easier in the earlier developmental stages. Because many zebrafish models of neurological and non-neurological diseases are studied in the adult fish and not in the embryo/larvae, we focused on developing a quantitative lateral line regenerative assay in adult zebrafish so that an assay was available that could be applied to current adult zebrafish disease models. Building on previous studies by Van Trump et al.17&#160;that described procedures for ablation of hair cells in adult Mexican blind cave fish and zebrafish (Danio rerio), our assay was designed to allow quantitative comparison between control and experimental groups. This was accomplished by developing a regenerative neuromast standard curve based on the percent of neuromast reappearance over a 24 hr time period following gentamicin-induced necrosis of hair cells in a defined region of the lateral line. The assay was also designed to allow extension of the analysis to the individual hair cell level when a higher level of resolution is required.

Because many zebrafish models of neurological and non-neurological diseases are studied in the adult fish rather than the embryo/larvae, we developed a quantitative lateral line regenerative assay that can be applied to adult zebrafish disease models. The assay involved resolution at the 1) neuromast and 2) individual hair cell levels.

Yetişkin Zebra balığı Lateral Hat Rejenerasyon için bir Deneyi

Due to the clinical importance of hearing and balance disorders in man, model organisms such as the zebrafish have been used to study lateral line ...

Measuring Spatial and Temporal Ca2+ Signals in Arabidopsis Plants

Developmental and environmental cues induce Ca2+ fluctuations in plant cells. Stimulus-specific spatial-temporal Ca2+ patterns are sensed by cellular Ca2+ binding proteins that initiate Ca2+ signaling cascades. However, we still know little about how stimulus specific Ca2+ signals are generated. The specificity of a Ca2+ signal may be attributed to the sophisticated regulation of the activities of Ca2+ channels and/or transporters in response to a given stimulus. To identify these cellular components and understand their functions, it is crucial to use systems that allow a sensitive and robust recording of Ca2+ signals at both the tissue and cellular levels. Genetically encoded Ca2+ indicators that are targeted to different cellular compartments have provided a platform for live cell confocal imaging of cellular Ca2+ signals. Here we describe instructions for the use of two Ca2+ detection systems: aequorin based FAS (film adhesive seedlings) luminescence Ca2+ imaging and case12 based live cell confocal fluorescence Ca2+ imaging. Luminescence imaging using the FAS system provides a simple, robust and sensitive detection of spatial and temporal Ca2+ signals at the tissue level, while live cell confocal imaging using Case12 provides simultaneous detection of cytosolic and nuclear Ca2+ signals at a high resolution.

Measuring Spatial and Temporal Ca2+ Signals in Arabidopsis Plants

Ca2+ signaling regulates diverse biological processes in plants. Here we present approaches for monitoring abiotic stress induced spatial and temporal Ca2+ signals in Arabidopsis cells and tissues using the genetically encoded Ca2+ indicators Aequorin or Case12.

Ölçme Mekansal ve zamansal Ca<sup&gt; 2+</supArabidopsis Bitkilerde&gt; Sinyalleri

Developmental and environmental cues induce Ca2+ fluctuations in plant cells. Stimulus-specific spatial-temporal Ca2+ patterns are sensed by cellular Ca2+ ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix containing polysaccharides that include cellulose microfibrils that form both crystalline structures and cellulose chains of amorphous organization. The orientation of the cellulose fibers and their concentrations dictate the mechanical properties of the cell. Several methods are used to determine the levels of crystalline cellulose, each bringing both advantages and limitations. Some can distinguish the proportion of crystalline regions within the total cellulose. However, they are limited to whole-organ analyses that are deficient in spatiotemporal information. Others relying on live imaging, are limited by the use of imprecise dyes. Here, we report a sensitive polarized light-based system for specific quantification of relative light retardance, representing crystalline cellulose accumulation in cross sections of Arabidopsis thaliana roots. In this method, the cellular resolution and anatomical data are maintained, enabling direct comparisons between the different tissues composing the growing root. This approach opens a new analytical dimension, shedding light on the link between cell wall composition, cellular behavior and whole-organ growth.

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Crystalline cellulose is an important constituent of the plant cell wall. However, its quantification at a cellular resolution is technically challenging. Here, we report the use of polarized light technology and root cross sections to obtain information of cell wall composition at a spatiotemporal resolution.

Kristalin Selüloz Birikimin Yüksek Çözünürlüklü Niceleme<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Kökler Doku spesifik Hücre Duvarı Değişiklikler Monitör

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...

Micron-scale Phenotyping Techniques of Maize Vascular Bundles Based on X-ray Microcomputed Tomography

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a 'sample preparation protocol' for maize materials (i.e., stem, leaf, and root) suitable for ordinary microcomputed tomography (micro-CT) scanning. Based on high-resolution CT images of maize stem, leaf, and root, we describe two protocols for the phenotypic analysis of vascular bundles: (1) based on the CT image of maize stem and leaf, we developed a specific image analysis pipeline to automatically extract 31 and 33 phenotypic traits of vascular bundles; (2) based on the CT image series of maize root, we set up an image processing scheme for the three-dimensional (3-D) segmentation of metaxylem vessels, and extracted two-dimensional (2-D) and 3-D phenotypic traits, such as volume, surface area of metaxylem vessels, etc. Compared with traditional manual measurement of vascular bundles of maize materials, the proposed protocols significantly improve the efficiency and accuracy of micron-scale phenotypic quantification.

We provide a novel method to improve the X-ray absorption contrast of maize tissue suitable for ordinary microcomputed tomography scanning. Based on CT images, we introduce a set of image-processing workflows for different maize materials to effectively extract microscopic phenotypes of vascular bundles of maize.

X-ışını Microcomputed tomografi üzerinde dayalı Mısır Vaskular demetleri mikron çaplı fenotipleme teknikleri

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a ...

Wide-Field, Real-Time Imaging of Local and Systemic Wound Signals in Arabidopsis

Plants respond to mechanical stresses such as wounding and herbivory by inducing defense responses both in the damaged and in the distal undamaged parts. Upon wounding of a leaf, an increase in cytosolic calcium ion concentration (Ca2+ signal) occurs at the wound site. This signal is rapidly transmitted to undamaged leaves, where defense responses are activated. Our recent research revealed that glutamate leaking from the wounded cells of the leaf into the apoplast around them serves as a wound signal. This glutamate activates glutamate receptor-like Ca2+ permeable channels, which then leads to long-distance Ca2+ signal propagation throughout the plant. The spatial and temporal characteristics of these events can be captured with real-time imaging of living plants expressing genetically encoded fluorescent biosensors. Here we introduce a plant-wide, real-time imaging method to monitor the dynamics of both the Ca2+ signals and changes in apoplastic glutamate that occur in response to wounding. This approach uses a wide-field fluorescence microscope and transgenic Arabidopsis plants expressing Green Fluorescent Protein (GFP)-based Ca2+ and glutamate biosensors. In addition, we present methodology to easily elicit wound-induced, glutamate-triggered rapid and long-distance Ca2+ signal propagation. This protocol can also be applied to studies on other plant stresses to help investigate how plant systemic signaling might be involved in their signaling and response networks.

Wide-Field, Real-Time Imaging of Local and Systemic Wound Signals in Arabidopsis

Extracellular glutamate-triggered systemic calcium signaling is critical for the induction of plant defense responses to mechanical wounding and herbivore attack in plants. This article describes a method to visualize the spatial and temporal dynamics of both these factors using Arabidopsis thaliana plants expressing calcium- and glutamate-sensitive fluorescent biosensors.

Arabidopsis'te Lokal ve Sistemik Yara Sinyallerinin Geniş Alan, Gerçek Zamanlı Görüntülenmesi

Plants respond to mechanical stresses such as wounding and herbivory by inducing defense responses both in the damaged and in the distal undamaged parts. ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, which can effectively explore the interaction relationship or co-occurrence model of different microbial species in different environments. The purpose of this manuscript is to provide details on how to use the weighted correlation network algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in microbial communities due to different ecological environments. All analysis of the experiment is performed in the WGCNA package. WGCNA is an R package for weighted correlation network analysis. The experimental data used to demonstrate these methods were microbial community data from the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database for three niches of the rice (Oryza sativa) root system. We used the weighted correlation network algorithm to construct co-abundance networks of microbial community in each of the three niches. Then, differential co-abundance networks among endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil were identified. In addition, the core genera in network were obtained by the "WGCNA" package, which plays an important regulated role in network functions. These methods enable researchers to analyze the response of microbial network to environmental disturbance and verify different microbial ecological response theories. The results of these methods show that the significant differential microbial networks identified in the endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil of rice.

Network analysis was applied to evaluate the association of various ecological microbial communities, such as soil, water and rhizosphere. Presented here is a protocol on how to use the WGCNA algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in the microbial communities due to different ecological environments.

Ağırlıklı Korelasyon Ağlarına Dayalı Farklı Habitatlarda Kök Mikrobiyotasının Ayrışması

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

A Simple Protocol for Mapping the Plant Root System Architecture Traits

Comprehensive knowledge of plant root system architecture (RSA) development is critical for improving nutrient use efficiency and increasing crop cultivar tolerance to environmental challenges. An experimental protocol is presented for setting up the hydroponic system, plantlet growth, RSA spreading, and imaging. The approach used a magenta box-based hydroponic system containing polypropylene mesh supported by polycarbonate wedges. Experimental settings are exemplified by assessing the RSA of the plantlets under varying nutrient (phosphate [Pi]) supply. The system was established to examine the RSA of Arabidopsis, but it is readily adaptable to study other plants like Medicago sativa (Alfalfa). Arabidopsis thaliana (Col-0) plantlets are used in this investigation as an example to understand the plant RSA. Seeds are surface sterilized by treating ethanol and diluted commercial bleach, and kept at 4 &#176;C for stratification. The seeds are germinated and grown on a liquid half-MS medium on a polypropylene mesh supported by polycarbonate wedges. The plantlets are grown under standard growth conditions for the desired number days, gently picked out from the mesh, and submersed in water-containing agar plates. Each root system of the plantlets is spread gently on the water-filled plate with the help of a round art brush. These Petri plates are photographed or scanned at high resolution to document the RSA traits. The root traits, such as primary root, lateral roots, and branching zone, are measured using the freely available ImageJ software. This study provides techniques for measuring plant root characteristics in controlled environmental settings. We discuss how to (1) grow the plantlets, and collect and spread root samples, (2) obtain pictures of spread RSA samples, (3) capture the images, and (4) use image analysis software to quantify root attributes. The advantage of the present method is the versatile, easy, and efficient measurement of the RSA traits.

We use simple laboratory tools to examine the root system architecture (RSA) of Arabidopsis and Medicago. The plantlets are grown hydroponically over mesh and spread using an art brush to reveal the RSA. Images are taken using scanning or a high-resolution camera, then analyzed with ImageJ to map traits.

Bitki kök sistemi mimari özelliklerini haritalamak için basit bir protokol

Comprehensive knowledge of plant root system architecture (RSA) development is critical for improving nutrient use efficiency and increasing crop cultivar ...