Bu çalışma, Ulusal Sağlık Enstitüleri hibeleri (NIH) R01HL147095, R01HL141917 ve R01HL136431, Kowa Company, Ltd. ve Avrupa Birliği'nin Horizon 2020 Araştırma ve İnovasyon Programı'ndan Marie Skłodowska-Curie Hibe Sözleşmesi No. 101023041 (R. Cahalane) tarafından bir araştırma hibesi ile desteklenmiştir. Şekil 1 , Biorender.com ile oluşturulmuştur. Mevcut temizleme protokolü, Uluslararası Hücre Dışı Veziküller Derneği 2023 Eğitim Günü'nde (https://www.youtube.com/watch?v=DOebcOes6iI) sunulan önerilen bir tüp temizleme protokolü değiştirilerek geliştirilmiştir. Orijinal karotis dokusu EV örnekleri için Üniversite Sağlık Ağı'ndan (Toronto Üniversitesi, Kanada) Dr. Kathryn Howe ve Dr. Sneha Raju'ya çok teşekkürler.

1. Tüp temizleme
NOT: EV izolasyon prosedürü, hem kapaklı hem de kapaksız polikarbonat UC tüpleri kullanır (aşağıda ayrıntılı olarak açıklanmıştır). Hem kapaklı hem de kapaksız tüpler için aynı prosedür izlendi. Kapaklı tüpler söz konusu olduğunda, kapak parçaları ayrı ayrı temizlendi ve kurutma ve ön depolamadan sonra yeniden birleştirildi.
<ol><li>Polikarbonat tüplerin ilk kullanımından ve numunenin çıkarılmasından sonra, numunenin tüpün yan tarafına kurumasını önlemek için UC tüplerini hemen musluk suyuna batırın.</li>
	<li>Tüpleri %0,1 sodyum dodesil sülfat (SDS) içinde 10 dakika musluk suyuna aktarın ve daldırın.</li>
	<li>Her seferinde bir tüp, SDS çözeltisinin hepsini olmasa da çoğunu tüpten boşaltın ve EV peletinin bulunduğu tüp alanını iyice silmek için bir pamuklu çubuk kullanın. NOT: Kıllı hiçbir şey kullanmayın. Bu protokolde normal pamuklu çubuklar kullanılırdı; Bununla birlikte, tüpleri temizlemek için özel, az tüy bırakan pamuklu çubuklar kullanılabilir.</li>
	<li>En az 3 kez sıcak musluk suyuyla (~50 °C) durulayın. Tüpü tamamen doldurduğunuzdan ve boşalttığınızdan emin olun.</li>
	<li>1x'i bir sprey şişesi veya dar ağızlı bir yıkama şişesi kullanarak demineralize su ile durulayın.</li>
	<li>Bir sprey şişesi kullanarak 1x'i %70 etanol ile durulayın.</li>
	<li>Tüpü kuruması için baş aşağı bırakın. NOT: Floresanla aktive edilmiş hücre sınıflandırması için tüp rafları, UC tüplerini kurutmak için iyi çalışır.</li>
	<li>Tamamen kurumuş tüpleri temiz bir kavanoza koyun; Yeniden kullanıma hazırdırlar. NOT: Şu anda, protokol 2x'e kadar yeniden kullanım için doğrulanmıştır.</li>
</ol>2. EV zenginleştirme
NOT: Aşağıdaki EV izolasyonu ve proteomik protokolü, hem orijinal doku EV izolasyonu hem de boş (hiç kullanılmamış) ve temizlenmiş tüp örneklerini elde etmek için kullanılan "sahte örnekler" için kullanılmıştır. Orijinal örnekler, karotis endartektomi uygulanan hastaların karotis plaklarından doku tuzağına düşürülmüş EV'ler olarak yeniden süspanse edildi. Cerrahi örnekler Üniversite Sağlık Ağı'ndan (Toronto, Kanada) toplandı ve kurumsal etik kurul tarafından onaylandı. Tüm hastalar, Helsinki Bildirgesi'ne uygun olarak numune toplama ve veri analizi için bilgilendirilmiş onam verdiler. Sahte numuneler, boş ve temizlenmiş tüplerin EV izolasyon numuneleri ile aynı çözeltiler ve işleme adımlarıyla işlenmesinden elde edilen sahte peletlerdi.
<ol><li>EV numunelerinin buzunu çözün veya PBS'de buz üzerinde sahte numuneler yapın.</li>
	<li>NTE tamponu (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, 0.137 M NaCl pH 7.4) ve steril filtre yapın.</li>
	<li>Numuneleri 10.000 × g'da 4 °C'de 10 dakika döndürün.</li>
	<li>Süpernatanı 1 mL'lik üstü açık polikarbonat tüpe taşıyın.</li>
	<li>Süpernatanı 4 ° C'de 1 saat boyunca 100.000× g'da santrifüjleyin.</li>
	<li>Pelet, proteaz inhibitörü ile 150 μL steril filtreli NTE tamponunda yeniden süspanse edin.</li>
	<li>1.5 mL'lik bir mikrosantrifüj tüpüne aktarın ve toplam 1.5 mL'lik bir numune hacmine ulaşmak için NTE tamponu ekleyin.</li>
	<li>Numuneleri buz üzerinde tutun.</li>
</ol>3. Yoğunluk gradyanlarının hazırlanması ve yoğunluk gradyan ayrımı
NOT: Bu EV izolasyon protokolü daha önce Blaser ve ark.9 tarafından tanımlanmıştır Kısaca:
<ol><li>Seyreltici olarak NTE tamponu ile beş İodiksanol Yoğunluk Gradyan Ortamı (% 10,% 15,% 20,% 25 ve% 30) çözeltisi hazırlayın.</li>
	<li>Beş yoğunluk çözeltisini, %30'u altta ve %10'u üstte olacak şekilde kapaklı ultrasantrifüj tüp(ler)ine sırayla katmanlayın.</li>
	<li>Kapakları tüp(ler)in üzerine sabitleyin ve oda sıcaklığında 1 saat boyunca yavaşça sabit bir yatay konuma hareket ettirin.</li>
	<li>1 saat sonra, gradyanı soğutmak için tüp(ler)i 30 dakika boyunca buz üzerinde yavaşça dikey konuma getirin.</li>
	<li>Hazırlanan yoğunluk gradyan tüp(ler)inin üstüne 1.5 mL numune veya sahte numune (NTE tamponu) ekleyin.</li>
	<li>4 ° C'de 40 dakika boyunca 250.000 × g'da ultrasantrifüj tüp(ler)i.</li>
	<li>Yoğunluk gradyanının (2.4 mL) üst fraksiyonlarını kapaksız ultrasantrifüj tüp(ler)ine çıkarın. Steril filtrelenmiş NTE tamponu ile 9 mL'ye kadar doldurun.</li>
	<li>EV'leri 4 °C'de 1 saat boyunca 100.000 × g'da ultrasantrifüj ederek peletleyin. NOT: Görünür EV peletinin konumunu veya beklenen konumu bir işaretleyici ile daire içine alın. Bu, pelet alanını doğrudan çubukla temizlemenizi sağlar.</li>
	<li>Tüpü 3 dakika boyunca baş aşağı konuma getirirken süpernatanı aspire edin. Tüpü sağ tarafı yukarı çevirmeden önce kalan damlacıkları pamuklu çubukla çıkarın.</li>
	<li>EV peletini referans alınan kitte 12 μL liz tamponu içinde yeniden süspanse edin.</li>
</ol>4. Proteomik için peptit hazırlama
NOT: Proteomik numune hazırlama, düşük bolluktaki protein numuneleri için kurum içi modifikasyonlarla kit protokolüne göre gerçekleştirilmiştir. Değiştirilen protokol aşağıdaki gibidir:
<ol><li>Numuneleri lizse tamponunda 95 °C'de 10 dakika ısıtarak parçalayın, denatüre edin, indirgeyin ve alkilleyin.</li>
	<li>Numuneden 10 μL liz çözeltisi ve 10 μL sindirim çözeltisi kullanarak 37 ° C'de 2 saat boyunca Lys-C / tripsin sindirim solüsyonunu kullanarak numuneleri sindirin.</li>
	<li>Hidrofilik ve hidrofobik kirleticileri yıkayarak ve kit çözeltileri kullanarak saflaştırılmış peptitleri dışarı atarak peptitleri bir kartuştan saflaştırın.</li>
	<li>Saflaştırılmış peptitleri 45 ° C'de 45 dakika veya kuruyana kadar hızlı bir vakumda kurutun. NOT: Peptitlerin aşırı kurumasını önleyin.</li>
	<li>Numuneleri kütle spektrometresi dizileme zamanına kadar -80 °C'de saklayın.</li>
	<li>Kurutulmuş peptitlere 17 μL LC yük çözeltisi ekleyin.</li>
	<li>Numuneleri 1 saat buz üzerinde bırakın.</li>
	<li>Örnekleri kısaca vorteksleyin ve ardından 5 dakika boyunca ultrasonik bir su banyosunda sonikasyon yapın.</li>
	<li>LC yük numunelerini 1 dakika boyunca 16.000 × g'da santrifüjleyin, üstten 15 μL aspire edin ve yeni bir tüpe ayırın.</li>
</ol>5. Sıvı kromatografisi ve tandem kütle spektrometresi dizilimi
<ol><li>Bir kütle spektrometresi üzerine 2 μL LC yüklü peptit çözeltisi enjekte edin.</li>
	<li>Çift sütunlu bir kurulum kullanarak peptitleri fraksiyonlayın.</li>
	<li>Kolonu 45 °C'lik sabit bir sıcaklıkta ısıtın.</li>
	<li>Analitik gradyanı 300 nL/dk'da %5 ila %21 Solvent B'den (asetonitril /%0.1 formik asit) 60 dakika çalıştırın, ardından 10 dakika %21 ila %30 Solvent B ve 10 dakika daha %95-%5 dekupaj testere yıkama.</li>
	<li>MS1'i 120 K çözünürlüğe (maksimum enjeksiyon süresi, 25 ms) ayarlayın, üst öncü iyonları (3,0 sn döngü süresi içinde) HCD izolasyon genişliği 1,2 m/z'ye, dinamik dışlama etkin (60 sn) duruma getirin ve MS2 çözünürlüğünü 60 K (maksimum enjeksiyon süresi, otomatik; normalleştirilmiş çarpışma enerjisi, %24, %26 ve %28) olarak ayarlayın.</li>
	<li>MS1 ve MS2 alım aralığını sırasıyla 400 m/z-1.200 m/z ve 120 m/z-1.200 m/z olarak ayarlayın.</li>
</ol>6. Peptit / protein tanımlaması
<ol><li>Elde edilen peptit spektrumlarını, bir insan uniProt veritabanına karşı ticari bir arama algoritması kullanarak bir proteomik arama yazılımı ile arayın.</li>
	<li>Sindirim enzimini tripsine ayarlayın ve iki adede kadar kaçırılan bölünmeye izin verin.</li>
	<li>Öncü toleransı 10 ppm'ye ve parça tolerans penceresini 0,02 Da'ya ayarlayın.</li>
	<li>Metiyonin oksidasyonunu ve N-terminal asetilasyonunu değişken modifikasyonlar olarak ve sistein karbamidometilasyonunu sabit modifikasyon olarak ayarlayın.</li>
	<li>Peptitleri, Percolator algoritması tarafından hesaplanan %1.0'lık bir yanlış keşif oranı (FDR) eşiğine göre filtreleyin.</li>
	<li>Yalnızca belirli bir protein grubuna atanan ve başka herhangi bir protein grubunda tespit edilmeyen peptitleri benzersiz olarak kabul edin ve bunları daha fazla analiz için kullanın.</li>
	<li>Analizlerde her protein için yalnızca en az iki benzersiz peptit ekleyin.</li>
	<li>Öncü iyon algılama ile kimlikleri en üst düzeye çıkarın.</li>
	<li>Maksimum 10 dakikalık tutma süresi kayması, 10 ppm kütle toleransı ve minimum 5 sinyal-gürültü ile kromatografik hizalama gerçekleştirin.</li>
	<li>Peptit bolluğunu toplam peptit miktarına göre normalleştirin.</li>
</ol>

Proteomik için Polikarbonat Ultrasantrifüj Tüplerinin Verimli Geri Dönüşümü

<ol>
	<li>van Niel, G., D'Angelo, G., Raposo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shedding+light+on+the+cell+biology+of+extracellular+vesicles.">Shedding light on the cell biology of extracellular vesicles.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 19 (4), 213-228 (2018).</li><li>Th&#233;ry, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Minimal+information+for+studies+of+extracellular+vesicles+2018+(MISEV2018):+a+position+statement+of+the+International+Society+for+Extracellular+Vesicles+and+update+of+the+MISEV2014+guidelines.">Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines.</a> Journal of Extracellular Vesicles. 7 (1), 1535750 (2018).</li><li>Witwer, K. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardization+of+sample+collection,+isolation+and+analysis+methods+in+extracellular+vesicle+research.">Standardization of sample collection, isolation and analysis methods in extracellular vesicle research.</a> Journal of Extracellular Vesicles. 2 (1), 20360 (2013).</li><li>Konoshenko, M. Y., Lekchnov, E. A., Vlassov, A. V., Laktionov, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+extracellular+vesicles:+general+methodologies+and+latest+trends.">Isolation of extracellular vesicles: general methodologies and latest trends.</a> BioMed Research International. 2018, e854347 (2018).</li><li>Kowal, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+comparison+defines+novel+markers+to+characterize+heterogeneous+populations+of+extracellular+vesicle+subtypes.">Proteomic comparison defines novel markers to characterize heterogeneous populations of extracellular vesicle subtypes.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 113 (8), E968-E977 (2016).</li><li>Karimi, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detailed+analysis+of+the+plasma+extracellular+vesicle+proteome+after+separation+from+lipoproteins.">Detailed analysis of the plasma extracellular vesicle proteome after separation from lipoproteins.</a> Cellular and Molecular Life Sciences. 75 (15), 2873-2886 (2018).</li><li>Lischnig, A., Bergqvist, M., Ochiya, T., L&#228;sser, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+proteomics+identifies+proteins+enriched+in+large+and+small+extracellular+vesicles.">Quantitative proteomics identifies proteins enriched in large and small extracellular vesicles.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 21 (9), 100273 (2022).</li><li>van Herwijnen, M. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+proteomic+analysis+of+human+milk-derived+extracellular+vesicles+unveils+a+novel+functional+proteome+distinct+from+other+milk+components.">Comprehensive proteomic analysis of human milk-derived extracellular vesicles unveils a novel functional proteome distinct from other milk components.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 15 (11), 3412-3423 (2016).</li><li>Blaser, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiomics+of+tissue+extracellular+vesicles+identifies+unique+modulators+of+atherosclerosis+and+calcific+aortic+valve+stenosis.">Multiomics of tissue extracellular vesicles identifies unique modulators of atherosclerosis and calcific aortic valve stenosis.</a> Circulation. 148 (8), 661-678 (2023).</li><li>Kristensen, K., Henriksen, J. R., Andresen, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adsorption+of+cationic+peptides+to+solid+surfaces+of+glass+and+plastic.">Adsorption of cationic peptides to solid surfaces of glass and plastic.</a> PLOS ONE. 10 (5), e0122419 (2015).</li><li>Use and care of centrifuge tubes and bottles. Beckman Coulter Available from: <a target="_blank" href="https://www.beckman.com/supplies/tubes-and-bottles">https://www.beckman.com/supplies/tubes-and-bottles</a> (2014)</li><li>Wang, L., Zhang, J., Hou, S., Sun, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+quantifying+polycarbonate+and+polyethylene+terephthalate+microplastics+in+environmental+samples+by+liquid+chromatography-tandem+mass+spectrometry.">A simple method for quantifying polycarbonate and polyethylene terephthalate microplastics in environmental samples by liquid chromatography-tandem mass spectrometry.</a> Environmental Science &amp; Technology Letters. 4 (12), 530-534 (2017).</li><li>Schittek, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dermcidin:+a+novel+human+antibiotic+peptide+secreted+by+sweat+glands.">Dermcidin: a novel human antibiotic peptide secreted by sweat glands.</a> Nature Immunology. 2 (12), 1133-1137 (2001).</li><li>Blaydon, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutations+in+CSTA,+encoding+Cystatin+A,+underlie+exfoliative+ichthyosis+and+reveal+a+role+for+this+protease+inhibitor+in+cell-cell+adhesion.">Mutations in CSTA, encoding Cystatin A, underlie exfoliative ichthyosis and reveal a role for this protease inhibitor in cell-cell adhesion.</a> American Journal of Human Genetics. 89 (4), 564-571 (2011).</li><li>Henry, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hornerin+is+a+component+of+the+epidermal+cornified+cell+envelopes.">Hornerin is a component of the epidermal cornified cell envelopes.</a> FASEB Journal. 25 (5), 1567-1576 (2011).</li><li>Bolling, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generalized+ichthyotic+peeling+skin+syndrome+due+to+FLG2+mutations.">Generalized ichthyotic peeling skin syndrome due to FLG2 mutations.</a> The Journal of Investigative Dermatology. 138 (8), 1881-1884 (2018).</li><li>Jin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DAMP+molecules+S100A9+and+S100A8+activated+by+IL-17A+and+house-dust+mites+are+increased+in+atopic+dermatitis.">DAMP molecules S100A9 and S100A8 activated by IL-17A and house-dust mites are increased in atopic dermatitis.</a> Experimental Dermatology. 23 (12), 938-941 (2014).</li><li>Gl&#228;ser, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+antimicrobial+protein+psoriasin+(S100A7)+is+upregulated+in+atopic+dermatitis+and+after+experimental+skin+barrier+disruption.">The antimicrobial protein psoriasin (S100A7) is upregulated in atopic dermatitis and after experimental skin barrier disruption.</a> Journal of Investigative Dermatology. 129 (3), 641-649 (2009).</li><li>Molhave, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=House+dust+in+seven+Danish+offices.">House dust in seven Danish offices.</a> Atmospheric Environment. 34, 4767-4779 (1999).</li><li>Buschow, S. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MHC+class+II-associated+proteins+in+B-cell+exosomes+and+potential+functional+implications+for+exosome+biogenesis.">MHC class II-associated proteins in B-cell exosomes and potential functional implications for exosome biogenesis.</a> Immunology and Cell Biology. 88 (8), 851-856 (2010).</li></ol>

Yazarların açıklanacak herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Burada, EV zenginleştirme ve proteomik uygulamalar için polikarbonat UC tüplerinin temizlenmesi için bir protokolü açıklıyor ve doğruluyoruz. Bu kütle spektrometresi edinim protokolünün tespit sınırının altında temizlenmiş bir psödo-pelet analizi ile karşılaştırıldığında, önceki UC tüp numunesinden kalıntı proteinin başarılı bir şekilde uzaklaştırıldığını gösterdik ve temizlenmiş UC tüpü psödo-peletlerine kıyasla hiç kullanılmamış boş UC tüpünün proteomik benzerliğ...

Hücre dışı veziküller (EV'ler), protein gibi biyolojik olarak aktif kargo taşıyan hücrelerden salınan ve hücre-hücre iletişimi ve biyolojik mineralizasyonun oluşumu dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlere katılan lipid-çift tabaka ile sınırlandırılmış parçacıklardır1. Bu parçacıklar tüm vücut sıvılarında ve dokularında bulunur ve biyolojik aktiviteleri ve kullanımları hızla gelişen bir bilimsel araştırma alanıdır. Bu nanopartiküllerin izolasyonu ve doğrulanması, küçük boyutları ve lipozomlar ve protein agregatları gibi diğer partiküllere biyo-benzerlikleri nedeniyle çeşitli zorluklar ortaya çıkarmaktadır. En son Uluslararası Hücre Dışı Veziküller Derneği kılavuzları, Hücre dışı vezikül çalışmaları için minimum bilgi 2018 (MISEV2018), EV bilimsel araştırmaları için tanınan standarttır2.
EV izolasyonu için yukarı akış kaynağına ve aşağı akış uygulamalarına bağlı olarak, genellikle birlikte çeşitli yöntemler kullanılmalıdır. 2015 itibariyle, EV'ler için en yaygın birincil izolasyon yöntemi diferansiyel ultrasantrifüjleme (UC)2 idi. Prensip olarak, ilk düşük hızlı santrifüjleme, hücreler ve hücre kalıntıları gibi daha büyük veya daha yoğun istenmeyen bileşenleri ayırır ve EV'leri süpernatantta bırakır. Daha sonra, UC, EV'leri daha küçük veya daha az yoğun olan ancak aynı zamanda yoğun EV olmayan parçacıklar da içerebilen diğer parçacıklardan ayırmak ve saflaştırmak için çok yüksek merkezkaç kuvveti kullanır. Çoğu protokol, EV'leri bir sıvıdan izole etmek için genellikle bir adımda veya başka bir adımda UC kullanır3. Ayrıca UC, EV'leri kaldırma kuvvetine göre ayırmak için OptiprepTM iyodiksanol ve merkezkaç kuvveti gibi ortamları kullanan yoğunluk gradyanlı ultrasantrifüjleme (DGUC) gibi diğer EV izolasyon yöntemlerindekullanılır 4. EV izolasyonu için başka yöntemler de mevcuttur3.
EV'ler tarafından dikte edilen biyolojik süreçlerin hızla gelişen anlayışı ve bunların biyobelirteç ve patofizyoloji ile ilgili bilgi olarak potansiyelleri göz önüne alındığında, proteomik gibi keşfe dayalı analizler ilgi görmüştür 5,6,7,8. EV'ler küçüktür ve kaynağa bağlı olarak, tüm doku veya hücre lizatı ile karşılaştırıldığında düşük bir protein verimine (<1 μg) sahiptir. Proteomik analiz için EV'lerin izolasyonu, EV olmayan protein kirleticilerinin yukarı akış sıvısından veya dokudan uzaklaştırılması, izolasyon işlemi sırasında EV protein bozunmasının dikkate alınması ve peptit hazırlama ve kütle spektrometresi analizleri ile kimyasal olarak uyumlu protein çözeltileri oluşturan yöntemlerin kullanılması gibi özel hususlar gerektirir.
Araştırma laboratuvarı sarf malzemeleri genellikle plastiktir ve doğası gereği tek kullanımlıktır. Bu tek kullanımlık malzemeler, küresel plastik kirliliği krizine ve sarf malzemesi maliyetlerine katkıda bulunur. Özel polikarbonat ve polistiren UC tüpleri, laboratuvar uygulamalarında EV'leri peletlemek için gereken yüksek merkezkaç kuvvetlerine dayanacak şekilde tasarlanmıştır. UC tüplerini yeniden kullanım için sterilize etmek ve dezenfekte etmek mümkün olsa da, proteomik analizler, özellikle EV'ler gibi düşük protein verimine sahip olanlar özel dikkat gerektirir. Önceki kullanımdan kalan kalıntı proteinin yeterli miktarda uzaklaştırılması çok önemli olmakla kalmaz, aynı zamanda kütle spektroskopisi ve plastik türevli polimer kontaminasyonu ile kimyasal uyumluluk da dikkate alınmalıdır.
Burada, kütle spektrometresi için uygun deterjanlar kullanan polikarbonat tüplerin bir temizleme protokolünü sunuyoruz ve kalıntı proteinin tespit sınırlarının altında başarılı bir şekilde uzaklaştırılmasını ve tespit edilebilir polimer kirleticilerin eksikliğini doğrulamak için deneyler yapıyoruz. Hem UC hem de DGUC amaçlarını kullanarak EV proteomik uygulamaları için temizleme protokolünü doğrulamak için, kombine bir UC ve DGUC protokolü ile insan damar dokusu EV'lerinin izolasyonlarından tüpler elde ettik. Tüpler, tarif edilen protokol kullanılarak temizlendi ve deneysel işlem, hiç kullanılmayan boş bir UC tüpü ile temizlenmiş bir UC tüpü karşılaştırılan numuneler olmadan tekrarlandı. Sonuç olarak, EV'lerin zenginleştirilmesi için uygun bir UC tüp temizleme protokolünün doğrulanması, EV laboratuvarları tarafından üretilen atıkları azaltacak ve bu tür deneylerle ilişkili maliyeti düşürecektir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>10 mL Open-Top Thickwall Polycarbonate Tube</td>
			<td>Beckman Coulter Life Sciences</td>
			<td>355630</td>
			<td>uncapped ultracentrifuge tube(s)&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10.4 mL Polycarbonate Bottle with Cap Assembly</td>
			<td>Beckman Coulter Life Sciences</td>
			<td>355603</td>
			<td>capped ultracentrifuge tube(s)&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>an Acclaim PepMap 100 C18 HPLC Columns, 75 &#181;m x 70 mm; and an EASY-Spray HPLC Column, 75 &#181;m x 250 mm</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>164946 and ES902</td>
			<td>Dual column setup</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Critical Swab Swab, Cotton Head</td>
			<td>VWR</td>
			<td>89031-270</td>
			<td>cotton swab</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Exploris 480 fronted with EASY-Spray Source, coupled to an Easy-nLC1200 HPLC pump. &#160;</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>BRE725533</td>
			<td>Mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human UniProt database (101043 entries, updated January 2022)</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>Human database</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MilliQ water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PreOmics iST kit &#160;</td>
			<td>PreOmics</td>
			<td>P.O.00027</td>
			<td>commercial protein sample preparation kit&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteome Discoverer &#160;package (PD, Version 2.5)</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>NA</td>
			<td>Proteomic search software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SEQUEST-HT search algorithm&#160;</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td>Search algorithm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Dodecyl Sulfate (20%)</td>
			<td>Boston BioProducts</td>
			<td>BM-230</td>
			<td>detergent</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

polycarbonate ultracentrifuge tube re-use in proteomic analyses of extracellular vesicles

Tek kullanımlık laboratuvar plastikleri kirlilik krizini daha da kötüleştiriyor ve sarf malzemesi maliyetlerine katkıda bulunuyor. Hücre dışı vezikül (EV) izolasyonunda, ilişkili yüksek merkezkaç kuvvetlerine dayanmak için polikarbonat ultrasantrifüj (UC) tüpleri kullanılır. EV proteomiği gelişmekte olan bir alandır ve bu tüpler için doğrulanmış yeniden kullanım protokolleri eksiktir. Düşük verimli protein izolasyon protokolleri ve aşağı akış proteomikleri için sarf malzemelerinin yeniden kullanılması, santrifüj tüpünden türetilmiş sentetik polimer kontaminasyonunun olmaması ve artık proteinlerin yeterli miktarda uzaklaştırılması gibi kütle spektroskopisi edinimleriyle reaktif uyumluluğu gerektirir.
Bu protokol, EV proteomik deneylerinde yeniden kullanım için polikarbonat UC tüplerinin temizlenmesi için bir yöntemi tanımlar ve doğrular. Temizleme işlemi, protein kurumasını önlemek için UC tüplerinin H2O'ya hemen daldırılmasını, %0,1 sodyum dodesil sülfat (SDS) deterjanla yıkanmasını, sıcak musluk suyunda, demineralize suda ve %70 etanolde durulamasını içerir. Aşağı akış EV proteomiği için UC tüpü yeniden kullanım protokolünü doğrulamak için, diferansiyel UC ve yoğunluk gradyan ayrımı kullanılarak EV'leri kardiyovasküler dokudan izole eden bir deneyin ardından kullanılmış tüpler elde edildi. Tüpler temizlendi ve deneysel işlem, hiç kullanılmayan boş UC tüplerini temizlenmiş UC tüpleriyle karşılaştıran EV örnekleri olmadan tekrarlandı. İzolasyon prosedürlerinden elde edilen yalancı EV peletleri, düşük bollukta protein örnekleri için modifikasyonlara sahip ticari bir protein örneği hazırlama kiti kullanılarak sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometresi için parçalandı ve hazırlandı.
Temizlemeyi takiben, tanımlanan proteinlerin sayısı, aynı tüpten alınan önceki EV izolasyon örneğine kıyasla yalancı pelette% 98 oranında azaltıldı. Temizlenmiş bir tüp ile boş bir tüp karşılaştırıldığında, her iki numune de %86 benzerliğe sahip çok az sayıda protein (≤20) içeriyordu. Temizlenen tüplerin kromatogramlarında polimer piklerinin olmadığı doğrulandı. Sonuç olarak, EV'lerin zenginleştirilmesi için uygun bir UC tüp temizleme protokolünün doğrulanması, EV laboratuvarları tarafından üretilen atıkları azaltacak ve deney maliyetlerini düşürecektir.

Extracellular vesicles (EVs) are lipid-bilayer-delimited particles released from cells that carry biologically active cargo, such as protein, and participate in various biological processes, including cell-cell communication and the formation of biologic mineralization1. These particles are found in all body fluids and tissues, and their biological activities and uses are a rapidly evolving field of scientific research. Isolation and validation of these nanoparticles present various challenges due to their small size and bio-similarity to other particles, such as liposomes and protein aggregates. The most recent International Society of Extracellular Vesicles guidelines, Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018), are the recognized standard for EV scientific research2.
Various methods, often in tandem, must be used for EV isolation depending on the upstream source and the downstream applications. As of 2015, the most common primary isolation method for EVs was differential ultracentrifugation (UC)2. In principle, initial lower speed centrifugation separates&#160;larger or denser unwanted components, such as cells and cell debris, leaving EVs in the supernatant. Subsequently, UC uses very high centrifugal force to pellet out and thus separate and purify EVs from other particles that are smaller or less dense but which may also contain dense non-EV particles. Most protocols will often use, at one step or another, UC to isolate EVs from a fluid3. Further, UC is used in other methods of EV isolation, such as density gradient ultracentrifugation (DGUC), which uses mediums such as OptiprepTM iodixanol and centrifugal force to separate EVs according to their buoyant density4. Other methods of EV isolation exist3.
Considering the rapidly evolving understanding of the biological processes dictated by EVs and their potential as biomarkers and information regarding pathophysiology, discovery-based analyses such as proteomics have gained traction5,6,7,8. EVs are small, and, depending on the source, have a low yield of protein (&#60;1 &#956;g) when compared to whole tissue or cell lysate. Isolation of EVs for proteomics analysis requires special considerations, such as the removal of non-EV protein contaminants from upstream liquid or tissue, consideration of EV protein degradation during the isolation process, and the utilization of methods that create protein solutions that are chemically compatible with peptide preparation and mass spectrometry analyses.
Research laboratory consumables are often plastic and disposable in nature. These single-use materials contribute to the global plastic pollution crisis and consumable costs. Specialized polycarbonate and polystyrene UC tubes are designed to withstand the high centrifugal forces required to pellet EVs in laboratory applications. While it is possible to sterilize and disinfect UC tubes for re-use, proteomic analysis, especially those of low protein yields such as EVs, requires special attention. Not only is sufficient removal of residual protein from the previous use paramount, chemical compatibility with mass-spectroscopy and plastic-derived polymer contamination must also be considered.
Here we present a cleaning protocol of polycarbonate tubes using detergents suitable for mass-spectrometry and perform experiments to validate its successful removal of residual protein below limits of detection and lack of detectable polymer contaminants. To validate the cleaning protocol for EV proteomic applications using both UC and DGUC purposes, we obtained tubes from isolations of human vasculature tissue EVs with a combined UC and DGUC protocol. Tubes were cleaned using the protocol described, and the experimental process was repeated without samples comparing a blank never-used UC tube and a cleaned UC tube. Ultimately, the validation of a UC tube cleaning protocol suitable for the enrichment of EVs will reduce the waste produced by EV laboratories and lower the cost associated with such experiments.

Yazar Spotlight: Hücre Dışı Vezikül İzolasyonu için Polikarbonat Tüplerin Etkili Yeniden Kullanımı

Polikarbonat Ultrasantrifüj Tüpünün Hücre Dışı Veziküllerin Proteomik Analizlerinde Yeniden Kullanımı

Temizleme protokolünü doğrulamak için (Şekil 1) iki deney yapıldı. İlk olarak, temizlenmiş tüpten alınan "sahte numunenin" proteomu, tanımlanan proteinlerin taşınmasını belirlemek için tüpün ilk kullanımından elde edilen doku EV numunesinin proteomu ile karşılaştırıldı. Temsili kromatogramlar, tüplerin temizlenmesini takiben tepe heterojenliğinde bir azalma gösterir (Şekil 2). Orijinal EV izolasyonunda, 806 protein iki veya daha fa...

Read this Scientific Article Protocol about Author Spotlight: Effective Reuse of Polycarbonate Tubes for Extracellular Vesicle Isolation at JoVE.com

Proteomik deneyler için uygun hücre dışı vezikül izolasyonu gerçekleştirmek için polikarbonat ultrasantrifüj tüplerinin temizlenmesi ve yeniden kullanılması için ayrıntılı bir protokol sağlanmıştır.

Single-use laboratory plastics exacerbate the pollution crisis and contribute to consumable costs. In extracellular vesicle (EV) isolation, polycarbonate ...

Kardiyovasküler hastalıkları, özellikle kapakçıklar ve kan damarları gibi kardiyovasküler dokuların patolojik kalsifikasyonunda hücre dışı veziküllerin rolünü inceliyoruz. Grubumuzdaki araştırmacılar son zamanlarda proteomik profillerini belirlemek için fibro kalsifik kardiyovasküler dokudan doku ve sıkışmış hücre dışı vezikülleri çıkarmak için yöntemler tanımladılar. Grubumuz, bu hücre dışı veziküllerin hastalık dokularında kalsifikasyonu başlatmak için önemli protein yükü içerdiğini göstermiştir.Hücre dışı vezikül izolasyonunun ultrasantrifüj adımında kullanılan özel tüpler, yeniden kullanım için temizlenebilir ve sterilize edilebilir. Bununla birlikte, proteomik analiz, herhangi bir kontaminasyonun aşağı akış sonuçlarını büyük ölçüde etkileyebileceğinden özel dikkat gerektirir. Burada, aşağı akış düşük girdili proteomik uygulamalar için uygun olan hücre dışı vezikül izolasyonu için sarf malzemelerinin, özellikle polikarbonat ultrasantrifüj tüplerinin yeniden kullanılması için bir protokolü doğruluyoruz.Protokolümüz basit ve etkilidir ve araştırmacıların hem sarf malzemesi maliyetlerini hem de tipik olarak bu izolasyon protokolleriyle ilişkili atıkları azaltmasına olanak tanır.

polycarbonate-ultracentrifuge-tube-re-use-proteomic-analyses

Research

JoVE Journal

Biology

Polycarbonate Ultracentrifuge Tube Re-Use in Proteomic Analyses of Extracellular Vesicles

722 Görüntüleme.  Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School. Kardiyovasküler hastalıkları, özellikle kapakçıklar ve kan damarları gibi kardiyovasküler dokuların patolojik kalsifikasyonunda hücre dışı veziküllerin rolünü inceliyoruz. Grubumuzdaki araştırmacılar son zamanlarda proteomik profillerini belirlemek için fibro kalsifik kardiyovasküler dokudan doku ve sıkışmış hücre dışı vezikülleri çıkarmak için yöntemler tanımladılar. Grubumuz, bu hücre dışı veziküllerin hastalık dokularında kalsifikasyonu başlatma...

Video: Yazar Spotlight: Hücre Dışı Vezikül İzolasyonu için Polikarbonat Tüplerin Etkili Yeniden Kullanımı

Single-use laboratory plastics exacerbate the pollution crisis and contribute to consumable costs. In extracellular vesicle (EV) isolation, polycarbonate ultracentrifuge (UC) tubes are used to endure the associated high centrifugal forces. EV proteomics is an advancing field and validated re-use protocols for these tubes are lacking. Re-using consumables for low-yield protein isolation protocols and downstream proteomics requires reagent compatibility with mass spectroscopy acquisitions, such as the absence of centrifuge tube-derived synthetic polymer contamination, and sufficient removal of residual proteins.
This protocol describes and validates a method for cleaning polycarbonate UC tubes for re-use in EV proteomics experiments. The cleaning process involves immediate submersion of UC tubes in H2O to prevent protein drying, washing in 0.1% sodium dodecyl sulfate (SDS) detergent, rinsing in hot tap water, demineralized water, and 70% ethanol. To validate the UC tube re-use protocol for downstream EV proteomics, used tubes were obtained following an experiment isolating EVs from cardiovascular tissue using differential UC and density gradient separation. Tubes were cleaned and the experimental process was repeated without EV samples comparing blank never-used UC tubes to cleaned UC tubes. The pseudo-EV pellets obtained from the isolation procedures were lysed and prepared for liquid chromatography-tandem mass spectrometry using a commercial protein sample preparation kit with modifications for low-abundance protein samples.
Following cleaning, the number of identified proteins was reduced by 98% in the pseudo-pellet versus the previous EV isolation sample from the same tube. Comparing a cleaned tube against a blank tube, both samples contained a very small number of proteins (&#8804;20) with 86% similarity. The absence of polymer peaks in the chromatograms of the cleaned tubes was confirmed. Ultimately, the validation of a UC tube cleaning protocol suitable for the enrichment of EVs will reduce the waste produced by EV laboratories and lower the experimental costs.

A detailed protocol is provided for cleaning and re-using polycarbonate ultracentrifuge tubes to perform extracellular vesicle isolation suitable for proteomics experiments.