<p class="jove_content"> Whitehead Institute Fellows Funds </p>

<p class="jove_title"> Teil 1: cDNA-Synthese aus RNA </p><ol><li> Vor der Verwendung der Ambion Amino Allyl MessageAmp II Kit, fügen Sie die empfohlene Menge von 100% Ethanol zu dem Waschpuffer. </li><li> In PCR-Gefäß, fügen Sie zwischen 100 ng bis 5μg Gesamt-RNA und 1μl der T7-Oligo (dT)-Primer. Bringen Sie die Lautstärke von bis zu 12μl mit Nuklease-freiem Wasser. </li><li> Inkubieren Proben bei 70 ° C für 10 min in einem Thermocycler. </li><li> Entfernen RNA-Proben von 70 ° C und kurz zentrifugieren. Auf Eis legen. </li><li> Bereiten Sie die <sup>1.</sup> Strand Synthesis Master-Mix und halten bei Raumtemperatur (mit 10% Überschuss zum Pipettieren Fehler). <strong>(Tabelle 1)</strong> </li><li> Gently Pipette Master Mix-oder Springmesser, zu mischen, und dann kurz zentrifugieren. </li><li> Transfer 8μl des Master Mix zu jeder RNA-Probe. Mix von Auf-und Abpipettieren 3-4 mal. </li><li> Inkubation bei 42 ° C für 2 Stunden in Thermocycler. </li><li> Centrifuge Proben kurz auf Eis stellen. Unmittelbar mit dem nächsten Schritt der dsDNA Synthese fort. </li><li> Bereiten Sie die 2 <sup>nd</sup> Strand Synthesis Master-Mix auf Eis (mit 10% Überschuss zum Pipettieren Fehler). <strong>(Tabelle 2)</strong> </li><li> Gently Pipette Master Mix-oder Springmesser, zu mischen, und dann kurz zentrifugieren. </li><li> Transfer-80μl jeder Probe und sanft durch Auf-und Abpipettieren 3-4 mal zu mischen. </li><li> Inkubation bei 16 ° C für 2 Stunden in Thermocycler. </li><li> Nach dem 2 Stunden Inkubation mit der cDNA clean-up Schritt fort oder einfrieren sofort bei -20 ° C. </li></ol><p class="jove_title"> Teil 2: Double-cDNA clean-up </p><ol><li> Entfernen Sie die cDNA pur aus dem Kühlschrank und lassen Sie ihn auf Raumtemperatur für 30 Minuten vor dem Einsatz ausgleichen. Schütteln Sie die Flasche voll resuspendieren der magnetischen cDNA verbindliche Perlen vor der Verwendung. </li><li> Aliquot Nuklease-freiem Wasser in ein 1,5 ml Röhrchen und inkubieren bei 50-60 ° C für mindestens 10 Minuten während der letzten 2 Std. Inkubation. </li><li> Fügen Sie 180μl der cDNA pur zu jeder Probe und gründlich durch Auf-und Abpipettieren mischen. Übertragen Sie die Proben auf eine 96-Well-Rundboden-Platte. </li><li> Weiter zu den Proben durch leichtes Schütteln der Platte auf einem Schüttler für mindestens 2 Minuten mischen. </li><li> Bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. Lassen Platte auf den Ständer für ca. 6 Minuten, oder bis die Mischung wird transparent und die Bindung Perlen haben pelletiert. </li><li> Vorsichtig absaugen der Überstand mit einem Vakuum-Sauger, ohne die magnetischen Kügelchen. Alternativ vorsichtig den Überstand mit einer Pipette und den Überstand verwerfen. </li><li> Die Platte aus dem magnetischen stehen. </li><li> Add 150 &amp;mgr; l cDNA Waschpuffer in jede Kavität der Platte für 1 Minute auf dem Schüttler bei mäßiger Geschwindigkeit. Perlen werden zu diesem Schritt zu zerstreuen, wegen der niedrigen Oberflächenspannung des Waschpuffer. </li><li> Bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. </li><li> Vorsichtig absaugen der Überstand mit einem Vakuum-Sauger, ohne die magnetischen Kügelchen. Alternativ vorsichtig den Überstand mit einer Pipette und den Überstand verwerfen. </li><li> Die Platte aus dem magnetischen stehen. </li><li> Wiederholen Sie die Wäsche ein <sup>2.</sup> Mal mit 150 &amp;mgr; l cDNA-Waschpuffer. </li><li> Nach dem <sup>2.</sup> waschen, trocknen die Kügelchen durch Schütteln der Platte für 2 Minuten auf dem Schüttler bei maximaler Geschwindigkeit. Nicht übertrocknen! </li><li> Eluieren der cDNA von den Perlen, indem 18μl der vorgewärmten Nuklease-freies Wasser zu jeder Probe. </li><li> Kräftig schütteln, die Platte für 3 Minuten auf dem Schüttler, dann überprüfen Sie, ob die magnetischen Beads vollständig verteilt sind. Wenn nicht, weiter zittern. </li><li> Nachdem die magnetischen Beads vollständig zerstreut haben, bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. </li><li> Sorgfältig Übertragung der eluierten cDNA (~ 16μl) in ein neues PCR-Platte (oder PCR-Röhrchen). </li><li> Gehen Sie direkt zum nächsten Schritt, oder frieren die cDNA bei -20 ° C. </li></ol><p class="jove_title"> Teil 3: <em>In-vitro-Transkription</em> (IVT) </p><ol><li> Bereiten Sie das IVT Master-Mix bei Raumtemperatur. <strong>(Tabelle 3)</strong> </li><li> Gently Pipette die Master Mix-oder Springmesser, zu mischen und kurz zentrifugieren. </li><li> Add 24μl jeder Probe und sanft durch Auf-und Abpipettieren 3-4 mal zu mischen. </li><li> Bei 37 ° C für 14 Stunden in einem Thermocycler, dann bei 4 ° C bis bereit für den nächsten Schritt zu halten. </li></ol><p class="jove_title"> Teil 4: aRNA clean-up nach IVT </p><ol><li> Vortex die RNA-Bindung Perlen kurz, um eine gleichmäßige Mischung vor Gebrauch zu erhalten. </li><li> Bereiten Sie die aRNA Binding Mix bei Raumtemperatur <strong>(Tabelle 4)</strong> Das vor der Zeit getan werden kann -. Die vorbereitete verbindliche Mischung kann bei Raumtemperatur gelagert werden bis zu einer Woche. </li><li> Gut mischen durch Vortexen. </li><li> Aliquot der aRNA Elutionspuffer in ein 1,5 ml Röhrchen und inkubieren bei 50-60 ° C für mindestens 10 Minuten. </li><li> Fügen Sie 70μl der aRNA verbindliche Mixzu jeder Probe und mischen Sie gut durch Auf-und Abpipettieren 3-4 mal. </li><li> Übertragen Sie die Proben aus der PCR-Platte, eine 96-Well-Rundboden-Platte. </li><li> Add 50 ul 100% Isopropanol zu jeder Probe und mischen Sie gut durch Auf-und Abpipettieren 3-4 mal. </li><li> Schütteln Sie die Platte auf einem Schüttler für mindestens 2 Minuten gründlich mischen der Proben. </li><li> Bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. Lassen Sie die Platte auf dem Stand, bis die Mischung wird transparent und die Bindung Perlen haben pelletiert. </li><li> Vorsichtig absaugen der Überstand mit einem Vakuum-Sauger, ohne die magnetischen Kügelchen. Alternativ vorsichtig den Überstand mit einer Pipette und den Überstand verwerfen. </li><li> Die Platte aus dem magnetischen stehen. </li><li> Add 100 &amp;mgr; aRNA Waschlösung in jede Kavität der Platte für 1 Minute auf dem Schüttler bei mäßiger Geschwindigkeit. Perlen können nicht vollständig in diesem Schritt zu zerstreuen. </li><li> Bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. </li><li> Vorsichtig absaugen der Überstand mit einem Vakuum-Sauger, ohne die magnetischen Kügelchen. Alternativ vorsichtig den Überstand mit einer Pipette und den Überstand verwerfen. </li><li> Die Platte aus dem magnetischen stehen. </li><li> Wiederholen Sie die Wäsche ein <sup>2.</sup> Mal mit 100 &amp;mgr; aRNA Waschlösung. </li><li> Nach dem <sup>2.</sup> waschen, trocknen die Kügelchen durch Schütteln der Platte für 1 Minute auf dem Schüttler bei maximaler Geschwindigkeit. Nicht übertrocknen Proben! </li><li> Eluieren aRNA von den Perlen, indem 40 ul vorgewärmte aRNA Elutionspuffer zu jeder Probe. </li><li> Kräftig schütteln, die Platte auf dem Schüttler für 3 Minuten, dann überprüfen Sie, ob die magnetischen Beads vollständig verteilt sind. Wenn nicht, weiter zittern. </li><li> Nachdem die magnetischen Beads vollständig zerstreut haben, bewegen Sie die Platte zu einem magnetischen stehen, um die magnetischen Kügelchen zu erfassen. Der Überstand enthält das gereinigte-up Amino-allyl eingebaut aRNA. </li><li> Sorgfältig Übertragung der eluierten aRNA einen neuen PCR-Platte (oder PCR-Röhrchen). </li><li> (Optionaler Schritt) Überprüfen Sie die RNA-Konzentration der Proben durch die Messung 1.5μl auf einem NanoDrop Spektralphotometer. </li><li> Unmittelbar auf den nächsten Schritt fort, oder lagern Sie das aRNA bei -80 ° C. </li></ol><p class="jove_title"> Tabelle 1: cDNA 1 <sup>M.</sup> Strand Synthesis Master Mix </p><table border="1" cellpadding="8"><tbody><tr><td> <strong>Reagens</strong> </td><td> <strong>Betrag für 1-Reaktion</strong> </td></tr><tr><td> 10X First Strand Buffer </td><td> 2 ul </td></tr><tr><td> dNTP Mix </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> Ribonuclease Inhibitor </td><td> 1 ul </td></tr><tr><td> Array Script </td><td> 1 ul </td></tr></tbody></table><p class="jove_title"> Tabelle 2: cDNA <sup>2.</sup> Strand Synthesis Master Mix </p><table border="1" cellpadding="8"><tbody><tr><td> <strong>Reagens</strong> </td><td> <strong>Betrag für 1-Reaktion</strong> </td></tr><tr><td> Nuclease freies Wasser </td><td> 63 ul </td></tr><tr><td> 10X Zweiten Strand Buffer </td><td> 10 pl </td></tr><tr><td> dNTP Mix </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> DNA Polymerase </td><td> 2 ul </td></tr><tr><td> RNase H </td><td> 1 ul </td></tr></tbody></table><p class="jove_title"> Tabelle 3: IVT Master Mix </p><table border="1" cellpadding="8"><tbody><tr><td> <strong>Reagens</strong> </td><td> <strong>Betrag für 1-Reaktion</strong> </td></tr><tr><td> aaUTP-Lösung (75 mM) </td><td> 2 ul </td></tr><tr><td> ATP, CTP, GTP-Mix (25 mM) </td><td> 12 ul </td></tr><tr><td> T7 UTP-Lösung (75 mM) </td><td> 2 ul </td></tr><tr><td> T7 10X Reaktionspuffer </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> T7-Enzym-Mix </td><td> 4 ul </td></tr></tbody></table><p class="jove_title"> Tabelle 4: aRNA Binding Mix </p><table border="1" cellpadding="8"><tbody><tr><td> <strong>Reagens</strong> </td><td> <strong>Betrag für 1-Reaktion</strong> </td></tr><tr><td> RNA Binding Perlen * </td><td> 10 pl </td></tr><tr><td> Bead Resuspension Solution * </td><td> 4 ul </td></tr><tr><td> 100% Isopropanol ** </td><td> 6 ul </td></tr><tr><td> aRNA Binding Buffer Concentrate </td><td> 50 pl </td></tr></tbody></table><p> * Mix der RNA-Bindung Perlen mit der Raupe Resuspension Lösung zuerst. <br /> ** Fügen Sie das Isopropanol und gut mischen, bevor Sie die aRNA Bindungspuffer konzentrieren. </p>

<ol>
	<li>Rubins, K. H., Hensley, L. E., Bell, G. W., Wang, C., Lefkowitz, E. J., Brown, P. O., Relman, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+viral+gene+expression+programs+during+poxvirus+infection:+a+transcriptional+map+of+the+vaccinia+and+monkeypox+genomes.">Comparative analysis of viral gene expression programs during poxvirus infection: a transcriptional map of the vaccinia and monkeypox genomes.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS ONE</em>. <b>3</b> (7), e2628-e2628 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetic+analysis+of+a+complete+poxvirus+transcriptome+reveals+an+immediate-early+class+of+genes.">Kinetic analysis of a complete poxvirus transcriptome reveals an immediate-early class of genes.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci</em>. <b>105</b> (6), 2140-2145 (2008).</li><li>Satheshkumar, P. S., Moss, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Poxvirus+transcriptome+analysis.">Poxvirus transcriptome analysis.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A</em>. <b>105</b>, E62-E62 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A.+Reply+to+Satheshkumar+and+Moss:+Poxvirus+transcriptome+analysis.">A. Reply to Satheshkumar and Moss: Poxvirus transcriptome analysis.</a> <em style='font-style: italic'>Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A</em>. <b>105</b>, E63-E64 (2008).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., Mu&#241;oz, M., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+gene+expression+survey+of+vaccinia+virus+infection+of+human+HeLa+cells.">Cellular gene expression survey of vaccinia virus infection of human HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>77</b> (11), 6493-6506 (2003).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Conde, R., Pascual-Montano, A., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+reveals+characteristic+changes+of+host+cell+gene+expression+in+response+to+attenuated+modified+vaccinia+virus+Ankara+infection+of+human+HeLa+cells.">Microarray analysis reveals characteristic changes of host cell gene expression in response to attenuated modified vaccinia virus Ankara infection of human HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>78</b> (11), 5820-5824 (2004).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., N&#225;jera, J. L., Zaballos, A., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+response+to+the+attenuated+poxvirus+vector+NYVAC:+upregulation+of+apoptotic+genes+and+NF-kappaB-responsive+genes+in+infected+HeLa+cells.">Host response to the attenuated poxvirus vector NYVAC: upregulation of apoptotic genes and NF-kappaB-responsive genes in infected HeLa cells.</a> <em style='font-style: italic'>J Virol</em>. <b>80</b> (2), 985-998 (2006).</li><li>Guerra, S., N&#225;jera, J. L., Gonz&#225;lez, J. M., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Climent, N., Gatell, J. M., Gallart, T., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+gene+expression+profiling+after+infection+of+immature+human+monocyte-derived+dendritic+cells+by+the+attenuated+poxvirus+vectors+MVA+and+NYVAC.">Distinct gene expression profiling after infection of immature human monocyte-derived dendritic cells by the attenuated poxvirus vectors MVA and NYVAC.</a> <b>81</b> (16), 8707-8721 (2007).</li></ol>

<p class="jove_content">The authors have nothing to disclose.</p>

<p class="jove_title"> Kritische Schritte </p><p class="jove_content"> Eine zweite Runde der Amplifikation wird nicht empfohlen, da Verzerrungen in Array-Daten beobachtet wurden. Mischen sorgfältig an jedem enzymatischen Schritt (1 <sup>st</sup> und 2 <sup>nd</sup> cDNA-Synthese, IVT) ist entscheidend für die Erzielung einer guten Verstärkung liefert, wie die Inkubation von jedem enzymatischen Schritt bei der entsprechenden Temperatur. Ein PCR-Cycler mit verstellbaren beheizten Deckel wird bevorzugt - auch Abweichungen so klein wie 2-3 Grad ...

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		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Amino Allyl MessageAmp II aRNA amplification kit</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applied Biosystems</td>
<td>AM1753</td>
<td>For 20 reactions</td>
</tr>
<tr>
<td>Amino Allyl MessageAmp II aRNA amplification kit</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applied Biosystems</td>
<td>AM1821</td>
<td>For 100 reactions, in a 96-well format</td>
</tr>
<tr>
<td>NanoDrop ND-1000 UV-VIS spectrophotometer</td>
<td>Other</td>
<td>NanoDrop</td>
<td>ND-1000</td>
<td>Or equivalent spectrophotometer</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

vaccinia virus infection &amp; temporal analysis of virus gene expression: part 2

<p class="jove_content">Die Familie<em&gt; Poxviridae</em&gt; Besteht aus großen doppelsträngigen DNA-Viren enthalten, die ausschließlich im Zytoplasma der infizierten Zellen replizieren. Die Mitglieder des<em&gt; Orthopox</em&gt; Gattung gehören Variola, dem Erreger der menschlichen Pocken, Affenpocken und Vaccinia (VAC), der prototypische Mitglied der Virus-Familie. Innerhalb der relativ groß (~ 200 kb) Vaccinia-Genom gibt drei Klassen von Genen kodiert: frühe, mittlere und spät. Während alle drei Klassen von viral-kodierten RNA-Polymerasen transkribiert werden, dient jede Klasse eine andere Funktion im Lebenszyklus des Virus. Pockenviren nutzen mehrere Strategien zur Modulation der zellulären Umgebung Host während der Infektion. Um Regulierung der Wirt und Virus Genexpression verstehen, müssen wir genomweite Ansätze genutzt werden, um Transkript Fülle von beiden Viren und Wirtszellen zu analysieren. Hier zeigen wir, zeitlicher Verlauf Infektionen von HeLa-Zellen mit Vaccinia-Virus und Sampling-RNA zu verschiedenen Zeitpunkten nach der Infektion. Beide Gastgeber und virale RNA isoliert und verstärkt für die Hybridisierung an Microarrays zur Analyse der Genexpression.</p>

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Vaccinia Virus Infection &amp; Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 2

<p class="jove_content">Protokoll zur Vaccinia-Infektion von HeLa-Zellen und die Analyse von Host-und virale Genexpression.</p>

Vaccinia Virus Infection &amp; Temporal Analysis des Virus Gene Expression: Teil 2

The family Poxviridae consists of large double-stranded DNA containing viruses that replicate exclusively in the cytoplasm of infected cells.  Members of ...

vaccinia-virus-infection-temporal-analysis-virus-gene-expression-part

Research

JoVE Journal

Biology

7.9K Aufrufe.  MIT - Massachusetts Institute of Technology. Protokoll zur Vaccinia-Infektion von HeLa-Zellen und die Analyse von Host-und virale Genexpression.